4FJGA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/dc
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjgA03
4J2DA 3KK3A 4JS4A 4DSJA 2G8KA 3DYAA 4B9NA 3QIPA 3MXMA 4NYNA 4M3ZA 1EETA 1EXQA 4DWIA 4NYFA 4HUEA 2DTUA 3NF8A 1GOBA 4FW1A 4OVLA 3LWLA 4N41A 1CZBA 1WSIA 3P5JA 1NKBA 4F4KA 3KTQA 1NKEA 1QSSA 3NGIA 4PA1A 3VQAA 1U48A 2FBYA 3HT3A 4DG1A 3DRRA 3L8BA 4O0IA 1D9DA 2B6AA 3SPZA 4W5RA 4FK2A 4FK4A 3TAPA 2Z1GA 5J2NA 1NJZA 4FJ8A 2ETJA 1ZYQA 3SV3A 1HPZA 4EZ9A 2X6NA 3AVMA 1JLGA 1RTIA 1W0HA 2Q3SA 3D45A 3OYGA 3AVCA 5KRSA 3KLEA 4OJRA 3OYAA 3HPOA 3LWMA 3S3MA 4CESA 1NJXA 4FYDA 3OVNA 1KVCA 1SL1A 2EHGA 4J2BA 3OYLA 3S3NA 4CJ5A 4BWJA 3PX0A 1IG9A 1UAXA 3CM5A 3ZSXA 4DTMA 3S3OA 2BGGA 1U45A 3NFAA 3V9UA 3V9SA 3O4NA 1NK9A 3DRPA 1BISA 5FROA 1JXEA 3DRSA 4CHZA 4IKFA 1F21A 4Z4CA 2KW4A 2NUBA 1BCOA 1TL3A 2HMIA 2P5GA 1J53A 2OPSA 3MEGA 4FJKA 4KFBA 1KSPA 1JL2A 3TAMA 3QINA 1RBVA 2DFEA 4DQPA 5D3GA 3QERA 4Q0BA 3SUOA 4JRQA 1RBRA 2E6MA 5C42A 2A1SA 1CZ9A 3SZ2A 3OJUA 4XIUA 4CEBA 4ELUA 3FFIA 4TSXA 1VRUA 5CZ1A 3CM6A 2XY6A 1SKWA 3VQ7A 5SWMA 1C0TA 4AHCA 3ZSYA 5CZ2A 4AHVA 4E0DA 1JLEA 4Z4GA 4KHWA 4HVJA 3HJFA 1QS4A 3F9KA 3ZSVA 1WSHA 3P1GA 3NH0A 2KFZA 1I3AA 2YKMA 1CLQA 4PQUA 4Z4IA 4OLBA 3WNHA 4FZZA 2Y1JA 3MEDA 4W5NA 1LAVA 3HPHA 1BL3A 4CK3A 1B9DA 3S9HA 4NCAA 1TAQA 3I0SA 3TAGA 4IDKA 2FBVA 1RT5A 3KKSA 1TKTA 4CJRA 4BDZA 4FM0A 3B6PA 3C6TA 1QSYA 1J54A 4MQ3A 3AVNA 5EU7A 2D0CA 3AO2A 3SUNA 4DLGA 3AV9A 3F73A 1BQMA 2D0AA 1SL0A 4RW4A 1YTUA 4DU1A 4CF2A 1HYZA 1XWLA 5C25A 2QK9A 3AVLA 4KTZA 4CF0A 3SUPA 1WSFA 4CFCA 2G8UA 3OS1A 4FZYA 1TK0A 1NOYA 2JGUA 3K2PA 2YV0X 1BCMA 2VG7A 3JYTA 3DM2A 3DLGA 2AJQA 1X9SA 1S1VA 3SQ2A 4FLZA 2VWJA 4KV8A 1NK4A 3CQ8A 4FJIA 4DFKA 1C1AA 1T05A 4M3XA 3LAMA 1S9GA 3LP1A 1U04A 4LH5A 1QHTA 1BI4B 4LH4A 1RILA 3DMJA 3MECA 4CJUA 4M41A 3AVIA 4DSFA 1HNIA 3T19A 1IKXA 4CJQA 4HCBA 4E89A 1KCFA 1TKXA 1RBUA 3JSMA 4F3TA 2F8TA 4BDYA 4LY7A 3WNEA 3SQ0A 1JLQA 2EX3A 4CEQA 5DK5A 2HHSA 1RDDA 4CF1A 1RT4A 3OYDA 5HROA 4F2RA 1FKPA 3CYMA 4QAGA 3V9WA 4I9QA 4FJXA 3ZT0A 3OYMA 4DTNA 4AHSA 4FM1A 1VK0A 2PYLA 1N5YA 4FW2A 5E41A 1NJWA 3V9XA 1ZBHA 3HM9A 4BE0A 4CJEA 1VSIA 4OGEA 1VSFA 3KD1E 3NF6A 1WN7A 2VWKA 1TV6A 1BGXT 4DFMA 1KFSA 4JS5A 2Y1IA 1IH7A 1IKVA 4E19A 2O4IA 4B9TA 3K5OA 2FBTA 4FLTA 4LSLA 3UIQA 1O1WA 2XRIA 4M3UA 3OJSA 3L2RA 3SV4A 4E7LA 3EY1A 4L8RB 1D5AA 4CJVA 2ATQA 1RBSA 1A5VA 1RTJA 1S6PA 4AHUA 4GW6A 3T3FA 2HHTA 1WAFA 4DTOA 3ULDA 4FJGA 2YHAA 3KLIA 4O0JA 3VQQA 1ZBIA 1B92A 3SJJA 3P83D 3DOKA 1NK8A 3M8QA 3PO4A 3V1RA 4O4GA 4CHYA 1L3TA 1VSLA 4CK1A 4KREA 2HVHA 4CEFA 1EX4A 3V1OA 5HBMA 4BDPA 2B5JA 3DI6A 3DLKA 3VQBA 3OY9A 3L2VA 4E7IA 4O5BA 4CFDA 3RMDA 2ZQBA 2KZMA 1WSEA 1RNHA 2F96A 1RTDA 3NAEA 3KIOA 1C0MA 5HRRA 3ZCMA 4E1NA 1ZBLA 3OYHA 3O4QA 4BE1A 3AVFA 3TANA 2HHWA 3MEEA 4RW8A 3K59A 4O44A 4IFVA 1LWFA 4FZXC 4G1QA 3KJVA 4CJ3A 1NJYA 4Z4EA 5KRTA 4IBNA 4F8RA 3TABA 3AVHA 2IAJA 3AA3A 3RRHA 4RW6A 1LV5A 4Y1DA 4CGHA 3QESA 1T7PA 1ASVA 5J2MA 1XHZA 5JS1A 1VSKA 4FLVA 4CGGA 3VQCA 1R0AA 1NK6A 1C6VA 3C94A 4EZ6A 4F3OA 2B4JA 3VQPA 3OYEA 1A5XA 4W5OA 3OS2A 1HRHA 2P51A 4O55A 1ZBFA 1DTQA 3NH1A 2HW3A 3IS9A 1EKEA 4CHNA 4ICLA 3ZSRA 1ITGA 4CJLA 1BI4A 4CJSA 3QNNA 4Y1CA 4M45A 1RT2A 4OKJA 3SUQA 5HP1A 4HHTA 2P5OA 1C0UA 2Z1JA 3L2WA 1TKZA 1NK5A 4FJHA 2YHBA 4DTJA 3QEIA 4FJ5A 2YNFA 5I3UA 1D9FA 4KRFA 4B9LA 2RF2A 3RMCA 3ZT4A 4OKKA 3RWUA 4KHNA 4CGFA 3ZT3A 1S1XA 4IG3A 1KFDA 4DTXA 4DTRA 1VSDA 3AVKA 4CERA 3ISNC 3K5MA 4E7KA 3RTVA 1SL2A 3VQ5A 4ID1A 2LSNA 3LALA 3KD5E 1G15A 3HVTA 3ZSZA 1JLCA 3L3VA 4M3RA 3IRXA 4CJPA 4DQIA 1ASWA 3AVAA 4N47A 4FLUA 2ITGA 1L3VA 2ZD1A 3BDPA 1NOZA 4I2PA 3V9ZA 2QKKA 1VSMA 4KTWA 3ASMA 1HMVA 4M3WA 5HLFA 3QEXA 1REVA 4DSLA 2HVIA 3MAQA 3V6DA 3OYJA 4KHSA 1S1UA 4J2AA 3VQ6A 3ZSOA 4CF8A 4CK2A 4CCHA 2HHQA 3ZSQA 1T03A 2QKBA 2HHVA 1S5JA 1WLJA 3K5NA 2OA8A 3CG7A 4PUOA 3AO3A 3KLFA 3QETA 4FJNA 3LAKA 1TVRA 4CEEA 2XY7A 3QIOA 2GUIA 3DLHA 3HXMA 2VG5A 4QOZB 3QEVA 2OPQA 5T7BA 2D0BA 3L2UA 2O4GA 4B9SA 1Z25A 4KB1A 3ITHA 1BIUA 1TAUA 2QXFA 4DTUA 3A2FA 3C6UA 4IFYA 3OS0A 2XY5A 2DFHA 2DFFA 3TI0A 1GOAA 3CFOA 2YNHA 3NBPA 4DFPA 3HPGA 4N56A 2PYJA 1UWBA 4DSKA 3DLBA 2IGIA 4Z0UA 3TARA 3G0ZA 1SV5A 3LPUA 3VQ9A 1BHLA 5FDLA 4AHRA 3PX6A 4UQGA 2BANA 4KHQA 5I42A 2OPRA 4CFBA 1BIZA 4KB0A 1FK9A 3V4IA 3VN5A 1FKOA 3AVBA 3K5LA 2OZMA 4C8KA 3LZIA 4KPYA 4W5QA 2F8SA 1YVUA 4B8AB 5FRMA 4E7JA 4H4OA 2IOCA 1Q9YA 3L2QA 3RR8A 4B9VA 4ZTJA 3LP0A 5FRNA 1TK8A 1XHXA 2R7YA 3M8PA 2E6LA 4KI6A 3KLGA 3OYIA 4FM2A 1TL1A 3QLHA 4DMNA 3ZT2A 3K57A 3TAFA 3IAYA 1LW0A 4C8NA 3O3GA 2IC3A 3QO9A 1RT1A 4Z4HA 2W42A 3OYNA 3H08A 5J2QA 2RPIA 3WNFA 3RMBA 2HB5A 1RDAA 1X9MA 3DLEA 2X6SA 1QQCA 1TGOA 4NCGA 4B8CA 3NH2A 3OYFA 4DLEA 3AO5A 2D5RA 4FLXA 4FJ7A 3I0RA 2I5JA 5KI6A 3VQEA 4LD0A 5HRSA 3TAEA 1VSHA 1LW2A 4Q5VA 4KTQA 4BE2A 4C8OA 5KGXA 3KK1A 3ZT1A 4EP5A 4FJ9A 2BE2A 2FC0A 3D0PA 4FJLA 4CGJA 4DS4A 1T8EA 3NCIA 1BQNA 4CIEA 1LWEA 3V81A 3I8DA 1W9HA 2XHBA 1KVAA 1RTHA 3HYFA 3CFPA 1N6QA 4KHUA 1WNSA 3NE6A 4FVMA 5J1EA 3EZ5A 3HP6A 1L3UA 2E4LA 5J2PA 4DFJA 3KK2A 2IS3A 1KLMA 4DU3A 1KTQA 5CYMA 5KTQA 3TR8A 2KFNA 1RT6A 4Z4FA 1S6QA 3LP3A 4CHOA 4FJMA 4B3OA 1MU2A 4ZTFA 3K58A 4FXDA 2KQ2A 1VRTA 2HNDA 4CFAA 1Q8IA 4DF8A 4I7FA 3QNOA 3HVRA 1IKYA 2RN2A 4AH9A 2OYQA 4M3YA 4FK0A 2XY8A 1DTTA 3AA2A 3CFRA 3AA4A 1K6YA 4CJFA 4DTPA 4CHPA 1QE1A 1QSLA 1WSGA 4I2QA 3AO4A 4NCBA 4CJTA 1Y97A 1J9AA 4ELTA 3WNGA 4CJKA 4WE1A 2YNGA 3ALYA 3L3UA 4PWDA 3SQ4A 3AO1A 5KGWA 2Z1HA 3ZSWA 3DLRA 3T1AA 3MXIA 1L5UA 4KKOA 3RMAA 4OGCA 3EYZA 3SNNA 3AA5X 1FXXA 3BGRA 3VA3A 3U3YA 2P1JA 3SYZA 3NF7A 5CY4A 1J5OA 3C95A 3NDKA 3VA0A 4FJJA 2HHUA 1WSJA 2PZSA 2HNZA 4N76A 4CF9A 4DSIA 3HP9A 2G8HA 4CEZA 1NK7A 2XO7A 1HYVA 1ASUA 1CXQA 1X9WA 3AVGA 1QTMA 2RKIA 4IG0A 3U3GA 4J2EA 3VQ8A 4W5TA 1WAJA 3THVA 4FLWA 4C8MA 4YNQA 2BDPA 4CJWA 4RG8A 5HRNA 4M42A 1C1CA 2HNYA 4HUFA 4ID5A 3LANA 3SPYA 4R5PA 3V1QA 4KAZA 1JL1A 2DY4A 4C8LA 3LDSA 1UOCA 4RW7A 1HJRA 4E7HA 2JLEA 1YT3A 4AILC 1JLBA 3KKRA 1UA0A 1U4BA 4F2SA 4CE9A 2KTQA 4GVMA 3DOLA 4E3SA 1VSEA 2G8WA 1SKSA 3QEWA 2X74A 4JRPA 3M8SA 1JKHA 3HSTB 3O3HA 4OPJA 1B9FA 1JXBA 4LSNA 1UA1A 4DQSA 3PO5A 2KZZA 3SI6A 4FLYA 5CYQA 2A1RA 3B6OA 1C1BA 5JS2A 1JLFA 3NHGA 1U49A 1IKWA 4DF4A 3TAQA 3OYBA 4E1MA 1U47A 4CEOA 2OZSA 3VQDA 2G8FA 1S1WA 3HK2A 3G10A 2GV9A 4YFUA 3M8RA 2WONA 3PUFA 5C24A 5DMRA 1RDBA 2G8VA 4QCLA 1S1TA 1X1PA 2VG6A 3PY8A 1HQEA 4ZHRA 3SCXA 4B9UA 3LP2A 4HUGA 4OKEA 3HL8A 4DSEA 1IO2A 3HO1A 4ELVA 4DS5A 2OPPA 4M3TA 1HQUA 5SZTA 1CXUA 1YTAA 4DU4A 1I39A 1Z26A 4GMJB 4KO0A 4KHYA 3OYCA 3NGZA 3OYKA 2ZE2A 2IDOA 1JLAA 3LPTA 4CGIA 1S9EA 3QEPA 1HNVA 4H4MA 4MFBA 5K14A 4BACA 2G8IA 4I9LA 3E01A 4JLHA 4H8KA 4DQQA 3LZJA 1VSJA 3VQ4A 3NF9A 3IG1A 1RT3A 3U6FA 3NGYA 1HYSA 4CGDA 4AHTA 1KLNA 3KLHA 1KRPA 4CIGA 1RBTA 1LWCA 3AVJA 2PY5A 1XC9A 4CEAA 1XI1A 3MXJA 4CHQA 4RW9A 1D8YA 2GBZA 1RT7A 4HTUA 4K8XA 2YKNA 1RCHA 1NK0A 1LAWA 4CEDA 4PY5A 4OLAA 2HHXA 4CECA 3RR7A 4K8ZA 3TWHA 1NKCA 4KI4A 1GOCA 1KVBA 4B08A 3SQ1A 4CJ4A 4DTSA 2YNIA 1TK5A 1EP4A 1Q9XA 5HRPA 1L3SA 4B9MA 3PX4A 2Z1IA 1A5WA 1RDCA 4BWMA 4N5SA 3PV8A 1SKRA 4CIFA 3RRGA 4HCCA 1DLOA 1TKDA 4FCYA 4OPKA 2WOMA 1ZBUA 4EP4A 3O3FA 4DQRA 2X78A 1SUQA 2FBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3T19A 4ISGA 3SAHA 4YDUC 4JKHA 3SAGA 3JSMA 3OBYA 3IDHA 3VEWA 4DV6K 3P31A 3G71N 3SQ0A 1XVEE 5EX5A 1KAZA 2HHSA 3I8BA 1RDDA 4CF1A 4F2RA 3N1BA 3CYMA 3V9WA 3FGUA 5HL7L 2PYLA 3ZT0A 3OYMA 4DTNA 5AQUA 4FM1A 4AHSA 3HM9A 4BE0A 5GAGP 4OGEA 3NF6A 2E32A 5H37A 1WN7A 4CZKA 1BGXT 1IH7A 4E19A 2O4IA 1O1WA 4MLHA 2I7PA 2KHOA 4M3UA 2KKZA 2JPNA 3SV4A 1JJ2M 1MDUB 4BGAA 5JICA 3EY1A 3CHWA 1RBSA 1A5VA 1EWQA 2HHTA 3ULDA 4FWPA 2YHXA 1NU0A 5LMUK 3PO4A 3FZHA 4O4GA 1EX4A 1NM1A 5AQMA 4BDPA 3DI6A 4CFDA 1ESVA 2YI1A 1WSEA 1RNHA 2F96A 1RTDA 3NAEA 3KIOA 3ZCMA 4E1NA 4BE1A 3AVFA 1T3VA 4RW8A 4O44A 4IFVA 3K59A 4G1QA 4YOWA 4Z4EA 4BC3A 5KRTA 4IBNA 3TABA 1NK6A 4EZ6A 4F3OA 5AQOA 2B4JA 3VQPA 1H1VA 4MDBA 1FZ3E 3A5LC 2P51A 4JI1K 1ZBFA 4LF7K 1DTQA 1YXQA 4O8KA 3NH1A 1HNWK 2HW3A 1EKEA 4CHNA 4BC4A 1GLCG 4JK7A 4H5WA 2P5OA 1C0UA 3F2KA 2A5XA 1TKZA 4X65K 3MWPA 1NK5A 2YHBA 1V4SA 4B9LA 3ZT4A 4JI2K 4DV2K 1BUPA 1S1XA 2ITMA 4CERA 3HSCA 3ISNC 2MW2A 4GKJK 2LSNA 4BC2A 1NGCA 5FPMA 3PLAA 3KD5E 1MA9B 3ZSZA 1VQ5N 3AVAA 4N47A 4FLUA 1L3VA 2A3ZA 1XVCE 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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