4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
4FVMA 1S6PA 4CHNA 4ELVA 1JKHA 1SL2A 3KD1E 1TAUA 4W5TA 4RW9A 4KTZA 3PV8A 2HNDA 3DLRA 1CXUA 2IS3A 3K59A 1L3SA 3LPTA 1C0MA 1IKWA 4DSJA 1NJYA 3ULDA 3LP1A 1D9DA 4F2RA 3C94A 3OS0A 4BACA 3SCXA 5E41A 5J2NA 4I9QA 3KLFA 3THVA 4DQIA 1FK9A 2JLEA 1U48A 4B9NA 4OKEA 4M41A 1TL3A 5J2PA 3QEPA 4OGEA 3QEXA 4DSEA 3RR8A 3DYAA 3RTVA 1CXQA 1VK0A 5HP1A 2X6SA 1X9SA 4CCHA 3LZIA 2OYQA 4KI6A 1RT4A 1S5JA 3OJSA 3HK2A 3KK2A 1JLAA 4RW7A 2E6LA 1RT1A 2YNFA 4KKOA 2OPPA 4FK0A 2VWKA 4FJ7A 4O4GA 4B8AB 1UWBA 3M8PA 2VG6A 1TKDA 3OYAA 4KAZA 2XY8A 1L3VA 3PX4A 4CGHA 2G8IA 1L3UA 1BCMA 1S9GA 1Z25A 3NH2A 2G8VA 3U3YA 2HHSA 2HHWA 5KGWA 1RBTA 4YNQA 3K58A 4N76A 3ZT3A 2KW4A 3HVTA 3TAMA 3V9XA 3P1GA 4I9LA 4E89A 3T1AA 1NK5A 4CIFA 1YT3A 3SI6A 3S3OA 4IKFA 3SJJA 1ASVA 4DFMA 2G8WA 4BDPA 1JLQA 4N41A 4RW8A 4IFYA 3AVHA 3D45A 4B08A 2ZQBA 3HXMA 3HPGA 4O5BA 4IG0A 2OPSA 1ZBIA 5I42A 3QNOA 4OLBA 3DLGA 1BHLA 1C0TA 4BE0A 1L3TA 3DM2A 3ASMA 1JLBA 4KI4A 1TAQA 4AH9A 3V4IA 3KLIA 1D8YA 4BDZA 1S1WA 1U04A 4FZYA 4B9VA 1KRPA 5FROA 3B6OA 1T05A 4DFKA 2RF2A 4OPKA 2XY7A 3SUOA 1WSJA 4E7IA 1IO2A 4NCBA 2XHBA 4FLXA 4KHQA 4BWMA 4CGIA 1QTMA 1RTDA 3AVCA 3SNNA 3MEEA 1A5XA 4H4MA 5J1EA 2B4JA 2YHAA 1NJZA 4C8KA 4EZ6A 4LH5A 2BGGA 4JRPA 3VN5A 1RBVA 3JYTA 4PQUA 2RPIA 5C24A 5KRTA 4F3TA 1Q9XA 3QEWA 1JL2A 1S1VA 1S1TA 4OVLA 4CE9A 3L2VA 3L3UA 4FJ8A 4CK3A 4TSXA 1KTQA 4QCLA 2HB5A 4CK2A 4EZ9A 3VQ7A 3LAKA 3HT3A 4N56A 3VQ4A 1RBSA 4CJRA 1SUQA 4JLHA 3OYJA 1U4BA 1KCFA 3DRPA 1X9WA 2GUIA 4W5QA 4CJ3A 3K5MA 3CQ8A 3KK3A 4PUOA 2A1SA 1UOCA 4J2BA 1D9FA 3G0ZA 3MEGA 1RDAA 1RCHA 1UAXA 3OYFA 3TWHA 3ZSOA 2XO7A 1DTQA 3KTQA 4NYFA 2D5RA 4GMJB 2KTQA 4R5PA 1YTAA 3DOKA 4CESA 4E1NA 4F4KA 2R7YA 3RRHA 4CFBA 4O55A 3VQ8A 4FM0A 4FLZA 3L2QA 4LH4A 4DTNA 2HHQA 2QKBA 3KLEA 1JLFA 4IFVA 1JLGA 4WE1A 3ZT4A 1U45A 5HBMA 2BANA 1D5AA 1WSIA 1KVCA 2HHUA 1RTIA 4MQ3A 4IBNA 3LP0A 3C95A 4AHRA 3L8BA 4HUFA 3P83D 2NUBA 5CZ1A 2FBTA 4FZXC 4AHCA 3MXJA 4Z4IA 4W5NA 3QERA 1TVRA 5C42A 1CZBA 4C8NA 3VQDA 3TAQA 4CJQA 3V9WA 2GV9A 3HSTB 1TKTA 4CFDA 3PO4A 3SYZA 2ATQA 1GOCA 4B8CA 3AO3A 1RDCA 3OYKA 2VG5A 1GOBA 3DRSA 3NF8A 4E0DA 3ZSYA 1NK9A 2Y1JA 5JS1A 4ZHRA 3DMJA 3NBPA 3RMAA 3M8SA 4KTQA 4FCYA 3AVLA 4DTJA 2DTUA 1GOAA 4CF2A 3TAPA 1ASWA 2KFZA 3NHGA 3WNHA 5CZ2A 3SPYA 1KLMA 1VSEA 2IGIA 4CHYA 1YVUA 1J54A 4FLVA 2IOCA 4E3SA 2DFEA 3H08A 3QEVA 2OPRA 3LPUA 3QLHA 1HPZA 1S9EA 3G10A 4KTWA 5JS2A 2KZMA 3I8DA 3OYGA 1QHTA 4CFAA 4LD0A 3KLGA 3SZ2A 3VQBA 3DLBA 3ZSXA 3SUPA 4B3OA 2WOMA 1RT3A 4KRFA 3TR8A 3JSMA 1UA0A 2P5OA 4BE1A 1Q9YA 4E7LA 4IG3A 4FYDA 4CGFA 2PY5A 1EP4A 1N6QA 3VQEA 1S6QA 1NOZA 1XI1A 1T03A 4KB0A 1WAFA 3TI0A 1KFSA 2G8UA 4FJLA 4O44A 3MAQA 3SQ0A 1VSMA 3VA0A 2P5GA 4LY7A 1RTHA 3M8RA 4Z4EA 3C6UA 4KB1A 3L2WA 2ZD1A 2HNZA 4RW4A 4I7FA 2YNGA 3DOLA 1N5YA 1L5UA 4RG8A 5KTQA 1LAVA 4CERA 4KHSA 3V1QA 3O4QA 3KKSA 3IS9A 1X9MA 1J53A 4CK1A 1LV5A 3NAEA 1EETA 1WLJA 4K8XA 1W0HA 4KHUA 3NFAA 3CM6A 4CF0A 3PY8A 3V6DA 1IKYA 5KGXA 2XY6A 4ZTFA 4DSKA 1TV6A 1LWCA 3V9UA 4W5RA 4KFBA 4DFJA 2FC0A 2HVIA 1TKZA 4FXDA 1KFDA 1REVA 3ZSRA 2F8TA 3PUFA 3O4NA 1WSFA 3HP9A 1RNHA 3UIQA 3CG7A 4C8OA 3RWUA 3SUQA 4CEBA 3PX6A 2OZMA 3AVFA 3P5JA 4NYNA 3BDPA 1RT6A 4FLYA 3F9KA 1RDDA 5SWMA 3AA3A 3LALA 1LW2A 1ZBUA 4B9TA 2KZZA 1CLQA 1HQEA 3OS1A 3AA2A 4I2PA 4M42A 3DLHA 3AVIA 4FLWA 3IG1A 3OJUA 2DY4A 1NOYA 1BGXT 3NF7A 1WN7A 3CYMA 3SUNA 3KKRA 1I39A 3ZSVA 3ZT1A 3OYIA 3WNGA 2OA8A 4MFBA 2B6AA 3VQ9A 2BDPA 4LSNA 3OYBA 3EY1A 3HJFA 1C1BA 3DLEA 1BQMA 3AVKA 3HVRA 1RBRA 3OY9A 3HPHA 1LAWA 4DTRA 3C6TA 4H4OA 4CJLA 1TKXA 5CYQA 1IH7A 1C1CA 1EKEA 3E01A 2X78A 1I3AA 3MEDA 4QAGA 1XHZA 1TK0A 1BL3A 4DQRA 1LWEA 4ICLA 1NJWA 3M8QA 4DQQA 2E6MA 3L3VA 2HHVA 5HRRA 1ZBHA 1WSEA 3O3GA 1HNIA 3IAYA 2YHBA 4DU1A 2Z1HA 1TK5A 4OGCA 4GW6A 4DQSA 4XIUA 1QE1A 2XRIA 2O4GA 3LWMA 1UA1A 4CHOA 3D0PA 1RDBA 5DMRA 3K57A 2FBVA 4ELUA 4HCCA 3AVGA 3I0RA 4DS5A 3QNNA 4FJIA 2Z1IA 3MXMA 2HNYA 3LANA 2Z1GA 1NK0A 2X6NA 2DFFA 4FW1A 3SQ1A 1B92A 1HYZA 1XHXA 4Q5VA 4CGJA 4CJ4A 1KLNA 1HYVA 2IC3A 3AV9A 4CJKA 3NH0A 1QQCA 2E4LA 1NK6A 4ID1A 4CEAA 4E7HA 1IKXA 4CIEA 2HHXA 4OKKA 2G8KA 1VSLA 2P1JA 4DU4A 4CF9A 1F21A 2I5JA 3KIOA 3QIPA 3QO9A 3KJVA 3AVNA 1IG9A 3QETA 4DG1A 2RN2A 2VG7A 2AJQA 4OKJA 4L8RB 3MECA 2GBZA 3OYDA 3HM9A 4HUEA 3VQ5A 4HUGA 4DSIA 3ALYA 1XWLA 1JXEA 5HRNA 1ASUA 1BI4A 2ITGA 4CEQA 4CF8A 5D3GA 3AVBA 5C25A 4PWDA 1JLEA 2RKIA 2O4IA 2BE2A 4CJPA 1RT2A 3CFPA 3AO4A 4FLTA 3ISNC 3OYNA 2PYLA 1Q8IA 3K5OA 4IDKA 5FDLA 3AA5X 4M3UA 2HW3A 1VSKA 2QKKA 3K2PA 1VSDA 3ZSWA 4KHNA 3ZSZA 3EYZA 1J9AA 3L2RA 1SKRA 1RTJA 4KHWA 3LP2A 4DF8A 2YKNA 4E1MA 2F96A 3LAMA 1JL1A 4F3OA 3QEIA 4PA1A 5FRMA 4CEZA 2A1RA 4J2EA 1VSHA 2DFHA 2EHGA 4DSFA 3SQ4A 1BISA 1NK8A 1FKPA 3HO1A 4Z0UA 4OPJA 5CY4A 4B9SA 1BCOA 4PY5A 3V9SA 4LSLA 3OYCA 4M3XA 3MXIA 4FK4A 1NK7A 5T7BA 2F8SA 3KD5E 4BWJA 4AHVA 2HHTA 5I3UA 1O1WA 4CJSA 4EP4A 3ZT2A 3BGRA 4KPYA 4DSLA 5FRNA 1SKSA 2WONA 1LW0A 2Q3SA 5CYMA 1C0UA 4DS4A 3RR7A 4OLAA 3WNEA 3NGZA 2YV0X 1DLOA 4FJMA 4FJNA 4KHYA 3ZCMA 4EP5A 4JS5A 3NF9A 1B9DA 4CECA 4CIGA 2W42A 2KQ2A 1XC9A 1TGOA 4CJ5A 4BE2A 4F8RA 4Q0BA 3DLKA 1VRUA 4CHQA 1RILA 3F73A 1TK8A 3TAFA 1HMVA 4FJ9A 4Z4HA 1HYSA 4FJJA 1WSHA 2KFNA 2D0AA 4DU3A 1HJRA 1JXBA 1Y97A 4ELTA 2HVHA 2JGUA 2YNHA 3LDSA 1ZBLA 3VQCA 3OYLA 1S1UA 3TARA 4FLUA 3VA3A 4FJGA 3K5LA 1R0AA 1NKCA 3CM5A 1J5OA 5J2MA 3DRRA 5KRSA 4CEFA 2FBYA 1VRTA 3LZJA 4CHPA 2YKMA 3DI6A 1FXXA 3QINA 3S3NA 1BIUA 1ZBFA 2FBXA 2QXFA 4CJFA 3RRGA 1IKVA 1QS4A 3NF6A 3HYFA 4C8LA 4CJWA 3O3HA 1FKOA 1U49A 3S3MA 3SQ2A 4B9UA 4KREA 4YFUA 2D0CA 1B9FA 1YTUA 3V1RA 1U47A 3TANA 4CJTA 3HP6A 4B9LA 4NCGA 4M3WA 2VWJA 3VQQA 1X1PA 4DTXA 1W9HA 3VQPA 3U6FA 3PX0A 3SPZA 4FK2A 4CEOA 1S1XA 3OYEA 3U3GA 1WNSA 1A5WA 4J2DA 4J2AA 1WAJA 2IAJA 4M3YA 3OVNA 3QESA 2IDOA 3IRXA 2EX3A 3T3FA 3V81A 1EX4A 3OYHA 4M3TA 4ZTJA 2PZSA 1QSYA 1RT5A 3ZT0A 4CF1A 4E7KA 1RBUA 2Z1JA 4ID5A 2ETJA 3VQAA 4GVMA 4E7JA 1NJXA 1BIZA 3WNFA 4G1QA 4FJKA 3ZSQA 3OYMA 5J2QA 4DTSA 1G15A 1ZYQA 3AA4A 5DK5A 1WSGA 1TL1A 1KVAA 4DMNA 4DLEA 4DWIA 4DTPA 3ITHA 4NCAA 4KO0A 4CGDA 4N47A 4O0JA 3CFOA 1RT7A 3CFRA 4I2QA 4OJRA 4BDYA 4DTUA 3S9HA 1HNVA 3FFIA 2X74A 3PO5A 4B9MA 4CJUA 4RW6A 1T7PA 3TAGA 4O0IA 2P51A 4M45A 4CFCA 4CJVA 1KSPA 3O3FA 3NGIA 4N5SA 4KV8A 4HCBA 3AVMA 3LWLA 3AO5A 1C1AA 4E19A 4FW2A 3KK1A 4FJXA 3AO1A 3OS2A 4QOZB 3L2UA 1SKWA 3AVJA 3A2FA 4C8MA 1HQUA 2B5JA 3AO2A 4FZZA 4JRQA 5K14A 1KVBA 4CGGA 1DTTA 3NDKA 1MU2A 3AVAA 4CEEA 2G8FA 3V1OA 1BQNA 4FM2A 5HROA 3TAEA 3LP3A 4UQGA 3SV4A 5KI6A 4FM1A 1HRHA 4DFPA 4M3ZA 1JLCA 1K6YA 3HPOA 3SV3A 2YNIA 5HLFA 4CJEA 5SZTA 3NE6A 1CZ9A 2HMIA 4M3RA 4CEDA 5HRSA 3KLHA 4DTOA 4AHSA 4FJ5A 1VSFA 4DQPA 1VSJA 1SL1A 3EZ5A 4HVJA 4DF4A 4AILC 2D0BA 2OPQA 4Y1CA 2Y1IA 4F2SA 2QK9A 3RMDA 4FJHA 4Z4FA 3NCIA 4Z4CA 1VSIA 2OZSA 4DTMA 4H8KA 4HHTA 4DLGA 1NKBA 2G8HA 5EU7A 1SV5A 3NH1A 1C6VA 3V9ZA 1A5VA 1SL0A 2LSNA 1T8EA 3TABA 3B6PA 1QSLA 1EXQA 4AHUA 3K5NA 5HRPA 3HL8A 4W5OA 2PYJA 4Y1DA 4AHTA 2ZE2A 2XY5A 1Z26A 4JS4A 4Z4GA 1ITGA 3QIOA 1NKEA 4K8ZA 1QSSA 3RMBA 1BI4B 3NGYA 3VQ6A 3T19A 3RMCA 4CHZA 1LWFA 4HTUA 3I0SA 1NK4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6PA 4ELVA 1SL2A 3TSUA 3PV8A 2HNDA 4RCHA 1CXUA 5AQFA 4DSJA 4FOIA 1FZIE 4DR1K 1NJYA 4CD1A 3OS0A 5E41A 5J2NA 3THYB 3CHWA 1KD1O 1U48A 1HNXK 4DUZK 3QEPA 2W41A 3QEXA 4DSEA 5ADXA 1CXQA 4CCHA 3LZIA 2OYQA 3VEYA 3OJSA 1S5JA 4XEIA 5ELZA 3LM9A 1JLAA 3TTDA 2ITMA 2E6LA 4JI5K 1RT1A 2B7MA 4FJ7A 4O4GA 1HKCA 1QZ6A 2VG6A 3J81O 3OYAA 4KAZA 3PX4A 4QS9A 2G8VA 3G4SN 4V19S 5KGWA 3SBTA 1HR0K 2UUCK 3K58A 3TAMA 3P1GA 3S41A 4E89A 4NLBA 2DEBA 3SJJA 4JK7A 4BDPA 4GV6A 4PHTX 4RW8A 3D45A 3HPGA 4O5BA 5I42A 2OVQB 1C0TA 1L3TA 4A61A 3DM2A 3VEXA 1TAQA 3IKMA 3KLIA 4BDZA 1P22A 3CCSN 3C6NB 4OPKA 3SUOA 4BRIA 1E4FT 4E7IA 1W97L 4BWMA 1QTMA 1RTDA 4JI3K 5J1EA 4DR6K 2UXDK 3A5OC 1OH8A 4GAMC 3O8MA 1FZ7E 1JL2A 4FJ8A 5H37A 1FZ8E 4TSXA 3BVOA 4BQLA 4K42A 3VQ7A 3LAKA 3HT3A 4JLHA 1KCFA 3DRPA 1X9WA 4W5QA 4BRCA 2A1SA 1D9FA 1E3MA 1KAYA 3OYFA 1DTQA 1FW6A 3D2EA 4RWTA 3WQUA 5IWAK 3RRHA 2HBMA 4DTNA 3KLEA 1JLGA 1GLCG 3R1XA 1FZ4E 2HHUA 1RTIA 4MQ3A 4XH4A 5CHIA 2JH8A 4Z4IA 5C0YA 5C42A 1TVRA 3VQDA 4MDAA 3V9WA 2GV9A 3HSTB 4IO8A 2ATQA 3QBXA 1P8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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