4M3YA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-1 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3yA03
2HHTA 4GVMA 1S1UA 3QINA 3ZSRA 1IO2A 1NJZA 4CF2A 1NK9A 3QETA 3ZT0A 3AA4A 4W5TA 3KKRA 3QESA 3RR8A 4J2DA 3L2RA 1EETA 2ITGA 4B9MA 2VG7A 4OPJA 3EZ5A 3ALYA 4I7FA 3K5LA 4HHTA 4KRFA 4CJWA 1BIZA 1UA0A 3IS9A 4OKJA 3K5MA 4AHRA 4FLWA 3KJVA 3I0SA 3AV9A 1N5YA 4Z4EA 1BCOA 1RDDA 3VQEA 3HPOA 4ID1A 1S9EA 3RTVA 3VQCA 4E1NA 1BHLA 4W5RA 3NH2A 3AA2A 4HVJA 4C8LA 1WSHA 4RG8A 5KTQA 1XI1A 3QNOA 4CIGA 4FJXA 4DMNA 4DSKA 4PWDA 4Q0BA 2ATQA 3AO4A 4JRQA 4F2SA 1KTQA 4B08A 4B9NA 3NF9A 3PUFA 4DQSA 3MECA 1SKSA 4J2AA 3F73A 1TKDA 4RW9A 1NOZA 1R0AA 3LWMA 2X6SA 2HHWA 1NOYA 1LW0A 5I42A 3BGRA 2JLEA 4EP4A 2GUIA 3M8PA 5HRPA 3L8BA 2Z1HA 4R5PA 3SCXA 1QHTA 2IC3A 5D3GA 4FJ9A 1IH7A 3S3OA 3SJJA 4FJ8A 2DY4A 4WE1A 4CK3A 1RDBA 3RMBA 4FJIA 3T1AA 1ZBIA 2ETJA 3L2VA 4KI4A 4CJPA 1KVBA 1WSGA 4CHNA 3NFAA 2QKKA 4IG3A 3HO1A 1W9HA 5C24A 4CEOA 3S3MA 3RR7A 2O4GA 1RT6A 1RCHA 3QO9A 3TR8A 3ZSYA 1HRHA 3WNGA 4GW6A 5J2MA 4JLHA 4AH9A 3SV3A 3SQ4A 4FZYA 3VQQA 2PYJA 2Z1GA 4BDYA 3SI6A 5J1EA 3HL8A 4BE2A 1RNHA 3QLHA 1TKXA 1W0HA 2IAJA 3OS0A 1SUQA 5KGXA 4DTUA 3LZJA 4FLVA 4HCCA 4PA1A 4QOZB 2XHBA 4DLGA 3IAYA 1A5XA 3OYHA 1L3UA 5KGWA 2VG6A 3BDPA 3U3YA 1LWEA 3O4NA 3NF7A 2DFEA 4O5BA 1JLFA 3HVTA 3QEWA 3VQAA 3OYJA 4CHPA 4PQUA 1D5AA 2KQ2A 4HUGA 3RWUA 1HNIA 1WSJA 4B8CA 5SZTA 4DTOA 4OPKA 4AHUA 3OYEA 3LWLA 1F21A 1UAXA 1BL3A 4HUFA 4ZTFA 1T7PA 4PUOA 2HNYA 2IS3A 4CE9A 4JS4A 2YKMA 3WNFA 4AHCA 1DTQA 1JLCA 3LP0A 4RW8A 1X9MA 4O0IA 4JS5A 1S6PA 3ZSQA 4E7JA 3CFOA 2Y1JA 4E7LA 3SQ1A 4J2BA 3CYMA 4CIFA 2DTUA 4KI6A 4OGEA 1C0TA 4DSFA 1C1AA 1KVCA 3O3GA 4M3UA 5FDLA 3LP2A 1JLQA 3K5NA 2EHGA 4OKKA 5CYMA 3K5OA 2D0CA 4KAZA 4J2EA 3C6UA 4N76A 4FJGA 3ISNC 1VSHA 3WNHA 4B8AB 3OY9A 5I3UA 4F3OA 2HHUA 3NAEA 4FYDA 2YNFA 4FM1A 3TARA 1LAWA 5CZ1A 1T03A 1GOBA 1SKRA 4F4KA 4KHSA 4FK4A 4FW1A 2HHVA 4DSIA 4I9LA 4HUEA 3OYNA 3CFRA 2HNDA 2HHXA 3CQ8A 4ZTJA 4FZZA 4C8KA 4B9TA 5K14A 3KK2A 1QTMA 1BI4B 3AVLA 1BGXT 3VA3A 1TVRA 4Z4IA 3THVA 3PX6A 2OPQA 4RW6A 1C1BA 3U3GA 2X6NA 3V1RA 1ASUA 1CXUA 2YNIA 4Z4GA 1WNSA 2OA8A 4CJFA 2AJQA 3LZIA 1KVAA 3NF8A 1RDAA 1J5OA 3ZSVA 3PO4A 3CG7A 3MEDA 3P1GA 2G8KA 4IFYA 3RRHA 2EX3A 1HQEA 4CGJA 4CFDA 1ZYQA 1WSIA 1HQUA 2YHAA 4CJUA 4FW2A 4GMJB 1I39A 1T05A 3AVNA 2HNZA 4KFBA 3K59A 1ASVA 3SUOA 3DLEA 1EP4A 3TWHA 3PV8A 3T3FA 1VSJA 5JS1A 4IG0A 3SYZA 4KHUA 1U47A 4DSJA 3KKSA 3ZSXA 4CJQA 1BCMA 4YFUA 2B6AA 4ELTA 3P83D 3C94A 2HVIA 4DTSA 4Y1DA 4LY7A 2YHBA 1CZ9A 4K8ZA 2BDPA 4NCBA 1EX4A 5DMRA 4HCBA 4DS4A 4CK1A 2WONA 4M3RA 3RMDA 2FBTA 2P1JA 2X78A 4DFKA 3ZSZA 3HPHA 3SV4A 4BWMA 4FVMA 1NJXA 2KTQA 3OYKA 1SV5A 1N6QA 4KKOA 1XWLA 3LAKA 4E89A 1TKZA 3QIPA 4BDZA 4CF1A 1NK6A 4NYFA 1HNVA 3MXIA 5SWMA 3D0PA 3S9HA 1Q9YA 1QSSA 4NCGA 1D9DA 1VK0A 2KZZA 4CEQA 4MFBA 2I5JA 1RTDA 2XO7A 2HVHA 3MAQA 2Z1IA 4IDKA 4M3WA 1TV6A 4W5QA 3V9XA 3DRSA 2G8WA 1ASWA 4DU3A 4Y1CA 1LWFA 3NHGA 1HMVA 4FJJA 4H8KA 3G0ZA 1WSEA 5EU7A 4Z4FA 1S6QA 4E1MA 3HK2A 3ZT2A 3LPUA 2Q3SA 3ZT3A 2GV9A 4CJKA 2B4JA 4DTJA 4DQIA 4W5NA 3ASMA 4C8MA 3HXMA 4OLBA 1Q8IA 2XY5A 4F3TA 1LV5A 4FCYA 4CJEA 3KLFA 2KFZA 4LSLA 4DG1A 3SUNA 2ZQBA 4NYNA 3V4IA 1S9GA 4M3XA 3MEGA 3QEIA 3DLRA 4FLZA 3DRRA 4RW4A 3DYAA 4CEDA 4BACA 4E7KA 1XHZA 1LAVA 1NK8A 2LSNA 1NK0A 4AILC 1TAQA 3HSTB 4LD0A 3VQPA 4B9UA 1VSFA 2E4LA 4O55A 4KHYA 4CK2A 4OLAA 2D0BA 3DLGA 3OJUA 3EYZA 4AHVA 4DTNA 4KTZA 4OKEA 2PYLA 2HB5A 3AA5X 2VWJA 4FM2A 3AVMA 2YNHA 5HRNA 1YTUA 3L3VA 1WN7A 4FLXA 1RT3A 2P5OA 4I2QA 4UQGA 3OS1A 3K57A 3V9UA 2QXFA 4DFJA 2G8IA 4CERA 4DU1A 3ZT4A 4CJRA 4OJRA 1O1WA 3SPZA 4K8XA 1U48A 3L2UA 2P5GA 3NGZA 4JRPA 1VSEA 4FZXC 3RMAA 3OS2A 2RPIA 3AVKA 3KIOA 1NK5A 3K2PA 2BE2A 1FK9A 1VSDA 1VSKA 3OYGA 3SUPA 1HYZA 1I3AA 2IGIA 4DSEA 3AVIA 3AVJA 1QSYA 4AHSA 3EY1A 4I9QA 4DQRA 1Z26A 2OZSA 1VRUA 2G8UA 3QEPA 4E0DA 3VN5A 2XRIA 1B92A 1IG9A 4BDPA 3O3HA 2F96A 4W5OA 3DLBA 1YTAA 5C25A 1ITGA 1TGOA 4CFCA 3VA0A 4L8RB 4FM0A 1B9FA 3M8QA 3PY8A 4CGDA 4CFBA 4C8NA 1SL1A 3NBPA 2JGUA 1Z25A 5E41A 1L3SA 4CJ4A 3DOLA 4C8OA 4DU4A 2IOCA 1KLNA 4FJ7A 3QERA 1QQCA 4ICLA 3QIOA 3IRXA 1L5UA 1SKWA 3V6DA 2DFFA 2KFNA 3HT3A 3NH0A 1IKYA 5KRTA 1VRTA 1FKOA 4CJLA 2BGGA 4ID5A 1UOCA 3FFIA 1ZBLA 4CIEA 4BE0A 4EZ9A 5FRNA 1CXQA 3AVHA 5CY4A 3DI6A 4OGCA 3TAQA 1X9WA 3DMJA 3MEEA 4EZ6A 5FRMA 3C6TA 4IFVA 2F8TA 1RT4A 2PY5A 4FJMA 1RTJA 4CF0A 4FJHA 2VG5A 2PZSA 1WAJA 3VQBA 3KK3A 2OPRA 4KB1A 1Q9XA 3AA3A 5J2NA 4IBNA 4KREA 1GOAA 4Z0UA 1RT7A 1NKEA 1REVA 2FBXA 3NCIA 1HPZA 1BQNA 1U04A 1TK8A 4O0JA 2XY7A 1NKCA 2OYQA 4I2PA 1NKBA 5HRRA 3JYTA 1BQMA 4EP5A 3PX4A 1TK5A 1RBTA 1JXBA 2G8VA 1JLGA 5HBMA 4M41A 2R7YA 1Y97A 4ZHRA 2RF2A 2ZE2A 4H4OA 3ZSWA 4CGFA 3G10A 1JL1A 3I8DA 2HW3A 3PO5A 3OYAA 1CZBA 3E01A 3O4QA 1QS4A 1S1WA 1WSFA 4QAGA 1U45A 1JKHA 3UIQA 2D0AA 4N56A 1NK4A 3KLEA 3AO1A 1MU2A 3NGIA 4CF8A 4DQPA 4DSLA 5FROA 1J9AA 1LWCA 1WLJA 4E7HA 4NCAA 1TAUA 4KO0A 4RW7A 4CJTA 4CEFA 1UWBA 3OJSA 1U4BA 1HYSA 2W42A 5DK5A 1CLQA 1IKXA 2E6MA 4DLEA 3TAGA 4Z4CA 3L2WA 4CHZA 2KW4A 1VSLA 3ZSOA 3DLKA 2QKBA 2GBZA 4CFAA 4CGGA 3AO3A 1S1TA 3CM5A 1VSIA 3NH1A 3V9SA 4DFMA 1S1VA 1B9DA 1DLOA 4CF9A 4LH4A 3OYBA 4Z4HA 4FLYA 3TAEA 1EKEA 3KTQA 4DTXA 1JLEA 3OYDA 4B3OA 3RMCA 1YT3A 4LH5A 3OYIA 3H08A 1TKTA 4M3ZA 3OVNA 3U6FA 3AVAA 3ZT1A 4CGHA 3M8SA 2HHSA 4CJ3A 1BI4A 3V1OA 4M3TA 4CJVA 4B9VA 3SUQA 1S5JA 1RT2A 4DWIA 1RBUA 4FLTA 4FJKA 3V9WA 5J2QA 3M8RA 3LP3A 4DS5A 3SZ2A 1KSPA 4QCLA 2A1RA 1JLAA 4DFPA 4KTQA 2FC0A 3MXMA 1ZBFA 4AHTA 3HP9A 1TK0A 2BANA 5T7BA 3LDSA 1S1XA 3DM2A 1D9FA 3HM9A 4KB0A 5J2PA 4Q5VA 2D5RA 2G8HA 4HTUA 3QEXA 1KLMA 2B5JA 3SQ0A 4DTPA 5HRSA 3HVRA 1RBVA 1NJWA 1JLBA 1TL1A 4E3SA 1VSMA 4YNQA 5CZ2A 4KHNA 1QSLA 3TAFA 4FK0A 3VQ9A 2RN2A 4F2RA 2Y1IA 1C1CA 4CHYA 4FJLA 3SQ2A 4E7IA 1KRPA 5CYQA 3OYMA 1C0UA 1RT5A 3LPTA 3JSMA 4KPYA 3TABA 1XHXA 3KLHA 1LW2A 1RBSA 3V81A 3B6OA 3VQ7A 4DF8A 1TL3A 3KK1A 4F8RA 4E19A 3CFPA 3AO2A 4FJNA 1X1PA 1A5VA 3KLIA 2OPSA 1ZBHA 4BE1A 4CEAA 2YV0X 1C6VA 1EXQA 3ITHA 5C42A 1WAFA 1L3VA 3LALA 3HJFA 2A1SA 1U49A 2OZMA 2YKNA 1NK7A 3KD5E 1RTHA 4FLUA 3ULDA 3KD1E 1KCFA 2FBYA 2RKIA 3AVBA 4CECA 1KFDA 3KLGA 4BWJA 2P51A 3OYLA 3S3NA 1X9SA 2O4IA 1FKPA 4PY5A 3VQ4A 2FBVA 3AVCA 3LANA 1J53A 3L3UA 4CJ5A 2X74A 3VQ5A 4B9LA 3TI0A 3LAMA 1T8EA 3LP1A 1KFSA 1JL2A 3DLHA 4DTRA 3NE6A 3SPYA 1DTTA 5HP1A 2E6LA 1QE1A 4O4GA 3HP6A 1FXXA 1D8YA 1L3TA 4CCHA 3IG1A 2DFHA 4M45A 2F8SA 3VQ8A 1A5WA 4ELUA 1IKVA 1C0MA 2OPPA 3QEVA 4N5SA 4CESA 3CM6A 3VQDA 4CEBA 3OYFA 3PX0A 1NJYA 1G15A 3V1QA 3T19A 4DQQA 4FJ5A 4B9SA 3D45A 1J54A 4O44A 1XC9A 2KZMA 5KI6A 1HYVA 1YVUA 1RBRA 1GOCA 1JXEA 1RT1A 3AVGA 3NGYA 3TAMA 4CJSA 3NDKA 3V9ZA 4DTMA 3AVFA 3DRPA 3F9KA 4G1QA 5JS2A 3A2FA 3L2QA 2QK9A 2XY6A 1SL0A 2XY8A 4TSXA 2ZD1A 4MQ3A 3HYFA 5KRSA 2HHQA 3I0RA 1RTIA 3QNNA 1UA1A 4KHWA 3C95A 1RDCA 1ZBUA 3AO5A 4N41A 1RILA 4N47A 4CHQA 3TANA 3MXJA 2YNGA 3NF6A 1IKWA 4M42A 3TAPA 2HMIA 3VQ6A 4KHQA 2VWKA 2Z1JA 3B6PA 4IKFA 3ZCMA 4CHOA 4DF4A 3P5JA 2G8FA 4KTWA 4KV8A 2WOMA 3SNNA 4H4MA 3OYCA 4XIUA 3HPGA 4CEEA 4LSNA 1HJRA 5HROA 3RRGA 4FXDA 4FK2A 4CEZA 3DOKA 2NUBA 5HLFA 1BIUA 4OVLA 4M3YA 2IDOA 1BISA 4CGIA 1K6YA 4ELVA 1SL2A 3O3FA 3K58A 3WNEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NU0 A;  4XH1 A;  3AA4 A;  3RR8 A;  2D0P A;  4RL5 A;  3ID6 A;  2HST A;  2O8D B;  2GWK A;  1HX1 A;  3CER A;  3O9R A;  2MMB A;  3UO2 A;  1N5Y A;  4Z4E A;  3KJV A;  3B8A X;  2VJ5 A;  2HMP A;  4ID1 A;  3LDB A;  1TYQ A;  4BRD A;  4E1N A;  1YAG A;  3AA2 A;  4HVJ A;  3MCA B;  4MDA A;  4RG8 A;  1WSH A;  3QNO A;  4DSK A;  2ATQ A;  5AQI A;  1KTQ A;  4B08 A;  3ATV A;  3NF9 A;  3P31 A;  4FL9 A;  1XNR K;  3ZX2 A;  4J2A A;  1OVQ A;  4DV3 K;  1NOZ A;  2X6S A;  2UXD K;  3THW B;  5I42 A;  3BGR A;  2GUI A;  3M8P A;  1ATS A;  3NVM A;  3L8B A;  3EZW A;  2IC3 A;  2YX6 A;  2WTU A;  4WE1 A;  1RDB A;  4AKG A;  2BH1 A;  2ETJ A;  5M1K A;  3L2V A;  2OTL N;  4CHN A;  4GAM C;  1W9H A;  3BY5 A;  3ENH A;  3S3M A;  3WT0 A;  3AGR A;  1RT6 A;  1RCH A;  4JKD A;  2QWN A;  3C7N B;  1T6C A;  2Z1G A;  4BDY A;  5J1E A;  4LF5 K;  2IAJ A;  5AQG A;  1SUQ A;  4QS9 A;  4DTU A;  5KGX A;  4HCC A;  5IBK B;  5C0Y A;  5KPZ A;  3OYH A;  1L3U A;  1XC3 A;  5KGW A;  3ID8 A;  2VG6 A;  3BDP A;  3O4N A;  5AQW A;  2FSK A;  1N33 K;  3ZX3 A;  2KQ2 A; 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