4FJGA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dc
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjgA03
4CK1A 3O4NA 4CFDA 1SUQA 5C42A 2IS3A 2ITGA 4E7IA 3HXMA 3C95A 3O3FA 1NK9A 2HW3A 1JLAA 1HYSA 2YNHA 4FYDA 4KI4A 1RDDA 3A2FA 3AA3A 1VK0A 3ZT4A 4N5SA 3OS1A 3S3OA 1RCHA 4DF8A 4M42A 1C0UA 5C25A 5K14A 1S5JA 1D5AA 4F3OA 4EP4A 3CQ8A 2D0AA 3MXJA 1NOYA 4N47A 4IG0A 3RMDA 4M3YA 3PV8A 2D5RA 3AVBA 2G8FA 3KK1A 3PO4A 3V1RA 4FW2A 4W5TA 1NK5A 4FJIA 3UIQA 3SYZA 1U45A 2VWJA 4I7FA 4JRPA 2ZD1A 1RT7A 3WNEA 4CIGA 3HP9A 2YNIA 4M3XA 4IDKA 2FBXA 4AHTA 3H08A 1FK9A 4OGCA 5C24A 4F4KA 5KRSA 1IKWA 1BGXT 3C6UA 1JLCA 1WAJA 1I39A 4J2DA 1BCOA 5HLFA 4DU1A 4DQIA 3O3GA 3HJFA 3DLBA 4FJXA 1JXBA 1LAVA 4IKFA 5J2PA 2QKBA 4DQRA 4KTQA 5FDLA 2YHAA 4YNQA 3LAMA 2G8WA 4CGGA 1R0AA 4HHTA 3IAYA 2P1JA 4KO0A 3ALYA 1EX4A 3RMCA 3B6OA 3HL8A 3WNHA 3AVIA 3NF8A 4CEDA 3KLFA 3JSMA 4E7LA 4DFKA 3MECA 3V4IA 3S3MA 1DLOA 1JLBA 3NCIA 4BDPA 1XI1A 1KVAA 4CEBA 3PUFA 5J2QA 1REVA 3I0SA 4B9NA 4CHNA 1NK4A 4CK3A 1WSHA 1RTHA 3LALA 5CZ2A 2FC0A 5DK5A 3MAQA 2HHTA 3O4QA 1WN7A 4NYFA 4H4MA 5T7BA 3SPZA 1KRPA 4FZYA 1XWLA 2DFEA 3VQPA 3L2QA 5JS2A 2X6SA 4F2RA 4CF9A 2XO7A 1WSIA 4BDYA 5I42A 1DTTA 1HPZA 2DFHA 3LP3A 1IKYA 1S1TA 4B8CA 2YKNA 2G8HA 1VRUA 4LY7A 1L3TA 4DTUA 3V1OA 4H4OA 1ZBIA 3OYMA 2YV0X 4ELTA 1LWCA 4MFBA 2F8TA 4ZHRA 1U4BA 3KD1E 4RW6A 2B6AA 4CJ5A 1CXQA 1UA1A 1DTQA 2XY8A 3LPTA 4NCGA 2A1RA 3RMAA 1VSLA 1W0HA 2KFZA 1SKSA 3AO5A 3HPHA 2AJQA 4OPKA 4F2SA 1TV6A 4AILC 4O4GA 3ZSYA 3AVLA 1VSKA 3G0ZA 1S9GA 5FROA 4QOZB 2VG6A 3AA2A 1TK5A 1RT2A 2O4GA 1SL1A 1RBUA 4CJKA 1B9FA 1B9DA 2WONA 4CFCA 4CFBA 4OLAA 3L3UA 1BIZA 4JLHA 3PX4A 3ZSQA 4FK2A 3OYHA 3TAGA 4B9UA 3V9SA 4DFMA 4C8OA 4Z4HA 3HYFA 4BE2A 4DTRA 4M3UA 1X9WA 4O5BA 4DSJA 4FCYA 1ASUA 1VSJA 4DSKA 2VWKA 2IDOA 5J1EA 3DLHA 4M41A 1UOCA 2YNFA 4DTPA 3CG7A 1S6PA 4DSLA 1WAFA 3QEPA 4M3TA 3RR8A 3AVMA 3HVTA 1NKEA 1NK7A 1T7PA 2JGUA 4Z4CA 1B92A 4UQGA 3SNNA 4E19A 1NOZA 3OYAA 3LP1A 4OKJA 3DRPA 1LW0A 1RT1A 4CF1A 4FJ9A 1LV5A 4DSEA 1D9DA 3PY8A 1KLNA 1UA0A 4FLXA 4CJRA 4DU3A 1JLFA 4FJLA 1HYZA 3VQQA 3OJSA 5HBMA 3CFRA 3MEGA 4KHNA 4I9LA 1VSFA 1C1BA 2B5JA 4EZ6A 4PA1A 1SKRA 2HHUA 2A1SA 3VQBA 3VQAA 3LANA 1K6YA 4DFPA 3IS9A 2KTQA 4WE1A 1RBTA 1QSYA 1KVCA 1WNSA 2X78A 3QEXA 3M8SA 4ID5A 4B8AB 3JYTA 4OPJA 1VSHA 1HNVA 3OYKA 4CE9A 4QCLA 2JLEA 3C6TA 3LP0A 1ZBFA 3ZSOA 3AVCA 3DM2A 4DLGA 1JXEA 3OYDA 4NCBA 1QS4A 1HRHA 1L3VA 3EZ5A 1J5OA 3I8DA 1NJZA 2DFFA 4Y1CA 4FJMA 1RBVA 4CEZA 4CIEA 4DF4A 3PX6A 3CYMA 3V6DA 1L3UA 3VQ4A 3K5NA 5FRMA 3VQDA 4IBNA 2RPIA 2XHBA 4FJHA 4CERA 2XY6A 4N41A 1TAQA 3DRSA 1J9AA 4K8ZA 3SQ0A 3AO4A 3VQ7A 2HVIA 4KTWA 2F8SA 4CJ4A 3HPOA 4I2PA 1FXXA 1HQUA 4CGJA 4KKOA 3DOKA 4B3OA 3AA5X 3V9ZA 3NH1A 5J2MA 4M45A 1BHLA 3L2WA 4DTMA 1YT3A 3U3YA 1CZ9A 4DWIA 4BWJA 4W5QA 3ZSRA 1G15A 4HUEA 1YTUA 1FKOA 4CCHA 3DLKA 4N76A 3ZCMA 4FK0A 3KLEA 1ZBUA 4DLEA 3D0PA 1LWEA 3K57A 1KFDA 4KHYA 2Z1HA 4N56A 3HK2A 4FLWA 1FKPA 4YFUA 5CYMA 4HCBA 4B9SA 4L8RB 4CFAA 1S1WA 3SUNA 4JS5A 1QSLA 3NF6A 4AHCA 3M8PA 4FK4A 3VQ8A 4GMJB 4DSFA 1RTDA 1D9FA 2ZE2A 4F3TA 3ZT2A 1LWFA 3L8BA 4DQPA 4O0JA 4FXDA 4FLTA 4I9QA 3M8RA 1ZBHA 4Z4GA 4CF8A 1J53A 3ZT1A 1RDAA 4TSXA 3OYEA 3CM6A 1S6QA 1QHTA 3F9KA 4FVMA 3MXIA 4W5NA 1ASVA 3KLIA 4CECA 3NGYA 4CJEA 1BQMA 3T3FA 5EU7A 5J2NA 4C8KA 2G8UA 4DS5A 1MU2A 1XC9A 4M3ZA 3ITHA 1GOBA 1O1WA 1F21A 1XHXA 1WSGA 3TAEA 4PY5A 4KV8A 4KHWA 3WNFA 4J2EA 3TANA 4NYNA 4CJ3A 2GBZA 2EHGA 2Z1GA 4RG8A 1RBSA 3DLGA 4KB1A 4HVJA 3TABA 1JL2A 4H8KA 2Z1IA 3VQEA 4FM0A 3LWLA 3V9WA 1T03A 4O0IA 1HQEA 2QXFA 4DSIA 1GOCA 4CJSA 4FZZA 5FRNA 3S3NA 4KHQA 2ATQA 3F73A 4FLUA 4HUGA 4DTNA 1BIUA 1RTJA 1JLQA 3DLEA 3SUOA 4DMNA 4ELVA 4OLBA 2I5JA 4CEFA 3I0RA 2HHXA 4B9TA 4ICLA 1RNHA 4I2QA 1BQNA 4IG3A 1TL1A 2R7YA 1D8YA 1EETA 2PY5A 4Q0BA 3P5JA 2XY7A 3D45A 1X1PA 3NDKA 1NJYA 3BGRA 3AA4A 3OVNA 3VN5A 3VQ5A 5I3UA 3TWHA 4DTXA 1LAWA 3TAQA 3RRGA 3SZ2A 1S1VA 1TGOA 4ID1A 3HM9A 3L2VA 3VQCA 2PZSA 1QE1A 5KRTA 4HTUA 4CGHA 4B9MA 1N5YA 1A5WA 1Z25A 4R5PA 3IG1A 4CEOA 3QNNA 3SV4A 1Q8IA 1U04A 4E89A 1ITGA 1RBRA 3QEVA 1C1AA 2IGIA 4LSLA 4KTZA 3AVFA 1RT6A 4LD0A 3K59A 1KVBA 3RR7A 3PO5A 2NUBA 3TAFA 3HSTB 3SUQA 3NHGA 1QQCA 1IKVA 3OYCA 2PYJA 1JKHA 5CY4A 4AH9A 1WSEA 1T8EA 1WSJA 4AHSA 3LPUA 4FJGA 2XY5A 2IC3A 1JL1A 3TARA 1TAUA 4CIFA 1QSSA 4ELUA 3T19A 4BWMA 5JS1A 3KLHA 4KHSA 1TVRA 4CJFA 4C8NA 4FJ5A 5SWMA 4BE1A 1HJRA 2VG5A 1VSDA 1IG9A 3DI6A 1LW2A 1U49A 1X9SA 3QO9A 2HHQA 1J54A 4GVMA 3AVAA 2BANA 3SJJA 2RF2A 4AHVA 5KTQA 4CHYA 3TAMA 4E7JA 3OYFA 1BISA 3CM5A 4CESA 4KFBA 1ZBLA 3AVKA 2Y1IA 4CHQA 4B9VA 4CHZA 4NCAA 2FBVA 1S1UA 1I3AA 3VA3A 4BE0A 4FM2A 3LWMA 4LH5A 3P83D 3LP2A 4E1NA 3K58A 1SL2A 1RDBA 4DU4A 3KD5E 3OYLA 3NBPA 2OPSA 3HT3A 3MEEA 2E6MA 1IH7A 3SQ2A 2W42A 4B08A 1RILA 4KB0A 3K5LA 3DLRA 4EZ9A 3ISNC 4KPYA 3U6FA 3ZSZA 4KHUA 4M3WA 3QESA 4W5RA 4CF2A 4O55A 4PQUA 1JLEA 2OPPA 4DTSA 4C8MA 4CGDA 3FFIA 3KK3A 3AV9A 4CJPA 4OVLA 4CK2A 3OJUA 2Z1JA 5D3GA 4Z4FA 3NGZA 4K8XA 2WOMA 1NKCA 2OYQA 3OS2A 2BE2A 4FJJA 4KAZA 4Z4IA 4CEAA 1HNIA 1TKTA 3BDPA 4RW4A 4CHOA 1S9EA 2XRIA 3SI6A 3QLHA 3SQ4A 5E41A 4BACA 2IAJA 4CHPA 4E7HA 3KTQA 3CFOA 1KTQA 1X9MA 1KSPA 2X74A 3HVRA 2O4IA 3K5OA 2IOCA 4DQSA 2VG7A 3QETA 3NE6A 1U47A 3NF7A 2OZMA 3DOLA 3EYZA 2X6NA 1KLMA 1KFSA 4FZXC 2RKIA 1RT4A 4CF0A 1BL3A 4EP5A 4DTJA 3E01A 1IKXA 1C6VA 1RDCA 4E1MA 3MXMA 4C8LA 2BGGA 1UWBA 3VQ6A 3V9XA 3TI0A 2HNDA 4CJUA 1C0TA 4JRQA 2KZMA 3ASMA 1VSEA 3OYBA 5HROA 1XHZA 1UAXA 3DRRA 4IFYA 2YKMA 4FW1A 3KLGA 4CEEA 3L2RA 4PUOA 2HVHA 3OYJA 4OKKA 1NJXA 4E3SA 1Q9XA 1IO2A 1S1XA 2D0BA 2P5GA 1NKBA 3SPYA 3SCXA 1YTAA 3PX0A 1RT5A 1TL3A 1N6QA 1A5XA 4KREA 2HNYA 3THVA 3MEDA 4FLZA 5DMRA 2HNZA 2KFNA 3KK2A 2HMIA 4HUFA 1L5UA 3AO1A 2YNGA 3G10A 4OKEA 5HRRA 3QEIA 3LZJA 3QIOA 4IFVA 3HPGA 3OS0A 3K5MA 3TAPA 4FJNA 3RWUA 1QTMA 1EXQA 1U48A 1Q9YA 3KKSA 4FJ8A 3QIPA 5CYQA 1L3SA 4Z0UA 4M3RA 2DY4A 3V9UA 3LDSA 3S9HA 4DTOA 4GW6A 4W5OA 3HO1A 3V1QA 2OZSA 4FLVA 4Q5VA 4MQ3A 1ASWA 4CJLA 1A5VA 4DFJA 1TKDA 3NAEA 1C0MA 3LZIA 4DG1A 4F8RA 2E4LA 3P1GA 3O3HA 3LAKA 1TKXA 2KW4A 4FM1A 3WNGA 4CGIA 4FJKA 2G8KA 3AO2A 2HHVA 2HHWA 3M8QA 3CFPA 3KJVA 3AO3A 3SV3A 4O44A 5HRNA 1CXUA 4FLYA 1RTIA 1W9HA 1NK0A 3AVJA 4CGFA 3V81A 4Z4EA 2FBTA 1WLJA 1BCMA 2P5OA 4B9LA 4ZTJA 1HMVA 3ZSWA 1WSFA 3TR8A 3ZT3A 3B6PA 1SL0A 4OGEA 4LSNA 3ZSXA 1NJWA 1VSIA 2QKKA 2KZZA 2Y1JA 2HHSA 1SV5A 4DS4A 1NK8A 4BDZA 1TK8A 4KRFA 5CZ1A 4CJTA 3ZT0A 3ULDA 2OA8A 2LSNA 2PYLA 1GOAA 3C94A 2B4JA 4E7KA 2D0CA 3NH0A 3AVGA 3OYIA 3QERA 4Y1DA 1Z26A 4PWDA 3DMJA 5SZTA 2P51A 3SUPA 2FBYA 1BI4A 1TK0A 3KIOA 1T05A 4J2BA 2ETJA 5HRSA 1VSMA 1NK6A 3RMBA 2YHBA 1YVUA 3VQ9A 4AHUA 2QK9A 1KCFA 2BDPA 2EX3A 2KQ2A 4FJ7A 2F96A 3DYAA 1CZBA 4RW9A 3NGIA 4RW8A 3OY9A 4KI6A 2GUIA 3NF9A 1C1CA 4CJWA 3AVNA 2Q3SA 4RW7A 3L2UA 3QNOA 1SKWA 3SQ1A 2G8IA 3K2PA 1ZYQA 3QEWA 1JLGA 2RN2A 4OJRA 4DQQA 3NFAA 1HYVA 5KI6A 3HP6A 2G8VA 5KGWA 4CJVA 2OPQA 3QINA 3RTVA 4J2AA 4CJQA 4HCCA 4CEQA 3OYGA 1RT3A 5HP1A 2HB5A 4QAGA 1VRTA 4G1QA 3IRXA 3KKRA 3ZSVA 5KGXA 5HRPA 3VA0A 1EKEA 2E6LA 1TKZA 3U3GA 3AVHA 4XIUA 3OYNA 4E0DA 4LH4A 4AHRA 3NH2A 1CLQA 3L3VA 2OPRA 2DTUA 1Y97A 4ZTFA 3EY1A 3T1AA 1BI4B 2ZQBA 4JS4A 2GV9A 3RRHA 1EP4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1T05 A;  4J2B A;  2ETJ A;  5HRS A;  1VSM A;  1NK6 A;  3RMB A;  2YHB A;  1YVU A;  3VQ9 A;  4AHU A;  2QK9 A;  1KCF A;  2BDP A;  2EX3 A;  2KQ2 A;  4FJ7 A;  2F96 A;  3DYA A;  1CZB A;  4RW9 A;  3NGI A;  4RW8 A;  3OY9 A;  4KI6 A;  2GUI A;  3NF9 A;  1C1C A;  4CJW A;  3AVN A;  2Q3S A;  4RW7 A;  3L2U A;  3QNO A;  1SKW A;  3SQ1 A;  2G8I A;  3K2P A;  1ZYQ A;  3QEW A;  1JLG A;  2RN2 A;  4OJR A;  4DQQ A;  3NFA A;  1HYV A;  5KI6 A;  3HP6 A;  2G8V A;  5KGW A;  4CJV A;  2OPQ A;  3QIN A;  3RTV A;  4J2A A;  4CJQ A;  4HCC A;  4CEQ A;  3OYG A;  1RT3 A;  5HP1 A;  2HB5 A;  4QAG A;  1VRT A;  4G1Q A;  3IRX A;  3KKR A;  3ZSV A;  5KGX A;  5HRP A;  3VA0 A;  1EKE A;  2E6L A;  1TKZ A;  3U3G A;  3AVH A;  4XIU A;  3OYN A;  4E0D A;  4LH4 A;  4AHR A;  3NH2 A;  1CLQ A;  3L3V A;  2OPR A;  2DTU A;  1Y97 A;  4ZTF A;  3EY1 A;  3T1A A;  1BI4 B;  2ZQB A;  4JS4 A;  2GV9 A;  3RRH A;  1EP4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SUQ A;  5C42 A;  3CMA N;  4E7I A;  3C95 A;  3R9P A;  2WBN A;  3FZF A;  1HNW K;  3AA3 A;  3S3O A;  4DF8 A;  4M42 A;  2P9U B;  1XVG E;  5GIO A;  5M1K A;  4FWM A;  3VEW A;  3DWL A;  2D0A A;  4N47 A;  4V19 S;  4IG0 A;  3RMD A;  3VER A;  1T44 A;  2G8F A;  2CH6 A;  3T69 A;  4A62 A;  1FYZ E;  4FW2 A;  4FWR A;  4X64 K;  4FJI A;  3UIQ A;  1U45 A;  4X5M A;  1SZ2 A;  5BRD A;  2QWN A;  2RE2 A;  4CIG A;  3TSQ A;  4M3X A;  2ASO A;  3HGL A;  2FBX A;  3H08 A;  4AHT A;  1JLC A;  1QQM A;  3E4W A;  1BCO A;  5HLF A;  4DQI A;  4ILJ A;  4FWS A;  4FJX A;  3FE1 A;  1JXB A;  4H0Y B;  3MN9 A;  3SAH A;  2GWJ A;  3TSP A;  3EO3 A;  4DQR A;  3ENB A;  2YHA A;  4YNQ A;  4YOV A;  2G8W A;  1MMO G;  2YI1 A;  3IUC A;  2DEB A;  2OVR B;  3HL8 A;  3LDQ A;  5MLC Q;  1NWK A;  5DM6 L;  3JSM A;  5I9E B;  2P9K A;  3NCI A;  1RGI A;  3I0S A;  2PFU A;  3VEN A;  4BC4 A;  2QM1 A;  3LAL A;  2HHT A;  4WFB L;  1Q7Y O;  3VQP A;  3VMF B;  4F2R A;  4AKH A;  1WSI A;  5I42 A;  1DTT A;  2DFH A;  1JCG A;  1S1T A;  2YKN A;  1VRU A;  1GLJ O;  4LY7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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