4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
100200300400500600700800900800600400200
050100150200250300Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
3L2UA 3K5NA 1QHTA 3H08A 1SKRA 3OYHA 1HPZA 1NK9A 4O5BA 1B92A 4C8MA 4Z4HA 1IKVA 3LP2A 4CF2A 1D9DA 4B9SA 1RNHA 3NAEA 4CGHA 1BIUA 3D45A 4DSFA 1NJZA 2BDPA 2KTQA 3MEEA 4FZZA 4ZTFA 2BGGA 5KI6A 3P5JA 4FK2A 1IKYA 4CGJA 4LSNA 4HUEA 1EP4A 3NH1A 4DF4A 5T7BA 3PX4A 4NCBA 3U3YA 2OPRA 5JS2A 3NHGA 4HUFA 3SJJA 1XWLA 1QSSA 2IOCA 1A5XA 2XY7A 1LAWA 3U3GA 1KSPA 2HVHA 4CIFA 3LWMA 4FXDA 3AVCA 1S9GA 4KFBA 4AHTA 1YTAA 3SUQA 3EZ5A 3K59A 1C0UA 4FJHA 2B6AA 1TK8A 3DLKA 1WSGA 1SUQA 2KZZA 1YVUA 1XHXA 4Z4EA 3OYDA 2HB5A 3OYFA 4BE1A 4IKFA 3PV8A 2VWKA 4DTRA 5J2MA 2YNHA 4NCAA 3AA5X 1D5AA 2VG7A 4KO0A 3VQ6A 3WNHA 3SUOA 4B8AB 3V1OA 4CJKA 4FCYA 4ELVA 2G8IA 1WN7A 4MQ3A 4CEDA 4OLAA 2HHWA 4FK4A 3MECA 2Z1JA 3SUPA 2B4JA 3AVBA 3QO9A 3OYMA 5HROA 4DU3A 3WNEA 4NCGA 5J1EA 1QSYA 2PYJA 1BCOA 3TR8A 3I0SA 4CHPA 1X1PA 3OYEA 2VWJA 1TKXA 3ZT2A 1RT3A 4OLBA 4GVMA 4CEZA 3DMJA 1ASUA 4FJ8A 4JS4A 1VSDA 1RBTA 3IS9A 3NCIA 2JGUA 4ZTJA 1NJXA 3KK3A 4DSJA 2D0AA 3HO1A 2GUIA 4E1MA 3I8DA 4RW8A 4Q0BA 2KFNA 3DOLA 3TARA 1WSHA 4FJLA 4DS5A 1F21A 3T19A 4DU1A 3SI6A 4CJFA 2X74A 5CY4A 4DTNA 1S1WA 1UA1A 4CERA 2GV9A 4DQIA 3WNGA 3HT3A 1JLAA 2LSNA 3K58A 1ZBLA 1Z26A 3OS1A 2E6LA 4QAGA 3DOKA 1Q9YA 3QEVA 4OPKA 5SWMA 4YNQA 1TKZA 3ALYA 3OYLA 4WE1A 3P83D 1C6VA 3CM5A 4CIGA 3O3FA 3QESA 3QEIA 3AVIA 5KGWA 4M3WA 4KV8A 3T1AA 1L3UA 1S6PA 3HM9A 2D5RA 2X6SA 2YNGA 3TAMA 3V9UA 4HCBA 4Z4IA 1GOAA 4ICLA 4DTOA 4CESA 1LW2A 4B9NA 1HQUA 1RTHA 4CK3A 3V9XA 4FVMA 3NH2A 4HHTA 5J2PA 3TANA 5HRRA 3RMDA 1BL3A 3AVLA 1S1VA 3V6DA 4CK1A 4C8LA 5HP1A 4J2AA 4FM1A 3I0RA 1JLFA 3AO5A 4O0JA 3F73A 4H8KA 1NKCA 2G8KA 2HHQA 3AV9A 4K8ZA 4FZXC 3LWLA 1L5UA 1XC9A 1JXBA 2F96A 2G8WA 2IAJA 3RRGA 3TWHA 1JLBA 4BWJA 1LWEA 3E01A 1U45A 4KB1A 3V9WA 3WNFA 2DY4A 1KFDA 3K2PA 4E7LA 4FLVA 1EETA 5CZ2A 3C6UA 4RW9A 1BI4B 3DLRA 4CFCA 4CJWA 4DS4A 3DLHA 4M42A 4IFYA 1BISA 3RRHA 1DLOA 4KHUA 1TL3A 5EU7A 2ATQA 3PUFA 1T05A 1HYVA 3QEWA 1S1XA 3ULDA 1NKBA 2HNZA 5CYQA 1KLMA 3CM6A 3HPGA 4AHRA 3VQAA 1TK5A 3S3OA 1TV6A 4K8XA 3AO2A 3OYCA 3LZJA 4J2DA 3OYAA 1NJWA 4KHNA 4NYNA 4CJTA 1XHZA 1NOYA 2D0BA 1VRUA 2HHVA 4IBNA 1CLQA 1BGXT 1SL1A 3KTQA 3TAFA 4FLWA 4O44A 3OYKA 4OJRA 1JLQA 4KHWA 4FW2A 4KKOA 3SV3A 1S1UA 1NK8A 5DK5A 1NK0A 4DWIA 4KAZA 3DRSA 3U6FA 4FK0A 3LANA 3V1QA 1DTTA 2X6NA 1IKWA 3SQ4A 1JL2A 5KGXA 4M45A 3ISNC 3LPTA 4XIUA 4PQUA 3MXIA 4H4OA 2ETJA 1FXXA 1UAXA 4DQSA 1LWCA 4W5QA 1VSHA 3HK2A 2YKMA 1W0HA 4DSIA 4CJQA 4CJVA 3HP9A 3TI0A 1TL1A 4CEBA 1ASWA 1EKEA 2FBTA 4E7IA 1RILA 5HRPA 4NYFA 3OJUA 5KTQA 4PY5A 4FLXA 3VQ9A 4E7HA 1LAVA 2P5GA 3LAMA 4LH4A 5HBMA 3VQ8A 4M3YA 1VSIA 3MXJA 4CJ4A 4N76A 3QEPA 3MAQA 1X9MA 4F2SA 5I3UA 4KB0A 1RT7A 3VQDA 2VG5A 4ELUA 4M41A 4OKKA 3S3MA 3TAGA 1VSMA 5CZ1A 4FJIA 3ZSVA 4O0IA 1C1BA 4DFKA 3O4NA 2FC0A 4I7FA 3KK1A 3L2RA 1HYSA 4FJNA 3S9HA 1NOZA 1RDBA 3OYBA 1NK6A 3KLGA 1WSIA 1C0MA 2P5OA 1SKWA 1JLGA 3KJVA 1ITGA 4AHCA 3HPHA 4LY7A 3M8SA 4ID5A 4CIEA 1JL1A 3RTVA 1UA0A 1D9FA 3NBPA 2G8FA 3CG7A 5FRMA 2KZMA 4W5TA 3QERA 4FLTA 2GBZA 3LP0A 5K14A 2YHAA 3LP3A 3THVA 2I5JA 4KPYA 4E89A 1U47A 2DFEA 1ASVA 3C94A 4DTSA 1HNIA 1SV5A 1D8YA 1ZBFA 3VA0A 4KI6A 2Q3SA 4ID1A 3QIOA 2QK9A 4DTJA 3HVRA 4J2BA 2QXFA 4RW6A 4Z4FA 3VQQA 4RW7A 4CHQA 1VSFA 1K6YA 4E3SA 1KFSA 2XY8A 3BGRA 1EXQA 1CXUA 1Q8IA 3PX0A 3NE6A 3K5LA 3AO3A 3QETA 4CHOA 4CEFA 1S6QA 4M3XA 4Y1DA 3AVFA 4HVJA 4I9LA 4AH9A 1ZBHA 3K5MA 3NFAA 2OZMA 1S9EA 4G1QA 4DQQA 4CGDA 3SQ1A 3ZSYA 3UIQA 4DFJA 2RN2A 3QNOA 4CHZA 3KKRA 2XO7A 4DQRA 2XY5A 1N5YA 4F3OA 3JSMA 3VQEA 3KKSA 1REVA 3HVTA 1TGOA 1IKXA 3OY9A 4BDPA 2IDOA 1KVCA 3DLEA 2XHBA 2KW4A 1SL2A 1XI1A 4JRQA 3G0ZA 1TAQA 1N6QA 4DSLA 4W5NA 1TK0A 4DMNA 2VG6A 4Y1CA 2O4IA 3CFRA 2WOMA 4DU4A 3OYGA 1VK0A 2ITGA 4OVLA 2ZD1A 4E1NA 3VQCA 3TAEA 1VSEA 4I9QA 1I39A 4CHYA 2E4LA 3TAPA 5DMRA 3VQBA 1YT3A 4B3OA 4FJXA 3OYJA 4E7JA 4CF0A 4B8CA 3VQ4A 1W9HA 3L3VA 4FJ5A 4CEQA 4DTUA 2RKIA 5SZTA 4KTWA 4FJGA 1VSKA 2A1RA 1U49A 4L8RB 1CZ9A 2R7YA 3V4IA 4JS5A 2JLEA 3LDSA 3HSTB 4Z0UA 4J2EA 2QKBA 1QQCA 2HNYA 3KD1E 4AHSA 4CJUA 4DFPA 4B9UA 4HCCA 1WSJA 4OKEA 1S5JA 1J53A 3K57A 5FROA 1TAUA 3IRXA 4EP5A 4F2RA 2QKKA 2P1JA 4JRPA 4FLYA 3AVAA 1I3AA 1GOBA 3LPUA 3ZT0A 1G15A 4EP4A 3NH0A 3HPOA 1T7PA 1QTMA 5JS1A 1FK9A 3VN5A 4BWMA 3SV4A 3NGZA 2IS3A 2OYQA 1QS4A 4MFBA 4CECA 5J2QA 4FJJA 3M8RA 1RT1A 2NUBA 4AHVA 3ZSXA 3ZSZA 1UOCA 4FJMA 4AILC 4IDKA 2YV0X 1RBVA 3OS0A 1R0AA 4FLZA 5C42A 3DI6A 4IG3A 4RW4A 4H4MA 4HTUA 1GOCA 4O4GA 3PO5A 2OA8A 2HHTA 4B9VA 4N56A 3C6TA 4CEAA 5C25A 2HW3A 3SPZA 3KLFA 4CFAA 4CJEA 2KFZA 3ZCMA 2BE2A 4CEOA 4BE0A 1C1AA 2ZE2A 4ELTA 2X78A 3TAQA 1RTIA 2E6MA 1RDDA 4DFMA 1KTQA 3HXMA 3EY1A 4B08A 4N5SA 1HNVA 3DRPA 3ZSOA 4KHQA 4O55A 4CHNA 4N41A 1KRPA 4E7KA 1J5OA 4DQPA 3IAYA 1TVRA 3O3HA 4FJ7A 2YNFA 3HP6A 1NJYA 3ITHA 3P1GA 4C8KA 3G10A 2DFHA 2PY5A 3LP1A 1T8EA 3CFPA 1HJRA 4BDZA 4CJ5A 1QSLA 3KLIA 2HHXA 3AVHA 1RDCA 1YTUA 1J9AA 3KK2A 3AVGA 5KRSA 3AVMA 2A1SA 4DTMA 2DFFA 2EHGA 3FFIA 3ZSWA 1WSEA 4FZYA 1RTJA 4Q5VA 4CGGA 4IFVA 4CJPA 1RT5A 1LW0A 1ZBIA 4KREA 1KVAA 1CXQA 3TABA 1DTQA 1EX4A 1C0TA 1S1TA 2IC3A 3LAKA 3QEXA 2KQ2A 4CK2A 1B9DA 4M3ZA 1ZBUA 3AA4A 3NGIA 1BHLA 3HL8A 3PO4A 3QNNA 3SYZA 2YHBA 3VQ7A 4W5RA 3KLEA 1RBSA 3AO1A 4C8NA 4F4KA 3QINA 3NF8A 3L2QA 3AVNA 1MU2A 4KTQA 3LZIA 4DTPA 5E41A 4DF8A 4FLUA 2XRIA 3HYFA 5HRSA 3V9SA 3SUNA 4CFBA 1J54A 3MEGA 4CJ3A 4OPJA 5CYMA 1KLNA 3QLHA 1FKPA 1UWBA 4FJ9A 4W5OA 1SL0A 4M3RA 1RBUA 3PX6A 2FBYA 4M3UA 1RCHA 3ASMA 3BDPA 1BI4A 4C8OA 2HHSA 4CJSA 2Z1GA 1SKSA 3CQ8A 3RMAA 1HYZA 1B9FA 3ZSQA 1LV5A 4KHSA 2D0CA 3DRRA 3D0PA 5KRTA 3KD5E 1NK5A 2G8VA 4B9LA 3OS2A 2BANA 3SCXA 3AA3A 3VQPA 4FYDA 3V1RA 4FJKA 4PUOA 1WAFA 1IO2A 3MEDA 1TKDA 4RG8A 3L8BA 2IGIA 1O1WA 1L3SA 3DYAA 2P51A 3CYMA 4R5PA 1A5VA 3RWUA 4AHUA 3O4QA 4KTZA 4CEEA 1Y97A 3L3UA 1VSJA 3T3FA 4FM0A 2XY6A 3O3GA 1FKOA 2OZSA 4QCLA 3CFOA 4FM2A 2O4GA 1LWFA 3NGYA 4GW6A 4LH5A 1KCFA 1Z25A 4GMJB 2FBVA 4JLHA 3NF6A 4HUGA 1RBRA 4UQGA 3S3NA 1NK7A 4F3TA 4QOZB 2Y1IA 2PYLA 4KRFA 1BQNA 4CGFA 3M8PA 3DLBA 1IG9A 3SZ2A 3NDKA 1JKHA 2B5JA 1C1CA 4N47A 1BCMA 2WONA 4F8RA 1RT2A 2HVIA 2Z1HA 3F9KA 4BACA 2G8UA 3V9ZA 1JXEA 3KLHA 4CE9A 2EX3A 1L3TA 4KI4A 3QIPA 4EZ6A 3JYTA 4CCHA 3DLGA 4I2QA 2OPSA 3K5OA 4CJLA 2OPPA 3RMCA 3LALA 3IG1A 1NKEA 1BIZA 1RT4A 2FBXA 4OGEA 3ZT4A 3L2WA 4DSKA 4E0DA 1NK4A 1T03A 1HQEA 3OVNA 1HRHA 3KIOA 3V81A 1CZBA 4FW1A 5J2NA 4CJRA 1L3VA 3B6PA 2RPIA 1IH7A 4LD0A 4DG1A 3SNNA 3ZSRA 1HMVA 4I2PA 1JLCA 4TSXA 3AA2A 3ZT1A 3OJSA 2RF2A 3SQ2A 4B9MA 1RTDA 5HLFA 5I42A 3OYIA 1Q9XA 3AO4A 4CF1A 1X9SA 4PWDA 4DSEA 2ZQBA 4KHYA 3A2FA 1KVBA 1VRTA 3VQ5A 3EYZA 1RDAA 4BDYA 5HRNA 2YKNA 2G8HA 1WLJA 3MXMA 1JLEA 2Z1IA 4PA1A 1RT6A 3M8QA 4DTXA 3DM2A 2W42A 4LSLA 3NF9A 3OYNA 3C95A 3NF7A 2HNDA 2AJQA 2Y1JA 2OPQA 4IG0A 2F8SA 1WNSA 1U48A 2F8TA 3ZT3A 1U4BA 2YNIA 4DLEA 1WAJA 4OKJA 1BQMA 4E19A 2PZSA 1A5WA 4Z4CA 2HHUA 4CF9A 3SPYA 3L2VA 4ZHRA 4YFUA 4DLGA 3SQ0A 3HJFA 4CGIA 3B6OA 3AVKA 5D3GA 4CFDA 3RR8A 1VSLA 2DTUA 4OGCA 4M3TA 1U04A 4EZ9A 4B9TA 1WSFA 3VA3A 3RR7A 2HMIA 1X9WA 5FDLA 3PY8A 5FRNA 4BE2A 3RMBA 4Z4GA 1QE1A 1TKTA 3AVJA 5C24A 4CF8A 1ZYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1Q81O 2HHVA 4KHNA 4EFHA 2QTDA 4IBNA 1Q86O 3KTQA 4FLWA 3OYKA 4OJRA 1JLQA 2Q31A 3H6EA 4KAZA 1V4SA 3VF4A 4FK0A 1T6DA 1IKWA 3SQ4A 4M45A 4DQSA 1UAXA 1P90A 1W0HA 4CJQA 4CBXA 3AAQA 1EKEA 4U67L 5KTQA 1OH7A 1LAVA 1V4TA 4BR0A 3VQ8A 3MXJA 4N76A 2JHPA 1NMNA 3QEPA 4YOUA 3FZHA 4B1XB 1EQYA 1Z05A 5BN8A 4A2BA 3S3MA 1W2BM 2OVQB 1VSMA 3VETA 1C1BA 4JYAK 4FJNA 3S9HA 5B8HA 1WSIA 1NGDA 1OH6A 3KJVA 4AHCA 3M8SA 5ADXA 1JL1A 4BQLA 2G8FA 1N1CA 4W5TA 4HTLA 4CD3A 3KVGA 3THVA 2I5JA 3K2OA 4NLCA 1SV5A 3CJ9A 1TYQB 3BF3A 5CHIA 1ZBFA 1FZ5E 5CR4A 1SS6A 4F9OA 2QXFA 4Z4FA 3QDKA 4RW7A 1KFSA 3PIPL 2XY8A 2ASPA 4ILHA 2BH1A 1Q8IA 4BGAA 3NE6A 3K5LA 5IT9O 4ADOA 3AO3A 3QETA 5E84A 3QBWA 4BVPA 1ZBHA 4K41A 4AH9A 4BGBA 2OZMA 3J8AA 3ZSYA 4QS7A 4BC4A 3JSMA 1REVA 1TGOA 1IKXA 3OY9A 1KVCA 2YJFA 3AGKA 2XHBA 1XI1A 2FXUA 2RE2A 4JRQA 1NGFA 1RDUA 2A42A 1TAQA 4W5NA 2O4IA 3CI5A 2O8DB 4B1UB 2B1EA 4OVLA 4DR2K 3VQCA 4I9QA 4DV2K 4JI1K 3VQBA 2D4WA 1OH5A 3IDHA 2NRZA 3TU5A 1X9JA 3O4WA 3KWIA 4KTWA 4FJGA 2OCEA 3O1WA 1CZ9A 3V4IA 4JS5A 4Z0UA 4DUYK 2HNYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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