4DTPA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp opposite an abasic site and dda/dt as the penultimate base-pair
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 325
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtpA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtpA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtpA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtpA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtpA03
1X9MA 1BIUA 4F2RA 4DFPA 1T7PA 4CHNA 3ZT3A 2WOMA 4BWMA 1RDBA 5FROA 1RTIA 3DLEA 1WAFA 4FZYA 4DTUA 5FDLA 4KHWA 3IRXA 4O0JA 3SYZA 4DSKA 4ID1A 1FK9A 3O3GA 1J54A 3P1GA 4CIEA 4OVLA 4DS5A 5HROA 4OKEA 3V9WA 3HVTA 4IBNA 4FM1A 1EXQA 3SQ0A 1SL2A 3UIQA 3CYMA 3QIOA 4KV8A 3OYLA 5KGXA 4KB0A 3VQ5A 2VG6A 3CFPA 2X78A 4M3WA 3AA2A 1B9FA 2RKIA 3VN5A 4CFBA 3V9ZA 4H8KA 2QKKA 5E41A 1IKVA 2XY8A 3QESA 1KVAA 4ID5A 3HL8A 3NGZA 3O3HA 1L3TA 4ZTFA 4FCYA 3K5NA 1JLGA 3HSTB 1GOAA 1JL1A 2D0BA 5JS1A 2GV9A 3SQ2A 4C8LA 3PV8A 3RMAA 2Q3SA 3AVFA 5CYQA 4ZHRA 3NH0A 3ZSQA 3L2RA 2HHXA 4DF8A 4AHVA 2G8HA 2IAJA 3PY8A 3NHGA 4FJ9A 3DRSA 3P5JA 3VQ4A 4KHQA 3VQAA 4CEZA 3D0PA 1FKOA 1L5UA 4DQIA 2FBTA 3QINA 2XY6A 3KD1E 4ELUA 4FJLA 3VQCA 4CEEA 3OYFA 3SQ1A 1XHXA 3TI0A 1NK6A 2P5GA 4FJ5A 3B6PA 3U3YA 2OA8A 1DTQA 1BL3A 1WSGA 2OYQA 4CGDA 5C25A 4CEFA 4KFBA 3K2PA 3HM9A 4TSXA 4O5BA 2YHAA 3DMJA 3MEGA 3RMCA 1NJYA 4PWDA 2DTUA 4C8MA 3DLHA 3M8QA 5CY4A 4F8RA 1G15A 3AA5X 3HP9A 4CGIA 1WSHA 1C1AA 1KVCA 5I42A 5KTQA 4IKFA 4ELTA 2G8WA 3SZ2A 4E1MA 1UA0A 1A5XA 4IFYA 4FJKA 1KVBA 4FM2A 4FJHA 1ITGA 5KI6A 3U3GA 3ULDA 2ZQBA 2XY7A 1SUQA 3HPOA 1JLAA 3NE6A 3NCIA 3ZSYA 4K8XA 4EZ6A 1RCHA 1NK9A 1RT7A 2HMIA 1RNHA 4EP5A 2HNZA 4W5TA 1KRPA 2YNGA 4JRQA 4DMNA 4CEBA 4I2PA 5SWMA 2QKBA 1RTHA 3ZSVA 4HUGA 1SL0A 4NCBA 2W42A 3NH1A 2O4IA 1LWCA 3VQ6A 4PA1A 2Y1IA 4ZTJA 1VSKA 5HP1A 4CF2A 3LWMA 4Z4GA 4NYFA 4E7JA 3L2WA 3C94A 2DY4A 1ASWA 1Q8IA 2I5JA 1NKEA 4FJNA 1ZYQA 4F2SA 2HHTA 1BCMA 3AV9A 3V1QA 1VK0A 1HQEA 3RR7A 4CHZA 4B08A 1CZ9A 2RN2A 5C24A 4YNQA 2QK9A 4QOZB 2NUBA 2KFZA 4WE1A 2XHBA 3S3NA 2YV0X 4CK3A 4CJWA 2O4GA 4KTZA 4FLZA 1RT4A 4CFDA 4AHSA 4AILC 3HPHA 5J2NA 1UWBA 3WNHA 1RT2A 3NF8A 5HRPA 3CM6A 3K59A 3DYAA 4FJ8A 4CEDA 4KI6A 4HUFA 4GVMA 3OYAA 4J2BA 3CFOA 3DI6A 1C6VA 1SKWA 2DFHA 2P1JA 3OYJA 3VA3A 2G8IA 3DM2A 3PUFA 1TAQA 3LPUA 2YNFA 4OPJA 2R7YA 4CHQA 4F4KA 3NF6A 2AJQA 4N41A 4DTNA 3CM5A 4DQPA 4DF4A 1WSFA 5DMRA 4CJRA 1RBSA 2P5OA 1NK8A 4DFMA 3LDSA 1HJRA 1Z26A 3NF7A 2BE2A 3OYDA 4DQRA 4L8RB 4Z4FA 2OPSA 3SNNA 2Z1HA 3K5LA 4B9NA 1HQUA 2DFEA 4FK4A 1LV5A 3LWLA 3S9HA 3HPGA 4E3SA 4OGEA 4HHTA 3L3UA 3A2FA 1TL3A 4KKOA 3ZSOA 3V81A 1HMVA 1QQCA 1NK5A 1T8EA 3LANA 4FM0A 3G10A 4Z0UA 3OS2A 3ASMA 2HHWA 4IDKA 4DSEA 2WONA 1BQNA 4OKJA 1TVRA 4DFKA 1VRUA 3I0RA 4E19A 3OYMA 3K58A 4DSIA 1KFSA 4NCAA 4DTPA 4FLVA 3C95A 1REVA 1QSYA 1TKDA 2OPQA 3C6UA 3V9XA 1GOCA 1I3AA 3HXMA 1S1XA 1IKXA 5HBMA 3EZ5A 1NOZA 5CYMA 3AO3A 4IFVA 3ZT0A 4DLEA 3RRGA 3HJFA 4F3TA 2HVHA 3T19A 1SV5A 2KFNA 1LW0A 4DTSA 3LZIA 1Y97A 2P51A 2VG5A 2IOCA 4BACA 1X9SA 1TK5A 3V9SA 3LAMA 1IKWA 3SUOA 4KTWA 3KKSA 1KFDA 4PY5A 5J2QA 1IH7A 3ZSWA 4FJ7A 1GOBA 3MECA 1KLMA 4CJLA 4OLAA 4DTJA 1TAUA 3T1AA 1IO2A 2IC3A 2HW3A 1VSFA 4KPYA 1C0UA 1BGXT 3KLIA 4DFJA 3HP6A 3MXMA 4CCHA 3SI6A 1JL2A 4ICLA 3HVRA 4KREA 3LZJA 1WSJA 4CJ3A 3BDPA 5FRNA 3NFAA 3OJSA 2HVIA 3AVBA 3IS9A 3LP3A 1J53A 3VA0A 2HHSA 4M42A 4DWIA 1A5WA 3HO1A 4DSLA 4O4GA 3CFRA 4C8OA 3HT3A 2HNYA 3DLKA 1NJXA 1U45A 4B9LA 1JLQA 1ZBLA 4DU3A 3M8RA 4LH5A 3OYKA 4KTQA 3QEXA 1LWFA 3CQ8A 4Y1CA 1RDAA 3O3FA 5JS2A 5KRSA 3QNNA 3AVJA 1U4BA 3LAKA 1XC9A 2ITGA 3KIOA 4KRFA 1S9EA 3TAEA 1NK7A 5KRTA 3TAFA 1CXUA 4FLTA 1CXQA 1VSLA 4NCGA 4CJ4A 1QE1A 3QERA 2EHGA 1NJZA 1TKZA 1W9HA 3WNFA 1WSEA 4CJFA 4CJUA 3SPYA 3ZT1A 4CFCA 4E7KA 2HHQA 1T05A 3SUNA 4EP4A 1NKCA 3VQEA 3V1RA 3U6FA 4DTRA 4B9VA 2Z1IA 5HRRA 1N5YA 4DS4A 3V1OA 1NJWA 4CEOA 2X6NA 4BE1A 4Z4IA 1XI1A 1JLEA 3DOKA 1RBUA 2YNIA 3ZT4A 3VQ8A 4Z4CA 2A1SA 2RPIA 4CGGA 1QSSA 3SQ4A 3ISNC 4RW4A 3SPZA 4FLUA 4FYDA 1JXBA 2GUIA 3TAMA 3AO2A 2JGUA 4C8NA 4N47A 4W5RA 3PX6A 1VSIA 1VSMA 1WSIA 4KHNA 4BWJA 2VG7A 1JLCA 4I9QA 4DTOA 3S3MA 3PO5A 1WN7A 1VSJA 4CGJA 3JSMA 1ASUA 4KHSA 4GW6A 1IG9A 3I8DA 3LP2A 4O44A 1ASVA 1JKHA 3LPTA 3KKRA 2VWJA 2X6SA 4E0DA 3AVHA 3L2QA 4LH4A 4MFBA 4RW7A 4R5PA 1U49A 4B9MA 4KO0A 4HTUA 4CECA 4ELVA 1U04A 4XIUA 2YNHA 2HB5A 4DU1A 4FJGA 4HVJA 2KW4A 2A1RA 3OYNA 3JYTA 1RBTA 3KK2A 4N76A 1TKTA 4CF9A 4CGHA 3PX0A 5FRMA 1K6YA 3SUPA 1UOCA 2BDPA 3KLHA 1L3VA 4G1QA 4GMJB 4B8AB 1S1TA 3OYBA 4BDYA 3M8PA 3SV3A 3TAQA 4FZXC 2OZMA 2BGGA 1C1BA 2ETJA 5EU7A 4BE2A 1FXXA 1B9DA 4W5NA 4E7HA 1HRHA 2OPPA 3L3VA 3LP1A 1RT6A 4H4OA 1JXEA 3LP0A 3DOLA 2YKMA 2FBVA 1TK0A 2PZSA 3QETA 3O4QA 4CGFA 4DQQA 4Y1DA 1KCFA 2G8VA 1LWEA 3IG1A 3K5MA 3V9UA 1SKRA 3ZCMA 3MXIA 4B9SA 2KTQA 4PQUA 3LALA 1RT1A 3KD5E 1BCOA 3MXJA 4FW2A 4O0IA 4Q5VA 4W5OA 1L3SA 1BI4A 2QXFA 2KZZA 3L2VA 1UAXA 3KLEA 4HCBA 1S1UA 5C42A 1Z25A 4Q0BA 1D5AA 2PY5A 1LAWA 4DSJA 4KAZA 4CK2A 1DTTA 2X74A 3V4IA 4QCLA 3AVNA 1F21A 3OYIA 2OPRA 4CF1A 1CLQA 3TAGA 3RWUA 1BISA 3WNGA 2FC0A 1SL1A 4CJKA 1HYVA 2YKNA 3FFIA 1ZBFA 2OZSA 4JLHA 1SKSA 3TARA 2G8UA 4LSLA 2Y1JA 3AVMA 3QEVA 1ZBUA 3AO4A 1EETA 3RRHA 2E6MA 4I7FA 3OYEA 4OPKA 1C0MA 4KB1A 5D3GA 1C0TA 2LSNA 4DU4A 1S1VA 4B9TA 3NBPA 3RMDA 3NDKA 3OYCA 3VQPA 3AVKA 4FJMA 3QO9A 4FW1A 1KTQA 2IS3A 3ITHA 4E1NA 1RDDA 4DG1A 4CIFA 3RR8A 4FZZA 4JS5A 3DLRA 5K14A 1QTMA 1TV6A 3PO4A 4FK0A 4KHYA 3KK3A 4BDZA 2FBXA 4N5SA 3KTQA 4BDPA 1WLJA 1T03A 5HRSA 5DK5A 4M41A 4NYNA 3QIPA 4AHCA 3AVGA 1RTDA 4FLYA 1JLFA 2VWKA 1S9GA 3VQ7A 3CG7A 4FJXA 3RTVA 1A5VA 3AVAA 4O55A 1O1WA 1RBVA 4HCCA 3NF9A 1QSLA 4CERA 3QNOA 1TGOA 4OJRA 2FBYA 5SZTA 4E7LA 4Z4EA 3E01A 4C8KA 3NGIA 3SJJA 1NK4A 1XWLA 3K57A 1BQMA 2RF2A 4CF8A 3TANA 1UA1A 2PYLA 1BHLA 4B3OA 3AO1A 1W0HA 2ZD1A 4J2DA 1TL1A 4RW9A 4FJIA 2PYJA 4H4MA 4CJTA 2D5RA 4DQSA 1R0AA 1D8YA 2DFFA 4K8ZA 2XO7A 2Z1JA 1I39A 1J9AA 1EX4A 1HNVA 2D0AA 2Z1GA 3D45A 4IG3A 1QS4A 5HRNA 3L8BA 4LY7A 4AH9A 3L2UA 4CIGA 4YFUA 1S1WA 1CZBA 3MAQA 3G0ZA 1L3UA 3DLBA 3PX4A 4EZ9A 4M45A 3AVIA 4JRPA 5J2PA 3TABA 1ZBHA 3SUQA 2IGIA 4FJJA 2B4JA 1VRTA 4I2QA 4W5QA 4HUEA 1YVUA 3H08A 4CJEA 3NH2A 4M3UA 4PUOA 4CJSA 4CEAA 1D9DA 1RBRA 1YT3A 2EX3A 4E7IA 3THVA 2GBZA 1U48A 2KZMA 1HYSA 4AHRA 3SV4A 2BANA 3AVCA 3ZT2A 4AHTA 1NK0A 3HK2A 4FLWA 3QEPA 2F96A 3DRRA 1X9WA 1TKXA 3VQBA 1BIZA 1EP4A 4RW6A 3OS1A 4FK2A 1HNIA 1S6PA 1YTUA 4CJQA 3KK1A 3EY1A 3AA4A 4CHOA 4OLBA 1MU2A 4M3RA 1DLOA 3BGRA 4B8CA 5T7BA 2B5JA 5I3UA 3QEWA 1WAJA 3T3FA 1HPZA 3MEEA 2B6AA 4CHYA 4LSNA 1YTAA 4KI4A 2JLEA 3OS0A 1Q9XA 2E6LA 3DRPA 4LD0A 2G8FA 2F8SA 3SCXA 4OKKA 3NAEA 1S6QA 4RG8A 3DLGA 4MQ3A 4DTXA 3OJUA 1IKYA 4UQGA 3P83D 4CF0A 4J2EA 3VQDA 2G8KA 1KLNA 4KHUA 3KJVA 3K5OA 4CJPA 1FKPA 4DLGA 4B9UA 1VSEA 2KQ2A 1VSDA 3VQ9A 4E89A 4FLXA 3TAPA 5HLFA 1EKEA 5J1EA 3QEIA 4JS4A 3I0SA 3KLFA 2IDOA 1QHTA 1RTJA 5CZ2A 4RW8A 1TK8A 4I9LA 1KSPA 1ZBIA 1NOYA 2HHVA 4CESA 3ZSXA 4DSFA 4IG0A 4F3OA 2HNDA 3QLHA 1RT3A 2HHUA 3HYFA 3WNEA 3M8SA 3IAYA 3AO5A 1Q9YA 3C6TA 3VQQA 4CE9A 1N6QA 2ATQA 4CJVA 4OGCA 4N56A 2E4LA 1LW2A 1WNSA 3TWHA 1J5OA 3TR8A 1RT5A 2XY5A 2F8TA 3ZSZA 3F73A 3NGYA 3F9KA 3ALYA 2D0CA 1NKBA 3B6OA 4CHPA 1LAVA 2YHBA 3AVLA 2ZE2A 4M3XA 3OVNA 4FVMA 3OYGA 3OYHA 3KLGA 4BE0A 1XHZA 4DTMA 1S5JA 1D9FA 4J2AA 4CK1A 1RDCA 3MEDA 5CZ1A 3V6DA 1B92A 3OY9A 1X1PA 3O4NA 1BI4B 1C1CA 4CEQA 2XRIA 5J2MA 1HYZA 4CJ5A 4AHUA 3RMBA 4M3YA 4QAGA 3ZSRA 4Z4HA 4M3ZA 1RILA 1JLBA 1U47A 4M3TA 4CFAA 3AA3A 1VSHA 4FXDA 5KGWA 3EYZA 3S3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X9MA 5KQ8A 3CCEN 4F2RA 4DFPA 3R3LA 2JHCA 1DGKN 4BRPA 3ZT3A 5FROA 1WAFA 3N1EA 5IT9O 3EE9A 1YI2N 1J54A 4DS5A 4OVLA 4OKEA 4ISFA 3OBYA 5DM7L 3C6HA 3EEQA 4KV8A 3OYLA 4FWSA 4KB0A 3CFPA 4M3WA 2VJ5A 2QKKA 3HL8A 1EWRA 5C2FA 2D0BA 3SQ2A 3P38A 4H0OA 4CBXA 1NGEA 1FZHE 3NH0A 4ZHRA 1DT9A 3L1NA 3THYB 2G8HA 3IMXA 1GLLO 4GV6A 4FJ9A 3VQAA 4AKHA 4M7YA 3MX5A 5AJ3K 1FZ8E 3BP8A 1XU5E 4U7BA 2I7PA 4BR4A 2OYQA 3KHYA 3GL1A 4JI8K 4TSXA 4O5BA 2VQFK 2YHAA 1MHYG 4PWDA 3DLHA 5CY4A 2ZM6K 1G15A 4RNGA 4CZLA 4K0KK 4IKFA 5ADXH 4ILHA 4E1MA 4FM2A 4FJHA 3ULDA 4AKIA 3HPOA 3NE6A 3NCIA 2OTJN 4K8XA 3WXIA 1NK9A 1TUYA 1RNHA 1IJJA 1HPMA 4W5TA 4JRQA 3HSCA 4EYWA 5SWMA 2QKBA 1SL0A 4NCBA 3D6RA 4YOWA 3VQ6A 5HP1A 1OKJA 3UE5A 4B1UB 1ASWA 2HHTA 4BRKA 1ZYQA 4WQ4C 2A5XA 2HOEA 3RR7A 4EIAA 4B08A 5C24A 4YNQA 4QOZB 2NUBA 3GG4A 2XHBA 2HD0A 2YV0X 4CJWA 2QW9A 2O4GA 3MCAB 4L3QA 4JKEA 1RT4A 5AQFA 3HPHA 5J2NA 1UWBA 1RT2A 5HRPA 3CM6A 4BR7A 2P1PB 2V51B 3O6WA 4BRDA 4HUFA 4GVMA 2CGLA 3CFOA 1C6VA 2VYPA 3TL8B 3DM2A 2Q0RA 3LDOA 3NF6A 4JV5K 2AJQA 1QQNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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