4FJ7A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj7A03
1FXXA 1EP4A 1S1UA 2P1JA 4JRQA 1YT3A 4MFBA 1HQUA 3S9HA 3QNNA 3ZSXA 3ZSYA 4I7FA 1XI1A 3QO9A 2HNZA 1NJZA 2EHGA 4AHSA 2R7YA 3LP2A 2YHAA 1UWBA 4Z4IA 2HVHA 2HVIA 1LWEA 1F21A 2XY8A 5CY4A 4K8XA 1IKWA 1K6YA 4JS5A 3LAKA 1BCMA 3DOLA 4FYDA 3LANA 1X9MA 4HCCA 3SYZA 1FK9A 2Z1GA 3VQAA 5HLFA 4B3OA 3L8BA 4M3RA 4FJHA 3A2FA 1RBRA 3MAQA 2XY5A 3PV8A 2F8SA 1VSDA 2G8VA 2PY5A 4JLHA 3OYBA 2GBZA 3CFOA 3SUOA 1A5XA 1U49A 4YFUA 3CM5A 3O3HA 1SKRA 2F8TA 4J2DA 4H8KA 3IS9A 4CEOA 4Z4HA 3NH1A 4HHTA 3KKSA 4ID5A 4CJFA 3OYFA 3KLEA 2KZZA 4LD0A 4W5OA 1TAQA 4RG8A 3NH0A 3S3NA 2X6NA 1NJXA 4MQ3A 3P1GA 4N56A 2RF2A 5HRNA 3AVGA 3HPGA 1W9HA 3HSTB 3KKRA 3V9SA 1T7PA 2IC3A 3NHGA 4W5QA 1BIZA 3QEVA 1KFSA 3K5OA 3SI6A 1J54A 4H4OA 3U3YA 4FLZA 4PQUA 1CXQA 4GW6A 3PO5A 4KHNA 1X1PA 4KHWA 1KFDA 2B4JA 4CHQA 4FM0A 5JS1A 3V1RA 3VQEA 3EYZA 4CJWA 4JRPA 4F4KA 4B9MA 2ZQBA 1A5WA 2G8FA 1KVAA 3LWMA 2RPIA 3OYAA 3NGYA 1Z25A 3AVJA 1BQNA 2ITGA 3V9ZA 4FCYA 3P5JA 1JLAA 4BDZA 3NCIA 4DFJA 4CGIA 3ITHA 1IG9A 3HPHA 3KK2A 3K5LA 3DLEA 4N5SA 1D5AA 4DLEA 2A1RA 1B9FA 4HUEA 3CYMA 2BDPA 3SV4A 3DYAA 1VRUA 3VQBA 3V81A 2KFNA 4DTOA 3AO3A 4FJLA 1BCOA 3HL8A 4CFCA 4FXDA 4KV8A 4RW8A 1NJYA 4C8OA 3AO4A 2HHVA 4KB0A 4F3OA 3CM6A 1C0TA 1BQMA 3PX4A 2A1SA 2BGGA 1IH7A 1XHXA 3K5MA 4CHNA 4NCGA 4KHSA 4KTQA 3K5NA 1JXBA 3V1QA 4Q0BA 3LPTA 4CF2A 3AO1A 2YNIA 1TK8A 4BWJA 1NK9A 3TABA 4FJGA 2OPRA 4CHPA 1D9FA 4AH9A 3SUNA 3IG1A 1HYVA 1JLQA 3RWUA 4IKFA 3V4IA 4CEQA 4CGJA 4W5RA 3KTQA 2X78A 1RTHA 4J2AA 3UIQA 2Y1IA 3TAMA 4E7KA 3MXJA 1SKSA 1BGXT 1NKCA 4M3UA 1BISA 4CK2A 4HCBA 4DWIA 2YV0X 3HVRA 4FW2A 3K59A 2YKMA 3LWLA 4E7IA 4FJ9A 2KZMA 1WSHA 3C95A 1I39A 3G10A 5KI6A 4NYFA 3ZSQA 3V6DA 1S1WA 1KRPA 5C24A 4AHCA 3L3UA 4CIEA 4HUFA 3ALYA 1WAFA 1S6PA 3OYGA 1DTQA 4Z4GA 1UA1A 1YVUA 1RILA 3VQPA 3ZSVA 4DSJA 1C1CA 2JGUA 1ASVA 3ZT2A 3TAQA 1Z26A 3F73A 2FBYA 4OKKA 3HJFA 4LH5A 4CEFA 4DS4A 1T8EA 2PYLA 1WSFA 4DF4A 1HYSA 1C1BA 2ETJA 2B6AA 3AVLA 4CECA 3OS1A 4ELVA 3NF9A 4CGGA 1UOCA 3MEEA 5DK5A 1L5UA 3SQ2A 4KFBA 3TAEA 2F96A 3L2VA 4QCLA 4B9SA 4DU4A 1C0MA 1TGOA 3THVA 2VG7A 1QQCA 1REVA 4O4GA 3PUFA 4AHUA 3NDKA 3CFPA 4FJ7A 1IO2A 2FBVA 4OGCA 3ZSZA 3ZT3A 4FJJA 3SQ0A 2IOCA 4BE2A 4J2BA 4CHZA 2HMIA 1J53A 4FJKA 3FFIA 1HMVA 3LP3A 5J2MA 4DSKA 3PX0A 2BANA 4CJQA 4CFBA 3CG7A 4FK2A 1O1WA 3M8QA 4F2SA 1EX4A 4CJTA 4DQRA 1TL3A 3BGRA 4OPJA 4Z4EA 4FLUA 4KI4A 3OJUA 1ITGA 1RDCA 3OYCA 3OYDA 4C8MA 1WN7A 2HHUA 4IBNA 3SZ2A 3U6FA 2E6MA 3K57A 1VSKA 2RKIA 2HB5A 1T05A 4FVMA 5I42A 1U45A 1S9GA 1RT4A 4NCAA 5FROA 1L3SA 5J2NA 4DTUA 4E1NA 4EP5A 5E41A 1SV5A 3AVFA 4DMNA 2HHWA 1VSEA 1KLNA 4E7LA 4EP4A 3RMBA 3DRSA 1D9DA 3IAYA 3LAMA 4CK1A 4CF9A 1NK5A 1N5YA 2HHTA 1RTIA 2BE2A 3PO4A 4K8ZA 3DI6A 2IAJA 3ZT1A 4CJPA 1IKXA 2VG6A 1WLJA 3H08A 3KLGA 4DQQA 2G8IA 4KRFA 1C6VA 5HRRA 3SQ4A 3OVNA 1Q8IA 4O0IA 4JS4A 5FRMA 4FLXA 1QS4A 2FC0A 2XY7A 1G15A 3HT3A 4DFMA 1SL0A 3QEWA 3C94A 3L3VA 4CJRA 1LWFA 1SKWA 4CGFA 1NK6A 3TARA 1FKPA 3KLFA 1WSJA 4OPKA 3OS2A 4N41A 1KVCA 5EU7A 3QINA 2JLEA 4Y1CA 3I8DA 2OA8A 4F8RA 4BE0A 1EKEA 2G8WA 2OZSA 1RT6A 3NF6A 1W0HA 4O55A 1JLCA 4PA1A 3SUQA 3QEXA 4CFAA 3WNHA 1C1AA 5I3UA 4CE9A 3I0RA 1L3UA 4KB1A 1JKHA 1CZBA 3T1AA 4CJ5A 1KVBA 1HYZA 1C0UA 4CJEA 4BACA 4C8KA 2YNGA 1WSEA 3B6PA 4M45A 5DMRA 1RT7A 3NAEA 3VQQA 4AHTA 2QKBA 2KFZA 3MECA 1GOCA 3NH2A 1HPZA 5CZ2A 3NFAA 2IS3A 3ZT0A 4ZTFA 1NOYA 3DM2A 1QTMA 4CJSA 1LWCA 2D0BA 3SUPA 3LZJA 3AA2A 4CJ4A 4CCHA 4FJ5A 3DRRA 5KRSA 4IFYA 1B92A 1BHLA 3NF7A 2G8KA 4FK0A 2KW4A 3I0SA 4CEDA 4M3TA 4DQSA 1IKYA 1A5VA 4B9NA 3TAPA 3O3GA 3F9KA 4HUGA 4KAZA 2VWKA 1NOZA 3HP6A 3SJJA 4N47A 3VQDA 3QIOA 2WOMA 4DG1A 3LALA 3OYEA 4DTPA 3OYJA 4OGEA 2QXFA 4DU1A 1B9DA 1VSIA 1VK0A 4I2QA 2Q3SA 4KO0A 4ZHRA 4CEZA 4CJKA 1TK0A 1RDDA 5FDLA 1HNVA 3NGIA 4DF8A 4BE1A 4RW6A 2HNDA 5CZ1A 1KCFA 4Z0UA 4CJ3A 2LSNA 4CK3A 1GOAA 4FM2A 2G8UA 1HJRA 1ZBHA 4B08A 2OPSA 1XHZA 4OJRA 1SL1A 1QSSA 2HW3A 4OLAA 3HYFA 3QEIA 4FM1A 1YTUA 1J9AA 1VSHA 1D8YA 2IGIA 4CJUA 1HRHA 2X6SA 4FJ8A 3VQ7A 3VQCA 1U4BA 3B6OA 3TR8A 4CFDA 3KJVA 3S3OA 1X9WA 1N6QA 4CHOA 3S3MA 3HP9A 4DSLA 4OLBA 1Q9YA 3KLIA 2OYQA 3KD1E 1WNSA 3AA3A 4QAGA 1TVRA 3V9WA 2Z1IA 3HK2A 1NKBA 2KQ2A 1L3VA 3OS0A 4FJMA 3DRPA 3G0ZA 5HBMA 5J1EA 3AO2A 3AVAA 4O0JA 3M8RA 3DMJA 1XC9A 3HXMA 4BDYA 1SUQA 1NK0A 4M3YA 2VG5A 1J5OA 3LP0A 3LZIA 3AA4A 4YNQA 1NK4A 1L3TA 2D0CA 2IDOA 4ZTJA 3LPUA 1WSIA 4CJVA 4IG0A 3T3FA 4M3XA 3NE6A 1U48A 3AO5A 3VQ8A 3SPZA 4KI6A 5SWMA 4CJLA 4CIGA 4UQGA 3KLHA 3QERA 4G1QA 4ID1A 1RDAA 2DFHA 4DLGA 1LW0A 4NYNA 1S5JA 2ATQA 4E3SA 1HQEA 1QSLA 4B9VA 3MEGA 4E1MA 1U04A 4CEBA 1ZBUA 1I3AA 1HNIA 2Z1HA 1T03A 4C8LA 5D3GA 4Q5VA 5C42A 2RN2A 3DLBA 4CF1A 4LSLA 5J2PA 4O5BA 2DTUA 5CYMA 2KTQA 3M8SA 3JYTA 4FZXC 1Y97A 5CYQA 4B8AB 4DSIA 4RW9A 2XO7A 2W42A 4QOZB 4HTUA 1IKVA 3C6UA 4CGHA 1SL2A 3RMDA 1LW2A 3VQ4A 4KPYA 3QIPA 3ZT4A 4KHYA 1NK8A 3LDSA 4H4MA 3VN5A 3PX6A 3TI0A 1RBUA 2HHXA 4FJXA 2OPQA 2Y1JA 1ZYQA 2WONA 3NGZA 4PY5A 2YKNA 2XY6A 4LH4A 3K58A 4GVMA 1X9SA 2OPPA 4DSFA 4DS5A 2HHQA 1FKOA 4CEEA 4BDPA 3OYHA 3WNEA 1JLGA 3EZ5A 1S1TA 1QHTA 1ZBFA 3RR7A 4FZZA 2O4GA 2O4IA 3RMCA 2HNYA 1VSJA 1RBTA 2DY4A 5JS2A 4KTZA 3MXMA 4F3TA 4F2RA 1RTJA 5HRSA 3QNOA 3TANA 1JL1A 2YNFA 3M8PA 1CLQA 1ZBIA 4C8NA 1EXQA 3TWHA 5HROA 1S9EA 3VA3A 4B9LA 1UAXA 3DLGA 1JLFA 4FLYA 2PYJA 4KHUA 3NBPA 5HRPA 3RRGA 3L2WA 3WNFA 4CF8A 1RTDA 4IDKA 3OYLA 1TAUA 2ZD1A 4I2PA 3OYIA 1TKZA 1BI4A 2GUIA 4O44A 4N76A 2QK9A 3P83D 1VSLA 2G8HA 1VSMA 4M41A 4ELTA 3HPOA 4DTSA 3AVBA 1NKEA 4AILC 3ZSOA 3AVIA 4ICLA 4IG3A 3WNGA 4DFKA 1VRTA 1QE1A 4FZYA 4FLWA 5J2QA 2FBTA 4E7JA 1ASUA 2FBXA 4Z4CA 3ZSRA 2AJQA 1ZBLA 4DTXA 1JXEA 1LAWA 4TSXA 3AVKA 2YNHA 3HO1A 3E01A 4M3WA 3TAGA 4FLTA 2DFFA 3OYMA 3C6TA 1NJWA 3V1OA 3OYNA 3EY1A 4B9TA 5K14A 4FK4A 4AHRA 3OJSA 3SPYA 1YTAA 3QLHA 3AV9A 5HP1A 3AA5X 1BI4B 3AVHA 1RT2A 1R0AA 1WAJA 4M3ZA 4RW7A 4W5NA 3QETA 1RCHA 4CF0A 1Q9XA 3K2PA 3KIOA 4DU3A 4GMJB 1RT1A 1TKXA 3DLKA 3KK1A 3MXIA 4E19A 1TK5A 4PUOA 1S1XA 2XHBA 5KGXA 4M42A 3O4NA 1XWLA 1MU2A 3ZSWA 4NCBA 4EZ6A 4E89A 3BDPA 3L2RA 3HVTA 3VQ6A 3OY9A 1S6QA 4AHVA 1TV6A 3ISNC 1KSPA 4RW4A 4E0DA 4DQIA 3CQ8A 4DFPA 2E6LA 5FRNA 3VQ9A 3OYKA 4ELUA 3SCXA 2D0AA 2YHBA 1LAVA 4J2EA 4FW1A 5KGWA 1DTTA 3SQ1A 3O3FA 3VA0A 4DSEA 5SZTA 1JLBA 1RDBA 3RTVA 3QEPA 5T7BA 1JL2A 2DFEA 4KHQA 4Y1DA 1TKTA 4CESA 3RRHA 3O4QA 4FJIA 5C25A 4DTMA 3AVNA 3SNNA 4CERA 3AVMA 3KD5E 1KTQA 4FJNA 1TL1A 2XRIA 4KKOA 4CIFA 2P5OA 2I5JA 5KTQA 3TAFA 3DLRA 1RNHA 1CXUA 3JSMA 4DQPA 2P51A 3DOKA 2QKKA 4WE1A 3V9UA 1RBSA 1JLEA 3AVCA 3T19A 1NK7A 3PY8A 4KTWA 2OZMA 3IRXA 3D0PA 3RMAA 2P5GA 4DTJA 3LP1A 3L2UA 3HM9A 1UA0A 4I9QA 2EX3A 4IFVA 4R5PA 3DLHA 2HHSA 1TKDA 4DTNA 1S1VA 2B5JA 2GV9A 4LSNA 1GOBA 4E7HA 1WSGA 1CZ9A 3D45A 4HVJA 4FLVA 3KK3A 3U3GA 1VSFA 3RR8A 4KREA 3QESA 4XIUA 3ASMA 4CHYA 4OKEA 4PWDA 4B8CA 2PZSA 3ULDA 2E4LA 4BWMA 5KRTA 2VWJA 1U47A 4L8RB 1RBVA 1EETA 4CEAA 1RT5A 3VQ5A 3L2QA 2NUBA 3ZCMA 4B9UA 1KLMA 1RT3A 4LY7A 4DTRA 1LV5A 4OKJA 2Z1JA 4CGDA 3MEDA 3NF8A 4W5TA 2X74A 2ZE2A 3SV3A 1QSYA 1BL3A 3CFRA 4EZ9A 3V9XA 1BIUA 1DLOA 2D5RA 4I9LA 4OVLA 1ASWA 4Z4FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2P51 A;  3DOK A;  2QKK A;  4WE1 A;  3V9U A;  1RBS A;  1JLE A;  3AVC A;  3T19 A;  1NK7 A;  3PY8 A;  4KTW A;  2OZM A;  3IRX A;  3D0P A;  3RMA A;  2P5G A;  4DTJ A;  3LP1 A;  3L2U A;  3HM9 A;  1UA0 A;  4I9Q A;  2EX3 A;  4IFV A;  4R5P A;  3DLH A;  2HHS A;  1TKD A;  4DTN A;  1S1V A;  2B5J A;  2GV9 A;  4LSN A;  1GOB A;  4E7H A;  1WSG A;  1CZ9 A;  3D45 A;  4HVJ A;  4FLV A;  3KK3 A;  3U3G A;  1VSF A;  3RR8 A;  4KRE A;  3QES A;  4XIU A;  3ASM A;  4CHY A;  4OKE A;  4PWD A;  4B8C A;  2PZS A;  3ULD A;  2E4L A;  4BWM A;  5KRT A;  2VWJ A;  1U47 A;  4L8R B;  1RBV A;  1EET A;  4CEA A;  1RT5 A;  3VQ5 A;  3L2Q A;  2NUB A;  3ZCM A;  4B9U A;  1KLM A;  1RT3 A;  4LY7 A;  4DTR A;  1LV5 A;  4OKJ A;  2Z1J A;  4CGD A;  3MED A;  3NF8 A;  4W5T A;  2X74 A;  2ZE2 A;  3SV3 A;  1QSY A;  1BL3 A;  3CFR A;  4EZ9 A;  3V9X A;  1BIU A;  1DLO A;  2D5R A;  4I9L A;  4OVL A;  1ASW A;  4Z4F A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FXX A;  3F5T A;  2HNZ A;  3LP2 A;  1E4F T;  2GX9 A;  4CZG A;  4K8X A;  1K6Y A;  4YOR A;  4JS5 A;  3WEE B;  1FYZ E;  4AI6 A;  2O8B A;  2Z1G A;  4FJH A;  4H0V B;  2F8S A;  4M7X A;  1BDG A;  1YHQ N;  4BR7 A;  4YFU A;  4PL7 A;  4QS9 A;  1BU6 O;  3NH1 A;  2KZZ A;  3KKS A;  4JI8 K;  3E9P A;  1NGD A;  3NH0 A;  3THY B;  3R8E A;  3Q7C A;  1DKG D;  3NHG A;  1QVF M;  1BIZ A;  3K5O A;  4FL9 A;  4BVO A;  1J54 A;  3E1Y A;  2Q1N A;  2HBM A;  1IBM K;  4JRP A;  4B9M A;  2F4V K;  3NGY A;  2KHO A;  1BQN A;  1HPM A;  2VGM A;  1NGJ A;  4BDZ A;  4B3T K;  3ITH A;  4JK8 A;  3O80 A;  4N5S A;  2A1R A;  4DR5 K;  4HUE A;  1VRU A;  2KFN A;  3AO3 A;  3BVO A;  1BCO A;  1FS1 A;  4BRL A;  2NRH A;  3H6E A;  4RW8 A;  3BUZ B;  1NJY A;  3VMF B;  2HHV A;  4KB0 A;  4ADN A;  5A2Q O;  3PX4 A;  4CHN A;  3HGL A;  3GOI A;  4BRG A;  3V1Q A;  4Q0B A;  4CF2 A;  3O1W A;  4BWJ A;  4GVE A;  5EVZ A;  2HHH K;  4FJG A;  4CHP A;  1NGG A;  1D9F A;  4AH9 A;  3EEQ A;  1HYV A;  5FPD A;  1IV0 A;  3V4I A;  1VQP N;  4W5R A;  1RTH A;  5GAG P;  3UIQ A; 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