4FJJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dc
Total Genus 325
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
325
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 325
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjjA03
3QLHA 4DSFA 1Z26A 3AVMA 4CHPA 3S3MA 1T03A 1TK8A 3L2UA 3S9HA 4CHOA 3QINA 1NK0A 4YNQA 3V6DA 3NHGA 3AV9A 1LAVA 2HB5A 4J2BA 4BE0A 3S3OA 1R0AA 5CYMA 4CJFA 2Z1IA 3CYMA 4CK2A 3SV4A 5FRMA 4FLYA 2B6AA 1KFDA 4DQSA 1ZBFA 4CF8A 5K14A 2Y1JA 1RDDA 5DMRA 1ZBIA 4Z4FA 2NUBA 1RT3A 3IRXA 1C1AA 1WSIA 3OYCA 1KRPA 3VQ4A 4M3XA 2Q3SA 3LDSA 3VN5A 3V9WA 1TK5A 4DSLA 3QEIA 3RMBA 2ZE2A 4DLGA 3ULDA 4DTUA 3A2FA 1KTQA 4CHQA 2W42A 5HRPA 5KGWA 3PX0A 4KV8A 1UA1A 1NKBA 1S1TA 3SQ4A 1HNIA 4KHWA 5KTQA 1DLOA 1TVRA 3NF9A 3O4QA 1U45A 5KRSA 3JSMA 3DLEA 4HUEA 3KD1E 1LWFA 4ZHRA 4R5PA 2Z1JA 1L3TA 1VSMA 2OA8A 1HMVA 2G8WA 4KTZA 4DU1A 4CEFA 4AILC 3M8SA 4C8LA 3LWLA 1WAJA 2RPIA 3T3FA 1NJYA 1J5OA 3PO4A 3AVNA 1F21A 3SCXA 3H08A 4KAZA 4CJRA 2ATQA 4Z4GA 4FZYA 1NOZA 4N47A 2OZMA 4FJNA 5KRTA 4CJSA 3WNEA 3TARA 1RDCA 3BDPA 4FJJA 4FZXC 2DFFA 4UQGA 3KLGA 4FLVA 5HRNA 1VSLA 4I9LA 1ITGA 2JGUA 3ZT2A 1T05A 2HW3A 3ASMA 3VQQA 1XHXA 1DTQA 4H4OA 3OYEA 3MEDA 4M3WA 4GMJB 3VQ7A 3DRPA 3ZSWA 4LD0A 4CEEA 3DLBA 2KFZA 4CF2A 4FLWA 2VG7A 2XY6A 3HVRA 4DS4A 3NGYA 4CF9A 4I2PA 1IKWA 1C0MA 2FBTA 1NK8A 1RDAA 3SPYA 3ZSZA 4CF0A 2F8SA 3NGIA 4RG8A 3L2RA 3V4IA 2XY7A 4HCCA 1RCHA 3L2WA 2HHSA 3PUFA 2HHWA 5CZ1A 1CZ9A 1RBSA 2RN2A 5CZ2A 3L2VA 4FLZA 3DLRA 4Z4CA 4C8KA 1HQEA 3O3HA 3SQ2A 1S5JA 2KFNA 1BQMA 3K5OA 3TAPA 2FBVA 3LP1A 3K5LA 3MAQA 4N41A 2DFEA 1U48A 4NYFA 5C42A 1HYZA 3NCIA 1EETA 4EP4A 1Q9XA 2IAJA 4AHUA 1X9SA 3M8PA 4CFDA 1NJZA 3MEEA 4E19A 3OYLA 3OYIA 2XO7A 4W5TA 4Q5VA 3K5MA 3QEPA 2WOMA 1XHZA 1BQNA 1C1BA 4M3TA 2VG6A 3TAEA 5KGXA 2D0AA 3RRGA 4KHUA 2KW4A 3HK2A 1KVCA 3RMCA 4FM0A 3KLIA 4RW6A 4HHTA 3MXIA 4ID1A 3MEGA 2Y1IA 4CHZA 4BDZA 1VK0A 3QIOA 4GVMA 1TL3A 3HP6A 5FRNA 4CEOA 2F96A 2B5JA 2OPRA 3LZIA 2XRIA 2IGIA 4CGJA 1EXQA 4DF8A 1RTJA 3CFOA 1ASVA 4J2DA 5I42A 4B8CA 4KHYA 4E89A 4M3YA 1RT7A 1YTUA 4OKJA 4FJ5A 3QERA 2OPSA 3C6TA 3PO5A 4CJEA 4B9UA 1RNHA 3V1QA 4CIEA 3NH0A 2YKNA 3V9XA 1EX4A 4DF4A 1FXXA 4FJKA 3MECA 4IBNA 4DFPA 4E7LA 4RW9A 4DQQA 3E01A 2YNIA 2DFHA 4CE9A 4FK4A 3ITHA 3EY1A 2IOCA 1X9MA 3KK2A 4CEAA 1YTAA 2QKKA 3HO1A 3OJUA 4DQRA 3AO3A 3KTQA 3OYJA 3NF8A 3NF6A 1A5VA 3B6OA 2RKIA 4PUOA 2HHQA 3DI6A 4ZTJA 3LAMA 1MU2A 3PX4A 4CERA 1J54A 1YVUA 4CHYA 4DTPA 2YNHA 4DFJA 1TAUA 4BACA 5SZTA 4DU4A 2HHXA 4OJRA 3HYFA 1T8EA 2FBXA 1HNVA 3TI0A 1VSJA 1L3VA 2G8KA 2VG5A 3LWMA 3WNGA 3V9SA 1IKVA 1U4BA 3I0SA 4CEDA 4F3TA 2VWJA 4B9SA 3FFIA 4QAGA 3HPGA 4FJ8A 2HNDA 3VQDA 3CM5A 3ZSRA 3TANA 5D3GA 4RW7A 3ZSXA 1L5UA 4RW4A 2PYJA 2FBYA 3VQEA 1WSHA 5HLFA 1X1PA 4KB0A 4KI6A 1SV5A 4DTMA 4FLXA 1VSHA 3SQ0A 1HYVA 3TR8A 3WNHA 4CJKA 4F3OA 3K5NA 3QEVA 4H8KA 3DM2A 3SPZA 1NK6A 3P1GA 4O0JA 3D45A 4BWJA 3HL8A 3AVCA 3AVLA 1JLAA 4CJ4A 3V9ZA 3SQ1A 4AHRA 1L3UA 1VSKA 2R7YA 1CXQA 1ZYQA 1VSFA 3SUPA 4KHNA 1N6QA 4M42A 2HVIA 1VSIA 1LWEA 3QEWA 1Z25A 4DG1A 1WSFA 5CYQA 2QXFA 3QNNA 4Z0UA 2G8VA 2PY5A 2ZQBA 3ISNC 1JKHA 1UA0A 4LSLA 3ZCMA 5C25A 4WE1A 4E7IA 3AA2A 2OPQA 3VQ6A 1C6VA 3LP2A 3O3FA 5J2PA 1TK0A 4CIGA 4B3OA 3ZT3A 1HJRA 3P5JA 4CJQA 3IS9A 4XIUA 3HM9A 3HXMA 2YV0X 3ZT0A 4NYNA 3AA4A 1QS4A 1NOYA 4CGGA 1Q8IA 2Z1GA 4PWDA 4I9QA 4CGIA 1QSYA 1A5XA 3RTVA 4OKKA 3L2QA 4IFVA 4HUGA 3F9KA 1KVBA 1QSSA 4BDYA 3RR8A 3V1OA 4DWIA 1JL1A 2WONA 3B6PA 1TKDA 3K57A 4ID5A 3OS2A 1BI4B 1EP4A 2JLEA 1RTDA 2YNGA 3AA5X 3DRRA 5E41A 1IH7A 3QNOA 3OYNA 1EKEA 2GBZA 3NF7A 4CJTA 1CLQA 3VQ8A 4HUFA 4N5SA 2OPPA 4Z4EA 2OZSA 2P5GA 4CEZA 3DMJA 1S1VA 3V9UA 4KI4A 3VQ5A 4JS4A 1VSDA 3SUNA 4FW2A 4F2SA 2HHUA 4KPYA 2KZMA 1HPZA 1ASWA 3K2PA 2P5OA 3BGRA 3T1AA 5T7BA 2EX3A 1CXUA 1A5WA 1BCMA 1JLCA 1BIUA 3DOKA 4KTWA 2QKBA 3D0PA 4M3ZA 1Y97A 5EU7A 1NKCA 1S1WA 1SUQA 1TKTA 3EZ5A 4OVLA 1FKOA 2XHBA 4CFAA 1JLBA 3F73A 4AHCA 1GOCA 4CJLA 4DLEA 3I0RA 2G8HA 4K8ZA 3PY8A 1QTMA 4DTRA 1D5AA 3AO5A 3K58A 1BHLA 4CJPA 1TGOA 2B4JA 4DSIA 3OJSA 4E3SA 4M41A 2E6LA 1I39A 2KTQA 4Z4HA 1YT3A 4FM2A 4DSJA 3DYAA 2X74A 1KLMA 3AO4A 1BGXT 3KLFA 1QHTA 4CIFA 3VA3A 3G10A 1TKXA 2BGGA 2HHTA 1QQCA 3WNFA 3U6FA 1WN7A 5FROA 4AH9A 3OY9A 3M8RA 3ZT1A 3RRHA 4FW1A 3OYAA 5HBMA 1J53A 1B92A 1UOCA 4OGEA 2DY4A 3LALA 4IG3A 1U04A 4LH5A 2RF2A 4KREA 2G8UA 4KO0A 2HMIA 3MXJA 4FLUA 2ETJA 1JLQA 1KLNA 1GOAA 5FDLA 4HTUA 4KTQA 1JLFA 2X6SA 3SI6A 3AO1A 2BANA 4FJ7A 1DTTA 3P83D 4MQ3A 4PA1A 3ZSQA 1RILA 3KJVA 4CGFA 1VSEA 1KVAA 3ZSYA 4NCBA 4OKEA 4CEQA 4FJMA 1REVA 3L3UA 4N56A 3HSTB 4AHSA 1WNSA 4CHNA 2P1JA 4Y1CA 4W5OA 4BE2A 4E7JA 4E1MA 3PX6A 1XI1A 3C6UA 5J2NA 5C24A 3HPHA 1RT5A 4DTSA 3SUOA 3U3YA 1SL2A 1D9FA 1KFSA 1HYSA 4CJ3A 1K6YA 3TWHA 1RT1A 1RT4A 3VQPA 1N5YA 3NBPA 4AHTA 3S3NA 4JLHA 3NFAA 3RWUA 4IFYA 3OYHA 3OYKA 3DRSA 3CQ8A 3CFPA 4FXDA 3DLHA 1S9EA 1NK7A 3NDKA 2I5JA 1SKRA 2KZZA 3OYFA 3SYZA 1HQUA 4CGHA 3C94A 5CY4A 1O1WA 1XWLA 3KK1A 4BDPA 2G8IA 2A1RA 1NK9A 4DFKA 4QCLA 3VQCA 3KK3A 4O44A 4K8XA 5J2QA 4IG0A 4KHQA 3U3GA 1XC9A 2DTUA 4CGDA 4QOZB 3LAKA 3NE6A 3QO9A 3LZJA 1TAQA 3OYBA 1FK9A 4F4KA 4E7KA 3SZ2A 3K59A 1RBTA 3QETA 1RBUA 3VQAA 1X9WA 1BL3A 4FK2A 2YKMA 3AVFA 4I2QA 2XY5A 3SNNA 3MXMA 2PYLA 1KCFA 4W5NA 3OS0A 5JS1A 1TL1A 1JL2A 4E7HA 1RT2A 1G15A 3KKSA 3KIOA 2D0BA 1TV6A 2YHBA 2ITGA 5SWMA 1LW2A 1I3AA 1B9DA 4CESA 4DTXA 5I3UA 4FLTA 1B9FA 4G1QA 2X78A 2VWKA 4CFCA 5HRSA 1QE1A 4O5BA 4W5RA 1CZBA 3OYMA 1D9DA 3LANA 3RMAA 2X6NA 4ELUA 5KI6A 1LWCA 1BCOA 3TAFA 3AVGA 3QIPA 3OS1A 5J1EA 1C1CA 4LSNA 3UIQA 4C8MA 1BIZA 4DSEA 2F8TA 4FJ9A 3QESA 1NKEA 1S6PA 4BWMA 4EP5A 4C8OA 4CJ5A 2GV9A 3AA3A 3AO2A 1JXEA 2EHGA 2AJQA 1RTIA 1NJXA 1S9GA 1UWBA 1ASUA 2GUIA 1WSEA 4CK1A 1SL1A 4FM1A 1Q9YA 2E6MA 2LSNA 3G0ZA 4FVMA 4E1NA 4HVJA 2BE2A 3C95A 4KFBA 1NK5A 2O4GA 3IAYA 4N76A 2E4LA 4CECA 4OLBA 1WSJA 1HRHA 1RBVA 1SL0A 4EZ9A 5JS2A 4F2RA 4L8RB 3ALYA 3CG7A 4OGCA 3CM6A 4JRQA 5HROA 1SKSA 3RR7A 4ELVA 4O0IA 4CFBA 4DQPA 4E0DA 4DMNA 1RT6A 1RBRA 4CEBA 3VQ9A 4FJLA 3O3GA 4DQIA 1W0HA 4OPJA 4TSXA 3KLHA 1KSPA 1S1UA 2BDPA 1L3SA 3HVTA 3TAMA 4HCBA 3L8BA 2IDOA 2QK9A 4JS5A 3IG1A 2O4IA 3OVNA 1U47A 4PQUA 3KLEA 2A1SA 4ICLA 4H4MA 4O55A 4B9VA 4DTNA 4B9MA 4B9LA 4M3RA 3DLGA 1NJWA 4YFUA 3L3VA 4RW8A 4FZZA 2HHVA 4ZTFA 4OLAA 4CF1A 1LW0A 4ELTA 3SUQA 1UAXA 4FJIA 2ZD1A 3THVA 1T7PA 3LPUA 4F8RA 3AVHA 4GW6A 4Y1DA 3VA0A 1C0UA 3ZSVA 2P51A 4C8NA 5J2MA 4Q0BA 1IKXA 4JRPA 1JXBA 1NK4A 1WSGA 4FCYA 3I8DA 3CFRA 4CCHA 2KQ2A 4KKOA 4OPKA 3VQBA 3RMDA 2HNZA 3AVJA 4CJWA 1ZBHA 3SJJA 4J2AA 3ZSOA 3SV3A 1S1XA 2PZSA 2OYQA 4AHVA 5DK5A 1D8YA 4DTJA 1TKZA 1SKWA 4DU3A 3TABA 1ZBLA 4M3UA 2XY8A 3DLKA 5HRRA 4BE1A 4IDKA 1BI4A 3OYDA 1BISA 4M45A 3NH1A 3TAGA 4DS5A 2IS3A 1WAFA 2Z1HA 4CJVA 4B8AB 3NAEA 3KKRA 3HPOA 3EYZA 5HP1A 3TAQA 4KRFA 3OYGA 4DSKA 4NCAA 3T19A 3V81A 3PV8A 3ZT4A 4O4GA 2FC0A 3NGZA 3KD5E 2YHAA 2HVHA 3O4NA 4FJGA 4MFBA 4DFMA 1J9AA 4PY5A 3AVKA 4EZ6A 4LH4A 4CK3A 4Z4IA 3HJFA 3AVBA 1C0TA 4W5QA 1JLEA 4FK0A 1RDBA 2YNFA 4CJUA 4IKFA 4B9NA 3AVAA 1VRUA 1W9HA 2D5RA 3JYTA 4NCGA 1IO2A 1RTHA 1IG9A 4FYDA 4FJXA 3M8QA 3LP0A 1JLGA 2D0CA 3V1RA 1LV5A 4B9TA 4KHSA 4DTOA 1GOBA 1WLJA 4I7FA 1VRTA 4KB1A 3LP3A 3HT3A 1QSLA 3QEXA 2HNYA 1ZBUA 1IKYA 4FJHA 1S6QA 3LPTA 1FKPA 4LY7A 3NH2A 3DOLA 3HP9A 2IC3A 4B08A 4J2EA 1U49A 2G8FA 1LAWA 3AVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DSF A;  1Z26 A;  4CHP A;  3J80 O;  3S9H A;  1U6Z A;  4QND A;  1Y64 A;  1K73 O;  4FWO A;  3NHG A;  2JWL A;  2ZJQ L;  3G25 A;  2YB5 A;  4CJF A;  2Z1I A;  3SV4 A;  2Q36 A;  2W41 A;  4DQ8 A;  1KFD A;  3O9R A;  1SAZ A;  4DQS A;  4JV5 K;  1ZBI A;  1RDD A;  5M1N A;  4BRI A;  1RT3 A;  3MKS B;  1WSI A;  3VEN A;  3VQ4 A;  1TUY A;  4FWM A;  3LDS A;  1TK5 A;  2ZE2 A;  4DTU A;  3A2F A;  1KTQ A;  1FZ6 E;  5HRP A;  1NKB A;  1KC8 O;  2ZM6 K;  3SQ4 A;  1XQS C;  3O4Q A;  1U45 A;  5KRS A;  3DLE A;  1RDW X;  4ZHR A;  1FYZ E;  2LF6 A;  1VSM A;  3IFR A;  1Q7Y O;  2G8W A;  4CEF A;  1WAJ A;  1NNE A;  2W6K A;  3F9M A;  4JI1 K;  2P1P B;  3THY B;  4CJR A;  1Z05 A;  1T44 A;  1ZXO A;  3I33 A;  5KRT A;  3OGL B;  3WNE A;  4B1Z A;  1N1C A;  3I56 N;  3BDP A;  4FJJ A;  4Z94 A;  3KLG A;  4FLV A;  5HRN A;  1VSL A;  2CH5 A;  2O8E B;  3CI5 A;  4H4O A;  1XVE E;  3MED A;  4M3W A;  4GMJ B;  4CF2 A;  4YOY A;  1ESV A;  3J7Z O;  4I2P A;  2FBT A;  1RDA A;  2FW3 A;  3UO2 A;  1FPO A;  3VET A;  3PUF A;  3CER A;  1BU6 O;  2RKH A;  1CZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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