4M3XA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3xA03
4ID5A 3NDKA 4M41A 2F96A 3NHGA 3KK3A 1IKXA 2PZSA 5C42A 3KLGA 1C1AA 4OPJA 2IOCA 3F73A 4E7JA 1NK7A 2ITGA 3MXMA 2YNHA 4DTUA 4BDPA 3DYAA 3KKRA 3LWMA 4FJGA 1XHXA 4FLWA 4OPKA 3KLFA 3OYGA 2F8SA 2OZSA 1VSJA 4CJFA 1FXXA 3OYHA 3MAQA 3DLKA 4CHNA 2X6NA 1C6VA 4Q0BA 4E89A 4C8LA 4QCLA 1LW0A 2FBYA 3ALYA 1TK5A 4MFBA 1ZBIA 2HHSA 4HUFA 3KLEA 3NGYA 2YKMA 2B6AA 3LPTA 3L2QA 4BDZA 3RMAA 1S6PA 2FC0A 3HO1A 4IFVA 2FBXA 2YHAA 1RBRA 4M3ZA 4Y1CA 3KK2A 3ITHA 4FJ8A 1J53A 2HHWA 1RT1A 1U04A 2Y1IA 1GOAA 4M3XA 1Z26A 2OPSA 2XY6A 4EZ9A 2A1RA 4FLVA 4AHTA 1D9DA 2PY5A 2HNDA 5FRMA 1NJXA 1CXUA 1A5WA 2OZMA 3QINA 2G8VA 3DRSA 4OKJA 3V1OA 1U49A 4Z4FA 3THVA 1NKCA 1TK0A 3AO1A 4AHCA 1HMVA 3RMCA 3QLHA 4J2AA 1TVRA 2HHTA 1R0AA 2B4JA 3DMJA 4O5BA 1BCMA 4M3YA 4DFMA 2QKBA 5C25A 4KRFA 4AILC 1ASVA 4GMJB 3OYAA 1FK9A 4FCYA 3TARA 1XHZA 3MEEA 3LAMA 1JLGA 1B92A 1WSIA 4YFUA 4W5RA 4CJ5A 3AVMA 1QS4A 4FM2A 3VQBA 4FJLA 1EETA 3VQPA 4JRQA 4DTNA 1ITGA 4OKKA 1QTMA 2HHQA 4M3UA 4E7HA 2ZE2A 3SPYA 4I9LA 3AO3A 2RPIA 1BI4A 3TAGA 1C1BA 3HVTA 1VSIA 1NK0A 4Y1DA 1Q9XA 3NF7A 3MECA 1DLOA 1JLQA 2OA8A 1YT3A 4NCAA 2RKIA 3G10A 1HRHA 4LH4A 1Z25A 3HPHA 4CIGA 2FBTA 2DY4A 1K6YA 3HT3A 3OYNA 4DU1A 3HL8A 1NK5A 4FJ9A 1CXQA 3B6OA 3HXMA 1C0MA 5CZ1A 3OJUA 2JGUA 3OYBA 3V9UA 4DS5A 2WONA 4E1NA 4QAGA 3AVHA 4BWJA 1RTJA 2VWJA 3SQ2A 1GOCA 3H08A 4DTOA 2BE2A 3AVAA 4CFDA 3NH0A 1T8EA 4KB0A 4NYFA 4DSEA 4ID1A 4FJMA 4DF8A 3V9SA 1LWEA 1RT2A 4CJ3A 1IKWA 1QE1A 1WN7A 4J2EA 1RBSA 1XWLA 4CGGA 3L2WA 3CFPA 3VA0A 4E3SA 3AVIA 4CF0A 3NH2A 3QNOA 4FJIA 4E7IA 4NCBA 1X9SA 3TR8A 3QIOA 3ZT3A 3KJVA 3V9XA 2YNIA 4BACA 2YV0X 4KREA 5HRRA 2OYQA 1GOBA 4CFBA 1Q9YA 2DFFA 4FK2A 3ASMA 4RW6A 3ZSOA 3C95A 4CHZA 2D0CA 1JXBA 4CEFA 2A1SA 1TAQA 3OYDA 4UQGA 3S3OA 3S3NA 3V4IA 1TGOA 4ICLA 4CEQA 2D0BA 3OYCA 2G8UA 3RRHA 1EX4A 3P83D 4M3TA 4RW8A 4CJKA 1SKRA 4C8MA 1JXEA 3TAEA 2P51A 1JLBA 1EP4A 1WSGA 4K8XA 2IGIA 4BWMA 3OYJA 3LZJA 4FJJA 1C0TA 3L8BA 4C8NA 3ZSRA 4CE9A 4CJTA 3L3UA 4CJPA 4CHOA 3P5JA 3CYMA 1NK8A 1D8YA 1KSPA 1VSMA 1YTUA 4LSNA 5CZ2A 2E6LA 3WNHA 2ATQA 4O0JA 2Y1JA 4CGHA 2HHXA 3AVKA 1QQCA 3RR8A 3QEXA 4MQ3A 4N56A 3SCXA 4CJEA 3QESA 2E6MA 3AVFA 3V1RA 5J2QA 4EP5A 3DRRA 4B08A 3DI6A 3QEIA 2KW4A 3V6DA 2IAJA 1BL3A 5HP1A 3WNGA 4ELUA 1L3TA 3OJSA 4CJUA 2O4GA 1U48A 3VQ9A 1B9FA 4JLHA 4CGJA 3V81A 2HHUA 3HYFA 3SV4A 3DOLA 1I3AA 5I3UA 1HNVA 3TI0A 3PY8A 5C24A 4DSKA 3SZ2A 4FLXA 5DK5A 4W5OA 4DTSA 3K5OA 3O4NA 4DFJA 1VRTA 1WSFA 3NF8A 1TV6A 3OYFA 3PO5A 3TAQA 4CEOA 1TKZA 3ULDA 3RMBA 4FZYA 3MEDA 3KKSA 1N6QA 2D5RA 1RNHA 1NJWA 4BDYA 1CLQA 1BCOA 3AA4A 3MEGA 4FW1A 2P1JA 4OLAA 4O55A 2YKNA 4M45A 4CHYA 4C8OA 1SV5A 1RT4A 2X74A 5FROA 2ETJA 1I39A 1IO2A 3RTVA 3WNFA 3PO4A 2HHVA 4CERA 2KFNA 5K14A 3SQ1A 4O44A 5SWMA 1UAXA 1VK0A 2RF2A 2DFHA 3LPUA 3VQ8A 4HVJA 3JYTA 3NH1A 3TANA 1JL1A 4PUOA 2Z1JA 3HK2A 2AJQA 3M8SA 3PX6A 4FLTA 2KZMA 4EP4A 3QEVA 1RT7A 3E01A 3U3GA 3SQ0A 4E7KA 4CFAA 4CCHA 4BE0A 3DLGA 3VQEA 4GVMA 5CYQA 5HRPA 2BANA 3L2UA 4DFKA 1SL1A 3FFIA 1IH7A 3SUOA 1NOYA 2EHGA 4CEEA 1Y97A 3DM2A 4CEBA 1RCHA 2HNZA 4KI6A 3VN5A 1IKYA 2HNYA 3NGZA 3K5LA 4CIEA 4KTZA 3AVJA 4DLEA 4F8RA 2OPQA 1KVAA 1WSHA 3KIOA 5FDLA 3CFOA 3LP1A 4HUGA 4CECA 1G15A 2XY7A 3KLHA 1S9GA 1ASWA 1TAUA 1YVUA 1LWFA 3DOKA 3OYIA 1L3SA 1HQEA 3IAYA 3LAKA 3LP3A 1HYZA 4DF4A 1SL0A 4CJRA 3RMDA 3S3MA 1REVA 2G8IA 1S6QA 4RW7A 4AHUA 3HP6A 3HVRA 4I9QA 4FLYA 4CJQA 5J2MA 3ZSXA 5DMRA 3F9KA 3AVNA 3LP2A 1JKHA 5T7BA 1U45A 4DLGA 2IDOA 2DFEA 2XHBA 4Z4HA 3NE6A 1NKBA 2Q3SA 1D9FA 4FJ5A 1SL2A 3VA3A 1W0HA 4CF9A 4O0IA 4GW6A 3OYKA 4CJ4A 4CHQA 3AV9A 1RBVA 4M3RA 2VG7A 4FJNA 3QIPA 3PX0A 4KI4A 3M8RA 1T03A 4KTWA 1RT5A 3OS1A 1BIZA 1NK4A 1TK8A 3RWUA 1MU2A 3D45A 1TKTA 1SKWA 3BGRA 3HPGA 3LZIA 3AVCA 3V9WA 3C94A 3SUNA 1UOCA 4H4MA 3ZSZA 1X1PA 2X6SA 2FBVA 1TL3A 3ZT1A 4CFCA 5JS2A 1WLJA 5KRSA 4DQRA 2KQ2A 2NUBA 3AVGA 4CEZA 2ZQBA 4FJ7A 4Q5VA 3OVNA 1LW2A 3CG7A 4K8ZA 1F21A 1ZBFA 2ZD1A 2RN2A 1HYSA 3I0SA 3LALA 1X9MA 3OS0A 1DTTA 1W9HA 3C6TA 4DU4A 3IG1A 3NAEA 1QHTA 3VQDA 2G8HA 2F8TA 4ELVA 2R7YA 1JLAA 4E7LA 4F2RA 1RTIA 5CYMA 4LY7A 2Z1GA 1LV5A 3I0RA 3SI6A 3L2RA 4DQQA 4DSJA 5KGXA 4KKOA 2YHBA 1L3VA 3SV3A 2XY8A 2G8WA 4FZXC 4DTPA 4CJWA 1U47A 1KRPA 3NGIA 4IG3A 4ELTA 3VQQA 4HUEA 4M3WA 1EXQA 5CY4A 3O3FA 1NJYA 1S1XA 3O4QA 2B5JA 3IS9A 5EU7A 1NK6A 3K5MA 1KLMA 3EY1A 4DU3A 4AH9A 4BE2A 3LWLA 3M8QA 1XC9A 4CEAA 4N41A 4FYDA 4FJKA 2WOMA 4CGDA 4IKFA 1S1TA 3MXJA 3CQ8A 1CZ9A 1KCFA 1RTHA 1ZBLA 3ZSYA 1NK9A 4B9SA 1BQNA 1WSJA 3QNNA 3VQ7A 4KTQA 1BISA 3OY9A 4CJVA 2QKKA 4B9TA 4FLZA 3CM6A 4DSLA 1T7PA 1O1WA 3EZ5A 4Z4IA 4NCGA 2E4LA 1RILA 1VSEA 3AA3A 4CF1A 4M42A 3D0PA 3UIQA 3S9HA 3PV8A 5KGWA 3PUFA 2EX3A 1JL2A 3TABA 2Z1HA 4B9VA 4Z4GA 4E19A 3P1GA 3B6PA 3DLEA 1IG9A 1TKXA 3KD1E 4KFBA 4DMNA 3OS2A 4CF2A 3MXIA 2PYLA 4DSFA 1BI4B 3LP0A 1BIUA 4Z0UA 4FXDA 3TAMA 3VQ4A 3M8PA 3V1QA 2W42A 4CHPA 1VRUA 4O4GA 2BGGA 5J2PA 3VQ5A 4FJXA 5HLFA 4KHQA 2O4IA 4HCBA 3ZT0A 3SYZA 1A5XA 4FZZA 2OPPA 3HM9A 1KFDA 1VSFA 2QXFA 3HP9A 4I2PA 3T3FA 5I42A 2KFZA 2OPRA 1UWBA 3QO9A 3NBPA 4RG8A 4CEDA 3K5NA 4E0DA 4CGIA 2P5OA 1ZBUA 4N47A 1D5AA 1QSYA 3K59A 1ZBHA 1CZBA 1RDBA 1C1CA 4FW2A 3HSTB 2XY5A 1SUQA 1RBTA 4KO0A 5HBMA 4YNQA 4R5PA 1RDAA 4KHWA 2GBZA 2X78A 3AO5A 3T1AA 4QOZB 4FJHA 3RRGA 4DTXA 3NFAA 3O3GA 2QK9A 1HQUA 1BGXT 4DS4A 3NCIA 3TAFA 4DTRA 2LSNA 2JLEA 3RR7A 1JLCA 4EZ6A 4OKEA 1LAVA 1RT3A 4CIFA 4FM0A 2YNGA 4PWDA 3ZSWA 4DTJA 3U6FA 4KHYA 1L3UA 3V9ZA 4PA1A 1RTDA 4F3OA 4HCCA 1C0UA 4DG1A 5D3GA 1NKEA 3DLBA 4FLUA 2DTUA 4ZTJA 4FK4A 4OJRA 1B9DA 4B3OA 1TL1A 4J2DA 4N5SA 1HNIA 4FVMA 4W5QA 3HPOA 2HW3A 3ISNC 4B8AB 1SKSA 4E1MA 1TKDA 1HJRA 3AA2A 4BE1A 1S1UA 1U4BA 2IC3A 4DQPA 3IRXA 3ZSVA 3K58A 4B9UA 4ZHRA 5JS1A 3CFRA 1VSKA 3CM5A 4WE1A 4F2SA 3C6UA 4AHSA 3VQ6A 4HTUA 1YTAA 2D0AA 1DTQA 4CK1A 5FRNA 3SUQA 2YNFA 3SJJA 1S5JA 3LDSA 2HVHA 3WNEA 2VG5A 4KPYA 4OGEA 4DSIA 4F4KA 5KRTA 4AHVA 4C8KA 1A5VA 3AO2A 2PYJA 3NF6A 2BDPA 1KLNA 1WAFA 4DQIA 3G0ZA 3T19A 1T05A 5J2NA 3PX4A 3BDPA 4DTMA 1VSDA 3KK1A 2G8FA 1WAJA 4J2BA 2HB5A 1EKEA 1RBUA 2KTQA 1N5YA 2I5JA 3VQCA 4CF8A 1BQMA 4B9NA 1NOZA 2IS3A 3U3YA 4KB1A 2G8KA 1ZYQA 3AA5X 1XI1A 3NF9A 4DFPA 3AO4A 1KVBA 4I7FA 1JLFA 1IKVA 3SQ4A 4JS5A 1J54A 1FKPA 4LD0A 4OLBA 3I8DA 1L5UA 4RW4A 3ZT2A 1HYVA 3QEPA 4H8KA 2VG6A 4LSLA 4HHTA 1S1WA 4G1QA 4RW9A 1NJZA 5KTQA 1ASUA 4L8RB 3AVLA 4IDKA 4CK2A 3KD5E 4AHRA 3O3HA 3QETA 4TSXA 1UA1A 4DWIA 4W5NA 3A2FA 4N76A 1FKOA 1KVCA 1S9EA 4H4OA 3QEWA 1X9WA 5SZTA 3KLIA 3DRPA 5HROA 3DLHA 2P5GA 3OYLA 4KV8A 1BHLA 3ZCMA 1WSEA 3TAPA 2XRIA 4B9MA 4KHUA 4NYNA 3ZT4A 1Q8IA 2GUIA 4Z4CA 5E41A 2KZZA 4PQUA 3L2VA 1VSLA 3TWHA 4I2QA 1WNSA 4DQSA 4IBNA 4CK3A 2Z1IA 3VQAA 4KAZA 1LAWA 4CGFA 4OVLA 5KI6A 4ZTFA 1QSLA 3HJFA 2HVIA 1LWCA 4LH5A 1UA0A 4IFYA 4KHSA 1QSSA 4CJLA 3SPZA 1J5OA 3ZSQA 3DLRA 3KTQA 1JLEA 5J1EA 4B9LA 3K57A 5HRSA 3QERA 4OGCA 5HRNA 4JRPA 1KFSA 4CESA 3EYZA 4JS4A 1J9AA 2XO7A 1RT6A 3K2PA 4KHNA 3LANA 4W5TA 4F3TA 3AVBA 1S1VA 3JSMA 4PY5A 3SNNA 4FM1A 4Z4EA 1RDCA 3SUPA 4IG0A 3L3VA 3OYEA 4FK0A 2GV9A 1KTQA 4B8CA 1HPZA 4XIUA 1RDDA 2VWKA 3OYMA 2HMIA 4CJSA 1VSHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OO1J 1IKXA 2PZSA 3KLGA 1C1AA 5EOYA 5C0YA 4FPBA 2IOCA 3F73A 4E7JA 2P9UB 3CD6N 3D2EA 3A8YA 3LWMA 3FZLA 1C0FA 5BREA 2OTJN 2OTLN 1VSJA 3MAQA 2Q1NA 3DLKA 3CCQN 4JI6K 4C8LA 3E1YA 3KLEA 3IKMA 1S6PA 1Q82O 4JAXA 1RT1A 2OANA 2Y1IA 1D9DA 3MMVA 3UO2A 4IJAA 2GELA 3V7DB 4OKJA 1U49A 4Z4FA 3AO1A 4AHCA 1HMVA 3QLHA 1TVRA 2HHTA 4O5BA 4JKBA 4DFMA 5EVZA 1T6DA 2YJEA 4W5RA 2QWNA 3AVMA 4MLEA 4JRQA 2NLXA 3EO3A 3SPYA 3AO3A 2RPIA 3J81O 5AQYA 2P9IA 4OPHA 4FWLA 3R9PA 1HRHA 3J7YP 1YF5L 1MWMA 2A5XA 2ZGYA 1NK5A 3HXMA 3QMLA 4RTFD 3E4WA 4DS5A 3V9UA 4E1NA 2P9PA 4KBOA 4QAGA 3AVHA 3SQ2A 3H08A 2JHAA 4CFDA 1XMHE 3HOSA 2PAVA 1IKWA 1Z05A 1VQ6N 2UXCK 1RBSA 3O9QA 4CGGA 4JHDA 2FXUA 1TYQB 2OVRB 4E3SA 4CF0A 3NH2A 2UXBK 3KJVA 3V9XA 4KREA 5HRRA 3ASMA 4CHZA 3CCLN 2AP1A 4UQGA 4OX9K 2D0BA 3ENHA 3LL3A 4MO5A 4M3TA 1SKRA 4LF8K 3IUCA 3E9LA 3CQXA 4CJPA 3THWB 3L8BA 4C8NA 3ZSRA 1YTUA 3WNHA 3I33A 4IDHA 4YY3K 2Y1JA 4DV7K 4CJEA 5C12A 4CZEA 5LJWA 2VCPA 3AVFA 5J2QA 3DRRA 3H1VX 2FF3B 4U67L 1BL3A 2Q97A 3SJHA 1L3TA 3VQ9A 3WUHA 2ASPA 5C2DA 3HSCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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