4FJNA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/da
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
900
structure length
900
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 900
sequence length 900
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fjnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fjnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fjnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fjnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fjnA03
2FBYA 3NCIA 4JS5A 1C0UA 3LZJA 4FLVA 3SJJA 1VSDA 4KREA 2JGUA 4ICLA 3QO9A 1TK8A 4B9SA 1RBTA 4CF8A 3RTVA 4EZ9A 1VSFA 3K5LA 5I3UA 3AA3A 1BISA 1LWEA 1CXUA 2HHTA 1WSJA 2P5GA 5HRSA 2VG5A 4FYDA 4CGFA 3TWHA 1ZBHA 4IG3A 3AO5A 3TARA 2G8WA 1S1VA 1KFSA 3D45A 2DFEA 4DSJA 1SUQA 3NF6A 3OYJA 4I2PA 3OS0A 4IBNA 5SZTA 3OYKA 2IDOA 3HPOA 1QTMA 4C8OA 1JLFA 2IAJA 2YKMA 4NCGA 4MFBA 4J2AA 3V1RA 3SUPA 1NOZA 1RT1A 4CEZA 3SNNA 1IKWA 4O0JA 4DTSA 3LP3A 3V9UA 1HRHA 3NAEA 1W0HA 3ZSOA 3VQAA 3SYZA 4B9LA 1YVUA 3DLEA 2D0CA 3LP0A 1EP4A 4RW8A 3ULDA 3MEEA 1ASUA 2R7YA 4F4KA 3MXIA 2KZZA 4PUOA 3KKSA 3DYAA 3LZIA 4CGIA 1WSGA 4E7HA 3NFAA 4HUFA 3HP6A 1B9FA 2D5RA 1RILA 4H4OA 3K59A 4FJ7A 3HM9A 2PYJA 4PQUA 1TKDA 3QETA 4Y1CA 3DOKA 4N47A 1TKZA 2ITGA 1LV5A 4CJ4A 1Z25A 2XRIA 3DLGA 1RTDA 2GBZA 3B6OA 4CJWA 4CCHA 3CM6A 2DFFA 3NGYA 4NYNA 4DWIA 4KFBA 3L3UA 3SQ4A 4NCBA 3QEVA 2B6AA 3SUOA 5CZ2A 3OYNA 2ZE2A 3KLGA 3IS9A 2VWKA 4O55A 1ZBUA 4GW6A 3CYMA 4FJ9A 3L2QA 1WSIA 3MXJA 1GOBA 2X6SA 1VSJA 2YNGA 4CERA 4DQIA 5KGWA 4N41A 3LWMA 3LAMA 3PX4A 3T3FA 2KZMA 3F73A 1NKCA 4IDKA 2VG7A 4DFPA 3JYTA 2F8SA 2QK9A 2G8HA 3SUQA 1CZ9A 1LAVA 4OGCA 1ASVA 1LWFA 3RMCA 3P1GA 4CJKA 1JLBA 1L3SA 2OPPA 5HBMA 3SV4A 3LALA 3DMJA 3K57A 2VWJA 1EETA 4FK2A 1UOCA 3HP9A 3VQQA 3EYZA 4CHQA 4Z4FA 2AJQA 1S1WA 3MXMA 3OVNA 1KRPA 2NUBA 3HO1A 3SPZA 2ATQA 1BI4A 4IFVA 4FJ5A 4L8RB 2HVIA 3ZSWA 1X1PA 4J2EA 4CGJA 1WAFA 3ZT3A 4HUGA 3EZ5A 3LPTA 3NF7A 1RNHA 4FJNA 3U6FA 4FLWA 4AH9A 2GUIA 4O5BA 4HCCA 4CHOA 4DTPA 3OYFA 3WNHA 4I7FA 2RPIA 2XY7A 1NK5A 4BWMA 4CHZA 4ZTFA 1UAXA 4Q5VA 5JS2A 3NH1A 4LSNA 4KB1A 3G0ZA 2HMIA 2QKBA 3T1AA 3RMBA 1YT3A 3NH2A 4LY7A 3KLFA 2O4GA 4ELUA 4DTOA 4OPKA 1IO2A 1S6QA 4M3XA 3PV8A 4CJLA 3CQ8A 3KTQA 3DI6A 4KI6A 2YNIA 4DFJA 1IKYA 5DK5A 4C8NA 1SKRA 3V9XA 4CJRA 4W5QA 2A1SA 4C8LA 4BWJA 3AA5X 3ZSVA 4LH4A 4FLTA 1ITGA 1CZBA 4AHUA 1BCOA 1IG9A 4F3OA 4CECA 1J5OA 3S3MA 1RT3A 4DU1A 3C6UA 3I0RA 1NK4A 1WNSA 3LDSA 4ZHRA 3AO3A 3QNOA 4B8AB 5HROA 1JKHA 1L3TA 1D8YA 2BGGA 3KD5E 2Q3SA 3SCXA 3TAQA 3VQDA 1L3UA 3AA2A 5C24A 3K58A 2E6LA 4KI4A 3T19A 3ZT2A 4YFUA 4CK1A 4DQQA 4M3TA 1VK0A 2BE2A 2OPSA 3C6TA 1D5AA 3C95A 1L3VA 3HPHA 3L2UA 1ASWA 1FKOA 1RT4A 2KW4A 3RWUA 3DM2A 3VQ5A 1S9GA 1I3AA 4E19A 4TSXA 1L5UA 1KVCA 3V81A 3AVKA 3HXMA 3CFRA 1DLOA 3NF9A 4G1QA 4BE0A 4DSKA 3LP2A 1QE1A 3ZSYA 3PUFA 4E7JA 2ZD1A 4KHYA 4DTMA 4E1NA 2D0BA 3TAPA 4E0DA 1RT2A 4CEOA 4O0IA 3ALYA 2P5OA 4CF9A 4B9MA 4CFDA 3RMDA 1J9AA 3HVRA 4DSFA 1TK0A 4CEEA 3DRPA 3V1QA 4DG1A 1SKSA 3VQCA 3RMAA 3ZT1A 1SV5A 3QIOA 3OS2A 4CJSA 5HP1A 1NKBA 2RN2A 4ZTJA 1ZBLA 4W5TA 3KLEA 1U4BA 4DTUA 2P51A 4FVMA 3M8SA 1VSKA 2PY5A 1S1XA 4C8KA 3OY9A 4HCBA 2XY8A 2P1JA 1T7PA 1IKVA 4CESA 4M3WA 4AHCA 3C94A 4EP5A 3RR7A 3V9SA 4HUEA 3TR8A 1U04A 4KPYA 2XY6A 4KHWA 5HRPA 3OYBA 4WE1A 2ETJA 4DS4A 1D9FA 4N5SA 3VA0A 5HRRA 4EP4A 3LWLA 1WN7A 4AHSA 1RT6A 4CIFA 4KRFA 1REVA 5FROA 4CF2A 1BQMA 3SI6A 3TAMA 4DTRA 2FBTA 3ISNC 1YTAA 4KKOA 4FXDA 4NCAA 4KTZA 3HYFA 3VN5A 2FBXA 3QEXA 4JS4A 3SPYA 4FJ8A 1HYVA 4CEQA 2I5JA 3AVFA 1KFDA 4E1MA 1S1UA 3OS1A 3TABA 4KHUA 4CJ5A 2GV9A 1HYZA 4H4MA 2X6NA 4K8XA 3VA3A 3LPUA 1LW2A 1F21A 3PO4A 4KHNA 2X78A 1XC9A 1JLQA 3OJSA 3TANA 1ZYQA 3SQ1A 1HJRA 4RW6A 1U49A 4DSIA 1WSEA 2F8TA 3QESA 1KCFA 1RT7A 3AO4A 3QIPA 2DTUA 4GMJB 4FJJA 2XHBA 3P5JA 1EKEA 3NGZA 3IRXA 1RBSA 3AVLA 3ITHA 1RDDA 1NK9A 3DLHA 1JL1A 1RBVA 1KLNA 4HTUA 4W5NA 3M8QA 2XY5A 3L2WA 3AVBA 5FDLA 3DLBA 1QQCA 4DQSA 4CF0A 4M3UA 3LANA 5CZ1A 1LAWA 2BDPA 3CFPA 1RDCA 1R0AA 4CIEA 1UWBA 4RW4A 5EU7A 4F2SA 2VG6A 4FK4A 3KK3A 4FJXA 3OJUA 1BI4B 2E4LA 4OPJA 3V4IA 1QSSA 2HHVA 3NF8A 4KTWA 1J53A 3SUNA 3CFOA 4AHRA 4FZXC 4KHQA 4UQGA 4PWDA 3F9KA 4JRQA 2HHQA 4FLZA 4OKEA 5KTQA 3KKRA 4ID1A 5HRNA 1NJZA 4CEFA 3RR8A 3O3HA 1NJWA 4CHNA 2DY4A 2BANA 1QHTA 1WAJA 4FJLA 4R5PA 2XO7A 1X9SA 1N6QA 3FFIA 4DTNA 1C0MA 2OPRA 1XI1A 4FM1A 1KVBA 5FRNA 2G8UA 1JXEA 1HQUA 4M3RA 4CJ3A 4I9QA 1JXBA 3E01A 4OVLA 4AHVA 1VSLA 2IC3A 2YV0X 3DLKA 4MQ3A 3OYGA 1U47A 1XWLA 1NJYA 2YHAA 1HYSA 4FK0A 3V6DA 1RTJA 1NK0A 4KB0A 1VSMA 2FBVA 3V1OA 3THVA 1BQNA 1TKXA 1HMVA 4XIUA 4ELVA 3MEDA 5C25A 1NK7A 4DU4A 1GOCA 3L3VA 5CYMA 3WNGA 3VQ9A 4LSLA 2Z1GA 5J2NA 1DTQA 4DMNA 2RF2A 4QAGA 1TK5A 4KAZA 4CFAA 1S6PA 4KHSA 3K5OA 3O3GA 1LW0A 4B9NA 4OKKA 3V9ZA 3TAGA 4E3SA 1UA1A 1I39A 4LD0A 1QSYA 4W5RA 3KIOA 4DLEA 3NHGA 3DLRA 3KK1A 1A5VA 3EY1A 2YKNA 1NK8A 3O4QA 3ZSRA 2B4JA 2A1RA 2G8VA 5DMRA 4B9VA 1HNVA 4FW2A 1SL2A 4FM0A 2D0AA 4CFBA 3RRHA 4FLUA 4JLHA 3ASMA 1RCHA 2WOMA 1MU2A 4CJVA 2JLEA 1TAUA 4NYFA 4FJHA 2RKIA 4FZZA 4FJIA 4HHTA 3V9WA 3SV3A 2KFNA 4FJMA 1KTQA 3PX6A 1XHXA 1BIUA 3I0SA 2FC0A 4RW7A 3B6PA 4YNQA 3OYLA 3HJFA 4DS5A 4CHPA 1VRUA 2F96A 1T8EA 1SL0A 4CF1A 3TAFA 3QINA 4E7KA 1RDBA 1VRTA 2HHWA 4QCLA 1G15A 3I8DA 5J2MA 1WLJA 4Q0BA 4FCYA 4OLAA 1BHLA 4PY5A 1CLQA 4Z4IA 3QEPA 4CEDA 4FLYA 1VSHA 3KK2A 1QS4A 4CGGA 3OYHA 4OJRA 3AVCA 4BE2A 3LP1A 3IG1A 4E7IA 1NK6A 3O4NA 3VQ4A 1XHZA 1B92A 3DRSA 3U3YA 1FXXA 2W42A 4N56A 1W9HA 4CK2A 1C1CA 1SKWA 1S9EA 4RG8A 3PO5A 4IKFA 4J2BA 2OPQA 3BDPA 5KRTA 4AHTA 4BACA 1FKPA 3L8BA 4CEBA 5JS1A 4CEAA 4CIGA 4IG0A 4M45A 1Q8IA 2Y1JA 2G8IA 4OKJA 3P83D 4B08A 3VQ7A 3TI0A 2Z1IA 3ZSQA 2PYLA 1TV6A 4DF4A 2HNZA 1S1TA 1Y97A 3AVHA 4CGHA 2PZSA 1Z26A 4BE1A 3NBPA 4QOZB 5KI6A 4DFMA 1BGXT 1RT5A 3DOLA 1IH7A 4LH5A 4RW9A 1EXQA 5I42A 2O4IA 2HHUA 4O4GA 3AVIA 1JLCA 5D3GA 4OLBA 3SQ0A 4DQRA 1LWCA 2Z1JA 4C8MA 1JLEA 3AV9A 5J2PA 5HLFA 1D9DA 4CJPA 3NDKA 4I2QA 3MAQA 3S9HA 2E6MA 2HNYA 1RDAA 2HB5A 2IGIA 4B9TA 4Y1DA 4E7LA 3HT3A 3VQPA 1HNIA 3DRRA 3HL8A 1HQEA 1O1WA 3ZT0A 1C1BA 3OYCA 3AVNA 4FW1A 3LAKA 3VQEA 3ZSXA 2Y1IA 2QKKA 3HVTA 3VQBA 4Z4GA 3AVAA 1TVRA 1NOYA 3IAYA 3L2VA 4Z0UA 3SZ2A 3G10A 4F3TA 3O3FA 1HPZA 4KO0A 1U45A 4N76A 1FK9A 4BDPA 3AA4A 4OGEA 3ZT4A 1Q9XA 3KD1E 2LSNA 2KQ2A 3AVGA 4CHYA 3M8RA 1X9WA 4B3OA 1CXQA 4CGDA 4CJQA 1X9MA 3RRGA 4CJTA 5T7BA 2Z1HA 1JLAA 5KGXA 3NGIA 2OZSA 4H8KA 4DSEA 1TL1A 1T03A 2B5JA 4BDZA 4F8RA 2HHSA 4M3ZA 3S3NA 3ZSZA 1BCMA 1U48A 1ZBFA 2IOCA 4K8ZA 2KFZA 4Z4CA 2KTQA 2HHXA 2YNHA 1QSLA 4CK3A 3OYIA 3QEIA 3D0PA 4Z4EA 4FLXA 4IFYA 3K5NA 3HK2A 3KLIA 4M3YA 1BL3A 3QEWA 2HVHA 1KLMA 3VQ8A 4B8CA 3PX0A 4B9UA 3KJVA 1WSFA 4ELTA 4M41A 3OYDA 5J2QA 2OYQA 2HNDA 4DSLA 1K6YA 4FZYA 3HPGA 4BDYA 3AVJA 3QLHA 3K5MA 4I9LA 1RTIA 2X74A 3MEGA 3CG7A 3HSTB 4JRPA 3AO1A 3WNEA 1GOAA 1RBUA 4FJKA 4DFKA 1YTUA 2OA8A 2G8FA 4FJGA 1JLGA 4DLGA 3S3OA 5E41A 3U3GA 4HVJA 3OYEA 1UA0A 1NJXA 3ZCMA 1N5YA 1B9DA 3WNFA 4CFCA 4AILC 5SWMA 2YNFA 4KV8A 2EHGA 1C0TA 3QERA 1DTTA 1VSEA 1S5JA 2OZMA 1KSPA 4J2DA 1T05A 4E89A 1TAQA 4M42A 4GVMA 4ID5A 2G8KA 1A5WA 5K14A 5FRMA 3H08A 5C42A 3CM5A 1TL3A 4CJUA 3MECA 1TKTA 1JL2A 2DFHA 4DF8A 1EX4A 2EX3A 4CJEA 3TAEA 1RBRA 3NH0A 1SL1A 4CJFA 4DTJA 2QXFA 1C1AA 4KTQA 2HW3A 1IKXA 1Q9YA 4FM2A 1TGOA 2YHBA 3OYMA 3KLHA 3L2RA 5CY4A 1WSHA 3UIQA 4PA1A 4Z4HA 3JSMA 3BGRA 4O44A 2IS3A 1A5XA 4DQPA 4F2RA 3QNNA 3AVMA 1NKEA 1KVAA 3VQ6A 3NE6A 4DTXA 1ZBIA 5KRSA 4DU3A 1RTHA 2WONA 5J1EA 3AO2A 3OYAA 3A2FA 1VSIA 1BIZA 1C6VA 1J54A 3PY8A 2ZQBA 5CYQA 3SQ2A 4EZ6A 3K2PA 3M8PA 4W5OA 4CE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1XUPO 2DPNA 4NXMK 2ITMA 4C8NA 4X62K 4C8LA 3AA5X 4LH4A 1ITGA 3EZWA 4AHUA 4F3OA 4JKFA 3C6UA 5LY3A 1L3TA 3LDSA 2CH5A 2JHCA 5HROA 1JKHA 1D8YA 4MO4A 2Q3SA 3MK6A 3SCXA 1SS6A 3TAQA 3AGKA 4KI4A 1T6DA 2F9TA 3CETA 3ZT2A 4FWNA 4CK1A 4YFUA 1VK0A 3C6TA 1L3VA 1D5AA 1FZ2E 3HPHA 3HI0A 2VQEK 2QA4N 4E19A 4TSXA 1L5UA 3V81A 4A2AA 4PL7A 3CFRA 3FZKA 3NF9A 4G1QA 4DSKA 4PKGA 2Q0RA 4YOVA 1QE1A 3PUFA 4E7JA 5A2QO 5LJVA 2A41A 4JYAK 2FF6A 2P5OA 4B9MA 4IT5A 4CEEA 5AQUA 2ZF5O 3I33A 4U7BA 3RMAA 3ZT1A 1SV5A 1NKBA 3C6AA 4B3RK 2RN2A 4IOXA 1U4BA 4W5TA 2P51A 4C8KA 4CZEA 1VSKA 1S1XA 2P9PB 3MDQA 3O9TA 3ENHA 2P9UA 4CESA 4JKHA 4DV7K 3VF6A 4KPYA 1XVEE 2DEBA 2JH9A 3O9SA 2P9PA 4WE1A 3VA0A 1IBMK 3LWLA 5KQDA 4M63C 1WN7A 3UE5A 4CVNE 3HSCA 3TAMA 3SI6A 2FBTA 3DAWA 3ISNC 4QS7A 2GELA 3TSUA 3EEQA 1YVNA 3A5NC 3P38A 3HYFA 4WQ5C 1HYVA 2WFBA 3AVFA 1KFDA 2JH8A 3OS1A 1FZ4E 3TABA 4CJ5A 2GV9A 1HYZA 1JCGA 3O9RA 1YJWN 1HNXK 4CW7B 5FPDA 1XC9A 1JLQA 2Q0UA 3SQ1A 3QB0A 2UUAK 2F8TA 3QIPA 3TJYA 3H3NO 2XHBA 3P5JA 1EKEA 4JI1K 2PBDA 3E66A 4HTUA 4W5NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FBY A;  1FJG K;  2F4V K;  3O9U A;  3SAH A;  4KRE A;  1VSD A;  3EE8 A;  5DM7 L;  3LD8 A;  4EZ9 A;  1LWE A;  2HHT A;  3MCA B;  4PL8 A;  4CGF A;  3DXM B;  3TWH A;  1SUQ A;  3AAP A;  1XC3 A;  4I2P A;  3OS0 A;  1QQN A;  4IBN A;  3OYK A;  1JLF A;  4J2A A;  1O13 A;  5EXW A;  3A8Y A;  2P9S A;  4WYB A;  3D7E O;  1Q82 O;  5AQN A;  4DTS A;  2NRZ A;  3VF2 A;  1HRH A;  3NAE A;  1YVU A;  4H0X B;  3THW A;  1X3M A;  5BRH A;  4RW8 A;  3HOS A;  4XH4 A;  1HR0 K;  4IOA L;  4CBX A;  4BRI A;  4MLE A;  5H1S Q;  3KKS A;  3CPW M;  1VQO N;  3MN7 A;  4E7H A;  4BGA A;  2UU9 K;  3HP6 A;  2D5R A;  1RIL A;  4FJ7 A;  4M7Y A;  3AGR A;  3CCQ N;  4N47 A;  4CJ4 A;  3DLG A;  1NG9 A;  1IBK K;  1RTD A;  3B6O A;  1KC8 O;  2E1Z A;  2UXC K;  4DWI A;  2Q97 A;  4MDA A;  1NGB A;  5M1K A;  3SQ4 A;  3JXU A;  4YHH K;  3SUO A;  2HD0 A;  3FLC O;  2VWK A;  5TKY A;  4DV1 K;  4JN4 A;  2HF3 A;  2JPN A;  4GW6 A;  3BEX A;  1MA9 B;  3UKR B;  5KGW A;  3LAM A;  1YUW A;  2W6L A;  4IDK A;  3UKR A;  3JYT A;  1CZ9 A;  2YHY A;  1LAV A;  3RMC A;  4CJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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