4KHWA

Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotide at -2 position
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
902
structure length
898
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIESREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 329
structure length 898
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khwA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khwA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khwA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khwA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khwA03
2ZE2A 3WNGA 1FKOA 3SCXA 1J53A 4CECA 3L8BA 3VQ7A 3HVTA 1JLBA 1J54A 4J2DA 4CF1A 1Z26A 4NCAA 4B9TA 2G8FA 1ASVA 3NCIA 4CJRA 3L3VA 3NHGA 4R5PA 3EYZA 3I0RA 1JLEA 3V81A 2OPSA 4FJ5A 5JS2A 3QO9A 1HYZA 1RT4A 4L8RB 3HJFA 2X6SA 3OVNA 3JYTA 3PO4A 2B5JA 4Z4IA 3MXMA 2G8VA 2Z1JA 3PX0A 1Q9XA 4TSXA 3ZSWA 3ITHA 3RMBA 4PA1A 2GBZA 5C25A 4FW2A 4HCCA 4BWMA 4E7HA 3VQ5A 4AH9A 4RW6A 4CJLA 2A1SA 1TKDA 2YNFA 4FK0A 1WSFA 1Y97A 3TAQA 3V1OA 4B9NA 3OYFA 5D3GA 2OZSA 3AVFA 1VSDA 4YNQA 4RW4A 3AVMA 4FJGA 3DLRA 4Q0BA 3CM6A 2JLEA 4DFPA 5J2MA 1VSEA 1EXQA 3SNNA 3WNFA 5SWMA 1N6QA 4CFAA 4CF0A 4DU1A 4M3RA 3VQEA 4DQPA 3P1GA 1T8EA 1LAVA 3C6UA 1KLMA 2R7YA 1F21A 2PY5A 4IFYA 3OYBA 2HVIA 3ZSVA 2LSNA 1ZBUA 4I2PA 5DMRA 4AHTA 4FLYA 4DTUA 4CEEA 3WNHA 3KLFA 3HT3A 1NKEA 2HB5A 3CFOA 1SV5A 3V9SA 4FJ9A 1RBTA 2YNGA 1SL0A 4H8KA 4M3TA 1VSJA 2YNIA 1UAXA 4GW6A 3DRRA 1YTAA 3NAEA 3SUQA 3SI6A 2D0AA 4W5OA 1LW2A 3V1RA 4FLTA 3VQCA 4IBNA 2DFEA 3HP6A 1DLOA 3KLEA 1KVCA 2P51A 4B8AB 2P5GA 1MU2A 1X9MA 4FW1A 1IKYA 4DSLA 3LPUA 4KHNA 3RRGA 1KVAA 2D0BA 3VQPA 5T7BA 2O4GA 2VG7A 4DTPA 2HMIA 4ZTFA 1QS4A 3ZSXA 2HHUA 3HP9A 2KFZA 3UIQA 4B9UA 3LAKA 2DFFA 3RMCA 1BIZA 3NH2A 3K5MA 4DLGA 4E0DA 4CEQA 2HHWA 5CY4A 1LWFA 3SQ2A 3M8PA 4F2SA 2HNYA 1L3UA 3KKRA 4KHSA 3TAMA 4B8CA 3SYZA 1JXEA 4CE9A 4QCLA 4QAGA 1T05A 3OJUA 2Z1GA 2HVHA 5J2QA 4OGCA 4IG0A 1SKRA 4HUEA 1FK9A 1RT2A 1GOAA 4DFKA 4CESA 4DF8A 1RCHA 4F8RA 1VRUA 3MEEA 3C6TA 4OJRA 3VQ4A 4FK4A 4N56A 3M8RA 2F8TA 2VG6A 4KTZA 3K5NA 4FJ8A 4KV8A 3K2PA 1WSIA 5HRNA 3ZCMA 3KLHA 1HQEA 3RR8A 4EP4A 1C0TA 2YHAA 3QINA 3MEGA 2WOMA 3NGYA 3RRHA 1XI1A 2E6LA 1Z25A 3T19A 4CEFA 4OPKA 2F8SA 3AO1A 1S1VA 4AILC 2NUBA 4N41A 3FFIA 2VG5A 3G0ZA 4DSEA 4PWDA 4IG3A 1DTQA 3MXIA 3U3GA 3I8DA 1CZBA 4HUGA 3NF8A 3NF7A 3HL8A 1U49A 1BI4B 1TAQA 3LP2A 1C0MA 1C0UA 2VWJA 4JRQA 2HHTA 1ASWA 1CXUA 3DRSA 3KIOA 3AVKA 3SPYA 1S9GA 3G10A 4OGEA 1BI4A 3OYHA 1CXQA 1RT7A 4CERA 5KTQA 4E1MA 3KK1A 1D9FA 4Z0UA 3AVAA 1B9DA 2RPIA 4CFCA 3K58A 4OLAA 3V9UA 4FLXA 3NH0A 3F73A 3V9WA 4CK1A 2KTQA 3B6PA 3U3YA 3LAMA 4FYDA 1ZBIA 3SV4A 2OPRA 3LDSA 4CF9A 3CYMA 1WNSA 1L3VA 3OYGA 4CHNA 4F3OA 1DTTA 5I3UA 2YNHA 3V4IA 4FZYA 2FBTA 4CJEA 3VQ6A 1YT3A 3AVNA 3V9XA 2HHSA 4DFJA 1RTIA 4FVMA 1WSGA 4AHRA 3KD1E 1UOCA 3L2UA 4FJKA 2JGUA 1FXXA 3DM2A 3CM5A 5CYQA 3PX4A 4DSJA 3QESA 1VRTA 2RN2A 2Z1HA 1IKWA 1JLAA 5FROA 4BDPA 3A2FA 1BCOA 3D0PA 1XHZA 1VSLA 4PY5A 3CQ8A 3ZSOA 4I9QA 3ZT1A 3CG7A 4FJNA 3KK2A 3P5JA 1L3TA 4FCYA 4CIEA 4OKEA 5FRMA 4OLBA 3P83D 1NK5A 4N5SA 1ZBFA 4OVLA 3DOLA 3VA0A 4KFBA 1BISA 3AVBA 4E89A 1G15A 2ZQBA 2PZSA 4RW9A 1S1TA 1J9AA 1EKEA 4O44A 3HVRA 3K57A 1SL2A 1IH7A 4FJIA 1GOBA 1KVBA 4RW8A 4DQSA 1TK0A 2G8WA 4JS4A 4GVMA 1RBUA 3AVIA 1S1XA 3D45A 4OKKA 1RDBA 2A1RA 4G1QA 4LSNA 3IRXA 4FK2A 1U45A 1TK5A 4FJMA 3TAFA 3OJSA 1YTUA 1LWEA 1D9DA 1T7PA 1JLGA 4CEAA 2XHBA 3KD5E 3SQ4A 3L2QA 2BDPA 2YKMA 3AA2A 4IDKA 4Z4HA 3LP0A 2Q3SA 3VA3A 5JS1A 4XIUA 2IOCA 1REVA 2YV0X 3LP3A 1XWLA 4KB1A 4KHUA 1HQUA 2Z1IA 4O5BA 4DTJA 3LWLA 4NCBA 4KHYA 2B6AA 2HHVA 2XY5A 3RWUA 1SKSA 4F3TA 4ZTJA 2X6NA 4CK3A 3EY1A 4AHVA 3K5LA 4DTNA 2I5JA 4FZXC 3HO1A 3TANA 1NJYA 4CGJA 2DY4A 4EP5A 1HYVA 1S9EA 3SQ0A 2P5OA 3ZSRA 3PUFA 1GOCA 4N47A 3OYKA 3ULDA 3L3UA 1LW0A 2ZD1A 3SPZA 2HNDA 3SV3A 3AA5X 1X9WA 4QOZB 5HROA 5HRSA 4DU3A 3ZT4A 5E41A 4K8XA 4DTOA 5KI6A 1KLNA 3ISNC 2XO7A 1IG9A 3V6DA 1SUQA 3TI0A 4IKFA 1C1AA 4ELUA 1RDCA 1VK0A 3HPOA 4EZ6A 1LV5A 4CJKA 5J1EA 3BDPA 1B92A 3C94A 3T3FA 4FJ7A 4BDYA 4Y1DA 5J2NA 1BIUA 4DQIA 1EP4A 4CJ4A 2XY7A 4KHQA 1ZBLA 4O4GA 3ZT0A 3QNNA 4M3ZA 4I2QA 4FLUA 4CJVA 2AJQA 4J2EA 1TL1A 3HM9A 2QKKA 2D5RA 4YFUA 3RR7A 3OS0A 3RMAA 3OYAA 4DWIA 1S1UA 3DLKA 1R0AA 3O3HA 4ICLA 1HMVA 1KCFA 4B08A 4CEOA 4DTXA 3NFAA 4CJWA 4DSIA 4GMJB 2G8KA 3QLHA 3CFRA 3B6OA 4DLEA 1VSKA 1D8YA 3HSTB 3LALA 3QNOA 4CEZA 5C42A 4I9LA 2F96A 4JLHA 5KRSA 2Y1JA 2XRIA 4E7LA 2P1JA 3QIOA 2G8IA 3OYMA 4FM1A 2BGGA 4CHYA 4J2BA 4IFVA 3AVLA 4BE0A 2HNZA 2QXFA 2OPQA 4MFBA 4BE2A 1NK6A 4KPYA 4CJ5A 4CHQA 4J2AA 3QEWA 3OYJA 2G8UA 1QSLA 1VSMA 3ZSQA 4JS5A 3AVCA 4DS5A 4CJSA 4FLVA 2X74A 4FJJA 1SKWA 3I0SA 4CF2A 1VSFA 4CFDA 1C1BA 3KTQA 3DLGA 4DF4A 1ASUA 5C24A 4FLZA 4WE1A 4FM0A 4CGDA 4B3OA 1HPZA 1NK4A 3OYDA 3HYFA 4M45A 1JKHA 4CGGA 1S6QA 5K14A 4FJLA 4C8KA 4E3SA 2EX3A 1X9SA 2GV9A 4B9VA 3VQ8A 4F4KA 1BHLA 2DFHA 3JSMA 3K59A 3DRPA 4C8NA 4AHSA 2YHBA 3VQ9A 2PYLA 3TWHA 3QETA 2GUIA 4KI4A 1I3AA 2D0CA 1T03A 4BDZA 3HPHA 4W5NA 1JL2A 1TVRA 5SZTA 3S3OA 1ITGA 2ETJA 3H08A 4C8MA 1RILA 3KK3A 1NK7A 4H4OA 3SZ2A 2YKNA 1VSHA 1TAUA 3NBPA 1WSJA 4CHOA 4H4MA 5EU7A 3MXJA 4KREA 4JRPA 3HK2A 4CF8A 4CGFA 3M8SA 1U47A 1EX4A 4CCHA 1RT1A 3KKSA 1TGOA 2IC3A 2RF2A 4K8ZA 3AV9A 4OKJA 1RTJA 1QHTA 4NYNA 1SL1A 4KO0A 4HUFA 1TL3A 1NKCA 3QEVA 2OPPA 3TARA 3AO4A 1YVUA 3ZT2A 3SUPA 3L2WA 3TAPA 3QEXA 4M3XA 3VN5A 5CYMA 5KRTA 3NGZA 1WN7A 1HRHA 3T1AA 3OYNA 3DLHA 2O4IA 1KFDA 1TK8A 3OS1A 3HXMA 4MQ3A 5HRRA 1RDAA 1S6PA 1JLCA 4ID5A 5I42A 1BL3A 4O0IA 3SUNA 1NOYA 3DYAA 3O4QA 2RKIA 4LH4A 4NCGA 4F2RA 1A5XA 5CZ1A 4UQGA 3SJJA 2ATQA 4CJPA 3U6FA 1ZYQA 4HCBA 4ELVA 4B9MA 2KQ2A 2KW4A 2IDOA 3MEDA 4C8LA 3PY8A 2WONA 4N76A 4M3YA 4DFMA 3ZSYA 3NE6A 3BGRA 1KFSA 4E1NA 4DG1A 1JL1A 4Y1CA 1NJWA 3OYCA 4CGHA 3SQ1A 2Y1IA 4M42A 2E4LA 1NOZA 3AVJA 2BE2A 4DSFA 1WLJA 5CZ2A 4CJFA 3K5OA 4KHWA 3S9HA 1C6VA 2BANA 3LP1A 1WSEA 3VQDA 3MAQA 4DQQA 4ELTA 4PUOA 4M3UA 1J5OA 3TABA 3IS9A 3PV8A 3THVA 3VQBA 3PO5A 1RNHA 4FM2A 2IAJA 1I39A 4KRFA 4OPJA 3NH1A 3AO3A 1B9FA 1BQNA 3TR8A 4HHTA 4FLWA 1RT6A 3KLIA 4FJXA 2IS3A 3NF9A 1HNVA 3E01A 2OA8A 4KTQA 1IKVA 1IO2A 4AHCA 2VWKA 4E7KA 1LAWA 3OYLA 1U04A 1TV6A 4DTSA 1QQCA 1KTQA 2FBYA 4ID1A 3V1QA 1A5WA 4DS4A 4FXDA 2HHXA 2KZZA 4E19A 2G8HA 3HPGA 2FBXA 2ITGA 2PYJA 3OY9A 3F9KA 4W5QA 1WSHA 3AO2A 4CJ3A 3MECA 3ASMA 4DSKA 1ZBHA 1UA1A 4KI6A 1Q8IA 5KGWA 5FRNA 3LPTA 4Z4FA 4BACA 2HW3A 3OS2A 1RBSA 5J2PA 4PQUA 4CIFA 4CFBA 3IAYA 4FZZA 2XY8A 3QEPA 1BCMA 1RT5A 1RT3A 4M3WA 1QSSA 1QTMA 3DLBA 1JLFA 3TAGA 4DQRA 3S3MA 4KAZA 4LH5A 1NJZA 1RTDA 2QKBA 4CK2A 3DMJA 1FKPA 1RBVA 3WNEA 4E7JA 4B9LA 1WAJA 2DTUA 4Z4CA 4FJHA 4CJTA 1RTHA 1TKZA 4AHUA 1BQMA 1EETA 1LWCA 5KGXA 1RBRA 1XC9A 1L5UA 1KRPA 2KZMA 1NJXA 1NKBA 1WAFA 3AO5A 1L3SA 4CJQA 4KTWA 2W42A 2FBVA 3LWMA 4EZ9A 4KB0A 1U4BA 4ZHRA 4CEBA 1C1CA 1NK8A 3ZT3A 2HHQA 5FDLA 1IKXA 3PX6A 2KFNA 3DI6A 4LSLA 3KLGA 1XHXA 3LZJA 2X78A 3V9ZA 1KSPA 2EHGA 1JLQA 1QE1A 2E6MA 4LY7A 1W0HA 4KKOA 4W5RA 1W9HA 3O4NA 3IG1A 5HLFA 2XY6A 1A5VA 3QERA 4HTUA 1K6YA 4O0JA 4CGIA 2FC0A 3C95A 1N5YA 1BGXT 1UWBA 1JXBA 4BE1A 2IGIA 1CZ9A 3NF6A 3O3GA 3VQAA 1TKTA 4BWJA 3RTVA 3O3FA 3L2VA 5DK5A 3LANA 4CHPA 3TAEA 4DTRA 1RDDA 3L2RA 1NK9A 1QSYA 3AA4A 3QIPA 3RMDA 4LD0A 4CJUA 1CLQA 3QEIA 3AVGA 4W5TA 5HRPA 1O1WA 1Q9YA 3VQQA 3CFPA 4B9SA 3NGIA 4I7FA 4CEDA 3DLEA 4DTMA 3NDKA 4O55A 1X1PA 3S3NA 1NK0A 2QK9A 3AA3A 2OZMA 1HNIA 4CHZA 1S1WA 1HYSA 1D5AA 3M8QA 1VSIA 2B4JA 1UA0A 4M41A 4CIGA 4DMNA 4HVJA 4RG8A 4NYFA 4RW7A 5HBMA 3KJVA 4C8OA 1TKXA 3AVHA 3ZSZA 3OYIA 3DOKA 1HJRA 4Z4GA 1S5JA 3ALYA 1U48A 3OYEA 3LZIA 4DU4A 3EZ5A 4Z4EA 3SUOA 4Q5VA 4E7IA 2OYQA 5HP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3SV4A 2OPRA 1XVFE 4CF9A 4CHNA 4DV1K 4CJEA 3VQ6A 2JWKA 1RTIA 3E66A 4ISFA 3VEWA 1MA9B 3KD1E 1JJ2M 4FJKA 2JGUA 5CYQA 4A2AA 3CM5A 3PX4A 3O4WA 2RN2A 2Z1HA 1JLAA 3OHRA 1JCEA 3QBXA 3ZSOA 1QZ6A 3ZT1A 4G9ZA 4BGAA 1L3TA 4C23A 2E32A 4OKEA 4CIEA 5FRMA 4WCEL 5AQQA 1ZBFA 2A40A 3DOLA 3VEXA 1BISA 3AVBA 1YJWN 2FF6A 1J9AA 2WC9A 1SL2A 2MZWB 4FJIA 1GOBA 3LDLA 4DQSA 2G8WA 3MN7A 3AVIA 1HKBA 3HRGA 1S1XA 3IRXA 1U45A 3LM2A 4DR1K 5AZJB 4LF7K 1YF5L 4EYWA 3L2QA 1HNWK 3SQ4A 2BDPA 4IDKA 3LP0A 3VA3A 1YXQA 1XWLA 2GUPA 4ADOA 4O5BA 3DJCA 2XY5A 3PLAA 4F3TA 4ZTJA 2PFVA 1NJYA 4CGJA 4H03B 1HJOA 1TYQB 3CI5A 3OYKA 1XVCE 1LW0A 1X9WA 4QOZB 1Q18A 4DTOA 5KI6A 4DR2K 3ISNC 3AARA 1IG9A 4CW7B 1KLNA 4IKFA 5GAGP 1BDGA 3CCUN 1CZAN 3PIPL 3BDPA 4FJ7A 1FZ1E 5HL7L 4KHQA 4O4GA 4CJVA 3QNNA 1Q86O 5JVGL 3WXIA 2I7PA 4M63C 3RR7A 3RMAA 3OYAA 1S1UA 4CBWA 2W6KA 4ICLA 1FZ5E 4B08A 1HMVA 3H1QA 3PSIA 5BN9A 2QI2A 3M6GA 4CJWA 5M1NA 3TTCA 3B6OA 3DXMA 4CEZA 2RKHA 2P1JA 5AQLA 3V7DB 2UUAK 2BGGA 4CHYA 4J2BA 1XU3E 4IFVA 4X64K 4MFBA 4BE2A 4H0VB 4H0YB 2OVQB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H5N A;  3SCX A;  1RDW X;  4RTF D;  3LD8 A;  3VMF B;  3HTV A;  1ASV A;  1ZXO A;  4QS7 A;  4R5P A;  2OPS A;  4FVU A;  3QO9 A;  2E88 A;  2FSK A;  2X6S A;  1VQ8 N;  2G8V A;  1EWR A;  2VJ5 A;  4TSX A;  3ZSW A;  4B1Z A;  2GBZ A;  4BWM A;  4E7H A;  2OAN A;  4CJL A;  1WUA A;  2A1S A;  3R1X A;  2VJ4 A;  3OYF A;  1YVN A;  1NJI O;  2OZS A;  2LF6 A;  3AVF A;  4QS9 A;  4EFH A;  2W40 A;  2UU9 K;  1ATN A;  2F7T A;  3SNN A;  4CF0 A;  5LMU K;  4DU1 A;  1T8E A;  4A5B A;  2FSN A;  2PY5 A;  1F21 A;  2HVI A;  4EHT A;  3FFK B;  2OTJ N;  3K9J A;  4FLY A;  1NKE A;  2NRT A;  4Y0W A;  3CFO A;  2YNG A;  3KZB A;  1MMO G;  2P1Q B;  1QHA A;  1YTA A;  2D0A A;  3BVO A;  3O3H A;  1LW2 A;  3HGL A;  4B8A B;  4I6J B;  3SBG A;  3RSE A;  3O08 A;  1KVA A;  3TL8 B;  3VQP A;  2O4G A;  2HMI A;  2KFZ A;  1QS4 A;  3VTI A;  3ZSX A;  3LAK A;  3L0Q A;  2P9U A;  5AQW A;  2H3G X;  1LWF A;  5CY4 A;  3ID6 A;  4LF4 K;  1L3U A;  3SYZ A;  4JV5 K;  4JKF A;  4QCL A;  4JKB A;  2HVH A;  4BC5 A;  4HUE A;  3VEN A;  1RCH A;  2Q0U A;  4CZH A;  1ATR A; 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