4M3WA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3wA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3wA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3wA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3wA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3wA03
2KZZA 4J2DA 4O44A 4M3XA 1J54A 4CFBA 3IAYA 3KK3A 2Z1IA 4B8AB 1WN7A 5FDLA 3VQQA 1IG9A 2FBXA 1SKWA 3AO2A 2NUBA 4FM2A 2PZSA 2KFNA 2ATQA 1GOCA 2IAJA 4Z4CA 4FW2A 5C25A 1TAUA 2QXFA 4B9SA 1VSMA 3VQ6A 1NOZA 3SUOA 3TAFA 1REVA 4NCGA 4CJKA 3OYHA 3V9SA 1TKXA 3TABA 3SUQA 1RT1A 2YNGA 4Y1DA 5HRPA 1ZBHA 3AVFA 4KO0A 4FLTA 2LSNA 4KAZA 1J5OA 4PY5A 1JKHA 3NF6A 1BI4A 3CFOA 1QE1A 3JSMA 4I9QA 3QIOA 1SL0A 3RR7A 4M3WA 2D0AA 3IS9A 1RBTA 4FJHA 3HSTB 4DTOA 2FBYA 4CFDA 1FKPA 4O0IA 4Z4FA 4N56A 2FC0A 4BACA 4RW4A 4MQ3A 3L8BA 4FJXA 4AH9A 4F2SA 1WSIA 4ELTA 3T19A 4KTWA 1XWLA 2KQ2A 4FJLA 3E01A 1S9EA 1ASWA 2EHGA 4H4OA 3TWHA 1K6YA 4CJQA 4N5SA 3KKRA 3HT3A 4MFBA 1BCMA 3KD5E 4ZTJA 4OGEA 3LZJA 1WSFA 3AVIA 4F2RA 1A5WA 1RBSA 5I3UA 4C8OA 3LANA 3KK2A 1BQNA 1GOAA 3LDSA 3SQ1A 1RDDA 3P1GA 1Q9XA 4AHSA 1RT2A 3LAMA 3ZSZA 4M41A 3ZSRA 2OPRA 4HUGA 2YHAA 4PQUA 1BIZA 2D5RA 2OPSA 1HYVA 1I3AA 5K14A 1LW0A 3QETA 2IOCA 1YTAA 3ZT4A 3ZSQA 2HHVA 3RWUA 3NH0A 1MU2A 2G8WA 3QNNA 1O1WA 2FBTA 3NF8A 4CHQA 1SKRA 4PUOA 1VRTA 2QKBA 1WSHA 1TL3A 3CYMA 4G1QA 4LD0A 5HP1A 1ZBLA 1ZBIA 1S1XA 1C1BA 4CHPA 1NK8A 4KI6A 4FK4A 1S1TA 3AVJA 4FJGA 4E7LA 3SJJA 4HVJA 3QEXA 1RTHA 3ITHA 4Z4HA 1WLJA 4CGFA 4OKJA 3DYAA 1J53A 1TL1A 1C0MA 2YV0X 3LP0A 4RW7A 2JLEA 1TKDA 1XI1A 3C95A 2A1SA 4NYFA 3FFIA 3OYMA 2QKKA 3U3YA 3MAQA 4FM0A 1Y97A 1L5UA 3KTQA 1I39A 5DK5A 4KREA 3VQCA 5JS1A 3TR8A 2HHQA 3LWLA 3V9ZA 4AHVA 3L2QA 4DSIA 3V6DA 2P51A 2HMIA 4M3YA 4KRFA 2Q3SA 1VSDA 1G15A 4M45A 3CQ8A 4ICLA 4B9VA 1F21A 3SV3A 5FRNA 2KZMA 4DU1A 1HPZA 1Z25A 1GOBA 3L3UA 3K5OA 1U49A 1NJZA 1D9FA 3ZSYA 3NF7A 4AHCA 3F73A 4AHRA 2DFHA 4OVLA 4C8MA 3NE6A 1BGXT 1S5JA 3BGRA 3L2RA 3G10A 4CE9A 4O4GA 2HHUA 4KHYA 1YVUA 1DTQA 3AA2A 3H08A 3TI0A 4CECA 2F96A 3AO1A 4DTPA 3OYGA 2DFFA 2X6SA 1VSKA 5HROA 1TK0A 1NOYA 2D0BA 3OVNA 4WE1A 4EP4A 3OYLA 1NKEA 3DLRA 1QTMA 4KTZA 4NCBA 2EX3A 4BE2A 3M8PA 3WNGA 1HMVA 3VQ9A 3LAKA 4CJEA 4RW6A 3MEDA 4FJNA 4IBNA 3V9WA 3OYJA 4I2PA 2VG7A 3I8DA 4DLEA 5DMRA 4FK2A 1RT7A 3NFAA 2HVHA 4FK0A 4CJTA 1RDBA 3SZ2A 4KB1A 4KHUA 3SQ2A 1WNSA 4FLUA 1T7PA 3L3VA 1KFDA 4RW8A 3UIQA 3EY1A 1KTQA 1JXBA 2E6MA 3TANA 1NK4A 4Z4IA 2F8SA 2ITGA 4YNQA 3QNOA 1S6PA 4CESA 1EETA 1YTUA 1XHXA 5EU7A 1ZBFA 4DG1A 3KLEA 4C8LA 4DSEA 4O5BA 3O3HA 4JLHA 4UQGA 3C6TA 4FM1A 4LH4A 3MXMA 4DS4A 1NK7A 2BANA 4DQIA 3NAEA 1VSLA 3NDKA 1TV6A 4FLYA 3HPGA 2G8VA 4B9UA 3NGZA 1T05A 2VWKA 1DLOA 3C6UA 4FJMA 1KCFA 1RNHA 4C8NA 3M8SA 4DTXA 4M3UA 4CEQA 4CK3A 2WONA 3S3NA 4B9TA 5J2PA 1KLNA 3NCIA 1JXEA 3A2FA 1JLGA 1SUQA 4B8CA 4CGDA 3I0RA 3LPUA 4O55A 3NBPA 2HNDA 4NCAA 2BDPA 3VQ4A 4Q0BA 5KTQA 2GBZA 2Z1GA 4CIFA 1TK5A 4CHNA 4CK1A 4Z4EA 4FJJA 3AVNA 3OYAA 3L2UA 3RR8A 4LSNA 5KRSA 4CEAA 2R7YA 3K57A 2P5OA 3KKSA 1BI4B 3VQBA 3HO1A 1VRUA 2B4JA 2XO7A 3NGIA 2G8KA 3HXMA 3PY8A 4FVMA 4N41A 3HK2A 1JLCA 1LW2A 4AILC 3DRSA 4E7IA 2XY8A 3RMBA 4ID5A 4DMNA 1KVAA 2Z1HA 4KKOA 4I9LA 2XY6A 3CFRA 1BCOA 4DFKA 4CFCA 3ZT2A 3CM5A 4FJKA 1LWCA 2QK9A 1BQMA 2HHXA 1IKXA 1IKVA 1VSHA 1WAJA 2YNHA 3D45A 4KI4A 1XC9A 1KFSA 1JLQA 3VN5A 3WNHA 3LALA 3NHGA 3HYFA 3TAQA 1UA0A 4H4MA 4KHSA 4CHYA 3TAPA 3NGYA 1YT3A 4HCCA 5JS2A 5J2MA 4I7FA 1RBRA 2X74A 5SWMA 4XIUA 2W42A 3SCXA 4M3ZA 3MEEA 3VQ8A 3ZSVA 3SUPA 1IKYA 1KLMA 4RG8A 3L2WA 3HM9A 1N6QA 2B5JA 5KRTA 3K58A 4OKKA 4CGHA 2PYLA 2HHTA 3HP6A 1S9GA 4GVMA 4ELUA 2G8IA 3B6OA 4W5QA 3AO4A 1BHLA 4OJRA 3U6FA 3DI6A 4FYDA 2RPIA 2Y1JA 3M8RA 1RBVA 4IDKA 4GW6A 3HPOA 4F4KA 4H8KA 4B9NA 4IKFA 1IO2A 3LWMA 4B08A 2YNFA 4DTJA 1BISA 4CJ5A 4B9MA 3TAEA 1C1AA 3QEIA 4L8RB 3PV8A 1HJRA 4N76A 3M8QA 3BDPA 5KI6A 3SPYA 4CEBA 3ZT1A 4EZ6A 1B92A 2XY5A 2ETJA 1S1UA 4K8XA 2OA8A 3AV9A 4TSXA 4KHNA 1B9FA 2KW4A 4E7KA 1SL2A 3PUFA 1UA1A 3ULDA 3NH2A 4EP5A 1FKOA 1A5XA 3AVAA 4DSKA 3HPHA 1RBUA 2PY5A 5I42A 4FXDA 4DTUA 3S3OA 4LY7A 4FJ7A 1RTJA 1VSJA 1L3UA 3CM6A 2VWJA 1RT6A 2FBVA 5CZ1A 2OZSA 1X9WA 4QAGA 3AVMA 5C42A 3OYIA 4IFVA 2G8FA 3SPZA 3DLGA 3SUNA 1SV5A 3OY9A 3K5NA 3V1RA 4BDZA 2RN2A 4CF8A 2WOMA 4DFMA 2OYQA 1LV5A 2OPPA 1IH7A 1HNIA 4K8ZA 1RT5A 1U4BA 4B9LA 3DLKA 2KTQA 3ASMA 1DTTA 3VQ5A 4J2AA 2RF2A 3T3FA 1WSGA 3QEWA 3WNEA 3OJSA 1RCHA 1A5VA 1U47A 3IG1A 3ISNC 3OYDA 3KLHA 4CIGA 4CJRA 4FZXC 4F8RA 2HW3A 4W5TA 2P5GA 2E6LA 3DRPA 1Z26A 4DSFA 3LZIA 5D3GA 4E89A 1HRHA 1WSJA 1R0AA 2XRIA 3OYBA 2HNZA 3S9HA 2HHWA 3ZCMA 1EX4A 3TARA 2O4IA 3VQPA 4E0DA 1LAWA 1NKBA 4DSJA 3MXJA 3ZT0A 4LH5A 1RT3A 1CLQA 1QSYA 4BE0A 1S1WA 2DTUA 1VSIA 3HP9A 4F3OA 4CJ3A 4ZTFA 4DQSA 4W5RA 1N5YA 3DMJA 4PA1A 4CHZA 1NK0A 1WAFA 4FLXA 1JLFA 1W0HA 2ZD1A 5CY4A 4E7JA 3MEGA 3F9KA 4CJSA 4BDPA 1NJXA 1W9HA 1QS4A 2E4LA 4CJVA 3KIOA 1HQUA 3K5MA 1SL1A 4KB0A 4DTSA 3L2VA 2X78A 4FW1A 4CJWA 4JS4A 4DS5A 1RDAA 3CG7A 5C24A 1NKCA 1D9DA 4Z4GA 1Q9YA 3OYCA 4B3OA 4AHTA 4CEEA 3V1QA 4IG0A 4CIEA 3QIPA 3T1AA 3RMAA 1TKZA 1NJYA 1RT4A 2YNIA 3DLEA 4Q5VA 4OKEA 4DFJA 1NK6A 2ZQBA 1D5AA 2DY4A 3G0ZA 4CHOA 1UWBA 3C94A 2VG6A 4E7HA 1T8EA 3OS0A 4C8KA 5T7BA 4CF9A 4IFYA 1FK9A 3I0SA 3K2PA 3P83D 1S1VA 4CJUA 3QEPA 4DSLA 4KTQA 4DTMA 5CYMA 1WSEA 3B6PA 1XHZA 3SI6A 3S3MA 1X1PA 1SKSA 4RW9A 5HBMA 4FZYA 4J2BA 3ZSWA 4E1NA 1VSEA 5KGXA 3CFPA 4HUFA 4CJFA 1X9SA 1L3TA 3RRGA 1CXUA 5J2NA 2G8HA 5CZ2A 3ALYA 1ASUA 3RMCA 3LP2A 4ID1A 4KPYA 2HNYA 4M42A 1ZYQA 2A1RA 2G8UA 4HHTA 4OLBA 3PO4A 3OJUA 3O4QA 2IS3A 3DM2A 3KJVA 4M3TA 2OPQA 2PYJA 4Z0UA 1QHTA 1CZBA 3AVBA 1HQEA 4NYNA 4DF8A 3KLIA 4CF2A 4HTUA 2OZMA 2I5JA 4FLZA 1JLBA 1LWFA 4LSLA 3ZSOA 5HRSA 3EZ5A 5CYQA 1NK5A 1U04A 4KV8A 3DLHA 4CJLA 1B9DA 2D0CA 3NH1A 4YFUA 4DFPA 3TAGA 4FJ8A 5E41A 3KK1A 4PWDA 4FJ5A 5J1EA 4E3SA 4JRQA 4QCLA 1TGOA 3OYEA 4DLGA 3U3GA 2IGIA 5KGWA 4CGIA 2XHBA 2GV9A 1TVRA 4I2QA 4OGCA 3AVCA 3NF9A 1FXXA 3AVKA 3DLBA 4OPJA 1C0UA 1JL1A 3OS1A 1QSSA 1S6QA 4M3RA 4FJIA 2BE2A 4HUEA 3V9UA 3AA5X 3MECA 4QOZB 1TAQA 3OS2A 3QEVA 1CZ9A 3THVA 1L3VA 4KHWA 3PX0A 4ELVA 4CF1A 1KVBA 3IRXA 2P1JA 2X6NA 1U48A 4J2EA 4OLAA 3OYKA 4O0JA 1J9AA 4IG3A 1T03A 3SNNA 2HVIA 3QO9A 3SQ0A 1KVCA 4FZZA 3VQDA 4KHQA 3O4NA 3TAMA 3WNFA 3JYTA 3K5LA 2HB5A 4Y1CA 3QINA 4BWJA 3V4IA 1L3SA 4E19A 2IC3A 1D8YA 5FRMA 4CGJA 4CK2A 1ASVA 2YKNA 1HYSA 4CJ4A 3HVRA 2HHSA 1JLAA 1UAXA 3K59A 3MXIA 3AVGA 4CF0A 4R5PA 1NK9A 1VSFA 3KLFA 1VK0A 3AA4A 1HYZA 4GMJB 2Z1JA 4CJPA 5HLFA 3AVLA 4DQRA 1JL2A 3D0PA 1EP4A 4BDYA 1BIUA 5J2QA 1C6VA 2YKMA 4W5NA 2F8TA 1EKEA 3KLGA 4OPKA 3EYZA 3QLHA 3QERA 3DRRA 4CFAA 3OYFA 2O4GA 3VQEA 3SYZA 2IDOA 1LWEA 4KFBA 3V9XA 1KRPA 1HNVA 4DTRA 4DQPA 4DWIA 2B6AA 4CERA 4JRPA 4ZHRA 5HRRA 3O3FA 2GUIA 3V1OA 3PX4A 1QSLA 2DFEA 4EZ9A 1X9MA 2BGGA 3O3GA 4AHUA 4CEOA 1TK8A 1UOCA 5SZTA 1LAVA 3AVHA 4BE1A 1CXQA 1RILA 3RTVA 4F3TA 4CGGA 1C1CA 1ZBUA 1C0TA 3DOLA 3VA0A 1JLEA 1Q8IA 3KD1E 3RRHA 4DF4A 2KFZA 4DTNA 4CEZA 4E1MA 4FLWA 5HRNA 1QQCA 2RKIA 1IKWA 1ITGA 4BWMA 4DQQA 1EXQA 3HL8A 4FCYA 2Y1IA 1U45A 3QESA 3SQ4A 3P5JA 1BL3A 3VA3A 1NJWA 3AO5A 2JGUA 4FLVA 4DU4A 4HCBA 1RDCA 3HVTA 3OYNA 2ZE2A 3LP1A 2YHBA 3SV4A 1RTIA 3HJFA 3RMDA 3LPTA 3AO3A 3PO5A 3AA3A 4FJ9A 4DU3A 3VQ7A 2XY7A 4CCHA 1TKTA 3PX6A 2AJQA 1KSPA 3LP3A 4CEFA 4W5OA 3VQAA 3V81A 2VG5A 3ZSXA 4JS5A 4N47A 1RTDA 4CEDA 3ZT3A 5FROA 3DOKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WYBA 4LC9B 2KZZA 3O9QA 3C6PB 3F5TA 3D2FB 1ATSA 1SKWA 1IG8A 2ATQA 1K9MO 1GOCA 3WEEB 2F9TA 5C25A 4BROA 4B1UB 3SUOA 3OYHA 3TABA 3O1WA 5LJWA 3AVFA 4KO0A 4JI0K 2E1YA 1BI4A 4ICGC 3E4YA 4I9QA 3KHYA 1SL0A 3IS9A 1RBTA 3UKRA 3ZX0A 4CFDA 1YITN 2FC0A 3FZHA 3C6HA 4DV1K 1WSIA 2CGLA 4FJLA 5FPNA 4H4OA 4BRNA 2AP1A 5C10A 4OGEA 1DKGD 1WSFA 3CCQN 4FL9A 4AHSA 3P1GA 1GLFO 2E8AA 5JICA 4O5FA 2ASPA 1I3AA 5K14A 1WOQA 3QETA 2HBJA 1YTAA 2FSNA 3QNNA 1O1WA 2FBTA 4GV9A 1ATNA 1VRTA 2QWQA 1VHXA 1TL3A 4G1QA 3H6EA 1NK8A 3L1NA 4FK4A 4A2AA 4GAMC 4PKGA 3QEXA 2Q0UA 1WLJA 4CGFA 3MCAB 3BF1A 3BZCA 1NM1A 4OKJA 4DV0K 2F7TA 3GE1A 3LP0A 3M6GA 3C95A 4YDUA 4X65K 2A1SA 4AM6A 3U3YA 3L0QA 1Y64A 1Y97A 4ILGB 4KREA 1I39A 5DK5A 3SAGA 4GV6A 3ULEB 3FZMA 1BA0A 2DEBA 4F9OA 5GIOA 2P51A 3THWB 5M1FA 4DUYK 1F21A 2KZMA 1ZXOA 4DU1A 3GL1A 1Z25A 3K5OA 1K8AO 4AHRA 2Q97A 2UU9K 3K0SA 4C8MA 3L2RA 3G10A 3TSUA 3VF6A 3T1HK 3AA2A 4QNDA 1DTQA 3TI0A 2F96A 3SBTA 5FLXO 4B1VA 4IFEA 1NOYA 2D0BA 3OVNA 4BR2A 4EP4A 2O8FB 3VQ9A 1FZ1E 4CZJA 4MLHA 4FJNA 4IBNA 4JK7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WYB A;  4LC9 B;  2KZZ A;  3O9Q A;  3C6P B;  3F5T A;  3D2F B;  1ATS A;  1SKW A;  1IG8 A;  2ATQ A;  1K9M O;  1GOC A;  3WEE B;  2F9T A;  5C25 A;  4BRO A;  4B1U B;  3SUO A;  3OYH A;  3TAB A;  3O1W A;  5LJW A;  3AVF A;  4KO0 A;  4JI0 K;  2E1Y A;  1BI4 A;  4ICG C;  3E4Y A;  4I9Q A;  3KHY A;  1SL0 A;  3IS9 A;  1RBT A;  3UKR A;  3ZX0 A;  4CFD A;  1YIT N;  2FC0 A;  3FZH A;  3C6H A;  4DV1 K;  1WSI A;  2CGL A;  4FJL A;  5FPN A;  4H4O A;  4BRN A;  2AP1 A;  5C10 A;  4OGE A;  1DKG D;  1WSF A;  3CCQ N;  4FL9 A;  4AHS A;  3P1G A;  1GLF O;  2E8A A;  5JIC A;  4O5F A;  2ASP A;  1I3A A;  5K14 A;  1WOQ A;  3QET A;  2HBJ A;  1YTA A;  2FSN A;  3QNN A;  1O1W A;  2FBT A;  4GV9 A;  1ATN A;  1VRT A;  2QWQ A;  1VHX A;  1TL3 A;  4G1Q A;  3H6E A;  1NK8 A;  3L1N A;  4FK4 A;  4A2A A;  4GAM C;  4PKG A;  3QEX A;  2Q0U A;  1WLJ A;  4CGF A;  3MCA B;  3BF1 A;  3BZC A;  1NM1 A;  4OKJ A;  4DV0 K;  2F7T A;  3GE1 A;  3LP0 A;  3M6G A;  3C95 A;  4YDU A;  4X65 K;  2A1S A;  4AM6 A;  3U3Y A;  3L0Q A;  1Y64 A;  1Y97 A;  4ILG B;  4KRE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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