4J2DA

Rb69 dna polymerase l415k ternary complex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSKYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Role of L415 in the Replication of RB69 DNA Polymerase
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4j2dA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4j2dA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4j2dA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4j2dA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4j2dA03
1VSIA 1VSFA 3DRSA 3O4NA 3RRGA 2O4GA 4Z0UA 4QAGA 2XY8A 1NJYA 4E0DA 3SJJA 3OJSA 1JLFA 4OKKA 3MXJA 1SL1A 4KKOA 3HO1A 1WNSA 4CECA 3NHGA 3TAQA 4C8LA 2OYQA 3T19A 3OYLA 3IG1A 3EZ5A 4ICLA 3OYGA 2BE2A 3I0RA 4DSFA 3TARA 3C6UA 4OLBA 4FJJA 2HNYA 3SV3A 4KAZA 4CHQA 5KRTA 2D0BA 3HPGA 3PUFA 4PA1A 1QSLA 3H08A 4DQIA 3ZCMA 4EP5A 1N6QA 2G8KA 1RDDA 1LV5A 2HHUA 4M3YA 4QCLA 3WNEA 1W0HA 2OPQA 4B9UA 4AH9A 2E6LA 3AVFA 1VK0A 1B92A 4FJ7A 1TVRA 1CXQA 4DF4A 5HLFA 3QO9A 2X6NA 3LPTA 4NCAA 2DFFA 3L3UA 3V9XA 4DTMA 3THVA 3VQPA 4KV8A 4CJVA 4CGDA 3OYFA 3OYAA 2BDPA 3SZ2A 5HROA 4DU1A 3G10A 4HUGA 3LWMA 4KHYA 4B3OA 1D5AA 4KTZA 4Y1CA 4FJMA 4BWMA 1J53A 1U49A 1RTDA 3IRXA 2YHAA 4MQ3A 4DU4A 4CHOA 1L5UA 4FLZA 1FXXA 3PO4A 4FJGA 1YVUA 3NF7A 4UQGA 4DLEA 3SYZA 2HVIA 4NCGA 3D0PA 4OGEA 2QKKA 3KK2A 3OVNA 3MEEA 4KPYA 2GBZA 3VQEA 5J2MA 3E01A 3NH1A 4I9LA 4JLHA 3A2FA 1NKCA 3MECA 3QEIA 3SUOA 4CJ5A 4ELUA 1TL1A 4IBNA 4CGGA 5CYMA 3KLHA 3HP9A 1KLNA 2BGGA 2F96A 4LH4A 1QE1A 1Q8IA 1D9FA 1KFDA 1RT6A 1VSMA 3V81A 2VWKA 3RMBA 4EZ9A 1C1CA 2ETJA 2NUBA 1WAJA 4CJUA 3CG7A 3ZSOA 3AVAA 3LP3A 2JLEA 3CFPA 3TAGA 1ASUA 1L3UA 3NGIA 2D0CA 4LH5A 5CY4A 2B6AA 4FJ5A 4DU3A 4KHSA 4CJTA 4KTWA 2BANA 1SV5A 3C6TA 1BI4B 4CK1A 3HP6A 3JSMA 4K8XA 2F8SA 4CJQA 4CJRA 5DMRA 4Z4GA 1U45A 3T1AA 3DLRA 4KREA 5EU7A 1RBRA 4CEOA 4CK2A 4DFPA 4Q5VA 4G1QA 5KTQA 4FJHA 4DTSA 1Z26A 3S3MA 1O1WA 2YV0X 3AA4A 3V9WA 4H4MA 1T05A 4B9NA 3ZSYA 3CFOA 3KD1E 1NK9A 2WONA 3OYJA 4BACA 3CFRA 4DSEA 1NK0A 1Z25A 3L2UA 1HYSA 4KHWA 3ZSVA 2KFNA 3QERA 3DYAA 5SZTA 4M3WA 4FZXC 2E6MA 1TKTA 1WSGA 5C24A 3S3OA 1S1WA 4CF2A 1XHXA 1L3VA 1F21A 3ZT1A 1JL2A 3OS1A 3EYZA 4C8KA 2HW3A 3OS0A 2FBTA 4CGJA 5T7BA 3OY9A 3U6FA 4FK0A 3LALA 1S9GA 4CJ4A 4BE1A 3HL8A 4CEAA 4CJWA 1J9AA 1EX4A 2RPIA 5KGXA 3L2WA 4DS5A 4CHPA 1RTIA 2FBXA 4CFCA 2X6SA 3HT3A 4DTPA 4KFBA 2HHVA 1IKXA 2EHGA 3LAMA 3CQ8A 2X74A 4B08A 1BIUA 4FW1A 3F73A 2G8FA 1ZBFA 1JL1A 1R0AA 1KVCA 3AVCA 3KK3A 1BCOA 3DRPA 3KIOA 3NGZA 5E41A 3M8SA 3TABA 3CM5A 4DSLA 5C25A 3ITHA 2E4LA 1RBSA 3QEWA 1UOCA 2Z1JA 3VQ5A 3D45A 4OKJA 4Z4EA 1JLEA 4M3ZA 1C0MA 4W5QA 3AO5A 3MAQA 3HPHA 4B9SA 1LWCA 1BISA 4FLXA 3O4QA 3LANA 4ZTJA 1IKVA 3VQCA 3MXMA 3RWUA 4CE9A 1RT4A 3C95A 4CEZA 4CHZA 1CZBA 3IAYA 4CEDA 1U48A 4HCBA 3QETA 4IG0A 1RTHA 2HHQA 4L8RB 3DLGA 2ZQBA 3ALYA 4DFMA 3AVHA 2DY4A 1T8EA 3VQDA 1NK6A 4E7KA 4ID5A 2YKMA 2G8VA 4CF1A 1RT3A 4JS5A 4Z4FA 1L3SA 3V1RA 2VG7A 3G0ZA 4KO0A 3VQ7A 4JRPA 4N41A 3O3FA 1S6QA 1RDCA 1GOCA 3AVKA 4O4GA 4M45A 1TK8A 3LZIA 4FM1A 1TV6A 3SPYA 3LZJA 3RRHA 3PY8A 4B9VA 3ZSXA 2G8WA 5D3GA 5FROA 1RT7A 1EKEA 2D5RA 1ASVA 3L2RA 4CCHA 4FXDA 5J2NA 1HQUA 1VSEA 1JXEA 1YTAA 1HMVA 1J54A 2IS3A 3DOLA 3HSTB 3VQBA 5SWMA 3VA0A 1RDBA 4ZTFA 4PWDA 2FBYA 1RNHA 1HQEA 5HBMA 1IKWA 1EXQA 3P83D 1UWBA 3QINA 3V9ZA 1FKPA 2IGIA 2KTQA 1KSPA 1BQMA 4RG8A 1B9DA 1LAWA 3L2VA 1XWLA 4CF0A 3LDSA 3B6OA 3SUNA 3AVBA 4CF9A 3VQ4A 2P5GA 2PYJA 3TR8A 3C94A 5DK5A 1UA0A 5KGWA 3OYCA 1ZYQA 1S1VA 3TAPA 1IH7A 2XY7A 1NKEA 4F4KA 2HMIA 1C0TA 2KQ2A 1X9SA 2YNFA 4J2BA 1KVBA 4FM0A 3LAKA 1QS4A 2OZSA 5CZ2A 1BGXT 4E7HA 4GVMA 2JGUA 4DSKA 1A5WA 3LWLA 2KW4A 3KKRA 3HVRA 1U4BA 3DLHA 1NK8A 1GOBA 4CJSA 5CYQA 3QEXA 1I39A 3WNHA 3NF8A 4GMJB 1TGOA 3MEDA 4CJPA 1REVA 4N76A 4W5NA 4JRQA 2XRIA 1Y97A 2KFZA 2HVHA 1X9MA 4B9MA 3AA5X 1ASWA 2YHBA 2OPPA 3QIOA 4E7LA 5JS2A 1DTTA 3KK1A 1GOAA 4LY7A 2G8HA 1C1BA 3VQ9A 2RKIA 3SUPA 4I2PA 4LSLA 4OLAA 3AVNA 3SNNA 1U04A 1QQCA 4AILC 3QNOA 4EP4A 3I0SA 3S3NA 4FJIA 3VN5A 4CJFA 3V9SA 3KLGA 4C8OA 2HB5A 3NH2A 3ZT3A 3CM6A 4DSIA 5HRRA 1LW0A 4DTXA 3HJFA 4NYNA 1UAXA 2G8UA 1JLCA 1ZBLA 1RDAA 3LPUA 2P51A 2OZMA 2B4JA 3PV8A 1NJWA 4KTQA 4BWJA 4LD0A 2P5OA 3OYMA 4W5RA 3F9KA 4O55A 1RBTA 3K57A 1WSHA 4CIGA 4KI6A 3OYEA 4DFJA 2HHXA 3JYTA 3SQ0A 3S9HA 4FJLA 1MU2A 1S1TA 4MFBA 4RW7A 3VQ8A 4Q0BA 4F3OA 4FYDA 1S5JA 3AO3A 2Y1IA 4QOZB 3U3GA 2OA8A 3TAMA 1VRTA 3FFIA 3NH0A 3EY1A 3OYDA 2QKBA 3NBPA 4J2AA 1KTQA 1ITGA 1K6YA 1NK5A 1JLQA 2LSNA 4DS4A 4CGFA 2PY5A 1CZ9A 1WSIA 1Q9XA 4DTNA 3HYFA 4DSJA 1XC9A 4I7FA 1T03A 1TL3A 3AO4A 2RF2A 4J2EA 2Z1GA 3DLKA 3L2QA 3ULDA 1TKZA 2R7YA 3PX0A 1IKYA 3AVLA 4RW6A 3KLEA 4F3TA 1BHLA 1RCHA 4M3XA 4HUEA 1Q9YA 2YNHA 1BIZA 3VQ6A 3QEPA 4B8CA 1LAVA 1N5YA 1D8YA 4FZYA 2AJQA 3QESA 3V9UA 4KI4A 1KRPA 5FRNA 4FVMA 1HRHA 4BDPA 4CJLA 3ZSQA 2W42A 1EP4A 3MXIA 1B9FA 1WLJA 1VSLA 1RBUA 3OS2A 3TWHA 3K5NA 2ITGA 4FJ8A 3HK2A 3OYNA 3NF9A 4FZZA 1TAQA 2EX3A 2P1JA 1KCFA 1NK4A 2DFHA 4CEFA 3TAFA 4R5PA 3KJVA 3I8DA 4HTUA 3U3YA 1U47A 1IO2A 3RR7A 1NKBA 2XHBA 2VG5A 3ZSRA 2XY6A 4FLUA 4O5BA 4CK3A 4I2QA 1ZBUA 4Z4HA 3HM9A 5FRMA 4DF8A 3NGYA 3B6PA 1JLAA 4LSNA 1QSYA 3DI6A 4E7JA 4C8NA 4DG1A 3IS9A 3MEGA 1VRUA 4CFBA 4CERA 5HRSA 1FKOA 4N56A 3V6DA 1HPZA 5JS1A 4GW6A 4RW9A 2GV9A 2GUIA 3OYHA 1VSJA 3QNNA 4FM2A 1BCMA 4BDZA 3P5JA 3WNGA 4E19A 1JLBA 4H4OA 4YFUA 3ZSWA 3DRRA 2FBVA 4KHNA 3OYBA 4HHTA 4OPJA 5HP1A 1DLOA 2YKNA 4DQSA 5C42A 4DTOA 3DM2A 3LP1A 3AO2A 4FJNA 4O0IA 3NAEA 5K14A 4JS4A 1X9WA 1JXBA 4NYFA 5J2QA 4M42A 2IC3A 4AHTA 1T7PA 4IFVA 3K59A 1X1PA 4DLGA 3O3HA 2IAJA 3SI6A 1NOZA 4FLVA 1BQNA 2ZD1A 4CEQA 2YNGA 2IOCA 2HHSA 5J1EA 4ELTA 1EETA 4CJEA 1WSFA 4OKEA 4CGHA 4HVJA 4KHQA 4W5OA 3PO5A 4DQPA 3K5MA 1IG9A 3M8PA 1J5OA 2OPSA 1I3AA 3QLHA 3DLBA 2Z1HA 3AVJA 2B5JA 4RW8A 4FW2A 4DTRA 3SQ1A 1UA1A 4DWIA 3NDKA 5KRSA 1S1UA 2Q3SA 1XHZA 4F2SA 1L3TA 3KD5E 3HVTA 4OVLA 1TKDA 3K5LA 4KB1A 1RTJA 1VSKA 1CXUA 1NOYA 4AHUA 4DQQA 4BDYA 4EZ6A 3AO1A 4CEEA 2HNDA 4N47A 3VQQA 2YNIA 1YT3A 2QXFA 3BGRA 2KZZA 5HRPA 4O0JA 3P1GA 4CGIA 2HHWA 4CF8A 4BE0A 4KB0A 3NF6A 2KZMA 3DMJA 1SKSA 3SUQA 4FLYA 1JKHA 1A5XA 1BI4A 3TANA 3TAEA 4F2RA 1SKRA 4BE2A 3RMDA 4CJKA 1VSDA 1NK7A 2HHTA 4FJKA 4E1NA 1SL2A 2Y1JA 4PUOA 3HPOA 3L3VA 3K2PA 4KHUA 3TI0A 3L8BA 3RMCA 4B8AB 1LW2A 2FC0A 4Z4CA 1QHTA 3SV4A 1TAUA 2O4IA 5HRNA 3ASMA 4J2DA 4FLTA 2QK9A 3RR8A 3NCIA 2VWJA 4M3TA 3ZT2A 2ZE2A 1WSJA 3KTQA 4NCBA 2X78A 4E7IA 4DTUA 1KVAA 2IDOA 4DTJA 3ZT4A 3KLFA 3NFAA 4CIFA 3CYMA 3KKSA 1C1AA 2I5JA 3AVGA 1SUQA 2WOMA 1WSEA 3K58A 3DLEA 3WNFA 3AVIA 4HCCA 2Z1IA 2VG6A 4OGCA 4CESA 3ISNC 1HYZA 4FK2A 3PX4A 4C8MA 3V1OA 3VA3A 3V4IA 3AV9A 4YNQA 3ZT0A 4Y1DA 2XO7A 4CFDA 3OJUA 4AHRA 1HJRA 3AVMA 4KRFA 5CZ1A 2F8TA 3LP2A 4H8KA 4TSXA 1C6VA 1XI1A 5I42A 3PX6A 5FDLA 3KLIA 2D0AA 1FK9A 4WE1A 4XIUA 1LWEA 4RW4A 3HXMA 4CIEA 1TKXA 1DTQA 5KI6A 1NJZA 3QIPA 1QSSA 4F8RA 4FJXA 1ZBHA 3NE6A 4FK4A 4DMNA 4CHYA 3VQAA 2XY5A 3ZSZA 5J2PA 4M3UA 2DFEA 4M41A 3V1QA 1JLGA 1RT2A 3AA2A 4Z4IA 1G15A 1RT1A 4B9TA 1WAFA 1VSHA 4I9QA 4AHVA 1LWFA 3SPZA 4AHCA 1HYVA 1ZBIA 4PQUA 4CHNA 4CFAA 3UIQA 1WN7A 4CJ3A 5I3UA 3BDPA 3DOKA 4ID1A 4W5TA 4O44A 3M8RA 1NJXA 3RTVA 1RILA 1SL0A 4ZHRA 4OPKA 1BL3A 4PY5A 3AA3A 3RMAA 2PZSA 2G8IA 1S9EA 1D9DA 2PYLA 4IG3A 1KFSA 4ELVA 3LP0A 1YTUA 4DFKA 2DTUA 2A1SA 2A1RA 3O3GA 1C0UA 1CLQA 2RN2A 4OJRA 4IDKA 3OYKA 3SQ4A 3SQ2A 4FJ9A 1RT5A 4HUFA 1SKWA 3QEVA 1KLMA 4FCYA 1RBVA 1TK0A 4B9LA 4FLWA 4M3RA 3T3FA 1S1XA 4IKFA 1A5VA 1W9HA 2OPRA 2HNZA 3M8QA 4E3SA 4AHSA 4CEBA 4E89A 3OYIA 1S6PA 4DQRA 1HNVA 3SCXA 3K5OA 4N5SA 1QTMA 2ATQA 1TK5A 4K8ZA 1HNIA 4E1MA 4IFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3VESA 5IREA 3MN7A 1FZ6E 1XVDE 1RDWX 3KIOA 5E41A 3ITHA 3CC7N 4Z4EA 1JLEA 1BISA 1IKVA 3MXMA 2MW2A 3C95A 4CEZA 4DCHA 2E32A 2NRVA 4CW7B 4GV3A 3JS6A 3WQTA 2ZQBA 3VGLA 3SAGA 1NNEA 4JEPA 5EXWA 3E9OA 1K73O 4LF6K 4JKAA 3BUZB 3G0ZA 1S6QA 1TK8A 5M1PA 4B1XB 1TV6A 5F1XA 2QWNA 3L2OB 3IFRA 1IG8A 1ASVA 3FZHA 3BP8A 3VOVA 5J2NA 1VSEA 1N33K 2FBYA 1OH8A 1HQEA 1GLFO 3V9ZA 2UUCK 1FKPA 4CZMA 4MDAA 3L2VA 1K8AO 4CF0A 3LDSA 2PYJA 3AVBA 3VQ4A 3TR8A 3G6EN 1ZYQA 4ISEA 1IH7A 2YNFA 3LAKA 4FM0A 4ILHA 2QWOA 1VQPN 2KW4A 1U4BA 2P9IA 3QEXA 3WNHA 4GMJB 4DR1K 4IEEA 4JRQA 3HBTA 3WSOA 2XRIA 3DXKB 4B9MA 2OPPA 5C2DA 1U6ZA 2P9PB 3H3OB 3K0SA 4LY7A 4PKIA 3MCPA 4I2PA 4CJ7A 4H5WA 2UXBK 3VTHA 3V9SA 3KLGA 2HB5A 1Q81O 1W2BM 4BQZA 1LW0A 1UAXA 2P9IB 1JLCA 1ZBLA 4KTQA 3D7EO 4LD0A 1MHYG 1YF5L 2PAVA 5B8HA 4AF1A 2GELA 3PSIA 4Q0BA 4FYDA 4MFBA 3VQ8A 1VQ4N 1S5JA 3TAMA 2PFVA 3OYDA 2D0OA 4J2AA 1NGCA 1KTQA 1GLEG 1K6YA 1NK5A 1N34K 4DS4A 4WFNL 3ZLJA 1Q9XA 4WQ5C 3L1NA 4PL8A 4DTNA 4PKGA 4WF9L 1R59O 4FWNA 3AO4A 2YHXA 3PX0A 4LF8K 2R7YA 3JAMO 1RCHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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