4M3ZA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-2 of primer/template duplex
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3zA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3zA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3zA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3zA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3zA03
2WOMA 5HRSA 3S3NA 2HHSA 4DTXA 3AVCA 4OVLA 4CIFA 4CCHA 3T1AA 4B9UA 1IO2A 3VQDA 3OYFA 1HMVA 2QXFA 3HYFA 1NOYA 1JXEA 1VSEA 3KIOA 1GOAA 3HPHA 1HRHA 3LP0A 5CZ1A 3KD1E 5FRNA 4DTUA 3AO3A 3M8SA 1QE1A 4E19A 4KB0A 4H4MA 1J9AA 4B08A 4F3OA 3VQ8A 1WSIA 1K6YA 1ZBUA 2P1JA 3HVTA 1BCOA 1MU2A 3DRRA 4CFAA 4I7FA 3OYHA 3JYTA 3LANA 1HYSA 4O55A 4FJGA 4B9TA 4FZXC 4IFYA 4B3OA 3OYLA 3DM2A 4M41A 1RDAA 1F21A 1S1TA 1WSGA 1U47A 2DFEA 3HT3A 1A5WA 3RWUA 4NCGA 4DTRA 2XHBA 3LP3A 2JLEA 3DRPA 3DLRA 3KD5E 4AHUA 4CJ4A 1X1PA 1JL1A 1BGXT 3MEGA 3QNOA 4W5OA 4DF8A 4E7JA 4KTWA 4FM2A 1S9GA 3JSMA 1BI4A 3G0ZA 1NJXA 4FYDA 3RR7A 4NCAA 2WONA 4M3XA 4CE9A 3ZT3A 3CFPA 3DLGA 3V1QA 3AVLA 4DSFA 3FFIA 3P83D 3OYMA 1BI4B 1ZBLA 1KLNA 1BIZA 2HHTA 3CM5A 4DFJA 1YT3A 2OPPA 3DLBA 2OZSA 1RT2A 3IAYA 3AVGA 4I2QA 5CYQA 3PX4A 4Y1DA 4NCBA 5HRRA 1FKOA 5SZTA 3I0SA 3HM9A 4CGGA 4Z4CA 3QEPA 3QINA 2IS3A 3ZSVA 3RMCA 4DWIA 4BDYA 2RF2A 3VA0A 3RMBA 3PX0A 3TANA 1C1AA 3D0PA 1RNHA 4I9LA 4DS5A 1QSLA 4EZ6A 4CFBA 4BE1A 4DQQA 1LW2A 1HQUA 2Z1JA 3HO1A 4CGHA 3SJJA 1CZ9A 1WSHA 2ZE2A 2QK9A 4DSJA 4WE1A 4FZZA 1G15A 4PUOA 2EX3A 1EXQA 4F4KA 1IKWA 1NKCA 3LP2A 4HTUA 3VQEA 3L8BA 3KJVA 1KSPA 3KTQA 3L3UA 1VRTA 1HQEA 1QHTA 1IKVA 5KGWA 1HNIA 4KTQA 3P5JA 4H4OA 4DF4A 3OS1A 4O0IA 1U4BA 2X6NA 4KTZA 1GOCA 4CGDA 3PX6A 2E6MA 4CGFA 4FJ7A 2KW4A 4FJKA 3NFAA 4CEAA 4F3TA 4E7LA 2F96A 5KGXA 3DLEA 3NHGA 3NGZA 3I0RA 3SV3A 4AHRA 4IG3A 3O4QA 1CZBA 3D45A 3SUOA 3RMAA 4RW7A 4F8RA 4IKFA 4OKKA 1KTQA 1YTUA 3AVKA 3OJSA 3O4NA 2XY6A 3V1RA 4H8KA 4Q0BA 3CQ8A 3NF8A 1LV5A 4FJ8A 4CHNA 5KI6A 3KKRA 4AHCA 2Z1HA 3VQ7A 3KK3A 4B9LA 1WAJA 1TVRA 5HRPA 2G8KA 3NF6A 2DTUA 4UQGA 4Z4GA 2RPIA 3AVHA 5FRMA 4Y1CA 3LAKA 4CJSA 3DYAA 3SQ2A 3LDSA 2VWKA 2E4LA 5HROA 2VG6A 4B8CA 3QESA 3TI0A 3TAGA 4E0DA 1S9EA 1DTQA 4E3SA 4LY7A 4AHSA 3ZT1A 1NK4A 3V81A 1RDDA 4KHYA 3HPGA 2HNZA 1JLQA 4CJFA 4E7KA 4CJQA 4DSKA 4FJXA 3IRXA 4KFBA 3OYDA 1S1XA 1RT7A 3V4IA 4ELUA 2GUIA 4DLGA 4FJLA 4I2PA 3WNHA 4FK4A 1WSJA 4N41A 1QS4A 3KK1A 3S9HA 2GV9A 1VSJA 2G8FA 2YNFA 4ELTA 3EZ5A 2G8HA 3KLFA 3ZCMA 1WAFA 3ULDA 3MXJA 2D5RA 2W42A 1S1UA 4BE2A 4M3UA 1TKDA 4KHWA 5J2MA 4HCBA 4CHYA 3SQ1A 1EX4A 1HYZA 4TSXA 3SI6A 4OGCA 2XY7A 4AILC 2QKKA 1SKWA 1YTAA 3LZIA 3QEIA 1X9WA 4DQIA 3SCXA 2OPRA 2D0CA 3AVIA 3ZSZA 4M3ZA 3DLKA 1RBVA 3VQCA 1BL3A 3U3GA 3ZSQA 3NGIA 5J2NA 3RRGA 4CIEA 1NOZA 2EHGA 1FXXA 4B9SA 1SL2A 2ZQBA 4FJ9A 3OYKA 3SPYA 4KV8A 2IGIA 2BANA 1T8EA 3C95A 4IFVA 3AVJA 1KVAA 1RTHA 2ETJA 1RT6A 1VSFA 2OPSA 1NKEA 3HK2A 1KLMA 4LSNA 3G10A 4N47A 2FBTA 3KK2A 4DLEA 4JS5A 4LSLA 4DTMA 4BACA 3WNFA 4AHVA 4CF1A 4QCLA 1RILA 3QEVA 1J54A 5CY4A 1UA1A 4RW9A 4GW6A 2HVHA 2KZZA 3OYGA 3NF7A 3AA5X 1U48A 3NDKA 4DTOA 2D0BA 5HLFA 4DU3A 3ISNC 4K8XA 3PUFA 1B92A 1JKHA 4CJKA 3HP9A 3U3YA 2GBZA 1DTTA 4KI6A 3ITHA 4DQRA 1QTMA 2E6LA 4ZTFA 1L5UA 1X9MA 3EYZA 3TWHA 4M3YA 1U45A 1TK5A 3V9XA 1KRPA 1XI1A 4DSLA 3HJFA 1NK6A 1KVBA 4B9VA 3ZSOA 2Z1GA 3NH0A 4FM1A 4IG0A 5C24A 1TAUA 5DK5A 1A5VA 3QERA 3LPUA 3I8DA 4EP5A 3K5MA 5HBMA 1JLAA 5E41A 1IH7A 4CFCA 5C25A 3BDPA 1REVA 1QSYA 1JLFA 2F8TA 1D9DA 4DTNA 4KB1A 4FLUA 2Q3SA 4KI4A 1ITGA 1C0TA 2O4GA 5FROA 4OPJA 4QOZB 1VSIA 2DFFA 3C6TA 5J2PA 3NAEA 1YVUA 4HUEA 3V9WA 2DY4A 3MEEA 3KLGA 1RTDA 4W5NA 1L3TA 3F73A 1RBSA 4CJ3A 4BWMA 4CK3A 1UOCA 4E1MA 4E7HA 4FCYA 2JGUA 4IBNA 4C8KA 4CJWA 4HUGA 3NH2A 1NK7A 3VQQA 4FM0A 2F8SA 1RT4A 1TL3A 3AA3A 2HW3A 1Q9YA 2FBXA 2IOCA 3V9ZA 2KTQA 3VA3A 3K59A 1VSLA 3V6DA 1NK9A 3HXMA 1C0MA 1L3SA 4CGJA 4FJIA 1NK0A 1S6PA 4B9MA 2PYLA 1S5JA 3KKSA 4FW2A 4I9QA 4PWDA 4K8ZA 3HPOA 2YNHA 1JLBA 1LWFA 4M3WA 2D0AA 3DMJA 3RRHA 4DFKA 3OVNA 3TAEA 1SUQA 1SKRA 4DTJA 3RTVA 1QQCA 3OYIA 3AO2A 4ZHRA 4N56A 3TAQA 3QEWA 3MXIA 3TR8A 1BHLA 3L2UA 4YFUA 3L2WA 3ALYA 4W5TA 1WLJA 4O5BA 3V9UA 1D8YA 4KAZA 4E89A 4CHQA 3KLHA 1RT3A 2BE2A 1U49A 4J2AA 4E1NA 3NCIA 1RT5A 2O4IA 4PQUA 4FLZA 1KCFA 1N5YA 1SL0A 2LSNA 4CFDA 3VQ6A 4YNQA 3KLIA 1R0AA 3L2RA 5KRSA 4CF0A 1ZBHA 1TKZA 1RTIA 2HNDA 2OA8A 4FJNA 3AO5A 1JLCA 1T7PA 4KO0A 5I42A 4CERA 4O4GA 3OYEA 4CK2A 3QNNA 4BWJA 3CYMA 3CG7A 2PYJA 4M42A 2OPQA 3DOKA 3SV4A 1GOBA 4DU1A 1IKYA 1LAVA 2FBYA 3BGRA 3PY8A 4E7IA 1C1BA 1VSDA 2HNYA 2NUBA 3U6FA 4Z4HA 3TARA 2BDPA 4CF8A 2YHBA 3VN5A 4NYNA 4CJEA 3K5OA 1HNVA 2VG7A 3LZJA 1Z26A 2FC0A 4N76A 1UA0A 2X6SA 2KQ2A 3ASMA 2P5OA 4EP4A 4GVMA 4FW1A 1RBTA 1TL1A 3QIPA 4C8MA 3KLEA 1B9FA 4AHTA 4JLHA 1A5XA 1RTJA 2X74A 2XY5A 4B8AB 1KVCA 5J1EA 1RCHA 1TKTA 5C42A 2ATQA 3QLHA 1SKSA 2IAJA 2HHUA 4F2SA 4RW6A 4DQPA 3IS9A 2I5JA 3OS0A 1NK8A 3OYBA 4F2RA 3EY1A 1CXUA 1EETA 4JS4A 1S6QA 4W5QA 3ZSRA 4FLWA 4ZTJA 3B6OA 1NJWA 1IG9A 4CECA 3DI6A 3S3MA 1SV5A 3K5NA 4ID1A 4DG1A 3SNNA 4J2EA 1TK8A 4N5SA 3M8PA 1ZYQA 1WN7A 2P5GA 4W5RA 4QAGA 1Q9XA 3TAMA 4M3TA 1DLOA 4OGEA 1FK9A 1SL1A 4AH9A 3AVNA 4RW4A 2Y1JA 4R5PA 1VSMA 1HPZA 1JXBA 1Y97A 4IDKA 3OS2A 3K57A 4OKEA 4DSIA 1J5OA 3SUQA 3OYAA 4FXDA 1TGOA 2KFZA 3QEXA 1LWEA 2FBVA 4ICLA 3WNGA 1UAXA 3ZT2A 4CEQA 3O3HA 4HHTA 4DFPA 2Y1IA 4C8LA 2HHXA 3CM6A 1RBUA 4RG8A 1B9DA 3HL8A 4KREA 4DU4A 3HP6A 4CJVA 3PV8A 3VQAA 4KHNA 4CEEA 1LWCA 2X78A 3AO4A 1C1CA 5CYMA 5HP1A 4L8RB 3QO9A 4CJRA 4M45A 4Z4EA 1BCMA 4CJLA 3AVMA 3T3FA 4FJMA 4OJRA 3A2FA 3IG1A 5EU7A 1EP4A 3PO5A 4CJ5A 2RKIA 4PY5A 1VRUA 4JRPA 2P51A 1L3UA 4DSEA 1HJRA 4OKJA 3AVBA 3C6UA 3P1GA 4PA1A 4FK0A 4FLYA 2XY8A 3QETA 2XO7A 1ZBIA 4FJJA 3ZSXA 1IKXA 3SZ2A 2PY5A 4B9NA 1ZBFA 2RN2A 3HVRA 2ITGA 4Z0UA 4CESA 3AVAA 1BQMA 1LW0A 2HMIA 3VQ5A 4DTSA 3S3OA 3M8QA 3L2VA 3VQBA 4ELVA 3T19A 3RMDA 2DFHA 4KHSA 3AA4A 4DS4A 4OPKA 5KRTA 3O3GA 1WSFA 2YNIA 4CGIA 2HHVA 4FLTA 3AO1A 1JL2A 1TAQA 1LAWA 4FJHA 3LALA 3SUPA 1O1WA 5FDLA 4DMNA 2IC3A 3MAQA 3OY9A 4LH5A 4CEZA 1I39A 3OYJA 4GMJB 1TKXA 2A1SA 3AVFA 3L3VA 4M3RA 3LP1A 1WNSA 2VWJA 3MECA 3DLHA 1VSKA 4CEBA 4CHZA 2HB5A 2XRIA 4FLVA 1XHZA 1RDCA 1TV6A 3NF9A 1KFDA 4CJTA 4BE0A 2G8WA 3C94A 4CIGA 4Z4FA 3TAFA 5I3UA 3ZT4A 1NK5A 4LH4A 3NGYA 4CEDA 1EKEA 4Z4IA 3OJUA 2ZD1A 2IDOA 1BISA 2Z1IA 3H08A 3NH1A 4KPYA 1S1VA 4KHQA 4O44A 2B4JA 4HUFA 1S1WA 1NJYA 1W9HA 3L2QA 3V9SA 4HVJA 4DQSA 4HCCA 3PO4A 4C8NA 3SPZA 5HRNA 1NKBA 3WNEA 4J2BA 4CK1A 3THVA 4KRFA 1T03A 1RDBA 3ZT0A 3SQ0A 1J53A 3M8RA 4EZ9A 4G1QA 3AV9A 1VK0A 1XWLA 3RR8A 5J2QA 5DMRA 4JRQA 1L3VA 2B5JA 3LWMA 4FLXA 3LAMA 1BQNA 3MEDA 4KKOA 1ASWA 1NJZA 4BDPA 2R7YA 3LPTA 3NBPA 4CEFA 1RT1A 3OYCA 4C8OA 2BGGA 2OZMA 3AA2A 2HVIA 1CLQA 4ID5A 3SUNA 3HSTB 4DTPA 4OLBA 1U04A 1ASVA 3CFOA 5JS2A 3LWLA 2G8VA 2KZMA 4CF2A 1JLGA 1I3AA 5K14A 4KHUA 1D5AA 1W0HA 2YHAA 2YV0X 3F9KA 3V1OA 3VQPA 3MXMA 2KFNA 2PZSA 4FZYA 3SYZA 3O3FA 3ZSYA 2B6AA 1WSEA 1C0UA 1BIUA 1VSHA 1CXQA 4FJ5A 4O0JA 1UWBA 1X9SA 5D3GA 2AJQA 4MFBA 4CHPA 4Q5VA 1FKPA 3TAPA 1XHXA 1KFSA 2YKMA 1N6QA 4CEOA 5T7BA 4BDZA 1D9FA 4J2DA 4DFMA 1JLEA 3DOLA 3NE6A 4RW8A 3TABA 2HHWA 4FK2A 2YKNA 3DRSA 1Q8IA 4LD0A 1HYVA 3K2PA 4MQ3A 5CZ2A 3VQ9A 2VG5A 1T05A 1TK0A 1C6VA 1RBRA 1Z25A 3B6PA 4FVMA 2G8UA 5KTQA 2YNGA 2HHQA 1XC9A 2G8IA 4NYFA 4CJUA 3K5LA 3VQ4A 3OYNA 3CFRA 5JS1A 4XIUA 4OLAA 4CF9A 5SWMA 2QKBA 3SQ4A 1ASUA 2OYQA 3UIQA 3E01A 3ZSWA 4CHOA 3QIOA 3K58A 2A1RA 4CJPA 1QSSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B9Q A;  5F0X A;  2HHS A;  4DTX A;  4CCH A;  3T1A A;  4LF5 K;  3HYF A;  1JXE A;  1VSE A;  3LDL A;  1GOA A;  1P90 A;  5FRN A;  3M8S A;  1QE1 A;  4MO4 A;  3SK3 A;  1WOQ A;  1YAG A;  3VQ8 A;  1ZBU A;  1BCO A;  1MU2 A;  2QA4 N;  3LAN A;  3E9L A;  4O55 A;  1VQ6 N;  4IFY A;  4LF7 K;  4B3O A;  3DM2 A;  1HKG A;  1WSG A;  3HT3 A;  4JK9 A;  3RWU A;  2VWB A;  2O8D B;  3DLR A;  3KD5 E;  1X1P A;  3P31 A;  3QNO A;  4ISE A;  4W5O A;  4QS7 A;  4E7J A;  4KTW A;  3KHY A;  4FYD A;  4NCA A;  3DLG A;  1ZBL A;  1KLN A;  3O1W A;  4BC2 A;  1YT3 A;  3DLB A;  2OZS A;  3PX4 A;  1EWR A;  4Y1D A;  1FKO A;  3H6E A;  4CGG A;  3QEP A;  3QIN A;  2UUC K;  4DWI A;  1HKC A;  2VCP A;  4BDY A;  3L0Q A;  2RF2 A;  2VGN A;  1Q82 O;  2YI1 A;  1RNH A;  4CD1 A;  4C1N K;  3Q7B A;  4HTL A;  4CFB A;  1FYZ E;  1WBB A;  2Z1J A;  5C2D A;  4R79 A;  3K0S A;  1WSH A;  4I6J B;  4CBW A;  4IFE A;  4FZZ A;  2EX3 A;  1EXQ A;  2OTL N;  4HTU A;  3MN7 A;  1BUP A;  2NRZ A;  2B1E A;  3L8B A;  4CZG A;  1LCU A;  3L3U A;  5KGW A;  4CD3 A;  4JI5 K;  4KTQ A; 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