4M3XA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 323
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3xA03
3NE6A 5SZTA 1JLQA 1RNHA 4O0IA 3S3MA 4FJ5A 1BQNA 2RN2A 3LP2A 4H8KA 2Y1JA 4RW7A 4J2EA 2B6AA 4DFKA 4B9LA 4ZHRA 3M8SA 3V1QA 1NK0A 1WSEA 1ASWA 3OS1A 1A5XA 4TSXA 4CGJA 1NJWA 4C8OA 1QTMA 1SL1A 2YKNA 3OYGA 4B3OA 1YTAA 3BGRA 1GOCA 3KLGA 1U47A 3U3YA 1KVCA 3L2UA 3NFAA 3K59A 4CE9A 5C42A 1U49A 3HK2A 4W5NA 1CXQA 1X9WA 5FRMA 3NCIA 1WSJA 3LP3A 3WNEA 4CHZA 2KFZA 1NK9A 1CZBA 4PA1A 3RMDA 3ALYA 1O1WA 1F21A 4WE1A 2I5JA 3C94A 1NKBA 2IOCA 2QKKA 1NK7A 2HB5A 4DLGA 4FJNA 2GUIA 3NF6A 4CEBA 4RW8A 1DLOA 4FZXC 3OS2A 3SQ1A 3TAPA 4K8XA 1VSFA 1K6YA 1RCHA 3QEPA 4LSLA 3KJVA 1B9DA 3AA2A 4AHTA 3AV9A 3LPUA 1U45A 2G8KA 4CEOA 4FJGA 1U04A 3HSTB 4CJRA 4FVMA 3MXJA 1D9DA 5FRNA 3V1RA 4I2QA 2D0CA 4CHOA 1GOBA 4CEDA 1T05A 4FJ8A 2E4LA 1IKYA 1TV6A 4DU1A 1TGOA 3FFIA 1ITGA 4Z4HA 3V9ZA 4DTPA 3QESA 3RRGA 3K5OA 4M3ZA 1TL1A 4CJKA 1Q9XA 3M8QA 4W5OA 3DRRA 2XY6A 4M42A 4DTRA 3L2QA 3NF8A 4RG8A 4NYNA 5CYMA 3VQBA 1S1WA 5J2NA 1G15A 4R5PA 1SL0A 4DTJA 4E19A 1WN7A 4CHNA 4DSKA 4E0DA 1RILA 1S9EA 2HNDA 4CJWA 2Z1GA 3PUFA 3OYAA 1ZBLA 4CEZA 1FKOA 4KHNA 3AA5X 3MEEA 4FJXA 3LZJA 2HNYA 4NCBA 4JRQA 3AA3A 4KHWA 4HTUA 4AHCA 4H4MA 4KTWA 4CJFA 4BE1A 3IG1A 2IS3A 3M8RA 3EY1A 1RT3A 4DF8A 5J2QA 2P51A 3P83D 3AVFA 2B4JA 3LDSA 4W5QA 1WAFA 2KZZA 2ATQA 3I0RA 4CEEA 4DFMA 4CF0A 3TAFA 3EYZA 1LWFA 1RDDA 4I2PA 2OPRA 3NGYA 2XY5A 2PZSA 1S6PA 4JLHA 4EP4A 4OPJA 4HCBA 4FJHA 1VSEA 2X74A 3AVLA 3LPTA 4E7IA 4FLXA 3NF9A 2X78A 3SJJA 4HUFA 1R0AA 1L5UA 1S1TA 2G8VA 1Y97A 4FJ7A 1C0TA 4FJKA 1C0MA 1J5OA 4B9NA 3DMJA 4EP5A 1BL3A 3QEXA 3TAGA 5C25A 4CK3A 4F8RA 3RTVA 3SUOA 1LWEA 4GW6A 5KGWA 3HP9A 3OYEA 2XY8A 5CYQA 4CEQA 4DU3A 4BDZA 3I8DA 1RBVA 3SCXA 1RBUA 1BCOA 3QEIA 1VSMA 4H4OA 4RW4A 1N5YA 3TAQA 1KFDA 3D0PA 1NOYA 4FM0A 1IG9A 1JLGA 3CM5A 5FDLA 2FBTA 2FBVA 2JLEA 3ZSOA 3VQ4A 3HPGA 3LALA 2BE2A 3L8BA 3RR8A 5SWMA 4E7KA 3QIPA 3LP1A 2HHSA 4E3SA 1RDBA 3VQPA 5E41A 3L2WA 3SNNA 3HVTA 4OLBA 4Z4CA 3MECA 4M3YA 1QSYA 2F96A 1KCFA 1WSFA 1KSPA 1C6VA 3OYDA 2OPQA 3HPHA 1NKCA 3OYNA 3T3FA 1CZ9A 3HYFA 3NHGA 4KI4A 3IS9A 1A5WA 2ETJA 4RW6A 3DLKA 3SV4A 1LAWA 1UAXA 3V9WA 4FJJA 4J2BA 3CG7A 2XHBA 1EX4A 3IRXA 4M3XA 2OZMA 3ZSRA 4CGGA 4E1NA 1QSSA 4YFUA 1L3UA 2ITGA 4DTSA 1TKZA 2VWJA 2KQ2A 3VQQA 4DF4A 3KKRA 1X1PA 2E6MA 3QETA 4DQQA 3KIOA 1S9GA 3SUNA 3P5JA 3L2VA 4FLUA 4DQPA 1TAUA 4KV8A 4CHQA 4W5TA 1X9MA 4B9SA 1RT5A 3ZT2A 1S1UA 4C8MA 4FK4A 2X6SA 4DTNA 2QK9A 4DSJA 3KLHA 3HM9A 1N6QA 5FROA 2DFEA 4N5SA 1S5JA 3AO3A 3OYFA 3S3OA 3AVGA 2E6LA 5K14A 1J53A 2GBZA 4Y1DA 3HP6A 2F8TA 2O4IA 1HQUA 1XI1A 2BANA 3KLEA 2QXFA 3S3NA 1WAJA 4DTUA 4KRFA 4FXDA 3SPZA 2RF2A 4B8AB 4N41A 3RWUA 1L3SA 1SL2A 3ZT1A 2VWKA 3AVNA 1SV5A 3L3UA 4FLTA 3AVJA 4CIGA 1RTIA 1TKTA 4KHUA 3TAEA 1VSIA 1HNVA 4FLVA 3PX4A 4FK0A 1IKXA 4CGFA 1QSLA 1VSLA 2OZSA 3HL8A 5C24A 3VQ8A 4E1MA 2KZMA 1ASVA 4DFPA 3VQEA 3HXMA 2WOMA 1WNSA 4BE2A 3OYIA 3DM2A 4CERA 4F3TA 3AVMA 3V9SA 3S9HA 1RDAA 3UIQA 1I39A 2O4GA 1C1CA 3G10A 4OPKA 2R7YA 4FW1A 4UQGA 4N76A 4BACA 3SI6A 2KW4A 3V1OA 1NKEA 4EZ9A 4PY5A 2IDOA 3CQ8A 4IFVA 2RKIA 3V9XA 4NCAA 3VQ5A 4KFBA 1BQMA 2VG5A 4CECA 4DU4A 5I3UA 1I3AA 1HYVA 3HJFA 1ASUA 3K57A 3KLIA 4CF9A 1BI4A 1TVRA 4CJTA 3NH2A 4BE0A 1SKRA 3OYHA 4DQSA 2Z1IA 1DTTA 2YV0X 3DYAA 1LW2A 2X6NA 3F9KA 4B8CA 2D0AA 4LY7A 3ULDA 4DS5A 1HQEA 3HPOA 2G8FA 4CEAA 3SQ0A 4DTMA 1EP4A 1RBSA 4IDKA 5HP1A 4IG0A 2Y1IA 3K2PA 3AVCA 4Z4FA 4DSIA 3RMCA 4CFAA 1LW0A 3WNGA 4Q5VA 3RMAA 3ZSVA 3VQ7A 4QCLA 1NOZA 1RT6A 4FJMA 3AVAA 4M41A 3VQ6A 1JLAA 3DOKA 3K5NA 5KRSA 3SQ2A 3AVBA 4I9LA 4I9QA 1HPZA 4K8ZA 3AO5A 4LH4A 3SPYA 4MFBA 5HRNA 1QHTA 4QAGA 3O3GA 3LAKA 1TK5A 3SUPA 1LV5A 3RMBA 5J1EA 1YTUA 2G8UA 4DS4A 4ELTA 4DQRA 3TABA 1JKHA 3SYZA 5KGXA 3ZCMA 1U4BA 2HW3A 4PWDA 3DLBA 2YKMA 3RRHA 3CFOA 4LSNA 1ZBUA 1SKSA 4IBNA 2YHBA 4M3WA 1EKEA 2HHTA 4HHTA 2DY4A 2QKBA 2OPSA 4HVJA 4B9TA 4CK1A 5CY4A 3DI6A 3AVIA 4B9UA 2ZD1A 5DK5A 4N47A 3TARA 4FYDA 3QLHA 1NJZA 1CLQA 4NYFA 1JLEA 2P5GA 2DFFA 3ASMA 5EU7A 4CJUA 3JYTA 3BDPA 4FZZA 1NJXA 3PO5A 1TKXA 4O55A 4CJ5A 4DTOA 4Y1CA 1KLNA 1VSHA 3LP0A 4G1QA 4DQIA 3AVKA 1RBTA 4FK2A 2ZQBA 4KTZA 2HHQA 4F4KA 1QS4A 3KLFA 3VN5A 3V81A 5HRRA 2A1RA 1NK6A 4FJIA 5HRPA 4FJLA 3LWMA 4M3RA 3ISNC 3NBPA 2VG6A 1JLCA 4FJ9A 1HYSA 3ZSYA 1J54A 3D45A 3PV8A 3PY8A 4B9MA 2G8IA 1QE1A 3NGIA 4CJQA 2YNIA 4CJEA 3TI0A 1RDCA 1TK0A 4KO0A 3QINA 2RPIA 2XO7A 3HVRA 2W42A 5J2PA 1FK9A 2PYJA 3DLRA 4GMJB 4PQUA 3I0SA 4ID5A 3OYCA 3ZT4A 1KTQA 3QEVA 1HNIA 3OYMA 4BDPA 4OGEA 4PUOA 3SV3A 2WONA 1BGXT 3VQAA 4AH9A 4AHUA 3AO2A 3LANA 4IG3A 3L3VA 4F3OA 1BCMA 1ZBFA 1A5VA 3V9UA 3P1GA 2PY5A 1XWLA 1T8EA 3NH0A 3NF7A 3U6FA 2F8SA 4JS4A 3KK2A 2YNHA 3VQDA 2B5JA 1TL3A 2Z1JA 4F2RA 1RT2A 3KKSA 3HT3A 4CF2A 1VK0A 2YNGA 1JLBA 5DMRA 4CHYA 4JRPA 4KHYA 4CJ4A 3MXIA 1C1BA 3K58A 1GOAA 1WSGA 3OVNA 4O44A 3NGZA 2HHXA 4E7HA 4IFYA 4CF8A 2HNZA 1TKDA 4CJPA 3LWLA 2KFNA 5HROA 4YNQA 4CJLA 3O3FA 4HCCA 1BISA 4O5BA 3VA3A 3OYLA 1RBRA 1HYZA 3NDKA 3DRSA 4KHSA 1FKPA 5KRTA 1REVA 4CFDA 1UA1A 1Q8IA 4FLZA 3AO4A 3DRPA 2FBXA 4ID1A 3MEGA 5HBMA 2P5OA 3TANA 3LAMA 3VQ9A 2OPPA 2YNFA 1L3TA 1RTHA 4KB0A 4IKFA 1KVBA 3V6DA 1IKWA 4CIFA 2OA8A 4Z4GA 4AHRA 3IAYA 3OJUA 1X9SA 4W5RA 4DFJA 2HMIA 4Q0BA 4CJ3A 3DLHA 2DTUA 1XC9A 1KLMA 3AO1A 3OS0A 4BDYA 1YT3A 2GV9A 3F73A 2HVHA 2AJQA 3OYKA 4KTQA 1B9FA 1JL2A 4Z4IA 2BDPA 1UOCA 3OYJA 4CFBA 4CK2A 5KI6A 1QQCA 1HMVA 3WNFA 4CCHA 2XY7A 1VSDA 4O4GA 1RTDA 4RW9A 4DSLA 3B6PA 4ICLA 4OKJA 1VSKA 1L3VA 1S6QA 4C8NA 3PX0A 2HVIA 5JS1A 3PX6A 1WSIA 3TAMA 1TAQA 1WSHA 4CGDA 4DLEA 4FCYA 1Q9YA 4DG1A 2P1JA 4OLAA 3ZSWA 1Z25A 4FM1A 1D9FA 4OVLA 4KI6A 3ITHA 3DOLA 3G0ZA 1RT4A 5CZ1A 4Z0UA 3CFPA 3AVHA 4FZYA 2FC0A 3QIOA 2Q3SA 4AHSA 3KK3A 1SKWA 1CXUA 5T7BA 3CM6A 4E7JA 4DSEA 1IH7A 3QNOA 3OY9A 1FXXA 3TWHA 3M8PA 1ZBIA 4OKEA 4OKKA 2D5RA 3MXMA 4E7LA 3KTQA 3U3GA 1KVAA 3NH1A 2D0BA 1KRPA 3DLEA 4DSFA 3OYBA 1J9AA 1S1XA 4HUGA 4OJRA 1NK5A 4LH5A 4QOZB 4KREA 1C1AA 4AHVA 4FLWA 4AILC 4C8LA 1NK4A 3KD1E 1UWBA 3C6UA 3K5MA 3THVA 3VA0A 3QEWA 3E01A 1D8YA 1EETA 2A1SA 1RT7A 2FBYA 2G8WA 4KB1A 2KTQA 1JL1A 4CIEA 4ELVA 4HUEA 1UA0A 1BIUA 4MQ3A 5J2MA 1KFSA 3ZSZA 2EHGA 3LZIA 3RR7A 2IGIA 4XIUA 1XHZA 2OYQA 4E89A 3O3HA 1LWCA 4DMNA 1T7PA 1Z26A 4KAZA 4ZTJA 4CGIA 2LSNA 2PYLA 1ZBHA 2DFHA 5HLFA 1C0UA 2BGGA 4FW2A 3DLGA 4FM2A 1VSJA 2XRIA 4I7FA 3SZ2A 4KPYA 3PO4A 1WLJA 1TK8A 3O4NA 4B9VA 2IAJA 4BWMA 1SUQA 1NJYA 3HO1A 2Z1HA 3TR8A 3NAEA 4L8RB 3VQCA 4EZ6A 3SQ4A 4J2DA 4M3UA 1IO2A 3QO9A 1HJRA 3ZSXA 4NCGA 4ELUA 4N56A 1W9HA 1JLFA 1BIZA 1VRUA 1MU2A 1IKVA 1JXEA 1D5AA 4M3TA 4JS5A 4CF1A 4CFCA 1T03A 4M45A 1LAVA 3ZSQA 4DTXA 3KK1A 5CZ2A 2HHUA 4CHPA 3QNNA 4J2AA 1EXQA 2EX3A 3KD5E 2VG7A 4CGHA 3L2RA 3O4QA 4Z4EA 1JXBA 4CJSA 2HHWA 3V4IA 3EZ5A 5D3GA 5I42A 1B92A 3ZT3A 4KKOA 4C8KA 4LD0A 1YVUA 2YHAA 1W0HA 4BWJA 1DTQA 3ZT0A 4O0JA 3K5LA 4DWIA 3T19A 4GVMA 4FLYA 1BHLA 2NUBA 3H08A 4ZTFA 2JGUA 3OJSA 3MAQA 3A2FA 4OGCA 3MEDA 2G8HA 1XHXA 1RT1A 4CJVA 3CYMA 3QERA 1U48A 1RTJA 2IC3A 3WNHA 4B08A 1ZYQA 1BI4B 5HRSA 4F2SA 5KTQA 3SUQA 2HHVA 3JSMA 3CFRA 3T1AA 3B6OA 3C6TA 1NK8A 3C95A 4CESA 1S1VA 1VRTA 4KHQA 2ZE2A 3AA4A 4CEFA 5JS2A 1HRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1WSFA 1YXQA 4BREA 1E4GT 4CZLA 2E5LK 2MMBA 1JCGA 1YF5L 3WXMB 1U2VB 3ULEA 3L4QA 3CCUN 4KI4A 1NMDA 4RW6A 2UUBK 1UAXA 4BQZA 3V9WA 4WCEL 4OPJA 4YFUA 2ITGA 3CCEN 2A5XA 3D2EA 2HMPA 4DQQA 2P9KA 1NGCA 5M1FA 5BRHA 4FLUA 4W5TA 3DWLA 1X9MA 4B9SA 4NXNK 1S1UA 2IIRA 4C8MA 2X6SA 2HBMA 4DSJA 3VEOA 1N6QA 4C1NI 5FROA 1S5JA 5K14A 4Y1DA 3H1VX 2P9UA 2F8TA 4DB3A 4KRFA 3CCVN 3SPZA 4B8AB 3ZT1A 3AVNA 1NGFA 3BVOA 3VEXA 3A8YA 4RL5A 3GDQA 5C24A 2ZM6K 3VQEA 2WOMA 4FWMA 3AVMA 1NLVA 1MWKA 3UIQA 2PBDA 1I39A 3AAPA 4N76A 4FWQA 2KW4A 4PY5A 1Q82O 2A3ZA 2AA4A 2ITMA 5I3UA 1I3AA 3K57A 3KLIA 4DV7K 2ASOA 3NH2A 4BE0A 1IBMK 3OYHA 4B1VA 2Z1IA 1DTTA 2YV0X 4JHDB 2X6NA 4B8CA 4JI7K 2D0AA 3AARA 3O9QA 3QFPA 2G8FA 4DTMA 1RBSA 3KVGA 4IDKA 3K0SA 3NVKA 3WT0A 4CFAA 3WNGA 3ZSVA 3LM9A 4FJMA 3AVAA 3SQ2A 1XMGE 3OA9A 2H3GX 1SQKA 3LAKA 1GLCG 5J1EA 4DQRA 1J5EK 2O8FA 1JKHA 5KGXA 2PFVA 3UO2A 1ZBUA 3VESA 4HVJA 3U9ZA 3AVIA 1YJNN 5DK5A 2FSNA 4JEPA 2NLXA 1NJZA 4CJUA 1V4SA 3PO5A 4O55A 4CJ5A 4G1QA 1RBTA 4WQ4C 1FZ0E 5HRPA 5AQGA 4WQ4A 3ISNC 4R79A 1HYSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JLQ A;  2VQE K;  1BDG A;  4J2E A;  4DV4 K;  4CGJ A;  1NJW A;  1QTM A;  4JI6 K;  3UKR B;  3KLG A;  1QQM A;  5AQR A;  1KVC A;  4CE9 A;  2FYO A;  1FZ9 E;  4EPH A;  3HK2 A;  1MHZ G;  4CBX A;  3NCI A;  4DQ8 A;  2AP1 A;  3O9S A;  4PA1 A;  4NO7 A;  3L0Q A;  1NK7 A;  2HB5 A;  3NF6 A;  2OVQ B;  4LF4 K;  5AFU H;  1GLB G;  2YB5 A;  3MX2 A;  1VSF A;  4ADN A;  1RCH A;  5IZ7 A;  1XVC E;  4LSL A;  3E9O A;  1U45 A;  5JVH L;  4BRG A;  3M5R A;  3KWI A;  4CJR A;  1VQO N;  5FRN A;  3EEQ A;  4CED A;  4FJ8 A;  2E4L A;  3QFU A;  1IKY A;  3ATU A;  3V9Z A;  3QES A;  3K5O A;  5BR9 A;  3M8Q A;  4NXM K;  4W5O A;  3ENB A;  3A5O C;  4RG8 A;  3NF8 A;  3RVC A;  1FYZ E;  5J2N A;  5H37 A;  4DV5 K;  4CHN A;  4E19 A;  4E0D A;  1IJJ A;  1S9E A;  2HND A;  3VER A;  3OYA A;  5A2Q O;  1S3X A;  3LDP A;  1T44 A;  4A62 A;  5F0X A;  4M7Y A;  3AA5 X;  3LZJ A;  2ZGY A;  2HNY A;  4NCB A;  4JRQ A;  4K0K K;  4AHC A;  4DF8 A;  5AQJ A;  5J2Q A;  4BC5 A;  2ZJR L;  3AVF A;  4W5Q A;  4BC3 A;  1WAF A;  2ATQ A;  3V7D B;  2O8D B;  1NGE A;  2OPR A; 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