4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
4DTOA 4FJXA 4R5PA 5FROA 2GUIA 2OPRA 3KLFA 3TAMA 3DOLA 4W5TA 3TWHA 1LW0A 3U3GA 4IBNA 4W5RA 4ELVA 3CFPA 4XIUA 3NCIA 3QETA 4FW1A 4GMJB 1Z25A 1JXBA 4O0JA 3JSMA 3PO5A 3F9KA 4M3TA 3WNGA 2RPIA 1U48A 1GOAA 2R7YA 1HNVA 4AHSA 3DI6A 2YKMA 4DS5A 3AVKA 3NF7A 4CEBA 3MEDA 1TAQA 3THVA 4ID5A 3V1OA 1S6PA 2D0BA 5SZTA 3KD1E 3V81A 4DTNA 3DLGA 2XY8A 1BGXT 1VSIA 1TK8A 5CZ2A 2X6NA 4ELTA 4N56A 4QCLA 2IOCA 3QLHA 4DSKA 5SWMA 2QK9A 2HB5A 2X74A 3QINA 3V6DA 3QNOA 3M8PA 4CJ5A 4KREA 2YV0X 4I9LA 1RBVA 3SQ4A 1KVBA 1O1WA 1RT1A 4Z0UA 3ZSWA 1ZYQA 4KI6A 1C1AA 3KKRA 1WSEA 1ZBHA 4FJJA 3HPOA 2F8SA 1X9MA 3LAMA 3VA0A 2G8KA 4KRFA 2YHAA 5HROA 1L5UA 3SUOA 1HRHA 2YKNA 3O4QA 3MEGA 1RTIA 3ZT2A 2OZMA 1BI4A 5J2MA 1U47A 2IGIA 3CFOA 1YVUA 3SJJA 3HXMA 1NK0A 2G8IA 1NK5A 4BE1A 1QE1A 4RW4A 4J2AA 4HUFA 4C8OA 4ZTJA 3HPHA 2JGUA 4RW9A 4W5OA 3K5MA 1BI4B 1SL2A 4DSEA 5C25A 2B4JA 2G8WA 3NHGA 1BCMA 1MU2A 3AO3A 1LWFA 3C6UA 3NF8A 3V1QA 4I7FA 3U6FA 1C1BA 3VQDA 4I2PA 2GV9A 1SL1A 3VQQA 3QEPA 3QIPA 1ZBUA 1FK9A 3K59A 1D8YA 3VQ8A 4KAZA 3ULDA 1U4BA 1X9WA 1RCHA 3DOKA 1W0HA 2HVHA 2YNIA 2PYLA 1EX4A 3B6PA 3LZIA 3QEXA 3OYCA 1K6YA 4CHZA 1TAUA 3OS1A 4FJNA 4AHUA 4MFBA 4AHVA 4DTUA 4DQRA 2G8VA 4KB1A 1HMVA 3VN5A 1NK4A 1L3SA 4FYDA 1XHXA 4CE9A 4E1MA 3ASMA 3D0PA 1TKZA 2HHTA 1VSJA 4M45A 1TV6A 4M42A 5DK5A 3VQ4A 3HPGA 3VQPA 5J1EA 1TVRA 3O3FA 4CEEA 3C95A 4FM2A 2IC3A 4FK4A 4HUEA 4Z4IA 4F4KA 2KZMA 2B5JA 3OYLA 5FRNA 2HNZA 4CJVA 4F2RA 3RMCA 4JLHA 4I2QA 1FKOA 3G10A 3M8QA 4CFBA 2G8FA 4LD0A 3TAPA 1UA1A 1NKEA 4M3YA 2FBYA 4QAGA 4CHNA 4C8MA 4HVJA 4J2BA 1JKHA 2YNFA 3LWMA 4DTXA 3LZJA 1J5OA 4F8RA 2ETJA 5J2QA 3AV9A 1NK7A 3C6TA 4EP4A 4K8XA 1LW2A 3HSTB 2RKIA 4CGHA 1SV5A 3ZSYA 4KHNA 4NCGA 4B9SA 4EZ6A 4K8ZA 1XC9A 1NJZA 1JLCA 3I8DA 3V4IA 1BIUA 2XY5A 1KVAA 3PX4A 4CGDA 1RDDA 3VQ6A 3OYFA 1D5AA 3AA5X 5E41A 3ZSQA 3BGRA 4CEQA 4CK3A 3I0RA 4J2EA 1Q9YA 3AVNA 2KW4A 2E6LA 4IDKA 1LWCA 2DFFA 1I39A 3NDKA 4KFBA 1S1WA 4IG0A 2KTQA 1KTQA 4FJGA 1REVA 1TKDA 4DWIA 3V9SA 4W5QA 4NYNA 2D5RA 4BWMA 1T7PA 3LALA 1RT4A 1QTMA 3C94A 1WSIA 4G1QA 1JLQA 3OS2A 4KTQA 1JLGA 1GOBA 3KKSA 4B9UA 3SQ2A 4DQPA 3EZ5A 3HP9A 4DSJA 1U04A 4LY7A 3L8BA 3LPTA 3JYTA 3DLKA 2BDPA 4UQGA 4CEZA 2PYJA 1S9GA 3LAKA 1SKRA 4FK0A 2FBXA 4DTRA 1D9DA 1QHTA 2FBVA 3AVFA 3I0SA 1SUQA 5J2PA 2HNYA 2WONA 3LPUA 3MXJA 1KFSA 4I9QA 3KD5E 1HYVA 4CF8A 4KHYA 1JLBA 3NH0A 5KGXA 1BQNA 4OPKA 1C0MA 3ZSRA 1VRTA 4DFJA 5KRTA 3QEVA 3SUNA 2Y1IA 3SUQA 4FJKA 1U49A 4CJ4A 1BIZA 2RF2A 4MQ3A 5HP1A 3TAQA 3TAEA 4N41A 1S1VA 3B6OA 4CJRA 1UA0A 3WNEA 4KHSA 2RN2A 4N5SA 3V9WA 4DLGA 3DM2A 4Q0BA 1A5VA 3SNNA 3SPYA 3RMAA 5CYMA 1EXQA 3O3GA 1YT3A 1TK5A 4FLWA 3AVIA 3OYNA 1Q9XA 3ZT3A 1RTDA 4FLXA 2IS3A 4CJ3A 1L3TA 3G0ZA 1RT7A 2KQ2A 3K2PA 3HL8A 3KIOA 3SQ1A 4IG3A 1VK0A 4IFYA 2IAJA 4CF1A 4FJIA 2HHQA 1X1PA 1RBUA 3NGZA 3BDPA 2P1JA 2DFEA 4OKJA 4CGJA 3DRPA 4YFUA 2VWKA 3OYDA 4CGIA 3IAYA 4Z4FA 4DTPA 3AVAA 3RRGA 1KFDA 3SPZA 2FBTA 2HNDA 3VQ7A 3HVTA 4E89A 4E0DA 3QNNA 4KB0A 3V1RA 4RW6A 3ZSXA 2OZSA 3HVRA 2YNGA 4KKOA 4DQQA 4CIFA 3PV8A 1C6VA 2YHBA 4FZZA 1IH7A 4OLBA 3TAGA 4JRPA 3AO1A 4M3ZA 3OYIA 2QKBA 4NYFA 3HO1A 2A1SA 4DSIA 4CJQA 2HMIA 2JLEA 5JS2A 5FDLA 1WAFA 3PX6A 2DFHA 5C24A 4OLAA 3RMDA 1ITGA 4B3OA 4CHOA 1C0UA 4OVLA 4DLEA 4OGCA 4RW8A 3IRXA 3PUFA 5KGWA 4LH4A 3E01A 3KLEA 3QEIA 4E19A 4CHYA 3SZ2A 1XWLA 3L2WA 3RR7A 4TSXA 3NGIA 4Z4HA 3VA3A 1TK0A 3NGYA 5DMRA 1BCOA 3LP3A 4H4MA 5HRRA 3KK2A 3SV3A 2HHVA 3RRHA 1KCFA 1VSLA 5HRPA 4Z4EA 1NJYA 1IO2A 3LWLA 3NBPA 4CFCA 4F3OA 5D3GA 3LP1A 3SI6A 2QKKA 1HPZA 3DLEA 3AVLA 3T3FA 4LH5A 3DLRA 4B8CA 4E7LA 2ATQA 3CFRA 1LAWA 4CFAA 3K57A 4O5BA 4DSFA 2HW3A 1QSLA 3PX0A 1B92A 1TKXA 4E7JA 4Z4GA 3MAQA 3ZT0A 3LANA 4PQUA 1JLEA 1XI1A 1A5XA 5I42A 1S6QA 4PWDA 4KV8A 2GBZA 2W42A 4Q5VA 4M3XA 2DTUA 1RTJA 4DS4A 1KRPA 3T19A 4W5NA 4O55A 4CIGA 4CJFA 3AVHA 3NF9A 3WNFA 1ASWA 3ALYA 1WSFA 1T03A 4KI4A 4RW7A 4AILC 3KTQA 1RBRA 4RG8A 4BE0A 4HCBA 2OPQA 2P5GA 2O4IA 3KLGA 1KSPA 3HJFA 4NCAA 2QXFA 3OYEA 3K58A 4BWJA 3S3NA 1FKPA 1UWBA 1VSKA 2ITGA 1IKYA 3AO2A 1EKEA 2P51A 4CJKA 1ZBIA 4JRQA 4CF2A 4E7KA 4Z4CA 4Y1CA 3MXIA 3AVGA 4LSLA 2KFNA 1Y97A 4FW2A 4Y1DA 4GVMA 1J9AA 4H8KA 4E1NA 4E7IA 3VQAA 1X9SA 3DRSA 5CY4A 3EYZA 1VSHA 4FCYA 5FRMA 4DQSA 4F3TA 4FXDA 4CESA 3K5NA 1EETA 2XHBA 4WE1A 3PO4A 2BGGA 3DLBA 4B8AB 1RDAA 3AVMA 4CJUA 3S9HA 1DLOA 4KPYA 4FJ9A 4FM0A 5I3UA 5JS1A 4CF0A 3TAFA 3CM5A 4FLTA 2WOMA 4CEOA 2P5OA 3HT3A 1RBTA 3QESA 1JL2A 4FLVA 3CG7A 2A1RA 4CIEA 2G8UA 4IKFA 4HHTA 2HVIA 1N6QA 2AJQA 4O4GA 1LWEA 3NAEA 3CYMA 3HM9A 1F21A 4DFKA 4OKKA 2OPSA 3OJSA 3TR8A 3NH1A 1SKWA 1XHZA 3AVJA 4PUOA 3P83D 3VQ5A 3TANA 2HHWA 1RILA 2B6AA 1NK6A 4FLYA 1CXQA 4KHUA 3MECA 3SV4A 3ISNC 3OYHA 3VQEA 4EZ9A 4KHQA 1S1XA 3L2RA 4DFMA 4CFDA 2EHGA 4KHWA 5HRNA 3L2UA 4O0IA 3VQBA 4KO0A 1A5WA 1L3VA 3AA2A 3ITHA 4JS5A 1IG9A 3OYJA 1R0AA 4CHPA 4CGGA 1RT2A 3T1AA 4FJMA 3QIOA 4ZHRA 1GOCA 4L8RB 1WSHA 4E3SA 3DLHA 2E4LA 2XRIA 3RWUA 4B9MA 1JLAA 4FLZA 3PY8A 4ICLA 3SYZA 3V9UA 2VG7A 1RTHA 2Y1JA 1JXEA 3S3MA 4QOZB 1CZ9A 1S9EA 1KLNA 4CJWA 4BDPA 4IFVA 1TL3A 4DU1A 1TKTA 1Q8IA 1NK8A 2BE2A 1SL0A 1CXUA 3A2FA 1HYZA 1LV5A 3OYBA 2KFZA 4CF9A 3CM6A 3L2QA 4ELUA 4NCBA 1TL1A 4CJLA 2I5JA 1RT5A 4C8KA 1IKXA 4OGEA 3AA4A 2F8TA 5T7BA 3SUPA 1RT3A 4EP5A 3EY1A 4HCCA 1DTTA 3OS0A 3S3OA 3VQ9A 4C8NA 2ZD1A 4F2SA 5EU7A 4FVMA 4N47A 3P1GA 3OYAA 3OYGA 1S1UA 2D0CA 4FZYA 2Z1HA 1Z26A 4CJPA 1NOYA 1VRUA 4E7HA 3OYKA 3TABA 4FJHA 1KLMA 3AO4A 3WNHA 4CK2A 3TARA 4CEDA 5HRSA 3ZSOA 4BE2A 3L3VA 2G8HA 1HQUA 3DRRA 1UOCA 4BDZA 1T05A 1NJWA 3L2VA 2D0AA 1VSDA 3CQ8A 1JL1A 3VQCA 2Z1IA 4PY5A 3RTVA 1BL3A 3IG1A 4B9TA 3OYMA 3O3HA 3NF6A 3K5OA 2Z1JA 5KTQA 3OJUA 4M3RA 3V9ZA 1QS4A 4DTJA 1QQCA 2NUBA 2KZZA 1J54A 1RDBA 3NH2A 1L3UA 4AH9A 5J2NA 1IKWA 1WLJA 3KLHA 4FJLA 4GW6A 3QO9A 4KTWA 4BDYA 1D9FA 4M3WA 3L3UA 4KTZA 1KVCA 1NK9A 1HQEA 1RNHA 1RT6A 2OPPA 1VSMA 2F96A 4O44A 3V9XA 4AHTA 1CLQA 4C8LA 2X6SA 1RBSA 1RDCA 1YTUA 3HK2A 4CEFA 4DFPA 2VG5A 1I3AA 1VSEA 4CERA 4YNQA 1WSJA 1UAXA 4LSNA 3IS9A 4OKEA 4DF4A 3H08A 3ZT4A 4DTMA 2Q3SA 5K14A 2ZE2A 3HP6A 3D45A 2EX3A 4FJ7A 4HUGA 2HHUA 5HLFA 4FJ8A 3FFIA 1NKBA 4CCHA 4B9NA 4FJ5A 3MXMA 3ZCMA 1BHLA 2O4GA 2PZSA 3P5JA 3AA3A 3M8SA 1S5JA 2ZQBA 5CZ1A 3KLIA 4CJEA 1ZBLA 1ASUA 3AVCA 4CJTA 5KRSA 4ZTFA 3KK1A 1S1TA 4DU3A 1C0TA 4BACA 2XY7A 2E6MA 2LSNA 1ASVA 3NFAA 4DTSA 1B9DA 3UIQA 4JS4A 1IKVA 3O4NA 2VWJA 4PA1A 1CZBA 4CGFA 4CJSA 3RR8A 3M8RA 1FXXA 2X78A 4CEAA 4DF8A 2VG6A 3SCXA 2Z1GA 1LAVA 3LDSA 1WNSA 1EP4A 1YTAA 3ZSVA 1TGOA 1J53A 4B08A 1HJRA 3NE6A 1BQMA 3DYAA 4CECA 3ZT1A 2IDOA 4HTUA 1WSGA 4OJRA 1JLFA 2DY4A 4H4OA 5C42A 1N5YA 2PY5A 1VSFA 4AHCA 2HHSA 3RMBA 1NJXA 4FLUA 4N76A 3SQ0A 5KI6A 1NKCA 2BANA 3KJVA 1QSSA 1U45A 3LP0A 1HYSA 1HNIA 4OPJA 4FZXC 1NOZA 4DG1A 2XO7A 4ID1A 4FM1A 4FK2A 3ZSZA 2XY6A 3QEWA 2OYQA 1T8EA 1W9HA 3KK3A 3MEEA 3U3YA 2HHXA 1SKSA 4B9VA 4DQIA 4M41A 2OA8A 3LP2A 4B9LA 3OVNA 3F73A 1C1CA 5CYQA 3QERA 4M3UA 1BISA 3AVBA 1B9FA 4J2DA 2YNHA 3TI0A 4CHQA 1G15A 5HBMA 3K5LA 1QSYA 3OY9A 4DU4A 2FC0A 3AO5A 1WN7A 1DTQA 3DMJA 1WAJA 4DSLA 4CK1A 1ZBFA 4DMNA 4AHRA 3HYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1WNS A;  1EP4 A;  1YTA A;  3ZSV A;  1TGO A;  1J53 A;  4B08 A;  1HJR A;  3NE6 A;  1BQM A;  3DYA A;  4CEC A;  3ZT1 A;  2IDO A;  4HTU A;  1WSG A;  4OJR A;  1JLF A;  2DY4 A;  4H4O A;  5C42 A;  1N5Y A;  2PY5 A;  1VSF A;  4AHC A;  2HHS A;  3RMB A;  1NJX A;  4FLU A;  4N76 A;  3SQ0 A;  5KI6 A;  1NKC A;  2BAN A;  3KJV A;  1QSS A;  1U45 A;  3LP0 A;  1HYS A;  1HNI A;  4OPJ A;  4FZX C;  1NOZ A;  4DG1 A;  2XO7 A;  4ID1 A;  4FM1 A;  4FK2 A;  3ZSZ A;  2XY6 A;  3QEW A;  2OYQ A;  1T8E A;  1W9H A;  3KK3 A;  3MEE A;  3U3Y A;  2HHX A;  1SKS A;  4B9V A;  4DQI A;  4M41 A;  2OA8 A;  3LP2 A;  4B9L A;  3OVN A;  3F73 A;  1C1C A;  5CYQ A;  3QER A;  4M3U A;  1BIS A;  3AVB A;  1B9F A;  4J2D A;  2YNH A;  3TI0 A;  4CHQ A;  1G15 A;  5HBM A;  3K5L A;  1QSY A;  3OY9 A;  4DU4 A;  2FC0 A;  3AO5 A;  1WN7 A;  1DTQ A;  3DMJ A;  1WAJ A;  4DSL A;  4CK1 A;  1ZBF A;  4DMN A;  4AHR A;  3HYF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GUI A;  4A5A A;  1LW0 A;  4ELV A;  1XC3 A;  4IBN A;  3CFP A;  4XIU A;  3LDN A;  3NCI A;  1Z25 A;  1JXB A;  4M3T A;  3DXM A;  3WNG A;  2R7Y A;  2A41 A;  3EZW A;  1QZ5 A;  3NF7 A;  4BC4 A;  4YOY A;  4X62 K;  1ATR A;  3WXM B;  3KD1 E;  4DTN A;  2X6N A;  2HF4 A;  4N56 A;  4ELT A;  3QLH A;  4DSK A;  2X74 A;  4LF8 K;  2VGM A;  3PIP L;  3M8P A;  1T6C A;  2YV0 X;  4I9L A;  4X5N A;  4BRM A;  3ZSW A;  4A57 A;  1C1A A;  5AZI B;  4FJJ A;  3HPO A;  2G8K A;  2A5X A;  2YKN A;  1XNQ K;  1BI4 A;  3HXM A;  5F1X A;  1NK5 A;  4JD2 B;  4J2A A;  4HUF A;  3HPH A;  2JGU A;  4RW9 A;  4QS7 A;  4W5O A;  4DSE A;  3NHG A;  1BCM A;  3AO3 A;  1LWF A;  2V51 B;  4I7F A;  1C1B A;  3VQD A;  4I2P A;  3OGL B;  3GBT A;  3VQQ A;  3QIP A;  1FK9 A;  3FFK B;  3LM9 A;  3K59 A;  4B1U B;  2WFB A;  1X9W A;  1OH5 A;  2PYL A;  2UU9 K;  3VET A;  1BWF O;  3B6P A;  3OYC A;  3OS1 A;  4FJN A;  4AHU A;  4DTU A;  1BA1 A;  4RNG A;  4DQR A;  2G8V A;  1Z6R A;  3LDQ A;  3MMV A;  3OTO K;  1NK4 A;  1WUA A;  4A61 A;  3ASM A;  4K43 A;  4M45 A;  1TV6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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