4M3WA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3wA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3wA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3wA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3wA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3wA03
1TKTA 1S1UA 3PO4A 4ICLA 4CJKA 4CEAA 4DU4A 3ZT4A 1XI1A 2YKNA 2VG6A 3V9WA 1U49A 1BQMA 3QEWA 3LPTA 1WSFA 3L3VA 5HBMA 3VQPA 5HRPA 3L2WA 3EY1A 1TK8A 3V1QA 2B6AA 4YNQA 4BDZA 3AVMA 4B08A 1WSEA 4CHPA 1RT2A 2P51A 4CJVA 4KAZA 3LAKA 3KLGA 1UA1A 3SQ4A 3TABA 2OPRA 3ZSXA 4DMNA 4FLVA 4HUFA 1QSYA 4HUEA 4K8ZA 3L2QA 4G1QA 1C1CA 5C42A 4HUGA 2HMIA 1XHXA 4TSXA 1A5WA 1IKVA 4KTZA 3SNNA 4KPYA 4FJ7A 2LSNA 3AVKA 2VWKA 1KSPA 4M3RA 1RT6A 4OGEA 1JLEA 4CJRA 1CXUA 4C8OA 1UA0A 4DQSA 4DF8A 2G8UA 1LAWA 2W42A 3SJJA 3KJVA 3L3UA 1RTJA 3WNEA 3U3GA 4DS5A 4DU1A 3CYMA 1X1PA 1QSSA 3T1AA 4AHTA 4Y1CA 1QSLA 2D5RA 3WNHA 2QKBA 3P1GA 3OYBA 4DTMA 1JXEA 1KTQA 3M8PA 3CFPA 4DWIA 3DRRA 1RDBA 4FJGA 1S1XA 3RR7A 3VQCA 4CGJA 1NJXA 5KTQA 4RW6A 3PX0A 4EZ9A 4CIEA 3NE6A 4BDYA 4DTPA 3SZ2A 3ZT0A 3TARA 4NCAA 4FJ9A 1S1VA 5CYMA 3OYNA 1J5OA 1VSEA 3AO2A 4CEFA 3JSMA 1U47A 1VSIA 4FLUA 4FJIA 1VSKA 1NOYA 1SKWA 4FK2A 1IKWA 4CERA 3ZSOA 4PA1A 4CGDA 3QO9A 4I7FA 3SQ2A 1CZ9A 5CZ2A 3VA3A 2Y1JA 1RBSA 3AVAA 4LH5A 5JS1A 3HJFA 2AJQA 4DFKA 3RWUA 3V1RA 3CQ8A 1TKZA 3OJUA 2DFFA 1BISA 3IG1A 5C24A 3BDPA 4E7JA 1JKHA 3D45A 3LAMA 2HHSA 3SI6A 3ALYA 1ZBFA 3A2FA 2JLEA 1ZYQA 1VRTA 1YT3A 2WONA 1S5JA 4OLBA 4PQUA 4FJ5A 4CGIA 1J54A 4QAGA 3LP1A 4FK4A 1S6PA 3D0PA 2XO7A 2PZSA 1W9HA 3NBPA 4E7IA 1VRUA 4DG1A 2G8KA 3RMDA 1LWEA 2GV9A 5KRTA 4IKFA 4FLZA 4C8LA 4C8NA 4CJEA 4W5QA 4DTSA 4DFPA 3THVA 1HQEA 4EP4A 4Z4IA 1QHTA 4DFMA 4MFBA 4IFYA 1BIUA 1VSDA 3ISNC 3ZSYA 4OLAA 4IFVA 1CXQA 4RW4A 2DTUA 4Z4FA 3KK1A 1VK0A 1WN7A 5JS2A 3K2PA 2YHAA 1C0MA 3NF6A 2HHUA 1HQUA 3VQ8A 4M42A 4CJWA 2BDPA 2HVHA 1JLQA 1Z26A 4FJ8A 4CK1A 4AHVA 1HYZA 4FJNA 1NJZA 3HP6A 4FLWA 3C6UA 2P1JA 4E1NA 4CE9A 4KI6A 1DLOA 2HB5A 5I42A 4IDKA 1NJYA 3IAYA 1BGXT 3QEIA 1HJRA 3VQDA 3V9SA 1ASVA 1J53A 1B92A 1RTHA 4BWMA 2PYLA 4DSFA 1B9DA 3EZ5A 3AA3A 3V4IA 4N41A 4FYDA 4CESA 3V9UA 1RT4A 2P5GA 4CGFA 2G8FA 2KZMA 4DTXA 2HNYA 5FROA 5HRSA 3RRHA 3O3GA 3RTVA 1F21A 2G8HA 4M3YA 1T7PA 3VQ4A 3QERA 1HMVA 4FJHA 1IH7A 2IOCA 4IG3A 3AVJA 4CJTA 3QEPA 1RNHA 1UOCA 2DFEA 4N47A 4CJUA 5T7BA 3L2VA 4B9UA 3AA2A 2KQ2A 2YV0X 3V6DA 3QLHA 2G8VA 3V1OA 4HCBA 1U04A 2IAJA 3ZSRA 5J1EA 3HPHA 5J2NA 3OYDA 4KTQA 3HVTA 3RRGA 4J2EA 2X74A 1LWCA 4OPJA 3DLBA 4DQQA 3RMCA 1S9EA 3HPOA 2RKIA 3HSTB 4CIGA 2OA8A 4F2RA 3VQAA 3NCIA 3K58A 5CYQA 1C1BA 2KW4A 4HVJA 3KLEA 2BE2A 1RT1A 4F3OA 4CF1A 4CFAA 4EZ6A 3SQ0A 4RW8A 4CJLA 4CEEA 3SCXA 3M8RA 4ELUA 4H4MA 1RBTA 3DLRA 4LD0A 4CK2A 3LALA 5DK5A 5D3GA 4RG8A 4DTJA 2HNZA 1TGOA 3S3NA 4DTNA 1VSLA 1KLNA 3LWLA 1JLAA 2IDOA 1RTIA 1S1TA 4K8XA 2XHBA 4YFUA 1JLGA 3V9XA 2OZMA 2XY6A 1MU2A 2PY5A 4KHSA 2RN2A 3VQBA 3QIPA 3K5NA 3SPYA 2KFNA 1BIZA 2JGUA 1TAQA 1XWLA 3S9HA 2DFHA 4ID1A 2ZQBA 2ETJA 1L3TA 4KB1A 2IGIA 4CFDA 2D0AA 1HPZA 3TI0A 4CGGA 2FBVA 4LSLA 3VQ9A 3DOLA 5J2PA 1Q8IA 4CJ4A 5SWMA 3ULDA 4HHTA 1DTQA 1B9FA 4F2SA 4O0JA 3VQ5A 3SQ1A 4M45A 1RBUA 3AA4A 1G15A 4MQ3A 3VQ6A 3OS1A 3K5MA 4B9NA 4CJSA 1SL0A 1RBRA 2E4LA 1ZBIA 1U48A 4H8KA 3VQQA 1Q9XA 1HRHA 3ZSZA 4CEOA 1A5VA 5FRMA 1SUQA 2ATQA 3TANA 2HW3A 2YNGA 1BHLA 4CEDA 4M3TA 3ZCMA 4FM1A 1KRPA 4KKOA 3ZT1A 4B9TA 4E89A 1UWBA 1D5AA 1KFSA 3HP9A 3P83D 1Q9YA 3KD1E 3HYFA 4FLTA 1LAVA 4E7HA 2NUBA 3KLHA 1L3SA 1TVRA 4W5OA 1RDAA 1U4BA 3I0SA 4FJKA 5C25A 2VG5A 3I8DA 5HP1A 4CCHA 1TAUA 3TAPA 3SPZA 3S3MA 3OY9A 1S6QA 5FRNA 3QNNA 1NKEA 5HRNA 4EP5A 2HVIA 1KVAA 3LZJA 1TL1A 3SYZA 4O55A 1YVUA 3OYIA 3NH0A 4IG0A 1TK0A 3G0ZA 1QS4A 1FK9A 2BANA 3CM6A 3K5OA 2BGGA 1U45A 5EU7A 4KTWA 2IC3A 5DMRA 1IG9A 3K59A 4Z0UA 4BE0A 4Z4HA 4GMJB 3OYFA 4FK0A 3LP2A 4RW7A 3BGRA 1NJWA 4LSNA 1K6YA 4AILC 1BQNA 3DLGA 2FC0A 4DQIA 4CJ5A 4CHOA 4UQGA 2X78A 4KHYA 3HPGA 3NF8A 4CEQA 1ASUA 3CG7A 4N76A 4M3WA 1EX4A 2WOMA 3KKRA 4M3XA 1TKXA 4H4OA 1NK6A 4GW6A 4OGCA 4DFJA 4CHNA 2Y1IA 1Y97A 4Q5VA 2A1SA 4OKEA 1NK4A 3QNOA 4FCYA 2GUIA 4FJJA 3VQEA 1BI4B 3AVGA 3OVNA 5J2MA 4JRPA 1RDDA 4E3SA 1GOBA 3P5JA 1NK0A 3CM5A 2FBXA 4R5PA 1BI4A 4DQPA 3K57A 3QIOA 3O3HA 5I3UA 1TK5A 2QK9A 1S1WA 1S9GA 3M8SA 5HROA 4BWJA 3LPUA 3V9ZA 3C95A 3MEEA 3ZSWA 2Z1GA 4F3TA 1TKDA 1I39A 3NH1A 4DLEA 3DLHA 4CJQA 2OPSA 4DSLA 4CF9A 3KLFA 4DQRA 4KFBA 4FW1A 4DTRA 3SV4A 4B9MA 4WE1A 3JYTA 3CFOA 2B4JA 2VWJA 3RR8A 4W5RA 4CHQA 2YKMA 3AVCA 4ID5A 4AHRA 1FXXA 2HHXA 3HT3A 4C8KA 4C8MA 2Z1HA 4O5BA 4CJ3A 1JL2A 3T3FA 1RCHA 2XY5A 4L8RB 4Z4CA 4KRFA 3RMBA 1LWFA 2KTQA 4KV8A 3NAEA 4KO0A 1KVCA 1LW2A 1RTDA 1JLFA 3F73A 3QEXA 3TAQA 2G8IA 1HNIA 3RMAA 3AO1A 2VG7A 5KGWA 3M8QA 1ITGA 2OPQA 4M41A 1BCOA 1QTMA 4FLXA 1BCMA 3TAGA 4FJLA 3FFIA 1EETA 3ZSVA 3NH2A 4DF4A 4Z4GA 2F8SA 3L8BA 3AVIA 4I2PA 4FJXA 4B8AB 3KK3A 4JS5A 1T05A 4W5NA 3WNGA 1IKXA 1FKPA 2Z1JA 4AHUA 4FZZA 2A1RA 4ZHRA 1LW0A 4CFBA 3O4QA 3HM9A 4O4GA 4CF0A 4DSEA 3KKSA 1D8YA 4FM0A 1JLCA 1T8EA 4CF8A 3C94A 3DYAA 2PYJA 4CHZA 1L5UA 3VA0A 4FXDA 4AHSA 3LP3A 4RW9A 1RDCA 3KIOA 4PWDA 3AVBA 3MXMA 1RT5A 3B6PA 2IS3A 4B9SA 4QCLA 4B3OA 4CHYA 4J2DA 3TR8A 4OKJA 1YTAA 2R7YA 4DU3A 4BDPA 3ZT2A 4DTUA 1R0AA 2FBTA 1CZBA 2OPPA 3DM2A 4B8CA 2RPIA 3OJSA 4AHCA 2E6LA 1TV6A 1L3VA 1GOCA 4M3ZA 3MXJA 4NYFA 2QXFA 3MEGA 1RT3A 4E1MA 3OYKA 2YNFA 3LANA 3MECA 4FLYA 4JLHA 3PX6A 4J2AA 5KRSA 4N56A 1KFDA 3NGIA 1LV5A 4KHUA 1EXQA 1FKOA 2X6SA 2GBZA 4F4KA 1WAFA 2XY8A 1NK9A 2O4IA 3NGYA 3MEDA 4BACA 1RILA 4CJPA 1XHZA 4ELTA 2HHWA 3QESA 4FM2A 3WNFA 4HCCA 2XRIA 4DLGA 3PUFA 4NYNA 1WSGA 4HTUA 3U3YA 3NF9A 1KCFA 3SUQA 1WAJA 1X9WA 4KI4A 3AVLA 3LZIA 1WSIA 5FDLA 3NFAA 3SV3A 4I9LA 3KTQA 2X6NA 4XIUA 3OYGA 2OZSA 4OJRA 2ITGA 4OVLA 3AVFA 3HO1A 3UIQA 3QINA 3EYZA 3OYHA 1D9DA 1A5XA 4DSJA 2B5JA 1QE1A 4FW2A 1IO2A 1EKEA 1EP4A 3LWMA 1CLQA 3L2UA 1HNVA 1L3UA 4Z4EA 3VQ7A 3NDKA 3DMJA 4CEBA 1NK7A 1WNSA 1N5YA 2RF2A 4N5SA 3NGZA 2YNIA 5SZTA 3HVRA 4KB0A 3QETA 1Z25A 1SL1A 1C6VA 1D9FA 3PY8A 3NF7A 4BE1A 4F8RA 1VSFA 2EX3A 4FZXC 2KZZA 4M3UA 2I5JA 4FJMA 1RT7A 2QKKA 1VSMA 4GVMA 4CIFA 3TWHA 3DRPA 4I2QA 3HK2A 2KFZA 1HYVA 3OS2A 1SV5A 2HHQA 3ZSQA 2ZD1A 3TAMA 3DRSA 1YTUA 4B9VA 4OKKA 1N6QA 3TAFA 5E41A 4J2BA 4KHNA 3OYMA 4NCBA 1NOZA 1NKBA 3MAQA 4PUOA 3SUNA 3AV9A 2E6MA 4CECA 1SKRA 2HHVA 3DI6A 4LY7A 5KGXA 4AH9A 4JS4A 4DSIA 1I3AA 1WLJA 4NCGA 4Q0BA 4E19A 1X9MA 3LDSA 3AO3A 3KLIA 4CEZA 3PX4A 3CFRA 3E01A 4IBNA 4DTOA 3OYAA 4CJFA 1QQCA 4E7KA 3ZT3A 3DLEA 1T03A 3L2RA 3O4NA 1KLMA 1DTTA 3AA5X 2Q3SA 2F96A 2D0BA 2FBYA 5CZ1A 3TAEA 4CF2A 3OYJA 2F8TA 1GOAA 3OS0A 1KVBA 1O1WA 1XC9A 1W0HA 1C0UA 3T19A 3ITHA 1X9SA 3B6OA 1ZBHA 2DY4A 2OYQA 5KI6A 1C0TA 3SUPA 3MXIA 4ELVA 1BL3A 1UAXA 2EHGA 2O4GA 1NK8A 2YNHA 4FZYA 4JRQA 3F9KA 4KHWA 1WSJA 2YHBA 4I9QA 5K14A 3DLKA 2P5OA 1JLBA 1HYSA 4ZTJA 3NHGA 4FVMA 2HNDA 3KK2A 3OYEA 4KHQA 4CGHA 1SKSA 3PV8A 4CK3A 3VN5A 1ZBUA 4O44A 3G10A 5CY4A 1NK5A 3U6FA 4PY5A 2Z1IA 3LP0A 4OPKA 4ZTFA 1ZBLA 1WSHA 4B9LA 1VSHA 3AO5A 2XY7A 1SL2A 3PO5A 2G8WA 4QOZB 1RBVA 4LH4A 1REVA 1J9AA 5HLFA 5J2QA 3DOKA 4CFCA 3O3FA 1NKCA 1JXBA 3SUOA 1TL3A 3C6TA 3AVNA 3OYCA 3HL8A 3KD5E 3S3OA 4Y1DA 1VSJA 3V81A 3I0RA 4E7LA 4BE2A 4E0DA 2HHTA 2ZE2A 3AO4A 1C1AA 3ASMA 3QEVA 4W5TA 1JL1A 3K5LA 1ASWA 3IRXA 4KREA 3IS9A 3HXMA 4DSKA 1IKYA 2D0CA 3AVHA 4DS4A 3H08A 3OYLA 5HRRA 4O0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2Q97A 2FLOA 4EHTA 5CHIA 1RNHA 2QWMA 1ATNA 4N47A 4CJUA 5T7BA 4HCBA 3E9PA 1U04A 3J7YP 3ZSRA 5J2NA 3MWPA 3OYDA 4J2EA 1LWCA 1S9EA 1K9MO 3K58A 5CYQA 3KLEA 1RT1A 4CF1A 4CFAA 1NLVA 4FWSA 4BC5A 4JI8K 1SZ2A 2JHAA 1NGGA 4H4MA 5D3GA 1NMDA 4CK2A 3THXB 5AJ3K 4DKWA 3J2PA 1KLNA 3LWLA 3O08A 2IDOA 1S1TA 4K8XA 4J8FA 3THXA 4YFUA 2XY6A 2P1MB 1MU2A 4ID1A 3S9HA 1QVGM 2P9SB 1HPZA 3THYB 4IEEA 2P9SA 5JVGL 4CJ4A 4HHTA 3P4IA 1XU5E 1RBUA 3AA4A 3VQ5A 3OS1A 3MN7A 5F1XA 1RBRA 2E4LA 2Q36A 4JKFA 4LFCK 1YUWA 1HRHA 3ZSZA 2ATQA 1XMOK 4M3TA 2JH8A 4BRDA 2P9LB 3ZT1A 2PFVA 4JV5K 4JKCA 3HP9A 3SVIA 1IV0A 4C23A 4DQ8A 2E8AA 1TUYA 2VG5A 3LDOA 3S3MA 3GL1A 3I55N 3D2EB 1S6QA 3OBWA 3QNNA 4JKDA 3D2EA 3VETA 1TL1A 1X3NA 3UO2A 3OYIA 5CE3A 3G0ZA 2BANA 3K5OA 2OTLN 1YITN 5EU7A 3ZYYX 2IC3A 1IG9A 4L3QA 3A8YA 3K59A 4BE0A 3LP2A 3SJHA 1MDUB 3WEEB 3CG7A 4C1NK 4M3WA 4M3XA 3HRGA 4RCHA 1NK6A 3ID8A 3WEEA 1Y97A 2A1SA 1NK4A 3CCMN 4EHUA 3AVGA 4JRPA 1YJNN 4LF5K 1RDDA 3TJYA 3K57A 3QIOA 5I3UA 1TK5A 1S1WA 3M8SA 4BWJA 2GTDA 1KXPA 3V9ZA 3MEEA 5F2RA 3ZSWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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