4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
4Q0BA 4LH5A 2HHTA 2HB5A 3PO4A 3OJUA 1TAQA 3C95A 4CGFA 3PY8A 4CJRA 3VN5A 3L3VA 3T3FA 4FK2A 3KLEA 4DSEA 1D9DA 3QETA 4KAZA 1L3SA 2Y1JA 1IO2A 1TV6A 2O4GA 4KV8A 2XY5A 3H08A 2D0CA 4CF8A 3CM5A 3F9KA 4N56A 3DLEA 1RTIA 4FVMA 3KK1A 4BE2A 2KFZA 4KTZA 3OYHA 3V9ZA 4DFPA 3VQ7A 4Q5VA 3JSMA 3ITHA 4FZZA 3NF8A 3RTVA 2E4LA 3NBPA 4G1QA 2XRIA 1JLFA 4OKJA 3LWMA 3KIOA 1NK0A 4KREA 1YT3A 4FK0A 4F2RA 1U47A 2OZSA 4GMJB 3OY9A 3VQQA 2YV0X 4DS4A 3DOLA 1WAJA 3ZT4A 3HJFA 4O0IA 3AVHA 3MXIA 1KSPA 4BE0A 1XHZA 5HRSA 3L8BA 2DFFA 2RN2A 3ZT0A 1RDCA 1Q9XA 4C8NA 3KK2A 3SV4A 3V1OA 2YNHA 3KJVA 1U45A 3EY1A 4FLYA 1U49A 3OYFA 3V1QA 1TKXA 4ZHRA 4CJ5A 1WSGA 2YKMA 3HXMA 4DMNA 4CJWA 3VQBA 3NH2A 3BDPA 4N76A 4GVMA 4DF4A 4IKFA 2YNIA 4FLXA 2W42A 5HBMA 3OYLA 1NJZA 2YNGA 5J2NA 2OPRA 2X78A 3DLRA 4N47A 3JYTA 3PO5A 2P5OA 3NGIA 3ASMA 3VQPA 1Q9YA 1Z25A 1S9GA 5EU7A 4EP4A 3I8DA 1HNVA 1KTQA 4OJRA 4C8OA 3IG1A 1C0UA 3KLHA 1VRUA 1RTHA 2B6AA 3ZT1A 4E7IA 3S3MA 4CGJA 2RKIA 3ZT2A 1C1CA 4LSNA 1CZBA 4JRQA 4Z4HA 1HYSA 3LDSA 1T05A 1KLNA 3IAYA 1NJWA 3CFRA 1N5YA 1TL1A 2IAJA 5KRSA 3V9SA 1RT7A 3CFPA 1BGXT 3FFIA 4CECA 3AVCA 2G8IA 2JGUA 1TK8A 3MEEA 4J2DA 1RILA 3AO2A 1X9MA 4M3YA 4CJEA 1T8EA 3RR7A 4KPYA 3CQ8A 4W5OA 4IFYA 4H8KA 3VQ5A 4FM0A 4DQRA 3U3GA 1O1WA 3NF9A 3AO4A 2HVHA 4EZ9A 2OZMA 1S6PA 3DOKA 1XWLA 5KI6A 1TGOA 1JLBA 4CJSA 4W5NA 3LZIA 4E7HA 1JXBA 3QNOA 1ASUA 3CG7A 3MECA 4FCYA 1CXUA 1NK9A 5J2PA 4KKOA 5HP1A 3K2PA 4CJQA 4DQQA 1BHLA 1NK6A 4CF0A 4IG0A 3OYMA 4CFDA 3L2VA 4CHPA 1XHXA 2DTUA 1BQNA 1RT2A 3AA5X 4FJGA 4M42A 5CZ2A 3ZSXA 4CFCA 3LPUA 4DTJA 2KZZA 3SJJA 2G8HA 4OLBA 3DRRA 1IH7A 3U6FA 2VWKA 1CLQA 2VWJA 3C6TA 3OS2A 4Z0UA 3CFOA 4LD0A 2DY4A 4CJPA 1BCMA 4HVJA 4E1NA 3AVIA 1NK5A 3QLHA 1X1PA 3RMCA 3HVRA 4I9LA 2PZSA 4RW9A 3ZSQA 3KTQA 4ELVA 2BDPA 3AO5A 1RDAA 1TVRA 4H4MA 4DSKA 2HHXA 1WLJA 5FROA 1GOAA 4KHQA 3SZ2A 1C0TA 1J54A 1LW2A 1S1VA 4F3TA 4CHZA 4E1MA 3AVGA 1SKWA 5D3GA 1KRPA 1S9EA 3ZSZA 2QXFA 2R7YA 3KKRA 4FJNA 3AO1A 1KFDA 1JLEA 2OPQA 3K5MA 3QEWA 3K59A 2BGGA 4FXDA 4LY7A 4DSJA 3ZSRA 5HRPA 2HHWA 3QIOA 3L2WA 4FLZA 4PQUA 3EYZA 3TI0A 4DFMA 4FJHA 2ETJA 1L3VA 4J2BA 3NH0A 1L3UA 1RT6A 4CJFA 1C6VA 4J2AA 1TAUA 1ASWA 2G8FA 1B92A 1RTDA 3G0ZA 3T19A 3WNHA 4KRFA 1RT1A 3AVMA 3C94A 1JXEA 3TARA 1UA1A 4B9VA 3SPYA 3KLIA 1CZ9A 1HMVA 2P51A 4E19A 3S3NA 2HNDA 2QKBA 3SCXA 3WNGA 1FKOA 3DI6A 3K5NA 3V9WA 1LV5A 4DSLA 5K14A 4HUGA 4KTQA 1QE1A 1QSSA 3SQ4A 1XC9A 3AA3A 4CHYA 4OVLA 2QKKA 4B08A 4DTUA 3SI6A 2KW4A 3VQAA 1T7PA 3QEXA 1G15A 4UQGA 3P1GA 2E6LA 3TR8A 4HTUA 3UIQA 4FJKA 2IS3A 4DU3A 4DTMA 1UOCA 1JLCA 1KVBA 4FYDA 4JS4A 3OYGA 4B9LA 2G8VA 5J1EA 3L2UA 3LPTA 4E0DA 1HQUA 2OPPA 4DTSA 1UA0A 4O55A 1HJRA 1WSFA 4E7KA 3MEDA 4KO0A 1SKRA 4DTXA 1YTUA 4J2EA 1NOZA 5KRTA 4XIUA 1NK4A 3VQ6A 4F4KA 4KHUA 2KTQA 1R0AA 1T03A 1B9DA 1FK9A 4LSLA 3V81A 1YTAA 1XI1A 4ZTJA 2ITGA 1D5AA 4CJTA 4IDKA 5C25A 3O3GA 4KB0A 3O4NA 4CFAA 3OYKA 4WE1A 3HP6A 4DQSA 2LSNA 2HVIA 1BIUA 4CK3A 4AH9A 3SQ1A 1W9HA 4KHYA 1VSMA 1VSHA 2VG5A 4CGDA 3HM9A 5T7BA 4ELUA 3LZJA 4FJMA 4KHWA 3RMBA 1NJYA 3HPGA 4M3ZA 4FLVA 5CYMA 4BWMA 4CF9A 4IG3A 1VSFA 1RBSA 2Z1JA 3C6UA 3V9XA 2HHUA 5I3UA 2PYLA 3DLBA 2YKNA 1LAVA 3KD1E 3VQ4A 3SV3A 3QINA 1BL3A 5HRRA 4DFKA 3M8SA 4DQPA 3NE6A 2FBYA 5SWMA 3VQ8A 2PYJA 4BDPA 1VSDA 3TANA 1J9AA 4K8ZA 3OYBA 1CXQA 3HYFA 3NGYA 2FBVA 1GOBA 1RBTA 3VQEA 4B9MA 3DLKA 1JLAA 3B6PA 3L3UA 3TAMA 4AHVA 2VG7A 2X74A 3O3HA 5C24A 4E7LA 4Z4EA 1VK0A 4MFBA 4O5BA 2RPIA 4CESA 3SUPA 1KLMA 2KZMA 3ZSWA 3HPOA 2DFEA 1NKEA 3OYNA 2G8UA 1QQCA 1TKDA 1DTTA 3QIPA 1IG9A 4ELTA 4C8MA 1I39A 3OJSA 4FW1A 3CM6A 5HRNA 3ZSYA 4KB1A 1JLQA 1NK7A 4MQ3A 3AA2A 3VA0A 1RBVA 4YNQA 4FJIA 3RMAA 1WSHA 1RT4A 3HL8A 1LWCA 3PV8A 4W5QA 3LANA 1X9SA 1NKCA 4Z4CA 2GUIA 1RT5A 3SQ2A 3M8PA 3NH1A 3VQ9A 4M3RA 4B9SA 2O4IA 3K5LA 4F8RA 1QHTA 1C1AA 2HNZA 4DLEA 4OGCA 4CJKA 1BISA 4R5PA 3V6DA 1TK0A 1IKXA 1N6QA 4B9NA 5JS1A 4CCHA 1HQEA 2WONA 3OVNA 3RR8A 2YNFA 5C42A 3TWHA 3ALYA 4FW2A 1SUQA 4HCBA 2G8KA 3NFAA 1RBUA 4EZ6A 4RW4A 3OYCA 1QSYA 1ZBUA 3P83D 1HYZA 1UWBA 4KI6A 1WAFA 3NCIA 1RNHA 3AVNA 4CJ3A 3OS0A 1VSKA 1EX4A 1DLOA 5CY4A 1U04A 1JL2A 3SUNA 5KGXA 2KFNA 1LAWA 1FKPA 2YHBA 4Y1CA 4CJ4A 3LP0A 3S3OA 4BACA 1ITGA 1C0MA 4ID1A 2Z1IA 4RW7A 1RDBA 1ZBLA 2OYQA 2EX3A 4M3UA 3AVKA 3DMJA 4E3SA 1ZBIA 1L5UA 4FLWA 2D0AA 1ZBHA 1SL0A 2YHAA 2A1SA 3M8RA 4CF1A 1IKVA 4AHRA 3E01A 3EZ5A 1TKTA 4N41A 3I0SA 4CGGA 3A2FA 4QCLA 1QSLA 1LWEA 3DRPA 3NF6A 3KLGA 2WOMA 2ZD1A 2NUBA 3KLFA 1KFSA 2Q3SA 4O44A 2Z1GA 1HYVA 3PX6A 1WNSA 4NCBA 4CJLA 2FBTA 3NAEA 4OPKA 5SZTA 4DF8A 4PY5A 2XHBA 1J53A 4JLHA 3ZCMA 4AHCA 2P5GA 2HHVA 2HHQA 4LH4A 3ULDA 1TKZA 4RW8A 1KCFA 2F8SA 4RW6A 1C1BA 3LWLA 4OLAA 4M45A 2AJQA 1BI4B 5HLFA 1J5OA 3F73A 1Z26A 4OPJA 1EP4A 3BGRA 4CFBA 4CEFA 4CJUA 4CHNA 3PUFA 3K58A 4BDYA 4CEQA 4DS5A 2QK9A 3DM2A 4B8CA 2HNYA 2B5JA 2IOCA 3PX4A 4CIGA 2X6NA 5CYQA 5FDLA 3V4IA 1BIZA 3NGZA 1L3TA 3NDKA 2D5RA 4NCAA 1I3AA 5KGWA 2IDOA 1X9WA 1SL1A 3QNNA 3TAGA 4H4OA 4CK1A 1BQMA 4DFJA 1S1TA 4HUFA 4ID5A 4M3WA 3ZSOA 4CEDA 4M3XA 4QOZB 3T1AA 1SV5A 3AVAA 3SUOA 3LAKA 3HK2A 3AVJA 4Z4GA 3VA3A 3OYEA 3B6OA 3AO3A 2HHSA 4CK2A 4HUEA 2Z1HA 5DMRA 5J2QA 1KVAA 4DLGA 2OA8A 1HNIA 3OYAA 4FM1A 2BANA 3P5JA 4FM2A 3NF7A 4O0JA 3ISNC 2JLEA 1JKHA 4W5RA 4ZTFA 2F96A 3SYZA 4O4GA 4DTNA 4B8AB 3LAMA 4BDZA 2PY5A 4KFBA 4I7FA 3VQDA 4I2QA 4B9UA 4C8LA 4DQIA 2ZQBA 1VRTA 1F21A 1VSLA 4K8XA 5J2MA 2XY7A 3QERA 1S1WA 4FJJA 3DLHA 5JS2A 4FLTA 2EHGA 3O3FA 4FJ7A 3DLGA 4CEEA 1VSEA 3NHGA 2FC0A 1IKYA 4PUOA 1S5JA 1D8YA 4JS5A 4KHNA 2IGIA 4B3OA 4W5TA 3IS9A 5HROA 1WSEA 1K6YA 4OGEA 4CIEA 1QTMA 1MU2A 1REVA 3RWUA 1B9FA 3QEIA 4IBNA 3OYDA 1EETA 3RRHA 3AVLA 4DTOA 4HCCA 4FJ8A 1HPZA 2I5JA 3DRSA 3IRXA 3HPHA 2XY8A 3QESA 2X6SA 3AVFA 3LP2A 3ZT3A 4AHSA 4DTPA 2FBXA 4CEOA 3HT3A 3KKSA 3ZSVA 4N5SA 3L2RA 2XO7A 4CE9A 5KTQA 3LALA 4FLUA 4L8RB 3WNEA 4PWDA 3QEPA 4DU4A 4FZYA 3HSTB 2BE2A 2OPSA 1JLGA 4CHOA 3QO9A 1LWFA 3TAPA 3O4QA 3MAQA 2F8TA 1NJXA 1S1XA 2ATQA 1QS4A 2RF2A 3V1RA 3KK3A 2D0BA 1UAXA 3D45A 4QAGA 1TL3A 3WNFA 4Y1DA 4E7JA 3THVA 2A1RA 3MXMA 1TK5A 4EP5A 1NKBA 2HW3A 3DYAA 4CGIA 3RMDA 2HMIA 4YFUA 4AHUA 1A5WA 4F3OA 3RRGA 1WN7A 4TSXA 4FK4A 4CHQA 2GV9A 3KD5E 1A5VA 1FXXA 1VSIA 1IKWA 1KVCA 1EXQA 1RBRA 2P1JA 3V9UA 3SUQA 1NK8A 4E89A 1SL2A 2G8WA 4NYFA 2XY6A 3HP9A 4F2SA 1BI4A 1BCOA 4I9QA 1WSIA 4CIFA 4M3TA 4CERA 1U48A 4DSFA 1RCHA 1RT3A 3HO1A 1LW0A 3LP3A 4KTWA 3OYIA 4Z4FA 1Y97A 1A5XA 3AV9A 2DFHA 3VQCA 4DG1A 2E6MA 2VG6A 1NOYA 4RG8A 4GW6A 4AHTA 3HVTA 3U3YA 4FJXA 3LP1A 3K5OA 3MEGA 4NCGA 1JL1A 4KI4A 4ICLA 5FRMA 4Z4IA 1Q8IA 4BWJA 4DU1A 1ZYQA 2B4JA 2Y1IA 1DTQA 3AA4A 4C8KA 4OKEA 4CF2A 4DTRA 3CYMA 3SNNA 3D0PA 4HHTA 4AILC 3S9HA 4NYNA 2IC3A 4JRPA 4B9TA 1SKSA 1S1UA 3M8QA 2GBZA 3G10A 4PA1A 1U4BA 5I42A 5FRNA 1S6QA 3QEVA 3TAEA 1ZBFA 1GOCA 4CEBA 2KQ2A 3OS1A 5E41A 4DSIA 1RTJA 4FJ9A 3SQ0A 3TAFA 4BE1A 1VSJA 1WSJA 3I0RA 4I2PA 4OKKA 1RDDA 4CJVA 3TAQA 3SPZA 3AVBA 1ASVA 5CZ1A 3K57A 4IFVA 3PX0A 4FJLA 3MXJA 1YVUA 2ZE2A 4M41A 3TABA 4CEAA 1W0HA 1EKEA 3OYJA 1D9FA 4DWIA 5DK5A 4FZXC 4KHSA 4CEZA 4CGHA 1HRHA 4FJ5A 3L2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Q0B A;  2HHT A;  3OJU A;  2WBN A;  3L3V A;  3KLE A;  1D9D A;  2QI2 A;  4JKH A;  5AQI A;  4BRP A;  2D0C A;  3ZX0 A;  3F9K A;  1FZ8 E;  3DLE A;  2NRX A;  2RCU A;  3V9Z A;  3VQ7 A;  3NF8 A;  3WQT A;  2E4L A;  3RTV A;  3SLC A;  2K5S A;  1JLF A;  3KIO A;  1NK0 A;  1U47 A;  3OY9 A;  1QQN A;  4JV5 K;  3ZT4 A;  4HTL A;  3HJF A;  1OH6 A;  3AVH A;  2OVP B;  4HWI A;  2RN2 A;  4C8N A;  3TSQ A;  2YNH A;  2JWL A;  1FZ7 E;  4FLY A;  1W97 L;  3OYF A;  4ZHR A;  4NLB A;  4DMN A;  4CJW A;  3VQB A;  3PLA A;  4DF4 A;  4BR7 A;  3E1Y A;  5AZJ A;  1NJZ A;  4JI0 K;  5J2N A;  3DLR A;  4YOT A;  3JYT A;  3CCL N;  3I8D A;  1IJJ A;  3HM8 A;  2UXB K;  3ZET B;  3HOS A;  4OPH A;  3TTF A;  3N1B A;  3S3M A;  2RKI A;  1T3V A;  4A62 A;  1CZB A;  4CBX A;  4JRQ A;  2YJF A;  1KLN A;  1N1C A;  1NJW A;  5KPR A;  1RT7 A;  1BGX T;  2G8I A;  1W7A A;  4KPY A;  4M3Y A;  4W5O A;  4DV1 K;  2UUA K;  2VIX A;  4E7H A;  3CG7 A;  1Q82 O;  1IV0 A;  1CXU A;  1FZ5 E;  4CFD A;  4QS7 A;  3L2V A;  1VAZ A;  1RT2 A;  3D2E A;  1NGD A;  4O5F A;  1FZI E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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