4DTSA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtsA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtsA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtsA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtsA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtsA03
1EXQA 4CJSA 3L2VA 2GUIA 3QO9A 2O4IA 1VSMA 4Q5VA 4DTMA 1TKXA 3L3VA 2X6NA 4H4MA 3ZCMA 1ASUA 4CEBA 3AVHA 1RTDA 5HRSA 3KKRA 1EETA 3V1RA 2Y1IA 4E19A 4M41A 1U4BA 4DSJA 3NF6A 4CF9A 1WSFA 2D0CA 4CJ3A 2LSNA 1IKVA 1VSHA 3AVIA 4Z0UA 1VSFA 3OYHA 3D45A 1WSEA 2QXFA 4OLBA 3K5OA 3RRGA 1YVUA 4L8RB 4OGEA 1YTAA 1GOAA 3IS9A 4MQ3A 5C42A 4C8OA 4FZZA 4DS5A 4DSKA 1G15A 2WONA 4EP5A 3V81A 4NCGA 4I2QA 2YNFA 3VQ5A 3SQ2A 4KHYA 4N5SA 3M8PA 3KLGA 4BDYA 2HHQA 3LZIA 3B6OA 3HSTB 2GBZA 4RW7A 3VQAA 4PUOA 3KK1A 4BWMA 2KFNA 4KB0A 3V9UA 4J2EA 4PQUA 4DTXA 4DTOA 1ITGA 3LALA 2G8VA 4FJIA 3HPHA 3OYKA 1RBSA 3WNEA 2I5JA 3NBPA 2ETJA 3TR8A 2IC3A 3M8SA 4M3TA 4CJKA 4BE2A 1U45A 2IOCA 1VRTA 1D5AA 2ZQBA 3OYCA 1O1WA 1LW2A 4HCCA 1F21A 4DQRA 4CJVA 2B4JA 3TAPA 4KHNA 2YKMA 2A1SA 3NF8A 1JLAA 4PY5A 4N56A 1KTQA 4KTZA 1RTIA 3K5LA 1TAQA 1WNSA 3THVA 3QNOA 4B9UA 4DTPA 4KI4A 4FLTA 5JS2A 4LSNA 4UQGA 4CF1A 3K57A 2IDOA 4RW6A 4B9VA 1U04A 4EP4A 3M8QA 3DOLA 4JRPA 4HVJA 2HHWA 3DLGA 1HJRA 3L2QA 3AO4A 4CERA 1TL1A 3HPOA 4OGCA 3OYFA 4KB1A 4FM0A 2F8TA 4O44A 3EY1A 3LZJA 4DFJA 3OS1A 3RMBA 1TV6A 1TK8A 3I0SA 1DTTA 4AILC 3DLRA 1ZYQA 4QAGA 4YNQA 4M42A 1JLCA 3NH1A 1K6YA 4JRQA 1R0AA 1JL1A 3OYIA 5I42A 4HUGA 4CEFA 4FXDA 3QERA 1VSDA 4CECA 3ISNC 3LAMA 1BGXT 1S5JA 1B9FA 3VA3A 1SUQA 4KO0A 1J53A 4R5PA 2P5OA 4M3WA 1ASWA 4DQQA 1TK5A 3VA0A 4KI6A 2X74A 3OVNA 1B9DA 4DLEA 4DS4A 1DTQA 3C95A 4CIGA 3VQPA 1GOBA 1FXXA 1JXEA 3LANA 3OYGA 4HUEA 4DSIA 4CFBA 3LP2A 3TWHA 1RT6A 3JSMA 1VSKA 4F2SA 1S1WA 1Q8IA 3HP6A 2XY7A 2OYQA 1BHLA 3H08A 3HL8A 3V1OA 1A5XA 3QESA 4GVMA 3OYJA 4FLYA 4CHQA 3EZ5A 3MAQA 4HTUA 2B6AA 3S3MA 3QLHA 3RMDA 4Z4FA 2HW3A 1NK4A 2ZD1A 4NCBA 1TAUA 5FRMA 4ZTJA 1LAWA 3ZT3A 1RT3A 4ELTA 1RDCA 3DM2A 3T19A 1X9WA 3MEEA 3AVFA 4F8RA 4CJLA 4KKOA 4OJRA 2X78A 3L3UA 1RBVA 1J5OA 4FJGA 1KVBA 4FLUA 1QE1A 4B8CA 1ZBLA 1KRPA 4DLGA 4Y1DA 3KK2A 2PYLA 3CFRA 1C0TA 2OZSA 4B9NA 3KD1E 4O55A 4KFBA 4KHUA 2HB5A 1I39A 1RT2A 4W5OA 3D0PA 2ATQA 1JKHA 3AVKA 4I7FA 3SUNA 2G8KA 4DTUA 4FK2A 3NHGA 2Q3SA 4LD0A 5SZTA 3DLHA 3O4QA 5C24A 3AO5A 1RCHA 4RG8A 1LAVA 4BDZA 1NJWA 3TAEA 1S6PA 3ZT2A 1NKBA 1L3SA 1XC9A 4B8AB 3PV8A 1KCFA 2Z1HA 3VQ6A 1JLFA 3OY9A 2VG7A 4IFVA 3ZT1A 4CGFA 4CJTA 4CF2A 3QEPA 2VWJA 2Z1JA 4CEEA 3NE6A 1JLEA 4E7LA 3TAQA 1UA0A 4B3OA 1RT4A 3ZSYA 2E6MA 1C0MA 4CESA 4N76A 3AVJA 3VQ4A 4IG0A 3VQ7A 1LWFA 4DTSA 3HXMA 4ZTFA 2XY8A 4GW6A 4FJ8A 3OYBA 2WOMA 2Z1IA 1QSSA 1MU2A 1BIUA 4HHTA 1RDDA 1NKEA 4B9SA 3PX6A 4C8KA 4I9QA 3RRHA 3I0RA 1NK8A 1C1BA 1QTMA 4XIUA 3S9HA 1BQMA 4RW4A 4DU3A 4Y1CA 1YT3A 3V9WA 3OYMA 1T7PA 3U3YA 3MEDA 1HYSA 2DY4A 2G8IA 4KREA 1TL3A 2FBVA 1Q9XA 3VQDA 3HVRA 3SNNA 4FJJA 4BWJA 3VQCA 4DG1A 1GOCA 1LWEA 3VN5A 4E1MA 4FLWA 2HMIA 2PY5A 3CQ8A 3BGRA 3V1QA 4B9TA 5FDLA 1C6VA 4DFKA 1HQUA 1L5UA 5CY4A 2QK9A 3KLIA 1UWBA 4KHWA 1EP4A 4JS5A 3V9ZA 2HNZA 5HROA 3TAMA 1RBRA 2F96A 1RBTA 4AHSA 3HK2A 3VQBA 4KTQA 4C8NA 4QCLA 4IBNA 3QEWA 4DSFA 1A5WA 2Z1GA 4BE0A 3PX4A 1QSLA 1VSLA 3V4IA 3KTQA 4DFPA 1SL2A 2IAJA 4DTRA 3CM5A 1NK6A 1TK0A 2BDPA 1W0HA 2X6SA 4OVLA 1LW0A 3TABA 1NJYA 3M8RA 3V6DA 4IKFA 4N47A 3WNHA 3MECA 4HUFA 3HP9A 4CEAA 4DQIA 3ZSQA 1FKPA 1NJZA 1TGOA 4CJQA 3V9SA 3AO1A 3OYEA 4DWIA 2G8HA 4E0DA 5C25A 1SKSA 1VSJA 3PO4A 3OS2A 2D5RA 1HQEA 1FKOA 3ZT4A 3C6UA 1BI4A 3SI6A 1C1AA 3QIPA 3NGIA 1S9GA 3NAEA 1RT7A 4CK2A 3KLEA 1VSIA 4FJ7A 3SUQA 4FJKA 4K8XA 3AVMA 4LY7A 4EZ6A 2GV9A 2R7YA 2BE2A 3K2PA 3SV4A 4E7HA 1HNIA 3ZSVA 3LAKA 4OKJA 1REVA 4FK0A 2OPPA 4CHOA 3SQ4A 5HRNA 5CYQA 4FJXA 3LWMA 4BE1A 1KFSA 2F8SA 1XHXA 4FK4A 3FFIA 3MXIA 2BGGA 2IS3A 4KPYA 3IRXA 3KKSA 3HPGA 3P83D 2ZE2A 3KD5E 3UIQA 3AVCA 3AVLA 1LWCA 3L2RA 1IKYA 1D8YA 2HVIA 3SV3A 3ASMA 3CFPA 3L2WA 4M3ZA 3QETA 4TSXA 4FW1A 5KGXA 3L2UA 3NGYA 3B6PA 3LPUA 4CHNA 3VQ9A 3O3HA 2HHSA 5HRPA 3NH0A 3QEVA 2AJQA 1A5VA 4F2RA 3F9KA 1TKTA 4DTNA 2P1JA 3AA2A 1WN7A 4CHPA 3RR8A 2JGUA 3DRSA 4AHVA 1TKZA 1KVCA 2KZZA 2OPQA 2E4LA 1KSPA 3SPYA 3PUFA 1WAFA 3OYNA 1N5YA 2BANA 1BIZA 3LDSA 3OYLA 3HT3A 1IO2A 4DQSA 4FM2A 4DU1A 2IGIA 4H4OA 3PX0A 2HVHA 1HPZA 4FJMA 1C1CA 4KRFA 3OYDA 4EZ9A 1YTUA 1L3VA 4CGHA 4CIFA 1NJXA 1JXBA 3HO1A 1IG9A 1JL2A 3DRRA 4CGIA 1NK7A 1QS4A 3KIOA 2A1RA 4FLVA 4F3OA 4ID5A 4K8ZA 3U3GA 3QEXA 4J2BA 3SYZA 4KV8A 3CFOA 1QQCA 3OS0A 1RDAA 1WAJA 1VSEA 2FBYA 2KTQA 1BI4B 4CGDA 4CF8A 3ALYA 3QIOA 3K59A 1XI1A 3P1GA 4AHUA 1I3AA 2W42A 4Z4GA 4GMJB 3WNGA 4FJ9A 1IKXA 1XWLA 2B5JA 1ZBUA 2HNYA 5DK5A 3ZSOA 4WE1A 1BCOA 1SV5A 3DOKA 4CGJA 4E7JA 4DU4A 1NOZA 1X9SA 2G8WA 1IH7A 4O0JA 3RTVA 1BISA 1S9EA 3F73A 4CCHA 3TI0A 1FK9A 4NCAA 3NF7A 1BQNA 4CJUA 4B08A 4FCYA 4NYNA 1U49A 2HHXA 2RF2A 4I9LA 2D0BA 2E6LA 1NK9A 3I8DA 5FROA 2OPSA 2KZMA 2YKNA 3K5MA 1ZBIA 3EYZA 4JS4A 4M3XA 3HJFA 4CFAA 5J2MA 2P5GA 4W5TA 4PA1A 5KRSA 4Q0BA 1HYZA 2QKKA 3KLHA 4OPKA 5T7BA 5KRTA 2XO7A 3TAFA 3OYAA 3KJVA 5DMRA 4M3RA 1S1UA 2JLEA 2XRIA 3LP1A 4IG3A 4B9MA 3RR7A 1CZ9A 1HNVA 4IFYA 1T05A 4F4KA 3SQ1A 4CHYA 3AA5X 3SPZA 3O3FA 2YV0X 4ELVA 1S1XA 4E1NA 1RBUA 3CYMA 4H8KA 2VWKA 1UAXA 4I2PA 2G8FA 3K5NA 4W5QA 4Z4CA 4CFDA 5SWMA 4PWDA 4AHCA 3AO3A 1RTJA 3MXJA 4CIEA 1SL0A 4YFUA 3MXMA 2YNHA 3PY8A 3LWLA 4FJNA 3HM9A 5HBMA 4FYDA 5J2QA 5KTQA 3AVNA 3AA4A 4OKEA 4FJ5A 4E89A 2FC0A 3VQ8A 1QSYA 2Y1JA 2OA8A 4F3TA 2DTUA 4M3UA 5HRRA 2XY6A 3ZSWA 3TAGA 4KHSA 1Z25A 4Z4HA 3G0ZA 3VQEA 4CEZA 3SJJA 4IDKA 4FW2A 3C6TA 3DYAA 3TARA 4W5NA 4CEQA 1Y97A 4CJEA 3SUOA 3AVGA 5J2NA 5JS1A 3LP0A 2G8UA 1CXQA 4CJPA 3NCIA 4DSLA 1NK5A 4OLAA 1RTHA 2EHGA 4CE9A 1CZBA 4NYFA 4OKKA 4CGGA 2XHBA 3AVBA 4LH5A 3SZ2A 1TKDA 4FJHA 4J2AA 1ASVA 4J2DA 1JLBA 2P51A 1KFDA 4DMNA 5E41A 4O0IA 4W5RA 3K58A 5HP1A 2HHVA 3O4NA 2VG5A 1KLMA 1KLNA 3U6FA 3RMCA 5J2PA 1S1TA 1D9DA 2HHTA 1JLQA 1WSIA 5KGWA 4CJRA 4DF8A 4B9LA 4Z4IA 3CG7A 3E01A 3ZSXA 2KQ2A 5FRNA 3KK3A 1J9AA 3IAYA 3ITHA 3LP3A 3OJSA 4KHQA 1ZBFA 4E7KA 4RW8A 3DMJA 4BACA 3SUPA 2YHBA 2FBXA 2KFZA 4E7IA 1B92A 4LH4A 4LSLA 1HYVA 4CK3A 1SKRA 2YNGA 1X1PA 1J54A 3JYTA 3O3GA 5I3UA 3DRPA 3V9XA 2PZSA 4CJ5A 5CZ2A 4O5BA 4KAZA 1RNHA 3OJUA 4CHZA 1JLGA 4CJ4A 5EU7A 1NK0A 4MFBA 3RWUA 1S6QA 4O4GA 3WNFA 1BL3A 3S3OA 1X9MA 1L3TA 4G1QA 3KLFA 1Q9YA 4CJFA 3DI6A 3ULDA 5K14A 1U48A 3SQ0A 4AHRA 2RKIA 4BDPA 3PO5A 1Z26A 4C8LA 1BCMA 3NH2A 1UOCA 2YNIA 1NKCA 4DQPA 3HYFA 4CK1A 4M3YA 3T3FA 1VK0A 4FLZA 1UA1A 3ZSRA 3NGZA 3S3NA 2HHUA 4FZYA 3QNNA 1KVAA 2HNDA 1LV5A 4DFMA 2XY5A 3AVAA 4CEDA 4CF0A 2FBTA 4AHTA 3NDKA 4ICLA 1T8EA 1U47A 3ZT0A 1SL1A 1CLQA 5CZ1A 4FJLA 3VQQA 1RILA 3NFAA 1HRHA 3A2FA 4QOZB 2VG6A 1L3UA 2DFEA 3AV9A 3LPTA 1SKWA 2PYJA 4DF4A 3QEIA 1WSGA 3RMAA 2KW4A 4E3SA 1QHTA 3DLKA 4OPJA 3C94A 1VRUA 1NOYA 3NF9A 4FVMA 5HLFA 3P5JA 3MEGA 3AO2A 3HVTA 3ZSZA 4CFCA 5J1EA 1W9HA 2QKBA 4AH9A 1WSJA 3DLBA 1TVRA 1XHZA 2RPIA 2ITGA 2NUBA 4ZHRA 1ZBHA 4ELUA 4JLHA 1N6QA 1EX4A 2DFFA 3G10A 3TANA 1RDBA 2OZMA 2YHAA 1RT5A 3DLEA 1DLOA 4FLXA 4CEOA 4CJWA 4N41A 2DFHA 2OPRA 3IG1A 4KTWA 5KI6A 4DSEA 5CYMA 1CXUA 3AA3A 4M45A 1HMVA 2O4GA 4ID1A 5D3GA 4C8MA 1EKEA 1WSHA 3T1AA 1IKWA 4RW9A 1T03A 4FZXC 3L8BA 4FM1A 1S1VA 4DTJA 1RT1A 2D0AA 3QINA 2EX3A 3CM6A 3BDPA 4Z4EA 1WLJA 1C0UA 3SCXA 2RN2A 4HCBA 1D9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A5MC 3QO9A 4JKGA 4PKIA 1NGJA 1FPOA 4EYWA 2ZGYA 4Q5VA 3L3VA 1ASUA 3V1RA 3SBGA 3QMLA 2Y1IA 3CMEN 3NF6A 4X65K 2QWNA 3QBXA 4NLBA 2LSNA 4Z0UA 1VQKN 1VSFA 3R6MA 4L8RB 3ZEUA 4C8OA 1G15A 3L0QA 1FZ9E 4XH4A 2YNFA 3SQ2A 3G6EN 4BDYA 4LC9B 3HZ6A 4BWMA 2P1MB 3K2OA 5FPEA 2NRWA 3OYKA 3L6QA 1RBSA 4K25A 1HNXK 3MN5A 2ASPA 3MWPA 3TR8A 3M8SA 4CJKA 1U45A 2IOCA 3OYCA 1O1WA 2W6KA 5EVZA 2YKMA 4N56A 1BOTO 4KTZA 5GIPA 1TAQA 3THVA 3KWGA 4H5WA 1RGIA 4DTPA 4G9ZA 1NGGA 4LSNA 4CF1A 4AKGA 4IXCA 4LFAK 4EP4A 3O8MA 1FS1A 3M8QA 1TL1A 4OGCA 1N34K 4O44A 1TK8A 4DFJA 3I0SA 3DXMB 1R0AA 1Q81O 4BG8A 2NZTA 1OH8A 4XH1A 2ZJQL 3ISNC 3VA3A 4KO0A 2P5OA 2ZJPL 1GLEG 1MWMA 4EHTA 1FZHE 1GOBA 1JXEA 3LANA 1FZ6E 4HUEA 4DSIA 3LP2A 4DV1K 4AF1A 2IVOA 1Q8IA 3HP6A 2A42A 4HWIA 4DV5K 3ID8A 3V1OA 3OYJA 3MAQA 4HTUA 4LF9K 3BUZB 2OVRB 4Z4FA 1NK4A 1TAUA 2WTUA 4IOCL 4KH5A 1RDCA 1X9WA 5AQXA 3AVFA 4WQ5A 4H0YB 3HM8A 4CJLA 4OJRA 2X78A 5EX5A 4B8CA 1QE1A 2PYLA 5KPZA 1C0TA 3AAQA 4KBOA 4O55A 4KFBA 4WF9L 3D0PA 1I39A 1RT2A 4YHHK 3CPWM 1N8RO 3WQUA 4B9QA 2G8KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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