4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
1J5OA 3SUNA 3MEDA 3AA5X 4CF1A 4HCBA 1Z26A 3L2UA 5HRRA 4JRPA 1TK8A 2AJQA 4DTSA 3E01A 1U49A 4FJNA 3VQQA 1C1CA 1TK5A 2A1RA 3HL8A 3KIOA 2HHTA 3ZT4A 4KAZA 3AO1A 3K57A 4C8NA 4HHTA 2DTUA 2IOCA 1RBVA 3HT3A 1B92A 3DI6A 4F2RA 4FM1A 3VA3A 3L3VA 1SV5A 4AHUA 4B9UA 1SKWA 3I8DA 2X6SA 3VQ6A 1S9EA 3PUFA 2P51A 4GMJB 1NK4A 4DS4A 3BGRA 3KLGA 1DTTA 1RNHA 1YTAA 1J9AA 3NH0A 3SNNA 4YNQA 1QSYA 1KFSA 3SUQA 4FJKA 2X78A 1WSJA 1B9DA 3NFAA 4I7FA 3L2WA 1ZYQA 1BQNA 1JLAA 1XC9A 4E3SA 4E0DA 2IAJA 2F8TA 4FLWA 4W5QA 3TANA 4CEOA 4CJKA 3QETA 4OGCA 4KB1A 1K6YA 3L2QA 4DTUA 4CEFA 3VQ5A 1HJRA 5CZ2A 1NJWA 1X9MA 4NYNA 4RW6A 5HRNA 4J2BA 4ICLA 1QS4A 1UAXA 4PQUA 4FXDA 1KFDA 5HLFA 1HMVA 4Z4IA 4OKJA 4Y1CA 4HTUA 3V9XA 1SL2A 3AVLA 3SQ4A 1TKXA 4KV8A 4YFUA 1EP4A 4W5NA 1Q9XA 3LPUA 1WLJA 3NF8A 4F4KA 3SUPA 3MXMA 3LZJA 1HNIA 4K8ZA 2YHAA 1U45A 3DLKA 2PY5A 1U04A 3S3MA 3D0PA 4CJSA 3VQ8A 3UIQA 4M41A 1ZBUA 3OYCA 5HP1A 3JSMA 4DSKA 3LWLA 3QEPA 1NKEA 4KHYA 1WAFA 1O1WA 1RT7A 3TAEA 3ZSOA 3S3OA 1DLOA 3NGZA 3VQCA 1MU2A 4E7LA 3PX6A 1RILA 3AVNA 1D9DA 1LW2A 3NF9A 4RW8A 4E1NA 3RTVA 1KRPA 3AVKA 1FKOA 4H4MA 1RT1A 4C8OA 1QSSA 1SUQA 1IO2A 2HHXA 3OYLA 1JLGA 1BL3A 3AVJA 2HVHA 4HVJA 1S5JA 3HSTB 1FKPA 3CG7A 4HUGA 4BE1A 2P1JA 2ZD1A 3DLRA 3EY1A 1Q9YA 4DF4A 3VQAA 5SZTA 4DFPA 2G8HA 3CFOA 1S6PA 1G15A 2YNIA 4OKEA 1T03A 2KFZA 3HPGA 1RTJA 4DG1A 4EP4A 4CESA 4E19A 1WAJA 1FXXA 1L3UA 3ZSRA 2HHWA 4M3WA 2FBTA 4DTJA 3C6UA 4FJHA 3RR7A 4CJRA 3ULDA 1KCFA 3AA2A 4CF0A 3TAQA 2PZSA 3RRGA 1KTQA 1R0AA 3AVFA 2OPRA 2HHSA 3NH2A 3JYTA 4CHNA 4IDKA 2YV0X 2XY5A 3DRSA 4C8LA 4KO0A 3G10A 2HHVA 1WNSA 3L3UA 1BCOA 4O5BA 4DTNA 3H08A 5KRSA 3AO4A 1TGOA 5KTQA 1UA0A 1WSHA 4DMNA 3WNGA 3SCXA 4IG0A 3NBPA 1RBTA 4CF2A 1C1BA 3P83D 3ZSWA 1XI1A 4FM0A 2G8WA 1S1VA 3HPOA 4F8RA 1RTDA 3QNOA 4OVLA 1GOBA 1QTMA 3SJJA 3CFRA 3V1RA 3ZT3A 3B6OA 4AH9A 4Z4CA 3P1GA 3SQ1A 3KK1A 1EXQA 4JRQA 1NK9A 1TKDA 3D45A 4G1QA 4AHTA 3TAPA 4I2QA 3VA0A 1VSKA 3AVGA 1VK0A 1C0UA 3HK2A 3MEEA 1WSFA 3FFIA 4W5RA 1XHZA 3OYHA 1JL2A 2PYLA 4LSLA 3SI6A 3ZT1A 2OPSA 3DLBA 4KREA 3ZCMA 1QSLA 3L2VA 5K14A 5CY4A 3KLFA 3EYZA 5I42A 4FLTA 1ASVA 4CK2A 2OZSA 2PYJA 1RDAA 4OKKA 1IG9A 4CE9A 4FJ8A 3LALA 3OS2A 2E6LA 1RBUA 4OJRA 2HNYA 3QIPA 3OVNA 3SZ2A 3DLHA 4KTQA 3OYKA 1YVUA 3OYGA 3BDPA 4CJVA 4DTRA 1ZBIA 1RDCA 3IRXA 1J54A 2NUBA 5C24A 3B6PA 1A5XA 2D0CA 3DOLA 3O4NA 3QLHA 3VN5A 3RWUA 4CERA 3DMJA 2DFFA 1T7PA 2HVIA 1CZBA 1RDBA 1RDDA 3ASMA 3AVAA 2A1SA 2G8VA 4N41A 2FBVA 3OYIA 3ITHA 1ZBHA 3L2RA 2G8KA 4B9VA 4DFJA 1C6VA 1GOCA 2RN2A 3TR8A 4J2EA 3ZSVA 4HUFA 3O3GA 2W42A 2QKKA 3KLEA 1T8EA 1J53A 5C25A 4CGIA 1S1WA 4FJ7A 4FYDA 1LWFA 4Q0BA 1VSDA 3AO3A 4CF9A 3QEIA 4CJQA 1RTHA 2OZMA 4CJTA 3LP3A 4E1MA 4E89A 5J2PA 1Q8IA 3SQ2A 4CHZA 4Q5VA 2XO7A 1X1PA 4CFDA 4B9TA 2KZMA 1A5VA 1GOAA 4OLAA 4BWJA 3V9ZA 4KB0A 3OYNA 4CGGA 3MXJA 1VSHA 2FBYA 2VG5A 4CJUA 2P5OA 3K59A 3CFPA 3QEWA 3CQ8A 3S9HA 2ITGA 4ID5A 4B8AB 4E7IA 1D8YA 3AVMA 4BDZA 1KVAA 4CHQA 3SQ0A 4KFBA 2EX3A 2DFEA 3U3YA 2HW3A 4CHOA 3DRPA 1VSIA 1LV5A 4ELUA 1BI4A 1X9SA 2G8IA 3K5MA 4FLUA 3P5JA 4FJGA 3M8RA 3TI0A 4ZTFA 3OYMA 4Z4FA 1ZBLA 4CK1A 1VSMA 3C94A 4KTZA 4CJLA 3O3HA 3AO2A 2ATQA 4H8KA 3NGYA 4BWMA 4CJPA 4DSEA 2OA8A 4CECA 4DF8A 5HRPA 4FZYA 2VWJA 1TVRA 1QHTA 5FDLA 3AVCA 1NKCA 1S1TA 3QERA 1BCMA 1VSJA 3MEGA 4M3UA 1SL0A 2KTQA 1NOZA 4F3TA 3NF6A 4ELTA 4EZ9A 2XY8A 1I39A 1CZ9A 3I0RA 3OY9A 3HM9A 2OPQA 3V1QA 1N5YA 1WSGA 2HHQA 4FJMA 1VRUA 2IDOA 3OYEA 4KPYA 3NGIA 4CGHA 4OLBA 5JS1A 3ISNC 4QAGA 1NJXA 4AHRA 5KRTA 3IAYA 4NYFA 3VQ7A 1L5UA 1SKRA 2HNDA 3CM6A 4KTWA 2Y1IA 2YNGA 1IKXA 2Q3SA 1SKSA 2YNFA 3DYAA 2ZQBA 1RT2A 4I9LA 2HHUA 5CZ1A 1KVCA 4CFAA 4CJEA 1LWCA 2B4JA 1W9HA 4EP5A 4B9SA 2X74A 4DU4A 3VQ9A 4LH5A 4CFCA 1TK0A 2BGGA 4M3RA 2BE2A 1RCHA 1HNVA 1S1UA 1ZBFA 2GBZA 2XRIA 3ZT0A 1NK6A 1FK9A 2HB5A 4CHYA 2G8UA 1HPZA 4HUEA 1S1XA 4DSJA 5KGXA 4DSIA 1JLFA 3ZSZA 1IKVA 3OJUA 4E7KA 3KKRA 4FK4A 1C0TA 4N47A 4ZTJA 3TWHA 4MQ3A 3V6DA 3WNEA 2HNZA 5J1EA 4DTPA 2G8FA 3O3FA 2LSNA 4AHSA 2E6MA 2YKNA 1JL1A 1TAUA 2R7YA 4FJJA 3QIOA 4CEZA 4PA1A 1CLQA 1A5WA 4OPJA 4KHWA 4O0IA 4N5SA 1JLCA 1TL3A 1TL1A 3DLGA 1EETA 3TAGA 4FM2A 1UWBA 2YNHA 3HVTA 4QCLA 4CJ5A 4DFMA 4F3OA 1CXUA 1HQUA 2QK9A 4PY5A 5I3UA 5D3GA 4FLZA 2KQ2A 1BHLA 3DM2A 3KK3A 4DFKA 1NK7A 3V1OA 3RMDA 1CXQA 3KTQA 4B9NA 2XY7A 5CYMA 3M8SA 5HROA 4CGJA 1U4BA 4H4OA 4Z4GA 4HCCA 3QEXA 2Z1GA 1W0HA 2RF2A 4BE2A 5J2QA 2O4IA 3SPYA 2WOMA 5FRMA 1S6QA 3NCIA 3QNNA 3DRRA 2BDPA 4EZ6A 3NHGA 4M3TA 2X6NA 3QINA 2Y1JA 4IFVA 4LD0A 3L8BA 2B6AA 2B5JA 3O4QA 4O4GA 1F21A 1VRTA 4I2PA 4CJ3A 3SYZA 4FZXC 5FRNA 5HBMA 4B8CA 4K8XA 1D9FA 4CJFA 3V4IA 1C1AA 3TAFA 1BI4B 4FVMA 2QXFA 4CJWA 1ASUA 1BISA 1KLNA 4FLYA 4R5PA 4E7HA 4O0JA 1B9FA 4Z4EA 1WSIA 1LW0A 4CGFA 4BE0A 4W5TA 3AO5A 3KLIA 1JLEA 4UQGA 3ZSYA 4I9QA 3SPZA 4O44A 1KVBA 3F73A 4CIFA 3IG1A 1BQMA 3CM5A 4DWIA 3AV9A 2HMIA 1JLQA 1VSEA 4KHNA 4DSFA 1BIZA 4FK0A 4FW1A 3KKSA 3MECA 4NCGA 1U48A 3G0ZA 3PX4A 3RRHA 4RW7A 4M3YA 4N76A 3WNHA 3CYMA 1L3VA 1NK5A 3EZ5A 3LDSA 4DU1A 1WSEA 5JS2A 1NK0A 3LANA 2RKIA 3LWMA 3K5NA 4IKFA 3RMAA 4RW4A 4CEAA 1REVA 1Y97A 1RT5A 2ETJA 5T7BA 3PV8A 1X9WA 2GV9A 5FROA 4CIGA 4LSNA 3NAEA 2Z1JA 1QE1A 3ZSQA 4CJ4A 2P5GA 3OYAA 4MFBA 4FCYA 3A2FA 4DLEA 4J2DA 4KRFA 3PY8A 5SWMA 3AVHA 4AHVA 4KI6A 1C0MA 2Z1HA 3SUOA 3OS0A 3SV3A 2E4LA 1XWLA 4CFBA 3THVA 2IGIA 4XIUA 3VQDA 4CEDA 3RR8A 2EHGA 4BDPA 1RT6A 1BGXT 1NJYA 4BACA 2VG7A 3K2PA 4LY7A 3NDKA 4DU3A 3V9WA 4DS5A 1Z25A 3LAKA 3ZSXA 3OYDA 1RBSA 5KI6A 3M8QA 1L3TA 1WN7A 1TKTA 4DTOA 2FBXA 1RT4A 3QEVA 1VSFA 3HYFA 3ZT2A 3V9UA 2DFHA 3C95A 4CF8A 2WONA 3PX0A 3S3NA 4F2SA 1JXBA 3AA4A 4Y1DA 1NKBA 2VG6A 3WNFA 1TKZA 1TV6A 4KI4A 4M3ZA 1RBRA 1D5AA 3LP0A 2KFNA 4M42A 2D5RA 3HJFA 3ALYA 5DK5A 1T05A 2IS3A 4JS5A 2KZZA 4Z0UA 4ELVA 3HP9A 3V9SA 1NK8A 4CEEA 3K58A 1LWEA 4DQSA 5KGWA 2OPPA 3IS9A 4M45A 3DOKA 5EU7A 5E41A 1YT3A 2GUIA 3F9KA 3TABA 3K5LA 3LAMA 3HPHA 4DSLA 4WE1A 1HYVA 3VQBA 1I3AA 3C6TA 1HYZA 4CHPA 1VSLA 3K5OA 5J2NA 3NH1A 4Z4HA 4QOZB 4NCBA 3VQPA 4CIEA 4KHUA 2YHBA 3AVBA 4TSXA 3U3GA 4CGDA 4JS4A 1U47A 3MXIA 3U6FA 3HVRA 1ASWA 3OJSA 4NCAA 4RG8A 4FW2A 4KHQA 3VQEA 5HRSA 4KKOA 3T19A 3KJVA 1UA1A 4DTXA 3KK2A 2BANA 4FLXA 3HO1A 1IKYA 1KLMA 1XHXA 4GVMA 2I5JA 3I0SA 2VWKA 3RMBA 4CEQA 4C8KA 1HQEA 4J2AA 3SV4A 1SL1A 3PO4A 3T3FA 2D0BA 1HYSA 3LPTA 4FJLA 2FC0A 5J2MA 2JGUA 3QO9A 4OGEA 1YTUA 3QESA 4AHCA 2XHBA 4B9LA 3OYFA 1ITGA 4FZZA 4O55A 4N56A 4FJIA 4IFYA 3HXMA 1RTIA 4M3XA 1TAQA 1NOYA 5DMRA 1EKEA 4GW6A 1HRHA 1S9GA 3KD5E 2YKMA 4RW9A 3OS1A 3OYJA 4AILC 4C8MA 3LP1A 3LZIA 4IBNA 3T1AA 4CK3A 2IC3A 3MAQA 4L8RB 4B3OA 1JXEA 3RMCA 4FJ5A 3KD1E 1QQCA 4FK2A 1LAVA 2ZE2A 3AVIA 4DLGA 2XY6A 4CEBA 4PUOA 4KHSA 5C42A 3VQ4A 2F96A 1IH7A 4LH4A 2OYQA 1LAWA 3DLEA 5CYQA 2RPIA 3HP6A 1NJZA 1N6QA 4FJ9A 3PO5A 3OYBA 1KSPA 3NE6A 3TAMA 2D0AA 3KLHA 1JLBA 4ZHRA 4W5OA 3TARA 2QKBA 4DTMA 4DQIA 4DQPA 2O4GA 1UOCA 4IG3A 2Z1IA 3AA3A 4DQRA 4FJXA 4ID1A 4E7JA 4CCHA 3NF7A 4B9MA 3LP2A 4B08A 2JLEA 3V81A 4BDYA 1RT3A 4PWDA 2DY4A 1IKWA 2F8SA 1L3SA 1JKHA 4DQQA 1BIUA 4FLVA 1EX4A 2KW4A 4OPKA 3M8PA 4JLHA 1DTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3O8MA 5CY4A 3EYZA 1ASVA 4AF1A 5AQOA 2E88A 1RDAA 2PYJA 1IG9A 3OVNA 4KTQA 2A41A 1RDCA 4H03B 2WFBA 3U9DA 1NGCA 3VN5A 3RWUA 1Z6RA 2DFFA 1RDBA 4U7BA 2A1SA 1ZBHA 2FBVA 3OYIA 3ITHA 4DFJA 3ZSVA 5CHIA 3THYA 3AGRA 1T8EA 3VEVA 5GINA 5AQFA 1LWFA 4Q0BA 1VSDA 4CF9A 3CCRN 4KH6A 4CJTA 4E89A 3AARA 4Q5VA 1NU0A 1GOAA 1V4SA 3THXB 3QMLA 2UXBK 3MXJA 1VSHA 2VG5A 3H6EA 4CJUA 5AQMA 3AVMA 5LJVA 1KVAA 1T6DA 5AFUH 1E4GT 1LV5A 2Q0RA 4FLUA 3M8RA 1IBMK 1FZ7E 1ZBLA 1VSMA 3C94A 4KTZA 2E2OA 4BRGA 4DSEA 2ATQA 4JI4K 3NGYA 1TUYA 4BRAA 3AVCA 1ZC6A 1Q82O 3MEGA 4M3UA 2KTQA 3NF6A 1DT9A 4YOUA 1EO1A 3HOSA 2VJ4A 4LF7K 3O6WA 1I39A 4PHTX 4H0OA 3OY9A 3OGLB 3PSIA 4JKBA 1WSGA 4CBUA 3O1BA 4KPYA 4JKDA 5AQWA 5JS1A 3ISNC 5M1NA 1NJXA 3HZ6A 5F2RA 5KRTA 5M1KA 2MMBA 5B8HA 1KAZA 3LM2A 2E2QA 3VF2A 1OH5A 2QWQA 2ZQBA 4PKGA 4I9LA 2HHUA 2B4JA 2P9IB 2YHXA 2QWPA 2HB5A 1HPZA 4ISGA 4DSJA 1N36K 3ZSZA 4E7KA 3A0IX 4GKKK 4JHDB 4N47A 2GWKA 3TWHA 1RGIA 5J1EA 4AHSA 2E6MA 4JV5K 2ZJQL 4BVOA 1TAUA 1NGFA 4CEZA 1CLQA 1A5WA 2NNWA 3L4IA 2F9TA 1UWBA 3TAGA 3FR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DXM A;  4LFC K;  3MED A;  4CF1 A;  3AA5 X;  3HSC A;  1FZI E;  4DTS A;  1U49 A;  1TK5 A;  4DUZ K;  1G99 A;  4F2R A;  3CCM N;  5AQQ A;  3CMA N;  4H5W A;  5KQ8 A;  2Q97 A;  3I8D A;  1HNW K;  1S9E A;  3PUF A;  2QWM A;  3BGR A;  3AAQ A;  3CCL N;  2LF3 A;  1RNH A;  3ZX0 A;  1J9A A;  2P9N B;  3ULE B;  2IAJ A;  3HGL A;  1BUP A;  3J7A P;  5AQK A;  3O1W A;  4DTU A;  3VQ5 A;  3EKU A;  1W7A A;  3EZW A;  3VMF B;  4HTU A;  3WXK A;  1TKX A;  4YFU A;  4W5N A;  2O8D A;  4EHT A;  3LPU A;  4DV4 K;  2VGN A;  3UKU A;  3MWP A;  4F4K A;  3LZJ A;  4X65 K;  1KC8 O;  4YOW A;  3LDP A;  3D0P A;  1ZBU A;  3OGK B;  3WEE B;  4JAX A;  3MN5 A;  3NVM A;  1WAF A;  2QWO A;  1DLO A;  2K5S A;  4E7L A;  1KRP A;  4C8O A;  2B8I A;  3UKR A;  1BL3 A;  2HVH A;  1FKP A;  3CG7 A;  3DJC A;  1YUW A;  3TSP A;  4H5R A;  4FOE A;  1Q9Y A;  1S6P A;  5C10 A;  1T03 A;  5AQG A;  4DG1 A;  1VQO N;  1NGG A;  1FXX A;  1GLA G;  3ZSR A;  3ULD A;  1KCF A;  3AA2 A;  4CF0 A;  2FSJ A;  2OPR A;  3AVF A;  2BH1 A;  4FPB A;  2XY5 A;  2YV0 X;  3J80 O;  1ZXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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