4KHSA

Ternary complex of rb69 mutant l415f with a ribonucleotide at 0 position
Total Genus 322
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
322
sequence length
902
structure length
893
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 322
structure length 893
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khsA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khsA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khsA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khsA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khsA03
1L3VA 2E6MA 2OPSA 4NCGA 1SUQA 1YTUA 3OYAA 3HJFA 3NE6A 3DLEA 4QCLA 4KAZA 4F3TA 1BHLA 3TANA 3QEIA 3AVKA 4DU3A 3HPHA 3K5OA 4M3ZA 4MQ3A 4CHQA 3OS2A 4BACA 3AO2A 3KK1A 3SPYA 4FXDA 4RW6A 1RTDA 4FJKA 5CYMA 1SV5A 1QSYA 4F4KA 2ETJA 3SJJA 2HHVA 1U49A 1DTQA 4DTUA 1LWEA 1EX4A 3VQPA 1Z25A 2P5OA 4CHZA 3SUOA 4N76A 3OJSA 1C1CA 4KHYA 3VQ6A 3NF9A 3VQ4A 3V9XA 1RT6A 3O3GA 3EYZA 3HYFA 2YKNA 4H4MA 3LZIA 4B9SA 4FW2A 3EZ5A 1NK9A 5I42A 3DRSA 2FC0A 1YVUA 4CK3A 4CE9A 4E1NA 3OS1A 1RT7A 3QEVA 1KVCA 1VSIA 4IFVA 4IBNA 1WSJA 2XY7A 4DS5A 1HQEA 4RW9A 4CJTA 3HL8A 3QEXA 2HHSA 3PUFA 4BWJA 1REVA 1I39A 3OYHA 1B9DA 1FXXA 2D0CA 2DTUA 4FM1A 1Q8IA 1RTIA 3QNOA 4FJLA 5KTQA 1TK5A 3CFPA 3CG7A 1VSHA 1RTJA 2OYQA 2GV9A 3AA3A 1RDBA 1RDCA 2HNDA 3G0ZA 3V1RA 3ZSVA 1C6VA 2D0BA 3VQEA 2YNGA 3HP9A 5C24A 1JLGA 2FBXA 2VG7A 1VSMA 2YNFA 3OYKA 1XC9A 1X9WA 3NH0A 3MEGA 2W42A 4KB1A 1RT5A 2X78A 2DFEA 4DLEA 4DTJA 4DQSA 4I2QA 4E3SA 5T7BA 1C0UA 4KHWA 1RBUA 5C25A 4FJ7A 3L3UA 5HBMA 4CHOA 1QQCA 3PX0A 1JXBA 3MECA 3LP1A 1X9SA 3S3NA 4KTWA 3QEWA 2D0AA 3HO1A 4M41A 3HPOA 4PQUA 4Q0BA 3NBPA 3O4NA 5CYQA 3QIPA 3OYLA 1HQUA 1FKOA 3AVJA 3L2UA 2PY5A 3VQDA 4CJKA 3NHGA 3VQ7A 1HNVA 3V81A 1BQMA 1WAJA 3RR7A 1EETA 1WSIA 4ZTJA 1C0TA 4GW6A 3SCXA 3U3GA 4RW7A 2FBYA 4AILC 3KLGA 3ASMA 3TAQA 3NGYA 3M8QA 2BGGA 3L2VA 3AV9A 1K6YA 4CJ3A 4ZHRA 3RMCA 3K57A 1IKVA 1RCHA 1TL1A 3AVAA 4OKKA 3ZT1A 1ZBLA 4B9UA 4B9MA 3LP2A 1JLAA 3T3FA 1X1PA 2DY4A 1WSHA 1HYZA 1UAXA 1UOCA 1IO2A 4FLTA 1BISA 1JLFA 3S9HA 4FJ9A 3B6OA 1DLOA 4FK0A 1LW0A 4IG0A 3CYMA 3V4IA 2G8WA 1BIZA 3ZSRA 4W5NA 2Z1GA 4B9VA 3OYFA 1ZBIA 4DTXA 1RBVA 4R5PA 1HYSA 4BDZA 3DI6A 1S1TA 4FYDA 3NF6A 4FM2A 1BI4B 4DSFA 1BGXT 2QKBA 1BIUA 1JLBA 3TR8A 3RMAA 2LSNA 3SZ2A 1WSEA 2G8VA 1ZYQA 1N5YA 1QSSA 4O0IA 3HPGA 4M3XA 1C0MA 1J5OA 3U3YA 4IKFA 4ID5A 3ZT2A 4N5SA 4CEQA 3QO9A 1WNSA 1S1VA 4DSKA 2HNYA 3V6DA 3KK3A 1U48A 3A2FA 1GOBA 1RILA 2F96A 4LSNA 1ASUA 4DFMA 1S9EA 1VRUA 4E89A 4DQRA 3LWMA 1A5WA 3SUPA 3OYBA 3LDSA 4CEDA 4CFCA 4KI6A 2G8HA 1A5VA 1T7PA 3KLFA 1TAQA 2BANA 3TAPA 1EP4A 2X6SA 3TAEA 4LSLA 3HSTB 1ZBFA 4F3OA 3ZSOA 4M3YA 3ZT0A 1U47A 4F2SA 3ZSZA 3VQ5A 4CEOA 4K8ZA 4E7IA 4M45A 4IDKA 4C8NA 3AA5X 4OPKA 3VN5A 1SL2A 1SKWA 4I9QA 3PO4A 4FVMA 4RG8A 4AH9A 1KFSA 4KTQA 3V9WA 5I3UA 3V1OA 1U04A 4B8CA 4CK2A 3OYIA 4FZZA 4FLXA 4C8LA 1SKSA 3ULDA 4DTRA 4ELUA 4RW4A 5J2QA 3T1AA 1TAUA 4DU4A 1NOYA 1RBSA 2OPQA 2KZMA 5CY4A 2RPIA 2FBTA 2IOCA 2RKIA 3K58A 4HUEA 3ZSWA 5HRRA 3VA0A 2XHBA 3OYNA 2VWJA 3DOKA 3WNFA 4CJPA 5J2PA 3NAEA 3MXMA 1TKTA 1IG9A 2A1SA 2OPRA 2IC3A 3SV3A 3KKRA 3VA3A 1L3SA 4JS5A 3L2QA 3ZCMA 4CEAA 3MXJA 1SL0A 4E0DA 3DLHA 4Z4GA 3C6TA 4OPJA 4DQQA 2PZSA 5FRNA 4CF1A 4DSJA 3JSMA 1KTQA 3M8SA 4DTNA 1Y97A 4EZ6A 1XWLA 3AVIA 3AVHA 3WNHA 2G8KA 4HCBA 4KREA 4FZYA 2Y1JA 4DWIA 2HVHA 4B8AB 4B08A 2F8SA 3CFRA 3NCIA 3DLGA 3K5LA 4FLWA 4ZTFA 2HHUA 4CERA 3ITHA 3L2RA 4CFDA 2JGUA 1A5XA 4CJSA 5J2MA 3O4QA 4FK2A 1QS4A 3MEEA 4BDYA 2ZE2A 3K2PA 4CGGA 2AJQA 4PWDA 1UA1A 1TVRA 4N47A 4KFBA 5E41A 3BGRA 3PX4A 3S3OA 1WSFA 3VQ8A 4PUOA 1NKCA 1WN7A 2B6AA 4CJQA 3V9UA 2Q3SA 1XHXA 3VQBA 1ZBHA 1Q9YA 2XRIA 3I0RA 3SNNA 4CJFA 2PYJA 1KVAA 2JLEA 3C94A 1QHTA 4Y1DA 1X9MA 2O4GA 4CJUA 1RTHA 1YT3A 3DRPA 4O55A 1MU2A 3THVA 1S5JA 3LANA 2OZSA 1LAVA 2VG5A 4PA1A 3OJUA 3P83D 3KIOA 4KO0A 2XY8A 1TKZA 2Z1HA 3TARA 4DTPA 3SI6A 3M8PA 1WAFA 4B9LA 4J2BA 5JS1A 1DTTA 4CF9A 2RF2A 3DLRA 2QK9A 3C95A 3ZSYA 4DG1A 4FJMA 5KGWA 3K5NA 4JRQA 1VSDA 1QE1A 3DM2A 2KFNA 2HVIA 3V9ZA 3MXIA 1KRPA 3OVNA 3RRHA 3VQAA 4EZ9A 3MAQA 3SQ0A 4N56A 3F9KA 3SQ2A 4FJNA 1I3AA 1VRTA 4W5RA 2X74A 1RDDA 1W0HA 1BCOA 2G8FA 3IRXA 3L8BA 3QERA 4JLHA 1EXQA 4OJRA 3AO1A 1R0AA 1NK6A 3F73A 1J53A 1HJRA 4Z4EA 2VG6A 5J2NA 4ELTA 3K59A 1Z26A 4BE0A 4O5BA 1T03A 3LPTA 3NGIA 1C1BA 4CIEA 4DS4A 2QKKA 1O1WA 5D3GA 1CZBA 3VQCA 4FJXA 4F8RA 3ZT4A 2A1RA 4DSIA 3O3HA 1NK8A 3CFOA 2P51A 3TAGA 3L3VA 1KCFA 3CM6A 4CF8A 4YFUA 4CF0A 3LZJA 2GBZA 4I7FA 4W5QA 3RMBA 1ITGA 4AHUA 3P1GA 3OYMA 1T8EA 4M3UA 1B92A 1HPZA 4DMNA 3NFAA 3QNNA 3AVCA 4CEBA 4CESA 2X6NA 2E6LA 4IFYA 4E19A 1XI1A 3QETA 4Y1CA 2VWKA 5DK5A 4O44A 3TABA 3PO5A 4CGJA 4CCHA 2HW3A 3V9SA 4DTMA 4LY7A 5FDLA 3QLHA 4FCYA 4DQIA 3HT3A 3RRGA 1FK9A 4KKOA 3MEDA 4CGFA 4E7LA 5HROA 4FJIA 3DLBA 1TGOA 1KVBA 4Z4CA 3AVMA 4H8KA 3LAKA 1IH7A 2IS3A 4LH5A 3ZSXA 1WSGA 4W5TA 3DRRA 4C8OA 1NJYA 4FJ8A 1SKRA 2BDPA 5JS2A 3V1QA 1HYVA 3QIOA 3AVFA 2ATQA 3O3FA 2XY6A 5K14A 3HVRA 1UA0A 2Z1IA 3D45A 1TL3A 1JLQA 1S1XA 4DFPA 1W9HA 1ZBUA 1NK5A 3QEPA 1S1WA 3OYEA 1CXQA 1L3UA 1D5AA 3TAMA 5CZ1A 4E7KA 1D9FA 3DYAA 4B9NA 5SWMA 4J2DA 3NGZA 4DF4A 4PY5A 4OVLA 1F21A 2IDOA 5CZ2A 3OS0A 4FJHA 4JS4A 3I8DA 4EP5A 1JLEA 2Z1JA 4ELVA 1RNHA 3KK2A 1BI4A 1JLCA 4HVJA 4BE1A 4FZXC 4E7JA 4LH4A 3AA4A 2ZQBA 3LAMA 4QAGA 4EP4A 1B9FA 1LWFA 1Q9XA 1RT4A 3IAYA 5HRSA 2P1JA 3NDKA 1BQNA 4Z4IA 3AVLA 1JXEA 3QINA 4NYFA 3EY1A 3SQ4A 5DMRA 1L3TA 1G15A 4YNQA 2G8UA 4J2AA 1CXUA 3LP0A 4CJLA 3LALA 3VQQA 3L2WA 3KLEA 3P5JA 3KKSA 2HHTA 4DSEA 3PX6A 4K8XA 2WONA 2YNHA 1U4BA 2P5GA 1RBRA 2IGIA 3U6FA 4DU1A 3AO4A 1YTAA 4CK1A 2EHGA 3B6PA 1IKXA 2E4LA 1RT2A 4ICLA 4OKJA 4WE1A 3NF7A 1LAWA 4CJWA 1ASVA 2G8IA 4KI4A 1EKEA 1UWBA 1VSLA 3H08A 3WNEA 2D5RA 4CJEA 4KTZA 2HB5A 3CM5A 3SQ1A 3ZT3A 1XHZA 2FBVA 1TKDA 2Y1IA 5J1EA 3KD1E 2IAJA 4MFBA 2YHBA 1VSKA 2YNIA 3I0SA 3RR8A 4JRPA 1WLJA 3VQ9A 4B3OA 4FM0A 3T19A 4CIGA 1NJXA 4OKEA 3QESA 4DTOA 3UIQA 4HUGA 4OLAA 3TI0A 2XO7A 3AVBA 1TKXA 4CGIA 3KLHA 1IKYA 3BDPA 3CQ8A 2WOMA 4ID1A 1JKHA 2HHXA 4FW1A 1NK0A 1D8YA 2OZMA 1VSFA 2HHWA 3RWUA 1LW2A 3OYDA 4C8KA 2HMIA 4KHUA 4KHQA 1CLQA 3E01A 2YV0X 5KRTA 4Q5VA 1J54A 4HHTA 4E7HA 1KSPA 2ITGA 4NCAA 3SV4A 1NOZA 4UQGA 1RT3A 3LPUA 3C6UA 2I5JA 4CEEA 3AA2A 2PYLA 2HHQA 1RDAA 1NK4A 4FK4A 5HRNA 4W5OA 3OY9A 3D0PA 2DFFA 5KGXA 2KTQA 3OYGA 3SUQA 2BE2A 4FJGA 2KFZA 4I9LA 1NJWA 1QTMA 3IS9A 4KB0A 4DF8A 2O4IA 3KLIA 4NYNA 1QSLA 4M3TA 4J2EA 1S9GA 1JL1A 2YKMA 4Z0UA 4AHTA 4AHCA 3JYTA 4BE2A 4DFKA 3ZSQA 2XY5A 3NH1A 4FLYA 1GOCA 5KI6A 4CJRA 2YHAA 3KJVA 3OYCA 4KHNA 2RN2A 2KW4A 1T05A 5C42A 1RBTA 4LD0A 3S3MA 2B4JA 2R7YA 1RT1A 3HVTA 4IG3A 4XIUA 5FROA 1LV5A 5SZTA 1NKEA 3KTQA 1J9AA 1JL2A 4GVMA 4OGEA 4Z4HA 1U45A 3TWHA 4CFBA 4HUFA 1VK0A 3KD5E 1C1AA 3HK2A 4OLBA 4KV8A 4CHNA 1HMVA 4DQPA 4L8RB 3HP6A 1ASWA 3PY8A 4CEZA 4HTUA 1TK0A 4FLVA 5HP1A 4DTSA 4GMJB 1L5UA 3AO3A 3RMDA 3DMJA 4CF2A 3ISNC 1BCMA 1KFDA 2B5JA 4KRFA 4G1QA 4AHSA 5HRPA 2OPPA 3AVGA 1CZ9A 3SYZA 2EX3A 2QXFA 4FJ5A 1HRHA 1KLNA 3SPZA 1TV6A 4CJ5A 3AO5A 1NJZA 4F2RA 3M8RA 4DLGA 4I2PA 3DLKA 4RW8A 4C8MA 3ALYA 1VSEA 3LWLA 4QOZB 3TAFA 4AHRA 4CECA 4CHPA 5FRMA 3G10A 4KPYA 4M3WA 3WNGA 3FFIA 4CGHA 4NCBA 1S1UA 4CGDA 1FKPA 3SUNA 2ZD1A 3LP3A 1S6PA 4M42A 4TSXA 2F8TA 4B9TA 3AVNA 3PV8A 5KRSA 5HLFA 2NUBA 4H4OA 4N41A 2KZZA 3K5MA 4CFAA 4CHYA 4HCCA 4OGCA 4CJ4A 3OYJA 1N6QA 1D9DA 4Z4FA 2GUIA 4BWMA 1VSJA 4M3RA 1LWCA 3NF8A 1NKBA 1GOAA 4AHVA 1TK8A 4BDPA 1KLMA 5EU7A 4FJJA 1S6QA 3HM9A 1SL1A 3IG1A 1HNIA 2HNZA 4E1MA 4DSLA 1NK7A 4KHSA 2KQ2A 4CIFA 3HXMA 3NH2A 4CJVA 4O0JA 3RTVA 4FLZA 2DFHA 1BL3A 4CEFA 2OA8A 4FLUA 1IKWA 4O4GA 4DFJA 3DOLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCGA 2OPSA 1JCFA 3OYAA 4GKJK 4IO9L 4F3TA 1BHLA 2W40A 3AVKA 4B3SK 4BACA 4M3ZA 3TJYA 3CCVN 1SV5A 1QSYA 3O4WA 1DTQA 5DM6L 1LWEA 3N4QA 4A59A 3VQ4A 2KLAA 2UUCK 3EYZA 1N34K 1SAZA 4GNIA 4B9SA 2FC0A 1YVUA 3SAGA 4A5AA 4E1NA 2BH1A 2HBLA 4QNDA 2XY7A 3F9MA 1HQEA 1WB9A 3HL8A 2HHSA 3PUFA 4BWJA 1REVA 1I39A 1B9DA 1Q8IA 1RTIA 4FJLA 2QWPA 4E7IA 4AHUA 1RDCA 3V1RA 5C24A 1VSMA 5AZJA 1XC9A 1N8RO 5TKYA 1NMNA 5AFUA 2DFEA 4DTJA 5F2RA 2JPNA 3NVKA 1BWFO 3K0SA 4KHWA 4H0YB 2HMPA 4AKGA 1X9SA 1KXPA 2D0AA 3ZX3A 3VOVA 4DB3A 2D1KA 3W3DA 4LFBK 3O4NA 1HUXA 5CYQA 4CD3A 1HQUA 1GLJO 1EWRA 4A5BA 4LF4K 3VQ7A 1WAJA 3RR7A 3E9LA 1C0TA 3LDNA 1C0FA 3ASMA 3L2VA 3SMSA 1K6YA 4CJ3A 1FZHE 5GAHP 1BO5O 4B9UA 4JKCA 4ADNA 2HSTA 2QWQA 1X1PA 3H1QA 3B6OA 3VF4A 1DLOA 1LW0A 3LDOA 3OYFA 1HYSA 2QM1A 3ULEA 2E31A 3EZWA 4AF1A 2QI2A 4FM2A 2JHCA 4DSFA 3TR8A 1WSEA 2G8VA 3U9ZA 5TKWA 3U3YA 4IKFA 4N5SA 4YOVA 4IO8A 1GOBA 3LDQA 1QQNA 4MDBA 4O5FA 1ASUA 4DFMA 3TSPA 1NM1A 3ZETA 4E89A 3LWMA 1E3MA 5BN8A 3OYBA 4LF6K 2HBKA 2BANA 3TAEA 2ZJRL 4RWTA 3ZT0A 1U47A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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