4M3UA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3uA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3uA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3uA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3uA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3uA03
1KVBA 4M3ZA 1QSYA 2PZSA 4CJRA 3K57A 3S3NA 4B9TA 1KVAA 1LWFA 2Z1GA 1VRUA 4CJVA 4ELTA 1JXEA 3AVKA 3OS0A 4CERA 1QHTA 2KTQA 2EHGA 2VG6A 3KLFA 4PUOA 3CM6A 4C8MA 1TL1A 4FW2A 4R5PA 1F21A 3DM2A 4AHCA 4FLVA 4DTSA 2HNZA 1U49A 4FZZA 4Z4GA 4M3TA 4NCBA 4FLWA 4FJKA 1KTQA 4FJJA 2X6SA 4DTOA 3LAKA 4O55A 4DTMA 3S3MA 4O4GA 5KGWA 4CGDA 3S9HA 4DF4A 1JLAA 1RTIA 4LY7A 3HP9A 4DG1A 4NYFA 4F3TA 1ASUA 3LP0A 3V9SA 5HROA 2GV9A 2O4IA 1UA1A 4DFJA 2DFHA 3TAEA 4J2DA 3NF8A 2P51A 1YVUA 3AO5A 2XY5A 3L3VA 2DY4A 4FZXC 4KHNA 3A2FA 4E7KA 4KI4A 3L2QA 2HB5A 1O1WA 1RBRA 3ZCMA 4CEOA 4ID1A 1KLNA 1WAJA 2DTUA 4BE1A 5I42A 3VQDA 3QEIA 3OYMA 1DTTA 2E6LA 2HMIA 4LH5A 1I3AA 1YT3A 3SQ2A 1TK5A 1RCHA 2RF2A 3TANA 4DFMA 3KD5E 1CZ9A 5C42A 4K8ZA 2IGIA 4RW4A 4CFAA 4FLUA 2KQ2A 2B5JA 3ZSRA 4KB0A 3QO9A 3U6FA 3RTVA 5I3UA 1X9MA 4CJQA 4CHYA 3KTQA 3ZT2A 3HP6A 3DRRA 3ITHA 1HYZA 2ZQBA 4C8LA 1ZBIA 5EU7A 3JSMA 4AHTA 3QEWA 4CFDA 2W42A 3ISNC 3K5NA 4CF9A 1I39A 1X9WA 2HW3A 1BCMA 1RT5A 4KB1A 4OJRA 1SL1A 4DTRA 1RBSA 1LWEA 4DFPA 4DQIA 3PV8A 2P1JA 4CIEA 2X6NA 4CIFA 4DU1A 2G8KA 3EYZA 3K59A 4CHOA 1EP4A 4GVMA 1IH7A 1BHLA 3RMAA 2FBYA 4F2SA 4JRQA 3IG1A 4H4MA 2HHTA 4CGGA 3VQ7A 4ID5A 4E1MA 5HLFA 1VSHA 2B4JA 2LSNA 4NYNA 4FJ7A 2D0BA 1A5XA 2PYLA 3ZSVA 4Q0BA 4M3UA 3U3YA 3OYNA 1CXUA 3DLBA 4KFBA 3L2RA 4DS4A 3SI6A 1J9AA 3V9XA 2G8VA 4HCBA 3RMDA 2VG7A 5C25A 3SNNA 4N5SA 1GOCA 4EZ6A 4UQGA 1U48A 3NGIA 4RW8A 3VQAA 2HHWA 4PWDA 3I8DA 4DSEA 1RTHA 3LPTA 2XO7A 1NJZA 2QK9A 2YHAA 4AHUA 4DSFA 3OYKA 4FK4A 2XHBA 3MXIA 4FCYA 3ZSOA 1TK0A 5C24A 1HJRA 3SCXA 4M3RA 1CLQA 4IG0A 3K5MA 1RTDA 3RR7A 4AILC 4M41A 2ATQA 4FJ9A 1HYSA 1TAUA 4JRPA 1UAXA 1QTMA 1EKEA 3DOKA 1CZBA 3HPHA 4FLYA 3SPZA 4PA1A 1L3UA 5HRNA 2DFEA 5FRMA 3CFOA 3G0ZA 4OKJA 2A1RA 4CEZA 2PY5A 4KI6A 5J2MA 2OYQA 5FROA 3SQ1A 4FJGA 3LANA 1TKDA 3KLEA 3CQ8A 4LSLA 4LD0A 4O0JA 4B08A 3IRXA 4IDKA 4J2BA 1RDCA 3ZT1A 1GOAA 1JLFA 1W0HA 2GUIA 5E41A 1RBUA 5SWMA 5SZTA 1JKHA 1U47A 1KRPA 4Z0UA 1C1AA 2B6AA 3PO4A 3VQBA 1Q9XA 3AVNA 1C1BA 2OA8A 5KRTA 3ZSWA 3NDKA 1C6VA 4E89A 1RBVA 3PX6A 4MQ3A 1RDDA 3RRHA 1WSIA 3MXMA 4W5QA 4DSJA 3LDSA 1SV5A 3OYCA 4OPJA 4IG3A 3AVLA 1KFDA 4DSIA 4AHSA 4DQRA 1U45A 4DTJA 1JXBA 1WSFA 4E1NA 4B9SA 4DSLA 4IFVA 4M45A 2G8WA 4CJFA 2BANA 3RR8A 3B6OA 1XC9A 4FJLA 2D0AA 1JLEA 4CECA 4HTUA 4L8RB 3K58A 2P5OA 4ZTFA 1RDBA 2IC3A 4CF1A 5JS1A 4M3YA 3OJSA 3AV9A 1FK9A 2D0CA 1SL2A 3SUNA 2YNIA 4FK2A 1U04A 4HUFA 4CHNA 3V4IA 4W5TA 1SL0A 1NKBA 4CK3A 4DU4A 4XIUA 4DQPA 3HVTA 3VA0A 4OGEA 4KHUA 1FKPA 3HO1A 1VSFA 1WLJA 3MEGA 3V6DA 2ITGA 3AO3A 4DFKA 1NK7A 2Z1IA 2HHQA 4W5RA 4FJ8A 4C8KA 4FJNA 1VSKA 2YHBA 1B9DA 1NOYA 3AVMA 3MEDA 3EZ5A 1K6YA 3AO4A 3M8QA 1XWLA 3AVAA 4W5OA 4EP4A 3TR8A 3LWLA 2WONA 1ZBHA 4FYDA 4Y1CA 5KGXA 3AA5X 4CIGA 1RDAA 3NFAA 4E19A 4CEQA 1NK9A 1NKEA 5FRNA 4RW6A 3NH1A 1TAQA 4NCGA 1S6QA 2DFFA 3K5LA 4I2QA 3OYGA 3V9ZA 3NCIA 2Y1JA 1G15A 3TABA 4OLBA 2VWKA 3D45A 1CXQA 1LAVA 4IFYA 3DLKA 4I7FA 4JLHA 3AO1A 1JL2A 1NJXA 4I9LA 1JLCA 3I0RA 1TKZA 5J1EA 4O0IA 3VQ8A 1WSJA 3AVHA 4BDPA 3ASMA 3WNHA 4TSXA 3UIQA 4B8CA 1HRHA 4Z4HA 4FJHA 4J2AA 4G1QA 4KTZA 4CK1A 4E0DA 3ZT4A 3QNOA 3DLGA 1WAFA 4M3XA 3DYAA 3ZT3A 4FJIA 2ETJA 1NK5A 3CM5A 5KTQA 1NJWA 4FW1A 4B3OA 4FLTA 2OPRA 4E7LA 4DSKA 4CEEA 3DLEA 3LALA 1WNSA 1HQUA 3TAFA 1IKYA 2FC0A 4KKOA 4CGJA 1A5VA 3QESA 3SUPA 5DK5A 3O4QA 4CJUA 3L2WA 4JS4A 3V9WA 3AVCA 1BI4A 3IS9A 1S6PA 4ELUA 2G8UA 2XY8A 3ZSXA 1QSSA 1JLBA 2HHUA 3ULDA 3LP2A 1S1VA 3U3GA 3QIPA 2KZMA 1TV6A 3TWHA 3WNEA 4DF8A 1WSHA 2IAJA 3LZIA 1RT1A 3E01A 4CJTA 4KTQA 4ZHRA 1Z25A 4FK0A 3OYAA 3PY8A 4OPKA 3KLGA 1MU2A 1S9EA 1NK6A 2KFZA 1Y97A 2GBZA 4KRFA 2O4GA 3FFIA 5FDLA 4DTUA 4KHQA 4FM0A 3PO5A 1WSEA 3ZSQA 1VSDA 2F8TA 4FLZA 4FJ5A 2VWJA 4E7HA 3MXJA 1TKXA 3VQPA 4BWMA 4F2RA 4Q5VA 4CGIA 1HPZA 3NAEA 3C94A 4BDYA 1S1WA 2ZD1A 3HL8A 4CCHA 4Z4FA 3OYDA 3H08A 4CJWA 2HHXA 4W5NA 3VQQA 4HCCA 4OKEA 4CHZA 3MEEA 3OYIA 1ZYQA 5DMRA 1D5AA 2YNHA 4I9QA 2P5GA 4FLXA 2Y1IA 2OZMA 2YNFA 4RW9A 3SUQA 1S1TA 1S1XA 2HNYA 3C6TA 1J5OA 4FJXA 1J54A 4FZYA 5HRSA 2HVHA 3AVIA 4YFUA 4N56A 1VSEA 3WNFA 2HNDA 3LAMA 1Q8IA 1XI1A 4O44A 1T03A 1RILA 4CJEA 3KD1E 2FBXA 4DLGA 3NH0A 3VQCA 3AVGA 1KLMA 3HPOA 3HPGA 1BL3A 1S5JA 1BCOA 2FBTA 3I0SA 3O4NA 3V1RA 3O3GA 4B9LA 4QCLA 4CHQA 2NUBA 5D3GA 3QNNA 1SKSA 3L3UA 4DU3A 4WE1A 1RT7A 4ZTJA 1HYVA 1KVCA 1BI4B 4CJPA 2QKBA 4OKKA 1NKCA 3KK1A 3D0PA 4Z4CA 4DTPA 1NK0A 1RT3A 3DMJA 4JS5A 1VSIA 4HUGA 4F8RA 4CGFA 5CZ2A 3OYJA 4DLEA 1IKWA 2E6MA 3SPYA 4QAGA 4BWJA 1X9SA 3TAPA 3QEXA 2JGUA 1ITGA 3TAQA 4FXDA 3TAGA 1DLOA 2D5RA 1BGXT 4CE9A 2XY6A 3HK2A 3KLIA 3HM9A 1RTJA 3AA4A 1BISA 4AH9A 4KREA 1S9GA 2OZSA 1ZBUA 1W9HA 1L3TA 4F3OA 4PQUA 3RMBA 3NF9A 3THVA 3VQ5A 1L3VA 3S3OA 3SJJA 3AVJA 2XY7A 4RG8A 3LP3A 3DOLA 4RW7A 5HBMA 4B9VA 5HP1A 3VQEA 3DLHA 3SV3A 4CEBA 4DQQA 4HUEA 5J2PA 2BDPA 4B9MA 2RN2A 2HHSA 4DWIA 1N5YA 5K14A 4EP5A 3NGZA 3OYEA 4Z4IA 1NK8A 1QQCA 3IAYA 1LW2A 1HNVA 3LWMA 1NK4A 4GMJB 1SUQA 3B6PA 4BDZA 4CEFA 4DS5A 4N41A 3K2PA 4FM2A 3OYFA 4DQSA 3VN5A 1J53A 4CEDA 1D9FA 4DTXA 4KAZA 3QINA 4FVMA 2G8IA 1IG9A 1L5UA 4CF0A 1B9FA 3OS1A 3MAQA 2HVIA 2RKIA 1QS4A 1RBTA 5KRSA 3PX0A 3RRGA 3KKRA 4CK2A 1GOBA 3ALYA 3PUFA 3HT3A 4YNQA 3NBPA 1D8YA 4N47A 1NJYA 1D9DA 3VQ4A 1L3SA 1JL1A 2XRIA 4KPYA 3WNGA 1FXXA 1EX4A 2R7YA 2HHVA 2Q3SA 3OYLA 4FJMA 2QXFA 3ZT0A 1TL3A 4MFBA 3OYHA 1JLGA 4BE2A 1KCFA 1UWBA 4KHYA 2IS3A 4OLAA 4J2EA 2OPPA 4FM1A 1TVRA 3MECA 3P5JA 3T19A 4DTNA 1BIUA 4CJSA 3V81A 4IKFA 2YNGA 1EETA 4CF2A 4GW6A 1A5WA 5CYQA 3AVBA 3AA2A 3L2UA 4AHRA 3LP1A 3NHGA 1VSMA 3OJUA 1BQNA 3LZJA 2FBVA 2WOMA 2Z1HA 3QERA 3CFRA 3OY9A 1VK0A 3V9UA 3DI6A 4CF8A 3ZSZA 3VQ9A 3QLHA 3V1OA 3QIOA 2QKKA 2BE2A 3DRSA 4HVJA 4Z4EA 1ZBLA 5HRPA 3BGRA 3DLRA 1HQEA 3SV4A 3O3FA 4QOZB 1TKTA 3AVFA 1YTUA 1LW0A 3K5OA 3SUOA 4M42A 1KSPA 1VRTA 4CGHA 4BE0A 1B92A 1T8EA 4F4KA 5KI6A 4B8AB 3T3FA 3NE6A 1LV5A 3KK2A 3SYZA 1XHZA 1NOZA 4EZ9A 4KO0A 3ZSYA 4KHWA 4PY5A 2JLEA 3NGYA 1C0UA 3G10A 4DMNA 2PYJA 3AA3A 2OPSA 4B9NA 1ASWA 1SKRA 2F8SA 4AHVA 1LWCA 1U4BA 1TGOA 2OPQA 4B9UA 3CYMA 3VA3A 1FKOA 3SQ4A 5JS2A 1TK8A 1ZBFA 5J2NA 3QEVA 4CHPA 4E7JA 3F9KA 4O5BA 1YTAA 3M8PA 3QETA 1C1CA 4NCAA 1RT2A 2G8HA 4BACA 2BGGA 3HSTB 1HNIA 1Q9YA 3HYFA 3V1QA 4K8XA 2KW4A 4C8NA 3DRPA 3L2VA 1SKWA 5CYMA 3M8SA 3KLHA 1QSLA 4Y1DA 4CJ3A 1DTQA 4E7IA 4HHTA 4CJ4A 1WSGA 4CJKA 3RWUA 3AO2A 4CFBA 3O3HA 2YV0X 4LSNA 1IKXA 1ASVA 3P83D 5CY4A 3PX4A 3L8BA 2G8FA 1KFSA 3NF6A 3M8RA 2Z1JA 1BIZA 1N6QA 2AJQA 4OGCA 3TAMA 3KIOA 4E3SA 2RPIA 4IBNA 5T7BA 1UOCA 3OVNA 2KZZA 4OVLA 1Z26A 4CFCA 3HJFA 3SQ0A 3HVRA 1RT4A 1S1UA 4H8KA 3KK3A 1R0AA 1VSJA 2F96A 3JYTA 5J2QA 4CJ5A 3EY1A 2YKNA 1BQMA 2VG5A 4LH4A 1RT6A 1RNHA 1C0MA 1QE1A 1XHXA 3OS2A 3CFPA 4CJLA 3BDPA 2A1SA 1IO2A 1EXQA 1LAWA 4KTWA 2KFNA 5CZ1A 3OYBA 3SZ2A 2I5JA 1VSLA 4ICLA 3C6UA 3LPUA 2X78A 3CG7A 1IKVA 3KKSA 4KHSA 1HMVA 4H4OA 3TI0A 3RMCA 2YKMA 5HRRA 1T7PA 1JLQA 1X1PA 4I2PA 1C0TA 3QEPA 2IOCA 3NF7A 1UA0A 4M3WA 2ZE2A 4C8OA 1WN7A 3F73A 1REVA 2E4LA 4CESA 4ELVA 4KV8A 3HXMA 3TARA 3VQ6A 3P1GA 3T1AA 4CEAA 3C95A 3NH2A 3KJVA 2EX3A 2X74A 2IDOA 4N76A 1T05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3D2F B;  2PZS A;  3K57 A;  3LDN A;  4CJV A;  1H1V A;  1JXE A;  4FWQ A;  2KTQ A;  5JMV A;  4C8M A;  3EE9 A;  1F21 A;  4FLV A;  1N8R O;  2GX9 A;  4FJK A;  2X6S A;  3J8A A;  3L4I A;  1DT9 A;  1JLA A;  3MDQ A;  4LY7 A;  3LP0 A;  2VJ4 A;  2DFH A;  4AF1 A;  4ADO A;  3CCQ N;  5AQY A;  5IRE A;  4JK8 A;  1FYZ E;  2P1N B;  3AO5 A;  2DY4 A;  4H5N A;  5IT9 O;  4KI4 A;  4DR4 K;  3QFU A;  3ZCM A;  3KWG A;  4BE1 A;  5I42 A;  3VQD A;  2O8C A;  1DTT A;  4C1N K;  2HMI A;  4DQ8 A;  4LH5 A;  3SQ2 A;  2RF2 A;  4YOY A;  2Q97 A;  1FW6 A;  1CZ9 A;  4I6J B;  1NGI A;  1MWK A;  2KQ2 A;  2B5J A;  3QO9 A;  3E4Y A;  1N34 K;  5BRD A;  4X64 K;  4CJQ A;  3KTQ A;  5AJ3 K;  4B3R K;  4C8L A;  3QEW A;  2FSN A;  1I39 A;  3BZC A;  4CZJ A;  1BCM A;  3VF2 A;  4B1U B;  4KB1 A;  1SL1 A;  1RBS A;  4EAH D;  1SZ2 A;  4KH4 A;  4DU1 A;  3KVG A;  2E20 A;  3K59 A;  1NMN A;  4GVM A;  4JI7 K;  1IH7 A;  3IG1 A;  5HLF A;  4JEP A;  4CW7 B;  4Q0B A;  1A5X A;  2PYL A;  2E8A A;  2MW2 A;  1YUW A;  4HCB A;  3L2R A;  3SI6 A;  3RMD A;  4PKG A;  3SNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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