4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
2JGUA 5C24A 4YFUA 3LWMA 4LSLA 4F4KA 4K8ZA 1WSFA 4PY5A 1HYSA 1FK9A 1RT6A 3VQ4A 3WNGA 5J2NA 1X1PA 3LALA 4E3SA 2G8KA 2G8IA 1F21A 2G8VA 5KTQA 1DTQA 3U6FA 4M3WA 2EX3A 4B9LA 1UOCA 1BHLA 3G0ZA 4DQQA 1HMVA 4OPKA 3HVRA 1TV6A 3AVFA 5SWMA 4DFMA 3OYDA 1TGOA 3AVCA 1S9EA 3K5MA 3OYJA 4AHTA 4DLEA 5FRNA 2YHBA 3AA4A 3NF9A 3V1QA 4HVJA 1NOYA 1LWCA 1TK0A 3V9ZA 2DTUA 3DI6A 1I3AA 1S6QA 3TR8A 1S1VA 4LD0A 4FLXA 4R5PA 4DS4A 3V81A 3KLEA 3VQCA 4GVMA 3LAMA 1A5VA 4H4MA 4FJIA 3O3GA 4I2PA 4OKKA 3KLGA 4H8KA 4K8XA 2XY7A 3RRGA 1JKHA 1S1WA 4Z4HA 1RILA 4B9NA 1TL1A 4BE2A 3LPTA 1C0UA 3CFOA 3ISNC 1X9MA 1WSGA 1TKDA 1HRHA 3PUFA 3KKSA 1ZBFA 4DSIA 1RTIA 4FJ8A 5KGWA 2OYQA 2ATQA 1JLGA 4FCYA 2Z1IA 4FK2A 3CFRA 1NKEA 1D9FA 4DSLA 4BWJA 3OJUA 4Z4GA 2HVHA 4O0JA 3HPOA 3VA3A 1JLBA 1VSIA 2YHAA 2YNFA 2ZE2A 1CXUA 1QQCA 4CJRA 3D0PA 4J2AA 4ZTFA 5I3UA 4ELUA 2X6SA 3K5OA 3VQ6A 1REVA 2F8SA 1SV5A 1ZBLA 3LWLA 4CEOA 3L8BA 1DTTA 1B92A 3RMBA 1VRTA 1Y97A 3P1GA 4RW7A 4E1MA 2D0AA 4W5QA 4DSKA 4FW2A 1U47A 2HHVA 4BE0A 3DLEA 4B9SA 4QCLA 3NDKA 5DK5A 1WSIA 3PV8A 3OYLA 4ICLA 3QEVA 3TAGA 3AVAA 4CFAA 1BCMA 3AVBA 4CJEA 2BE2A 4CJWA 1BCOA 1HPZA 1U45A 1EP4A 1NK8A 2QKKA 1JLEA 3PO5A 3NE6A 4CF8A 1C1AA 3WNEA 4XIUA 4F2SA 1QS4A 5KGXA 4CK2A 1DLOA 1J54A 3L3VA 1A5WA 1QE1A 2VG5A 2EHGA 3SNNA 2LSNA 3V1OA 3OYBA 4CEAA 1VSKA 1NOZA 2P51A 3VQ7A 1U48A 4DF8A 4LSNA 3UIQA 1IO2A 1T7PA 2XY6A 1JLFA 3PX4A 4CGFA 3HPHA 2HHWA 3ZSRA 3KK3A 2D0CA 3S9HA 1WAJA 2OZSA 4E89A 1GOAA 5C25A 1NKCA 3PY8A 3AO4A 4M3RA 4FYDA 1IKWA 4W5OA 1UA1A 5J2QA 3C6TA 3LZIA 4MFBA 4BWMA 1FXXA 1CLQA 1RBRA 2OPSA 4OKJA 1HQUA 1BIUA 3OYFA 3TI0A 3K2PA 3MXIA 2OA8A 4B9MA 1Z26A 4CEDA 3U3YA 4C8NA 3DLGA 4CGGA 3RRHA 2YKMA 4CHQA 3KLIA 4F3OA 3QERA 1RT5A 3QEPA 4N47A 1EKEA 3M8PA 4CERA 1TK5A 1T05A 1C1CA 1VK0A 4RG8A 1VSFA 4OGEA 1LAWA 2VWJA 4E19A 3OYAA 3VA0A 4Z0UA 5I42A 4GMJB 2E6LA 4IBNA 1TKXA 1S9GA 1JLQA 3QEIA 3ZSZA 5J2PA 4M42A 2DFHA 1NK4A 1RTDA 3CM6A 1TKZA 2Z1JA 3P83D 4CJLA 4OLAA 2B4JA 2RKIA 4KTZA 3S3NA 4CIEA 3NH1A 2A1RA 1QSSA 2IC3A 2GV9A 3NBPA 4DQIA 1BL3A 3D45A 4TSXA 4CJ3A 4KHYA 3VQDA 4CGIA 3NGZA 1NJWA 4FM1A 1RT7A 1VSEA 1WSHA 4KTQA 1SL0A 3C6UA 2OZMA 2FBYA 3I0RA 2RPIA 3KK1A 1QSLA 3NF7A 2KTQA 3SUQA 4KHUA 4Z4FA 3MXJA 1ZBUA 1KRPA 1XHZA 3SQ2A 5CYQA 5HRRA 3HP9A 5JS2A 1SKRA 4KB1A 3QEXA 2HHTA 4ZTJA 3OYEA 4CIFA 3DRRA 3AVMA 1RTJA 4HUEA 4DFJA 1NJYA 2X6NA 3OYKA 3CFPA 4IFVA 4CJTA 1RDAA 1VSLA 1KVBA 4DTJA 5HP1A 4DU3A 3VQAA 3NHGA 4CJUA 1L3TA 4JRPA 4KHQA 2VG6A 3DYAA 1O1WA 3OYIA 3ZT3A 1HNIA 2HVIA 2E6MA 2XHBA 3AVHA 4DG1A 1CXQA 2VG7A 2WOMA 3QESA 3T19A 3K5LA 2G8HA 4FLUA 4NYFA 3ZT2A 1RBTA 4FJXA 2KZMA 3SUOA 1KTQA 3ALYA 4FJNA 1BGXT 1RDCA 4CHOA 3SUPA 1ITGA 3L2RA 3EY1A 3EZ5A 4ELVA 4KFBA 4EZ9A 4HCBA 1QSYA 3AO5A 2YV0X 3SJJA 2IGIA 4KI6A 2QK9A 2R7YA 2A1SA 1Q9XA 3HT3A 1SKSA 3DLHA 1EX4A 3CM5A 4NCAA 1J5OA 5FRMA 3NFAA 3VQ9A 4CJSA 4OPJA 1NK0A 2RN2A 4DTMA 3JYTA 4N76A 4KI4A 3DLKA 4DFKA 1HNVA 1CZBA 1TAUA 3OYNA 3M8SA 2PY5A 4PA1A 3NAEA 2HHSA 3DRSA 4M41A 2F96A 3LZJA 3C94A 5JS1A 3RMDA 2Z1HA 3ZCMA 3JSMA 2BANA 1XWLA 3LP2A 4DSJA 4C8MA 1C0MA 1VSJA 2YNIA 4BDZA 3AA5X 1CZ9A 3MEEA 4B9UA 1SL1A 4QOZB 3KLHA 3K58A 1U4BA 3F73A 1YT3A 4DSFA 4N5SA 2YNGA 2HNYA 1UA0A 1W0HA 2RF2A 3HP6A 1XI1A 2HMIA 4FZZA 4I7FA 4CJPA 3T3FA 2I5JA 4Y1CA 4BDYA 3L3UA 4FJJA 3AO1A 3TANA 3CQ8A 3QINA 3NGIA 1WLJA 4RW6A 3ZSYA 1BI4B 4Y1DA 5J2MA 3HXMA 4G1QA 4CFBA 3VQ8A 4M3TA 1YTUA 3HO1A 4DTRA 3IG1A 3OYHA 4E0DA 4ID1A 2Y1JA 3DMJA 1RBSA 3C95A 4AHRA 1WSJA 5K14A 3VN5A 4HUGA 4CIGA 4B9TA 3NCIA 1S1XA 3SQ4A 2OPRA 3B6OA 4M3UA 4FLYA 1JL1A 4FJMA 1NK9A 3V6DA 4KHWA 3AA2A 3LP3A 3A2FA 4DTNA 1S1UA 3KLFA 3HVTA 2IAJA 2WONA 3DM2A 3KJVA 1D9DA 4BACA 4CCHA 2IDOA 1KFSA 1S1TA 1VSMA 2B5JA 3M8QA 1JXBA 3LAKA 3OY9A 3TAPA 1UWBA 4DTOA 1S5JA 3AVGA 3AVKA 4CF2A 4Z4EA 3LDSA 1BQNA 1FKPA 1Z25A 4F3TA 1BI4A 2PZSA 2G8WA 4CE9A 4CJ5A 4NYNA 3AA3A 3KK2A 4CJQA 4J2BA 3E01A 3EYZA 3V9UA 4GW6A 2Y1IA 1L5UA 1U04A 5CZ1A 4KRFA 1SL2A 4CF9A 4AHUA 3HYFA 4F8RA 4FJLA 2D0BA 4OLBA 4KTWA 1B9FA 3OYCA 4DWIA 4DQPA 3RTVA 4O55A 4CJ4A 4E1NA 3WNHA 4ID5A 4EP5A 3VQ5A 3VQEA 3K57A 1X9WA 4DTPA 4RW8A 3MXMA 2AJQA 4CGDA 5FDLA 5KI6A 2KFNA 1NJZA 2HNDA 2P5OA 1VSDA 1L3UA 3PO4A 1LW2A 1YVUA 4HTUA 3DRPA 3IAYA 4FM0A 2Z1GA 4FZXC 3SPZA 4E7HA 3OVNA 5C42A 3OS0A 2KW4A 1WNSA 4UQGA 3OS2A 4FJKA 2OPQA 4DU1A 4YNQA 3PX6A 3V9XA 1ASWA 2PYLA 3NGYA 1ZYQA 4CGJA 3OJSA 4M45A 4IG0A 3ZSOA 2OPPA 5HRPA 2G8FA 4Z4IA 1KCFA 3OS1A 3AVNA 3O4NA 3CYMA 1KVAA 5CY4A 1IKYA 4WE1A 2E4LA 4M3ZA 4PUOA 4KHSA 1VRUA 1NKBA 4CJVA 2XY8A 3RR8A 1J53A 4EZ6A 1LW0A 3DLRA 4FJ9A 3I8DA 4FM2A 4IG3A 3V1RA 4JRQA 3SV4A 3S3MA 2DFFA 5KRSA 3ZSWA 4E7IA 1IH7A 2FC0A 3BGRA 4CECA 5HRSA 4C8LA 3RWUA 4ZHRA 1LWFA 1JL2A 1K6YA 4QAGA 4LH5A 3VQBA 4O4GA 2IOCA 4DSEA 4FW1A 2PYJA 1RDDA 3MECA 3AVJA 2XRIA 3NF6A 3P5JA 1HJRA 4CFCA 1HQEA 3AVLA 4CHPA 4DMNA 5HLFA 3ZSQA 3ASMA 3ZT1A 3THVA 3LPUA 4M3YA 1BIZA 4ELTA 3L2QA 3QNNA 1GOCA 3SV3A 3RMCA 3AVIA 1X9SA 3L2WA 3OYMA 1A5XA 3TABA 1TVRA 3SQ1A 4E7LA 3CG7A 2KZZA 2JLEA 2O4GA 3SCXA 5FROA 3SPYA 4AHVA 4CHYA 3ZT4A 4DLGA 4W5TA 3MEDA 3KD1E 4OKEA 3ZSXA 4HCCA 1KVCA 1LWEA 3HM9A 4KKOA 3TARA 2ITGA 1TK8A 4B3OA 3DLBA 4CEBA 2O4IA 3HSTB 1VSHA 4CEEA 3RMAA 4CESA 1RT3A 4M3XA 3T1AA 4B8AB 5E41A 1EETA 1KLMA 4CEFA 2F8TA 4N41A 4L8RB 3IS9A 3LP1A 4FJ7A 1KSPA 4PQUA 4KHNA 3QEWA 3LP0A 1ASUA 1W9HA 2P1JA 4FZYA 1XC9A 3HL8A 3FFIA 4OVLA 2VWKA 4KAZA 1MU2A 1Q9YA 3DOLA 4Q5VA 2GUIA 3QIOA 4CEQA 4CHZA 1JLAA 5SZTA 3TAMA 1J9AA 1KLNA 4CFDA 4PWDA 2BGGA 1GOBA 4DU4A 3HJFA 3QO9A 3VQQA 1LAVA 3KKRA 4FLZA 2YKNA 1YTAA 4CF1A 2D5RA 4JS5A 2HHXA 3TAFA 3G10A 1NK7A 4FK0A 2XO7A 1NK5A 1ZBHA 1RCHA 3QIPA 4FVMA 4O5BA 5HBMA 2FBTA 1ASVA 4I9LA 4I9QA 4JLHA 4B08A 4OJRA 4N56A 3V9WA 4Z4CA 3TAQA 3S3OA 1RT2A 3O3HA 4Q0BA 2X78A 3L2VA 1R0AA 4FLVA 5HRNA 1RDBA 3KIOA 4NCGA 4C8OA 2KFZA 4MQ3A 2DY4A 4KO0A 3NH2A 1C1BA 3O4QA 3QLHA 3BDPA 3HPGA 4CJFA 1RNHA 2NUBA 5CZ2A 2W42A 4W5NA 4F2RA 4FK4A 3VQPA 2FBVA 1T03A 3ZSVA 2DFEA 1L3VA 2HHQA 3SZ2A 4O0IA 4FXDA 1EXQA 4FLWA 4E7JA 4CF0A 1N6QA 4CK1A 3RR7A 2ETJA 3IRXA 4C8KA 1RBUA 1RT4A 2ZQBA 3V4IA 1QTMA 1IKXA 4HUFA 5DMRA 5HROA 1Q8IA 4B9VA 1G15A 3OYGA 3F9KA 4DQRA 3SUNA 1HYVA 2IS3A 3KD5E 1WN7A 1JLCA 1FKOA 2QKBA 3TAEA 3HK2A 2BDPA 1RTHA 1B9DA 2HNZA 5J1EA 3U3GA 4AH9A 3AO3A 1UAXA 1NK6A 2HW3A 4FJHA 4FJGA 4FJ5A 4J2EA 3H08A 4CK3A 2X74A 4I2QA 4DTXA 4JS4A 4E7KA 3L2UA 4NCBA 4KPYA 2P5GA 4OGCA 4DTUA 3AO2A 3O3FA 2G8UA 4CGHA 2XY5A 4W5RA 3QETA 1IKVA 3WNFA 1WAFA 1KFDA 4IDKA 4EP4A 4H4OA 4DF4A 1RBVA 4AHCA 4DFPA 3I0SA 3K59A 3SQ0A 1XHXA 4AHSA 4BE1A 1T8EA 2HB5A 2KQ2A 3NH0A 5T7BA 3V9SA 3MAQA 2ZD1A 4O44A 1SKWA 4LY7A 1TKTA 4LH4A 1IG9A 3B6PA 4DQSA 3LANA 4KV8A 4CEZA 4FLTA 1TAQA 3DOKA 4KREA 4BDPA 1SUQA 1ZBIA 2GBZA 4J2DA 3ZT0A 1D8YA 4B8CA 1BQMA 2FBXA 3ITHA 3MEGA 5CYMA 1C0TA 3QNOA 1NJXA 1LV5A 4AILC 3PX0A 5KRTA 2Q3SA 4RW9A 1RT1A 1BISA 1I39A 3M8RA 3KTQA 5D3GA 2YNHA 4CJKA 2QXFA 3SYZA 1JXEA 5EU7A 4IFYA 4DS5A 1TL3A 3TWHA 1U49A 1WSEA 1N5YA 4KB0A 3SI6A 1C6VA 2B6AA 4IKFA 1QHTA 3ULDA 1HYZA 2HHUA 1D5AA 1S6PA 4RW4A 3NF8A 3AV9A 4HHTA 4DTSA 4CHNA 3K5NA 1L3SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4E1J A;  4I6J B;  4PY5 A;  1HYS A;  3O5B A;  1FK9 A;  3VQ4 A;  4MLH A;  3QML A;  1FZ6 E;  4UY8 O;  1DTQ A;  4M3W A;  2PFT A;  3G0Z A;  4DQQ A;  4LF9 K;  3K5M A;  1GLJ O;  3OYJ A;  4AHT A;  4KHP K;  3AA4 A;  3NF9 A;  1XVC E;  4AM6 A;  3L6Q A;  3V9Z A;  1S6Q A;  4BVO A;  5CE3 A;  3F9M A;  2VQF K;  3LAM A;  1A5V A;  3C6N B;  4H4M A;  1K8K B;  2XY7 A;  3JS6 A;  4Z4H A;  4BE2 A;  3LPT A;  1DEJ A;  3BZK A;  3C6A A;  4CZH A;  3KKS A;  1ZBF A;  2OYQ A;  2ATQ A;  4K25 A;  2Z1I A;  3UKU B;  1D9F A;  3P38 A;  1VQM N;  4BWJ A;  3OJU A;  4Z4G A;  2GTD A;  2ZWH A;  3E9O A;  5C10 A;  5AQJ A;  4J2A A;  4ZTF A;  4JHD A;  2F8S A;  2LF3 A;  3BY5 A;  1TYQ B;  1VRT A;  1B92 A;  3RMB A;  1Y97 A;  3P1G A;  1KXP A;  4E1M A;  4W5Q A;  4I6M A;  4HTL A;  4FW2 A;  2UXB K;  2HHV A;  4GNI A;  3DLE A;  4YOY A;  4BE0 A;  3E4Y A;  3TAG A;  4CFA A;  3G4S N;  1XI1 A;  4A59 A;  4CJE A;  4CJW A;  2HMI A;  5AQR A;  3PO5 A;  1EP4 A;  2HOE A;  1JLE A;  2QXL A;  4JD2 B;  3CC4 N;  2YHY A;  2O8C B;  1J54 A;  3L3V A;  5AZI B;  5JIC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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