4DTNA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite an abasic site and dda/dt as the penultimate base-pair
Total Genus 334
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
334
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 334
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtnA03
4E19A 5I3UA 1WSEA 3C6UA 4DTPA 3AVMA 5CZ2A 4O4GA 4CJFA 2GUIA 1C0TA 2VG6A 4FLWA 1EXQA 3SYZA 4CJSA 4NCAA 1BI4B 2JLEA 4LH5A 5FRNA 3JYTA 1C0UA 1SL1A 4B9LA 4FJHA 4DFJA 4FJMA 1U45A 1ZBLA 3HK2A 3OYFA 3L2VA 4M3XA 4IDKA 3OYDA 1QTMA 4EZ6A 2QXFA 4B9MA 5D3GA 3QEXA 3ZSZA 2HHWA 1HYSA 4CIFA 3WNGA 4FJIA 3LWMA 4CF0A 3OJSA 1HNVA 3AVNA 3MEDA 3KK2A 3DRRA 1JLGA 5C42A 2G8UA 1BQNA 1FK9A 1QS4A 3MXJA 1ASVA 2IS3A 2G8VA 1CXQA 3DLKA 3TAQA 1U47A 1T7PA 3K58A 3NGIA 4NYNA 4LH4A 3CFOA 1YTUA 2YNIA 3DLGA 3KK3A 4DSEA 3LZJA 1BHLA 3KLFA 1TAUA 3RMDA 2ZQBA 1A5VA 1Y97A 4AHUA 4BE1A 3QEPA 2IC3A 4DWIA 4KI4A 4B9TA 3PY8A 5FDLA 3AA4A 4OVLA 5C24A 1S9EA 3K59A 3DOKA 3IRXA 4HUGA 1JXBA 5T7BA 1U49A 1J54A 1RDAA 3HYFA 3QO9A 1B9FA 2QKBA 4BWJA 4Z4EA 3AVHA 4B9SA 4DLGA 3NH0A 1NKBA 1A5WA 4G1QA 1FXXA 4J2DA 3LAMA 1IG9A 1TKZA 3CYMA 4Y1DA 4W5RA 1SKRA 3AO4A 4C8KA 2VWKA 4B3OA 1EETA 4CGDA 4N47A 4KO0A 5CY4A 1RT1A 3K2PA 3SNNA 4Z4FA 2Z1HA 2RF2A 4DTMA 3AA3A 4CHPA 3CFRA 1TKTA 3B6OA 3WNFA 4RW8A 4DFPA 4B9UA 3DMJA 4JRQA 3DRSA 1S1UA 1ZBFA 4CJRA 3P83D 4PWDA 3NF7A 2ITGA 3L2WA 3TARA 4M41A 4W5OA 1RT6A 5JS2A 1HQEA 1X9MA 3OY9A 3PUFA 4DTRA 4C8LA 4XIUA 2IOCA 4M45A 2OZSA 1IH7A 2X6SA 4CEDA 1I39A 3NF9A 3NH1A 4HHTA 1WN7A 1RBTA 2Z1IA 3TABA 3LP0A 2FBXA 2Z1GA 1JLAA 2B6AA 4E0DA 3M8SA 3KK1A 1GOAA 3K5MA 4LY7A 1JXEA 4DQQA 2P1JA 3AO1A 3V4IA 1LW0A 3NGZA 1RTJA 3K5NA 3AVJA 2XY7A 3RMCA 3I0RA 3V1RA 3O3GA 3K5LA 1LWCA 3VQ8A 4DSKA 3OS1A 3OYCA 4HCBA 4OLBA 3AA2A 3A2FA 1CLQA 4QOZB 4E1NA 1RT2A 2EX3A 4F3OA 4BDZA 4IKFA 1RBUA 1Q9YA 3O4NA 5HLFA 3RR7A 1WAJA 2HHQA 4B9VA 3V9WA 1NJZA 4FJKA 1D5AA 1LAWA 3DM2A 3V9SA 3VQBA 3SUQA 1Z26A 4CE9A 3V6DA 3TANA 3SQ4A 2HMIA 4KHUA 3SQ0A 1ITGA 4DSFA 3K57A 3KKSA 1RBVA 4DSIA 3HVTA 1WAFA 1IKWA 4C8NA 1L3UA 1KVBA 1MU2A 4AILC 4FLZA 1VSMA 2F8TA 3DLBA 5FRMA 3CFPA 1RT4A 2XHBA 2XY5A 2B4JA 3MAQA 1QSLA 4Z4IA 3ASMA 1HYVA 4DTJA 2G8HA 1WSIA 2YKMA 1JL1A 4LSNA 4MQ3A 2HVIA 2G8KA 4AH9A 3T3FA 5HP1A 3S3MA 1L3SA 4F8RA 4W5TA 3QLHA 2O4IA 4CJPA 3TAEA 3HPOA 4KB1A 2E6MA 5SZTA 3PX4A 4Z4CA 1RDBA 3ZSVA 4PY5A 2GV9A 4LSLA 4CERA 3VQAA 3SPYA 1BISA 5DK5A 3LANA 3JSMA 3MEGA 1KCFA 3NF6A 4MFBA 2PY5A 4PUOA 4DTOA 1A5XA 3KLEA 1NJYA 3C95A 1TK0A 2HHUA 4FJLA 4FLVA 1D9FA 4FLUA 4Y1CA 5HROA 1J5OA 4O55A 4CEOA 1TKDA 3SQ1A 4OGEA 4KTQA 4KREA 3I0SA 3IAYA 3ZSRA 4EP4A 4Q5VA 4CK2A 3RR8A 1VSDA 4B9NA 1L3VA 3S9HA 2OZMA 5CYQA 4CEAA 4JLHA 3D45A 4RG8A 4BE0A 2KZZA 3QEVA 3OYLA 2OYQA 1RTHA 4FJ7A 3C94A 1JLQA 3HPHA 1D9DA 3SQ2A 2YNFA 3DRPA 1KLMA 2DFEA 3L2QA 4FK2A 3VQQA 3ZSWA 1JLFA 3HXMA 1X9WA 4FJXA 1RDCA 1IKVA 1YVUA 3LP1A 2AJQA 4CFBA 3EY1A 4CGHA 1BCOA 4DTNA 3QNNA 4ID5A 4E89A 4CK3A 4HCCA 3WNHA 1SKSA 3L8BA 4HVJA 4E7KA 4DS4A 3VQCA 4CF8A 4KPYA 4Z4GA 3HP6A 1TAQA 1UOCA 4GW6A 3LWLA 2G8IA 4H8KA 4CFCA 3OYHA 1KLNA 2RKIA 4FZYA 1ZBUA 3H08A 3VQEA 5HRSA 3SZ2A 4DQRA 1VSJA 3ZSYA 4CHQA 3ZT4A 1TK8A 1B92A 3E01A 1RDDA 3VQ5A 4CGFA 4DU3A 2PYLA 3PO5A 4FZZA 3ZT0A 3U3GA 3T1AA 2B5JA 4KAZA 4PQUA 4W5NA 3OYMA 3P1GA 4KKOA 4KHWA 4E7IA 1Q9XA 3VA0A 1C1BA 3SV3A 4AHVA 4FJ5A 3M8RA 4CJUA 5HRPA 3RRGA 3M8PA 3HL8A 4I9QA 1W0HA 1D8YA 4FZXC 4DFMA 2OPRA 3LP2A 4WE1A 4DF4A 3NH2A 3ALYA 1VSKA 4OPKA 4CHNA 1NK0A 1ZBIA 2X74A 1G15A 2D0CA 2ZE2A 4J2BA 2X78A 3V9UA 4EZ9A 3AV9A 3I8DA 3ULDA 2EHGA 1KVAA 2BANA 4DTSA 3DYAA 4AHTA 3UIQA 2XRIA 2HNDA 5HRNA 5JS1A 4I7FA 1N6QA 2KW4A 1VK0A 1NK6A 4CF2A 1C1CA 4H4OA 3O3HA 5J2QA 4CGIA 5I42A 4CHYA 2KTQA 3OJUA 1I3AA 3DLHA 2IGIA 2ZD1A 1WSFA 1QE1A 4NYFA 4RW7A 1ZBHA 1S5JA 2D5RA 2XY8A 4FJGA 3HT3A 3HP9A 1L5UA 2E4LA 1T8EA 4GMJB 4UQGA 2HHSA 2FBYA 3TAPA 2FBVA 4B8AB 4FJ9A 4KHQA 3BGRA 3F9KA 4CEFA 4JRPA 3PX0A 1UA1A 2VWJA 3LPTA 4AHRA 3QETA 3QIOA 2P5GA 4OKEA 2HHVA 3ITHA 1HNIA 2P51A 3V1OA 1XI1A 4DLEA 1S1TA 3NHGA 1Q8IA 3TR8A 4M3TA 4ELVA 3VQ4A 4EP5A 1N5YA 4O0IA 1LAVA 4ZTJA 2WOMA 3OYEA 1J9AA 2DFFA 5KI6A 4CJEA 1TL1A 3AVFA 4TSXA 4I2PA 4CEBA 4FYDA 2Q3SA 3NFAA 4CJ4A 3VQ6A 2Y1IA 3VQPA 3C6TA 5K14A 1CXUA 1EP4A 1Z25A 4DTXA 3G0ZA 1WNSA 1TK5A 2Y1JA 4CECA 3V9ZA 1ZYQA 4ZTFA 4FM1A 4K8XA 3AVKA 2DY4A 3VQ7A 1X1PA 4HTUA 1KVCA 4J2AA 4DSJA 4NCGA 1DLOA 1FKPA 3AVLA 2PYJA 2HNZA 5HBMA 3MXMA 4DU4A 4CJ5A 4W5QA 3U3YA 3BDPA 4N41A 1HPZA 4DF8A 3MEEA 3SJJA 5HRRA 1QSSA 1HMVA 1UWBA 1TGOA 3LPUA 1SKWA 1VSIA 3HSTB 1YT3A 2OPSA 3TAMA 4CJWA 2W42A 3M8QA 2RPIA 1IKYA 2HW3A 4RW6A 3ZT1A 3ZT2A 1NK7A 2IAJA 4Z0UA 4FJJA 2JGUA 4CGGA 4Z4HA 3DOLA 4BACA 4BE2A 3AVIA 2FBTA 3RMAA 3HM9A 2KZMA 1BI4A 5KGWA 2IDOA 1JKHA 2HVHA 1NOYA 3NDKA 4ID1A 4IG3A 4KV8A 3AO2A 3RTVA 1NK8A 1VSLA 1EX4A 2PZSA 1X9SA 4F2RA 1K6YA 4FW2A 3QNOA 3AVCA 2FC0A 4E7LA 3AVAA 1BCMA 3SI6A 1S1WA 1TKXA 5KRSA 3KIOA 4KHNA 3OYBA 2BGGA 2G8WA 3SUNA 3IS9A 3HPGA 4FK4A 1U48A 3NBPA 5FROA 1J53A 2YV0X 3OYNA 3NCIA 4DU1A 1FKOA 1TV6A 3LDSA 4N76A 3OYGA 3S3NA 3SV4A 3ZCMA 4RW4A 2OA8A 5J2MA 5CZ1A 4C8MA 2XO7A 1HYZA 4CCHA 3HJFA 1RBSA 1W9HA 3TAGA 1JLEA 1U4BA 3NGYA 3QINA 4J2EA 1IKXA 3F73A 3L2UA 3AA5X 3D0PA 2HB5A 1S9GA 2ETJA 3T19A 3KLIA 1WSGA 1BGXT 3L2RA 3SCXA 2WONA 1VRUA 4OKJA 3CM5A 4OPJA 1LWFA 4CGJA 4FJNA 3OS2A 3L3UA 2VG5A 5KTQA 3KTQA 3AVBA 3HO1A 1ASUA 1BIZA 5CYMA 4CF1A 4DMNA 3OYIA 3OYAA 3NE6A 3K5OA 4IBNA 4KHYA 4AHCA 2QK9A 1VRTA 4FW1A 3O4QA 4M3YA 3VQ9A 3OYJA 4DFKA 3NF8A 3OYKA 4ELUA 1NOZA 4OGCA 4CIEA 1WSJA 1DTTA 4FCYA 3LAKA 3RRHA 1RT5A 3V9XA 3RMBA 3LZIA 2DFHA 4E3SA 3HVRA 1BIUA 1T03A 1C6VA 1XHXA 2O4GA 3V1QA 4KB0A 3QEIA 3VQDA 1TL3A 4I9LA 1C1AA 1S1XA 3IG1A 3L3VA 5C25A 3TWHA 1VSEA 4DSLA 4E7JA 4FLYA 1EKEA 4CFDA 1NK5A 3PO4A 1NJWA 2P5OA 1TVRA 3NAEA 2KFNA 1RBRA 4CJKA 1IO2A 2OPPA 1YTAA 1REVA 3MECA 1S6PA 2XY6A 3DLEA 2R7YA 1XWLA 4O5BA 4CEEA 2F8SA 2QKKA 3ISNC 4F3TA 4LD0A 2DTUA 3ZSOA 1JL2A 5J2NA 1RTDA 2GBZA 4O0JA 3MXIA 4CJQA 2YHBA 3CM6A 5DMRA 4CFAA 1HRHA 2YKNA 3VA3A 4QCLA 3LP3A 4JS5A 2BDPA 4N5SA 2HHXA 4DS5A 3RWUA 3O3FA 2KFZA 1KSPA 1UA0A 4O44A 4M3UA 2KQ2A 1NK9A 4CHOA 3CQ8A 4OLAA 2VG7A 5EU7A 1RCHA 1U04A 2Z1JA 2X6NA 1NJXA 4M3WA 3B6PA 2D0AA 1LWEA 3V81A 4ELTA 4KTZA 1DTQA 1WSHA 1KFDA 4CJ3A 4Q0BA 2RN2A 1XC9A 3TI0A 5KGXA 4CF9A 3KJVA 4HUEA 4K8ZA 1BL3A 2I5JA 3ZT3A 4N56A 4F4KA 1VSFA 4C8OA 4F2SA 3QIPA 1GOBA 1UAXA 4CESA 4H4MA 3EYZA 4KI6A 1B9DA 4CJTA 2ATQA 4KRFA 3WNEA 1RT7A 4B8CA 2HNYA 1WLJA 2E6LA 1XHZA 1SL2A 4DG1A 1T05A 1F21A 3AO5A 4IFYA 4QAGA 3ZSXA 5KRTA 1KFSA 4KTWA 3KKRA 2D0BA 3SPZA 4M3ZA 4FLTA 1LW2A 1QHTA 4DQSA 4CHZA 5J2PA 2A1SA 3SUOA 4KHSA 5SWMA 3ZSQA 3AO3A 4OKKA 3PV8A 4DQPA 1ASWA 1RILA 2YNGA 4CJLA 3EZ5A 1HJRA 1CZ9A 3QEWA 4CK1A 1KTQA 1HQUA 1RT3A 1SUQA 1NKCA 4M42A 1KRPA 1GOCA 3FFIA 1VSHA 1JLBA 2YNHA 3DLRA 4DTUA 2LSNA 1JLCA 3DI6A 4CJVA 1S6QA 3CG7A 3OVNA 4AHSA 2HHTA 4M3RA 4HUFA 4IG0A 3PX6A 4FXDA 4R5PA 1NK4A 1L3TA 4L8RB 3SUPA 3KLGA 2A1RA 4YFUA 1QSYA 1S1VA 1LV5A 1QQCA 4BDYA 1R0AA 2F96A 4I2QA 4B08A 4ZHRA 4FM0A 2YHAA 4FM2A 3P5JA 4BWMA 3TAFA 4CIGA 4DQIA 1SV5A 3QERA 3OS0A 1C0MA 2OPQA 3QESA 4OJRA 4CEZA 3LALA 1SL0A 3AVGA 1NKEA 2NUBA 3KD1E 4YNQA 4CEQA 3U6FA 3KD5E 4E1MA 1BQMA 4ICLA 4GVMA 4E7HA 2G8FA 4BDPA 4FVMA 1O1WA 2BE2A 4FK0A 1RNHA 1RTIA 4NCBA 4KFBA 5J1EA 4JS4A 5E41A 3S3OA 4FJ8A 3G10A 4PA1A 4RW9A 3KLHA 1CZBA 4FLXA 3THVA 3VN5A 4IFVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A59 A;  3CJ7 A;  3C6U A;  4DTP A;  1HKC A;  3FZL A;  1VQK N;  1K8K A;  2VG6 A;  5FRN A;  4LH5 A;  1C0U A;  1V4T A;  4ISG A;  4B9L A;  3JS6 A;  4DFJ A;  3IMX A;  1ZBL A;  3ZET A;  4BRQ A;  3OYD A;  1OH8 A;  1N1C A;  4EZ6 A;  2QXF A;  5IWA K;  4B3R K;  1SS6 A;  4CF0 A;  1JW2 A;  3AVN A;  3KK2 A;  3DRR A;  2G8U A;  2PFV A;  1FK9 A;  1XL3 C;  1QS4 A;  3MXJ A;  1ASV A;  2IS3 A;  2D1K A;  2G8V A;  4JI3 K;  4KHP K;  3HGK E;  3DLK A;  1U2V A;  3TAQ A;  3WXM B;  3QBW A;  4DKW A;  4AKH A;  1HUX A;  5I9E B;  3LZJ A;  1BHL A;  3KLF A;  1JJ2 M;  4IOX A;  1Y97 A;  3QEP A;  4KI4 A;  1BDG A;  3PY8 A;  1H1V A;  5H1S Q;  4CZH A;  4CZJ A;  1ATR A;  3TU5 A;  4HWI A;  5T7B A;  2QKB A;  3WXI A;  4BWJ A;  2EWS A;  3CET A;  1NKB A;  1Q81 O;  1A5W A;  2O8B B;  1NG9 A;  3CYM A;  1TYQ A;  4IJN A;  4W5R A;  4CGD A;  4N47 A;  1IG8 A;  5CY4 A;  1RT1 A;  3SNN A;  2Z1H A;  3VEO A;  3AA3 A;  1TKT A;  3VGM A;  3GE1 A;  3DMJ A;  1S1U A;  5EOY A;  4PWD A;  1QZ5 A;  2E2N A;  1HQE A;  4C8L A;  2IOC A;  1WN7 A;  1RBT A;  2Z1I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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