4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
1KVCA 4W5TA 1KRPA 4DTXA 2WONA 2IC3A 1BISA 2G8VA 1T7PA 3HVRA 3DM2A 2QKBA 4NCGA 2AJQA 4Z4IA 1IKWA 4DTJA 1KTQA 3OVNA 4CGFA 4CF2A 3LWMA 1QS4A 2G8UA 3K5MA 3G10A 2KFNA 3AV9A 1CZ9A 3S3OA 1J9AA 3ULDA 1A5WA 1VK0A 3TI0A 1Q9XA 1JXEA 1G15A 1U04A 1HYZA 4H4OA 1VSFA 4FM2A 4EZ6A 3KTQA 1J5OA 4M3WA 3HVTA 2HNYA 3DYAA 2D0AA 1LWCA 4BWMA 3SUOA 4FM1A 1EX4A 3M8PA 3P5JA 3V9WA 3VN5A 3S3NA 3TAQA 3DLHA 4DLGA 3S9HA 2Q3SA 3QIOA 3QLHA 3T1AA 3K58A 1N6QA 4CJ4A 4EZ9A 4HCCA 4ELUA 4NCAA 4E89A 3L2VA 2YNGA 3F73A 3SPYA 1BL3A 4B8CA 3AA4A 4F4KA 1CXUA 2HNDA 3AVCA 2IS3A 3KK1A 4CHNA 3KLHA 4YFUA 4ZTJA 3M8SA 3OYMA 3DRSA 4CGDA 3OYAA 3OYLA 3C94A 5K14A 4CJ5A 3C6UA 3L2WA 4RW7A 1JLCA 3L8BA 1RT5A 3DRPA 3O4QA 1B9FA 4DTUA 5E41A 2HMIA 3AO5A 3AO2A 5KGWA 2A1RA 2B4JA 1WAJA 1C1AA 2KW4A 3KIOA 4LD0A 4Q5VA 3KLFA 3O4NA 5HROA 3CFOA 2GUIA 4ID5A 3OS2A 3TWHA 4BDPA 1TKDA 1C1BA 4FZXC 5KRSA 1XI1A 4W5QA 3TARA 4DSJA 1F21A 1TL1A 1ZBFA 4CGIA 4B9MA 5EU7A 4B9VA 4B08A 1NK5A 2X6SA 1XHXA 3LPUA 1XHZA 1GOBA 3ZSYA 2P1JA 3AO3A 4IG3A 4BE2A 3U6FA 4CHOA 1IH7A 3LDSA 4CHZA 5SZTA 1T05A 3SCXA 3RMDA 3AVHA 4KAZA 4E19A 4JRPA 4C8LA 4FW2A 2OA8A 4XIUA 4E0DA 4FJJA 4DU1A 3QO9A 4ELVA 3ZT4A 1C6VA 3NF6A 5JS2A 1VSJA 3AVFA 4CEOA 4W5NA 4FJGA 1DLOA 3HL8A 1BI4B 4MQ3A 3V9SA 1SL1A 4M3ZA 1Z25A 4GW6A 1J53A 2IGIA 3D45A 1HNIA 1RBSA 4DQPA 2E6LA 2OZMA 2X6NA 1TK5A 3KLIA 4CJTA 2XRIA 4FJ9A 4WE1A 5DK5A 1NKCA 1FK9A 3LPTA 4CJVA 4FJNA 4DSFA 3PX0A 4KPYA 1HPZA 3VQBA 3LZIA 4PA1A 5HP1A 4O0IA 1WSIA 3KLGA 3V6DA 3PV8A 4FK2A 4F8RA 4AHCA 1LAWA 1S9EA 2IDOA 4CGHA 1TKTA 2OPRA 4FJKA 1EP4A 2OPSA 5HRSA 3NDKA 3HJFA 1RDCA 3DMJA 4DF8A 2HVHA 4B8AB 4KKOA 1RDAA 1RTIA 2XY7A 4CCHA 2JLEA 3F9KA 3RMBA 1RNHA 1ASUA 5KI6A 3SUQA 1ZBHA 3G0ZA 1RT2A 4CF8A 3O3HA 3DLKA 4Z4EA 4O0JA 4K8XA 3KLEA 2PZSA 4DFKA 3TAFA 4L8RB 3HYFA 3DLBA 1XWLA 4C8NA 4CK2A 4FYDA 1CLQA 4B9NA 4UQGA 3K59A 1MU2A 4KO0A 1C1CA 1LW0A 4KTQA 3SZ2A 1BIUA 4M45A 3M8QA 3JSMA 1DTQA 1LWEA 5CYMA 1VSLA 5SWMA 1RDBA 4DFJA 4GMJB 1RBRA 4EP5A 3M8RA 3L2RA 4DTMA 4O44A 4FLTA 4CFBA 2HNZA 4J2EA 4E1MA 3K57A 3ZSRA 4RW4A 1VSIA 4FJ5A 1GOAA 1TKXA 5J2NA 3NH1A 4W5OA 3PY8A 2IAJA 3NBPA 4E7IA 1QSYA 3I0SA 4CK1A 2HHWA 2XY6A 1RT1A 3V1OA 1N5YA 1JLEA 4ICLA 4F3TA 1EETA 3C95A 3OY9A 2ATQA 3NE6A 3V9ZA 4CF1A 1FKPA 3NF9A 3DLEA 1A5VA 4QOZB 2RF2A 1UA0A 4LH4A 3NGIA 1RILA 2BE2A 1C0MA 4B9TA 4CIGA 4B3OA 4JS5A 2KQ2A 2FBXA 2G8FA 1BCOA 3NAEA 2D0CA 4LH5A 3C6TA 2Z1IA 4RG8A 2OPQA 4OGCA 4QCLA 3A2FA 3JYTA 3U3GA 4KB1A 1D8YA 4N5SA 4PY5A 1UA1A 1NK7A 3QIPA 4CJEA 1VSMA 4CIFA 2Y1JA 1S5JA 1KVBA 1HYVA 4FLWA 1WSHA 3AVLA 3MEDA 5KTQA 3HT3A 2BDPA 4CEFA 2EHGA 1I3AA 3ZSOA 3NF8A 4M3XA 1VSEA 3ZCMA 1X9SA 1TAUA 1VSKA 4TSXA 4FVMA 2FBVA 4KHYA 2QK9A 4DTNA 4J2DA 3AA5X 3L2QA 4E7LA 4HUFA 1T03A 1UWBA 2P51A 3ITHA 4DG1A 3HXMA 4BDYA 2PYLA 2VG7A 4CJLA 1IKVA 4LSLA 2O4IA 2O4GA 4PWDA 4I2QA 4E3SA 4Z0UA 2YNIA 2HW3A 2VWJA 3V9XA 4CFCA 3O3GA 1L5UA 2ZE2A 4AHVA 3S3MA 1WN7A 4DQSA 5D3GA 3NH0A 1C0TA 1HQUA 2Z1GA 4R5PA 4B9SA 3VQ7A 3P83D 2XY8A 2Z1HA 1NK9A 1NK0A 2HHTA 1K6YA 2G8IA 3HPOA 3PX4A 4E1NA 1NJYA 1TL3A 3VA0A 1NJWA 4AHSA 4FK0A 4K8ZA 3MXMA 1QHTA 4HUGA 3KD5E 3PO5A 5J1EA 1LW2A 1D9FA 3UIQA 3VA3A 1HYSA 1CXQA 2VG5A 3VQDA 4KREA 3DI6A 1YTUA 4FCYA 2DY4A 3SJJA 1IG9A 1QQCA 1ASWA 1KLNA 2KZZA 4KTWA 4AHTA 3ZSZA 4BWJA 3WNHA 4CJPA 1I39A 2F96A 4BDZA 3E01A 2KFZA 1S9GA 3OYJA 4AH9A 2QKKA 1WSEA 4DU4A 1B92A 3LP1A 2P5GA 4KFBA 3VQ9A 4NYNA 1JL2A 4CJKA 4HCBA 1BQNA 4IFYA 2EX3A 2D0BA 1R0AA 4FJIA 1X9WA 1D5AA 3TR8A 3ZSQA 3RR7A 4Y1CA 3SV4A 4OPKA 3K5NA 1L3SA 3LANA 3OYIA 1NKEA 3B6OA 3KJVA 3ZSXA 2ZQBA 4CK3A 4FZZA 2KZMA 3V1RA 3ISNC 2HHSA 4KI6A 4FLZA 2E4LA 1O1WA 3LWLA 5CZ1A 4H4MA 1RTJA 3MAQA 3AVIA 3DLGA 2VWKA 1KFSA 4IBNA 2B6AA 4OLAA 3QNOA 1WSGA 2ETJA 4J2BA 5HRNA 1IKYA 1JLFA 1HQEA 3H08A 2XHBA 3L3UA 3VQCA 3PX6A 1RBVA 1JKHA 3MECA 1LAVA 3KKRA 3RTVA 5J2QA 4C8KA 3AA3A 4CE9A 4DFPA 3VQ5A 3NCIA 4H8KA 3AVAA 1DTTA 1BI4A 1SV5A 1KVAA 1Z26A 1QSLA 2IOCA 2JGUA 3B6PA 3DOKA 3WNFA 3O3FA 1NJZA 3VQQA 3OYCA 3NGZA 3CFRA 1XC9A 1S6QA 3RMCA 1FXXA 1YVUA 4OLBA 4JRQA 4KRFA 4DTPA 4FLUA 1B9DA 2YNFA 3NHGA 3QESA 1W9HA 2RKIA 3AA2A 1IO2A 3K5OA 3NF7A 4CJRA 4I2PA 3ALYA 5FDLA 4HUEA 1TV6A 3CM6A 4PQUA 4DQRA 2D5RA 4FJHA 3ZT3A 2P5OA 1BIZA 4CJFA 3OYBA 1JLAA 4CJSA 3KK3A 1S1XA 4OVLA 2RN2A 3K5LA 1RT6A 1TAQA 4KHQA 2HB5A 3OJSA 2FC0A 1JL1A 4JLHA 5CY4A 5C25A 2Y1IA 2YV0X 4FZYA 4IG0A 2F8SA 3QNNA 1U47A 3IAYA 3ZT1A 3RRHA 3NFAA 4FLYA 5HBMA 1BCMA 1HNVA 3HM9A 3I8DA 4BE1A 1L3UA 3OJUA 3ZSVA 2YKNA 5FRNA 3EY1A 3I0RA 5C24A 1SL2A 4ELTA 1S1UA 4DSIA 3CQ8A 3LP0A 2R7YA 1RTDA 3HPHA 4OJRA 3WNEA 4FLVA 1VRUA 5KRTA 1SKWA 1U4BA 1KFDA 3L3VA 5T7BA 1UOCA 1BQMA 2GV9A 4BACA 3AVMA 3SYZA 2ITGA 1S1TA 4FJ8A 4CF9A 3LP3A 4I9LA 3HO1A 1WAFA 4DLEA 4LSNA 3OS0A 4PUOA 2YHAA 4F2RA 3QERA 4CJQA 4N47A 4DTOA 1ASVA 1ITGA 1X1PA 4F2SA 3SQ2A 3AVGA 3BGRA 5DMRA 3DOLA 3QEPA 3SPZA 4HHTA 3SUPA 1NOZA 2ZD1A 1RCHA 3VQAA 1KSPA 4DQQA 1WSJA 1JLBA 1C0UA 1QE1A 2I5JA 4NYFA 3OYNA 1JXBA 3LZJA 4FJLA 1QTMA 2HHVA 4FM0A 1UAXA 3HPGA 1U48A 3KD1E 2LSNA 3V9UA 2Z1JA 3OYEA 3HP9A 4CGJA 4Z4CA 3V1QA 1WNSA 4MFBA 3IS9A 4DS4A 4CEAA 3V4IA 4M3TA 4AHUA 1NK4A 3DLRA 3OS1A 1SKRA 2OYQA 3CFPA 1TK8A 1WSFA 4EP4A 3VQEA 4DFMA 2QXFA 3KK2A 1RTHA 1NK8A 3THVA 4KTZA 3FFIA 3AVNA 2G8WA 3OYDA 3OYGA 3TAMA 1JLGA 3RR8A 4DTSA 1GOCA 3TABA 3HK2A 3DRRA 1TKZA 1NOYA 2VG6A 3ZT0A 4KB0A 4CECA 3CYMA 1NKBA 4HTUA 3HP6A 3AVJA 4IDKA 4CESA 1JLQA 4M3YA 3T19A 3AVKA 1T8EA 4FK4A 4I7FA 4M42A 4Z4GA 4FW1A 3RWUA 4FJ7A 4M41A 4RW9A 4CJWA 2DFFA 4CHQA 5HLFA 1VSHA 4CF0A 5C42A 1ZBUA 4OKJA 4CJUA 2E6MA 3ASMA 4CEDA 4C8OA 2DFHA 4CEQA 1ZYQA 3LALA 4BE0A 5FROA 2RPIA 2X78A 5J2MA 3EZ5A 3SQ4A 1VSDA 1YT3A 4O55A 1KCFA 2PYJA 1EKEA 4RW6A 3ZT2A 4Z4HA 4DSKA 3IG1A 4CEBA 1ZBLA 1FKOA 4ZTFA 1J54A 2YHBA 4ID1A 4CHPA 4E7JA 1NK6A 2G8HA 3SV3A 3RRGA 4KI4A 4I9QA 4KHNA 3SQ0A 3ZSWA 4OPJA 4AHRA 4O5BA 3QEVA 3CM5A 1LWFA 1S1VA 1WLJA 2FBYA 1IKXA 4DQIA 3P1GA 3LP2A 5HRPA 4HVJA 4N76A 2FBTA 3QINA 1QSSA 3OYFA 4N56A 3LAMA 4IKFA 1Q9YA 4W5RA 3QETA 3HSTB 1HMVA 4OGEA 2X74A 4OKKA 1TGOA 4CFAA 4DSEA 4CGGA 1D9DA 4F3OA 4DU3A 3LAKA 1RT4A 3AO1A 1SUQA 3NH2A 3RMAA 1A5XA 4YNQA 1TK0A 3TAGA 4LY7A 4CERA 3T3FA 2HVIA 3OYKA 1RDDA 5CYQA 3QEIA 4OKEA 1LV5A 3EYZA 4IFVA 5HRRA 3QEWA 2A1SA 4GVMA 4CJ3A 3SI6A 5I3UA 2DFEA 2HHUA 4FLXA 1HRHA 2HHXA 2NUBA 3MXJA 1W0HA 1U49A 2WOMA 1SKSA 2OZSA 1VRTA 4CEZA 1KLMA 3PUFA 5JS1A 3SQ1A 1NJXA 4FJXA 4ZHRA 1SL0A 3OYHA 3KKSA 3SUNA 4Y1DA 1CZBA 2HHQA 3MEEA 5KGXA 1S1WA 4CIEA 4B9LA 4JS4A 4G1QA 1YTAA 4AILC 3VQ4A 4CHYA 3L2UA 1RT7A 1TVRA 3AVBA 4B9UA 3PO4A 4DSLA 1EXQA 1RBUA 3K2PA 4CEEA 4DS5A 3MEGA 4Q0BA 4FJMA 2DTUA 1S6PA 3QEXA 2F8TA 2B5JA 3TAEA 3SNNA 2BANA 4QAGA 3VQ6A 3VQ8A 2YNHA 3WNGA 5I42A 2W42A 4N41A 3IRXA 3MXIA 5J2PA 1U45A 2KTQA 1RT3A 1REVA 3NGYA 4DTRA 5CZ2A 2PY5A 4DWIA 2BGGA 3AO4A 4NCBA 4CFDA 3BDPA 3CG7A 3U3YA 5FRMA 4KHWA 1BGXT 4O4GA 2XY5A 2OPPA 4KV8A 3V81A 1L3TA 4FXDA 1Y97A 2G8KA 4DMNA 2XO7A 2YKMA 4KHSA 4M3UA 3VQPA 4M3RA 4Z4FA 4C8MA 1RBTA 1Q8IA 4KHUA 4RW8A 1BHLA 3TAPA 2GBZA 4J2AA 4E7KA 4E7HA 4DF4A 3TANA 1HJRA 1X9MA 1L3VA 3D0PA 1ZBIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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