4FK2A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp/dg
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4fk2A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4fk2A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fk2A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4fk2A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4fk2A03
2DFEA 3V81A 3ZT4A 4E7IA 2QKBA 3WNEA 2XO7A 4CEQA 1QE1A 4G1QA 4E89A 3JYTA 3SI6A 1RBTA 4J2DA 4F3OA 2FBVA 3HSTB 3KKSA 1HQEA 5CYQA 1NKCA 3EY1A 3HJFA 4DSFA 1KSPA 1WSJA 4CF1A 1T8EA 1BQNA 4FW1A 1UA1A 2GV9A 3AVJA 4PY5A 3SQ2A 4C8KA 4JLHA 2P51A 4J2EA 1XC9A 1NK0A 1SUQA 4B8AB 2A1SA 4DFPA 4DSJA 3C6UA 3AV9A 4ZHRA 3HYFA 1SV5A 2G8KA 3IRXA 1IKWA 4OGCA 3K5NA 1U4BA 1JLFA 1KVBA 3C6TA 3ULDA 2XY8A 2KFNA 5CY4A 3RRHA 1HQUA 3QNOA 2ATQA 1TKTA 3O3HA 3JSMA 1QTMA 3O3GA 3ZSQA 2BANA 1LW2A 1HYZA 4FJJA 3CQ8A 1WAFA 2ITGA 4N47A 3KD5E 3P5JA 4Y1DA 4CIEA 3QEVA 3CM6A 3ISNC 4B9UA 4LH4A 3AA2A 1K6YA 2VG7A 3QEIA 2Z1GA 1RTIA 4O5BA 3ZT0A 2GUIA 3BDPA 4KHWA 3VQCA 3KTQA 2YNHA 2D0AA 3DRPA 3RMCA 3NFAA 1U04A 4KHQA 3LP1A 1MU2A 3QLHA 2KZMA 2O4GA 3AVAA 4CK3A 3NH2A 3CG7A 4DTRA 4B3OA 3UIQA 2YHAA 5C25A 4CEAA 3V1OA 3SZ2A 4E7JA 4N5SA 1ASWA 3OYFA 3ZT1A 1FKOA 1DTQA 4JS4A 4CK2A 4DFKA 4FM1A 2G8HA 1LAWA 1C0UA 1HJRA 1RILA 4H8KA 2HMIA 1REVA 3LP2A 4RW4A 1HRHA 1VRUA 4FVMA 4CHPA 4C8NA 1B92A 4NCBA 2ZD1A 2YKNA 4M41A 4DF4A 3NDKA 1CZ9A 2FBTA 3AVLA 5J1EA 3SV4A 2GBZA 5HRPA 1QS4A 2RPIA 3AA5X 2HHQA 3SUOA 1EXQA 4OKKA 1C1AA 1TV6A 2IC3A 4HCBA 5J2MA 1JL2A 3HM9A 3DLEA 4FJKA 3CM5A 4Q5VA 1IKXA 2OZSA 1L3TA 1KRPA 2VWKA 3AO5A 3MXJA 4L8RB 1BCMA 2D0BA 4OJRA 4M3TA 1RTJA 2G8UA 4IDKA 3NBPA 3NAEA 4CEZA 4DQQA 1DTTA 2IOCA 3NH0A 4OVLA 3QEXA 5I42A 3RMDA 5KGXA 2VG6A 2IDOA 1LWFA 2DFFA 4KTWA 5FRNA 1XWLA 1TAQA 1S1UA 5J2QA 4CEBA 4CHYA 3V9UA 3P83D 1WLJA 3M8RA 1IG9A 3MXIA 2KFZA 4EZ9A 1W9HA 3SUPA 4RG8A 4W5RA 3ZCMA 4CJFA 1RT4A 3MEEA 4LH5A 1S5JA 4ELUA 4DU4A 1SL2A 4DQPA 4CF2A 3I8DA 3HP9A 1X9WA 3NF6A 2XY7A 1CXUA 4DTOA 1RDDA 3VQBA 3ZSOA 3OYJA 5HLFA 4B9SA 3DYAA 4DSLA 1RBVA 3SPYA 3AVBA 3I0SA 1SL1A 4CJQA 4MFBA 1F21A 2ETJA 3DI6A 1YTAA 3I0RA 3NGZA 3KK2A 1J5OA 4BDPA 4AHTA 1Z25A 1WSEA 4WE1A 4DS5A 1UWBA 2OPRA 1NK6A 1XI1A 4CJSA 1QSLA 3IG1A 4W5TA 3SQ4A 3IS9A 4O4GA 2XHBA 4LD0A 1XHZA 4M3WA 3ZSXA 3KLFA 4BE1A 2G8FA 1NKEA 3OJSA 3L3VA 1BIUA 4H4OA 3V6DA 4CIFA 1Z26A 2FBXA 1Q9YA 4DF8A 3KJVA 1CZBA 5KRSA 1TKZA 2R7YA 4DFMA 1NJXA 1UA0A 1JXBA 1U49A 1ASUA 4GVMA 3WNGA 4CIGA 1G15A 1D8YA 3V4IA 3OYIA 4B9TA 3OS1A 3CYMA 1S9GA 3LALA 3V9SA 4FM0A 4R5PA 4ELTA 4DFJA 3SV3A 3DOLA 2E6LA 4BDYA 1D9FA 3QINA 1L3SA 3LP3A 3TWHA 2FC0A 4DTNA 3SJJA 3RWUA 3VQPA 2XY5A 4K8ZA 3CFRA 1KTQA 4KKOA 4CJTA 1IO2A 2HHUA 4HHTA 3VQAA 2P5GA 4W5NA 3TAMA 1SKSA 5HP1A 3PV8A 4RW7A 3H08A 1HNVA 4KB0A 1W0HA 4PA1A 3KKRA 4CJ4A 2DTUA 3AVCA 4CJUA 3VQ4A 3KLIA 3NE6A 4KB1A 1S1XA 4DQRA 4ID5A 1RT3A 1KFSA 1VSLA 2FBYA 4JRPA 2NUBA 4O55A 3OYHA 4HUEA 3OYDA 1JLGA 4CJLA 3U3YA 3OYAA 1I39A 1S9EA 2HHXA 3TABA 2HNYA 4FXDA 2YNFA 3SNNA 2QK9A 4KO0A 4C8MA 4CJVA 3V9XA 3DLBA 4C8LA 1ZBHA 4FJHA 2IS3A 4RW8A 2W42A 3QNNA 4AHSA 3U6FA 4K8XA 3C94A 4B08A 3RRGA 3IAYA 2KW4A 3AO2A 4DMNA 3VN5A 3LDSA 3RR8A 3QEWA 4CGDA 4J2BA 3L2RA 4KREA 3S9HA 3AA3A 5K14A 1X9MA 2WOMA 3K2PA 4CFDA 1Q9XA 3V1RA 2YV0X 2PYLA 5DK5A 1WSIA 2QXFA 4Z4HA 2F8TA 4CJ3A 1IH7A 4CHOA 4CF0A 3MECA 1FK9A 1JL1A 2X74A 3MAQA 5J2PA 3KLEA 1VSFA 1NK7A 4B9VA 4B8CA 1FKPA 3OYEA 3LP0A 2RN2A 4CJEA 4Z4GA 1WN7A 5DMRA 4CECA 1RDAA 5J2NA 5SZTA 4CHZA 3VQ6A 2AJQA 1O1WA 4ID1A 1LAVA 3VQEA 1ITGA 1BCOA 1VSHA 1B9FA 2PZSA 4KHSA 4CEDA 4PQUA 1JKHA 4FZYA 4DQSA 4ELVA 2X6NA 3QIPA 1VSMA 4M3XA 3TAPA 3MXMA 4RW9A 1SL0A 3AA4A 4E3SA 1Q8IA 3K5LA 1N6QA 3HK2A 1B9DA 1QQCA 1WNSA 1T03A 3AVMA 4UQGA 4FJNA 5FROA 4J2AA 1NOZA 4DLGA 1N5YA 3K57A 1RBSA 4BE2A 3P1GA 4EZ6A 4FYDA 4FK4A 3DRSA 1RTDA 1TL3A 1NK8A 1SKRA 3QESA 3PO5A 3AO1A 4W5QA 5KI6A 2Z1IA 4OLAA 3L3UA 3VQ7A 1KFDA 4CEOA 3DLRA 4CFAA 1TGOA 4CJPA 3LAKA 5CYMA 4CGFA 5SWMA 4F2RA 2KTQA 3PX4A 2B6AA 3WNHA 3LZIA 3CFPA 1WSHA 3AVIA 4NYNA 3VQ9A 3G10A 3T19A 3ZSRA 5T7BA 3KK3A 1QSYA 3O3FA 2HNZA 1RT6A 1YT3A 3SCXA 3SUQA 4GW6A 4Y1CA 4CK1A 3TAGA 1BI4A 3AVGA 3DOKA 3HPHA 4LSLA 4QCLA 2G8IA 1U45A 4KHYA 1BL3A 4DTJA 5KGWA 2HHSA 3E01A 4DU3A 2BGGA 3OYMA 3F73A 4CFCA 3B6OA 2I5JA 4E0DA 4E7LA 1U47A 1LWCA 1A5XA 1DLOA 3V9ZA 3TAFA 1S6QA 1BGXT 1SKWA 4LY7A 4BE0A 4JS5A 2F96A 3M8QA 1RT7A 5HRSA 1VSKA 1RBUA 1T05A 4M3ZA 4OKEA 5HBMA 2XY6A 4ZTJA 4FJXA 1UOCA 4KV8A 3TI0A 3TANA 4N41A 4E7HA 5KTQA 2ZQBA 4CCHA 1HYVA 1C1CA 4CE9A 3OJUA 4NCAA 1KLMA 4M3RA 3ITHA 3K5OA 3G0ZA 4XIUA 3SUNA 3EZ5A 4FLUA 1KCFA 3RTVA 3PO4A 3OY9A 1R0AA 2PYJA 3PX0A 2HHWA 3VA3A 3DMJA 4O44A 3OYLA 3KLHA 4I9LA 4JRQA 4FLXA 1X1PA 2KQ2A 4BWJA 3S3MA 4RW6A 5JS2A 3SQ1A 4HUGA 1KLNA 1U48A 3LPTA 2Q3SA 3VA0A 3VQ5A 4KTZA 4B9NA 4KHNA 4FJIA 1BIZA 3HPGA 3OVNA 3PX6A 4FLTA 1NK4A 4FM2A 4KHUA 3T1AA 3EYZA 4DS4A 3AO4A 2QKKA 3RMBA 3QERA 5HRRA 3NF9A 3L8BA 2HB5A 4OPJA 3OYGA 1LV5A 4IKFA 3DLKA 2HHVA 4NYFA 1TK8A 2KZZA 2ZE2A 1BISA 2D0CA 3F9KA 3K58A 4IG3A 4H4MA 4IG0A 1LWEA 3TARA 1J53A 2P1JA 1S6PA 1RBRA 1RT5A 4KI4A 1RTHA 4CGGA 1VSEA 2OPPA 1UAXA 4AHVA 3QEPA 3ZT2A 2VG5A 4CGJA 4EP5A 2B4JA 3OS2A 4KPYA 4CGHA 4CJWA 3FFIA 3ZSZA 3ALYA 4M42A 2OPSA 1QSSA 4M3UA 1L3UA 5CZ2A 1ZYQA 1S1VA 3KD1E 1JXEA 3HPOA 2G8WA 4CEFA 4KRFA 3PY8A 3VQQA 1HPZA 4CF8A 4DSEA 1TL1A 4YNQA 3NGIA 1C6VA 1VRTA 4N56A 2P5OA 3TAQA 5JS1A 1TVRA 4CGIA 2E6MA 1RCHA 2G8VA 1QHTA 3OS0A 4OLBA 5D3GA 3MEDA 3K59A 4DTSA 2X6SA 3DLHA 4B9LA 1VSDA 2YKMA 3AVFA 3ZSVA 2DY4A 4LSNA 4E1NA 3HT3A 2Y1IA 2Z1JA 3AVHA 4IBNA 1GOCA 4F4KA 4DQIA 4HTUA 3LPUA 3OYKA 1L3VA 4F2SA 4DSIA 3PUFA 4BWMA 2JGUA 3TAEA 3AO3A 4DWIA 3HP6A 4I2QA 4KAZA 4FJ5A 1C0MA 4ZTFA 3SPZA 1TAUA 3SYZA 4BDZA 3VQDA 3LAMA 2B5JA 5FRMA 4FJGA 3LANA 4C8OA 4TSXA 2OYQA 2D5RA 3M8SA 4W5OA 5EU7A 2YNGA 4AILC 4DTXA 1JLAA 2A1RA 3C95A 4FLVA 1IKYA 4Z4FA 2EHGA 4DU1A 4DLEA 1KVAA 1WAJA 2DFHA 3KIOA 4KI6A 1TKXA 4I2PA 3THVA 4AH9A 1NJWA 3DM2A 2IGIA 5C24A 4HUFA 1TK5A 4KFBA 3RMAA 4FLWA 4Q0BA 1WSGA 4IFVA 3V9WA 3D45A 4QAGA 1L5UA 1NJYA 3NCIA 4PWDA 5CZ1A 1VSJA 3O4NA 3L2VA 3B6PA 5HRNA 1GOAA 1HNIA 1C1BA 4GMJB 1Y97A 3L2WA 3ZSWA 3KLGA 2PY5A 1D5AA 4IFYA 3ASMA 4O0IA 2HHTA 4M3YA 4FJMA 1NOYA 2Z1HA 4CESA 4DTPA 4E19A 3HVRA 4FLYA 4Z0UA 3MEGA 4F3TA 1VSIA 3DLGA 4CF9A 4BACA 5E41A 4B9MA 4FJLA 4DTUA 3O4QA 4CEEA 1T7PA 1NKBA 4Z4IA 4FZZA 1JLCA 4FCYA 1BI4B 3QETA 4AHUA 3A2FA 1RDBA 2RKIA 5HROA 2WONA 5C42A 4FJ8A 3AVKA 4YFUA 2BE2A 5FDLA 3L2QA 1JLEA 4OKJA 1ZBLA 1D9DA 4CJKA 4E7KA 4CHNA 4FK0A 1XHXA 3ZSYA 3OYBA 1TKDA 4F8RA 1RDCA 1A5WA 3S3NA 3L2UA 2IAJA 3NF7A 3LWMA 1EX4A 2OA8A 1J9AA 3AVNA 2HVHA 4Z4EA 2F8SA 1RT1A 1GOBA 1FXXA 4FLZA 2X78A 4MQ3A 4HVJA 5KRTA 4I9QA 3LZJA 2OPQA 1NK9A 1CXQA 1KVCA 4DSKA 3OYCA 3CFOA 3U3GA 2Y1JA 4FW2A 3QIOA 4FJ9A 3BGRA 1EKEA 3HL8A 4QOZB 1JLQA 3QO9A 4DTMA 1BQMA 4Z4CA 2BDPA 1YVUA 2XRIA 4AHCA 3NGYA 4OPKA 3NF8A 3V1QA 3VQ8A 1NJZA 4M45A 2OZMA 3DRRA 4N76A 1ZBIA 3RR7A 4OGEA 4CERA 1I3AA 4PUOA 3S3OA 2HVIA 4FJ7A 1ASVA 3LWLA 2E4LA 4CJRA 3HVTA 4HCCA 2YNIA 4NCGA 3NH1A 3WNFA 3NHGA 1LW0A 4AHRA 4CFBA 1ZBUA 3HXMA 2HNDA 5I3UA 4ICLA 1X9SA 1HYSA 4O0JA 4I7FA 3SQ0A 3ZT3A 1EP4A 1HMVA 1VK0A 1RNHA 1RT2A 4E1MA 1NK5A 1TK0A 3HO1A 2JLEA 2VWJA 1J54A 4CJ5A 4FZXC 4KTQA 3KK1A 1WSFA 1C0TA 3TR8A 1A5VA 3T3FA 4DG1A 1S1TA 1S1WA 2RF2A 4CHQA 1YTUA 1IKVA 2EX3A 2HW3A 1CLQA 1EETA 3OYNA 2YHBA 1JLBA 1ZBFA 3K5MA 2LSNA 4EP4A 3D0PA 1BHLA 3M8PA 4FK2A 2O4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4I6MA 4WE1A 1UWBA 2OPRA 4CZHA 3IG1A 2NRXA 4M3WA 2ZJQL 3KLFA 1FZ7E 4BE1A 4RNGA 1NKEA 3UKRA 1Z26A 1Q9YA 4KH5A 3KJVA 2OTJN 2R7YA 3O8MA 3M3ZA 5AZJB 3OYIA 3CCJN 3CYMA 1S9GA 3LALA 4ELTA 1RDWX 2E6LA 4K42A 2YX6A 1L3SA 3LP3A 4B1YB 5GAEP 3CC4N 2D0PA 3RWUA 3VQPA 4B1WB 2XY5A 4WCEL 4CJTA 4HHTA 4W5NA 3TAMA 2Q97A 4ISEA 1N33K 4KB0A 1W0HA 4CJ4A 2VWBA 1GLLO 3KLIA 2PFVA 4CZGA 2CGJA 4ID5A 3ATVA 1VSLA 1FZ8E 2NUBA 4CJLA 1S9EA 5F0XA 3OBYA 3TABA 3VTIA 1BUPA 2B7MA 4KO0A 3V9XA 2IS3A 4CZEA 3QNNA 4AHSA 3U6FA 3C94A 2KW4A 3AO2A 3J7AP 3LD8A 3QEWA 4BRMA 1XMFE 4CGDA 1Q82O 4KREA 3D7EO 3V1RA 1WSIA 3WEEB 4FOIA 4CHOA 3DAWA 3E9LA 4H0VB 4CJEA 4O5FA 5EVZA 4CHZA 1QQOA 1N36K 3VTHA 1LAVA 4BRKA 3PSIA 1ITGA 2UUAK 4ELVA 1MWKA 3QIPA 1VSMA 1SL0A 3AA4A 4E3SA 1N6QA 1X9JA 1B9DA 4NXNK 1QQCA 4X5MA 4EP9A 5TKWA 4J2AA 1SKRA 3PO5A 3EE9A 4GNIA 2OVPB 4FPBA 3L3UA 1KFDA 2BUPA 3PX4A 3WNHA 3KK3A 3I8BA 3VQ9A 5T7BA 1QSYA 3SCXA 4LC9B 4NO7A 4Y1CA 3TAGA 1BI4A 3DOKA 3J8AA 3I56N 4CBUA 3CF5L 2RKHA 3P4IA 2HD0A 3RSEB 2JHPA 4DV6K 4LFAK 4AI6A 2H3GX 3B6OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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