4FJKA

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp/da
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjkA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjkA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjkA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjkA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjkA03
3VQEA 3RMAA 3AVBA 1BCMA 4CEDA 2A1RA 3VQBA 4B8CA 3V9SA 1RT2A 2HMIA 4CEZA 1HNIA 4EP4A 2G8FA 4MQ3A 3QEWA 4FLTA 3WNGA 4FLVA 4CECA 4FLXA 4CHOA 3MXIA 5HRRA 1UA1A 4B9NA 1VSLA 3DMJA 5HP1A 4FZZA 3OVNA 1CLQA 4I9LA 3DOLA 4AHRA 2VG6A 4ZTJA 1NJZA 2HHSA 1J9AA 1BGXT 2IC3A 4ELUA 4CF1A 4Z4EA 2KZMA 4KHSA 3PO5A 4KO0A 3HP9A 4CGFA 4N47A 4OPJA 2Y1JA 3VA0A 4AHSA 3PV8A 2DFHA 3SPYA 4HVJA 1W9HA 4DQQA 1U49A 4DFMA 2QKBA 5KRSA 3MEDA 2KFZA 2JLEA 3L8BA 1U45A 5KRTA 3L2VA 1WN7A 1WAJA 3SUPA 1BI4B 4H4MA 1NK0A 1RBRA 4AH9A 1BI4A 3K5LA 1F21A 1C0UA 4OPKA 5FRMA 1DTTA 3NE6A 4FLYA 5SWMA 1RILA 3CM5A 3NF7A 4LH5A 1VSMA 3MECA 4JLHA 1ZBIA 4IBNA 1A5VA 3ZSRA 2IOCA 1S1UA 2EX3A 3SI6A 2P5GA 4AHCA 1G15A 2Y1IA 4YNQA 4OVLA 1Q9XA 4DTSA 2AJQA 1VK0A 4M45A 1TAQA 2WONA 2YKMA 4FM2A 4CJSA 4ZTFA 3ASMA 4BE2A 4PWDA 1I39A 3AA5X 3LAMA 2OYQA 3I0SA 2DTUA 3K2PA 4JRPA 2G8WA 3HXMA 4F4KA 1ZBLA 3TWHA 3KK2A 3AVAA 3AVJA 1LWEA 4Z4IA 2QK9A 1Z26A 1KFDA 3LP3A 4UQGA 4E3SA 1MU2A 3MXJA 4M3WA 1LWCA 1Z25A 4W5RA 4W5OA 3I8DA 3V4IA 3THVA 3ZT4A 1NJXA 3RMBA 4CGHA 1NKCA 1HQEA 1C0MA 1KFSA 1NK5A 1TKZA 4CGGA 4FZXC 1RTHA 1JLEA 2P51A 3NF6A 2E4LA 4FM1A 1BL3A 3ALYA 5CY4A 5CYMA 4ICLA 4KTQA 3EY1A 4B9SA 1IH7A 1SV5A 3KKSA 3EYZA 4OKKA 4DTUA 1W0HA 4DQRA 4FJKA 3HPHA 1HJRA 2D0AA 3DLEA 3AVCA 4RW9A 4CF2A 3O3HA 4CJQA 4L8RB 3H08A 4YFUA 1JKHA 3LAKA 1L3TA 4O0JA 1D5AA 4NCBA 4K8XA 3OYGA 3QIPA 3L2WA 1TKDA 1N6QA 4CHYA 1BISA 4FZYA 3C94A 1QS4A 5I42A 1S1WA 4B9TA 1KLMA 1WNSA 3V6DA 4QCLA 4J2EA 4KB1A 1TL1A 2XY7A 2XY8A 4NYFA 4XIUA 4B9VA 1IO2A 4FW1A 3ZSZA 4Q0BA 3P1GA 3NDKA 3VQPA 5KTQA 4DSLA 4O55A 2RPIA 1HNVA 1LW2A 3L2RA 4FCYA 1KLNA 4FJLA 4RW6A 2XY6A 4AILC 3K5MA 3V81A 2F8TA 4NCAA 1QQCA 5KI6A 4FJXA 3BDPA 4N41A 2B5JA 1WSGA 4CJWA 3SQ4A 3A2FA 3LWLA 2W42A 3K59A 1SKSA 3CM6A 3QO9A 3NH0A 3OYAA 3QNNA 1HPZA 3QINA 3KLEA 2ZE2A 3LZIA 3SCXA 3CG7A 4IG3A 5EU7A 4O4GA 3OYBA 4OKJA 3OJUA 3OY9A 1KVBA 3TAQA 1N5YA 4NCGA 2G8VA 4QAGA 4CHPA 4Q5VA 4HUGA 4AHTA 4CFBA 1KTQA 4M3UA 4CJKA 3T3FA 3HO1A 2O4IA 2ZQBA 4DFPA 2G8UA 1JLCA 3VQ4A 4CF0A 1VSIA 3DI6A 2A1SA 1S1VA 4B8AB 3OS0A 1ASWA 4DTJA 4CEBA 5FDLA 2GBZA 1WLJA 3CFPA 4GMJB 1RNHA 4DG1A 3HVRA 3AVLA 4I2PA 4DSJA 4CEAA 4AHUA 4JS4A 1I3AA 2X6NA 3DYAA 1RT6A 4DTXA 2PY5A 2LSNA 3M8PA 2Z1JA 3M8RA 3RR7A 4F2RA 1NJWA 3KK3A 3DOKA 3AO2A 2OPRA 1HRHA 4KTZA 4CJ4A 4FK0A 4AHVA 3ZT1A 3IG1A 1YVUA 3IRXA 3LPUA 3DLGA 1QSYA 1IKVA 4BWJA 1T8EA 3UIQA 2WOMA 3K57A 3D45A 4DSFA 3HT3A 4K8ZA 3S3NA 1J54A 3OYNA 5J1EA 1X9SA 4J2DA 3E01A 2D0CA 1B9FA 2E6LA 1KVCA 5CYQA 1NK9A 1IG9A 4N56A 4KFBA 1GOBA 2HNDA 1RBUA 2GUIA 3AA3A 5JS2A 3OYLA 4DQSA 4C8OA 3PX0A 3AV9A 3SUQA 2IDOA 4CHZA 2KTQA 3LALA 3KTQA 4E7IA 1XC9A 4Z4GA 3SPZA 4E7JA 4CGJA 3HPGA 4B08A 4EP5A 3SYZA 1QSSA 4F2SA 2R7YA 2BGGA 2G8KA 2OZMA 1RTIA 4CJUA 1TV6A 4W5NA 2E6MA 4CK3A 1NKBA 1UOCA 1VSFA 1NOYA 4G1QA 3TI0A 4R5PA 1D8YA 4FXDA 2ITGA 3AO4A 3O3GA 3KLHA 3VN5A 4OKEA 3LDSA 4KHQA 3RMCA 1SKWA 3OYIA 3CFOA 3FFIA 2F96A 1JLBA 4CJVA 3CYMA 4BE0A 1C1CA 4Y1DA 3TAMA 3V1QA 3G0ZA 4ZHRA 3RR8A 2XHBA 3QEPA 2QXFA 2FBYA 4HUEA 1ASUA 4CEOA 5HRPA 4DU4A 1U4BA 2ATQA 3PY8A 4E7HA 2OZSA 1XHXA 4KHNA 3OYDA 5J2PA 2BE2A 4CGIA 4CJLA 4FJ9A 4MFBA 1L3UA 4KRFA 3NBPA 1K6YA 3OYFA 4FLWA 2KW4A 4FVMA 4DF4A 1JXEA 2JGUA 4I2QA 4GVMA 2HHUA 4M3XA 3RWUA 4WE1A 4KV8A 1TK5A 1X1PA 1RDAA 3CFRA 3VQDA 2HNYA 4CK1A 1XI1A 3IAYA 5JS1A 4W5QA 3TARA 1HMVA 2XO7A 2XY5A 3DRPA 3TR8A 2HHVA 4HTUA 3ZSXA 3ZT3A 1YT3A 1NK8A 1XWLA 5HROA 1ZBFA 2OPSA 4BWMA 4CGDA 3HL8A 4F8RA 1TKTA 2BANA 3SNNA 2DFFA 3V9UA 4CHQA 4IFVA 3K5OA 3P5JA 4C8MA 5C24A 2YHBA 3T19A 1YTUA 3I0RA 1WAFA 5KGXA 1HYVA 4CJFA 4ELTA 5K14A 4DTNA 1FKPA 1WSIA 3U6FA 2F8SA 3ZSOA 2FBXA 4CEFA 3KLGA 2FBTA 4M3TA 1T05A 3DLHA 3CQ8A 3AA4A 3LPTA 4C8NA 3MAQA 4DTMA 4FJNA 2B4JA 2YV0X 3B6PA 3C6TA 5HRNA 4JS5A 3TAPA 4E1MA 4CIFA 4DLEA 1SKRA 1UWBA 4DTPA 1FK9A 3AO1A 3HP6A 1T7PA 3VQ8A 3KKRA 3OYMA 2HB5A 3SQ1A 3QEVA 1BQMA 1VSDA 2D0BA 3QLHA 4OGCA 3VA3A 5J2NA 4DF8A 3KK1A 1KSPA 3MEGA 4RW8A 3AVMA 4EZ6A 4RG8A 1NJYA 4LH4A 4I7FA 3VQCA 1Q8IA 4CJRA 3NAEA 3SUNA 1RT4A 3QEIA 3O4QA 3ZSWA 3SUOA 4FJGA 1T03A 4IDKA 4FW2A 2OPPA 3KLFA 3OYJA 3ITHA 2DFEA 4B3OA 1RT5A 3EZ5A 1WSHA 4KI4A 3B6OA 4E7KA 1L3SA 4OLBA 2IS3A 1BHLA 3O4NA 1CZBA 1RCHA 2YHAA 5D3GA 2IGIA 3AVHA 3HVTA 1EXQA 3TABA 5SZTA 3OYCA 3HPOA 5C25A 1U48A 4E0DA 1J53A 1KVAA 1SL2A 4KREA 2OPQA 3NFAA 1RTDA 4KHUA 1JL1A 3M8QA 5DMRA 3BGRA 3DM2A 5HBMA 4M41A 2X6SA 1RDBA 4FJ5A 1S1XA 3HK2A 1GOCA 3OJSA 4KI6A 2GV9A 4CE9A 1C0TA 1S1TA 4CFDA 1NKEA 2KFNA 4CERA 5FRNA 3KJVA 3DLBA 3VQ9A 1REVA 3ZCMA 1X9WA 2HHTA 3OS2A 3HM9A 3TANA 1L3VA 3SQ2A 3LP1A 5E41A 3ZT0A 4E7LA 2Z1IA 3AVIA 1RDCA 4Z4CA 3SV4A 3K5NA 3O3FA 3SJJA 4CJ5A 3JYTA 3ISNC 1C6VA 4CJEA 4PA1A 1S9GA 2FBVA 3IS9A 3MEEA 3WNHA 1QSLA 3ZSYA 3T1AA 4N5SA 4FJMA 3G10A 1DLOA 1TK8A 4DTRA 4J2AA 4BE1A 4CF9A 2HHXA 2EHGA 1VSHA 1ZBHA 3QIOA 3QNOA 1JLGA 3PX6A 3U3GA 1Q9YA 5CZ2A 1NK7A 4BDPA 2HVIA 3NHGA 1RTJA 1LWFA 1EP4A 4DQPA 4KKOA 3NF9A 1FKOA 4CJTA 5J2QA 4QOZB 3RRHA 2RKIA 4OLAA 2HW3A 4LD0A 4C8LA 1VRUA 3U3YA 1QTMA 4CCHA 4KHYA 2YNFA 4KTWA 1C1AA 3DLKA 4PQUA 3SZ2A 1TVRA 3L2UA 3QEXA 4E89A 1J5OA 2HHWA 1JLAA 4F3OA 1LAWA 4FJ8A 4FK2A 1NK6A 3V1RA 4FLUA 4LSLA 4DU3A 1CXQA 5C42A 4M3RA 3F9KA 4GW6A 4CESA 4JRQA 1BCOA 1UA0A 1TKXA 2YNIA 2HHQA 2Z1HA 4Z4HA 1TK0A 4RW7A 3VQ6A 2P1JA 3SQ0A 1VSJA 3C95A 4CJ3A 4B9MA 1KRPA 4EZ9A 4Z4FA 3DRRA 3L2QA 3RTVA 4I9QA 3VQ7A 3TAEA 4BDYA 3V9ZA 4M42A 2YKNA 2PYLA 4FJIA 4M3ZA 4FYDA 1WSJA 2QKKA 4H4OA 1HYZA 4HHTA 4HCCA 3WNFA 4HCBA 4CEEA 4J2BA 4OGEA 2XRIA 1IKYA 3WNEA 2OA8A 3V9WA 1XHZA 4IKFA 4DTOA 4B9UA 1ZYQA 1RBSA 4CJPA 3K58A 3HSTB 3LANA 4FM0A 1TGOA 4DSIA 4BDZA 2B6AA 1IKWA 3AA2A 4O5BA 4O0IA 3L3VA 2X74A 3AO5A 1RDDA 1YTAA 4IFYA 1Y97A 4KAZA 2P5OA 1VSKA 5FROA 3RMDA 3VQAA 3NH2A 3MXMA 2NUBA 3TAGA 4F3TA 4O44A 1S9EA 2Z1GA 4HUFA 4Z0UA 3LWMA 1EKEA 1JLQA 4CIGA 2I5JA 3LP0A 3ZSVA 4CIEA 4DMNA 1S5JA 3SV3A 1U47A 3KIOA 3KD1E 1BQNA 3NGZA 2D5RA 3NF8A 1ZBUA 4KPYA 4BACA 4KB0A 2KZZA 3ULDA 1O1WA 1D9DA 1D9FA 1B92A 1JLFA 1HYSA 5CZ1A 3AO3A 1RBVA 4CFAA 1NK4A 1GOAA 2G8HA 4E1NA 3OYKA 2PYJA 3OYHA 3NGYA 2RF2A 1VSEA 2VWKA 4E19A 5J2MA 1B9DA 1TL3A 1A5WA 1NOZA 1RBTA 1S6PA 4IG0A 4W5TA 1CXUA 4DFKA 4N76A 1C1BA 2VG7A 4M3YA 1LW0A 2YNGA 2Q3SA 3DRSA 3M8SA 1KCFA 3DLRA 3KLIA 4RW4A 3D0PA 3RRGA 2DY4A 3VQQA 3S9HA 3ZSQA 3S3MA 3QETA 1JL2A 1RT7A 4ID1A 4CEQA 3F73A 5KGWA 3ZT2A 3JSMA 5T7BA 4DLGA 1BIZA 4PY5A 5HLFA 4LSNA 4NYNA 4FJ7A 2HNZA 3AVFA 1BIUA 4KHWA 3QESA 3KD5E 4ID5A 5DK5A 1ASVA 4DFJA 3NCIA 2HVHA 3L3UA 3AVGA 3PUFA 1QHTA 2ETJA 1TAUA 1LV5A 2VG5A 4CK2A 3NGIA 1HQUA 1U04A 4DSEA 2VWJA 1CZ9A 2O4GA 1WSFA 4TSXA 1A5XA 4CHNA 3S3OA 3V1OA 3PX4A 1SL1A 3P83D 3OS1A 2BDPA 4DQIA 3PO4A 2FC0A 4FJJA 3VQ5A 4FK4A 1RT1A 1ITGA 3LZJA 1EX4A 2KQ2A 1X9MA 2PZSA 2G8IA 1S6QA 1LAVA 2YNHA 2X78A 4H8KA 4FJHA 4ELVA 4DS5A 2ZD1A 3LP2A 1QE1A 4DS4A 1IKXA 4OJRA 4DSKA 5I3UA 4FLZA 1SUQA 3HJFA 4PUOA 3AVKA 3OYEA 3V9XA 1JXBA 1L5UA 1VRTA 1UAXA 4CF8A 1EETA 1RT3A 3NH1A 4C8KA 3C6UA 4DU1A 2RN2A 3QERA 4Y1CA 1SL0A 4CFCA 3HYFA 1FXXA 5HRSA 3TAFA 1DTQA 4B9LA 3AVNA 4LY7A 1WSEA 2IAJA 1R0AA 4DWIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4M3UA 4CJKA 2G8UA 4CF0A 3DI6A 1ATNA 4YOYA 2UXDK 1WLJA 1QQNA 4DSJA 4I2PA 1NM1A 4JS4A 1RT6A 4DTXA 4FWPA 1XVDE 3RR7A 5AQVA 3CHWA 1NJWA 3DOKA 1HRHA 4ICGC 3MN9A 1P22A 4JHDA 1FZ0E 1KAYA 3IG1A 3VOVA 1NGDA 3LPUA 3UIQA 3TTFA 1P90A 2QM1A 3SMSA 5BN8A 1GOBA 4RWTA 5CE3A 2QXLA 1RBUA 2GUIA 5JS2A 3TJYA 3PX0A 2KTQA 3LALA 1K9MO 3HM8A 4CGJA 4F2SA 2R7YA 3C6OB 2G8KA 2GWJA 5AQJA 4W5NA 2UYTA 3AGRA 4G1QA 2KLAA 3TI0A 4FXDA 2A5XA 4JV5K 1SKWA 3CFOA 2F96A 2PAVA 2JH9A 1C1CA 4Y1DA 3TAMA 4EIAA 1QZ5A 3RR8A 2B7MA 1BU6O 3N1EA 4DU4A 3THYB 2PFTA 4CZEA 3PY8A 2P9SB 2OZSA 2BE2A 2QWRA 4CJLA 5AZIB 3CI5A 3DAWA 3OYFA 4FVMA 4DF4A 2JGUA 1TK5A 3FR0A 5BPMA 5M1KA 2OCEA 4CK1A 3J7ZO 3P4IA 1HMVA 4GKKK 3ZT3A 1ZBFA 4O5FA 2VWBA 1TKTA 2DFFA 5DM7L 3K5OA 3P5JA 1HR0K 3QMLA 5KGXA 4CJFA 3ZSOA 4M3TA 4MO4A 3DLHA 3GBTA 3AA4A 3MAQA 4FJNA 3CPWM 4E1MA 4CIFA 2QI2A 4DLEA 1UWBA 4DTPA 3HP6A 4B1ZA 4CBUA 3F5TA 2ZM6K 3OYMA 4H03B 1VSDA 4DF8A 3HO1A 3QLHA 3O9QA 3KK1A 1NJYA 4LH4A 3VQCA 3NAEA 4MO5A 2YHYA 3O4QA 4A5AA 4FJGA 2QWOA 2QW9A 3J2PA 4FW2A 3WXIA 3OYJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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