4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
3LZJA 4CEOA 1S9EA 4OVLA 4OJRA 4DU3A 2G8VA 4FYDA 3S9HA 1JLAA 4DU1A 3OYFA 4OPJA 1HNVA 3OJSA 3V81A 4ZTFA 4FCYA 2D0BA 5JS2A 4CFDA 2BANA 3LALA 1KSPA 1Q9YA 1NOZA 5CYQA 1LW0A 1QS4A 3RMAA 3DRPA 2VG5A 4HTUA 1JLQA 4KB0A 4H4MA 1NJWA 3AVHA 1JXEA 2FBTA 3K5OA 2B4JA 3VA3A 2R7YA 4KTQA 4FJLA 1QSYA 1TL3A 1NK7A 4Q0BA 3OS0A 1KFDA 1IO2A 3L3UA 3OYJA 2FBXA 1X1PA 3O4QA 4KREA 1BHLA 5CZ1A 2PYJA 4OLAA 4FJXA 1UAXA 4Y1CA 3CQ8A 3LWMA 3OYIA 2RN2A 4F4KA 1RTHA 4NYFA 1TAQA 2HHQA 4FJKA 1S6PA 3V9SA 4LH4A 1K6YA 5HP1A 1B92A 4PY5A 4FJ9A 4CE9A 3AVLA 3SQ2A 2RPIA 2Z1IA 3SQ1A 3B6PA 4DFJA 4B9VA 3M8RA 3RTVA 1JLFA 4NYNA 3SYZA 2G8UA 3DOLA 2D0CA 3AVCA 4AHSA 4FJ5A 2W42A 3IRXA 4E3SA 1EP4A 4YFUA 3PY8A 4CGDA 4M45A 3U3GA 2Z1JA 1EKEA 4HVJA 4CJLA 4DSKA 1Z26A 3SV4A 1DTQA 2A1RA 4KFBA 1NKBA 2YHAA 3ASMA 1EXQA 3AA5X 3NCIA 1SKWA 1D9DA 5FRMA 4RW9A 1SUQA 1ITGA 1BIUA 2IGIA 1W0HA 1T7PA 4DS5A 2YNGA 5FRNA 1U49A 1I39A 2HB5A 4GMJB 1JLBA 4CJUA 4DTOA 1KLNA 4LY7A 4C8MA 3LPUA 3KD1E 1J54A 4QAGA 3ZT2A 3LDSA 1Q8IA 1U4BA 2VWKA 4FLYA 1GOCA 5FDLA 4BDYA 1RT5A 4CF8A 3OYAA 1CZBA 3RWUA 5KI6A 5J1EA 1X9WA 4KHSA 1TK5A 1D9FA 4FM0A 1A5WA 1S6QA 1ZBLA 3NFAA 2HVHA 3TARA 2G8IA 5HRRA 1NJYA 2AJQA 2VG7A 4IKFA 4FK0A 3CFRA 5CYMA 4KAZA 4H8KA 5K14A 3WNFA 3MEDA 4C8NA 1RBSA 3AA4A 1RT7A 1B9FA 3DLGA 1R0AA 4CJEA 2E6MA 5J2NA 1RT4A 3OYKA 3T3FA 3KK3A 3QETA 4AHRA 3AO3A 4FLUA 3OYMA 1KCFA 3OYEA 3VQAA 3V9UA 4CJKA 1U45A 1YTAA 2DFEA 4LSNA 1N6QA 3ZSOA 4HCCA 4B9NA 4DQSA 1WAFA 3P83D 3HM9A 3VQ6A 4DLGA 1NK4A 2PZSA 2KW4A 2XRIA 1QSSA 1IKXA 3HPOA 3TABA 1XHZA 2KFNA 1SL1A 3SUQA 3S3MA 3ZCMA 3KK1A 1XWLA 4NCAA 1XHXA 2QXFA 2IS3A 4O0IA 1LWFA 4FJ8A 1RTDA 3KTQA 4IBNA 4DSEA 3K58A 1CZ9A 5I3UA 4OLBA 4N41A 1TKZA 1LWCA 5CY4A 3L2RA 4HUFA 4B3OA 1HMVA 4DWIA 2WONA 3WNHA 3QEIA 4K8ZA 4CHPA 3G10A 4CJPA 4FJ7A 3RMDA 1X9SA 4C8LA 3QEVA 2IOCA 3HSTB 3NH0A 4FJHA 3NGYA 2XY6A 1IKYA 2E4LA 3ZT0A 5KRTA 1IH7A 2YKMA 2O4IA 3V9ZA 3AVIA 1RT1A 4CGHA 3QEPA 5C24A 1T8EA 1FK9A 4CHZA 4AHVA 1FXXA 3VQEA 1I3AA 1CXUA 3IAYA 3ZT3A 3KLEA 4DG1A 3PX6A 1WAJA 4CF9A 5KGXA 3OYCA 2Y1IA 2WOMA 3QESA 2X74A 3V1RA 4I9LA 4KB1A 3NF8A 2G8KA 1RBUA 4FLVA 3PO5A 4FW2A 3QNOA 4CFAA 4PWDA 3CFOA 3M8QA 3CYMA 1QTMA 4EZ6A 3PX4A 4KKOA 1S9GA 4CF0A 4O0JA 5C42A 3ZSZA 2G8HA 2F8TA 3QO9A 3V6DA 3BGRA 4W5NA 3V1QA 1NK8A 4KI6A 4DSJA 3HPGA 3RMBA 3KD5E 2YNHA 4E7HA 4TSXA 1D5AA 3MXJA 4Z4IA 4M3XA 3NH2A 4NCGA 1RBVA 3RRGA 1S1WA 4CK1A 3SV3A 1L3VA 4CJQA 4CHYA 4FJIA 3NAEA 4I9QA 1B9DA 3SQ0A 4NCBA 2KZMA 1JXBA 3V9XA 4CEZA 4KHUA 1YVUA 3K2PA 3VQCA 3HYFA 3OYGA 4FLWA 3DRRA 2ETJA 1C6VA 2GUIA 2XY8A 1BQNA 3IG1A 1J5OA 1D8YA 3NDKA 4BE0A 3ZSXA 4DQIA 3M8SA 2HVIA 3SCXA 4Z4FA 1RDCA 1J9AA 1JLGA 3OVNA 4Q5VA 1IKVA 1RNHA 1S1UA 3O3FA 4DQQA 3M8PA 5KTQA 3T19A 5HRNA 3VN5A 3OS1A 3VQ4A 3WNGA 1HRHA 4M42A 2D5RA 2FC0A 2BE2A 3OJUA 4HUEA 3VQQA 2OPPA 3IS9A 3OY9A 4N5SA 4AILC 5HBMA 4FLTA 1LAVA 1BISA 1WSHA 2G8WA 4DFMA 1L3SA 4CECA 4PUOA 1BQMA 3AVFA 4CHQA 1O1WA 3DYAA 2EX3A 3PUFA 1G15A 3HK2A 3KLIA 3AVKA 2YKNA 4CFCA 1NOYA 1RDBA 2FBYA 3I0RA 3TI0A 4Z4GA 2ZD1A 4O4GA 1U04A 3MAQA 1UA0A 4BE2A 3NBPA 1NK0A 2ZE2A 4BDZA 3HJFA 1KTQA 3EYZA 4R5PA 2KQ2A 4KTWA 1JL1A 1C0MA 4BDPA 4DTXA 3O3HA 1VSMA 4UQGA 3THVA 2IC3A 2Z1GA 2IDOA 4Z4HA 1IG9A 4GVMA 3QIPA 3SZ2A 3TAEA 4EP5A 4W5QA 3P5JA 4DTNA 4LD0A 3HP6A 1TKXA 3TAPA 3H08A 1FKPA 1TKTA 3KKRA 4KO0A 3K59A 1RT2A 1ZBIA 4DU4A 4FK4A 4CJVA 1EX4A 4E19A 4E7IA 4DFPA 1WSJA 2OPSA 1WNSA 4JRQA 1VSEA 1RDAA 2DY4A 3ZSVA 4E0DA 1CLQA 1RT3A 2D0AA 2F96A 2JLEA 4OGEA 5C25A 5J2PA 4RW4A 1VSJA 2YNIA 4H4OA 1HQEA 4DLEA 2XHBA 1QE1A 4ZTJA 1X9MA 1L3TA 1BIZA 3ZT1A 3AA3A 4FJGA 4Z0UA 1BL3A 4AHUA 4RG8A 4AH9A 3NF7A 3HPHA 1C0TA 1NKEA 3ZSWA 1C1AA 4CHNA 3G0ZA 4KTZA 4FLXA 1RBRA 1L5UA 2G8FA 2P51A 1JLEA 1WLJA 3ZSYA 2HHWA 3CG7A 3L3VA 3KLGA 1LV5A 1ZBHA 1C0UA 1RT6A 1HNIA 4CIFA 4Z4CA 3QLHA 3KLFA 2OZMA 4CGGA 5HRPA 3HP9A 4KHNA 5SWMA 1EETA 1TV6A 4B9UA 2OYQA 1HJRA 2HHTA 4M41A 3PV8A 1Q9XA 3PO4A 1NJZA 1TK8A 3AO4A 3HL8A 4DTJA 3VQ5A 2RKIA 1XC9A 1Z25A 4XIUA 3D0PA 1VRTA 4OKEA 4CFBA 1HPZA 2QKKA 3JYTA 3TANA 3QINA 3QNNA 5EU7A 3K57A 4KPYA 4CJTA 3VQ8A 4FZYA 4J2EA 2EHGA 4L8RB 1VSKA 1REVA 3HVRA 1F21A 1VSIA 3AVJA 4I2QA 4E89A 2X6SA 4B8AB 5HROA 2XO7A 4CIEA 4F2SA 4IFYA 4Y1DA 5HRSA 4MQ3A 1Y97A 3VQ9A 2Q3SA 4ZHRA 4CJ3A 3MEEA 1TGOA 2P5GA 3RRHA 1ZYQA 2E6LA 4CK2A 4DSFA 4CEAA 3NGIA 1JKHA 3AA2A 3LZIA 1ASWA 3C95A 3ITHA 4E1MA 4ELVA 2HHUA 4FM2A 4CJ5A 3TR8A 3ISNC 3SJJA 1WSEA 4KRFA 3OYNA 1VK0A 3BDPA 1QQCA 2X6NA 3ZSRA 4DTRA 1DLOA 1BCMA 2BDPA 2B6AA 4FZZA 1NK6A 1NKCA 3VA0A 1TKDA 1U48A 4CF2A 2P5OA 4ELTA 4HCBA 3KK2A 1ASUA 1BGXT 4B9MA 2HMIA 3HXMA 1ASVA 3C6UA 1GOAA 4CEBA 4EZ9A 5DK5A 3LWLA 4JLHA 2RF2A 3AVGA 1S1VA 3I8DA 3EY1A 3F73A 1UOCA 4CGFA 4CEEA 3K5MA 1A5XA 4B9LA 4O55A 3JSMA 4FZXC 4DTSA 5HLFA 3MEGA 1T03A 3AO5A 3K5LA 1S1TA 4QCLA 2NUBA 3S3OA 3DLHA 3OS2A 2LSNA 2HHVA 1HYZA 3MECA 4F3TA 3L2QA 4IFVA 4JS5A 5CZ2A 1BCOA 4CEDA 3TWHA 4E7KA 3S3NA 1NK5A 4DF8A 5KRSA 1RTIA 3TAMA 1RBTA 1JL2A 4N47A 4N76A 1T05A 4CGJA 3DM2A 1SV5A 1HQUA 4CGIA 4DTPA 1HYVA 1KLMA 2JGUA 1WSIA 3AO2A 1VSLA 3KJVA 2P1JA 3EZ5A 1SL2A 3ALYA 2PY5A 3RMCA 4ID5A 3OYLA 1VSHA 2HNYA 2YNFA 3VQ7A 3NE6A 3SUNA 1N5YA 3CM5A 1TK0A 3LANA 4KHYA 3AVBA 4CCHA 4BACA 2DFHA 1KRPA 4KV8A 3L8BA 4LH5A 3AO1A 4DFKA 4Z4EA 4CF1A 3AVMA 4CJRA 3D45A 3NF9A 3VQBA 3NH1A 3LP3A 2HHXA 4M3RA 3AVAA 3O3GA 3ULDA 3RR7A 2ZQBA 2OA8A 2OPQA 2F8SA 1A5VA 1IKWA 5I42A 2OZSA 4DSLA 4RW8A 4CERA 1JLCA 4DTUA 3QERA 3MXIA 3DOKA 4C8OA 4QOZB 4FXDA 1J53A 4DTMA 1ZBUA 2GV9A 3C6TA 3DMJA 3V1OA 4AHCA 4CHOA 1QSLA 1KFSA 1RCHA 3OYDA 3PX0A 1RDDA 1BI4B 3VQDA 4ELUA 1HYSA 2YV0X 5DMRA 4KHQA 1CXQA 4HHTA 3U3YA 1W9HA 3O4NA 4W5TA 1C1BA 2ITGA 4I7FA 4M3WA 4J2BA 3LP0A 4RW6A 3LP2A 3OYBA 3AV9A 2B5JA 1TL1A 4I2PA 1S5JA 4IG3A 1WSGA 3A2FA 2O4GA 3HVTA 4W5RA 2XY5A 3FFIA 4CEQA 4RW7A 3V9WA 1TAUA 3TAGA 4MFBA 3TAFA 3ZSQA 4B08A 3DLKA 3L2WA 3K5NA 2HW3A 4E7LA 4FK2A 1LWEA 4CJSA 3L2VA 3NF6A 4GW6A 4FM1A 4CESA 1VSDA 1WN7A 1VRUA 3SPYA 1KVCA 5J2QA 3KIOA 4ID1A 4O44A 4DF4A 1XI1A 4C8KA 2KFZA 1SL0A 4CJWA 1ZBFA 4KHWA 4YNQA 1KVBA 4FJNA 3LAMA 2GBZA 4KI4A 4M3UA 4F2RA 2QKBA 4E7JA 3SNNA 3AVNA 1NJXA 4OKJA 4OGCA 4CJFA 2KZZA 1C1CA 3NGZA 4FLZA 3I0SA 3B6OA 5KGWA 4HUGA 3HO1A 2DFFA 4FW1A 3NHGA 3LPTA 2KTQA 5JS1A 3MXMA 4EP4A 2DTUA 4IG0A 1KVAA 1MU2A 1NK9A 4FJMA 3CM6A 1SKRA 3LAKA 3U6FA 1LW2A 3KLHA 4J2DA 4IDKA 3F9KA 4BE1A 1DTTA 4J2AA 3DLRA 4PQUA 4DMNA 2IAJA 1GOBA 1FKOA 3SUOA 1LAWA 2Z1HA 2XY7A 3OYHA 4OKKA 3DLEA 2PYLA 4FJJA 3DI6A 4B9TA 2YHBA 3UIQA 3P1GA 4CJ4A 3HT3A 3TAQA 3C94A 1YTUA 2ATQA 2X78A 4BWMA 4F3OA 4G1QA 3WNEA 1WSFA 3LP1A 5J2MA 4AHTA 3E01A 4F8RA 4CK3A 1L3UA 3ZT4A 2QK9A 2HHSA 3SQ4A 1S1XA 1RILA 2HNDA 5FROA 4K8XA 3CFPA 2A1SA 3KKSA 4O5BA 4DQRA 4ICLA 2VWJA 1QHTA 1UWBA 1RTJA 2OPRA 4M3YA 3V4IA 4DSIA 4OPKA 4CIGA 3DRSA 3SI6A 5E41A 2FBVA 2HNZA 2VG6A 2Y1JA 3RR8A 4JRPA 3VQPA 4LSLA 4DS4A 4B8CA 3DLBA 2I5JA 4FVMA 5T7BA 2BGGA 5SZTA 4M3TA 3T1AA 1U47A 3L2UA 4BWJA 3SPZA 4W5OA 3SUPA 4M3ZA 1YT3A 4WE1A 4DQPA 5D3GA 4N56A 1TVRA 4CEFA 1BI4A 3QEXA 4PA1A 4B9SA 1VSFA 3QIOA 3QEWA 4JS4A 1UA1A 4E1NA 1SKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4FJJ A;  3DI6 A;  4B9T A;  2YHB A;  3UIQ A;  3P1G A;  4CJ4 A;  3HT3 A;  3TAQ A;  3C94 A;  1YTU A;  2ATQ A;  2X78 A;  4BWM A;  4F3O A;  4G1Q A;  3WNE A;  1WSF A;  3LP1 A;  5J2M A;  4AHT A;  3E01 A;  4F8R A;  4CK3 A;  1L3U A;  3ZT4 A;  2QK9 A;  2HHS A;  3SQ4 A;  1S1X A;  1RIL A;  2HND A;  5FRO A;  4K8X A;  3CFP A;  2A1S A;  3KKS A;  4O5B A;  4DQR A;  4ICL A;  2VWJ A;  1QHT A;  1UWB A;  1RTJ A;  2OPR A;  4M3Y A;  3V4I A;  4DSI A;  4OPK A;  4CIG A;  3DRS A;  3SI6 A;  5E41 A;  2FBV A;  2HNZ A;  2VG6 A;  2Y1J A;  3RR8 A;  4JRP A;  3VQP A;  4LSL A;  4DS4 A;  4B8C A;  3DLB A;  2I5J A;  4FVM A;  5T7B A;  2BGG A;  5SZT A;  4M3T A;  3T1A A;  1U47 A;  3L2U A;  4BWJ A;  3SPZ A;  4W5O A;  3SUP A;  4M3Z A;  1YT3 A;  4WE1 A;  4DQP A;  5D3G A;  4N56 A;  1TVR A;  4CEF A;  1BI4 A;  3QEX A;  4PA1 A;  4B9S A;  1VSF A;  3QIO A;  3QEW A;  4JS4 A;  1UA1 A;  4E1N A;  1SKS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3R8E A;  1S9E A;  4OVL A;  2H4T A;  4FYD A;  2QXL A;  1GLF O;  1JLA A;  4DU1 A;  4OPJ A;  2FXU A;  3V81 A;  4ZTF A;  4FCY A;  5JS2 A;  2IVP A;  1Q9Y A;  4FPB A;  5CYQ A;  4KB0 A;  2YCH A;  2YX6 A;  3QFU A;  4KTQ A;  4H0Y B;  1NMD A;  1KFD A;  1IO2 A;  3AAQ A;  2V52 B;  5CZ1 A;  4Y1C A;  1EWR A;  2RN2 A;  2VYP A;  2O8E A;  2HHQ A;  1S6P A;  3V9S A;  4IJA A;  1B92 A;  4PY5 A;  4CE9 A;  1V4S A;  4FWM A;  4B9V A;  1VQM N;  3M8R A;  3DOL A;  3AVC A;  4AHS A;  5AQP A;  3IRX A;  4E3S A;  3ULE B;  3KHY A;  2A5X A;  4DSK A;  1Z26 A;  4JHD B;  1NKB A;  4H5W A;  3ASM A;  1EXQ A;  3J7A P;  4NO7 A;  1FZI E;  1SUQ A;  5H37 A;  3P38 A;  5CR4 A;  1HX1 A;  4U67 L;  1T7P A;  3O1B A;  5FRN A;  2P9K A;  1I39 A;  2HB5 A;  4GMJ B;  3CCM N;  4K42 A;  4QAG A;  4GAM C;  2VGM A;  4AF1 A;  1RFQ A;  5FDL A;  1RT5 A;  3RWU A;  5KI6 A;  4KHS A;  4FM0 A;  3IDH A;  3NFA A;  2HVH A;  4YOR A;  5HRR A;  3CQX A;  5AQG A;  1HKB A;  4I6M A;  3CFR A;  3VES A;  1R59 O;  3KZB A;  1XL3 C;  3DLG A;  4CJE A;  1RT4 A;  1XC9 A;  3THW B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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