4M42A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-4 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 327
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m42A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m42A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m42A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m42A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m42A03
3VQDA 3OYCA 3OYFA 3TR8A 3O3HA 2BE2A 4HUEA 3OYAA 4KV8A 5J2NA 1JXBA 1W0HA 2Z1HA 4FLYA 1D8YA 1LAVA 4FM0A 2HNDA 3PUFA 3VQPA 2P5GA 3V9UA 4LH4A 2XY6A 1A5XA 3TAGA 1KLMA 3ALYA 3E01A 3QIOA 1UWBA 1KTQA 3CQ8A 1WSJA 1VSDA 3IS9A 4FW1A 4DF8A 1BQNA 4FW2A 4EP4A 3AVMA 3DM2A 1IKXA 1TAUA 3KLGA 4N56A 4DTMA 1RTIA 4O44A 3OYGA 4CJWA 2YHAA 3LZIA 1JXEA 4DU3A 3QERA 1KVCA 4ID5A 3VQ6A 4PQUA 1IO2A 4CJPA 1HJRA 2JLEA 3VQQA 1U4BA 3P83D 3NBPA 3ZSVA 3TAFA 4JRPA 3HXMA 3V6DA 1NK7A 1C6VA 3ZT4A 4FLVA 3AVCA 4KTZA 1KFSA 2IGIA 3U6FA 1HMVA 1HNIA 1QSLA 1TL3A 2O4IA 1U47A 2X6SA 1U49A 1RTHA 2G8FA 3S9HA 4R5PA 3PY8A 1ITGA 2FBYA 3KLHA 5HLFA 3HO1A 5E41A 3QEPA 4KHYA 3V1RA 5KRSA 2X78A 1MU2A 5CZ2A 3V4IA 4DQRA 3VQ9A 3V81A 2OPRA 2KZMA 4CGJA 3PO5A 3RMBA 1QTMA 2G8WA 1JLCA 1VSJA 2XY7A 3VA3A 3ZSXA 4CJLA 2RN2A 1VRTA 4Z4GA 1S1TA 1SV5A 3NF6A 2IS3A 2FBXA 4FJNA 2X74A 4M42A 1JLFA 4KO0A 5J2MA 4OGCA 4J2EA 4FJ8A 1TKZA 5KRTA 4B9NA 3QEIA 4DLEA 3SUPA 1RDBA 2XY5A 5EU7A 2HHXA 2HHWA 3O4NA 2D0CA 4IG3A 4O0JA 4CIEA 3KIOA 1QSSA 4Z4IA 1RBVA 2P1JA 1IG9A 3L3UA 3I0SA 4CGIA 3M8PA 3DLEA 3NAEA 5C25A 1LW2A 3SI6A 2BANA 2EHGA 3LAMA 5CZ1A 3V9SA 1LWCA 3A2FA 4CERA 1B92A 3UIQA 1TKXA 2XY8A 3AVNA 3OJUA 1SL1A 1TK8A 3LP0A 4CEQA 5C42A 4DTJA 3CG7A 2DY4A 2KW4A 5KI6A 3TI0A 3PX4A 1RBRA 4C8MA 3SZ2A 4FLTA 3NHGA 3LP3A 4Y1DA 1A5WA 3K57A 2Y1JA 4FJXA 3VN5A 4BE0A 5FROA 2KTQA 2IC3A 1T8EA 3WNFA 3P5JA 4Q5VA 4J2DA 3QETA 4Z4HA 4BDZA 3ASMA 4DSKA 4IDKA 1QSYA 2RPIA 4B3OA 3DLKA 2HHSA 4N47A 1ZBHA 4E7JA 2Z1IA 4DSJA 1NKCA 1W9HA 2ETJA 4NCBA 3KKRA 2YNHA 5DMRA 2G8VA 3SPZA 1J5OA 4GW6A 3L2QA 2A1RA 1BL3A 1T7PA 4AHCA 5HBMA 3T19A 4AHUA 4CHYA 3C94A 3QEWA 3PV8A 4L8RB 2EX3A 3KD5E 1RILA 4IG0A 3DLGA 2HHVA 1SL2A 3HYFA 4G1QA 4AILC 4B9UA 4FXDA 1Y97A 4FJ9A 1RT3A 2HHTA 3ITHA 3O4QA 3VQAA 4E1NA 1A5VA 1VSEA 1BCMA 3O3FA 3OYHA 3L8BA 1S5JA 3I0RA 4M3UA 1NK8A 5JS1A 3AV9A 3TABA 4FJJA 4CEAA 4DG1A 3ULDA 3ZSOA 3DOKA 2JGUA 2DFHA 3LZJA 1CZBA 4CJFA 2DFFA 4CIFA 4KREA 1X9WA 4B9LA 3KJVA 3RRGA 1WSHA 1RCHA 1O1WA 3BGRA 3LWLA 3V9ZA 4W5QA 2B6AA 4CFCA 3OYBA 4CHOA 2PZSA 1RBSA 4DQPA 3QEVA 3HVRA 3F9KA 3FFIA 4F8RA 1Q9YA 4Z4EA 2KFNA 4I2PA 4BDYA 4B9VA 3KD1E 3K5LA 3RWUA 1KCFA 3RRHA 4CHNA 3T3FA 1VSHA 4B8AB 1S1UA 1TL1A 3OYNA 3EY1A 2E4LA 3AVJA 1B9DA 4F2SA 1L3TA 2XHBA 1TV6A 1D9DA 3B6PA 4CFBA 3C95A 3CM5A 3IRXA 3AA5X 4ZTFA 4E19A 3VQCA 3ZT3A 4HTUA 3S3OA 1HYSA 4K8ZA 1BHLA 2IDOA 4JLHA 4Q0BA 4DFKA 4FJLA 4CJUA 1C1AA 4W5OA 3NFAA 1Z25A 5I42A 4DSEA 2Y1IA 5FRNA 1RDDA 1KSPA 4LH5A 2ZQBA 3P1GA 1FXXA 2FBVA 4BWMA 3I8DA 1UAXA 4GVMA 3KLFA 4CFAA 1X9MA 4IFVA 1J53A 4CEOA 1RT2A 2OYQA 1WSEA 4CJKA 1VK0A 4LY7A 1NKBA 1NOYA 3NF7A 3VQEA 2VWJA 1VSKA 4FK4A 1FK9A 4Z4CA 4FJKA 3HL8A 3OYKA 3B6OA 4CGGA 3MXIA 1WAJA 3VQ8A 2RF2A 2ZE2A 1UA0A 4B9SA 3CYMA 3NGYA 1S1XA 2G8UA 3NH2A 4M41A 1C1CA 4RW9A 3ZSYA 4FJ5A 1S6QA 5HRPA 4ZHRA 1F21A 4CJEA 5FDLA 3DRSA 2P5OA 1DLOA 1ZBIA 4M3RA 1LAWA 4EZ9A 4CK2A 3LPUA 3LAKA 3SUOA 1VRUA 3TWHA 4H4OA 4GMJB 4DFPA 1L5UA 3WNHA 4I9LA 4C8OA 4MQ3A 4IKFA 4QOZB 1RBTA 1YT3A 4NYNA 3TAEA 4ID1A 4UQGA 1NK4A 2G8HA 4J2BA 3LPTA 4O55A 1BCOA 4FK2A 3SQ4A 1VSMA 3K59A 3ZSZA 5K14A 1NK6A 1WNSA 3TAPA 3OJSA 4ELTA 1D5AA 1KFDA 1TKTA 4C8LA 3DLRA 4C8NA 1TVRA 4XIUA 3SPYA 4ICLA 2QKKA 3JYTA 4AHTA 4CF2A 4DQIA 4KHQA 3KK3A 4CGHA 2QXFA 2OPPA 1J54A 4O5BA 5CY4A 1VSLA 3DYAA 1CLQA 3KKSA 4FJ7A 1TAQA 2VWKA 3AVKA 3TAQA 1KVAA 4CFDA 4KB1A 4DTXA 3T1AA 4KHWA 3ZT0A 3V9XA 3MAQA 1C1BA 4CHPA 3PX6A 3DRPA 4CF9A 1XI1A 1S1VA 3SNNA 3NGZA 4HHTA 3AO3A 4E89A 4ZTJA 3LP1A 3G10A 4CHZA 1ZBLA 2G8IA 4NCAA 1N6QA 1VSIA 3HPOA 1SUQA 3H08A 1KLNA 4M3XA 2HNYA 4E7HA 1HQEA 3OYLA 5HROA 1B9FA 1EXQA 3QESA 1LW0A 4OVLA 3MEGA 3VA0A 1NJZA 3DLBA 1ASWA 4W5TA 1HYVA 3CFPA 4BE2A 4ELVA 4RW4A 5DK5A 5J1EA 4CE9A 4NYFA 4HUFA 2KFZA 2HHUA 3TANA 2A1SA 2OZSA 4B9TA 2O4GA 4CESA 1U04A 3CFOA 3NH0A 2W42A 4CGDA 1NK5A 4N41A 1RT4A 3NF9A 5KGXA 1ZYQA 1GOCA 1Q8IA 1BIUA 4RW8A 3EZ5A 4I7FA 1XC9A 1IH7A 3SQ1A 3C6UA 4CJ4A 3V1OA 3K5OA 1HNVA 3RMCA 3KTQA 3D45A 4OLBA 2HNZA 4RW6A 4QCLA 1L3SA 3AVGA 4M3WA 1VSFA 4FJMA 4M3YA 1JLGA 2Q3SA 4O4GA 1FKPA 1X1PA 1JL2A 1R0AA 4KPYA 1GOBA 4FLUA 2YNFA 4CGFA 1I3AA 4KRFA 3HK2A 2QKBA 3DRRA 1L3VA 3OY9A 4C8KA 1C0MA 1NJXA 4DU1A 4DTSA 1JLEA 3AO1A 3U3GA 4DSLA 3QNOA 4Z0UA 3L2VA 3DLHA 4E7IA 2Z1GA 4AHSA 5HRNA 4FJHA 1JKHA 1U48A 1GOAA 2HVHA 4CECA 2ATQA 3ZT1A 3SV4A 4DF4A 4BE1A 3NDKA 4CK3A 1NJYA 4F3OA 1RTDA 1LV5A 4E7KA 1SL0A 2YKNA 3RR7A 4CJ3A 4FZXC 3OYJA 3LDSA 4CEBA 1NOZA 3L2WA 1NK0A 4KHSA 4KTQA 3OYDA 3EYZA 1SKWA 1EP4A 3NCIA 5J2QA 2DFEA 4KI6A 4PA1A 3AA2A 1LWEA 4HUGA 2KQ2A 4YNQA 3SJJA 4DLGA 3WNGA 3ZCMA 4JRQA 1S9EA 1ZBUA 2I5JA 3OYEA 3MEEA 4M45A 2ITGA 4FCYA 4PY5A 1TKDA 4AHVA 3AVIA 1EETA 3G0ZA 4FJIA 3AVLA 1IKWA 4RG8A 4OPJA 1DTTA 1RT6A 3PO4A 4KB0A 2QK9A 3KK1A 3HP9A 4OGEA 3S3MA 4EZ6A 4M3ZA 4F3TA 1BIZA 4DS4A 2KZZA 4MFBA 1X9SA 2GV9A 3MEDA 3VQBA 4FZYA 3RMDA 1G15A 1BISA 4B8CA 3OYIA 5HRRA 1L3UA 2HVIA 1EKEA 3M8QA 4WE1A 5SWMA 1NJWA 4DTOA 4DQSA 3BDPA 3VQ4A 2LSNA 2FBTA 5SZTA 2B4JA 2RKIA 1UA1A 2G8KA 2DTUA 4FM1A 4KFBA 4CEEA 3K58A 1WN7A 2VG5A 4OKKA 3DOLA 4EP5A 4J2AA 2E6LA 4LSNA 4FLWA 1SKRA 2XO7A 1HRHA 1RT5A 4DSFA 4H8KA 4M3TA 3U3YA 3AO2A 3AVFA 1TGOA 3VQ5A 1N5YA 1XHXA 3ZSRA 2F8SA 4B08A 3O3GA 3PX0A 3L2UA 4CK1A 1Z26A 3OYMA 1WSFA 1REVA 4IFYA 1RT1A 2BDPA 1IKVA 3HP6A 4DFMA 4O0IA 1BI4B 1YTAA 1D9FA 2AJQA 1IKYA 1C0TA 3AO5A 3QO9A 4PWDA 1KRPA 1T03A 1S1WA 5HP1A 4CJQA 4CCHA 1JLBA 4CJVA 1JLAA 5J2PA 3HPHA 1RTJA 1HQUA 4DTPA 1NK9A 3OVNA 2ZD1A 1J9AA 1WLJA 3MECA 4H4MA 3K2PA 3ZT2A 4OKJA 4FYDA 2YV0X 4BDPA 2P51A 4DQQA 1HPZA 1XHZA 4FK0A 1C0UA 4JS5A 4CJSA 3THVA 3HJFA 4I9QA 2PY5A 4JS4A 3QNNA 4KI4A 4HVJA 1WAFA 3K5NA 4KAZA 4DFJA 2R7YA 3ISNC 4N76A 3L2RA 1Q9XA 1YTUA 3NE6A 3HSTB 1RNHA 4OJRA 2F8TA 3AA3A 3LANA 4CF8A 4OLAA 2B5JA 3AVAA 5CYMA 3CFRA 4CIGA 3SQ0A 1CXQA 1DTQA 3SYZA 2VG7A 3SUQA 2YNIA 4FVMA 1KVBA 2OPSA 4NCGA 3ZSQA 3HT3A 3KLIA 3JSMA 3K5MA 3F73A 2HB5A 3QINA 4CJTA 3QIPA 1SKSA 2E6MA 2YNGA 2OA8A 1BQMA 3CM6A 2IAJA 3HVTA 5KGWA 1K6YA 1QHTA 4E3SA 4FM2A 1I39A 3TAMA 3SV3A 4CJ5A 1JLQA 4DTRA 4CHQA 2GBZA 2HHQA 1CXUA 2OPQA 3DI6A 5JS2A 3LALA 1XWLA 2HW3A 1NKEA 4KKOA 1TK5A 3RR8A 4DS5A 3OS2A 2HMIA 2D0AA 1WSIA 4OPKA 4I2QA 3QLHA 1BI4A 5D3GA 1WSGA 2F96A 3M8SA 1RDAA 4K8XA 1HYZA 2NUBA 2WOMA 3AVHA 4BACA 1JL1A 2D5RA 4AHRA 3KK2A 5CYQA 1RT7A 2VG6A 1YVUA 4TSXA 3TARA 1U45A 3LWMA 1BGXT 2Z1JA 1QQCA 4RW7A 2PYJA 5FRMA 3MXJA 2WONA 1ZBFA 3VQ7A 4FJGA 3DMJA 5HRSA 4N5SA 4DTUA 2D0BA 4W5NA 2PYLA 4HCBA 3M8RA 3IAYA 1T05A 3SCXA 4CEDA 2OZMA 2FC0A 4CEZA 4F4KA 1ASVA 4CF1A 4E0DA 4HCCA 3IG1A 4ELUA 1S9GA 3AA4A 3RMAA 3C6TA 4YFUA 1RDCA 1UOCA 2YHBA 3V1QA 5T7BA 5KTQA 3S3NA 4DTNA 4AH9A 3SQ2A 5C24A 4CEFA 2X6NA 4DU4A 4OKEA 4DMNA 3D0PA 4FZZA 3SUNA 3LP2A 4CJRA 4DWIA 3AO4A 3NH1A 4LSLA 3HM9A 2YKMA 2BGGA 5I3UA 4B9MA 4F2RA 3NF8A 3OS1A 4FLZA 3QEXA 4BWJA 1EX4A 3ZSWA 1RBUA 4E1MA 4KTWA 3OS0A 4PUOA 3L3VA 3MXMA 3WNEA 2GUIA 4E7LA 4Y1CA 4CF0A 4QAGA 4IBNA 4W5RA 3V9WA 2IOCA 1QE1A 3KLEA 1QS4A 4FLXA 1ASUA 1S6PA 4LD0A 4Z4FA 3AVBA 4KHUA 2XRIA 1LWFA 3NGIA 1FKOA 4DSIA 4KHNA 3HPGA 1CZ9A 1TK0A 3RTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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