4FJ8A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp/dt
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fj8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fj8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fj8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fj8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fj8A03
3CFOA 1VK0A 4Z4FA 4B8CA 1QSSA 3HK2A 3CFPA 3I0SA 5K14A 5J1EA 3HT3A 2XY5A 1FXXA 4JS5A 4I7FA 2HW3A 2HHQA 3OY9A 4GW6A 3ZSWA 4KHYA 4FLWA 1BISA 4CEDA 4CHYA 3OYGA 4KHWA 1J9AA 4CJWA 3AO5A 4OLBA 4FM1A 1QQCA 4B08A 4CERA 1YTUA 1RBTA 5KGXA 1A5WA 3V1QA 2JLEA 3L2UA 4DU4A 1C0MA 4GVMA 1X9SA 3RMDA 3AA4A 4FJHA 1UWBA 3FFIA 4BDPA 2VG6A 1VSJA 1DTQA 3NH2A 3SUNA 3L2RA 4JRQA 4FJKA 1S6PA 4DU1A 2XY7A 4FVMA 5I42A 1KCFA 4ELTA 2A1RA 2OPSA 4B3OA 4QOZB 3HP6A 3VQCA 3NE6A 3P1GA 1LAWA 3ZSZA 1GOAA 2ATQA 4DWIA 4CJUA 1D9FA 2WONA 2ETJA 3SI6A 1Z25A 3K57A 1XI1A 1XHZA 2YNFA 3RMBA 1DLOA 1WSGA 2YV0X 4AHRA 3OYKA 1HJRA 1C0TA 2D5RA 4CEOA 2DFEA 1T05A 5DK5A 3MEDA 2D0BA 3SQ2A 4Q5VA 1REVA 1ASUA 1RT5A 3WNEA 1TK5A 3HP9A 1TAUA 2YKMA 4CJPA 4M3XA 1LV5A 4QCLA 3V9UA 2KZMA 1WSFA 3O4NA 2ZE2A 1ZBUA 4B9SA 3OYHA 4DQIA 1VSEA 3NAEA 2OZSA 1N6QA 1L3UA 2XRIA 1U45A 3L2WA 3M8QA 2FC0A 5SWMA 1D5AA 4LD0A 1HMVA 3OVNA 4H4OA 5KRTA 2RN2A 3OS1A 1JLBA 3O3HA 3RWUA 4LSNA 2NUBA 2KW4A 4E3SA 3RRHA 3RRGA 1Q9XA 1LW0A 3ITHA 4B9MA 1C1BA 5E41A 4KTQA 1B9FA 2VG7A 3NBPA 3B6OA 2HVHA 3HJFA 2XY6A 4KREA 4DU3A 3TAGA 4KI6A 1HQUA 4N76A 3RMCA 3B6PA 4BWJA 1RBSA 1YT3A 2HNDA 3TI0A 1JKHA 4Z0UA 2VWJA 1TKTA 3HYFA 5KTQA 4N47A 1RT7A 1ASVA 4FJ9A 4ZTJA 3IAYA 1TL1A 2F8SA 2FBXA 3V9WA 1L3VA 3K2PA 5HRNA 3QNOA 3AO2A 1NK4A 1JL1A 1CZ9A 3AA3A 4ICLA 5D3GA 4DQPA 3BDPA 1RT1A 3V9SA 3K59A 3KTQA 1X1PA 4GMJB 3LWLA 3D0PA 1WNSA 1BCOA 1YVUA 2O4GA 3VQ7A 1W0HA 4EZ6A 4FK0A 2O4IA 3JYTA 3V81A 2YNHA 3O4QA 1EX4A 5DMRA 3NF8A 3HXMA 4BACA 3NF7A 3MXMA 1RTIA 3VQ5A 4ID1A 3K5OA 3ZT4A 1KFDA 3TARA 4IDKA 3I8DA 3KIOA 2KTQA 2HNYA 2F8TA 1BCMA 4CEAA 4C8MA 4LH5A 4YFUA 4BDZA 4HUGA 4PY5A 3QEXA 1QHTA 1RTJA 3VQ9A 4FLTA 4CGGA 4OKKA 1RT4A 4CK1A 1EXQA 1RT3A 4JLHA 2Y1IA 2GUIA 4FJNA 3ZSXA 4JRPA 4IFYA 4O55A 3K5LA 3LP3A 3SJJA 3O3FA 1QS4A 2OPQA 3AV9A 5J2MA 4HTUA 2PYLA 4M3WA 3HVRA 1IO2A 4Y1CA 1CZBA 4KV8A 1J54A 3HPGA 3MEGA 4EP5A 1B92A 3SQ1A 1IG9A 3TAPA 5CYMA 4FJ8A 1KLNA 2ZQBA 4MFBA 4CF2A 1A5VA 4PA1A 4IBNA 3JSMA 4BE1A 3KK2A 3IS9A 1HPZA 3AVFA 3M8SA 1EETA 1XHXA 2QK9A 3VQ8A 4DQSA 5T7BA 1ZYQA 4W5QA 3C95A 3CM6A 3VA3A 1U48A 3QERA 4CK3A 4C8OA 3SQ4A 1KVBA 1Q8IA 2OPRA 1XWLA 3VQ6A 2I5JA 3LP0A 3NH0A 1T8EA 2IGIA 1G15A 4C8KA 3SV4A 3OYCA 3VQBA 1TL3A 3LPUA 1HYSA 1SUQA 2HHVA 2GV9A 4M42A 1BHLA 3DLRA 4M3UA 2P5OA 1RCHA 3OJSA 2YHBA 3HPOA 3ZT2A 4OGEA 4ELUA 4CGFA 4FM2A 2AJQA 4F4KA 1K6YA 1KRPA 1C0UA 4I9LA 4DTSA 4W5TA 1U49A 1GOBA 4DG1A 3QESA 4CECA 2D0AA 1TKDA 1NKBA 1I3AA 1RTHA 3LANA 4CIFA 1N5YA 2PY5A 4OKJA 3OYMA 1TAQA 4CJEA 3O3GA 1KFSA 2G8HA 4FJMA 2ITGA 1TV6A 1NOYA 3AVIA 3QEWA 3SUPA 1CLQA 3AVMA 4CFAA 3ULDA 3OYEA 3KKSA 3OS2A 3KLEA 4DFPA 4ID5A 2YNGA 2EX3A 4CGJA 3T19A 1XC9A 3DRPA 3NGYA 3ZSQA 3KLFA 3DI6A 2R7YA 4G1QA 4DLEA 2G8UA 3BGRA 5FRNA 4WE1A 3C6TA 1BGXT 2P51A 2G8WA 3NGZA 3DLGA 2B4JA 1CXUA 5CYQA 3PO5A 1VSHA 1IKVA 2ZD1A 4PWDA 3OYLA 4KPYA 3RTVA 4FK4A 2OA8A 1RILA 2G8KA 1Z26A 3AO4A 4KFBA 3ZT0A 5HRPA 4HUEA 4NYFA 3SV3A 2Z1IA 4DFMA 4N56A 4FLXA 3LWMA 3OYNA 4C8LA 2X6NA 1IKXA 1R0AA 2PZSA 4DTJA 4HVJA 4M41A 4FW1A 3DRSA 4HUFA 1T7PA 4CJRA 2OPPA 3QEPA 4IG3A 1WAFA 2D0CA 4H4MA 1C1AA 4KO0A 4CJVA 3OYFA 3L2QA 1NJZA 4NCBA 3CYMA 3T1AA 3C6UA 3TABA 4MQ3A 1VSLA 1NJWA 1RBVA 4F3OA 4CIGA 1F21A 3QINA 3I0RA 3MAQA 4DTXA 2X78A 4O0JA 4CJ5A 4DSEA 3M8PA 1BIUA 3DYAA 3LP2A 4CJ3A 4CFBA 4CIEA 4PQUA 3G10A 5CY4A 1LWEA 1KSPA 2DFFA 3VA0A 1NKEA 4DSLA 3LPTA 4CEBA 5HRSA 1S6QA 2HMIA 4IG0A 1S9GA 1UAXA 4BE2A 3KD5E 3ASMA 4M45A 2QXFA 1SL1A 4KI4A 2PYJA 3NF6A 1TVRA 4KHNA 3QIOA 4DQQA 2HHXA 1NK0A 1VSKA 4CESA 1SKWA 3CG7A 5I3UA 3S3NA 4FJ7A 3PX0A 4L8RB 3TAMA 3SZ2A 3KLHA 4CGIA 2DTUA 1LAVA 4E0DA 2FBYA 1NK5A 4HCBA 3AVAA 3DLKA 3KJVA 2G8VA 3OYJA 2FBVA 4LH4A 3L8BA 1CXQA 1I39A 1ZBHA 4B8AB 4KHUA 1WSEA 2XO7A 4W5OA 2HHSA 4KHQA 4TSXA 3OYIA 2Y1JA 3V6DA 4I2PA 3AVJA 4CHZA 2GBZA 3ZCMA 4I9QA 2X6SA 4DF4A 3THVA 3LP1A 1T03A 3SQ0A 1S1WA 1S1VA 5KRSA 3F73A 3U3GA 3AVCA 3AVHA 3ZT1A 4XIUA 3K5MA 5C24A 2WOMA 1TKZA 3ZSRA 3TWHA 4E7KA 1TK0A 3NGIA 4CJQA 3ZSOA 1U47A 2E4LA 4OVLA 1QE1A 2E6MA 4RG8A 4OPKA 4CE9A 1TKXA 4DF8A 5HLFA 1IH7A 1TK8A 1UOCA 1VRUA 4EZ9A 1SV5A 1HNVA 1WSIA 3L3UA 1HYZA 4BWMA 5C42A 4AHCA 1LWCA 4BDYA 2BE2A 3PO4A 5FRMA 4Z4IA 4CJ4A 2KZZA 3WNFA 1S1XA 1X9WA 2HHTA 3DLHA 4LSLA 4AHUA 3AVBA 1ZBFA 2KQ2A 1NJYA 1JL2A 3DMJA 5CZ1A 4F8RA 4CF1A 2G8FA 1NK9A 4KAZA 4DSIA 4J2DA 4N41A 4E7HA 4DSJA 1JLQA 3WNHA 4KB1A 4FLZA 2QKBA 3L2VA 3V9ZA 2F96A 1RT2A 1WSHA 4FK2A 4CF8A 1UA1A 2Z1HA 4Y1DA 3U6FA 4J2AA 4FZZA 3QNNA 4DTRA 3G0ZA 1TGOA 3VQ4A 4CHOA 3NHGA 3QEIA 1VRTA 3DM2A 2XY8A 1S9EA 3HL8A 4FM0A 1HNIA 3V9XA 4CEZA 4O4GA 3VQEA 1NKCA 1JLEA 1D9DA 4CJSA 3OYDA 1L3TA 1IKYA 4DSFA 5HP1A 4H8KA 4AILC 2RF2A 4CF0A 4DMNA 4CFCA 3AVGA 1O1WA 3AO3A 4E1NA 4Z4CA 1B9DA 1RTDA 1YTAA 3RR8A 4IKFA 3PV8A 1FKPA 3M8RA 5J2NA 5FDLA 4OGCA 1C6VA 2IOCA 4AH9A 3DOKA 1HRHA 2G8IA 1JXEA 1LWFA 4M3YA 5EU7A 1NK6A 3ZSVA 2P1JA 4B9VA 2Q3SA 4F2SA 4FZXC 2W42A 4HHTA 2KFNA 3QEVA 4E7IA 3KK3A 3ZSYA 1NOZA 4FJIA 2HHUA 4RW7A 3AVLA 4EP4A 2VG5A 4CGDA 4R5PA 3ALYA 1NK8A 1IKWA 3HSTB 3KLIA 3NFAA 3AVKA 1W9HA 3D45A 4I2QA 3SUQA 2OZMA 1RDBA 1BQMA 5HBMA 3PX6A 1JLFA 1RNHA 5JS1A 4NCGA 5J2QA 4DS5A 2A1SA 1ZBLA 3NCIA 1SKRA 4DTPA 4AHSA 3IG1A 3TAQA 4DQRA 1RDAA 4F3TA 1KVCA 3QLHA 2IS3A 1WSJA 2HNZA 1L5UA 1JXBA 4CJFA 2YHAA 3NDKA 1C1CA 1NJXA 1SL2A 1RBRA 2BANA 4CF9A 4CEFA 2IAJA 2OYQA 5C25A 4FLUA 4KKOA 3P83D 4E19A 2X74A 4FJ5A 4K8XA 2BGGA 1JLAA 4UQGA 2IC3A 3TAEA 1Y97A 5FROA 4KTWA 4OKEA 3CFRA 2EHGA 4HCCA 4KRFA 1VSFA 4W5NA 4QAGA 4AHVA 3VQDA 4KTZA 1WAJA 2B6AA 4DFKA 1SL0A 3VQAA 4O5BA 1L3SA 1BIZA 3SPZA 4FJJA 3IRXA 4FLVA 3SUOA 4M3RA 3LALA 4JS4A 4CEEA 4KB0A 3H08A 2FBTA 4DS4A 1NK7A 4Z4EA 1Q9YA 1U04A 4FJLA 3ZT3A 3TANA 1WN7A 3S3OA 3V1RA 3KLGA 4FJXA 3DRRA 3HVTA 5HROA 2LSNA 4OLAA 3S9HA 1QSYA 4Z4GA 5J2PA 4CJTA 3KKRA 1U4BA 1VSDA 1EP4A 1HQEA 1RDDA 1S1TA 1RT6A 4CFDA 1BI4A 1A5XA 4CHNA 3EYZA 1ASWA 5JS2A 4KHSA 3OS0A 2DY4A 3EY1A 1QTMA 2QKKA 2Z1GA 4AHTA 3DLBA 1LW2A 3HM9A 4J2EA 1J5OA 4NCAA 4N5SA 3L3VA 4DTNA 5CZ2A 4BE0A 3DLEA 4E89A 1S1UA 5KGWA 1FK9A 2JGUA 1BI4B 2IDOA 3LDSA 1GOCA 3OYBA 3MEEA 4CHQA 1KVAA 3HPHA 3K5NA 3SYZA 4DLGA 4E1MA 4O0IA 4K8ZA 2BDPA 4CJKA 4RW8A 3NF9A 3T3FA 3LAKA 3PX4A 1JLCA 3DOLA 4FYDA 4LY7A 5KI6A 4DTOA 3SCXA 4FLYA 4RW9A 4FXDA 3WNGA 3AVNA 4ZTFA 3CQ8A 4E7LA 4FJGA 3RR7A 3F9KA 3A2FA 4DTUA 1J53A 3MECA 4B9NA 3ISNC 3NH1A 3TAFA 3K58A 4NYNA 1BL3A 3OYAA 1HYVA 4B9LA 4DSKA 2YNIA 4CGHA 3EZ5A 3SPYA 2B5JA 1MU2A 3C94A 2DFHA 4W5RA 2Z1JA 4OPJA 4FCYA 3QIPA 3TR8A 4B9TA 4FW2A 3CM5A 1VSIA 3V4IA 2HVIA 4CK2A 1VSMA 2RPIA 3VQPA 2KFZA 4CHPA 4ELVA 1X9MA 4IFVA 4FZYA 2E6LA 2HB5A 3VQQA 1JLGA 3KD1E 1EKEA 3QETA 3LZIA 1RDCA 3V1OA 4E7JA 4CJLA 1UA0A 3U3YA 4PUOA 4M3ZA 3P5JA 5HRRA 1D8YA 1S5JA 1FKOA 2YKNA 4CEQA 3E01A 4ZHRA 3LZJA 1KLMA 4OJRA 4YNQA 3UIQA 4M3TA 3KK1A 3MXIA 4Z4HA 3AA2A 3HO1A 4Q0BA 4DTMA 3RMAA 3MXJA 3LAMA 3SNNA 1SKSA 2XHBA 1DTTA 1QSLA 3AA5X 4CCHA 1BQNA 2P5GA 4J2BA 2VWKA 3OJUA 3PUFA 4O44A 3QO9A 5SZTA 2RKIA 1RBUA 3VN5A 4F2RA 4RW6A 4C8NA 2HHWA 3S3MA 4DFJA 1WLJA 1ITGA 3PY8A 1ZBIA 3AO1A 4RW4A 4B9UA 1KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4PA1A 3JSMA 5ADXH 2D4WA 3CCVN 3WUHA 3M8SA 2P9NB 2WTUA 2E8AA 2QK9A 3QBWA 4AI6A 3CM6A 3BUZB 1T6CA 2ZM6K 3VQ6A 4H0XB 1W97L 3L0MA 3NH0A 4AKHA 2IGIA 3SV4A 4JN4A 5M1FA 5TKWA 1QQNA 3EE9A 3SK3A 3HPOA 3OJSA 5F0XA 4OGEA 2AJQA 4HTLA 4I9LA 4DTSA 4W5TA 2PAVA 4CECA 2D0AA 1TKDA 5BN9A 1N5YA 3OYMA 1TAQA 3O3GA 1S72N 2OCEA 3QEWA 2PFUA 4OPHA 1QVFM 4CGJA 3R8EA 3O8MA 2R7YA 3SMSA 4GV3A 5C0YA 2G8WA 4B9QA 3PO5A 1FZ1E 5AQZA 1DEJA 3H3OB 3O9RA 4PWDA 4KPYA 3RTVA 5GAHP 2OA8A 3ZT0A 4DFMA 4FLXA 3LWMA 4C8LA 1R0AA 3GBTA 2PZSA 2ZGZA 3J7AP 5AQYA 4HUFA 3L2QA 1WAFA 4BC4A 4CJVA 1NJZA 4CZEA 3D2FA 3SBTA 3T1AA 5I9EB 4Y0WA 3C0BA 3VMFB 1YHQN 2A5XA 4DTXA 4O0JA 3C6HA 5AZIA 4BVPA 3DYAA 4CJ3A 2P9LA 3LP2A 4CFBA 4ISGA 1KSPA 4LFAK 3E4YA 3VA0A 4DSLA 4GKJK 4RWTA 2JWLA 4IG0A 3F9MA 1UAXA 4BE2A 3ASMA 3VF6A 5EY4A 3NF6A 4KHNA 1XQSC 1YVNA 4CESA 3WT0A 4FWOA 1GLBG 2NZTA 4AF1A 1W2BM 1S3XA 4L8RB 4WQ5C 3TAMA 4CGIA 2ITMA 3AVAA 2OVRB 3CD6N 1U6ZA 2YHWA 5F1XA 4FWPA 3O9UA 1CXQA 1I39A 5GAEP 1ZBHA 3LDOA 4KHUA 4ADNA 4W5OA 3ZETA 4B3SK 4TSXA 2O8EB 3AVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3PIP L;  3CFO A;  4B8C A;  1QSS A;  3N1E A;  2AP1 A;  3TPQ A;  3HT3 A;  1YI2 N;  1FXX A;  3FZH A;  1FJG K;  5KPR A;  2HHQ A;  4CZM A;  1NGG A;  1VAZ A;  4JV5 K;  4FLW A;  4KHW A;  2A6A A;  3S41 A;  2QWR A;  5EXW A;  3IFR A;  1E4F T;  1C0M A;  3I33 A;  4DR5 K;  1UWB A;  2VG6 A;  1XVC E;  1DTQ A;  3SUN A;  4JHD B;  4FJK A;  2XY7 A;  5I42 A;  3MKS B;  2JHA A;  2A1R A;  3LDQ A;  1LDK E;  3ZSZ A;  3ATU A;  4CJU A;  4JKE A;  2DPN A;  4FL9 A;  3QDK A;  2YNF A;  3RMB A;  4CD1 A;  2JWK A;  4AHR A;  1C0T A;  4CEO A;  3SMP A;  1T05 A;  2E88 A;  4ISE A;  5BRE A;  1ILY A;  1XVG E;  4X5N A;  3L1N A;  3CJ9 A;  2W6K A;  2P9I B;  1VQ8 N;  4CJP A;  2KZM A;  4BRD A;  1VSE A;  2OZS A;  3EE8 A;  4YOV A;  4GKK K;  2P1P B;  4BRP A;  3MX5 A;  3M8Q A;  3OVN A;  2UXC K;  2O8D B;  5KRT A;  4BRI A;  2KW4 A;  2Q36 A;  4E3S A;  3RRG A;  4A57 A;  4EHT A;  2XY6 A;  5C2F A;  4DR1 K;  3TAG A;  1NGC A;  3B6P A;  4BWJ A;  1RBS A;  2HND A;  1JKH A;  2QWN A;  5KTQ A;  1ASV A;  4DR3 K;  4FJ9 A;  3IAY A;  3T7Z A;  1L3V A;  4X66 K; 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