4KHYA

Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotide at -3 position
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
902
structure length
899
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 328
structure length 899
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khyA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khyA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khyA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khyA03
1FKPA 3DOLA 1EETA 3AA4A 3OYKA 4B9LA 3DYAA 4CGDA 2F8SA 3AV9A 3FFIA 4CJVA 3ZSYA 1TGOA 2OPRA 4Y1CA 2ATQA 4Z4HA 5KGWA 4OLAA 1C1BA 4KO0A 2YHBA 3AVAA 1N5YA 4FM1A 4AILC 4W5OA 4FZYA 2YNGA 3V9XA 3RRHA 4DF8A 5FRMA 2HNYA 4I9QA 1RBUA 3AA3A 3I8DA 1S9EA 1YT3A 4IDKA 3AVJA 3QINA 1L3SA 4B9VA 1VSFA 4H8KA 1ASUA 1Q9YA 2VWKA 4DF4A 4F2RA 1WSEA 4E0DA 2XHBA 1RBTA 2YV0X 4Q0BA 3K2PA 5HLFA 4M3RA 2XO7A 2FBTA 4LH4A 1BISA 4B3OA 4K8XA 2YNFA 3OYEA 4OGEA 2XY8A 4ZTJA 1RILA 4ID1A 4W5QA 4ELUA 3O3GA 2XY7A 3PO4A 1HYZA 4RG8A 4FLWA 1RT5A 1UOCA 3EYZA 4NCAA 2A1SA 4DSKA 2IDOA 4KTWA 3JSMA 2DY4A 1TV6A 4CJKA 5I3UA 1NKCA 4CECA 2ETJA 4YNQA 4ELTA 3HPHA 4G1QA 3L8BA 3VQCA 5JS1A 1RDBA 1BCMA 1S6QA 1LAWA 3SUPA 1RNHA 1VSJA 3DRPA 2RN2A 4CHPA 3KIOA 4OGCA 3VQ9A 4FK2A 1RDAA 1UAXA 3LP3A 4IG3A 4CIEA 1NJXA 1C0UA 4O0JA 1R0AA 3NDKA 3NGYA 1Q8IA 3B6OA 1KVAA 4DQPA 2W42A 1Z25A 3OS2A 2KTQA 4CGGA 1ASWA 3VQBA 3SYZA 1SV5A 4CGFA 2RPIA 4RW9A 4KKOA 4J2AA 2JGUA 1U04A 3QLHA 4FJ5A 4B08A 4CJQA 3AVMA 2X78A 1XWLA 1X9WA 4C8LA 4F2SA 3OYAA 3LP1A 3DLHA 4FJIA 2JLEA 3KLIA 4DU4A 1IKXA 3C6TA 4CJEA 5J1EA 1S1VA 4DSEA 4OJRA 1KFSA 4CF8A 3SQ1A 3AVHA 3SPZA 3RMBA 1ZBUA 4CFBA 3CFRA 2IC3A 3OYHA 3KK3A 4HUEA 3SUOA 1RDCA 3S3MA 3PV8A 4M42A 3V9SA 1SL2A 3ZSOA 2DFFA 4PA1A 3LWLA 1BCOA 4IKFA 5CZ1A 4E7KA 3QEIA 1ITGA 4CEOA 4LSLA 1QSYA 3G0ZA 2B5JA 2RF2A 3SV4A 1NK8A 4RW7A 4BE2A 3VQ4A 1SKSA 4FJ7A 4JS4A 3V9UA 2HHVA 3S9HA 4FLYA 1IH7A 2E6LA 3ZSZA 4AHRA 5EU7A 2YNHA 3NE6A 1RBRA 1U4BA 4AHSA 3AVKA 1TKDA 3AA5X 2IS3A 4B9NA 3WNHA 3BGRA 3K58A 1YTUA 4KHQA 2VG6A 3P1GA 4HCBA 1ZBHA 3LPUA 2Z1IA 4CK3A 4GMJB 3M8PA 4OPKA 4FJNA 5SWMA 4DQQA 1RT4A 1TKTA 1CXQA 3LANA 4M3XA 4MFBA 4N5SA 3KLHA 3QESA 3HP6A 4HTUA 2KZMA 3DM2A 4H4MA 4IBNA 3WNEA 4DTMA 1T7PA 1I39A 1FXXA 1RTDA 2Z1GA 1LWCA 3HP9A 4E1MA 2FBVA 3HSTB 5DMRA 1G15A 2HHQA 3QEWA 1WSIA 3MECA 4CJSA 3QNNA 1BI4B 4E7JA 1FKOA 1F21A 3MEEA 3NF8A 3TR8A 4CERA 1SL0A 2OYQA 4DTJA 4E1NA 2ITGA 1TKZA 4O55A 3NH0A 3BDPA 4B9MA 4I9LA 3LWMA 3SPYA 3SQ0A 3ULDA 3VQDA 4KHYA 3LAMA 2GUIA 3AO1A 2XRIA 1RT2A 4IFVA 4BWJA 4JS5A 4CJWA 3DLBA 4M3WA 4K8ZA 1U47A 3CFOA 4CJFA 4Z4EA 3HXMA 3TAGA 3HJFA 1J9AA 1WN7A 1VRUA 2Y1JA 4O4GA 3HK2A 2KFZA 1LWFA 4KHNA 1HYVA 3DRSA 3NGIA 3C95A 1BIUA 2YKMA 5KI6A 3ZT0A 1RTJA 1RTHA 3OYCA 1UA1A 5C25A 4WE1A 3AO5A 1XI1A 1QSLA 1WSGA 4KI6A 3VQPA 3ZSQA 4CEBA 1HRHA 1KVCA 3DRRA 4HUGA 1XC9A 2IOCA 3HVTA 3VQ6A 4CJLA 4O5BA 4CIGA 4KAZA 5K14A 3QEXA 4DLEA 1NKBA 1HQEA 2NUBA 4CJPA 1JL2A 5I42A 2HHSA 4FVMA 2P5OA 3IAYA 3D45A 1L5UA 1DTTA 4AH9A 2YNIA 3RR8A 3QEVA 2HB5A 3KKSA 2P5GA 4PQUA 4CF1A 4RW4A 3TANA 5J2PA 1ZBIA 4KI4A 4CJ4A 3QERA 3D0PA 4DSJA 4N76A 4LD0A 1HQUA 4ELVA 2F8TA 3MXJA 4FCYA 4GW6A 2D0BA 1QSSA 4M3UA 4CJTA 3OS1A 5HROA 1X1PA 1ZBLA 1B9DA 4FK0A 1CXUA 2BE2A 3KJVA 4FM0A 3PX0A 3V9ZA 4HUFA 3VQQA 3TABA 3ISNC 4CK1A 4FJKA 3O3FA 3SQ4A 1TL1A 4OKEA 1BL3A 3VN5A 4Z4CA 2HMIA 1QQCA 3SQ2A 2HHUA 4CK2A 2P51A 4DTOA 4QAGA 4Z0UA 1D9DA 4DWIA 3K57A 4J2EA 2D0AA 3K5MA 3ZT2A 1BQNA 5T7BA 3NF7A 4M41A 1XHZA 1BQMA 2QK9A 1W9HA 3DLRA 4DLGA 4M3ZA 4C8NA 3L2QA 4FJHA 1D5AA 1KLMA 4E7HA 2X74A 3AO3A 2XY6A 3VQ7A 1SL1A 1TK8A 1Z26A 1RT6A 2O4IA 4B9TA 3TAFA 4KFBA 2I5JA 4LY7A 1EP4A 4MQ3A 3KTQA 3WNGA 3B6PA 5JS2A 4CHYA 4CFCA 1EX4A 1Q9XA 3G10A 4KV8A 2KZZA 3DMJA 1NK7A 3DLKA 3L2UA 1LW0A 1RBSA 2HNZA 3CM5A 4ZHRA 2BGGA 1SUQA 2VG5A 3V1OA 1KFDA 5CY4A 3SJJA 1REVA 4NYFA 3V1QA 3HVRA 3NFAA 4UQGA 4F8RA 1CZ9A 4Y1DA 5KRSA 3ZSXA 2QKBA 1EKEA 2RKIA 1UA0A 2O4GA 4KHUA 3PO5A 3OYGA 4DTRA 2Q3SA 3TARA 4RW8A 3SUNA 2OPPA 4I2PA 3I0SA 4CF0A 3U3GA 4FJ9A 4IG0A 2BANA 3EY1A 3O4NA 1T8EA 3OYNA 3KLFA 4DSIA 4RW6A 1A5XA 1NOZA 3P83D 1RDDA 2X6NA 4BDPA 2HW3A 3NCIA 1BHLA 1ASVA 3S3NA 4KTQA 1VSKA 4E7IA 4PUOA 4Z4GA 2WONA 1KVBA 3AO2A 1UWBA 1W0HA 3RRGA 2VG7A 1FK9A 5HRRA 3SI6A 4CEDA 3HO1A 4Z4FA 4JRQA 1S1TA 4OKKA 4EZ9A 3V1RA 4EP5A 1LV5A 4HHTA 3VQAA 4F3TA 2GBZA 1NJZA 3RR7A 1JLFA 2OPSA 3HT3A 1HJRA 3MEDA 4DFPA 4C8KA 3NF6A 4CHQA 1LW2A 3V4IA 2G8KA 4EZ6A 4BDYA 1C1AA 4DTUA 5CYMA 3SV3A 4NCGA 1GOAA 4KTZA 4DMNA 4FXDA 4J2DA 3QIPA 3P5JA 2G8FA 3C6UA 4AHTA 3OS0A 5CZ2A 4FZXC 1WSHA 4N47A 1JXEA 1NK4A 1SKRA 2HVHA 4FLZA 1QS4A 4E89A 3KK2A 4KREA 4DQRA 2QKKA 4DTPA 2HHXA 3VA3A 4AHCA 4F4KA 2HHTA 4W5TA 1L3VA 1U45A 1VK0A 3ZT4A 4AHUA 4OLBA 1B92A 1VSEA 1A5VA 4DS4A 1ZYQA 3LALA 4KB1A 3MAQA 1U48A 3RMCA 4F3OA 3THVA 3VA0A 3PUFA 3PX4A 2B6AA 4DFKA 1CZBA 1DTQA 1NK5A 3A2FA 4OKJA 4GVMA 1JXBA 5CYQA 4HCCA 4QCLA 4FJMA 4CJ3A 1VSMA 1KCFA 2OZMA 4KHWA 1KLNA 1CLQA 2VWJA 3AVIA 1LAVA 1TAQA 4FW1A 4CGHA 4KPYA 3OYBA 2DFEA 1EXQA 3QO9A 3L2WA 3TWHA 3E01A 1HNVA 1NK0A 2G8WA 4NCBA 3NHGA 2FBYA 4CESA 1IG9A 3K5OA 3MXIA 2ZE2A 4M3TA 4FJXA 3O3HA 4DSFA 4CJUA 4CF2A 3U3YA 5HRPA 1IO2A 2DFHA 1K6YA 1T03A 2HHWA 4NYNA 1JLQA 3TI0A 3ALYA 2HVIA 3T3FA 1JLAA 3M8SA 1KRPA 4E3SA 4E19A 4CJRA 4AHVA 4FJ8A 4W5RA 2DTUA 4CFAA 4KB0A 5HBMA 1S1XA 3RWUA 3KKRA 5E41A 4M45A 3OYJA 1BGXT 2WOMA 4O44A 4TSXA 3HPOA 1A5WA 3AO4A 1DLOA 3RTVA 1JLCA 4ZTFA 1U49A 1J54A 4CHZA 4I7FA 2ZQBA 4OVLA 1QTMA 3KLEA 1NOYA 1JL1A 1JKHA 4CEFA 2R7YA 5KTQA 2LSNA 4DQSA 1RTIA 3TAEA 1X9SA 4C8MA 3MXMA 4FYDA 1VSIA 1S9GA 4FLXA 4BWMA 2E4LA 4FJJA 1JLBA 5HP1A 2B4JA 1TK5A 3LP0A 3LDSA 5KGXA 3TAQA 1ZBFA 4DQIA 1JLGA 3TAPA 3LAKA 3TAMA 3ZSVA 1C1CA 3PX6A 4XIUA 4BE0A 1WAJA 1WAFA 1LWEA 1GOBA 3L3VA 1C6VA 3ZCMA 1S1WA 3ASMA 5J2NA 3H08A 1RCHA 3AVLA 2P1JA 3ZSWA 4DFJA 1NK6A 1JLEA 1WSJA 2QXFA 3LP2A 3V9WA 3QNOA 4CJ5A 3IG1A 5FROA 4B9SA 3HYFA 3DI6A 4W5NA 1T05A 2KFNA 5FRNA 4LH5A 3F73A 1S6PA 4B8AB 1C0TA 2FBXA 3OY9A 3DLGA 4ID5A 3NAEA 3AA2A 1QE1A 1MU2A 2HNDA 5DK5A 1L3TA 3OYMA 4QOZB 3V81A 1S5JA 3O4QA 1X9MA 3AVBA 3I0RA 3CG7A 1NKEA 2G8UA 4BACA 3AVCA 4CGIA 4DFMA 3ZSRA 2GV9A 3AVGA 3CQ8A 4JRPA 4DSLA 4BDZA 5HRSA 5J2MA 3NH2A 1J5OA 4H4OA 4CF9A 4FK4A 1TL3A 5KRTA 4FM2A 3VQ8A 3OJUA 3RMDA 1VSDA 1KTQA 3QIOA 4CEZA 2OA8A 2Z1JA 2OPQA 2E6MA 3OYLA 2AJQA 2F96A 3HM9A 1RBVA 2D5RA 3QETA 3SCXA 4YFUA 3NH1A 1TAUA 3SUQA 4E7LA 4CGJA 2G8IA 4DTSA 1NJYA 1O1WA 4B8CA 4I2QA 4DG1A 2YKNA 4DU3A 1YVUA 3U6FA 3AVNA 4CE9A 2PZSA 4J2BA 4FJLA 3OVNA 4R5PA 3K5NA 4EP4A 3EZ5A 1IKYA 2Y1IA 4CEAA 1NJWA 1HMVA 1J53A 2G8HA 1RT1A 2FC0A 3DOKA 4BE1A 4PWDA 4FJGA 4PY5A 4HVJA 1BI4A 4KHSA 3F9KA 5C24A 3OYDA 2KW4A 1D8YA 2OZSA 4M3YA 1IKVA 1VSLA 3CFPA 4FW2A 4N56A 2EX3A 4CFDA 3KLGA 3IS9A 4IFYA 2ZD1A 3VQEA 3SZ2A 4CHOA 3NF9A 4O0IA 1WNSA 4FLUA 3MEGA 1IKWA 1HPZA 3M8QA 2D0CA 1NK9A 1TK0A 1SKWA 4Q5VA 1L3UA 3KD1E 3CM6A 2YHAA 3DLEA 4CEEA 1HYSA 3L2RA 1QHTA 4FLVA 2G8VA 1TKXA 3L2VA 2PY5A 4Z4IA 2KQ2A 3NBPA 5SZTA 2IAJA 3VQ5A 3T19A 4DTNA 4FLTA 4CEQA 2BDPA 4JLHA 3IRXA 3LPTA 4FZZA 3OYFA 4DTXA 1B9FA 1C0MA 3KD5E 1XHXA 3HL8A 3T1AA 1RT7A 4DS5A 5J2QA 4N41A 4KRFA 3ZT1A 4CCHA 2XY5A 5C42A 3HPGA 3M8RA 1S1UA 3S3OA 2A1RA 2Z1HA 1GOCA 2EHGA 4LSNA 3OYIA 3K5LA 1Y97A 3UIQA 4DU1A 4CHNA 3K59A 1D9FA 1BIZA 1VSHA 2IGIA 3RMAA 4OPJA 1I3AA 1WLJA 1HNIA 3ZT3A 3V6DA 4C8OA 4ICLA 3JYTA 3KK1A 5FDLA 3WNFA 5D3GA 4B9UA 3C94A 4CIFA 3OJSA 2PYLA 3L3UA 1YTAA 3LZIA 3CYMA 3ITHA 2X6SA 3QEPA 1WSFA 3NGZA 1N6QA 3LZJA 5HRNA 4L8RB 1VRTA 3PY8A 3AVFA 1KSPA 3SNNA 1RT3A 1TVRA 2PYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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