4M3WA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 323
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3wA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3wA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3wA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3wA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3wA03
4FCYA 1SKRA 4HVJA 2G8KA 4OPJA 1BGXT 3K57A 4Z0UA 1RNHA 4BWMA 3QIOA 2XY6A 1JLGA 1Q8IA 1RT6A 3V9ZA 5KRSA 2RKIA 1NK6A 3MAQA 4UQGA 1LWEA 3ZT1A 2EHGA 3V9XA 4CJVA 2X6NA 3CYMA 4ZHRA 2OZSA 4CIEA 4M3WA 1GOBA 3AVIA 3QLHA 3HPHA 4HTUA 3RMDA 3L2WA 1NOZA 3NF8A 1TAUA 3ZSYA 3PY8A 3AO2A 1WSGA 3SI6A 4M3RA 4W5RA 2JGUA 5J1EA 2HHWA 1WSIA 3IS9A 3O3HA 5FRMA 1NKCA 4LH5A 1CZ9A 4CJPA 3LALA 4HCBA 1NJWA 1TKXA 4CJSA 3B6OA 1RT7A 1BCMA 4CHZA 2G8VA 2X78A 2O4IA 3B6PA 4BE0A 3E01A 1NK8A 4FXDA 1D5AA 4B9VA 3QEIA 2A1RA 4FLXA 1L3UA 3AA5X 3NF7A 4RW9A 1Y97A 2OPQA 4OVLA 4FJXA 5HRNA 3OYHA 4ZTFA 4CESA 3AVLA 3DOLA 1JL2A 4AHCA 4FW2A 4DFJA 4F4KA 2GV9A 1U47A 4F3TA 3OYCA 2HW3A 1JXEA 4BACA 1NK0A 2RN2A 4CJQA 3ZT2A 3DMJA 4CECA 5J2MA 5D3GA 2GBZA 5I42A 2VWJA 3OYMA 2B4JA 3HPGA 1A5XA 4C8NA 4EP5A 4LH4A 3OYLA 5SZTA 4FLYA 1N5YA 3OS1A 3NHGA 2QXFA 1JLCA 2Z1IA 1NKBA 4Y1DA 4XIUA 3KK1A 3FFIA 5HLFA 2P5OA 1O1WA 3PO5A 2P51A 1X1PA 3DLGA 3ISNC 1NK9A 4FZZA 2FC0A 4N41A 4Z4FA 2HVHA 1HNVA 2OZMA 3QEPA 1K6YA 4CJUA 4CEEA 4W5QA 4FJ8A 1LW0A 3V1RA 3M8RA 3NAEA 3SQ0A 3IG1A 1TL1A 4FJ9A 4CF0A 3TAMA 4CF1A 4E7KA 4Q0BA 1Z26A 2KFNA 2ZD1A 2I5JA 2YNIA 1BQMA 1RBRA 3IAYA 1WSHA 2BGGA 4JRQA 1L5UA 4I2PA 3T19A 3RMBA 1UOCA 2GUIA 3HYFA 3IRXA 4O4GA 1WLJA 4B9UA 4PY5A 1EKEA 1MU2A 3AVBA 4ID5A 4JS5A 5JS1A 4FM1A 1JL1A 3SNNA 4K8ZA 1I39A 1WN7A 4E19A 3OYBA 4KAZA 3CM6A 3VQCA 2OA8A 1VK0A 4J2BA 1X9WA 3K2PA 4FZXC 3OYFA 4DSIA 1WSFA 3I8DA 4ELUA 3VQQA 4C8MA 4FJ7A 4KI6A 1RT3A 2VG5A 2YHBA 3VQ5A 4CJEA 4J2DA 1XI1A 1GOCA 1SUQA 3V81A 3NE6A 4CEBA 2NUBA 3ALYA 4C8LA 4FJKA 4DLGA 2HNDA 3HM9A 3PX4A 3HK2A 4KHNA 4CEAA 1LV5A 4AHSA 1BHLA 3VQPA 5HRSA 5CYMA 3TAFA 3O3GA 3ULDA 3RR8A 3KLGA 3KIOA 4KHYA 3OY9A 4J2EA 1S5JA 4CJ4A 4PQUA 3ASMA 3BGRA 3V6DA 2W42A 4DS5A 4BE1A 4CGJA 3RMAA 4JRPA 1QS4A 2QK9A 1RILA 3NH2A 4CJWA 3DI6A 4W5TA 4EZ9A 1X9MA 1TVRA 1BL3A 3QEXA 4MFBA 4KB0A 5C42A 1RTJA 1ZBIA 2R7YA 4ELVA 4FJIA 1TAQA 4H4MA 2PZSA 3HP6A 1LWFA 1D8YA 4K8XA 1ASUA 3SZ2A 4CHOA 4N56A 3EZ5A 1HYSA 4M3ZA 3C6UA 3C6TA 1C6VA 4CEFA 1KLNA 3AO4A 1D9FA 3TANA 4KKOA 4DU4A 1LAWA 3SYZA 3T3FA 3NF6A 4QAGA 3NGYA 4CFAA 5J2NA 3ZT4A 4CHNA 3MXIA 4R5PA 3EYZA 4DFPA 2YNHA 4GW6A 3SCXA 1T8EA 1QHTA 3OS2A 1SV5A 4N76A 5KGWA 3ZSWA 2WOMA 3NBPA 1ZBFA 4CEQA 2IAJA 2E6MA 4OKKA 5KRTA 2LSNA 2KZMA 4CJ5A 4E3SA 4DQIA 1NJYA 4O44A 3VQEA 3TR8A 1QQCA 3OYEA 4E7HA 3F73A 4B08A 3DRPA 5J2QA 4KPYA 3KKRA 1J54A 3K58A 1T03A 1RBTA 5DMRA 4E7JA 4BDYA 3VQ4A 4FK0A 2XRIA 3PV8A 5KTQA 3L3UA 3WNFA 2BDPA 4B9MA 4FW1A 4B9NA 3VQAA 4B9TA 3CG7A 1C0TA 1NJXA 1NJZA 1DLOA 3NGIA 4DTUA 1HQEA 1WAFA 3ZT0A 1U45A 1YTUA 1R0AA 1FKOA 4CGHA 2YNGA 3QINA 3DOKA 1TGOA 4B8CA 2DFHA 4CJLA 4DWIA 4F2SA 4EZ6A 2DFFA 3NCIA 2Y1JA 2F96A 3L3VA 3WNEA 3K5LA 2DFEA 3CFOA 4DQQA 4DF4A 1QSSA 4F8RA 4OLAA 3CFRA 1A5WA 4FYDA 1IKVA 1RDDA 1DTQA 2YKMA 2ZQBA 3F9KA 3WNHA 4BWJA 4CHYA 1TKTA 4PUOA 3SQ1A 4E7IA 2HHTA 1BIUA 5HBMA 3L2QA 1ITGA 1I3AA 3HO1A 2D0CA 2HMIA 3OYGA 4DTJA 4M3YA 4DTXA 1N6QA 4Z4EA 3LP2A 3QO9A 2F8SA 3RMCA 3TAPA 1EETA 4O5BA 3AO5A 3LP1A 1C1BA 4N47A 5SWMA 4RG8A 1U49A 1SKSA 4Z4GA 2FBYA 2HB5A 3SUOA 4FLUA 1VSHA 4DTSA 5C25A 3SPZA 3VQ8A 4B8AB 5KGXA 4CHQA 1FK9A 1S1VA 3I0RA 4DTPA 1D9DA 2KZZA 3I0SA 1HYZA 1BQNA 3AA3A 3AA4A 3PUFA 3LP0A 3T1AA 4FLTA 3AVHA 4YFUA 1IO2A 4LD0A 3OYIA 3D45A 4E1MA 3OYJA 3S3OA 4C8KA 4DTNA 2BANA 2KTQA 3ZSOA 2HHUA 1DTTA 3AO3A 4FJ5A 3MEEA 2WONA 3DRRA 2P1JA 4KTWA 4FJMA 4RW4A 4FJLA 3ZSZA 5T7BA 2FBXA 3P83D 4NCBA 4I9QA 3NH0A 3S3MA 1Q9YA 4OGCA 4FM0A 4E7LA 4IFYA 3NFAA 2XY5A 4CEDA 1KSPA 1EP4A 2HHSA 1HPZA 1JLEA 3DM2A 3LWLA 3V1QA 3TAEA 3P1GA 2D0AA 4NYNA 1CXUA 3CM5A 3QNNA 2KQ2A 3V9UA 3DLRA 4GVMA 1HQUA 1Z25A 1EX4A 5CYQA 3AVJA 3U3GA 1HMVA 4AHVA 4DQRA 1JXBA 4FJHA 4CEZA 3LANA 4TSXA 4DQSA 1TK0A 1KCFA 3AV9A 4IG3A 4OJRA 3HVTA 1XHZA 1RTHA 1REVA 4Q5VA 1HRHA 4RW8A 4CIFA 3VN5A 5HROA 3U3YA 1TK5A 4Z4IA 2YHAA 3VQ7A 5I3UA 1QTMA 2OYQA 4ID1A 2RF2A 1BIZA 1B9FA 3VQ9A 1VSIA 4DSFA 3PX0A 1U4BA 4O55A 4KB1A 1RBSA 4ZTJA 3TAQA 1ZBUA 1L3SA 1UAXA 1YT3A 4I7FA 3NF9A 1KVBA 3UIQA 1CLQA 4RW7A 4DSEA 1NK7A 4KV8A 2PYJA 4IG0A 1S1UA 3SUQA 2OPPA 1S6PA 4HUGA 4FM2A 3LWMA 4KHQA 3QESA 1VRTA 1TKDA 5FRNA 1VSFA 3MEDA 1SKWA 1S1TA 3KKSA 1VSKA 2OPSA 3TABA 1S9GA 2G8WA 1QE1A 1IKYA 3OVNA 2O4GA 4M42A 2VG7A 3DYAA 1RDAA 2DY4A 3K59A 4FLZA 1JKHA 4DG1A 4Z4CA 4JLHA 1VRUA 3LAMA 3QIPA 4E0DA 4G1QA 2Y1IA 3QERA 3V4IA 1QSYA 4DTOA 4LY7A 4BE2A 2E6LA 4E89A 2IOCA 4FVMA 3KD1E 1U48A 4F3OA 4HHTA 4AHTA 1HJRA 3G10A 1S1WA 3K5OA 1KFSA 4H4OA 3LDSA 4FJNA 1KVAA 1J9AA 4IFVA 1BI4A 3QNOA 4Y1CA 3VQBA 1L3TA 4CJFA 1HYVA 4W5NA 4NCGA 4M3XA 1TL3A 3AVNA 4PWDA 1SL1A 4DSKA 3DLEA 3LP3A 3L2UA 4DS4A 4M3TA 2B5JA 1RT1A 4KTZA 2G8HA 1B92A 4DU1A 3AVKA 3ZCMA 3SV3A 4CFCA 1KTQA 3OYNA 3KJVA 2XY7A 3M8QA 1TV6A 4CFDA 4DQPA 2FBVA 4CJKA 3SQ2A 3KK3A 1RDCA 4OKJA 3DRSA 2IS3A 1YTAA 3DLHA 4OKEA 5CZ2A 2HHQA 1WNSA 2A1SA 2PY5A 2KFZA 1X9SA 3M8SA 5CY4A 2XY8A 1KFDA 4CK3A 1UA0A 1JLFA 5HP1A 3RWUA 4KHUA 3JYTA 4NCAA 3QETA 4FLVA 1IKXA 3AO1A 4LSLA 3AVGA 4MQ3A 1L3VA 2D5RA 3WNGA 1UA1A 3PX6A 4DTRA 1EXQA 2ETJA 4AHUA 3MEGA 1ASWA 4KO0A 4CHPA 3S3NA 4BDPA 3LZJA 1IG9A 2G8FA 2HVIA 3SV4A 1VSJA 4I2QA 5E41A 3KLFA 5K14A 3TWHA 3V9SA 4CJ3A 1XWLA 3KTQA 1S1XA 4DLEA 4KRFA 2B6AA 2IC3A 4O0JA 4CE9A 1QSLA 5EU7A 4DSJA 2IGIA 1NKEA 2ITGA 4ELTA 2F8TA 1C0MA 2AJQA 5C24A 3OYKA 4EP4A 3NH1A 4OGEA 1FKPA 3SPYA 5FROA 4L8RB 3KK2A 2HNYA 3RR7A 3SQ4A 4IDKA 3VQDA 1KVCA 2IDOA 4Z4HA 4CJRA 2DTUA 1JLQA 2HNZA 1ZBHA 4M3UA 1BISA 1RBUA 1C1AA 1LAVA 3HJFA 1WAJA 4DU3A 4CGFA 1C1CA 3DLKA 1XC9A 2G8UA 3TARA 1JLBA 3RTVA 1C0UA 4ICLA 3NGZA 5JS2A 2HHXA 3ZSRA 3MXJA 4E1NA 3K5NA 1S9EA 3ZSXA 4IKFA 1W0HA 4AH9A 3RRHA 1S6QA 3CQ8A 4KTQA 1A5VA 4KREA 3HPOA 1FXXA 4KFBA 2FBTA 2VG6A 3O4NA 3L2VA 1T7PA 3V1OA 1J5OA 2E4LA 3HSTB 1RBVA 3MXMA 1UWBA 3NDKA 3C94A 1LW2A 3VQ6A 3OJSA 3SJJA 1J53A 3SUNA 3VA0A 4DMNA 4LSNA 3CFPA 4N5SA 1YVUA 3O3FA 3KLHA 3LZIA 1Q9XA 3AVAA 4B3OA 2Q3SA 3AA2A 3KLIA 4IBNA 3ZSVA 2JLEA 4RW6A 1KRPA 2RPIA 1SL0A 4FJGA 3TAGA 2YV0X 3S9HA 3ZT3A 4AHRA 3OYAA 1SL2A 3VA3A 1RT4A 4I9LA 5HRPA 1KLMA 1BCOA 1G15A 2D0BA 1IH7A 1HNIA 3G0ZA 5DK5A 3OJUA 3QEWA 4CCHA 5J2PA 3KD5E 4PA1A 1XHXA 5HRRA 4HUEA 1T05A 1VSLA 3MECA 4DFMA 3A2FA 4OLBA 4CERA 1VSMA 4CEOA 4BDZA 1WSEA 4CF8A 2VWKA 3P5JA 3RRGA 2P5GA 3O4QA 3HL8A 3QEVA 2OPRA 4J2AA 4NYFA 3ZSQA 1WSJA 4M45A 3OYDA 1GOAA 2YNFA 3SUPA 4KI4A 3JSMA 2Z1GA 1ZYQA 2EX3A 2QKBA 1B9DA 2X6SA 3TI0A 3EY1A 1RT2A 4KHSA 1TKZA 4CIGA 1RTIA 4HCCA 4FZYA 3V9WA 1F21A 3ITHA 3HXMA 3BDPA 3K5MA 4AILC 3L2RA 1BI4B 1RDBA 1U04A 1CXQA 1NK4A 4DSLA 4CF9A 3THVA 1RCHA 4O0IA 4DFKA 2PYLA 3M8PA 1W9HA 3AVFA 3AVCA 4WE1A 4CF2A 5CZ1A 1VSEA 2ZE2A 1RT5A 1LWCA 2YKNA 2Z1JA 4CGGA 4CJTA 2XO7A 1IKWA 4FK2A 1NOYA 3AVMA 4JS4A 3LPTA 2XHBA 2Z1HA 4M41A 2ATQA 4B9LA 1ASVA 4QOZB 3C95A 1ZBLA 1VSDA 4KHWA 3U6FA 4CFBA 4CGDA 4FJJA 4FLWA 3H08A 2BE2A 4H8KA 3D0PA 3LPUA 4CK2A 1RTDA 5FDLA 4OPKA 3KLEA 4CGIA 4F2RA 4W5OA 2KW4A 3LAKA 2QKKA 4QCLA 4CK1A 3DLBA 4FK4A 4GMJB 3PO4A 3L8BA 5KI6A 1NK5A 3HT3A 2G8IA 4DF8A 1CZBA 4HUFA 3HVRA 2X74A 4B9SA 3OS0A 4DTMA 4C8OA 2HHVA 1JLAA 4YNQA 3HP9A 1TK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3NBPA 5KRTA 2E6MA 1MHYG 2LSNA 4QNCA 4CJ5A 1X3MA 2QM1A 5AQWA 4E7HA 1XMQK 3DRPA 3K58A 1T03A 1RBTA 3CCMN 2P1OB 2FSNA 3VERA 2XRIA 3PV8A 5BREA 5KTQA 2BDPA 4YOWA 2A5XA 3CG7A 3WQTA 3T1HK 5AFUA 3HGLA 3ZT0A 1TGOA 3BEXA 2LF3A 3CC2N 3G71N 4A2AA 2A6AA 1V4SA 2QWPA 3L3VA 4F8RA 3CIPA 2O8DA 4IO9L 3AARA 3ZETA 1I3AA 3HO1A 4AM6A 4BRNA 4DTXA 1ESVA 4K25A 3LM9A 2HBJA 1EETA 1GLCG 3KK7A 1C1BA 2JWLA 4JHDB 3C7NA 1SKSA 3SPZA 2OCEA 5KGXA 1V4TA 1H1VA 1S1VA 4DTPA 1MWMA 3T1AA 2WBNA 1IO2A 5M1KA 4DTNA 1C0GA 5AQGA 5AQUA 4JK7A 2JHCA 4EFHA 5AQZA 4FJLA 3ZSZA 4A62A 4FSVA 3VTIA 4I9QA 3NH0A 4ILGB 4WQ5A 4OGCA 4FM0A 1WUAA 4CEDA 1MDUB 1DEJA 5AQKA 1U2VA 3V1QA 3I56N 3CM5A 2AA4A 3BZKA 1N33K 1HQUA 4UY8O 4O8UA 3H3OB 1Z25A 4X62K 4CEZA 2LF6A 1HNZK 1VQ8N 2OTJN 3VN5A 5HROA 1FZ5E 3KWIA 2OYQA 1U4BA 2VWBA 1UAXA 4RW7A 1NMDA 1O13A 1S1UA 4WCEL 1VRTA 2RKHA 3P4IA 1VSFA 3MEDA 2DPNA 1BU6O 3FE1A 4BC4A 4LF9K 1S9GA 4IWVA 3OVNA 2W6LA 3CJCA 1NGEA 2NRZA 2E2PA 1JKHA 4Z4CA 3QIPA 4G1QA 4FWQA 3ZX2A 4OPHA 5C15A 2NNWA 2IOCA 3KD1E 1JCFA 2E20A 1HJRA 3G10A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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