The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
331
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sequence length |
901
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structure length |
901
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Chain Sequence |
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
DNA polymerase
|
molecule tags |
Transferase/dna
|
source organism |
Enterobacteria phage rb69
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total genus |
331
|
structure length |
901
|
sequence length |
901
|
ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
pdb deposition date | 2012-06-11 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00136 | DNA_pol_B | DNA polymerase family B |
A | PF03104 | DNA_pol_B_exo1 | DNA polymerase family B, exonuclease domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | DNA Polymerase; Chain A, domain 1 | DNA Polymerase, chain B, domain 1 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ribonuclease H-like motif | DnaQ-like 3'-5' exonuclease | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Palm domain of DNA polymerase | Palm domain of DNA polymerase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DFF A; 2IC3 A; 4HTU A; 3L2U A; 2F96 A; 3SUO A; 3WNF A; 4DTJ A; 3QLH A; 3EYZ A; 4DQI A; 1NK0 A; 1QSS A; 3T3F A; 1RT7 A; 1RT3 A; 5DK5 A; 1RTD A; 5JS1 A; 2P51 A; 4IKF A; 1BIU A; 4DTS A; 1L3S A; 2BAN A; 1T7P A; 1ZBL A; 3KD1 E; 1VRU A; 4B08 A; 3AVJ A; 1RT4 A; 4AHS A; 4KTQ A; 4FJ7 A; 3SI6 A; 2R7Y A; 3CFP A; 1C0T A; 1GOC A; 1HYV A; 2IGI A; 3QO9 A; 1K6Y A; 2E6M A; 3PUF A; 4DQP A; 3TAE A; 4ID5 A; 3DRP A; 1G15 A; 1IKY A; 1NK7 A; 3DLH A; 2A1R A; 4IFY A; 4Q5V A; 3FFI A; 1A5W A; 3V1Q A; 4B9T A; 1SL2 A; 2OA8 A; 4CHY A; 2FBT A; 2G8U A; 5KRS A; 3HVR A; 1TK0 A; 2RKI A; 1TAQ A; 1ZBF A; 3H08 A; 2D0A A; 4O55 A; 1NK4 A; 1JXB A; 4KI6 A; 4KI4 A; 4FM2 A; 3CQ8 A; 3M8Q A; 2AJQ A; 3AVI A; 2HND A; 4DWI A; 2HHW A; 5C25 A; 4B3O A; 3TR8 A; 3S3O A; 3K59 A; 3B6O A; 4DMN A; 4FK0 A; 2O4I A; 3MXI A; 4DTP A; 1NK8 A; 1SKW A; 4PY5 A; 4DTN A; 3CM6 A; 4N76 A; 3ITH A; 4AHU A; 5FRO A; 3THV A; 1J54 A; 2LSN A; 4B9M A; 1KLN A; 3HST B; 3TWH A; 3VA0 A; 4CHZ A; 3V9Z A; 4F4K A; 2OYQ A; 2IOC A; 4W5T A; 3OYE A; 1RT2 A; 5J1E A; 4ID1 A; 3KKR A; 2XHB A; 1T8E A; 1WSH A; 4MQ3 A; 4DU4 A; 1BQN A; 4KTZ A; 4KB0 A; 2O4G A; 4CJT A; 3VQ5 A; 3VQA A; 4W5Q A; 4CIE A; 3SQ1 A; 1XC9 A; 3KLF A; 2D5R A; 3VQ4 A; 1LAV A; 1RBU A; 4FJ8 A; 3ZSO A; 3U3Y A; 1QE1 A; 2P5O A; 3OYG A; 1S6P A; 4GVM A; 3KK2 A; 5C42 A; 3VQB A; 2FBV A; 3HPO A; 3AVL A; 3A2F A; 3BDP A; 4H8K A; 4CJV A; 2F8T A; 4BDZ A; 2KZM A; 5CZ1 A; 2B6A A; 3AV9 A; 4HUG A; 3AO3 A; 4BWJ A; 4IG3 A; 2X74 A; 4FLV A; 1LW0 A; 5SWM A; 3QIO A; 4ELU A; 4FLU A; 3L2Q A; 3NF7 A; 1Z26 A; 3LWL A; 5T7B A; 4BDY A; 1C1A A; 3IRX A; 4FXD A; 4CIG A; 3AA5 X; 4CHP A; 3AVA A; 3DRR A; 1HRH A; 3HM9 A; 2ETJ A; 1TGO A; 1VSI A; 4WE1 A; 1KFD A; 2HHU A; 1KTQ A; 1NJZ A; 1KSP A; 3C6U A; 5CYM A; 1U47 A; 2YNH A; 4FJI A; 1RBT A; 4M3Y A; 4GW6 A; 1DLO A; 2QK9 A; 1S1V A; 3V9X A; 1LV5 A; 1VSJ A; 2JLE A; 3NH0 A; 4E7I A; 1SL0 A; 3KIO A; 1L3V A; 1NOY A; 3LP3 A; 3OS0 A; 2IS3 A; 1ZBI A; 1U4B A; 4E1M A; 3RMC A; 2KFN A; 1QTM A; 3ZSW A; 3OS2 A; 3CYM A; 2NUB A; 4I7F A; 3DRS A; 4LY7 A; 4EZ6 A; 2RPI A; 4NYF A; 4M42 A; 4FYD A; 5HRN A; 3O4N A; 2KTQ A; 3NH1 A; 3MXM A; 3HL8 A; 4FLT A; 1J53 A; 3OYL A; 2YV0 X; 3VQE A; 3LP1 A; 5D3G A; 4UQG A; 4Y1D A; 3ZSY A; 2VWK A; 2P1J A; 4KKO A; 1KFS A; 1F21 A; 2HNZ A; 2BDP A; 3OYB A; 4Z4H A; 1DTT A; 1JL1 A; 3MEG A; 1MU2 A; 1U04 A; 1IKW A; 2Z1H A; 4M41 A; 4I2Q A; 4IFV A; 1S6Q A; 1JXE A; 1UWB A; 2QKK A; 4AHT A; 2D0B A; 4E3S A; 1TL3 A; 4CJ4 A; 2YNG A; 3VQ6 A; 3RWU A; 4CJ5 A; 4M3R A; 4E7H A; 1D8Y A; 4FZX C; 4Z4F A; 3ZT2 A; 1CLQ A; 3ULD A; 4CEZ A; 4HHT A; 1CZB A; 4CF9 A; 1W9H A; 3L2V A; 3NF8 A; 5KGW A; 4PUO A; 4FVM A; 4N56 A; 3AO5 A; 4OGC A; 4BE1 A; 4E1N A; 1NK6 A; 3PV8 A; 4TSX A; 1EXQ A; 3P5J A; 1S1U A; 1VK0 A; 5KGX A; 1NJW A; 4IDK A; 4KFB A; 3K5N A; 4FZZ A; 4OKK A; 2X78 A; 1JLE A; 2WOM A; 3OJU A; 3AA4 A; 4CEO A; 4CF1 A; 5JS2 A; 2HHV A; 1W0H A; 3MED A; 4M3X A; 2DFE A; 4RW8 A; 4ELV A; 4LH5 A; 1IO2 A; 1ZBU A; 3WNE A; 3RRH A; 4M3T A; 3QEI A; 1VSD A; 1Q8I A; 3DLB A; 2PYL A; 4DSL A; 4ZTJ A; 2QKB A; 4CJR A; 1RT6 A; 4LSN A; 4DF8 A; 1RCH A; 5FRN A; 1S9E A; 3RRG A; 4KTW A; 4E7J A; 4B9L A; 1KVB A; 1BIS A; 3AO1 A; 2KFZ A; 2PY5 A; 4CES A; 1KVA A; 3MEE A; 4RW7 A; 1VSM A; 4CGJ A; 2XY6 A; 1JLF A; 2FBX A; 5HRS A; 1IKV A; 1ASV A; 3VQP A; 4JLH A; 3SUN A; 4DTM A; 3VQ9 A; 1A5X A; 1I3A A; 1KLM A; 1CXU A; 4E0D A; 1D9D A; 4F3O A; 1BHL A; 1HNV A; 4CHN A; 4DFM A; 1WLJ A; 3E01 A; 1UA1 A; 4J2B A; 2X6S A; 1C0U A; 1QSY A; 2HHT A; 4BWM A; 4K8Z A; 1S1W A; 4FJM A; 4CJP A; 4LH4 A; 1BCO A; 3V1O A; 4DQS A; 3SV3 A; 4DFP A; 2OZS A; 3HPH A; 2FC0 A; 3SYZ A; 3AVH A; 1L3U A; 4HUE A; 2RF2 A; 4KV8 A; 4DSK A; 4HCB A; 4Z4E A; 1NOZ A; 4KPY A; 2PYJ A; 1RDC A; 1KVC A; 3SV4 A; 3KJV A; 4Z4G A; 2IDO A; 3ALY A; 4EP5 A; 3DLE A; 4CFA A; 4I9Q A; 4KHW A; 1J9A A; 4ICL A; 3NE6 A; 4DTR A; 3I0R A; 3V9S A; 4ELT A; 3KLG A; 1U45 A; 3OYJ A; 3MAQ A; 3MXJ A; 3NCI A; 1WSG A; 5CZ2 A; 5K14 A; 1WSJ A; 1LW2 A; 4B9V A; 2YHA A; 1VSF A; 1HPZ A; 3CFR A; 3F73 A; 2HB5 A; 3SPZ A; 4CJQ A; 4E89 A; 4CK1 A; 5J2Q A; 2P5G A; 3AVN A; 3SJJ A; 3L3V A; 3K2P A; 1VSL A; 3WNG A; 4HCC A; 4H4O A; 1FKP A; 4MFB A; 4M3W A; 2XY5 A; 3KTQ A; 4Y1C A; 3LZI A; 3DLR A; 3ZSV A; 4FLZ A; 1IH7 A; 1WNS A; 4FK4 A; 3ZT4 A; 1WAF A; 2VG7 A; 4YNQ A; 1XI1 A; 1RTJ A; 1YT3 A; 3NGI A; 4R5P A; 1S9G A; 3V6D A; 3SUQ A; 3ZT1 A; 3TI0 A; 5HRO A; 4CFB A; 1DTQ A; 3B6P A; 4CIF A; 3HXM A; 2PZS A; 1TAU A; 1UA0 A; 3NAE A; 4CJS A; 4FJN A; 1LWE A; 4LD0 A; 4KB1 A; 1D9F A; 1Q9X A; 1RTH A; 2EX3 A; 1BL3 A; 2BE2 A; 3QET A; 1BGX T; 3QNO A; 4CFC A; 3L2R A; 3T1A A; 4C8M A; 2X6N A; 4O5B A; 1L5U A; 4FM0 A; 3QEV A; 3ZSZ A; 2A1S A; 4I2P A; 3ASM A; 1NKE A; 4CEA A; 2BGG A; 5KI6 A; 4N5S A; 3K5M A; 2DTU A; 2GBZ A; 4GMJ B; 3I8D A; 1NK5 A; 4O0I A; 3P1G A; 3SQ4 A; 4CEF A; 4CJU A; 4BE2 A; 4DTO A; 3LAM A; 4Q0B A; 1QSL A; 3NF6 A; 1T05 A; 5HLF A; 3KK3 A; 1LWC A; 4FJ5 A; 5FDL A; 4KHU A; 4N41 A; 2HW3 A; 1HNI A; 2HHS A; 3OJS A; 3LWM A; 1SUQ A; 3PO4 A; 4FLY A; 2ZE2 A; 1BI4 A; 3O3G A; 4CE9 A; 1NKC A; 3QNN A; 2Y1I A; 5HRR A; 1NKB A; 4CJL A; 1J5O A; 1VRT A; 2VG5 A; 1X9W A; 4M45 A; 1HMV A; 4CGF A; 2DY4 A; 4DF4 A; 3KLE A; 2YNI A; 4FJX A; 1SKR A; 3RR8 A; 4DSE A; 1YTU A; 4CCH A; 2Z1J A; 1NK9 A; 4KHN A; 1X1P A; 1RBS A; 4FLX A; 3MEC A; 5CYQ A; 3VQ8 A; 4XIU A; 4KRF A; 2Z1I A; 1TV6 A; 3U6F A; 4OGE A; 3SZ2 A; 4H4M A; 1C0M A; 4DU3 A; 3S9H A; 3VA3 A; 4CEE A; 4PWD A; 4CJE A; 2XRI A; 3NGZ A; 3M8P A; 3M8S A; 2Y1J A; 2YKN A; 1YVU A; 4EP4 A; 2G8I A; 1RT1 A; 3S3M A; 4LSL A; 4C8O A; 3C6T A; 4NCA A; 1CXQ A; 3PX6 A; 3QER A; 3G0Z A; 1BCM A; 4CF2 A; 4M3U A; 3C94 A; 3TAP A; 1N6Q A; 3ZT0 A; 3TAN A; 1RIL A; 3KK1 A; 2OPP A; 3L2W A; 4CHO A; 3KD5 E; 1GOA A; 1C6V A; 4W5R A; 4B9N A; 1GOB A; 2OPS A; 4CEB A; 2YHB A; 4I9L A; 1TK5 A; 4G1Q A; 4CK3 A; 3DOL A; 3OYM A; 4J2A A; 4O44 A; 5C24 A; 2W42 A; 1C1C A; 3EZ5 A; 2ITG A; 4W5O A; 3LP2 A; 2I5J A; 3O3F A; 4C8L A; 3IS9 A; 1CZ9 A; 4DTU A; 3F9K A; 3L8B A; 3DMJ A; 1FKO A; 5HRP A; 2EHG A; 5I3U A; 1Z25 A; 3TAQ A; 4K8X A; 1SKS A; 2XY8 A; 1I39 A; 3DM2 A; 1L3T A; 2HVI A; 3ZSQ A; 3AA3 A; 2JGU A; 3OYC A; 2DFH A; 4HUF A; 4QOZ B; 2VWJ A; 3G10 A; 2ATQ A; 3RMD A; 3OYH A; 4FJG A; 4KO0 A; 3EY1 A; 3TAG A; 1QQC A; 4DQQ A; 2KZZ A; 3VQ7 A; 1B9D A; 4FJ9 A; 4KHY A; 5E41 A; 1RT5 A; 3HP6 A; 4OKJ A; 1VSH A; 3TAM A; 3OY9 A; 3DYA A; 4CGG A; 3O3H A; 4ZHR A; 3OYI A; 4DQR A; 1JLC A; 1QHT A; 3DOK A; 4OKE A; 3IG1 A; 3VQD A; 4Z4C A; 3OYD A; 4DLE A; 3S3N A; 1ZYQ A; 3K5L A; 4CF0 A; 4AHV A; 4ZTF A; 4BDP A; 4FW2 A; 3HP9 A; 1TKZ A; 1FXX A; 1Y97 A; 2WON A; 4AHR A; 3OYA A; 3JSM A; 1JLB A; 5DMR A; 4JS4 A; 4QAG A; 2G8W A; 1REV A; 3U3G A; 1EKE A; 3NFA A; 2GV9 A; 1O1W A; 2G8H A; 1TKD A; 5HP1 A; 4IG0 A; 2VG6 A; 3VN5 A; 3OYK A; 2IAJ A; 3WNH A; 5HBM A; 1BQM A; 4N47 A; 4CER A; 4DFJ A; 4JRP A; 1NJX A; 2RN2 A; 4FJH A; 4CJF A; 2HHX A; 1EP4 A; 5SZT A; 1WN7 A; 4AHC A; 4BAC A; 2GUI A; 2KQ2 A; 4DS5 A; 2ZQB A; 4YFU A; 5J2P A; 4Z0U A; 1U48 A; 4AH9 A; 3LDS A; 4JRQ A; 4PQU A; 3IAY A; 1JLQ A; 3K58 A; 3PY8 A; 4E7L A; 5CY4 A; 1RTI A; 1WSI A; 1WSE A; 4OPJ A; 4B9S A; 3NH2 A; 1N5Y A; 3NGY A; 4B9U A; 4F8R A; 4CJK A; 2B4J A; 2HNY A; 2YNF A; 2B5J A; 3AVB A; 3D0P A; 4FCY A; 4CJW A; 3SPY A; 3TAF A; 2XO7 A; 2G8V A; 1XHZ A; 4HVJ A; 3LZJ A; 4FJL A; 4CGH A; 1JLG A; 3OYF A; 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