4FJ5A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dt
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj5A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj5A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj5A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj5A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj5A03
1Z25A 1R0AA 3AVBA 4CGJA 1WLJA 3VN5A 1J5OA 4C8LA 4EP5A 1RBUA 4Q5VA 4FLUA 3QEIA 1RCHA 4FJ5A 4E7HA 4DU1A 2G8WA 3RMCA 5I42A 2HW3A 3AVFA 3AA4A 5CY4A 4O0JA 3HVRA 4CHZA 3I0SA 3DRSA 4ICLA 3LDSA 3KKSA 4OGCA 2HNDA 3VQQA 4CGHA 1HNIA 3KD1E 2XO7A 3V9SA 4CIGA 2HNYA 4UQGA 4E0DA 4F8RA 1JLGA 3QESA 3V6DA 4EZ6A 3SPYA 3OS0A 1NK5A 3ZT0A 4FM2A 2GUIA 3ZT2A 1A5WA 3ZSRA 4M42A 2RN2A 2X78A 1S1UA 4CJVA 3K5OA 3WNEA 2IGIA 2ITGA 3NF9A 4CHQA 3U6FA 1J54A 2OA8A 5I3UA 4E7IA 4KTWA 5T7BA 3ISNC 3LP3A 4DTUA 2YKNA 1IH7A 1ZBHA 4OKKA 4DSKA 4KO0A 3QEXA 1NK0A 5JS2A 3AO2A 1KTQA 3M8PA 2R7YA 4KI4A 3KKRA 4FLWA 3WNHA 4DFJA 4DSIA 1JLBA 3CM6A 3MEDA 4HUGA 4B3OA 1RT7A 3JSMA 5KRSA 3KLEA 2RF2A 3AA3A 3NF7A 3WNFA 1LWCA 3FFIA 3AVKA 2OZMA 3L3VA 4CJTA 3OYEA 4CF2A 3V1RA 3CG7A 3BGRA 2YNIA 4FLYA 3VQCA 1SKRA 2QKBA 3SNNA 4FJHA 1TGOA 3ASMA 3QINA 4CJKA 4RW6A 3QLHA 1YVUA 3VQDA 4E3SA 3IG1A 1B92A 3E01A 1RT4A 4IFYA 3AVMA 3HSTB 5CYQA 1VSEA 3C94A 3T19A 1N5YA 4CE9A 2JGUA 3KK1A 3ULDA 1KVAA 4M3ZA 1VSMA 4RG8A 3DRRA 4CJLA 3O3HA 3HP6A 4FJ9A 1KFDA 2JLEA 4EZ9A 1TL1A 2VG6A 5CYMA 3SZ2A 2I5JA 1RBTA 1TL3A 4CFAA 1U47A 1NJZA 3M8QA 3ZT3A 1S6QA 3AV9A 5HRNA 3AVJA 3NGZA 4RW8A 2HNZA 2XRIA 3K5LA 2G8UA 3LP2A 1HYSA 2E4LA 4FZXC 3KK2A 3OYKA 3BDPA 3M8RA 4Z4HA 5J2PA 1D9FA 4DQRA 4L8RB 4K8ZA 1XHXA 3CFPA 3OY9A 3IAYA 4HTUA 4KTZA 3LWLA 2IS3A 1VK0A 4CK1A 3MXIA 4JLHA 1HPZA 4CFBA 4FLTA 4M3WA 4AHVA 1EXQA 3IRXA 3NH0A 3O3GA 4FJXA 4HCCA 1C1AA 2OZSA 2X74A 1TAUA 4CJRA 2X6SA 4BE0A 4ZTJA 4DSJA 4DU4A 4CK2A 3HK2A 3NFAA 1JLEA 4AHCA 3ZSOA 3DLGA 3QEVA 2D0CA 4FM0A 3KLIA 4Z4EA 2IDOA 2G8HA 2A1RA 3SJJA 3LZIA 2KTQA 1NJXA 3THVA 1FKOA 3RTVA 1VSKA 3F73A 2XHBA 1S1XA 2PY5A 3KLFA 4R5PA 3V9WA 3V1QA 5KI6A 5HROA 4OKJA 3TAFA 1WAFA 2Q3SA 4ID5A 4DSLA 3AVHA 1IO2A 4Z4IA 1HQEA 1UAXA 3NF6A 3DYAA 3QIOA 3ZT4A 4B9TA 1S1WA 3DM2A 4E1MA 3HP9A 2DFFA 4FM1A 2IOCA 1T05A 3SCXA 4KREA 4FJNA 2HHVA 1KSPA 4QCLA 4BDZA 3PX0A 1BQNA 3HPGA 3OYGA 4Z4GA 4DTSA 1GOAA 4CJ5A 5HRSA 4KI6A 3L8BA 1Z26A 2P51A 4HHTA 1SV5A 1ZBLA 3SQ2A 1JLFA 2PYJA 4RW7A 4FJKA 4CJWA 3EZ5A 4H4MA 4KB1A 1X9WA 4GW6A 1BIZA 1GOBA 1HMVA 3KK3A 3HPHA 4H4OA 4KV8A 1T8EA 3VQBA 4DQQA 1CXQA 3ZT1A 3PY8A 4OLAA 3EYZA 3L2QA 4DTJA 4I9QA 1CZBA 1UA1A 2KW4A 2QXFA 3NH2A 4CFCA 1DLOA 3QEWA 3IS9A 3AVIA 3RR7A 1VSFA 2ZQBA 3TAGA 2FBTA 3RMAA 1HRHA 4DTNA 1XWLA 4E7JA 1XC9A 3RRHA 1A5XA 2RPIA 3C6UA 1RTJA 1I3AA 1YTAA 3NHGA 3SPZA 1W9HA 4OPKA 4DSFA 4CJ4A 1ZBFA 3K2PA 1TKZA 3K5MA 1L3SA 3ZSYA 4CJQA 3K5NA 2QK9A 3F9KA 3K57A 1X9MA 1JL1A 1TK5A 4ELUA 2E6MA 4DG1A 2RKIA 3T3FA 3HVTA 3ITHA 4B9NA 2QKKA 3SQ1A 3CFOA 3KLGA 3DLEA 4FJLA 1L3UA 5J1EA 2KZMA 4PA1A 4LSLA 4DQIA 1VRUA 4F3OA 5D3GA 2HHTA 4YNQA 3OYAA 1TKTA 1T03A 2IAJA 3QO9A 1NKCA 1CZ9A 1SL1A 2OPQA 3P1GA 4F3TA 4IBNA 2LSNA 2Z1HA 2WOMA 2G8VA 4DQPA 4KHWA 4J2BA 4M3RA 4BWJA 3LWMA 4O44A 1XHZA 4H8KA 5HRPA 3OYIA 4CEQA 4DTOA 3AVCA 4N76A 3VA0A 4HUEA 1IKWA 3AVGA 3MXJA 2IC3A 4FJJA 1NK7A 4N47A 4M3XA 3MAQA 5FRMA 4CJSA 4IDKA 1W0HA 4FK2A 1CXUA 4CESA 1WSHA 5E41A 3D0PA 1SKWA 4PUOA 4B9VA 2NUBA 4CHNA 4HUFA 3U3YA 4FJIA 4EP4A 3TAPA 3EY1A 4KHUA 5JS1A 2B6AA 2FC0A 4ELTA 3QIPA 1TVRA 3MXMA 1WAJA 2P5GA 3SQ0A 3MEGA 1NOZA 4Z0UA 3MEEA 1EX4A 1BL3A 3NAEA 2P1JA 1GOCA 2YNFA 5C25A 1QTMA 3AO1A 5CZ2A 3VA3A 3RRGA 4FJ7A 1L3TA 3OYNA 1RBVA 4ZTFA 4JS4A 3VQ9A 4Z4CA 1U4BA 1J9AA 2EX3A 3O4QA 4CHPA 2BGGA 4B8AB 4BWMA 1U48A 1BGXT 2ETJA 3NCIA 1Y97A 2ZE2A 3L2WA 3SYZA 1FXXA 1BI4B 4BDYA 4CEBA 4MQ3A 3TAMA 4MFBA 3DLKA 2FBXA 4E19A 3RMDA 4OLBA 1QE1A 4NCBA 3AA5X 3VQ4A 1LAVA 4Y1CA 4FW2A 4AHSA 4Z4FA 4FCYA 3NF8A 3C95A 1T7PA 4KTQA 4FJ8A 4CIEA 4CEOA 3KD5E 4W5QA 1RT3A 4W5TA 4JS5A 3KJVA 1X1PA 2DFEA 4J2AA 3S3NA 1RTHA 1NK4A 2YKMA 3TAEA 1DTQA 3HXMA 1IKYA 3PX6A 3P83D 4KHYA 4CEEA 4FK0A 4I9LA 3DMJA 1S9GA 1C1BA 2Z1IA 1REVA 4DS4A 3SUNA 1ZYQA 1HYVA 4CK3A 2OPSA 4M3TA 3LPTA 3G10A 1LAWA 4CJ3A 1CLQA 3WNGA 4FLXA 4LH5A 1X9SA 5HP1A 1LW2A 4C8NA 3HPOA 3VQ7A 4CERA 4E7LA 1C0MA 4FZYA 4I2QA 3TABA 2B5JA 1U45A 5C42A 3OYCA 2D0AA 3V1OA 1C0UA 3PUFA 3ZSXA 1KCFA 1VSHA 2Z1JA 4OJRA 4LH4A 3VQ6A 4AHUA 3TANA 4J2EA 4KHNA 1VSDA 2PZSA 4KPYA 3HO1A 1KVCA 1RT5A 1G15A 3PV8A 3RR8A 4CJFA 4QOZB 3OS2A 1D9DA 4JRQA 4NYFA 3JYTA 3LALA 2Z1GA 4Y1DA 2B4JA 3AVLA 4JRPA 4FLZA 4KRFA 3OYBA 4W5NA 3NH1A 3AA2A 4DFKA 4FW1A 4IG0A 4HCBA 1RDBA 2OPPA 3LP1A 4M3UA 2BANA 5KGXA 1BQMA 3DOKA 3OYMA 2G8IA 4DTRA 3OS1A 2F8SA 4LD0A 4DU3A 3L2VA 5J2QA 4E1NA 4W5RA 1Q8IA 3O4NA 4W5OA 1S6PA 4KB0A 4Q0BA 3SQ4A 2BE2A 3K58A 2G8KA 3L2RA 3AVNA 1LWEA 3O3FA 2FBVA 1QQCA 5KTQA 3I8DA 2DTUA 2KZZA 3PO4A 4M45A 3AO4A 2OYQA 2YNGA 1KLMA 1RBRA 1K6YA 1RDCA 1UWBA 3NBPA 4ELVA 4C8KA 1IG9A 2YHBA 1NK9A 3OYHA 4GVMA 1BISA 1RT6A 1XI1A 1TV6A 2DY4A 1VSLA 1ZBIA 3H08A 4CEFA 4DF8A 4KFBA 3DOLA 1HJRA 3S3OA 1WSGA 2YHAA 4LSNA 1KLNA 1NKBA 2O4GA 1WN7A 3A2FA 1B9FA 4RW9A 4FK4A 3S3MA 4PWDA 3SUOA 1HQUA 4FZZA 4DTPA 4O4GA 4DMNA 1S1TA 4DFPA 4NCAA 2XY5A 2YV0X 1D5AA 4OGEA 1RBSA 3RMBA 2HMIA 1TAQA 2ATQA 3SUPA 4DWIA 4F2SA 1QS4A 4B9UA 4O55A 1WSJA 2D5RA 4FXDA 1SKSA 4CJEA 3TAQA 1KRPA 4FLVA 2KFNA 1J53A 3P5JA 1QHTA 4FJGA 4GMJB 1NJYA 4OPJA 4AH9A 3KTQA 1BIUA 1JXBA 2YNHA 4IG3A 3ZCMA 3KLHA 4DQSA 4CCHA 5DMRA 3TR8A 3QNNA 4DF4A 1RILA 4B8CA 2HVIA 1U49A 1ITGA 4DFMA 4KHQA 3NDKA 1TKDA 3AO5A 2ZD1A 4CGIA 3ZSZA 2HHQA 2DFHA 4J2DA 1LW0A 3C6TA 4CHOA 4BACA 5DK5A 1S9EA 3DLHA 4B9LA 4CF1A 3OYJA 4KHSA 3CM5A 3SUQA 1VRTA 1WSFA 3AO3A 3SV3A 1RTDA 1SUQA 1BI4A 5FDLA 3V81A 1ASUA 2GBZA 1QSYA 5C24A 3UIQA 1LV5A 4CIFA 1IKXA 1BHLA 1JL2A 3ZSWA 5HBMA 3V9XA 4KAZA 3K59A 1NOYA 5HLFA 3L2UA 1Q9YA 5KGWA 1L3VA 4N5SA 1NKEA 4CF8A 4E89A 4C8OA 1C1CA 4YFUA 3PX4A 1B9DA 3D45A 3DRPA 4B9MA 5EU7A 4CECA 3LP0A 2XY7A 2Y1IA 1WNSA 2VG5A 1A5VA 1JLAA 4XIUA 4CEDA 4WE1A 4CGGA 4BE2A 2HHWA 1RT2A 4I2PA 4CGFA 1EP4A 4BDPA 5FRNA 3PO5A 1VSJA 3LAMA 1TK8A 4C8MA 2F96A 3LANA 4K8XA 1O1WA 3AVAA 5SZTA 1NJWA 2VG7A 1Q9XA 1C6VA 4DLGA 1QSSA 4TSXA 3KIOA 4CEAA 3ZSQA 4FVMA 1FKPA 1JLCA 4M3YA 1WSIA 4IKFA 2HB5A 4E7KA 4O5BA 4DSEA 2F8TA 3S9HA 1YT3A 1S1VA 4OKEA 2X6NA 2OPRA 2XY6A 2P5OA 1DTTA 1ZBUA 3LAKA 2HHXA 4N56A 3V9ZA 2G8FA 4F2RA 3OJUA 4CJUA 2PYLA 1D8YA 4CEZA 4ZHRA 4B9SA 2A1SA 3MECA 2BDPA 2O4IA 4ID1A 3SI6A 1ASVA 1U04A 3V4IA 3B6PA 4F4KA 1C0TA 3TARA 1I39A 3QERA 3DI6A 2Y1JA 5J2NA 1RDAA 4QAGA 4HVJA 3U3GA 4CHYA 1TK0A 1ASWA 1NK8A 1RT1A 3SV4A 3M8SA 1JLQA 3ZSVA 4LY7A 1SL0A 4DS5A 1HNVA 3DLRA 2HVHA 4RW4A 3HM9A 4I7FA 3QEPA 4O0IA 1NK6A 2AJQA 1EKEA 1BCMA 1LWFA 4DTMA 4CGDA 3V9UA 3B6OA 3LZJA 3HJFA 3QETA 3T1AA 2GV9A 4FJMA 3CFRA 1KVBA 1RDDA 4DTXA 2EHGA 3VQPA 3OYFA 3TI0A 2HHSA 4FYDA 1EETA 1HYZA 5CZ1A 3VQ5A 2KQ2A 1FK9A 3NGYA 2D0BA 4M41A 2FBYA 1JXEA 3VQEA 4NYNA 5FROA 3VQAA 3TWHA 5J2MA 4DLEA 3OYDA 1F21A 4BE1A 3HL8A 4PQUA 3CYMA 4CFDA 1UA0A 1SL2A 3HT3A 3G0ZA 1UOCA 1VSIA 3RWUA 2XY8A 4AHRA 1RTIA 3CQ8A 4N41A 4NCGA 1QSLA 2W42A 2HHUA 3ALYA 1L5UA 4KKOA 5HRRA 5K14A 4AILC 1MU2A 1TKXA 3QNOA 3I0RA 3VQ8A 4CJPA 5SWMA 4IFVA 4G1QA 1IKVA 1JKHA 2WONA 4OVLA 4AHTA 3DLBA 4CF9A 1S5JA 5KRTA 2VWJA 1N6QA 1YTUA 4PY5A 2KFZA 4B08A 2VWKA 3NE6A 1BCOA 3LPUA 3HYFA 3OJSA 3L3UA 1KFSA 2E6LA 4CF0A 3OVNA 3OYLA 3NGIA 1WSEA 1RNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1FZHE 3DYAA 3QIOA 3LL3A 4DUYK 3DM2A 3HP9A 4FM1A 1T05A 2HHVA 1D4XA 5EVZA 3PX0A 3AAQA 4QS9A 4Z4GA 5HRSA 1Z26A 4DR4K 5IWAK 4FJKA 3EZ5A 4KB1A 5AFUH 2VJ5A 2WTUA 1BIZA 1KAZA 2IVPA 3EYZA 3TJYA 1NMDA 5C12A 1ESVA 2QXFA 3NH2A 1DLOA 4CJ7A 2ZQBA 4BQZA 3RMAA 4CZLA 1XC9A 2NRXA 1MMOG 3C6UA 1BA0A 2NNWA 4NLCA 3DXMA 4NXMK 4CJ4A 1ZBFA 1L3SA 3F9KA 1X9MA 2P1OB 1TK5A 4ELUA 1FZ7E 1R59O 2E6MA 3TTDA 4DG1A 5F0XA 3A5OC 4B9NA 2QKKA 1QZ6A 4K25A 5J1EA 4F9OA 1FJGK 4LSLA 2HHTA 1T03A 5AZIA 2I7PA 2OPQA 5GAEP 3D2EB 4DQPA 5BR9A 4JI3K 3O1WA 1FZ6E 4M3RA 4BWJA 3LWMA 2YHXA 5HRPA 1C0GA 3OYIA 2OVPB 4DTOA 3AVCA 2P9UA 3KHYA 1W2BM 3J7AP 1IKWA 2YJFA 4M3XA 5FRMA 3QICA 1CXUA 4CESA 1WSHA 3N4QA 5E41A 4PUOA 4B9VA 2BTFA 3SBGA 4DV0K 3U3YA 4ILHA 4CBUA 3QIPA 3O9TA 4DV5K 3CETA 4LFCK 3MEGA 3MEEA 2YNFA 1GOCA 1FZ5E 3SK3A 3RRGA 4FWSA 2WC9A 2JPNA 3QBWA 4IZ9A 3O4QA 4B8AB 2GX9A 4O8KA 1BGXT 4A59A 2HBKA 1Y97A 3GE1A 2GWKA 4JKGB 4BDYA 1YAGA 3P4IA 4H0PA 3R6MA 4NCBA 4JNEA 4FCYA 1XMHE 3BF1A 3RVCA 5KQDA 3KD5E 4H0OA 3KJVA 2DFEA 4J2AA 1IKYA 3P83D 1KAXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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