4J2BA

Rb69 dna polymerase l415g ternary complex
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSGYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Alteration in the cavity size adjacent to the active site of RB69 DNA polymerase changes its conformational dynamics.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2bA03
3WNHA 4ZTJA 4KTQA 3NFAA 2YKMA 1Y97A 4RW7A 3LANA 3KKRA 3U3GA 3SV4A 4FJMA 2BDPA 4KHYA 4CJUA 2RKIA 3L2RA 1R0AA 1HNVA 1RNHA 2HNYA 4CEEA 1IG9A 2G8VA 1U4BA 5DK5A 3MXIA 4CEAA 2HVHA 3TANA 1RILA 3AVBA 4BDZA 4DTUA 4J2DA 4CJEA 4FYDA 4CGFA 1DTTA 2KQ2A 4FVMA 1U47A 4ZTFA 3OS0A 4CGHA 1JL1A 3QEVA 1TL3A 3AVFA 3LP2A 3HM9A 2E6LA 4RG8A 4M45A 4O44A 3UIQA 1TVRA 4IBNA 3PO4A 4FJ9A 3T3FA 4E7LA 2HW3A 2KFZA 3LALA 2KFNA 2P51A 4W5NA 4WE1A 1KSPA 3K2PA 4QOZB 4HTUA 1N5YA 1TV6A 1NK5A 3QO9A 2X6NA 2G8WA 2OZSA 1X9MA 1RDBA 1C0TA 2JLEA 1MU2A 1U04A 4AHUA 2YV0X 4E3SA 4FLUA 3MEGA 4W5TA 4DFJA 2KTQA 1S1TA 4DG1A 3QNNA 4C8MA 3PX0A 3K5LA 1TKZA 2Y1IA 4GMJB 4F3OA 4M3YA 1WSIA 1CXQA 4LSNA 5T7BA 1NKEA 4KO0A 3RR8A 4DTRA 4CJSA 4KHNA 4ICLA 1HYVA 2YNGA 1TKXA 3VQ8A 4CHZA 4I2PA 1Q8IA 4DTNA 1A5XA 3ZT3A 2YHBA 4DU4A 1J53A 2BE2A 1L5UA 4OGEA 3KD1E 2YNIA 3O3GA 3DRSA 3NF9A 3O4NA 4IFVA 4LH4A 4N56A 4DQQA 2KZMA 2EHGA 2ZD1A 3HPGA 1XHZA 3CFRA 4B9NA 3CQ8A 2XO7A 4FJ5A 1WLJA 3V4IA 2E6MA 4R5PA 2PY5A 3AVCA 1NOZA 3ASMA 3C6UA 4I7FA 5KRTA 3LWMA 4PQUA 3ZT0A 4DU3A 1JXEA 3D0PA 3H08A 4G1QA 3TWHA 3S3NA 1KVBA 4DFPA 5FRMA 4DLEA 4FM2A 1NK6A 4DTPA 1FK9A 1VSIA 1KCFA 3QINA 4CERA 3CG7A 4BACA 4E0DA 4M3UA 4DTMA 1XWLA 3T1AA 4FJGA 5EU7A 3SUOA 2EX3A 2NUBA 2VWKA 2W42A 5HBMA 1S6QA 2B5JA 5FDLA 1WSJA 1GOBA 1YTAA 3OY9A 3KKSA 1IKYA 4GVMA 3HYFA 2I5JA 3I0SA 3L3VA 4OVLA 3QLHA 4FJLA 3ALYA 4J2AA 3DI6A 1L3UA 1YT3A 2GUIA 1QS4A 1EETA 2QXFA 1A5VA 4DTOA 5HROA 3BGRA 5C25A 1EKEA 2Z1GA 2IS3A 3B6PA 3NF8A 4DF8A 3SUQA 4AILC 3DLKA 3DLEA 1X1PA 3KD5E 3WNFA 3OS1A 1SKWA 5CY4A 3I0RA 4FM1A 4FCYA 2OA8A 3L2UA 1G15A 2G8UA 3OYEA 2P5GA 2VG5A 4FJHA 1UA1A 4DSIA 3M8SA 1BL3A 3LP0A 4BE2A 4FLXA 4CJ4A 3NDKA 2JGUA 3DMJA 4PY5A 3HPHA 4OKJA 4CJ3A 5CYMA 3MAQA 2Z1HA 4FZZA 3ZSOA 4NCAA 1WSEA 3ZSYA 1KFSA 1T05A 2ZQBA 4CEOA 1S9EA 1ZBFA 4J2EA 2A1SA 3SQ2A 2F8SA 1DTQA 3F73A 4BE0A 5D3GA 1SUQA 3TR8A 1JLBA 2DTUA 3VQ9A 2G8IA 3AVAA 4FJNA 3DRPA 4KTWA 4CHYA 5KRSA 5J1EA 3OJUA 4N47A 5J2QA 3KTQA 4KV8A 1RBVA 4B9UA 5KI6A 5HRRA 3B6OA 4E1NA 1SKSA 3KK1A 1NK7A 3KLFA 2XY8A 2FBYA 3L2VA 3TAFA 4DU1A 4JLHA 1S9GA 4OKEA 4W5RA 4DSFA 3RMBA 4FJ7A 5J2PA 1S1XA 3TI0A 1KRPA 4OPKA 4I2QA 1QE1A 3DYAA 5J2MA 3NH0A 4N5SA 4F2RA 1HRHA 3AO5A 4KB1A 4FK4A 4Z4CA 4IG3A 1BHLA 2HMIA 4ID1A 1XI1A 3PO5A 4K8XA 3SQ4A 3ZSZA 4AHRA 1EX4A 3IRXA 1BI4B 2ZE2A 3LAMA 3MXJA 3DOKA 2R7YA 4LH5A 4DSEA 4EP4A 4CEQA 1TAQA 4DTSA 4E7KA 3RMAA 1KVAA 1BI4A 3G0ZA 3MEDA 4C8KA 2HHWA 1I3AA 3TABA 2DFEA 3HL8A 3DLBA 1RT1A 3EZ5A 4M3ZA 3AVMA 3VQDA 3A2FA 2HVIA 4KHUA 4CIEA 3P83D 1WSHA 3ZSRA 3WNGA 1S6PA 3FFIA 4O0IA 1L3SA 1ASVA 3KLIA 3NBPA 4KHSA 2Z1JA 2X74A 3NGZA 1B92A 1TK8A 4KAZA 1CLQA 2LSNA 1NJWA 4M3TA 2YNHA 5HRNA 4DWIA 5HLFA 4BWMA 2DY4A 1EP4A 1UWBA 4CHPA 4DS4A 1BCOA 1SV5A 4DQRA 3ZCMA 5I42A 1C0UA 4B8AB 4CE9A 3AO1A 3V1OA 4KRFA 3OYMA 1ITGA 1JLQA 3HJFA 4FLTA 2P1JA 1S1VA 4O4GA 1VSLA 1NK4A 1HNIA 3HK2A 3SPYA 1RT3A 3G10A 3ITHA 3VQPA 3OYGA 1C1CA 4CJLA 1LWCA 3L2WA 3HXMA 4CIFA 1X9WA 4Z4EA 1LWFA 3QIOA 4NCGA 1VSKA 5E41A 1I39A 4CECA 4Z4HA 3AV9A 3V81A 3S3OA 2WOMA 2XRIA 3HP9A 1VSFA 4KHQA 4CJQA 3V9ZA 1N6QA 4CJRA 4FW2A 1CZBA 4H4MA 2HHXA 3RWUA 1C1BA 3OYDA 1UAXA 3U6FA 1RTIA 3K57A 1S1UA 1D9FA 1QHTA 1HYZA 3CM5A 1EXQA 3NE6A 4I9QA 1QSYA 2HHVA 1BGXT 2G8HA 1DLOA 1B9FA 3AA5X 4CHQA 4BDYA 4L8RB 1GOAA 3K58A 1JXBA 3C6TA 2HHUA 4OGCA 1WN7A 2P5OA 4M3XA 4DQPA 1K6YA 4FJ8A 1WSGA 4CJWA 3O3HA 1VRTA 1KVCA 3SYZA 1Q9XA 3I8DA 4E7IA 1VK0A 3HT3A 1J9AA 1WNSA 3VQ5A 3OJSA 4CK2A 4IFYA 3K5NA 1JL2A 3V6DA 4TSXA 2D0CA 3AA2A 4RW6A 4E19A 3L8BA 3IG1A 1FXXA 4OLAA 3CM6A 3ZT2A 1JLCA 3C94A 4Q0BA 4OJRA 3LZJA 1ASWA 4M3WA 3VQ6A 3SQ0A 4CJVA 2GBZA 5SWMA 4CGJA 3M8PA 3MEEA 3DM2A 2G8KA 4CFCA 4GW6A 2Q3SA 4DF4A 2FBXA 4EP5A 4E1MA 2QKBA 2IGIA 1VSJA 4MQ3A 4M42A 1RCHA 2BANA 3OYNA 1ZYQA 5CYQA 3HO1A 4KHWA 4CJKA 2OYQA 3L3UA 4FK2A 1JLEA 2RF2A 1WAFA 2OZMA 1VSEA 3AVJA 4F2SA 4CGDA 1RTJA 2FC0A 4B8CA 4K8ZA 3KLGA 4KFBA 3RRHA 4CF1A 1NJYA 4ELUA 1TAUA 1JLAA 3OYKA 3S3MA 3BDPA 3VQEA 4KB0A 2IDOA 3V9UA 3AO4A 1RDDA 3QIPA 3ZSWA 4CJFA 4Z4IA 4IKFA 3S9HA 2GV9A 3V1RA 3JSMA 4M3RA 3LAKA 1JLGA 1RDCA 1NK9A 3LPUA 1VSMA 3EYZA 4KREA 4KPYA 4AHSA 4CK3A 5KTQA 4FLZA 1L3TA 5CZ2A 2XY6A 1SL0A 1B9DA 3VQAA 3O3FA 3KLEA 1NK8A 2YHAA 3CFOA 4NYNA 2KW4A 4HUGA 1C0MA 1ASUA 1W0HA 2IOCA 2YKNA 1NKCA 4FK0A 3MXMA 3RMCA 4JS5A 4BDPA 2VG7A 4DLGA 2ATQA 3T19A 3WNEA 1SL2A 3PY8A 4E89A 1T8EA 1RT4A 3P5JA 2KZZA 4CJ5A 2HB5A 3KLHA 1O1WA 4C8NA 3VQQA 3OYBA 1XC9A 2YNFA 3NAEA 4B3OA 3CFPA 1LAVA 1S1WA 1F21A 2HNZA 1RTDA 4JS4A 3OS2A 3KIOA 3VA3A 4DFMA 3RR7A 4PUOA 4CGIA 4N41A 3TAEA 4FZYA 4CEBA 4QCLA 1BQMA 4IDKA 4DSKA 1U49A 4HUFA 4LD0A 5J2NA 4F8RA 2F96A 4W5QA 3JYTA 1HJRA 3TAMA 1RT7A 4B9LA 1RBUA 3QETA 3QESA 4CJTA 1CZ9A 1XHXA 2OPRA 3VQ4A 1U48A 2O4IA 2FBVA 4CFBA 4CEFA 5HRPA 5JS1A 1KTQA 1RBRA 4BWJA 3RTVA 3DRRA 4IG0A 1NK0A 3DLHA 4LY7A 3VQ7A 3V1QA 4MFBA 4JRPA 1LWEA 1Z25A 4HCBA 3AVIA 4CFAA 5C24A 1BISA 5K14A 3TAPA 3QEXA 2VWJA 1RDAA 3SCXA 2DFHA 3ZT1A 3AA4A 1RT6A 4PA1A 5JS2A 3DLRA 4CK1A 4FLYA 1L3VA 1Q9YA 3VQBA 4B9MA 2XHBA 4FZXC 2OPPA 4JRQA 4O55A 1TL1A 4DS5A 1ZBUA 1IH7A 3ZSXA 3HP6A 3AVGA 4RW8A 4N76A 4DTJA 1W9HA 1J5OA 4ELVA 2HHTA 4H8KA 4CEZA 4J2BA 1VSDA 3AA3A 1WSFA 3M8QA 2X78A 4I9LA 3KK3A 4CHOA 4E7HA 2XY7A 2HHSA 3CYMA 4AH9A 2PYJA 3ISNC 3P1GA 1IO2A 2ETJA 3SPZA 3OYAA 4E7JA 4HVJA 4C8OA 2B6AA 1X9SA 3NH2A 3SV3A 3NGYA 1YVUA 3AVLA 4KTZA 4CIGA 3KJVA 3LWLA 1QSLA 1RT5A 4FJJA 3QERA 1HQUA 1U45A 3QNOA 4F4KA 2AJQA 3QEPA 3MECA 4Z4GA 4DTXA 5FROA 4B9VA 1S5JA 1HYSA 4CFDA 1D5AA 3OYJA 3HPOA 1C6VA 1RBTA 4KI6A 4FLVA 3SUNA 1BIZA 4EZ9A 1D9DA 1J54A 3AVNA 3HVTA 4Z0UA 3VN5A 1RT2A 3HVRA 4DFKA 2QK9A 4B9TA 1FKOA 1IKVA 2OPQA 2XY5A 3C95A 3NGIA 1TGOA 5DMRA 1UA0A 4W5OA 1QQCA 1BCMA 4ZHRA 2G8FA 2F8TA 3VA0A 4Z4FA 1SL1A 4OKKA 3HSTB 2WONA 3PV8A 2D5RA 1HMVA 3PUFA 1GOCA 4FJKA 4FJXA 3PX6A 4H4OA 1VRUA 1IKWA 2O4GA 2DFFA 4ID5A 3LP3A 4BE1A 2HNDA 3KK2A 4AHTA 3ZSVA 5HP1A 3SNNA 4CEDA 4KI4A 2VG6A 5SZTA 2OPSA 2E4LA 3IS9A 2D0BA 4C8LA 4OLBA 3OVNA 4Y1CA 4DQIA 1NOYA 3E01A 4CESA 1BIUA 4CF0A 2FBTA 1NJZA 2RN2A 4CF2A 1ZBIA 1TKTA 3EY1A 4FXDA 1TK0A 2QKKA 1LV5A 3LDSA 2HHQA 4YNQA 4F3TA 4YFUA 3NH1A 3M8RA 4FM0A 3AO3A 2X6SA 2B4JA 3OYFA 4DSLA 3THVA 1CXUA 1RTHA 1TK5A 4OPJA 3OYHA 5FRNA 3LPTA 3RRGA 3QEWA 3AVHA 1FKPA 3V9XA 4RW9A 5KGXA 1T03A 4HUEA 1KLMA 3SUPA 3AVKA 3AO2A 1IKXA 4O0JA 4O5BA 4CHNA 1KLNA 3SJJA 1ZBHA 4DQSA 4HCCA 3RMDA 3VQCA 1ZBLA 1NKBA 5C42A 2Y1JA 4B08A 5I3UA 4PWDA 4CF8A 1A5WA 1VSHA 4CF9A 4RW4A 3SI6A 1LW0A 4XIUA 4EZ6A 3LZIA 3F9KA 3TARA 3NHGA 1QTMA 1LW2A 4DMNA 4M41A 2PZSA 1REVA 1C1AA 4NCBA 4FLWA 4LSLA 3ZT4A 1QSSA 3U3YA 1T7PA 3SQ1A 1JLFA 4CGGA 5CZ1A 1HQEA 2D0AA 3V9WA 1Z26A 4CCHA 4FW1A 3OYIA 3OYLA 1BQNA 4AHCA 2RPIA 3DOLA 3ULDA 1KFDA 1NJXA 2Z1IA 3DLGA 5KGWA 2A1RA 3IAYA 1JKHA 3D45A 3O4QA 1SKRA 1WAJA 1UOCA 3ZSQA 1HPZA 1LAWA 4DSJA 2PYLA 3NF7A 2IC3A 3LP1A 3K5MA 3OYCA 4NYFA 3K5OA 4Y1DA 1YTUA 3TAGA 5HRSA 4Q5VA 4KKOA 2IAJA 3NCIA 4CJPA 3QEIA 4B9SA 3V9SA 2BGGA 3TAQA 2ITGA 1TKDA 4UQGA 3L2QA 4QAGA 4HHTA 3K59A 4AHVA 4FJIA 3NF6A 3PX4A 1RBSA 3SZ2A 1D8YA 4ELTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1TUUA 3C6HA 3MAQA 4M7YA 2WC9A 4YY3K 3DJCA 3J7YP 1NGAA 4CEOA 3DXMA 4J2EA 2O8FB 1BA1A 1IJJA 1KAYA 3C6PB 1JLBA 3JXUA 4DQ8A 4FJNA 3KTQA 1KAXA 4JK7A 4JI7K 4MO5A 3H46O 1N1CA 3TI0A 2MW2A 4FJ7A 3KZBA 4DR2K 2P1PB 1HRHA 1JCGA 3UO2A 3CJ1A 4JEPA 3MXJA 3FFKB 4J8FA 4E7KA 1KVAA 2ITMA 3D2EB 4RL5A 4C8KA 4BRPA 3HL8A 1RT1A 4JK9A 3SJHA 3FZFA 3AVMA 2A40A 4KHUA 1N36K 2FSNA 4BRMA 4E4BA 3J7ZO 1ASVA 4KBOA 3JAMO 2X74A 4IOAL 3CERA 2MMBA 2QXLA 2JH9A 4RWTA 4ISEA 5HRNA 4BWMA 2DY4A 1EP4A 3VOVA 4DS4A 1BCOA 4EYWA 4BQZA 3FZKA 1C0UA 4B8AB 1HKBA 3AO1A 3V1OA 4JNEA 1ITGA 5F0XA 1JLQA 5JMVA 4O4GA 1MHZG 3VQPA 4Z4EA 1C1CA 1LWCA 4CZKA 3HXMA 1YXQA 4DR7K 4NCGA 3HI0A 2QWPA 3OA9A 1WUAA 3V81A 4CJQA 3HP9A 4DV6K 3V9ZA 4JYAK 4FW2A 2PFTA 1CZBA 4H4MA 3RWUA 1C1BA 3HBTA 1HKGA 1UAXA 4A59A 3K57A 2CH5A 3CM5A 3QBXA 5C12A 4KH6A 2E1YA 3ZETB 2FLOA 1BGXT 2G8HA 2VQEK 5BR8K 3K58A 4FOEA 3C6TA 3EKUA 2NRRA 4CJWA 3DWLA 2GEMA 3E66A 1KVCA 3SYZA 5BR9A 4H0PA 4CW7B 5AR0A 2V52B 1MWMA 4ILJA 3V6DA 4I6MA 3CI5A 2YJFA 4LC9B 3UE5A 1JLCA 2QWQA 1QHAA 5GINA 1IG8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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