4FJJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dc
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjjA03
4Y1CA 1S1TA 5CZ2A 3JSMA 4BDZA 1NK5A 3WNGA 2KQ2A 4CEFA 1SL0A 1IH7A 4NYNA 3DMJA 4BWMA 1W0HA 2XY6A 2Z1GA 4M42A 4F4KA 4KHWA 3C6UA 3O3FA 5J2PA 1NK0A 4KHSA 1U04A 4M3XA 4NCGA 3QEWA 3V9WA 2KW4A 5KI6A 4GW6A 3KJVA 3PX6A 4W5NA 4CJ5A 3U3YA 2RPIA 4KHQA 4B9SA 1CXUA 1RT3A 3DLKA 1RTHA 1VSDA 2HMIA 5SWMA 3ZSVA 3DOLA 3NH2A 5K14A 3E01A 1VSIA 3NGYA 1IG9A 1LAVA 1U4BA 1TKTA 1X9MA 1NK7A 2NUBA 2O4IA 2F96A 3OYAA 4DFPA 4FJGA 4I9LA 4HUEA 4ELTA 4FLVA 4KO0A 4RW9A 4FJIA 3NF6A 4XIUA 3HPOA 2OZSA 4M3UA 1Q8IA 3ALYA 1NKEA 3HT3A 3ZSZA 3UIQA 1J54A 2HW3A 5J2MA 3KTQA 3VQEA 1XHXA 1BHLA 1BISA 3HYFA 4FM0A 2XO7A 1NK6A 3HK2A 2B4JA 2QK9A 4DMNA 3DLRA 1Z25A 1DTTA 2QKBA 1LWEA 1JLBA 2P5GA 3DLBA 4K8XA 4F3OA 2KZMA 1WN7A 2FBYA 3V9ZA 2D0BA 4CIGA 3OYIA 2EX3A 1RBRA 3PY8A 3ZCMA 3SZ2A 3T3FA 3HVTA 1TAUA 3SV3A 4E7IA 3KD1E 4CJLA 1HRHA 3SQ2A 3VQAA 2IGIA 3ZSRA 4DQSA 1XHZA 4K8ZA 3NHGA 3O3GA 4J2EA 3AO3A 4E7LA 2QXFA 2IOCA 3LP2A 1JL2A 4OPJA 1U48A 1LV5A 4FZXC 4DTPA 4CGFA 4DTMA 4CFAA 3VA3A 3V81A 1EX4A 4LD0A 4DF8A 1NKCA 3CFOA 4RW4A 3VQBA 4PUOA 1NKBA 1VSEA 3VN5A 3S9HA 4CJ4A 4CF1A 3RMCA 3SPZA 5I3UA 1VRTA 4QAGA 3RTVA 4CERA 3IG1A 3MXMA 4FM2A 3VQ4A 4AHSA 4HHTA 2IC3A 2Z1HA 4O4GA 3VQ7A 5FRMA 2WONA 3FFIA 4CEEA 4FK2A 3SV4A 3ULDA 4DQQA 1RCHA 3LP1A 4IFYA 1JXEA 1RDAA 3HL8A 1QSSA 4BWJA 3QNNA 4KI6A 4EP5A 1VSMA 4HCCA 3SQ4A 1A5XA 1JLFA 1UOCA 1UA1A 2IAJA 2QKKA 1EXQA 3IAYA 3AO1A 1ZYQA 4CCHA 1UWBA 2HNDA 4B8AB 4CJ3A 3OY9A 3HVRA 4DSJA 3DOKA 2O4GA 1NJXA 1L3SA 1S6QA 1C1BA 1G15A 2YKNA 2D5RA 4DTNA 1B92A 3MEDA 4CK1A 4ZTJA 3CM6A 4I9QA 3NH0A 3BDPA 5I42A 4FJ7A 3SNNA 3AVJA 4CGIA 4W5OA 1T8EA 1UAXA 2XHBA 3ZSWA 4ELVA 4KPYA 3MEEA 4O55A 5DK5A 1RDDA 3DRRA 1LWFA 3OYLA 3MXJA 2A1SA 5FRNA 1J9AA 1SUQA 2X6SA 4CF9A 1NOYA 1IKXA 1YTAA 4KV8A 3AA4A 4RW7A 1ASWA 4CJRA 1N5YA 3NAEA 1RTDA 2E4LA 3OJUA 1T05A 3KKSA 3LZJA 3VQDA 3DM2A 2G8FA 3V9UA 1LAWA 1WNSA 4FCYA 3RR7A 4DWIA 2KFNA 2HVHA 3C94A 3QO9A 4YNQA 3AO4A 4JS4A 3PO5A 4EZ6A 4ZTFA 3NFAA 3OYCA 3K57A 1MU2A 3PX0A 1QSLA 1XC9A 2G8WA 4CHYA 5EU7A 3C6TA 4OKJA 1FKOA 3JYTA 1KLMA 1S1WA 2D0AA 4I2PA 3TAMA 4CFDA 4E1NA 1BI4A 4E7KA 3V4IA 3TAQA 1X9SA 1TL1A 4DG1A 4CHOA 1QSYA 5KGWA 1RBTA 2LSNA 1L3UA 1SKRA 2Z1IA 2DTUA 4LSNA 1RT2A 3PX4A 3RRHA 1U45A 2XY8A 3SPYA 2ITGA 3AVKA 3RMAA 3DYAA 3S3OA 1L3VA 2R7YA 4E3SA 3NE6A 3B6OA 3IS9A 4AHRA 2XY5A 4E1MA 5DMRA 3L2VA 4O0JA 3NF7A 1S1VA 4FLTA 4OKEA 3EYZA 1KVBA 1D9FA 3QEPA 2OZMA 1FK9A 3QESA 2P51A 4AH9A 4CF2A 3OS2A 3F73A 1N6QA 4NCAA 4CJWA 1LWCA 2VWKA 1S1XA 4CHZA 4B9UA 1BIZA 2YKMA 1EETA 3VQPA 3OYKA 4AHTA 2Y1JA 3ZSXA 3M8SA 2HHQA 4M3WA 1CZBA 1KCFA 3ASMA 4PY5A 1C6VA 1ZBIA 1VSHA 3O4QA 1HPZA 1O1WA 3I0SA 1J5OA 1RDBA 2B6AA 4J2BA 2FBVA 3DLEA 3SI6A 1NJWA 2BDPA 4N47A 1WLJA 4CGDA 3LALA 1RILA 4CJSA 4N5SA 2EHGA 5C24A 3KLIA 4FYDA 3V9XA 2OPRA 3KLHA 3OVNA 2PYJA 4BDPA 1ITGA 5HRNA 4FJJA 1C1AA 1B9FA 2G8IA 1CLQA 4FJXA 1S1UA 2VWJA 3G10A 3ZT0A 3HM9A 2X6NA 1Q9XA 1KVCA 5FDLA 3K5MA 3SYZA 4J2AA 2X78A 4DF4A 4J2DA 4F2SA 4OGCA 3SUPA 4GVMA 3HP6A 1S9GA 1CZ9A 2RN2A 1BGXT 3SUOA 4DLGA 4WE1A 1EP4A 4F2RA 2GUIA 1VK0A 1JKHA 3OYDA 3IRXA 4DSFA 2HHTA 3P83D 3QIOA 3TAGA 4CECA 3B6PA 1KVAA 2ZD1A 4C8NA 4E0DA 4IKFA 4W5RA 1HYVA 2OPPA 4DQRA 3QNOA 1SKSA 2RF2A 2HVIA 3QETA 4H4OA 3SQ0A 5SZTA 4NCBA 2HNZA 4CK2A 4DFJA 1WSGA 1YVUA 5CYMA 3KKRA 4DS5A 1X9WA 3K59A 1IKWA 2XY7A 3AA3A 1HYSA 4DU4A 1RTIA 2YHAA 3HO1A 1WSEA 3OYNA 3AVIA 3ISNC 5HROA 4C8OA 2HNYA 3VQ8A 3VA0A 4M3ZA 4JRPA 4KB0A 3PUFA 1TAQA 2RKIA 4PA1A 3A2FA 1KRPA 1FXXA 3DLGA 3AVGA 3NH1A 1U47A 4FVMA 4KHYA 2F8TA 2DY4A 1QQCA 3TAPA 1HMVA 1D5AA 4CJEA 1NK8A 4CEOA 3TAFA 1JL1A 3P5JA 3CFPA 4DTRA 3DRSA 1JLEA 1J53A 4CF0A 3KD5E 4N41A 1YTUA 1HQEA 3TR8A 2YNGA 4HTUA 1LW0A 5KRTA 2Y1IA 3U6FA 3QERA 3OYHA 3LWMA 5HRPA 4FJMA 4B9LA 3AVHA 4FJNA 2VG6A 3O4NA 1C0MA 3LANA 1L5UA 3P1GA 3AA5X 2BANA 1NJYA 3NDKA 3CFRA 3CG7A 1BQNA 3V6DA 5HBMA 2KTQA 1REVA 1HJRA 4FJ8A 2HHXA 1C1CA 3LP0A 2OPSA 1VSKA 4FLUA 1A5VA 5J2NA 4KHNA 3SCXA 1I39A 4B3OA 4R5PA 4W5QA 5CY4A 3I0RA 4DTXA 3QEVA 3RR8A 4M3RA 4KKOA 4LH4A 3K5OA 4CEQA 3QIPA 3L2UA 1DTQA 4QOZB 2JGUA 1TKXA 2PY5A 3K2PA 4CJFA 2Z1JA 4O0IA 3LPTA 4MFBA 5KTQA 1BCOA 3C95A 3LPUA 4Z4HA 3TARA 1XI1A 1ZBUA 4DSKA 1IKYA 5JS1A 3PO4A 1WSJA 2VG5A 1W9HA 4TSXA 4Y1DA 3ZT2A 3L2WA 4QCLA 2KFZA 2IDOA 4LH5A 1GOAA 1RTJA 4IDKA 4KTWA 1VSFA 4CEBA 2PZSA 1VSJA 2YNFA 3MEGA 4RW6A 4BE2A 5HP1A 4HCBA 3CYMA 4DFKA 3VQCA 3BGRA 3L3VA 4H4MA 1R0AA 3ZT1A 2KZZA 2IS3A 1TKZA 1D8YA 4PQUA 1RT6A 4CFCA 4C8MA 4B8CA 3ZT3A 4JS5A 1NK9A 4O44A 3TABA 3KLEA 4CJPA 4KB1A 3AVMA 1JLQA 1RBUA 4LSLA 3D45A 1JLCA 1A5WA 4BDYA 5HLFA 3LAMA 3RWUA 1L3TA 3M8QA 4IFVA 4M3TA 3M8RA 4CIEA 2A1RA 4N76A 4HUGA 4KI4A 1YT3A 4DS4A 1VSLA 4CESA 3KLFA 4OLAA 3AVFA 4CJKA 3OYMA 3K5NA 1TK8A 4H8KA 4ZHRA 4Q5VA 3KLGA 2ATQA 1I3AA 2VG7A 4ID1A 5HRRA 4M45A 1RT1A 4Z0UA 3OS1A 1GOBA 2FBTA 2BGGA 3KK3A 4DU3A 4FJHA 3QEXA 3AVCA 4FW1A 4Z4GA 4B9VA 4DLEA 4KREA 3AO5A 4IG3A 4OKKA 3ZSOA 4KRFA 1XWLA 1ZBLA 4FLYA 1CXQA 3K5LA 3EZ5A 4Z4CA 3TI0A 1RDCA 2W42A 4FK4A 2ZE2A 1KTQA 2GBZA 4AHCA 3AVNA 4BACA 4DQIA 1KFSA 2P1JA 3HPHA 3V9SA 3TAEA 4ICLA 4O5BA 3WNFA 4L8RB 2E6MA 3QLHA 2YV0X 3VQ6A 3OYEA 3MECA 4FJ5A 1RT7A 3OYGA 1IKVA 2WOMA 4B9NA 3L2QA 5D3GA 3LAKA 3LP3A 1TV6A 2YHBA 1TK0A 4ELUA 2F8SA 2DFEA 1T7PA 4FXDA 4E19A 4AHUA 4OLBA 3QINA 3RMDA 3HXMA 4CHPA 3EY1A 1VRUA 3TWHA 1RNHA 4CJTA 4CHQA 3D0PA 3V1RA 2ZQBA 4EP4A 1BQMA 2G8UA 3MXIA 5J2QA 1TK5A 4E7JA 1SL2A 1SV5A 1HQUA 2FBXA 1FKPA 3ZSYA 2G8HA 3OS0A 3L2RA 3OJSA 4BE0A 3SUQA 3THVA 3ZSQA 4KTZA 2OPQA 1WAFA 4Q0BA 3V1QA 4M41A 2YNIA 3CQ8A 1S6PA 4DTSA 3WNEA 2PYLA 4KTQA 3QEIA 1C0UA 4CF8A 2P5OA 2E6LA 3SUNA 2OA8A 1IO2A 3PV8A 3HSTB 3F9KA 5J1EA 4JLHA 3AVLA 4F3TA 3NBPA 5C42A 3I8DA 1X1PA 4LY7A 5JS2A 1RT4A 5FROA 3LDSA 1F21A 4AHVA 4OGEA 3AVBA 2BE2A 3OYBA 3HPGA 3VQQA 4NYFA 4CK3A 3DLHA 4B9MA 1Z26A 2HHVA 1U49A 3ITHA 4IG0A 4CFBA 1JXBA 4DSEA 1DLOA 4G1QA 2DFFA 4Z4IA 5CYQA 1QE1A 2FC0A 3T1AA 1WSIA 1QTMA 4GMJB 5T7BA 1BL3A 4DFMA 1C0TA 1RT5A 4DQPA 1KSPA 1LW2A 4E89A 3NF9A 4OVLA 4CGGA 4CHNA 1TGOA 4DTUA 1RBSA 1BCMA 4FZYA 4OPKA 1UA0A 4CIFA 1WSFA 5KGXA 3O3HA 3LWLA 4CEZA 4FK0A 4Z4FA 4KFBA 3M8PA 1TKDA 1TVRA 1S5JA 4E7HA 2G8VA 3OYFA 3HJFA 4CE9A 4BE1A 4KAZA 1T03A 4CJQA 4JRQA 3VQ9A 1RBVA 4FZZA 2X74A 3LZIA 3HP9A 4IBNA 3NCIA 3H08A 2JLEA 4FJLA 2XRIA 4EZ9A 3U3GA 1BIUA 1Q9YA 3WNHA 4B08A 1KFDA 1BI4B 1WAJA 4RG8A 2HHUA 3AV9A 4FLZA 4DSIA 4F8RA 2HHSA 3NGIA 5HRSA 4PWDA 4CGJA 3AVAA 2AJQA 1D9DA 1NOZA 5C25A 3K58A 3SQ1A 3OYJA 3RRGA 1S9EA 1TL3A 4M3YA 1ASUA 3KIOA 1WSHA 1HNIA 4W5TA 2G8KA 4DSLA 3L3UA 5KRSA 3KK1A 3TANA 3CM5A 2HHWA 1B9DA 4DTOA 2D0CA 3VQ5A 2Q3SA 3G0ZA 1NJZA 2B5JA 4HUFA 3SJJA 4FM1A 3L8BA 3MAQA 4FLXA 1ASVA 1Y97A 4ID5A 2YNHA 4YFUA 4UQGA 4DTJA 1SKWA 1KLNA 4Z4EA 4AILC 2I5JA 1K6YA 4CEDA 4CGHA 3S3MA 1SL1A 4CEAA 3S3NA 1EKEA 4DU1A 2OYQA 2HB5A 3DRPA 5E41A 4FJKA 1JLAA 2DFHA 3AO2A 3V1OA 1HYZA 2ETJA 3T19A 4FW2A 1QHTA 4I2QA 3AA2A 4N56A 4HVJA 3KK2A 3ZT4A 4KHUA 4CJVA 1NK4A 1JLGA 3NF8A 3NGZA 4RW8A 4MQ3A 4CJUA 1ZBFA 4OJRA 4C8LA 3DI6A 1QS4A 5CZ1A 4B9TA 4FJ9A 1ZBHA 2GV9A 1HNVA 3RMBA 4C8KA 4I7FA 4FLWA 1GOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CZ2A 3JSMA 4BDZA 1NNEA 1NK5A 1VQLN 2KQ2A 4BR5A 1VQ5N 2XY6A 3E4YA 4XH1A 4ISGA 1U04A 1N8RO 3FE1A 3PX6A 3KJVA 4WYBA 4CBUA 4B9SA 3HOTA 1RTHA 2HMIA 3ZSVA 1MMOG 2Q31A 3DOLA 2OANA 1GLEG 5K14A 1X9MA 1U4BA 3THWB 1NK7A 4F9OA 2O4IA 4EP9A 3UKUA 4B1UB 4YOTA 4BRQA 4M3UA 1XUPO 1NKEA 1X9JA 1XNQK 5J2MA 3R6MA 3KTQA 4YOWA 2QEXN 2XO7A 3HK2A 2B4JA 4DMNA 2UXDK 2QKBA 4YOXA 4CZKA 2DPNA 3L4IA 2V51B 4F3OA 3FGUA 2VJ4A 3SZ2A 1ZXOA 5M1PA 3U9DA 1XHZA 3U9ZA 4EAHD 2HBLA 4E7LA 3LP2A 4DTPA 3K9KA 3V81A 5AQQA 3FZFA 1NKBA 1VSEA 2HBMA 4CF1A 5I3UA 1XMHE 4QAGA 2JH9A 4CD1A 3MXMA 3HZ6A 2Q0RA 3HI0A 3J7YP 3SV4A 3ULDA 1JXEA 1QSSA 4BRPA 3AAQA 3THXA 4EP5A 1ATSA 4HCCA 2YJEA 3SQ4A 1UA1A 1UOCA 3GG4A 5C10A 1P22A 4B1XB 5IZ7A 3V7DB 2QTDA 3IUCA 1H1VA 1S6QA 3CC7N 2D5RA 4DTNA 3MEDA 4CK1A 3CM6A 3TU5A 3BDPA 4W5OA 4CGIA 2ZJRL 1UAXA 4O5FA 3ZSWA 4ELVA 4LF4K 1DKGD 5DK5A 4BC5A 2WFBA 1LWFA 5FRNA 3CCVN 3CC4N 1YTAA 2VIXA 2E4LA 4H5RA 5LMUK 3LZJA 4DWIA 3V9UA 3J7AP 4RTFD 3QO9A 5GIPA 1YJWN 4ZTFA 2RCUA 3SBGA 2E2OA 4JKBA 3CMEN 1T6CA 1FKOA 4OKJA 3CCQN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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