4KHWA

Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotide at -2 position
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
902
structure length
898
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIESREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 329
structure length 898
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khwA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khwA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khwA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khwA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khwA03
4DSFA 3OYMA 4EP4A 1TK5A 1BI4A 1NK6A 1SL2A 4CCHA 1K6YA 4DU1A 3AVNA 2XY7A 1J54A 4J2AA 1RBVA 2O4GA 3LP1A 3TANA 3L2WA 4JRPA 2YNHA 1JLQA 1WSJA 2RF2A 3HSTB 1C1CA 3QO9A 3DLKA 5JS2A 4FM0A 2F8SA 3OYDA 1RDAA 1TK8A 1JLFA 3SQ4A 3LWMA 4TSXA 4LH4A 5J2MA 3V1QA 2BANA 2XY5A 4BACA 4KHSA 1WSHA 3V1RA 3VQDA 3ULDA 4PQUA 4DQPA 3VQQA 1LWEA 1TK0A 2FC0A 3O3HA 3SPZA 3NF8A 4CJLA 4PUOA 1QSYA 1T03A 1QHTA 1JLAA 3LDSA 1L3VA 2X6NA 3SJJA 1XWLA 3V81A 1VRUA 3M8PA 1BI4B 1TVRA 2HNDA 3VQCA 1ITGA 1S6PA 2YKNA 3VQEA 3VA3A 3MEEA 3DI6A 1D8YA 4CERA 4N41A 5EU7A 4M45A 1L3TA 1HQUA 2FBYA 3QNNA 1KTQA 4FW1A 1VSFA 1A5XA 3K58A 4GVMA 4R5PA 1U49A 1T7PA 4BE2A 3VQ7A 5FRMA 2HVIA 4ELVA 3HT3A 1W0HA 1C0UA 2RN2A 1LWCA 4FJHA 4DTRA 2HB5A 3AVBA 2G8VA 2Z1HA 4EZ6A 3KD5E 4O44A 2KFNA 3MXJA 1EP4A 4NYFA 1VK0A 4FVMA 4CF8A 4DSIA 3P83D 2Q3SA 4FZZA 1C1AA 1U4BA 4KHWA 1U47A 4FJ7A 4O0JA 4DLEA 3VQAA 4J2DA 4CEZA 3OS2A 1ZBIA 1RCHA 4XIUA 3S3NA 3NGYA 4FJ8A 3NFAA 3VQPA 4IDKA 4ZTFA 4RW8A 4DQSA 3VQ5A 4CJUA 1D5AA 3O4QA 1Z25A 4CGGA 3NAEA 3RMDA 4CHQA 3U6FA 1IKXA 2X6SA 3DLGA 3MEGA 2OZMA 3KKSA 4H8KA 3ZSWA 4CIEA 5HLFA 4CHYA 2G8WA 1C6VA 3FFIA 4CK1A 1F21A 4B9MA 1CXQA 1CZ9A 3K57A 1BQNA 1YTUA 4MQ3A 3RMAA 1YVUA 3T3FA 1S1TA 4QCLA 4FJ9A 4KHUA 4KI6A 1RT4A 4H4MA 4CJWA 3CYMA 4CGHA 3AA3A 1FK9A 2HHWA 2XHBA 2PZSA 4DFJA 2YNGA 3K2PA 1HNIA 4OKKA 4HVJA 4K8XA 2R7YA 2F8TA 1TGOA 3AO2A 4B9VA 3D0PA 2P51A 4LSNA 3I0SA 4IFVA 4KREA 3QEVA 4F2RA 3NF6A 4H4OA 2OPQA 4LSLA 5KRTA 3MXMA 1FKPA 1UWBA 1VSJA 3L3UA 3M8QA 3K5MA 1Q9XA 2E6LA 4FK4A 4KKOA 2VWKA 4ZHRA 3MXIA 2O4IA 4CEDA 3EZ5A 3QEIA 2HNYA 3WNEA 3BDPA 4MFBA 1LW0A 4FXDA 1RTJA 4CJKA 1HYZA 4Z0UA 2KW4A 4LY7A 4CHPA 1UA1A 3RMCA 1I39A 1RTDA 4FJLA 3C94A 1JLBA 3TAPA 3K5OA 1JXBA 3AVCA 3DLRA 4FJXA 3G10A 4C8MA 2XO7A 5SZTA 1D9FA 1GOCA 2IGIA 1HQEA 1HRHA 4CFDA 3V9XA 1HJRA 1DLOA 4GMJB 1IH7A 1O1WA 3KK2A 1U48A 1BCOA 3B6OA 4CEQA 2QK9A 3QETA 1RT5A 4IFYA 4HCCA 3HJFA 1D9DA 4FZXC 4QOZB 1ASUA 3PUFA 1EKEA 1J5OA 3ZT0A 2P5GA 5FRNA 4CHZA 3AO4A 4DSKA 3SZ2A 3NH1A 3VQBA 4FJJA 1EXQA 1Z26A 4CJQA 3NF9A 4E7IA 3SQ0A 1R0AA 3DOKA 3EY1A 3LZIA 1C1BA 4HUGA 2XRIA 4OKJA 1NKBA 4CJ5A 1RBSA 3ZT1A 1RTIA 3L2RA 4NCAA 1NKEA 3DLBA 1JLCA 3QIOA 4DTPA 4E89A 2PYLA 2OPSA 4C8LA 3RTVA 3HVTA 2E6MA 4B9NA 3ITHA 1S5JA 3WNGA 4KV8A 1RBRA 4FJ5A 5J1EA 1RT2A 3S3MA 4KFBA 3AO1A 2G8UA 3KKRA 1VSIA 4IBNA 4DWIA 4DTMA 2GBZA 3BGRA 4I2PA 2HHQA 1BIUA 1B9DA 1FXXA 2HHUA 4CJFA 5CYMA 3OYHA 2OPPA 2I5JA 3A2FA 4OLBA 2IDOA 2OPRA 4I2QA 4BE0A 1IO2A 3K59A 1KVCA 4Z4EA 3PX6A 1C0TA 4FLXA 5CY4A 4W5QA 3PY8A 4FK2A 3TAGA 1JL2A 4HCBA 3OS1A 2OA8A 2X78A 2KZMA 5KGXA 2VG6A 3M8SA 3KLGA 4HUFA 3AA2A 4E7HA 1VSMA 3HVRA 4RW7A 4FZYA 2AJQA 4OPKA 1LAWA 2ZE2A 3LANA 5HRRA 3JSMA 1S1WA 4ZTJA 2B4JA 3ZSOA 1S9GA 3ZSVA 2RKIA 3IS9A 2GUIA 3RRHA 1YTAA 4FJKA 2D5RA 4FLWA 1BCMA 5FROA 1B9FA 3V1OA 4CGJA 1CXUA 1TKXA 4FJIA 4DTUA 3ZCMA 4CE9A 4DQRA 1LV5A 4AHCA 4K8ZA 4C8KA 3OVNA 2YHAA 2BDPA 1XC9A 1RILA 4M3YA 1VRTA 4CJ4A 1LAVA 1YT3A 4CGIA 4PWDA 1S1UA 4B3OA 4OKEA 3K5LA 3LPTA 1L5UA 1IKYA 4CHOA 2QKBA 1HYSA 2DY4A 3ALYA 4BDYA 4DS5A 3F9KA 2G8FA 1BISA 1S1XA 3SCXA 3AO3A 4KHQA 4GW6A 1UOCA 4C8NA 4CIGA 4Z4CA 1NJWA 2WONA 4KB1A 3OYIA 4DQQA 3TAEA 1X9WA 5KTQA 1Q9YA 1TL1A 1VSLA 1WNSA 3ASMA 3T19A 1REVA 3TAMA 2D0CA 2OYQA 4FM1A 3QESA 3U3GA 2LSNA 2IC3A 2KFZA 3HM9A 4AHTA 4B8AB 4CJSA 4CK3A 1MU2A 4YNQA 4BE1A 4E7LA 1N5YA 1Y97A 3ZSQA 4I9QA 1RT6A 3AO5A 3S3OA 2WOMA 5T7BA 2IAJA 2YV0X 4DLGA 1NJZA 4KPYA 2DFHA 4FM2A 3ZT2A 2YKMA 3LWLA 2HW3A 3TARA 1KRPA 3LPUA 4E7JA 1TAQA 3DMJA 3OYBA 1WLJA 2ZD1A 2KTQA 3EYZA 3HK2A 3LP3A 3LAMA 4NYNA 1KSPA 1XHZA 5KRSA 3V9ZA 2Y1JA 3SV4A 4OJRA 4HHTA 1KLMA 1KVBA 1BHLA 3C95A 3QEPA 1A5WA 1A5VA 3KIOA 1NOZA 1ASWA 4Y1CA 5HRNA 3U3YA 3L2UA 2F96A 2IOCA 4DSEA 2JGUA 4B8CA 3F73A 1EX4A 1X9SA 4CJTA 4BWMA 4J2EA 1KVAA 3QNOA 3V4IA 4DTNA 1W9HA 3QEXA 2DFFA 4CGFA 1WSFA 2GV9A 1ZBLA 4B9LA 1L3SA 2FBTA 3B6PA 4CFAA 3I0RA 3OYKA 1CZBA 3ZSZA 3DRRA 4O0IA 1X1PA 2PY5A 4B9UA 2VG5A 2E4LA 1WN7A 4HUEA 4N56A 4ELUA 4CK2A 3NH0A 3OS0A 3DLEA 4CJVA 3OYGA 1TKTA 5J2PA 1U45A 4DQIA 4B9SA 2Z1IA 3CFOA 3ZSXA 4CF2A 2QKKA 3DYAA 3D45A 1BQMA 3HP9A 2NUBA 1TKDA 1NK0A 4F3OA 3OY9A 3SPYA 1RDBA 1VSEA 1QSLA 3QERA 4DU4A 3SQ1A 4FJGA 4WE1A 3AVLA 1JL1A 4CEOA 4Z4FA 2QXFA 3RMBA 5CYQA 2KZZA 1SKRA 4PA1A 2G8HA 1JLGA 1RBUA 4DFKA 1QTMA 4F4KA 3P1GA 5HP1A 1QE1A 2Z1JA 3AVGA 4F8RA 1UAXA 4FJNA 4W5OA 4FLTA 1SKSA 4ICLA 4DFMA 1UA0A 4M41A 4M3XA 4J2BA 3OYJA 5HROA 1RDDA 1HNVA 3C6UA 5FDLA 4DFPA 3ZSRA 5DK5A 2BE2A 4M42A 2EX3A 1X9MA 1U04A 3NE6A 4OGEA 3HP6A 1KFSA 3SUQA 4YFUA 3V9UA 3CQ8A 1DTQA 1C0MA 2D0BA 4DTSA 5I42A 1ASVA 2X74A 5J2NA 4O4GA 2VG7A 4CEEA 2HMIA 4RG8A 3KLEA 1KLNA 4FJMA 1NK5A 1T8EA 4IG0A 1BL3A 3ZT4A 5C24A 4CGDA 3PO5A 3NBPA 3ZSYA 2HHSA 2HVHA 1GOAA 4E0DA 5HRPA 2XY6A 1L3UA 5DMRA 2FBXA 5CZ2A 1RTHA 1RT7A 3KJVA 3NHGA 3OYAA 3NH2A 2ETJA 1NJXA 1WSGA 3AA5X 4CIFA 2YHBA 1WAFA 3M8RA 3HO1A 4AHSA 3ZT3A 3E01A 1VSDA 3LP0A 1SV5A 1CLQA 4ID1A 4CESA 1J53A 4Q5VA 3AVMA 3O4NA 3DM2A 1QSSA 4OVLA 3ISNC 1BGXT 4FLVA 3WNFA 1FKOA 3AVHA 5C25A 2KQ2A 3CG7A 4JLHA 3NF7A 3TI0A 4Z4IA 3SUNA 1S6QA 4FYDA 3UIQA 4LH5A 4KTWA 4NCGA 1TAUA 3IAYA 5SWMA 1JKHA 2B5JA 4KO0A 1NK8A 4ELTA 4FLYA 4Q0BA 1BIZA 4O55A 3SYZA 3VQ9A 4AILC 1LWFA 3S9HA 1ZBFA 3RR7A 4DG1A 4L8RB 3QINA 3JYTA 3PX0A 4I7FA 3L2VA 2PYJA 4W5TA 4KHYA 1HYVA 1I3AA 3AVFA 2A1SA 1SKWA 3VQ6A 3RWUA 4M3ZA 5I3UA 2VWJA 3PV8A 3VN5A 1VSHA 3G0ZA 3MEDA 2W42A 3K5NA 3HPHA 3KLHA 4HTUA 2Z1GA 3L2QA 3HYFA 3THVA 2B6AA 4C8OA 3NCIA 4FLUA 4M3WA 1RBTA 1RNHA 4RW9A 4RW6A 1XHXA 4CEBA 1JLEA 3O3FA 3KK1A 4RW4A 4KAZA 4AHUA 1S9EA 4E7KA 3MAQA 4IG3A 3V6DA 4IKFA 2HHTA 3I8DA 3AVJA 2EHGA 4W5RA 3OYCA 3SV3A 3DLHA 4DTJA 4CJPA 2BGGA 4OLAA 3KTQA 2RPIA 1JXEA 4Z4HA 3AVAA 4DS4A 1GOBA 4CJ3A 1WSIA 3T1AA 4CF1A 4OPJA 2DTUA 2OZSA 4FK0A 3SNNA 3C6TA 3OYLA 2HHXA 2XY8A 5KI6A 4DTXA 3RRGA 4JRQA 3AA4A 3IRXA 4CHNA 3QIPA 4DTOA 3AVIA 4DF8A 5JS1A 3TABA 4JS5A 4F3TA 3CM6A 1J9AA 5HBMA 3KD1E 1SL0A 1TL3A 1XI1A 3NGIA 2ITGA 2YNFA 1NK9A 1RT1A 1Q8IA 3NDKA 3OJSA 1IKVA 4CF0A 3VQ8A 3OJUA 1VSKA 1SUQA 3LP2A 4OGCA 4PY5A 4DMNA 3OYFA 3PX4A 3PO4A 4CFCA 1KFDA 4KTZA 3KK3A 4B9TA 1QS4A 4ID5A 4KHNA 1RT3A 3QLHA 5C42A 4DSLA 4KB0A 4FLZA 4AH9A 1LW2A 3KLIA 4BWJA 4EP5A 3H08A 2ZQBA 1KCFA 2G8IA 4FW2A 1TKZA 4G1QA 4AHRA 3KLFA 1NK4A 3HPOA 4O5BA 3CFRA 3V9WA 3HPGA 3P5JA 3LZJA 1B92A 3AVKA 3IG1A 4Z4GA 2JLEA 1QQCA 3HL8A 3L8BA 4F2SA 4CJEA 3SUPA 2IS3A 2YNIA 3L3VA 4NCBA 4E1NA 1G15A 2DFEA 2HNZA 4QAGA 1NKCA 3TAFA 1SL1A 1ZBHA 3VA0A 2G8KA 4KI4A 4AHVA 3CFPA 2A1RA 1RDCA 4CF9A 4KTQA 2D0AA 3TWHA 4FCYA 4N5SA 3SUOA 1HPZA 4LD0A 3HXMA 5CZ1A 1HMVA 4JS4A 4CECA 1IKWA 3DOLA 2Y1IA 1NJYA 3TR8A 1T05A 4E1MA 1ZYQA 1IG9A 2P5OA 4CEAA 3OYEA 3VQ4A 3SQ2A 2ATQA 3QEWA 3MECA 3DRPA 4M3RA 4CFBA 4DF4A 5D3GA 1S1VA 4BDPA 4M3TA 4B08A 1EETA 4I9LA 3DRSA 4DU3A 3WNHA 3SI6A 4CEFA 4M3UA 4E3SA 1DTTA 5KGWA 5HRSA 3AV9A 5J2QA 1N6QA 4E19A 5E41A 1WSEA 2HHVA 3O3GA 3RR8A 4CJRA 1NK7A 3OYNA 2P1JA 3V9SA 3NGZA 3CM5A 4BDZA 4N47A 4EZ9A 4Y1DA 4DSJA 4UQGA 4N76A 4KRFA 1NOYA 1TV6A 3LAKA 5K14A 3TAQA 4W5NA 1ZBUA 3LALA 1WAJA 2FBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CJQA 3NF9A 4E7IA 3DOKA 3CHWA 3EY1A 1C1BA 5F1XA 4HUGA 4MO5A 1NKBA 4CJ5A 2O8DB 1XMOK 4FWNA 2JPNA 1RTIA 4CZLA 3T7ZA 1EO1A 4PL7A 4LF9K 4IOAL 5J1EA 1RT2A 1MA9B 3KKRA 4DTMA 2GBZA 3BGRA 4I2PA 4BVOA 2O8BB 4QNDA 1Q7YO 2I5JA 3C6AA 4BE0A 5BRHA 1KVCA 1K73O 4FLXA 4JK9A 4X5NA 5CY4A 4DV7K 3TAGA 1JL2A 4NXMK 1N34K 1XUPO 1XC3A 4E7HA 4FZYA 1VSMA 2ZE2A 5HRRA 3ZSOA 3WSOA 2RKIA 3UKRB 1YTAA 4CGJA 3AGKA 4FLWA 1NGBA 5FROA 3E66A 4DQRA 1TKXA 4AHCA 2BDPA 2YHAA 4DR6K 3E9LA 1XC9A 1VRTA 1LAVA 1YT3A 4PWDA 4OKEA 4U67L 1IKYA 2ASMA 3ALYA 4DS5A 3F9KA 2G8FA 3EZWA 4GW6A 4C8NA 2A42A 4IZ9A 4CZMA 4CZEA 1QQMA 3LDPA 2WONA 3OYIA 3AAPA 2WBNA 4JK8A 3THYA 3TAMA 2ZGZA 3QESA 2DPNA 2LSNA 2IC3A 3J7ZO 2KFZA 1E4FT 4CK3A 4BE1A 1MU2A 1N5YA 1H1VA 1Y97A 4O5FA 4JHDA 1OH8A 4A57A 3CQXA 1RDUA 2ZF5O 4EIAA 4KPYA 5T7BA 2YV0X 4X62K 2MMBA 3P39A 4O8KA 3LWLA 2HW3A 3HBTA 5BRDA 2W6KA 5LMNK 3OYBA 3DMJA 3C6HA 1VQ9N 3THYB 2AP1A 3LP3A 4NYNA 3JXUA 3ZYYX 1XHZA 1KSPA 2OVPB 3SAHA 1KLMA 1Z05A 4H0YB 4KBOA 3L4QA 4DSEA 4BWMA 3QNOA 1RGIA 2QW9A 3MX2A 5AQPA 4CGFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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