4KHNA

Crystal structure of the ternary complex of the d714a mutant of rb69 dna polymerase
Total Genus 314
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
314
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWAMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase, transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title A Remote Palm Domain Residue of RB69 DNA Polymerase Is Critical for Enzyme Activity and Influences the Conformation of the Active Site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 314
structure length 901
sequence length 901
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khnA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khnA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khnA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khnA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khnA03
4KI6A 3P1GA 4ICLA 4KTQA 2YNIA 4FM0A 3AVBA 2X6NA 1B92A 1HJRA 1JLCA 2IS3A 5HBMA 4CHYA 3T3FA 1SKRA 2HVIA 4BE2A 4N41A 1ITGA 3AVFA 3VQ7A 1U04A 4W5TA 5FRMA 2HHUA 3KIOA 2KW4A 4DTPA 3JYTA 1RT3A 3AVGA 1HNVA 4CEDA 2HNDA 2BE2A 4DMNA 2YNFA 4N5SA 3V9ZA 1RT2A 3DRRA 3S9HA 3QIPA 3HYFA 1TK0A 2G8UA 3KLIA 4BACA 3LP2A 1N6QA 3VQ9A 3ZT0A 3OS1A 3TAQA 2G8WA 1QHTA 3KLEA 3OYIA 2DFEA 4L8RB 4FVMA 4HCBA 2PY5A 1FKPA 3KKRA 4Q5VA 1BQNA 1WSHA 2DFFA 4EZ9A 2FBXA 4DLGA 3WNHA 4QCLA 4FW2A 3VN5A 4PUOA 2HHQA 4JS4A 3VA3A 3SV3A 5EU7A 1RCHA 2FC0A 4FLXA 3RMDA 3VQ4A 2ATQA 5K14A 3K5MA 1QTMA 1KRPA 1NJZA 4E7JA 3OYAA 2G8KA 3AVIA 3OYBA 3L3VA 2IC3A 4CEOA 3FFIA 1TAQA 1O1WA 4UQGA 1UA1A 5JS1A 1X9SA 1DTQA 3HT3A 3V9SA 4CEQA 1YT3A 4N56A 4FJLA 1T7PA 4YNQA 4O5BA 4CFAA 4CJFA 3AO3A 3ZT1A 4DFMA 1TVRA 1JLFA 2OA8A 2QK9A 3DI6A 4AILC 1RTDA 1XC9A 4FW1A 3NF6A 4CJKA 1NK9A 2XO7A 1QSLA 3HJFA 3DLBA 1ZBHA 4CGIA 4CJWA 4CJ5A 2YV0X 4DTRA 1XHXA 1KFSA 3HK2A 3V1QA 3VQAA 4M3RA 1VSFA 1QSYA 3PX6A 2BGGA 5FRNA 4RW7A 3UIQA 2ZQBA 3L2UA 4C8NA 1RNHA 4DTSA 1QQCA 3HVTA 4CERA 3KLHA 2OPQA 4CCHA 3WNGA 1LW2A 2OZMA 3IS9A 1VSKA 1BCOA 1NK0A 1A5WA 4B9MA 3HL8A 5HROA 4B9VA 3EYZA 4B8AB 3K2PA 2D0CA 3PO4A 1SUQA 1LAWA 2HVHA 2W42A 4CHZA 1WSEA 4E89A 4OVLA 1J54A 1FXXA 1WSFA 4AHSA 5C25A 3T1AA 3PX0A 4FJJA 3SPYA 4OKJA 3NF9A 4CJ4A 3MEDA 1RT5A 4OJRA 3VQBA 4RW8A 4DU3A 2E6MA 3QEWA 2NUBA 2ZE2A 5KGWA 4LD0A 4ZTJA 1HRHA 1W9HA 2ITGA 4FYDA 4CEZA 3OS2A 3L2QA 1VRTA 1YVUA 1IH7A 2JLEA 2VWJA 1C6VA 2D0BA 3QLHA 4HTUA 2P1JA 2RN2A 2B4JA 4FJ5A 1WSIA 3MEGA 4FJIA 2Y1JA 5E41A 4KB0A 2XY6A 1SL2A 5J2PA 3LZIA 4AHTA 1RTIA 4CEAA 1LW0A 3AO5A 3TANA 3S3OA 4RW4A 3OJUA 2XY7A 2HNZA 4FJHA 3LPUA 2D0AA 3QESA 3L3UA 3OS0A 3NF8A 1Q9YA 3C6TA 4NYNA 4J2BA 4M3ZA 3O3GA 3K57A 4EZ6A 2F96A 3QNOA 4MFBA 4J2DA 3HSTB 4BDZA 2RPIA 1IKYA 4OLBA 4ELTA 4CHOA 3MXJA 3LZJA 2YHAA 4CEFA 1ASWA 1KVAA 4KV8A 4CJEA 4FLUA 4CGJA 4E1NA 4KHQA 3M8RA 1KSPA 4RW6A 3OYCA 4KFBA 5CZ1A 4DS5A 2QXFA 3CFPA 1U47A 3QO9A 3SUPA 2HHVA 4DQQA 4DTOA 3SZ2A 2HNYA 1JLBA 4QAGA 4Z4FA 3L8BA 4IFYA 1S1WA 1BHLA 4JLHA 3SI6A 4FZYA 1VSDA 3O3FA 4FZZA 2BANA 2Z1HA 3LANA 4E7KA 5HP1A 1B9DA 4CK3A 1L3UA 1HMVA 3PY8A 3S3NA 4K8ZA 4M3WA 3DRPA 2OPPA 4I9QA 1KVBA 3AO4A 2DY4A 2YNGA 4CGHA 1ZYQA 4FK0A 4K8XA 4AH9A 1LWCA 1Q9XA 3OYDA 2WOMA 3M8SA 3EZ5A 4GW6A 4CJVA 3SV4A 1BCMA 3U3YA 2Z1GA 2B5JA 3MEEA 3NFAA 2A1RA 4IBNA 3SYZA 4CF9A 2P5GA 3AVCA 3VQCA 2FBVA 1CXQA 1N5YA 5CYMA 2I5JA 4DG1A 3ZCMA 4WE1A 4AHRA 3VQ6A 1TGOA 4CK1A 4HUFA 4BE1A 4DF4A 3C95A 5DMRA 1ZBLA 3AA5X 1UWBA 1VSLA 4DSKA 4PQUA 4I2QA 1NK4A 1NKBA 4CJUA 5J2QA 3TWHA 1DTTA 3ZSVA 1J5OA 3JSMA 4DTMA 3IAYA 1TL1A 2EX3A 4DS4A 1UAXA 2KZZA 4FK4A 4LSNA 1REVA 3SQ1A 1JXBA 4N76A 1D5AA 3KD1E 1S1VA 3PO5A 1TKZA 1EKEA 4FCYA 4FK2A 1TKTA 1J9AA 2A1SA 2BDPA 2PYJA 2KFNA 3O4NA 1DLOA 3LWMA 1VSJA 4F8RA 3ASMA 3OYKA 3SUNA 1UOCA 4LH4A 3SNNA 2JGUA 1HQEA 3MAQA 5I42A 4DTNA 2QKKA 1TV6A 1G15A 3AA4A 2D5RA 3V81A 4CEBA 5FROA 4CJQA 2KTQA 4FM2A 4CJ3A 4J2EA 1CZ9A 1K6YA 3V6DA 2X78A 3KLGA 3HXMA 4W5OA 1EP4A 4Q0BA 2O4GA 4CJSA 3VQ5A 2Y1IA 4CHPA 2HHXA 4CJTA 1JLQA 1D8YA 1C1BA 2AJQA 4FM1A 1CZBA 2DFHA 3TABA 1VRUA 2IDOA 4CHQA 4B9TA 4C8OA 4W5RA 4CF1A 3L2VA 4W5NA 4CIFA 3CG7A 4DSIA 1BQMA 2KFZA 2G8HA 4Z4GA 5HRNA 1X1PA 4E7IA 1TK5A 1RBTA 3DYAA 3K58A 2PZSA 3RWUA 4IG0A 4R5PA 3SQ4A 4GMJB 3ZT4A 1ZBIA 1C0TA 1Y97A 5HRPA 4KRFA 3F73A 3HO1A 1ASVA 2KZMA 1XI1A 3K5NA 1I3AA 3DMJA 3M8QA 3LDSA 1HYVA 3QIOA 3MXIA 3H08A 3QINA 4N47A 1RBVA 5SZTA 5CY4A 3NGYA 1WAJA 4DTJA 3RR7A 4Y1CA 1X9WA 2GV9A 4DQIA 3WNFA 5DK5A 1NK5A 2LSNA 3I0RA 3QERA 3QEPA 4GVMA 1GOCA 1WSGA 3NH2A 3V9UA 1CXUA 4H4MA 4CIEA 4J2AA 3ZSXA 3L2RA 4BDYA 1YTAA 5J1EA 4FXDA 3TR8A 1A5XA 3HPHA 1NKCA 2GUIA 1ASUA 3O4QA 4DQRA 1EETA 1L3VA 1S5JA 3AVMA 1J53A 3TAPA 2XRIA 3SJJA 4IDKA 3V9XA 3TARA 4CHNA 3ZSZA 3NGIA 3V4IA 1ZBFA 3NF7A 3SUOA 3DM2A 4KKOA 1YTUA 4IKFA 1HYSA 4E0DA 4MQ3A 1RBSA 1RT1A 1ZBUA 1U45A 4PY5A 1Z25A 1IKWA 1VK0A 3IG1A 1TAUA 3S3MA 4DTUA 3RMBA 3RMAA 1IG9A 1BL3A 4DQSA 4E7HA 1LWEA 1D9DA 1TKDA 1WAFA 4LSLA 3K59A 4Z4CA 3B6PA 4DSEA 3VQDA 1NJWA 1X9MA 3QETA 1BIUA 3WNEA 4I7FA 4PA1A 1CLQA 4CJPA 3MXMA 4JRPA 2HHTA 1VSEA 1C1AA 1T8EA 3TAGA 4NCGA 4FJ7A 4DU4A 1MU2A 3B6OA 4CJLA 3OYGA 4CEEA 3K5LA 5D3GA 1QS4A 1SV5A 4F2RA 1HQUA 3I0SA 4C8LA 4M3TA 1RILA 1HNIA 4F2SA 3ZT2A 4DFPA 2YKMA 3AO1A 4O55A 1S6PA 4AHUA 1TK8A 3AVLA 4AHCA 1FKOA 1LWFA 4BWJA 1U48A 2HHWA 1BGXT 3E01A 3HVRA 5I3UA 3CYMA 3QEXA 1JLGA 2YNHA 3D45A 4C8MA 4KB1A 3TAFA 4E3SA 2RKIA 3OYEA 5C24A 4HHTA 4IG3A 4M3UA 1NK7A 4B8CA 5HLFA 3LALA 1QE1A 3NHGA 4YFUA 4KHWA 1JXEA 1RT7A 4KTZA 2E6LA 4KI4A 4H4OA 1RT6A 1RDBA 1JL1A 3G0ZA 3RRGA 2YHBA 3NDKA 2VG6A 5FDLA 4IFVA 3PV8A 1WLJA 2VG7A 2QKBA 1RBUA 2IOCA 3SCXA 4ELVA 1NK8A 3DLHA 4DLEA 2X6SA 3RTVA 4F3TA 3AV9A 1RTJA 1NJYA 2HMIA 4G1QA 4CGDA 4BDPA 1F21A 3F9KA 3PX4A 4NCAA 1A5VA 1KVCA 2F8SA 4FLYA 4M41A 1JLEA 2HB5A 3C94A 4FLWA 2P5OA 3DLKA 4E19A 3CFRA 4RG8A 4F3OA 1NOZA 3HP6A 1JL2A 1KLMA 3OJSA 1R0AA 2ZD1A 1SL1A 2ETJA 4KO0A 1LV5A 1I39A 4ELUA 3KKSA 4ID5A 3KLFA 3RRHA 2OZSA 4NYFA 3KTQA 5CYQA 4OPKA 3RMCA 3ZSQA 3CM6A 1C1CA 5JS2A 3OYLA 1UA0A 4KHUA 2P51A 4O0IA 4FLZA 3ZT3A 2IAJA 4OGCA 2PYLA 3ZSRA 3ZSWA 4DQPA 1NJXA 1KCFA 5KGXA 1NOYA 4NCBA 3DOLA 1JLAA 3BGRA 4DFJA 4C8KA 3KK2A 3P5JA 1BI4B 1EX4A 5KTQA 3VA0A 1BIZA 3ALYA 3SQ0A 3NCIA 1TL3A 4EP4A 4LH5A 3CQ8A 4DF8A 2HHSA 4FJXA 2OPSA 3PUFA 4AHVA 4O0JA 1IKVA 1C0MA 3T19A 3NH0A 3OYFA 1RDCA 1GOAA 4CF2A 4LY7A 4FLTA 4B3OA 1QSSA 4CFBA 2KQ2A 2GBZA 3C6UA 4Y1DA 4KHNA 3ZSOA 1XHZA 4ID1A 3THVA 4OKEA 3KJVA 1VSMA 3LP1A 2OYQA 4FJKA 1VSIA 1S9EA 3AVKA 2VG5A 3AA2A 2XY5A 3LAKA 4DSFA 3LP3A 4OPJA 4CF0A 3LP0A 4OGEA 2B6AA 1U49A 3V1OA 2EHGA 5SWMA 3SPZA 1L3TA 2IGIA 1B9FA 3ZSYA 3V9WA 1BISA 3QEVA 1WNSA 1C0UA 5CZ2A 3VQ8A 4CFCA 2G8FA 4HVJA 3P83D 1NKEA 4KPYA 5J2MA 2Q3SA 4M42A 1S6QA 1HYZA 2O4IA 1KTQA 3HP9A 1IKXA 1T03A 3TAEA 1TKXA 3NAEA 4E1MA 2WONA 4W5QA 3EY1A 2OPRA 1RT4A 3L2WA 4CFDA 4TSXA 3D0PA 2E4LA 1RDAA 3HM9A 1KLNA 4Z4IA 3AA3A 4O44A 5HRSA 1D9FA 4BE0A 3OVNA 3QEIA 5J2NA 4I9LA 4CF8A 3AVNA 1JKHA 3MECA 4B9UA 3IRXA 4DSJA 5HRRA 1WN7A 1S1TA 4H8KA 1T05A 3KK1A 1KFDA 2FBTA 3DRSA 4CECA 3SUQA 1SL0A 4QOZB 3CM5A 5T7BA 4KHYA 2X74A 3DOKA 3LAMA 4O4GA 3CFOA 3I8DA 3G10A 4DFKA 3V1RA 4ZTFA 4Z4HA 3TAMA 1LAVA 1Q8IA 3K5OA 3VQEA 5KRTA 4CGFA 4DWIA 2HW3A 1EXQA 1GOBA 4FJGA 1IO2A 3OYHA 1W0HA 3AVJA 4CESA 3NBPA 4F4KA 4OLAA 4KREA 4FJ9A 3BDPA 3A2FA 2RF2A 4KTWA 4FLVA 2XHBA 4B9LA 4DTXA 1Z26A 4M45A 3DLEA 2G8IA 3M8PA 4CIGA 3TI0A 4JS5A 4FJMA 1RBRA 4CE9A 3OY9A 4HUGA 1NK6A 4M3YA 1FK9A 1S1UA 4RW9A 4ZHRA 4CJRA 3HPOA 4BWMA 4DSLA 2F8TA 3ULDA 1VSHA 3ISNC 1S1XA 4I2PA 1WSJA 4KAZA 4CK2A 4Z0UA 2Z1JA 2G8VA 3VQQA 3SQ2A 4FJNA 3OYJA 2XY8A 2R7YA 1SKSA 4FJ8A 3RR8A 1RDDA 4HCCA 2DTUA 2Z1IA 3NH1A 3NE6A 3QNNA 5C42A 4HUEA 3LPTA 3KK3A 5KI6A 5KRSA 4E7LA 2YKNA 4Z4EA 4B08A 4B9NA 3DLGA 1L3SA 4FZXC 4PWDA 3DLRA 4M3XA 1RTHA 4JRQA 4CGGA 3OYNA 3HPGA 4XIUA 3NGZA 1U4BA 3AO2A 3O3HA 3U3GA 1L5UA 1HPZA 3U6FA 1S9GA 4DU1A 3ITHA 4OKKA 4B9SA 1SKWA 3AVHA 4KHSA 2VWKA 1BI4A 3AVAA 1XWLA 3KD5E 3LWLA 4EP5A 2FBYA 3VQPA 3OYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2BANA 2Z1HA 3BZCA 3PY8A 1VAZA 2QWLA 4M3WA 2P9SB 2YNGA 4AH9A 4EFHA 4YOXA 1Q9XA 3M8SA 2W6KA 3LM9A 4GV6A 3U3YA 4BR0A 4IJAA 4IBNA 3P31A 3SYZA 2HOEA 5ADXA 3HM8A 2I5JA 3VQ6A 1ZBLA 4BRDA 3AA5X 1UWBA 5LJVA 3WXKA 1NK4A 4LFCK 5GAHP 4BRLA 2E2QA 4JHDA 3ULEA 3VF6A 4CVNE 3KD1E 3HGKE 3PO5A 3MWTA 1J9AA 2A1SA 3JXUA 4JI3K 3UO2A 4F8RA 3J2PA 3ASMA 1NGDA 4RNGA 4LH4A 1IJJA 1NGCA 3SNNA 2JGUA 1EQYA 3MAQA 4B1YB 4EP9A 2QKKA 1G15A 2HF3A 4BR2A 3BZKA 1EWRA 5FROA 4FM2A 4DV6K 2YI1A 4J2EA 1K6YA 3L6QA 3V6DA 2X78A 3KLGA 3WUHA 4YOTA 5EX5A 4JKDA 4FM1A 1VRUA 2JWKA 5AFUH 2KFZA 1YXQA 2G8HA 3H46O 2VYPA 3I8BA 2FF6A 3LDOA 2PZSA 1MWKA 4IG0A 3VGMA 1EWQA 4X64K 5AQLA 2KZMA 3QIOA 3MXIA 4JD2A 5C2DA 4N47A 1J5EK 1RBVA 2OVPB 3NGYA 4AF1A 1WAJA 4PKHA 1E4GT 4YDUA 2O8EA 4B3RK 4BRGA 2GV9A 4ISGA 1YHQN 5FPDA 1W2BM 2LSNA 2O8FA 4GVMA 1WSGA 1CXUA 3UKRB 3ZEUB 3L2RA 2NRRA 1YTAA 4FXDA 3ZLJA 4YORA 3A0IX 3VOVA 2NRHA 2JHCA 4QS7A 3TAPA 2P9SA 4JEPA 3NF7A 1RBSA 1RT1A 4FWSA 4DV1K 3CC4N 3OBWA 1TAUA 3VEXA 3RMAA 1IG9A 4DQSA 4LSLA 3B6PA 1X9MA 3KK7A 3QETA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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