4M3YA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3yA03
5DMRA 2OPQA 3VQ4A 3ITHA 4N56A 4FJ7A 4CJRA 3O4QA 1G15A 2HMIA 1B9DA 1SUQA 4Q5VA 4BE1A 1IH7A 4CGIA 2G8WA 4KPYA 3SUPA 3NCIA 3G0ZA 3L2UA 4KI6A 1LWFA 1NJZA 5I3UA 3T3FA 5HRNA 1VSJA 4FJ5A 2D0CA 1VSHA 3P1GA 4CECA 3RR7A 4ZTJA 4Q0BA 4FK4A 4WE1A 4O55A 3S3MA 1WSFA 4CEQA 4CCHA 2KFZA 3SPYA 3OYCA 1N5YA 5KTQA 5J1EA 4E7LA 4CF1A 4ZTFA 4CK2A 2G8FA 4AHRA 1Q8IA 4B8AB 3K5OA 1VSFA 4M41A 1TL1A 3KJVA 4DS4A 3MXMA 3KTQA 3QIPA 3NH1A 4N41A 3KLFA 3OYLA 3SQ1A 5KGWA 2D0BA 4KRFA 3WNHA 4QAGA 2HHSA 1DLOA 2KTQA 1T03A 5SWMA 3AA2A 3ZSOA 1C1CA 2AJQA 3AV9A 3SQ4A 3AVFA 4O44A 4RW8A 3EZ5A 2XY6A 3VQAA 4CEBA 4CF9A 4Z4HA 4I9LA 3OYHA 1I39A 3ZSZA 3PX4A 2A1RA 3VQ8A 2BANA 1TK0A 3OY9A 4FZYA 1TKZA 4DTMA 4KHNA 3TI0A 5KRTA 2G8IA 1JLCA 3HJFA 1LAVA 2OZMA 4B3OA 3P83D 3HP9A 1HNVA 1SKSA 3LAKA 2OPRA 3OS0A 2GBZA 1B92A 3ZT2A 3NDKA 1VSKA 4DG1A 4OPKA 3HYFA 4DSIA 4RW6A 4O0IA 4DFPA 1HRHA 2RPIA 4CEDA 1WSHA 3TAPA 3QINA 3NHGA 1VK0A 3DLHA 5CYMA 4DSJA 1RTDA 3LAMA 3RRGA 1EETA 2IAJA 3TAMA 4DFJA 3QLHA 2Y1JA 2E6LA 1BI4A 3M8RA 1NK7A 3THVA 4GVMA 3EY1A 1RNHA 2YNIA 3VQEA 4CHYA 1QTMA 4FK2A 2YV0X 4KTZA 4W5NA 2PZSA 3NF6A 3OYAA 3VQ5A 4DS5A 3O3FA 3C6TA 3PY8A 3DLEA 4Z0UA 4O5BA 2XHBA 4B9NA 4CF2A 5HRRA 1U49A 1A5XA 5C25A 4DQQA 5D3GA 2DY4A 3AO1A 2Z1JA 4KKOA 2YNFA 3V9ZA 1EKEA 4AILC 1WSEA 3OYFA 4OKEA 1YT3A 3VQ7A 1FK9A 2I5JA 4FLVA 5EU7A 3V4IA 3OYMA 3HO1A 1XC9A 3ASMA 4RG8A 4FLWA 3LWMA 4Z4IA 3OYIA 3NF9A 4CESA 3TARA 1RTJA 3TAFA 2DFHA 3SQ0A 3IAYA 1BIUA 1RT6A 3NAEA 4FJHA 3C6UA 5JS2A 3K5NA 3K59A 1O1WA 2VG7A 5HP1A 3V1QA 1ZBFA 3RTVA 4YFUA 3FFIA 1C1AA 4KTQA 4CJSA 3G10A 1VSMA 3AO2A 1C6VA 4E7KA 3AO3A 1HJRA 4MQ3A 3KLGA 1YTUA 3K5MA 4O4GA 3HM9A 1TV6A 3HPGA 4AHVA 2OYQA 3CG7A 3L2RA 1NK6A 4ELTA 3U6FA 1TK5A 4I2QA 3LALA 4FYDA 3KD1E 3KK3A 3S9HA 4BE2A 2P5OA 4M3XA 1DTTA 2EX3A 2R7YA 3SNNA 1T05A 2YNGA 1JLBA 2HHUA 1DTQA 3DLRA 4DTPA 3K58A 3C94A 2OZSA 5J2PA 3TWHA 2KQ2A 5HRSA 1BL3A 2IS3A 4BWMA 4CJUA 1ZYQA 4F2RA 4M45A 4KHYA 1X1PA 2PYLA 2IDOA 4DSLA 3VN5A 3QNOA 4FLXA 3LP0A 2RF2A 4IFVA 4B08A 4DTRA 3DOKA 1L5UA 4OJRA 3ZSVA 4IDKA 4NCGA 3VQBA 4DWIA 4B9SA 4C8NA 4M42A 3AVLA 4Z4CA 3RMDA 1RILA 3ISNC 3MAQA 1ASVA 5CZ1A 3RRHA 2A1SA 5JS1A 3DMJA 4I2PA 1RBRA 3KLIA 3ZSWA 1J9AA 3B6PA 3JYTA 2F8SA 4B9UA 3OYJA 1D9DA 4KV8A 1BCMA 5E41A 3PX6A 3CQ8A 4FK0A 1TKXA 3NH2A 1HMVA 2FC0A 1RDAA 4FJIA 4M3TA 3MXIA 1RTHA 2ZD1A 2F8TA 1WAFA 3LP1A 4HTUA 1CZBA 4DFKA 2ATQA 4FM0A 3PX0A 4CF0A 3AVMA 4NYNA 1BI4B 3LANA 4OPJA 4DFMA 1EP4A 1FXXA 1U4BA 1NKEA 3BDPA 1BQMA 3DI6A 4CFBA 1QSSA 2Z1HA 1LW2A 4HCBA 2OPPA 4CK1A 2FBYA 1HYVA 4HUGA 3PO5A 2ITGA 4CJ3A 1HQUA 3QEWA 3T1AA 3OYGA 4F3TA 1RDDA 4FLUA 4KHQA 3IRXA 3SQ2A 2F96A 4CEAA 4DTUA 1RBVA 4CHZA 2LSNA 3LP3A 3NF8A 2YKMA 1ASUA 1NJXA 2FBVA 4DTOA 4E7IA 1NKCA 4LSNA 3LZIA 4CJWA 3NH0A 4C8OA 1ZBHA 2Y1IA 3AVCA 4KI4A 3CFRA 1KRPA 4M3YA 1NK4A 2HW3A 3M8QA 1WNSA 4FJKA 1KFDA 3O3GA 3D45A 3U3GA 3NGZA 1Z25A 4F2SA 1T8EA 1RBSA 2NUBA 4JRPA 1YTAA 2B4JA 1NK9A 1X9WA 4ICLA 4CIEA 3ZT1A 5FRNA 4M3UA 3OJUA 1UOCA 4DF4A 2PYJA 1HQEA 2BGGA 1L3VA 3SUQA 4W5RA 3RMCA 2E6MA 1JLQA 3SI6A 4JS4A 1S1WA 5HLFA 1NOYA 2YHBA 3VA3A 4AHTA 3ZSXA 3DOLA 4JS5A 4FJMA 2X74A 3S3NA 2Z1IA 1TL3A 2OPSA 4M3ZA 3QEVA 1I3AA 2HNYA 3CM5A 4CIGA 2P51A 1KFSA 3A2FA 1CXQA 1VRUA 1QHTA 4JLHA 2OA8A 2JLEA 4CEFA 1NK5A 1IKVA 2D5RA 2O4GA 4FJ8A 2P1JA 1LW0A 4CGJA 4DSKA 4C8KA 3WNFA 3TABA 5SZTA 3ZT3A 4AHUA 1ASWA 1IG9A 1Y97A 4GMJB 3OYKA 1KLMA 1D5AA 4Z4FA 3B6OA 4E89A 2B5JA 1VRTA 1JLGA 2XRIA 3SJJA 1GOBA 4BWJA 4R5PA 3MXJA 3K5LA 1HYSA 1W9HA 4LY7A 4CHNA 4N47A 4MFBA 4DMNA 1WLJA 3OS1A 3SV4A 1C0MA 4F8RA 1TKTA 1JL2A 4B9LA 3NGYA 2IOCA 4FLTA 4LD0A 2KFNA 4DU3A 2KZZA 1Q9YA 1K6YA 4Y1CA 5CYQA 3QNNA 5KI6A 4CGDA 4EP4A 4H4MA 3SYZA 3DRRA 4CFCA 4CIFA 3V9UA 4Z4GA 1SKRA 2KZMA 4KREA 2HVIA 5C24A 4B9TA 4IKFA 4LH4A 2YKNA 4DQRA 3HVTA 1RT4A 2Z1GA 3HVRA 3OVNA 4CJKA 1BIZA 1FKPA 1VSDA 1CXUA 4ID1A 3VQ6A 4G1QA 4CE9A 1SL1A 1Z26A 4OLAA 4PWDA 1TAUA 4DTSA 3QERA 3AVAA 3MEGA 4DSEA 3HSTB 3F9KA 4FJGA 5I42A 4JRQA 1NJYA 4AH9A 3QEXA 4BDZA 4DQPA 4W5QA 4CERA 3D0PA 1SKWA 4RW7A 4E1NA 2D0AA 3DRSA 4IBNA 3DLGA 5CY4A 3SV3A 1REVA 1C1BA 2QXFA 4H4OA 1WAJA 3CFOA 2HNDA 4FVMA 3V1RA 3DLBA 4J2EA 1W0HA 4DLEA 2DFFA 3O4NA 1S5JA 3KLEA 3L3VA 1U45A 4E19A 1J53A 3IS9A 1UAXA 2RN2A 2DFEA 4CJTA 3LZJA 4H8KA 4L8RB 4CFDA 1MU2A 3I0SA 4FLZA 1KCFA 2HHXA 3AVJA 1QE1A 3DM2A 1FKOA 2E4LA 2JGUA 1HNIA 4J2AA 4KFBA 3NFAA 3LP2A 1S6PA 4M3RA 4CGFA 2VWJA 4KTWA 4NCAA 4CEEA 1S1VA 4K8ZA 4W5OA 4NYFA 3C95A 1JLEA 4B9VA 2DTUA 2FBTA 1JL1A 4AHCA 1JXBA 1ITGA 3ZSRA 4HVJA 3NF7A 1RT3A 4HUEA 4DTNA 1WSIA 4N5SA 4CJEA 3I8DA 3HPHA 4E1MA 2ZQBA 2BE2A 4K8XA 5CZ2A 1QSLA 4EZ6A 4PUOA 5J2NA 1WN7A 4KHUA 1S6QA 3TR8A 2W42A 2X6SA 4CK3A 4CJLA 3NGIA 1ZBUA 1TK8A 4FZZA 4F4KA 3QIOA 3L2VA 4AHSA 3RMBA 5HBMA 4I9QA 3KK1A 3OYEA 3AVHA 1U47A 3AVBA 1CZ9A 3L3UA 3AO5A 1VSIA 4CJVA 4FLYA 4CEZA 1EX4A 3HXMA 3QEPA 4FJJA 4B9MA 2XO7A 2VG5A 4CJFA 1SV5A 2PY5A 4BDYA 3VQQA 4Y1DA 2HHWA 1XHZA 1XWLA 1YVUA 1J5OA 2B6AA 3V1OA 4UQGA 3ULDA 3AA5X 1CLQA 1SL0A 1RDBA 3CM6A 1N6QA 4CJQA 3OS2A 1D8YA 4FZXC 3VQPA 4Z4EA 1LWEA 1NK0A 1VSLA 1SL2A 5HROA 3IG1A 1L3TA 4J2DA 3CFPA 4IFYA 3JSMA 3K2PA 3AO4A 1S9GA 2HNZA 3MEEA 3TAEA 1KVAA 3OJSA 1UA1A 3F73A 1J54A 2G8UA 3BGRA 4BDPA 5FROA 4B8CA 1KSPA 3VQCA 4ID5A 3NE6A 1C0UA 3LPTA 4CEOA 4LH5A 1TVRA 5HRPA 1R0AA 2BDPA 3TANA 1S1UA 2GUIA 4RW4A 5T7BA 2WONA 3UIQA 4OGCA 4KHSA 1U04A 3SUOA 3P5JA 3KKSA 2WOMA 4PA1A 4PY5A 2IGIA 3TAGA 3LPUA 3AA3A 4DQSA 4OKJA 3ZCMA 3SZ2A 1F21A 4W5TA 3U3YA 1KLNA 1VSEA 1C0TA 2FBXA 1EXQA 3AVNA 2EHGA 2G8VA 3PUFA 3KKRA 5KGXA 1QQCA 4F3OA 1X9MA 2QK9A 4C8MA 1U48A 3H08A 3KLHA 3SPZA 4KB0A 1Q9XA 3MECA 2G8KA 3AVGA 2X6NA 4DLGA 3V9XA 4E7HA 3SCXA 1GOAA 3OYDA 1RDCA 3DYAA 1RT1A 4FM1A 4XIUA 1A5VA 4TSXA 3HP6A 4EZ9A 1RCHA 4HUFA 1UWBA 1NJWA 1KVCA 4KHWA 1BISA 3MEDA 3QESA 1QSYA 4IG0A 1RTIA 2HB5A 2YHAA 4M3WA 4OVLA 3ZT4A 5C42A 3M8SA 2HHVA 1BGXT 1TAQA 3QETA 3QEIA 3V9SA 3AA4A 1LAWA 1RBUA 3KK2A 3V6DA 1RT5A 3S3OA 4BACA 5KRSA 2GV9A 1IKXA 3O3HA 3VA0A 3ZT0A 3DLKA 3OYBA 3WNEA 4CJPA 4YNQA 4CGGA 1ZBIA 1IKYA 4QOZB 2Q3SA 5K14A 3QO9A 3I0RA 4I7FA 1IO2A 3HK2A 2P5GA 1KTQA 4J2BA 3M8PA 4FW1A 4FW2A 4OLBA 3RMAA 1WSJA 4E0DA 2X78A 1JXEA 4CHOA 3LWLA 4FJXA 5J2QA 1XI1A 3L8BA 4FM2A 1WSGA 1KVBA 3L2QA 3E01A 2XY8A 1JLFA 4FXDA 1L3SA 2HHTA 4CHQA 4DF8A 4N76A 3ALYA 4CF8A 3NBPA 3WNGA 3EYZA 2XY7A 4KO0A 3T19A 3AVIA 4ELUA 4IG3A 1RT7A 4CJ4A 3DRPA 4CFAA 1S1TA 1T7PA 1RT2A 3L2WA 2QKBA 1X9SA 4BE0A 4DSFA 1TKDA 2RKIA 4NCBA 4E3SA 4CHPA 1GOCA 3RWUA 5FRMA 3ZSYA 4ZHRA 1IKWA 2ETJA 2QKKA 3LDSA 2HHQA 4KB1A 1A5WA 4DU4A 1JKHA 2YNHA 3CYMA 4LSLA 3HPOA 4OKKA 1D9FA 4HCCA 4DTJA 1HPZA 2VG6A 3AVKA 3TAQA 4C8LA 2XY5A 3V81A 2IC3A 1JLAA 3SUNA 2VWKA 3ZSQA 1ZBLA 1UA0A 4DU1A 1S1XA 4RW9A 1BHLA 3HT3A 3V9WA 4CJ5A 5FDLA 4EP5A 1BQNA 1L3UA 2G8HA 4E7JA 3RR8A 1S9EA 4QCLA 4O0JA 1HYZA 1XHXA 3KIOA 3OYNA 2O4IA 2KW4A 4ELVA 2ZE2A 1NK8A 1RBTA 1B9FA 3HL8A 4DQIA 2HVHA 4KAZA 4FJLA 1QS4A 1TGOA 4FJ9A 4DTXA 4FJNA 1BCOA 4GW6A 3VQ9A 3PO4A 1LV5A 4PQUA 5J2MA 1NKBA 5DK5A 1NOZA 3K57A 3PV8A 1LWCA 3KD5E 4HHTA 4CGHA 4OGEA 3VQDA 4FCYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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