4M3XA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3xA03
3I0SA 3L2WA 2RPIA 3KD5E 4DSKA 3THVA 1X9WA 3TARA 1LWEA 1TV6A 3FFIA 3LP3A 3C6UA 4I9LA 1QSLA 3LAKA 1B9FA 1NOZA 3DM2A 3KTQA 1TKZA 3SV4A 1HQUA 4BDYA 3QO9A 2O4IA 3PV8A 2VG5A 3CM6A 2KQ2A 2OZSA 3OYEA 2Y1JA 4PY5A 4W5NA 1RILA 3VQAA 2HNYA 4DS5A 3TR8A 4DFPA 5HP1A 2VWKA 1SV5A 1VSJA 3NF9A 4CJPA 2A1RA 1NJWA 5FDLA 2Z1JA 3L8BA 4OJRA 3SCXA 2ETJA 4AHSA 4JLHA 1LAVA 3AVJA 4DTMA 1ZYQA 3V1QA 4OPKA 3OY9A 4DU1A 3AVGA 1U4BA 4ELUA 4BWJA 4IFVA 1D9FA 4N76A 4GW6A 1JKHA 3OYFA 2XY5A 1JLFA 4F3OA 3OYLA 3WNEA 2ZE2A 4FJ9A 2X74A 4B9LA 1C0TA 2OYQA 1VSDA 5J1EA 3I0RA 2FBXA 4QOZB 1FKPA 3V9ZA 1RT4A 4IKFA 3TI0A 4PUOA 2GBZA 4W5OA 4H4OA 4FJXA 4DTUA 4M3UA 4RG8A 5CZ2A 1IO2A 2IOCA 4AHVA 1Q8IA 2LSNA 1T7PA 4ZHRA 3S3OA 4CFCA 3KD1E 3IG1A 4FJHA 4TSXA 2P5GA 4CHOA 2HMIA 3OYGA 2XY6A 1BCOA 3NGZA 2G8IA 4DSEA 1C6VA 3L3UA 3LPTA 1L3UA 3ZT0A 1BHLA 4FCYA 4FJKA 1JLEA 3MXIA 3VQ6A 1B9DA 4F8RA 3RR8A 3PX6A 4ICLA 3CQ8A 1SL0A 4M45A 3V9XA 4J2AA 1S1XA 3ITHA 3O3GA 4WE1A 4N5SA 1BQNA 1U48A 2YNGA 4DF8A 1J9AA 2EHGA 5C42A 1X1PA 4DQQA 3TAQA 4CK1A 2BGGA 4CGIA 4E7IA 4FYDA 3LWLA 2JLEA 1QE1A 3AVHA 2DTUA 4Q0BA 1U04A 4I2PA 2Z1IA 1RTHA 1GOBA 3VQQA 4J2EA 1NJYA 2OPRA 3LP0A 4CJUA 5KI6A 4N56A 4KI4A 1HYZA 3DYAA 4CGHA 1C1AA 3HPOA 5EU7A 4CHNA 4N41A 2FBVA 3E01A 3SQ0A 1G15A 4CFDA 4B9TA 4I2QA 1XWLA 3ZSXA 4CF9A 4KHYA 2D0BA 3AVBA 1S1UA 4M42A 2FBTA 3VQDA 4CEZA 4BE0A 2WOMA 3DLBA 1L3TA 2KTQA 1QQCA 2VG6A 4E7LA 4B3OA 1VSHA 3PX0A 1WAFA 4NCGA 2HHUA 4OLBA 2HNZA 1RT2A 1WSJA 1JLAA 3SUQA 1UA0A 3AO5A 2G8WA 4C8KA 4Z4FA 3NFAA 3HO1A 1TK8A 1W0HA 4IDKA 4DMNA 1EKEA 4PQUA 4EZ6A 3I8DA 3NDKA 1KCFA 5KGXA 2B5JA 1SKWA 3K5NA 1RDBA 4DSJA 2VWJA 3VQ7A 4GVMA 4M3TA 5CYQA 4CE9A 4E7HA 4DS4A 4CK3A 4XIUA 2GUIA 4CIGA 1KSPA 4AHRA 4CF1A 5KTQA 5CZ1A 3UIQA 4CGGA 1EXQA 2IC3A 1BISA 5CY4A 4W5QA 4BE1A 3T1AA 1NKBA 3QNNA 2HNDA 4EP5A 1NJXA 3NH2A 2IDOA 1T05A 4IG0A 1MU2A 4O44A 3OS1A 2DY4A 4M3ZA 2X78A 3D45A 4CJTA 5C25A 5HBMA 4DFJA 1ASWA 2NUBA 4FW1A 4KTWA 3KLIA 3QEXA 4R5PA 3SV3A 4KPYA 4AHCA 4FLUA 3S9HA 4CK2A 4ELVA 4M3XA 4KHQA 4CJQA 4I9QA 5HRPA 3NBPA 3OS0A 4DTNA 4DTXA 3MEEA 2RKIA 1C0UA 4O55A 3ZCMA 4CEOA 4HTUA 4DQPA 4F2RA 4FM1A 1JLQA 3L3VA 2OPSA 1ZBHA 2HHSA 4DTSA 3TAPA 1D8YA 3VQ8A 4CJFA 1REVA 1RT7A 2G8KA 1QS4A 4RW6A 3RRHA 3G0ZA 1JLBA 1NKEA 5KRTA 4EZ9A 4HVJA 1WLJA 4Z4HA 3MXJA 5KGWA 3D0PA 1I3AA 3RRGA 4FK0A 3SQ2A 4ID5A 1CXQA 1BQMA 3RMDA 3O4QA 4RW9A 1NJZA 4F2SA 4LSNA 4PA1A 3IS9A 2PZSA 4FZYA 3NF7A 4JRPA 2A1SA 2P51A 2YV0X 4BWMA 2HHVA 3QEWA 2BDPA 4O0JA 3CG7A 1XC9A 3ZSRA 1QTMA 3C6TA 3NAEA 1Y97A 3NGYA 4CF0A 3V9UA 4AILC 5KRSA 1S1VA 4KTZA 4YNQA 4DSIA 4NCAA 3OYAA 2W42A 1ITGA 3VQ4A 3EY1A 1RT5A 3TANA 4FZXC 3RWUA 4CIFA 4BACA 4CEAA 3SUPA 2YNFA 4LH5A 4QCLA 5C24A 1RDDA 3JYTA 4OGEA 2HHQA 1J53A 1KFDA 3KK3A 4O0IA 4HUFA 2PYJA 3KIOA 3TAFA 1EX4A 2EX3A 4K8XA 2XY8A 1IG9A 1RDAA 3LAMA 3OS2A 3KK1A 4E7KA 4MFBA 4Y1DA 4ZTJA 1ZBLA 3DLEA 4CF8A 4J2DA 2IS3A 1BIZA 4CEFA 4FK4A 3ZSZA 3KKRA 1J5OA 3PY8A 3AO3A 1RBTA 3LPUA 4OKJA 4CGJA 1UWBA 3DMJA 1TAQA 4B9SA 1N5YA 2QXFA 1RCHA 2YNHA 3ZT2A 3TAGA 4E7JA 3AO4A 1SL1A 3A2FA 2ITGA 3PUFA 4BDPA 4KB0A 2XY7A 1NKCA 2HHWA 1U45A 4IG3A 2F8SA 2E6MA 3NH0A 4NYFA 4F3TA 4FLVA 4I7FA 2KFNA 3AVNA 2Z1HA 1BGXT 2Y1IA 1S5JA 4DU3A 2KZMA 1L3SA 3QEPA 4FJIA 1KLMA 3P83D 3NCIA 1QHTA 5I3UA 4CJSA 3HL8A 4FM0A 5SWMA 4DLGA 4CCHA 4FJ5A 1JLCA 1NK0A 1NOYA 4CJEA 3SPYA 3DI6A 3EZ5A 1XHZA 3CYMA 1LW2A 3HVTA 1A5WA 2D0AA 1K6YA 1KLNA 4C8OA 1JLGA 5DMRA 4B8CA 3CFPA 1JXEA 4F4KA 4CHPA 4B8AB 4G1QA 4FJGA 1RT3A 2DFFA 4CIEA 3HP6A 4FJLA 3F73A 3RR7A 4DQIA 3TAMA 3M8RA 4MQ3A 1LAWA 1WSHA 3DLKA 4ZTFA 3QIOA 3IRXA 1CLQA 3K57A 3HK2A 3TAEA 4UQGA 3KJVA 1KVAA 2X6NA 4B9NA 1UOCA 3ALYA 3U3GA 4CEBA 3SNNA 4BDZA 1JL2A 1NK9A 1KFSA 1KRPA 3VQCA 3K59A 3MEDA 4AHUA 2PY5A 1T8EA 4KTQA 4KREA 4CECA 2ZD1A 3K2PA 3QLHA 5I42A 5E41A 1W9HA 2DFHA 4B08A 5J2MA 1J54A 1A5XA 4CEEA 4B9UA 1TKTA 3VQBA 3RTVA 3U6FA 2B6AA 4CFAA 1RBSA 1GOAA 2ATQA 2KZZA 3HPHA 4HUEA 2XO7A 2E6LA 4RW4A 4K8ZA 1A5VA 4DG1A 3ULDA 4DU4A 1C0MA 4W5RA 2AJQA 2RN2A 1CZBA 4DTRA 2PYLA 4ID1A 1HNIA 4C8NA 3O3HA 4L8RB 3H08A 2XHBA 1VRUA 2FC0A 4CHYA 1VRTA 3CM5A 3CFOA 3SUNA 3LANA 2YHAA 3NF6A 4Z4EA 3MAQA 2GV9A 3MXMA 3WNFA 1N6QA 3DOLA 4OGCA 3VQ9A 3K58A 1TGOA 3T19A 1GOCA 3CFRA 3T3FA 1LV5A 3KLFA 4M3YA 1X9MA 1WN7A 3LZIA 3M8PA 5J2PA 3ZT4A 4KHNA 4KHWA 4O5BA 4CJLA 1CXUA 4E89A 1NK4A 2FBYA 4Z4GA 5T7BA 3K5OA 3OYHA 2IAJA 2VG7A 4LY7A 4Y1CA 3ZSVA 4CJ3A 4E1MA 4KB1A 1RT1A 1JXBA 2HW3A 3SYZA 1VSFA 3ASMA 2D5RA 5FRNA 3QEIA 1HNVA 3LDSA 1ZBUA 3QINA 4QAGA 3AVMA 5SZTA 1BIUA 1VSEA 1UAXA 4KV8A 3V1OA 4FJ8A 3L2VA 4KFBA 3IAYA 4FJ7A 1U47A 3VN5A 2B4JA 1T03A 4HCBA 1D5AA 4DSFA 4RW7A 3SPZA 3HPGA 1FK9A 1QSSA 1DLOA 1HMVA 4M3RA 1X9SA 2YNIA 1Z25A 5HRNA 4KHUA 4H4MA 1I39A 1YVUA 3ZSYA 2OPPA 4CGFA 3F9KA 1TL3A 3AVAA 5CYMA 4CESA 1SKRA 2DFEA 4CJVA 1ZBFA 3M8QA 3SJJA 1KVBA 4CHQA 4BE2A 2WONA 3DOKA 1IKWA 4FVMA 4OPJA 3VQEA 4LD0A 3NF8A 3QIPA 3KLEA 3V9SA 2G8FA 4FLXA 1XI1A 1EETA 4OLAA 3WNGA 2I5JA 1TVRA 3S3MA 1IKYA 1FXXA 1KTQA 1VSLA 2RF2A 1S9EA 3HYFA 4DLEA 2G8UA 3DLHA 1WSGA 3G10A 3VQPA 3S3NA 1L5UA 2QKKA 4M3WA 1NK6A 4DF4A 3C94A 1TAUA 3HSTB 1BI4B 2F96A 5J2NA 4DQSA 3B6PA 3HM9A 2QKBA 1XHXA 4CHZA 3L2UA 4Z4IA 3KLHA 3AVLA 1ASUA 2KW4A 4DTJA 3SI6A 3HJFA 4FK2A 4DTOA 3K5MA 1LWFA 2OPQA 1IH7A 3ISNC 2JGUA 4H8KA 1RBRA 3ZSWA 3V81A 4PWDA 4CJRA 3LZJA 4FLZA 3C95A 3DRRA 1LW0A 4KKOA 3OYCA 1RTIA 4DWIA 4N47A 4JS5A 4CGDA 4CEDA 3LALA 3KKSA 3ZSQA 3OVNA 1WNSA 4YFUA 1NK7A 1EP4A 3O4NA 5J2QA 1S6QA 4B9VA 4CEQA 4CJKA 2HHTA 1HYVA 1DTQA 2O4GA 4OKKA 5JS2A 4DFKA 2OZMA 2KFZA 3KK2A 1SL2A 1HQEA 1VSKA 3AO1A 4KO0A 4Z0UA 1HRHA 2P1JA 3ZT3A 4EP4A 1HPZA 4LH4A 1VSIA 3EYZA 5HRRA 1TKDA 1RTDA 1S1TA 1VK0A 1JL1A 1D9DA 3AA2A 3VQ5A 3O3FA 1BCMA 3NGIA 3PO4A 3QEVA 1ZBIA 3OYNA 4JRQA 4NCBA 4GMJB 3WNHA 1L3VA 4FXDA 3SZ2A 2D0CA 3MECA 4HCCA 3OYIA 1HYSA 3V1RA 3JSMA 1QSYA 3QNOA 1S9GA 2ZQBA 1BI4A 1RBUA 4FZZA 3AA3A 2HVIA 3AVCA 3DRPA 1TK5A 3OYDA 2HVHA 4CFBA 2P5OA 3B6OA 5HLFA 1FKOA 3P5JA 4KAZA 2R7YA 1WSFA 4AH9A 1Q9XA 3HXMA 1LWCA 1WSIA 4E1NA 2XRIA 4OKEA 3OJSA 3AV9A 3QESA 3AO2A 3KLGA 3SQ4A 3DLRA 2Z1GA 3AA4A 4IBNA 3RMCA 1U49A 1O1WA 4DFMA 1B92A 5HRSA 4FJMA 3AVFA 4O4GA 3MEGA 3NE6A 3SQ1A 2Q3SA 4AHTA 1SKSA 4FLWA 1Z26A 2YKNA 4M41A 3VA3A 1YTAA 4CJWA 3QETA 1RDCA 1YTUA 3OYBA 4DTPA 2X6SA 3OYMA 3P1GA 4RW8A 3ZT1A 3PX4A 3U3YA 4E0DA 1NK5A 4FLYA 4W5TA 2E4LA 3AVIA 3NH1A 4CJ4A 1TL1A 1TKXA 1S1WA 4C8MA 3ZSOA 4FW2A 1RNHA 4FM2A 3SUOA 4LSLA 4FJJA 2BANA 3OJUA 5JS1A 2YHBA 3K5LA 4HUGA 1KVCA 1S6PA 4DQRA 3V9WA 3AA5X 2F8TA 3V4IA 3L2RA 3V6DA 4NYNA 2OA8A 4IFYA 4C8LA 2IGIA 3AVKA 1RT6A 4CF2A 5D3GA 4Z4CA 3HP9A 4JS4A 2HB5A 3HVRA 5FRMA 2YKMA 1DTTA 3RMBA 1C1CA 5FROA 5HROA 3DLGA 1CZ9A 4FLTA 3OYJA 1IKVA 3LWMA 1ASVA 3HT3A 4J2BA 1F21A 1HJRA 1WSEA 3LP2A 1TK0A 3BDPA 4E3SA 4OVLA 3PO5A 4FJNA 4CERA 4KI6A 4ELTA 1SUQA 4KRFA 4HHTA 2HHXA 3L2QA 4Q5VA 1C1BA 1UA1A 3TWHA 4KHSA 3TABA 1YT3A 1R0AA 3BGRA 1RTJA 2BE2A 4E19A 3M8SA 4DSLA 3NHGA 1WAJA 2QK9A 4B9MA 2G8VA 1IKXA 3DRSA 3QERA 3OYKA 3LP1A 5DK5A 3RMAA 1Q9YA 1NK8A 5K14A 2G8HA 1RBVA 1VSMA 3VA0A 4CJ5A 1BL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2F9TA 4HTUA 4DQPA 1JLQA 4IJAA 2OPSA 1XMQK 1D8YA 3VQ8A 4CJFA 2O8DA 4B3TK 4EZ9A 4HVJA 5KGWA 1I3AA 1XUPO 3R3LA 1GLJO 4RW9A 4LSNA 1HUXA 5GAGP 4FZYA 4JRPA 2A1SA 4BWMA 4CJ7A 2JH8A 4E4BA 3CG7A 1XC9A 2HF4A 3ZSRA 5KQDA 4DR4K 1ATSA 3C6TA 1Y97A 3VEOA 3C7NA 5KRSA 4KTZA 2PFUA 2Q0UA 3OYAA 2W42A 2VIXA 1VQPN 2PAVA 4CIFA 3SUPA 1GLBG 2YNFA 1E3MA 4QCLA 1RDDA 3FFKB 4OGEA 2HHQA 3R8EA 2PYJA 4NLBA 1EX4A 2QWRA 1RDAA 4MFBA 4Y1DA 3CERA 4I6MB 2UUBK 4BRDA 3HOSA 4FK4A 3ZSZA 3KKRA 3PY8A 3LPUA 3DMJA 5LJWA 3WEEA 3TAGA 3CJ1A 4E7JA 1SL1A 3ZEUB 2XY7A 2HHWA 1U45A 3NH0A 1VQ9N 2P9PB 2KFNA 3U9DA 3J81O 2JQTA 3MDQA 2JHCA 4JKGB 3HZ6A 4FPAA 4FJIA 4A61A 5DM6L 3NCIA 4DV2K 5I3UA 4CJSA 3HL8A 4FM0A 4FWLA 1NOYA 2NRXA 1LW2A 2E2OA 1A5WA 3HVTA 1K6YA 4BRLA 4AKHA 1JLGA 5DMRA 4B8CA 1JXEA 4BR9A 5IWAK 1RT3A 4CIEA 2PBDA 3P39A 3TAMA 4ZTFA 4MQ3A 1VQ5N 3TAEA 3KJVA 2KHOA 3KWGA 5HOOA 3O1BA 4BDZA 3SNNA 1MDUB 2D4WA 3F2KA 1NK9A 5F0XA 2P9IA 2PY5A 1T8EA 2CGJA 4CECA 2ZD1A 5E41A 3N1BA 3D2FB 1A5XA 3H1QA 4B9UA 1NGJA 3RTVA 3U6FA 1M1KO 1GOAA 4WQ4C 3HPHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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