4FJ7A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj7A03
3OYDA 1QSLA 2EHGA 4CHPA 1J5OA 4O5BA 4M45A 4B08A 3V9SA 2O4IA 2YKMA 1RBTA 3G10A 4DFJA 1BQMA 1CZ9A 2YNIA 3JYTA 5HP1A 4W5RA 1X1PA 4OGEA 2VG5A 1QQCA 3U3GA 4PUOA 1IKVA 3RMDA 2ATQA 2Q3SA 3AO5A 1TAQA 2DFEA 3MXJA 3VQQA 1S6PA 4CERA 3SV3A 2BE2A 2VWKA 4OLAA 1Q8IA 2HHTA 1NKBA 4E3SA 2VG7A 3HJFA 3NH1A 3QNNA 4ZTJA 3ZSVA 4IBNA 3V9UA 1KLNA 2YNGA 4C8KA 3M8PA 1IO2A 3AVJA 4DS5A 5HBMA 2HHWA 4FJ7A 4O55A 3ZT2A 3CYMA 1TKTA 1BIUA 4ZHRA 3QESA 3LANA 4DSLA 1EXQA 3U3YA 1NK7A 1TV6A 3NDKA 1NKEA 2KQ2A 3NGIA 3V6DA 1FK9A 1T7PA 3FFIA 2YKNA 4DU4A 4CK1A 3AVMA 1LWEA 3V1OA 5J1EA 3I8DA 4E7IA 3PO5A 4DTOA 4FM1A 2RN2A 1BIZA 2I5JA 4AHTA 2Y1JA 4H4MA 4JS5A 1VRUA 1ZBLA 3KJVA 3NGYA 3G0ZA 4CHZA 3VQBA 4CJLA 4CESA 5C24A 3JSMA 4FXDA 1VSKA 1SKRA 4Z0UA 4B9SA 1F21A 3KD1E 4FJNA 3LALA 4Q5VA 1NOZA 1I39A 2RKIA 1QHTA 3SNNA 3EYZA 4BDPA 1RILA 3SQ0A 3AO2A 4TSXA 1RBUA 1VSLA 4Y1CA 4DSKA 1NJZA 3B6OA 3AVCA 3IAYA 3PV8A 3HT3A 3OS0A 1TVRA 4FJXA 1BCMA 1C6VA 1NK0A 1TK5A 5D3GA 3KK3A 1S5JA 4UQGA 4DFPA 2KZMA 4DLGA 5KRTA 3SUOA 3ZT1A 4NCBA 1HYSA 2IGIA 2X6NA 3AA3A 4CK2A 2G8UA 4CEFA 3NH2A 3QO9A 2ETJA 4OJRA 1D9DA 1SL1A 1NJYA 1ZBIA 3A2FA 3NF6A 3OYLA 1S1UA 4W5TA 1GOBA 1WLJA 4HUGA 4DQIA 3TANA 4DWIA 1WSGA 4L8RB 4E7LA 2XO7A 4DQPA 4DU3A 3OYEA 4PY5A 1G15A 2E6LA 3K5LA 1HPZA 2ZE2A 2YHAA 4DU1A 1RT5A 4O44A 5C25A 3DLGA 4CEDA 3HYFA 3CM6A 1CLQA 1UAXA 3OVNA 3TAGA 3VN5A 3QETA 4AH9A 1QE1A 3V4IA 1NK8A 3AVHA 1L3UA 1JL1A 5FRMA 3OYFA 4CEOA 4CJ4A 4FZZA 3D45A 4FK2A 1KLMA 3HSTB 4IKFA 3AO3A 4CJ5A 5SWMA 4Z4GA 4H8KA 3KKSA 3DRPA 5KGXA 4J2DA 3AO4A 3L2UA 3RMCA 1ITGA 1BGXT 5DMRA 4B9TA 2FC0A 4LSLA 1NK9A 3K2PA 1T8EA 3PY8A 3NF8A 4XIUA 1RDDA 3DRRA 1KVCA 1A5XA 2IAJA 3ZT4A 2HNYA 4CE9A 1J54A 3O4NA 1TK0A 3IG1A 4E7HA 1UWBA 4CEQA 2YNHA 4F2SA 1WSHA 4GW6A 3LAMA 3MXMA 4CJ3A 3CFPA 2Y1IA 4CF2A 4GMJB 2QKBA 3SCXA 3HL8A 1JLEA 1FXXA 4RW4A 5EU7A 3WNEA 4CF1A 3L2VA 5HRPA 3AVKA 4FVMA 4JRQA 3VQ5A 4DFMA 4FLTA 1HNIA 2GBZA 4N76A 3NHGA 3NGZA 1C1CA 2IS3A 3LZJA 4CJFA 5KTQA 3OYKA 4HTUA 2FBXA 3HPOA 2G8KA 3ZT0A 3QEIA 4RG8A 4B9MA 4CGIA 3K59A 2D0CA 2PYJA 3RRHA 2DFFA 2B4JA 2DY4A 4LH5A 4KHWA 4CJPA 4B9UA 1IH7A 3MECA 4C8MA 5HRNA 2QXFA 3LP1A 2OPSA 4C8NA 3OYHA 2EX3A 2RF2A 3DYAA 4CJKA 4BDYA 3SUQA 4CJUA 4DQSA 5J2QA 4LD0A 1D9FA 4E89A 1KSPA 2E4LA 2KZZA 2A1SA 4OPJA 3TARA 4DSIA 3LDSA 4CJSA 3E01A 4M3UA 2E6MA 4CEBA 3OYAA 4FM2A 1K6YA 4BE1A 4DMNA 1YVUA 3PUFA 4CFAA 3EY1A 4ELUA 1ZYQA 3IS9A 4B8CA 1U48A 5K14A 1XWLA 4KHQA 1WAJA 1ASUA 4FJ8A 3K57A 5CZ1A 1IKXA 4FLYA 3OYNA 3VQ6A 1LV5A 3ZCMA 1KFSA 5HLFA 3V9XA 3TAFA 1Y97A 1TKDA 3EZ5A 3P83D 3ZT3A 2HHSA 1A5VA 2QKKA 2A1RA 4Z4FA 4KI6A 4F2RA 1TGOA 4ID5A 1J53A 3AVGA 4RW9A 2PY5A 4DQRA 4CJRA 1JL2A 2IOCA 2Z1GA 4N5SA 4F3OA 4HHTA 1DLOA 1T03A 3DLHA 2HHUA 3S3MA 3VQ4A 4CIGA 4J2EA 3VQ7A 3OYBA 3NFAA 2X78A 1S9GA 1DTQA 3OJUA 3MEDA 1RT6A 3NF9A 4CGGA 3O3FA 4KPYA 3TAQA 2YHBA 1Z26A 4CEEA 4CEZA 4E19A 3OYJA 1BCOA 3LP3A 1NJWA 4CJWA 5C42A 4F8RA 2FBVA 4JRPA 1Q9XA 1LW2A 1BQNA 1L3TA 1N6QA 3TAPA 4C8OA 3QLHA 3HXMA 1JXEA 1D8YA 1RBSA 1U49A 1KFDA 3ZSOA 1RBVA 4HUFA 2HHQA 3NE6A 4E7KA 3L3VA 3LWLA 1U47A 1U04A 4RW6A 3RMAA 4E7JA 1C1BA 3WNGA 3MAQA 3DI6A 1KRPA 3MXIA 4AHSA 4HUEA 1Q9YA 3DMJA 1RNHA 3P1GA 1XHZA 3LPTA 3L8BA 4KHYA 4BDZA 3V9ZA 1SV5A 3AO1A 4ELTA 5I42A 1VSEA 1TAUA 1WSIA 3KLEA 4KHUA 4E1NA 3L3UA 3SZ2A 1ZBUA 2F96A 4QAGA 1KVBA 4KAZA 2YV0X 3RR8A 5SZTA 4CJVA 4IFVA 3M8QA 3ZSQA 4JLHA 2Z1HA 2LSNA 3C94A 3LAKA 4CFDA 4DTSA 1I3AA 1BI4B 4CGJA 3LWMA 3SYZA 1R0AA 4PWDA 4FJHA 4I9QA 3TAEA 4OPKA 1XC9A 1DTTA 4HCBA 1RT2A 1VRTA 4IG0A 3VA0A 1RTIA 1QSSA 4FLZA 3HPGA 2WONA 1WSJA 1S1XA 2BGGA 1FKPA 4FZYA 2OA8A 2HMIA 2XHBA 1ASVA 3DOKA 1A5WA 3ITHA 3KLHA 1LWFA 1NK5A 2JGUA 1S9EA 3U6FA 4B3OA 2D0AA 4Z4EA 3AVIA 4ZTFA 3QINA 3NAEA 1B9FA 4CF0A 1U4BA 3HM9A 3F73A 1REVA 3AA5X 3M8RA 3SJJA 1CXUA 1WAFA 2HB5A 4ID1A 4CJEA 5JS2A 3PX6A 4KB0A 1TL3A 4Z4IA 2HVIA 4KO0A 2W42A 3DM2A 3KLIA 3NH0A 4CF9A 5FRNA 3ZSWA 4KTZA 4M3XA 5HRRA 1GOAA 3F9KA 4J2BA 2OPRA 4DSJA 3T1AA 3KKRA 2NUBA 2FBYA 1NJXA 1W0HA 2BANA 3VQDA 4CFCA 4YNQA 3PO4A 1VSFA 1NOYA 3PX0A 3QEXA 4CHOA 4CK3A 2WOMA 3DLKA 3V9WA 2FBTA 3AVAA 5KGWA 3WNFA 4NYNA 4DFKA 3QEVA 3VQCA 4KREA 4Q0BA 1LWCA 4Y1DA 4FJKA 4PA1A 1UA1A 4ICLA 1HQUA 4O0IA 4DTXA 1VSHA 4KTQA 2IDOA 3HK2A 3V81A 4Z4CA 2OZMA 2ZQBA 4K8XA 3SI6A 1JKHA 4CJTA 1RCHA 4QCLA 4FCYA 3AVNA 5J2NA 2P51A 1C0TA 3LPUA 4CHYA 3HP9A 4KHSA 4FJGA 3I0RA 1C1AA 1WSFA 2OPPA 4HCCA 3MEGA 2OZSA 2F8SA 3THVA 1BISA 4LH4A 4CIEA 1S1VA 1RTJA 1SL2A 1S1TA 3QNOA 2HVHA 2KW4A 3SPYA 1RTDA 4MFBA 4ELVA 2PYLA 1EX4A 1TKZA 4FLXA 4N47A 1W9HA 3HO1A 4KFBA 4IG3A 1LAWA 2Z1IA 1IKWA 2D5RA 4DQQA 3T3FA 2PZSA 2GV9A 1JLFA 4OKKA 5KRSA 1JLQA 3C6TA 3HP6A 3CFOA 4JS4A 5J2PA 1L5UA 4N41A 3ZSYA 1CZBA 3QEPA 4BWMA 2P5GA 1JXBA 1SKWA 3ZSZA 2VG6A 2ZD1A 2HHVA 3DLRA 3VQPA 1ZBFA 4AHVA 4RW7A 2YNFA 4CF8A 1TK8A 4DTMA 2BDPA 1BI4A 3TABA 3SQ1A 4GVMA 4FJLA 3ZSXA 5T7BA 4CGDA 1YTAA 3VQEA 3TI0A 3DLEA 4PQUA 3L2WA 1VSJA 4M41A 2XY8A 3RR7A 4CCHA 3BGRA 3I0SA 3BDPA 3OYMA 4NYFA 1VSIA 1NK4A 3L2QA 1KTQA 1RT3A 2XY7A 2G8FA 4DTNA 4M3TA 3QEWA 4C8LA 1LAVA 4W5OA 3NF7A 4FJ9A 3KTQA 3T19A 4M3YA 1IG9A 4M3ZA 3D0PA 1SKSA 3MEEA 4FYDA 2Z1JA 2VWJA 1MU2A 1NKCA 2HW3A 2X6SA 3AVBA 3CFRA 1B9DA 2R7YA 4FJMA 5J2MA 5FROA 4DF4A 1BHLA 3ISNC 4KHNA 4DLEA 3M8SA 4DTJA 1XI1A 2B6AA 1J9AA 4M42A 1LW0A 3P5JA 4O4GA 5JS1A 1D5AA 4FJJA 4RW8A 3KIOA 3RWUA 1TL1A 4CFBA 4B9NA 3ZSRA 4FJ5A 3CG7A 4B9VA 4CEAA 1Z25A 2JLEA 4BWJA 2X74A 4DS4A 1U45A 4LY7A 3OS1A 1QS4A 4R5PA 4CECA 4IFYA 1XHXA 1HJRA 3KLGA 4W5NA 4I2PA 1RT1A 3H08A 1HYVA 3S9HA 5KI6A 2HHXA 1B92A 3VQ9A 4FK0A 4KI4A 3OYGA 5CYMA 3TWHA 5CY4A 1T05A 1GOCA 1KCFA 1HRHA 4H4OA 4AHRA 3O4QA 1O1WA 3QIOA 1QTMA 4FM0A 3B6PA 3O3HA 3S3NA 3PX4A 3ALYA 4EZ6A 3TR8A 4BACA 1BL3A 4IDKA 2OYQA 4Z4HA 1X9WA 5HROA 1CXQA 2HNZA 3RTVA 2G8WA 4NCAA 3HVRA 4BE2A 1N5YA 3AV9A 3LP0A 4E0DA 3LZIA 4B8AB 3OYIA 1YT3A 4KKOA 4YFUA 4AHCA 4EP4A 1JLAA 3KK1A 3AVLA 3VA3A 4DTRA 4OVLA 1RDAA 3IRXA 4NCGA 1EKEA 3QERA 4I9LA 4E1MA 3SQ2A 1C0MA 5FDLA 2G8HA 4OKJA 3ASMA 1RT7A 4OGCA 2P5OA 4M3WA 3SUNA 1IKYA 1VK0A 4I2QA 4FZXC 3LP2A 2P1JA 1ASWA 3UIQA 4DF8A 1HQEA 3TAMA 3S3OA 3C6UA 2XY6A 1QSYA 1ZBHA 4M3RA 3V1QA 1SUQA 2OPQA 4DSFA 3AA2A 4KRFA 5DK5A 2XRIA 4DTPA 1L3SA 4KB1A 4CIFA 2DFHA 1C0UA 2QK9A 3VQ8A 3V1RA 4KTWA 4F3TA 1UA0A 2KTQA 4J2AA 3K58A 2HNDA 4N56A 2F8TA 4FLWA 3KLFA 1TKXA 4FK4A 1RDBA 1JLCA 2XY5A 4K8ZA 5I3UA 1WN7A 3SUPA 4EP5A 2G8IA 4OKEA 4G1QA 3DOLA 3KK2A 4F4KA 3NCIA 1S6QA 4LSNA 3RRGA 4FW2A 4OLBA 3HPHA 5CZ2A 4W5QA 3OY9A 1HMVA 1JLGA 3AA4A 4CJQA 4CHQA 3OJSA 1KVAA 3O3GA 2DTUA 3OS2A 3K5NA 4FLUA 1HYZA 1VSDA 4HVJA 2GUIA 4DTUA 3K5OA 1VSMA 3WNHA 4O0JA 4DSEA 5CYQA 4CGHA 1NK6A 3L2RA 1RBRA 1EETA 4I7FA 1YTUA 2KFNA 3NBPA 1FKOA 1RT4A 3VQAA 4MQ3A 4CHNA 2D0BA 1L3VA 3CQ8A 3HVTA 2O4GA 4FJIA 1X9MA 3ULDA 1HNVA 3C95A 3SPZA 1X9SA 2G8VA 1JLBA 4BE0A 3QIPA 4FW1A 4WE1A 4AILC 1S1WA 3AVFA 4AHUA 4CGFA 3DLBA 2KFZA 1UOCA 3K5MA 2RPIA 3OYCA 4DG1A 2IC3A 3DRSA 1WSEA 5E41A 2ITGA 1RDCA 3CM5A 4KV8A 5HRSA 3KD5E 3SV4A 4EZ9A 3SQ4A 4QOZB 1EP4A 1SL0A 2AJQA 1RTHA 1WNSA 4B9LA 4FLVA 3RMBA 2B5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3PUFA 2QI2A 3EY1A 4XEIA 1ZYQA 3MKSB 1GLDG 5AQLA 1WAJA 3MN9A 1IKXA 1KFSA 2JHAA 3G4SN 2FSJA 2HHSA 1J6ZA 4AF1A 2A40A 3SJHA 4ISFA 3AVGA 4AM6A 1SAZA 3S3MA 2OTJN 3NFAA 2X78A 3UO2A 3MEDA 4CGGA 4GVEA 3O3FA 4CEEA 4CEZA 1BUPA 1DEJA 1NMNA 4JRPA 2HBKA 3WXLA 3C65A 4WFBL 3QLHA 3GL1A 2W41A 3CJ1A 2ASOA 3LWLA 4FWKA 2E32A 5KQDA 3J7YP 4BRHA 3M6GA 4JI6K 1XHZA 4KHYA 5AQQA 3BEXA 1TAUA 3HM8A 4E1NA 4BY9C 3L3UA 1GLAG 4KAZA 1KVBA 4BRGA 4U67L 5M1PA 4CJVA 4DHYA 3C94A 4CZEA 3CD6N 2E2OA 3TAEA 4OPKA 1VQPN 1VRTA 1QSSA 1S1XA 2BGGA 4V19S 2XHBA 1ASVA 3DOKA 3UKRB 5AZIB 3N1EA 1Z6RA 4CF0A 1E4FT 5E26A 3C7NB 4CJEA 3PX6A 4KO0A 3MN7A 2BUPA 1XVDE 3NH0A 3I55N 5AFUH 5HRRA 2E20A 1KQSM 5BPLA 2O8BA 3T1AA 3HGKE 2FBYA 2E1ZA 3CF5L 1NOYA 3PX0A 3MCPA 5AQZA 4DV2K 1MHZG 1U6ZA 3DLKA 3AVAA 3VQCA 4KREA 3QICA 3LDBA 4PA1A 4R79A 4EPHA 4CZFA 2OZMA 3WT0A 2ZQBA 3SI6A 1XMHE 3AVNA 5J2NA 1OKJA 3MN5A 3FR0A 3FGUA 2OZSA 2F8SA 4PKGA 5IREA 1RTJA 2CH6A 4JAXA 3ZEUA 3QNOA 2KW4A 4B1UB 1TKZA 1W9HA 3VEZA 4IG3A 2Z1IA 1NGAA 2F7TA 3J2PA 4JI0K 1KXPA 3T3FA 2PZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OYD A;  3LDQ A;  2QXL A;  1BQM A;  3JYT A;  3I56 N;  1IKV A;  3UO3 A;  3H6E A;  2ATQ A;  4A2A A;  3VQQ A;  2BE2 A;  3LD8 A;  3HSC A;  2BH1 A;  4IBN A;  2QWR A;  1KLN A;  2YNG A;  3MCA B;  4CZG A;  1YVN A;  3M8P A;  3AVJ A;  5FPM A;  3TTF A;  1MWK A;  3BUZ B;  3OW2 M;  4O55 A;  4K41 A;  4ZHR A;  1BWF O;  2QWO A;  4IO8 A;  4M7X A;  1OH8 A;  4AKH A;  1T7P A;  2YHY A;  4O8U A;  3LDL A;  4GKK K;  5F0X A;  4JS5 A;  4A5B A;  3NGY A;  4CHZ A;  4FXD A;  2GTD A;  4B9S A;  4RL5 A;  1SKR A;  3JS6 A;  4Q5V A;  3EN9 A;  1X9J A;  2RKI A;  3CC4 N;  1N33 K;  1VQL N;  3RVC A;  3AO2 A;  3B6O A;  1VQN N;  1XVB E;  3HRG A;  3OS0 A;  5LJW A;  4FJX A;  1BCM A;  1G99 A;  3KK3 A;  1FZ7 E;  1S72 N;  3CJ7 A;  1NJY A;  4ADN A;  1HX1 A;  4DWI A;  4DQP A;  2E6L A;  3A5M C;  4CVN E;  4DU1 A;  4O44 A;  5C25 A;  3VN5 A;  5IBK B;  3QET A;  3ID6 A;  4LF7 K;  3AVH A;  4FZZ A;  4FK2 A;  1GLB G;  1Q82 O;  4CJ5 A;  1J5E K;  4UY8 O;  4J2D A;  3L4I A;  3O5B A;  3RMC A;  3H45 C;  3BZC A;  3UKU A;  4LSL A;  1T8E A;  3NF8 A;  4JI8 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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