4M3XA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3xA03
1ZBLA 4ZTFA 3V4IA 4ICLA 1NKBA 1U4BA 4KPYA 4FJMA 2F8SA 3VQCA 3AV9A 4RW9A 4DSLA 4CFBA 3HK2A 4M3YA 2HNYA 4C8MA 4CJTA 1N6QA 2PYJA 1KCFA 1C0UA 2G8UA 3AVCA 3U6FA 4JLHA 2B6AA 4KI6A 3ASMA 1RDDA 1TL3A 1BCMA 3LP3A 3OY9A 3ULDA 1TKDA 1BQMA 1SV5A 3AVIA 4RW8A 3ZSYA 4CGJA 3V9UA 3S3OA 4CJVA 1QSYA 4M41A 4CIEA 2D0AA 2YKMA 4IDKA 1NK9A 1LWFA 4H4OA 5CY4A 4E7LA 1SUQA 1EXQA 4OKJA 4Z4CA 1IKWA 3OS1A 3VA3A 2IGIA 4F3TA 3DLEA 3L2RA 1W0HA 2XY5A 3O3FA 1EETA 3MEEA 3NAEA 1QS4A 2WOMA 5D3GA 3AVGA 3QINA 3HM9A 4FJNA 3TAQA 1LWEA 1JLCA 1XHZA 4CJRA 1T03A 4AHRA 1DLOA 4IFYA 1U49A 1J5OA 1RBUA 3NBPA 1RTIA 2E6LA 1HJRA 5SZTA 2B4JA 4Z4FA 3VQDA 4QCLA 1NOZA 1S5JA 1RDCA 3LAMA 4I9LA 3VQBA 3PX4A 3ZT1A 4CGHA 4FJ5A 3PO5A 2VG7A 3O3HA 1TKTA 2EX3A 4HUFA 3MECA 4CK3A 1LWCA 4JS4A 5E41A 4FLTA 1BI4A 4CECA 2O4GA 1NOYA 4DG1A 3H08A 1S1WA 2W42A 3KD5E 3E01A 3LWLA 1I3AA 1VSHA 5HBMA 3RRHA 3HJFA 2XHBA 4PA1A 4BWJA 3PY8A 3QIPA 4FLUA 1BL3A 1U45A 1EKEA 4B9NA 3SI6A 1FXXA 2ITGA 2HVHA 3NGIA 1HQUA 4I2QA 3NCIA 4NYFA 4RW4A 3RMDA 4HTUA 4GVMA 2KZMA 1WSFA 3LDSA 1TV6A 5HP1A 1RT3A 1TAQA 4DFMA 1JLAA 3QNOA 1JLFA 3AO1A 3DRSA 3NF6A 3VQ9A 3THVA 4IG0A 4B8CA 5CZ1A 1JL2A 4K8XA 1F21A 4KKOA 4F8RA 3C6UA 3CFOA 4KV8A 4CEEA 1S1UA 4DFKA 4FZXC 3AO3A 3L3VA 4AHVA 3F9KA 5JS2A 1RBVA 2YNIA 4B8AB 4WE1A 4CJQA 3RTVA 3AA2A 2RKIA 2GV9A 1LW0A 1L3UA 4CJWA 2HHVA 3RRGA 2HVIA 3OYCA 1JL1A 2FBTA 4CF9A 4FXDA 1B9FA 2DFEA 3NF8A 3NGYA 1YT3A 1WAJA 1GOCA 3B6OA 4E7KA 1O1WA 3LANA 4DSEA 1TK0A 1C1AA 2YNGA 4BWMA 3K5NA 3DLHA 4AHTA 2X74A 3K57A 1EX4A 3PX6A 3TWHA 4HUGA 2KFZA 3T3FA 3SQ4A 4B9SA 4O0IA 2KQ2A 4CGGA 3EY1A 4PUOA 4Z4HA 2BANA 2X78A 3L8BA 3S9HA 1QSLA 2FBVA 4CF8A 1QE1A 4Z4EA 5J2QA 3CM6A 1C0MA 5HRSA 4F3OA 2X6NA 2G8FA 4J2DA 1B9DA 3OYNA 3MEGA 3TI0A 1TAUA 1JKHA 4KTQA 1SL1A 3V6DA 1RT6A 4FJXA 2ATQA 4Y1CA 3U3GA 1YVUA 3I0SA 3LWMA 3TABA 3G10A 3VQ6A 2P5OA 4G1QA 1XC9A 1ASVA 4B08A 1C6VA 4K8ZA 4CHNA 2HHSA 3TAGA 1S6PA 2Z1GA 3VQ5A 1EP4A 3RMCA 1JLGA 1D8YA 3DLRA 4ZHRA 1J53A 4CFCA 1X1PA 4HHTA 2HMIA 4F4KA 4CJKA 4UQGA 4CCHA 4DQRA 2Z1HA 3RR7A 5EU7A 4N41A 4N76A 3HVTA 3CFPA 2HNZA 3ZSWA 4EP4A 4NCAA 2GBZA 4N56A 1IKYA 3QETA 2JLEA 3BDPA 4AHCA 4DSJA 1X9WA 4DWIA 3IS9A 1U04A 1ITGA 2OPSA 1QSSA 1KVCA 4Y1DA 1CLQA 2QXFA 1A5XA 3NH0A 4FK4A 1UAXA 4M3XA 1VRTA 3KKRA 3NF9A 4AHSA 4DTNA 1ZBIA 3K5LA 2Z1IA 3BGRA 1FKPA 2GUIA 3QEXA 4DSIA 4HVJA 3KTQA 3VQQA 2HHTA 5JS1A 1IKXA 4FJHA 2F96A 3NHGA 1BHLA 2FBYA 5CYQA 3G0ZA 3SV3A 3ZSVA 4DF8A 4CERA 4DU1A 3DOKA 5FDLA 1I39A 3SUPA 1Y97A 4FZZA 4J2BA 3LP0A 2RN2A 2YNFA 3AVFA 3SV4A 1NK4A 2YKNA 1HNIA 5C24A 1U48A 1RBTA 4B3OA 3NF7A 3SQ2A 4FYDA 3SNNA 3AA3A 3OS2A 1IKVA 4MFBA 3VQEA 2X6SA 4I9QA 4DS5A 3L2UA 1JLQA 1S1TA 4OLAA 4LH4A 4FJGA 4B9UA 4E19A 4FLVA 1YTUA 2JGUA 2G8WA 1KSPA 4KHNA 5HRPA 3ITHA 5HRRA 1JXEA 1DTTA 1IH7A 1WAFA 1BGXT 1JLBA 4KTZA 4OGCA 3OYKA 3NH1A 4B9VA 4DTXA 1XHXA 1UA1A 2IOCA 1TK5A 1HYZA 3ALYA 3ZT2A 4CJFA 4E1NA 4W5OA 3KLHA 2E4LA 1RCHA 4JRQA 1D5AA 2ZQBA 3MXIA 4BDYA 3JSMA 4EZ6A 1LAVA 4FM2A 3LPTA 4CEOA 3MEDA 4DU4A 4M3ZA 1TKZA 3KK1A 2FBXA 3V9XA 1R0AA 1L5UA 4C8NA 2R7YA 4NYNA 3LP2A 4M42A 3M8QA 4C8OA 4HCCA 4BDPA 2D0BA 3DI6A 4FLZA 5I42A 4ZTJA 3NGZA 4E89A 5C25A 4DQSA 3L2QA 1BCOA 3VA0A 1LAWA 4YFUA 4CEBA 3M8SA 2E6MA 3KLFA 1S6QA 3RMAA 4BE0A 1BIZA 4DSKA 2OZMA 3SZ2A 1WSIA 2VG6A 4FJ7A 2I5JA 3HP6A 1RTHA 3L2VA 2XY7A 2HW3A 1CZBA 2OPQA 3C6TA 4LSLA 1NK7A 2A1SA 1SL0A 2VWJA 4B9TA 3OYBA 1WSEA 3TAPA 3MXJA 5T7BA 2O4IA 1ZBFA 3K5OA 4E0DA 1T7PA 3SUOA 3P1GA 1TGOA 4CJ5A 4E1MA 5KGXA 2HHXA 4KHYA 4N5SA 3V1RA 4AH9A 3SJJA 3AVAA 5C42A 4HUEA 2P5GA 3LALA 1TKXA 2Q3SA 3TAEA 3B6PA 4DTRA 4W5RA 1NKEA 4F2SA 3AVBA 3DLGA 5J1EA 3O4NA 3MAQA 3PUFA 3HVRA 1LV5A 1NK5A 1CZ9A 1WSGA 3FFIA 1Q8IA 2XY6A 4Q0BA 4JRPA 3OYEA 3K58A 4DFJA 3OVNA 1J54A 5I3UA 3VQ4A 4CFDA 3CM5A 3EZ5A 2RF2A 2RPIA 1S9GA 3LPUA 2G8IA 2HB5A 4W5QA 3V1QA 5HLFA 1U47A 3OYFA 2DFFA 3KLEA 1NK6A 3LZJA 3TAFA 2F8TA 4B9MA 4DTMA 2NUBA 1JLEA 4KTWA 3C95A 1ASUA 3ZSXA 5KRSA 3OYGA 2P51A 4OVLA 4DSFA 1C0TA 2Z1JA 1RNHA 4RG8A 3SYZA 1KRPA 2OA8A 1IO2A 3T1AA 2PZSA 3AO5A 3WNHA 1VSKA 1YTAA 4OLBA 1WLJA 5KGWA 2HHWA 3V1OA 4ELVA 3S3MA 1TVRA 4CF2A 3RR8A 3CFRA 1HQEA 3HL8A 2DY4A 4W5NA 1C1CA 1CXQA 4FW2A 3OYLA 1RT5A 2VWKA 1JXBA 1KVAA 2KW4A 2OPPA 4PY5A 4KREA 2KFNA 4Z0UA 1GOBA 3DMJA 3V9ZA 3K59A 4MQ3A 5HRNA 2LSNA 3HPHA 2ZE2A 1NJYA 3VQPA 4CK2A 1FK9A 3L3UA 2IS3A 3EYZA 2P1JA 1IG9A 4L8RB 5FRMA 2B5JA 1S1VA 1NJZA 4M3RA 1KVBA 4R5PA 4F2RA 4GMJB 4OPJA 3QESA 4TSXA 4OKEA 3C94A 3QEPA 4FJ8A 4JS5A 4E7IA 1NKCA 3QNNA 2OYQA 1VK0A 3QLHA 4J2AA 4LD0A 4KO0A 2IDOA 2G8HA 1VSIA 1Z26A 2BDPA 2AJQA 3KLGA 4FW1A 3VN5A 4CJSA 3M8RA 3NFAA 4KHWA 1RT7A 3DRPA 3WNEA 4I2PA 5J2NA 1XWLA 1DTQA 4CGIA 4Z4IA 1ZYQA 2QKBA 3SCXA 3SQ0A 4DQQA 4E3SA 5KRTA 1VSJA 4I7FA 5K14A 3OS0A 3SQ1A 5KTQA 3SUQA 2XY8A 3D0PA 3HXMA 4OPKA 1D9DA 4DTPA 3DRRA 2OZSA 2A1RA 2KZZA 3UIQA 3AA5X 4CK1A 1RDAA 3CYMA 4PWDA 1KFSA 4IBNA 1RBSA 4CHPA 3TANA 4O55A 4DFPA 2YHAA 1N5YA 1NK8A 3IG1A 3CQ8A 1NJXA 2VG5A 2ETJA 3OYHA 2DTUA 2DFHA 4DQIA 4FJJA 4FLYA 4CE9A 3IAYA 4N47A 4CJEA 3HP9A 1W9HA 2HNDA 1UOCA 1VSEA 3DLBA 3I0RA 3TR8A 3ZSRA 4OKKA 1UWBA 3U3YA 3LZIA 1WSHA 3WNFA 2IC3A 4DU3A 3CG7A 4DTUA 1X9SA 4CHYA 1C1BA 3KJVA 4O44A 4KFBA 4KI4A 2Y1IA 3ISNC 1Q9YA 3I8DA 1RT2A 2FC0A 1L3SA 3HO1A 3TAMA 4CGFA 4DMNA 3OJSA 1HYVA 1UA0A 4J2EA 3SUNA 4OJRA 3KKSA 1HMVA 5KI6A 2XRIA 1HPZA 3ZT0A 4CGDA 2G8VA 4QOZB 3DLKA 4CJ3A 1BQNA 1RILA 2G8KA 3MXMA 1QQCA 3M8PA 1VSFA 3KD1E 4RW6A 4CEAA 4XIUA 3O3GA 3HPGA 4BDZA 2HHQA 3D45A 2ZD1A 3SPYA 4IG3A 4CJLA 3WNGA 1L3VA 4ID1A 2YNHA 3AVKA 3QO9A 4FJKA 5FROA 4Q5VA 3KLIA 4YNQA 4FZYA 5DMRA 1SKSA 3OYAA 5HROA 1ZBHA 4KHQA 1X9MA 2EHGA 3HSTB 4FVMA 4DLGA 5SWMA 4M3TA 4NCGA 2IAJA 3QEIA 1NJWA 4PQUA 4H4MA 1HYSA 3K2PA 1REVA 3HPOA 2D5RA 4EZ9A 3AVNA 4C8KA 3QEWA 4FJLA 1CXUA 4DTSA 4CJUA 1RDBA 4OGEA 1J9AA 1QHTA 4KAZA 5CYMA 5J2MA 4B9LA 4M3WA 1ZBUA 4LY7A 4CIFA 4KHUA 4FM0A 1S9EA 4IKFA 4CIGA 3QEVA 4M45A 1Z25A 4W5TA 3ZT4A 1VSDA 4DTOA 4FLXA 4DQPA 1A5VA 1SKWA 3OYIA 4CF1A 4KB1A 1MU2A 1TL1A 1T8EA 4FJ9A 1QTMA 1BISA 1D9FA 4Z4GA 4O5BA 2BGGA 4FLWA 4CEQA 4CJPA 3V9SA 3ZSOA 1RTJA 2OPRA 3ZSQA 1KTQA 3NDKA 3NE6A 3AO4A 3ZSZA 1XI1A 1SKRA 1VSMA 3IRXA 3JYTA 1NK0A 2YHBA 1KLMA 4E7JA 3HYFA 1A5WA 3VQAA 4LH5A 3V81A 2KTQA 3OYDA 3SPZA 3AVMA 4M3UA 4BACA 4AILC 2YV0X 4BE2A 3VQ7A 4CHOA 1RBRA 2HHUA 2XO7A 3OYMA 1L3TA 3LAKA 4QAGA 3AVLA 4RW7A 4FCYA 2Y1JA 4HCBA 4NCBA 3AO2A 3DM2A 5J2PA 3O4QA 4E7HA 1RTDA 4O4GA 4CHZA 1HNVA 3KIOA 3P5JA 3AA4A 4CEFA 1SL2A 2WONA 4ELTA 4ELUA 1VSLA 3LP1A 5CZ2A 1FKOA 3ZT3A 4CFAA 4EP5A 2QK9A 1G15A 4CF0A 4GW6A 1WNSA 4CESA 3PV8A 3KK2A 3TARA 3DOLA 5FRNA 1RT4A 2BE2A 3DYAA 1GOAA 4H8KA 3OJUA 1BIUA 1RT1A 1TK8A 1HRHA 3OYJA 1ASWA 4FK2A 1BI4B 3F73A 3S3NA 1VRUA 3K5MA 4KB0A 1WN7A 4FJIA 4CJ4A 4CEDA 1K6YA 1LW2A 4C8LA 3A2FA 4ID5A 3P83D 3QIOA 1Q9XA 3T19A 4KRFA 2D0CA 3HT3A 4FK0A 4IFVA 4DS4A 2PY5A 4FM1A 1T05A 3PO4A 3AVJA 3L2WA 3KK3A 3ZCMA 1KFDA 3AVHA 4LSNA 3RWUA 3VQ8A 3QERA 2QKKA 4DLEA 4DTJA 2PYLA 4CEZA 4O0JA 5DK5A 3V9WA 3NH2A 3PX0A 4DF4A 1KLNA 4KHSA 4CHQA 1B92A 1WSJA 4AHUA 4BE1A 1S1XA 3RMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3EEQA 1BO5O 2P1PB 2Q97A 4DWIA 3CERA 1ITGA 1QSSA 1SQKA 2QXFA 4EP9A 1UAXA 1VRTA 4M3XA 3K5LA 4KH5A 2GUIA 3CPEA 1DKGD 3K0SA 1HPMA 4FJHA 3ULEA 3SV3A 1OH6A 2QA4N 2PFTA 2FSNA 3SUPA 3LP0A 3SV4A 2YNFA 1RFQA 3F5TA 4LF5K 3SNNA 4MFBA 3M5RA 2X6SA 4DS5A 3H46O 1YIJN 3THWB 4FJGA 4B9UA 1QQNA 1KSPA 2G8WA 4KHNA 3VEYA 1XVCE 4PL8A 4BRMA 1DTTA 1IH7A 1BGXT 1JLBA 3O80A 2IOCA 3ZEUB 3SBGA 4H5WA 1BUPA 4GV6A 2E4LA 4JRQA 4EZ6A 3JSMA 4E4BA 1TKZA 4M3ZA 1TUUA 3V9XA 4HCCA 5I42A 2RE2A 3EN9A 4E89A 1J6ZA 3VA0A 1LAWA 2GEMA 1GLJO 4BE0A 1S6QA 3RMAA 4RCHA 1FZ7E 2PFUA 1SZ2A 3AY9A 3GG4A 4O8UA 2I5JA 4FO0A 1RTHA 3C6TA 2VWJA 3E1YA 3MMVA 5AQNA 1FZHE 1T7PA 1YUWA 4EFHA 4NXNK 5KGXA 2JH9A 3SJJA 2P5GA 3MX5A 3HSCA 4QS9A 3M1FA 3OTOK 4DV3K 3HVRA 1WB9A 2ZGZA 1NGJA 4Y0WA 4JRPA 1U2VB 5EY4A 4GV3A 1E4GT 4CFDA 4ADNA 2RF2A 4WFAL 1HX1A 3O9RA 2HB5A 2P1NB 2F4VK 4JI8K 2ZM6K 5EVZA 5AZJA 2E2OA 3AAQA 4DTMA 4KTWA 1JLEA 1QZ6A 1C0TA 4NLBA 3SYZA 1KRPA 5AQLA 4GV9A 3T1AA 3J2PA 4QNCA 5KGWA 2HHWA 4ILJA 3THWA 4DUZK 4CF2A 2ASPA 3RR8A 4MDAA 1XMOK 3HL8A 4M7XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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