4FJHA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dgtp/dc
Total Genus 331
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
331
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 331
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjhA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjhA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjhA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjhA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjhA03
3SUPA 4CFCA 1SKSA 1NJXA 3C6UA 4M3UA 5CYMA 4J2AA 2WONA 4ZTJA 4CGHA 3AO4A 1TK5A 1QHTA 3F73A 1C1BA 1HJRA 3OS1A 1U47A 3LWLA 1IH7A 3V9SA 3WNHA 1NJYA 3V1QA 4C8KA 4CJTA 4MQ3A 1D5AA 1TK0A 4J2BA 5FDLA 3C6TA 4CEZA 1J5OA 3VQAA 1CXQA 4N41A 4FJKA 4EZ9A 4PY5A 1U04A 4JRQA 1T05A 3V9ZA 2HHWA 4KHWA 1X9SA 3H08A 1C1CA 1EETA 5EU7A 3V4IA 1HNVA 4E1MA 1QSLA 3ZSXA 3LANA 3RMDA 1RT3A 3OYGA 2FBTA 3K5LA 3AVLA 3B6PA 4CEFA 4M3WA 1IKWA 2Z1IA 4DS5A 1BHLA 3TR8A 3MXMA 1XC9A 1QTMA 3DM2A 5KI6A 3HVRA 4FZXC 4DFJA 2X78A 1SL2A 1LAWA 3VQ8A 2HHTA 3LAKA 3IG1A 4CJFA 4DF8A 4Q5VA 1C6VA 4Z4EA 1RT5A 4KREA 4NCBA 1S6PA 1JLEA 2VWKA 1GOAA 4B08A 4CCHA 2LSNA 3G10A 3K57A 3TARA 3HT3A 1RCHA 5J2MA 5HBMA 1WSFA 3SYZA 2A1SA 4ICLA 1S6QA 1S1UA 4OPJA 1LWFA 4OGEA 3O3FA 4HVJA 3K58A 4JLHA 3QEIA 1UWBA 2XHBA 4FM1A 5HLFA 1ZBLA 1VSJA 4FJXA 3AVMA 1WSIA 4I2QA 3CM6A 4IDKA 2Z1HA 4Z0UA 4KV8A 1Q9XA 2YKMA 4DTSA 4DFPA 1VSLA 4FJ7A 5J2PA 1EKEA 1TKXA 1X9WA 1JL2A 1FKPA 4CEQA 4HCBA 4FW2A 3VQ4A 3V9WA 3HM9A 4LH4A 4CJ3A 4E7KA 4F2SA 1HYSA 1RNHA 3OYFA 4RW7A 1JLGA 1C0MA 3OYCA 2VWJA 3U3YA 3L8BA 4CK3A 4EP5A 1QSSA 4KRFA 4KHNA 2OPPA 4DG1A 4LSLA 4RW6A 3ZT0A 3O3GA 3O3HA 3VQPA 2YNHA 3L2RA 3T19A 3F9KA 4ZHRA 1HRHA 5CZ1A 4PQUA 1BCMA 1S1VA 5KGXA 4NCAA 2B6AA 4M3XA 4B9TA 3KK1A 2PYJA 4DU3A 4CEEA 4C8MA 3SQ2A 3QEXA 1O1WA 4CJSA 3MEEA 4FJNA 4FJ5A 3DOKA 4Z4HA 3VQBA 1RT7A 3AVAA 3WNGA 4B8CA 4CHPA 1TL1A 1Z26A 1B9DA 3D45A 1RT4A 4FJIA 3WNEA 3ZSOA 4FJGA 3AO3A 4RG8A 1S1WA 1DTQA 1NK4A 4FW1A 1ZBUA 4OLBA 3NF9A 4NYNA 3MXIA 3AVCA 2HHVA 4N47A 1A5XA 3P5JA 2DTUA 4CIEA 4HUGA 3C94A 4FJ8A 3VQCA 3KLGA 3AVKA 3SUQA 4W5RA 2HW3A 4OJRA 2YV0X 1J54A 4AHTA 1J9AA 1KVCA 2KFNA 1L3SA 4DSJA 5C24A 5HRNA 4W5NA 3B6OA 1RT2A 2D5RA 1KFSA 3SV4A 4O44A 3PX4A 4KI6A 2OPQA 1YTAA 1VRUA 1ASWA 3K5OA 2DFEA 3RMBA 1NKBA 3P1GA 3DLEA 4CJ4A 4E19A 3U6FA 2XY6A 2FC0A 3SPYA 1ASUA 4EZ6A 4ID5A 2Z1GA 2KQ2A 3M8PA 3VA3A 4FZYA 4HUEA 1HPZA 1HYVA 1NK7A 5I3UA 4AHCA 4FLUA 4GW6A 4O0IA 4W5QA 3NHGA 3RWUA 3MXJA 1A5VA 3ZSZA 1ZBIA 5T7BA 1KFDA 3HP9A 1S1TA 2QKBA 4KHYA 3OJSA 4J2EA 4IFVA 3C95A 2QKKA 3LALA 3THVA 4BDYA 2JGUA 1HNIA 3QESA 2ZQBA 3OYLA 3EY1A 1KRPA 4DSLA 3OJUA 4BE1A 4KHQA 1QS4A 3NF8A 3ZSRA 3S3MA 4GVMA 4OGCA 3UIQA 4OPKA 1NKEA 4CGIA 5E41A 3SJJA 4FXDA 2Z1JA 4DU4A 4RW9A 5KRSA 1TV6A 4CERA 4OKJA 4DTUA 1LV5A 1UAXA 4BDZA 1VSDA 3L2VA 4QCLA 1S5JA 4I9QA 4M42A 3E01A 3L3UA 3RRGA 3AVFA 2VG7A 3TAGA 3BGRA 3CFRA 4CHNA 4IKFA 1BQNA 4CGGA 2QXFA 4B3OA 3OY9A 4HUFA 3TAEA 3D0PA 2F96A 4KHUA 4E7HA 3CFPA 1S9EA 2HB5A 4ELUA 1TAUA 1W0HA 1IKVA 1RBVA 5CY4A 1UA0A 1FKOA 4CK2A 1SL0A 1VRTA 4DTMA 3NH1A 5KRTA 3V9XA 1RDCA 3SPZA 3AA5X 1VSEA 1SV5A 3AVGA 4M3TA 2E4LA 2WOMA 3LP2A 4CECA 3OYNA 4DS4A 2KZZA 4M3YA 2OA8A 4B9UA 3ZSVA 2HHQA 1NK6A 3I0RA 3NGZA 4I9LA 4FYDA 4CJVA 5HROA 2E6MA 1NJWA 2P51A 3ZT2A 4CF0A 3OYEA 1D9FA 3AA4A 1T03A 3OYDA 4M45A 2G8HA 2G8FA 4Y1CA 3OYJA 4CF2A 5C42A 5FRNA 1VSIA 3QEWA 4HTUA 3QINA 1IKYA 3NGIA 5CZ2A 4PA1A 2A1RA 2OZMA 3LWMA 1VK0A 4G1QA 4PWDA 3VQ6A 1YT3A 4CJ5A 1W9HA 1TKTA 4O4GA 3AVNA 2G8KA 1TAQA 4AH9A 1CLQA 4ZTFA 5FRMA 2P5GA 1U4BA 2OPSA 2JLEA 4BWJA 4Z4FA 3BDPA 1YTUA 2G8IA 3KD1E 3KD5E 4Y1DA 3ZT1A 3TABA 4IG3A 1TVRA 3NAEA 1BGXT 2VG5A 1KSPA 4PUOA 3QNNA 3HSTB 3CYMA 4CK1A 1LW0A 1WAFA 1LW2A 4YNQA 1RDDA 1NJZA 1L3VA 2RKIA 2VG6A 2G8WA 1Z25A 4FM0A 3ISNC 3OS2A 4O55A 4DTRA 4IG0A 1RDAA 2XY8A 4KB0A 1D9DA 3FFIA 1JLQA 1R0AA 4DU1A 4DQSA 4ELTA 4DWIA 4LH5A 4CEOA 3KJVA 3EZ5A 1TKZA 4C8OA 3NE6A 1FK9A 1HQUA 3DLBA 3LP1A 1UOCA 4K8XA 3VQ7A 3KTQA 2HHSA 2XY5A 3M8SA 4B9SA 4F4KA 3AO2A 4Z4IA 4H4MA 4RW4A 1TGOA 1XHXA 3NF6A 4E7IA 1N5YA 3L3VA 2F8TA 3SQ4A 4CF8A 1RBTA 4R5PA 2KW4A 3VN5A 3S9HA 3AA3A 2Y1IA 3KLHA 1UA1A 3V81A 1WNSA 4IBNA 4KTQA 2HNZA 3ASMA 4DSEA 1Q9YA 4DQQA 4YFUA 3KLEA 5I42A 1ZBHA 1N6QA 4UQGA 2OYQA 2X74A 1JLBA 1ZBFA 3L2UA 4M41A 5SWMA 3PY8A 2B5JA 4E89A 4FLYA 2IAJA 2RF2A 4C8NA 4CF1A 1BI4A 1F21A 4DTJA 3DI6A 3DOLA 4DLEA 4E7JA 1S9GA 3OYMA 4B8AB 3MECA 3ZT4A 1U49A 2I5JA 1DTTA 2Q3SA 1J53A 3HVTA 4CFBA 2D0CA 4MFBA 2EX3A 1GOBA 3AVHA 4CHYA 3PV8A 1RBSA 5FROA 1RT6A 5J1EA 1VSFA 2W42A 3AVJA 2AJQA 3LP0A 1ITGA 1S1XA 5KTQA 3KK3A 4DTXA 4RW8A 2DFHA 1D8YA 2NUBA 2DY4A 4CHOA 3K5MA 4OVLA 3DRPA 3P83D 4KB1A 2GV9A 3S3OA 4AHUA 3OYHA 1TK8A 1KVAA 3M8QA 5D3GA 2YKNA 3TANA 4OLAA 1IKXA 2ZD1A 2PY5A 3SUOA 1BCOA 4ID1A 4CJEA 4JS5A 3ZSYA 1BI4B 4BACA 4BE0A 4DQRA 3V6DA 4L8RB 1WSEA 1ZYQA 3IS9A 4B9MA 4CE9A 1ASVA 3KKSA 2OZSA 3LDSA 1KVBA 3RMCA 1X1PA 1TL3A 1JL1A 3ALYA 5HRSA 3CFOA 5C25A 2X6NA 3NCIA 1NK5A 4O0JA 3OYBA 1WN7A 3TAMA 3NH2A 1Q8IA 3V1OA 2P1JA 4TSXA 3O4NA 4AILC 2QK9A 2R7YA 2IDOA 2BGGA 3OYKA 1KTQA 4FJMA 4LSNA 4NYFA 4W5OA 4KTWA 2X6SA 3QO9A 5DK5A 4JS4A 1NK8A 4FJ9A 4DFMA 4FLTA 3SQ0A 4DSIA 1L3UA 1RTHA 1VSKA 3PX6A 1C0TA 3DRRA 3QEVA 4KI4A 3AVIA 1VSHA 2IGIA 4HHTA 3QIPA 4H4OA 4CF9A 1SL1A 2HNDA 2HNYA 4CFDA 3M8RA 3SV3A 4F3OA 4CGDA 1TKDA 1JLAA 1NK0A 1RTIA 4J2DA 3TAPA 2YNFA 3A2FA 2IOCA 1U45A 4KFBA 3QETA 5HRPA 2FBYA 3LZIA 4N5SA 1BIUA 2RPIA 4DTOA 4LD0A 2O4GA 2YNGA 1L3TA 1WSGA 2ATQA 3DLKA 4FK0A 3OVNA 1DLOA 2PZSA 4DLGA 2BDPA 2F8SA 3NDKA 2P5OA 3VA0A 4CJLA 1HQEA 3VQ5A 3PO5A 4CJWA 4CHZA 2PYLA 1T8EA 3EYZA 5HP1A 4M3RA 1Y97A 4F8RA 1LAVA 1VSMA 4WE1A 1HMVA 2G8UA 4Q0BA 3KIOA 3OYAA 3VQ9A 1NKCA 3NFAA 1JLCA 4XIUA 1T7PA 4DQIA 2HHUA 4IFYA 4Z4CA 2BE2A 4DTNA 3KLIA 1A5WA 2ETJA 3DLGA 5J2QA 4KPYA 3HJFA 1BISA 1C0UA 3AO1A 3HXMA 1JKHA 4FVMA 4AHSA 4CGJA 1BQMA 3DYAA 1U48A 2B4JA 1REVA 1KLMA 5K14A 3AVBA 1B92A 3ZSQA 3ZT3A 4Z4GA 1WSHA 4E3SA 4FK4A 2YHBA 3OYIA 1YVUA 3PUFA 5JS1A 4DTPA 2XY7A 4B9LA 2Y1JA 3QNOA 1IG9A 3KLFA 3G0ZA 1KCFA 3QIOA 4I2PA 3LPUA 3TWHA 4HCCA 2OPRA 1LWCA 2RN2A 3MEDA 1WAJA 1NOZA 1EXQA 1XHZA 2KZMA 3TAFA 4JRPA 1RT1A 4CGFA 3IRXA 4DSKA 4FJHA 2FBXA 4E7LA 1G15A 3MEGA 4CIGA 3RR8A 4K8ZA 1RTJA 3SUNA 4FLXA 4CEBA 2XO7A 3QEPA 3DLHA 3O4QA 1IO2A 4NCGA 4FJJA 3NH0A 3NF7A 4KTZA 4CHQA 3ULDA 1QE1A 4OKKA 2DFFA 4B9NA 3ITHA 2ZE2A 1FXXA 1BIZA 3RMAA 2ITGA 2D0BA 2HHXA 4E0DA 2EHGA 4CJUA 4DF4A 3V9UA 1SKRA 3HK2A 3HPOA 2IS3A 4CJPA 4N56A 3L2WA 3SI6A 2XRIA 3KK2A 4N76A 4QAGA 1RTDA 1QQCA 3AA2A 4LY7A 1CXUA 5KGWA 4QOZB 4OKEA 1HYZA 1WSJA 3U3GA 3AV9A 4W5TA 2G8VA 4FLVA 4KAZA 4DQPA 5CYQA 3L2QA 1KLNA 1RBRA 1EX4A 3NBPA 2IC3A 5J2NA 2O4IA 1C1AA 1MU2A 1BL3A 1XWLA 3CM5A 4M3ZA 4DMNA 3TAQA 4C8LA 3HPHA 4GMJB 3PX0A 4F3TA 3T3FA 5SZTA 4H8KA 1SKWA 2BANA 4BDPA 2FBVA 3DMJA 1X9MA 3ZSWA 3LZJA 4KO0A 4FCYA 3DRSA 3AO5A 5DMRA 4ELVA 1B9FA 4AHVA 3MAQA 1L5UA 4CJRA 1JLFA 3T1AA 3LAMA 4O5BA 4E1NA 3JSMA 3SQ1A 2KTQA 4CESA 3RTVA 3I8DA 2HVHA 3K59A 2E6LA 4CEDA 3CG7A 1RBUA 1NOYA 4CEAA 3JYTA 4B9VA 3QLHA 1XI1A 3VQEA 2HMIA 3CQ8A 2GBZA 3HO1A 4FLZA 1NK9A 1RDBA 4EP4A 3K5NA 1CZBA 2YHAA 4AHRA 4FM2A 3HL8A 1CZ9A 4CJQA 4FK2A 3RR7A 1QSYA 1SUQA 3DLRA 4I7FA 5HRRA 1WLJA 3HPGA 4CJKA 3VQQA 1JXBA 1EP4A 1LWEA 3NGYA 3SCXA 4CFAA 3K2PA 4BE2A 4FLWA 4KHSA 3IAYA 5JS2A 4FJLA 1JXEA 3S3NA 3RRHA 3SNNA 2D0AA 3KKRA 3LPTA 4F2RA 1K6YA 4BWMA 2YNIA 4CIFA 3OS0A 3WNFA 1GOCA 3LP3A 3ZCMA 3TI0A 1I39A 3VQDA 2KFZA 3SZ2A 4FZZA 3I0SA 3PO4A 4KKOA 4DSFA 1RILA 1I3AA 2GUIA 3HP6A 2HVIA 3HYFA 3QERA 3V1RA 4DFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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