4M45A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dg/dt at position n-5 of primer/template duplex
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 327
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m45A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m45A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m45A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m45A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m45A03
1CLQA 3HP9A 3D45A 1RTHA 4FJHA 1U4BA 2O4IA 3QO9A 3S3NA 5FDLA 1RTDA 3HSTB 3O3HA 4EP4A 1TKDA 3SV4A 3JYTA 2X78A 3LP0A 3HT3A 3SJJA 3RMDA 3OVNA 4F4KA 3SUQA 4ELUA 1QTMA 2VG6A 3SUNA 3LAKA 3SV3A 3HVTA 1SKSA 4XIUA 4DTUA 1DLOA 4RW7A 4CIEA 4CGFA 4LH4A 2G8HA 5CY4A 2PY5A 2HB5A 1GOBA 2YNFA 2F8SA 1X9WA 1C0MA 3QEVA 3NF9A 4DTRA 4DQPA 1RT3A 3PX4A 4FJ7A 3HPHA 4CJEA 1Z25A 3PO4A 4CJWA 3PX6A 5HP1A 1LW0A 4DMNA 3BGRA 4Y1CA 3L3UA 4FZZA 3FFIA 1NK8A 4FLUA 3F73A 1SV5A 2KW4A 2YHBA 5J2PA 4F2SA 3DI6A 3KIOA 1W0HA 4C8MA 3EY1A 2VWJA 2Y1IA 4LD0A 1LWFA 4HUGA 2BDPA 2PYLA 5KRTA 4Z4CA 4CGIA 1N6QA 1TK0A 3V6DA 2DFEA 3KLIA 4EZ9A 3THVA 3O4QA 4CGDA 1ASVA 1WSFA 4M41A 1IG9A 1HNVA 1HNIA 3MXJA 3QESA 3LZIA 1ASUA 1VSIA 2NUBA 1KFDA 3ZT3A 1L3VA 3I0SA 4CJ3A 4IBNA 1L3UA 3VQCA 5C42A 3C95A 3T19A 1BI4B 1HRHA 3VQ7A 4NCAA 3OS2A 4M3TA 4M45A 3AVCA 2B6AA 4WE1A 3AVFA 4AHTA 4KHQA 1TV6A 4FJGA 3KK2A 3DLBA 1RBSA 3AVAA 3LALA 4O55A 4CESA 3OJSA 3KJVA 1WSEA 4CJLA 2KFZA 2Z1HA 4KHUA 1WSIA 4DTPA 4CJPA 3QETA 4Z4FA 4BE1A 3V1RA 4DTNA 3AVHA 4CF8A 3AA3A 3M8PA 3KTQA 4JS5A 5KI6A 3C6UA 4K8XA 1JXEA 1RT7A 1U48A 4DQIA 4E19A 2D0CA 4CK3A 4NCBA 3K2PA 1TGOA 1C1BA 5I42A 4FK4A 1S1WA 4CHYA 4CIFA 3CG7A 1NK0A 4KHSA 2Q3SA 1TKZA 1X9SA 3NGZA 1D9FA 3OS0A 4CK1A 3LANA 4NYFA 4W5OA 3CFRA 2GUIA 3QEXA 4O4GA 3LWLA 3HXMA 2Z1JA 1IKWA 1LWCA 4M3XA 1LAWA 2XO7A 2A1RA 1XWLA 4RG8A 4AHCA 3SPYA 5J2NA 3C94A 3O3GA 1NK6A 5D3GA 4CJSA 3OYGA 2QK9A 1UAXA 1TKXA 1Q9XA 4C8LA 2XY5A 4DWIA 1TL1A 1A5WA 4OKEA 4R5PA 3KLFA 4AHUA 4B08A 2HMIA 3WNGA 3RMAA 3CM6A 4GW6A 4I7FA 2X6SA 4E7KA 1ZYQA 1RCHA 3AO5A 4C8KA 3DRRA 3L2VA 1RT6A 3AVBA 3T1AA 1YVUA 1VSEA 4HCBA 4N5SA 3EYZA 2XY7A 3I0RA 5FRMA 5C25A 4CHZA 2AJQA 1D9DA 4PUOA 1BIZA 3AVLA 3VA0A 1XC9A 1YT3A 3KKRA 4KB1A 4MQ3A 1JLQA 3F9KA 3KLHA 1A5XA 1KLMA 3TARA 1NJWA 3RR8A 3LZJA 4IFVA 3ZSWA 3MEGA 3K5LA 4J2DA 1RDAA 3E01A 3LWMA 4ZTJA 4GVMA 2G8UA 1VSHA 4HTUA 1VSKA 4KTWA 1JL1A 1KVAA 3HL8A 4FJMA 3RMBA 1CZ9A 4DFKA 4ELTA 1FK9A 1RT2A 4F2RA 2I5JA 4B3OA 4KFBA 4CEFA 3QERA 2OZMA 1VRUA 3NH1A 5I3UA 3KD1E 1EETA 2P1JA 1TKTA 2OZSA 3VQAA 3TANA 3SPZA 2IGIA 4DSLA 1VSDA 4CHQA 4ID1A 2XY6A 4E89A 4Z0UA 3ZT1A 4BACA 1UA1A 4HUEA 3L3VA 1BGXT 1EX4A 4K8ZA 1JL2A 4FW1A 4O5BA 4AHRA 2IAJA 1TAUA 2HHUA 1G15A 2RN2A 4ICLA 1HYZA 2DY4A 1WAFA 4JS4A 4B8CA 1J5OA 1KFSA 3DRPA 4H8KA 1YTAA 4KHYA 1DTTA 1VRTA 5T7BA 5C24A 4DLEA 3QIOA 2HNDA 3TAMA 3VQ4A 4CF9A 4E1NA 1WAJA 3P5JA 3QINA 2E6LA 3K58A 1YTUA 4W5TA 3ZSZA 4DTXA 1LWEA 2D0AA 3OYNA 3TAQA 2G8VA 2P5OA 4DS4A 1NJZA 1BQNA 3KLEA 4O44A 3CFOA 3WNHA 1CXQA 1NK5A 2IS3A 4E7JA 3S3OA 4C8OA 3KD5E 3IAYA 4DSJA 2QKBA 1KSPA 4MFBA 4DFPA 2GBZA 4OGCA 3DLGA 4E7IA 1F21A 5J1EA 3HK2A 4OLAA 1L3TA 4FLYA 4ELVA 1REVA 5HLFA 1SKRA 3OYMA 4B9UA 2JLEA 3AVKA 2KZMA 3V9SA 2HW3A 1JLFA 4FLVA 2KFNA 4PA1A 2QXFA 4CHNA 1ZBHA 3DLRA 3IS9A 2OPQA 4CECA 2Y1JA 1QS4A 3DOLA 3VQ9A 4DU1A 3G10A 4AHVA 2Z1GA 1C0UA 1JXBA 3ZSYA 3PX0A 3HP6A 3AO1A 3AO4A 3NAEA 1QSYA 3ZT2A 4M3WA 4W5QA 1J53A 4IFYA 1NJXA 1RT5A 1JLAA 4CHOA 3TWHA 1WSHA 3DYAA 3V9WA 1R0AA 4FZXC 4YFUA 3AVNA 3VQDA 2KTQA 1KCFA 1ZBFA 4CK2A 3RTVA 4DSFA 3LP3A 2OA8A 3K57A 1RBVA 1JLEA 4FK0A 3OYDA 3B6PA 3CFPA 3V4IA 4DQQA 3LDSA 1VSJA 4KO0A 1RBTA 1WN7A 3OYJA 2VWKA 2LSNA 2DFFA 4KTQA 5KTQA 4Z4EA 3VQ6A 1W9HA 3NH2A 1T03A 3S9HA 4KI6A 1IH7A 4EZ6A 2OPPA 1ASWA 5FROA 1A5VA 4CJKA 4Q0BA 4J2BA 1FXXA 3IG1A 1HPZA 3AVIA 3NF6A 5J2MA 2ZD1A 4BE2A 1IO2A 1D8YA 4DTMA 4LY7A 4OPKA 5SWMA 1S6QA 4C8NA 5HRSA 3OYKA 3DRSA 3K5MA 4DFJA 3L2UA 1QE1A 4FLZA 4CEOA 2O4GA 4KHWA 3AVJA 1X1PA 3UIQA 1FKOA 3TAEA 3AVMA 4IKFA 2XRIA 1S1VA 3NF7A 1CXUA 1L3SA 1HQEA 4FW2A 4CGJA 1RT4A 1MU2A 1B9FA 4E3SA 1I39A 3CYMA 3WNFA 3ULDA 1NK7A 3QLHA 5DMRA 5JS1A 1HMVA 4N56A 3L2RA 1NK9A 4PY5A 2P5GA 3SQ2A 4HVJA 2JGUA 1S9EA 3ISNC 2HNYA 3V1OA 4PQUA 3SQ0A 3OYLA 4BWJA 3NHGA 1BCMA 4IDKA 1TK5A 3PY8A 3HPOA 3OYHA 4G1QA 2G8IA 1RBUA 1LV5A 3ZSVA 4E1MA 2A1SA 1BL3A 3K59A 4M42A 1DTQA 1UA0A 4FM2A 3ZSXA 4E0DA 3NF8A 3L8BA 4E7HA 3T3FA 1S1TA 3V81A 2FBXA 4FVMA 4DTSA 5JS2A 3VQEA 3ZT0A 4CEAA 1ZBIA 4CEDA 4DTJA 3SQ1A 1JLGA 1HQUA 2XY8A 3U3GA 2RF2A 3RRGA 4FJXA 1NKEA 5FRNA 1S5JA 2ITGA 3AA4A 2QKKA 3TAPA 4FM0A 3VQ8A 5HRPA 4OVLA 4DG1A 4KB0A 3CQ8A 2ZE2A 3KK1A 1VSFA 1BIUA 4O0JA 3QEPA 2HHVA 1KVBA 2IC3A 3NDKA 4FLTA 3V9ZA 2PZSA 4B9VA 3M8SA 1XHXA 2RPIA 2X74A 4RW9A 2WOMA 1ZBLA 1KLNA 3K5OA 4CJFA 1C6VA 3U3YA 1WSJA 4M3ZA 2BANA 3O3FA 3KK3A 2F8TA 4CGGA 4DQSA 4JLHA 4FJIA 4I9LA 4OJRA 3V1QA 4CF1A 4DFMA 2X6NA 5CZ2A 3I8DA 4B8AB 4CJ5A 3TABA 4HCCA 3SNNA 4I9QA 2D0BA 4TSXA 4CHPA 4CF2A 3VQPA 3L2QA 1RDBA 2BGGA 3M8QA 3CM5A 1N5YA 2HHQA 3HYFA 1KVCA 4QAGA 1XI1A 4DF4A 3OS1A 2EHGA 2YNIA 2Z1IA 4FJ9A 1SL0A 3LPUA 1RDCA 3ASMA 4ZHRA 4CJUA 3S3MA 1UWBA 1K6YA 4FJLA 4FK2A 1QQCA 2DFHA 4FJKA 3H08A 1U04A 5HROA 4PWDA 3MEEA 4CJRA 4F3TA 4OKJA 1X9MA 1D5AA 2FBTA 1EXQA 3MEDA 4KKOA 1NOZA 4KREA 4RW6A 3VA3A 3NFAA 2PYJA 2HHXA 4M3YA 4CEBA 2ATQA 1Y97A 4GMJB 3OYFA 3OJUA 3PO5A 3HPGA 4F3OA 1VSLA 4CJTA 3OYCA 4H4MA 1NJYA 1RTJA 2KZZA 5KGWA 2VG7A 2FC0A 4B9SA 4CJ4A 5CYMA 3NGYA 4DF8A 3AA5X 4N76A 3NBPA 4EP5A 3HJFA 3OYAA 3EZ5A 1U49A 2HVHA 4FJ5A 1J9AA 4DU3A 4BDZA 3HM9A 4KPYA 4KI4A 1JLBA 1CZBA 4CERA 3TAFA 4ID5A 3TR8A 3D0PA 1RNHA 3SCXA 2DTUA 2F96A 3LP1A 2VG5A 1S9GA 1Z26A 1EKEA 4Z4HA 4LSLA 3AVGA 3OYBA 1SL1A 3RR7A 3NE6A 1BI4A 3VQBA 5KRSA 4Z4IA 3G0ZA 3O4NA 1C0TA 1HYSA 2RKIA 3WNEA 3OY9A 3BDPA 1HYVA 2HHTA 2E4LA 1NKBA 3U6FA 2GV9A 1SKWA 4DSKA 1BISA 1T7PA 4FXDA 4DQRA 4KHNA 4DTOA 1GOAA 4NCGA 4J2AA 3DLEA 1QHTA 1GOCA 5SZTA 3QEIA 2B4JA 4FCYA 1RT1A 5HBMA 3VQQA 4AILC 4B9MA 3LPTA 4W5RA 4OPJA 2KQ2A 5EU7A 3AO3A 4JRQA 4OLBA 4Z4GA 1SL2A 1I3AA 3MECA 4J2EA 4LSNA 5CZ1A 4CEZA 1TK8A 1J54A 1B9DA 4JRPA 2YKMA 3SYZA 3RWUA 4FLWA 4Q5VA 4FLXA 4FYDA 4W5NA 1B92A 4O0IA 3SQ4A 4CCHA 5DK5A 3B6OA 3TI0A 2XHBA 4F8RA 2ETJA 1VSMA 3P83D 4HHTA 4CE9A 2G8FA 4IG3A 3JSMA 4DS5A 1WNSA 4NYNA 3ZSQA 3MXIA 1Q8IA 1EP4A 1HJRA 1RDDA 3C6TA 2P51A 3DOKA 4KRFA 4AHSA 2HVIA 2YNGA 2HHWA 1IKVA 2E6MA 4CF0A 3KLGA 1JKHA 3QEWA 1SUQA 4OGEA 3V9UA 4HUFA 1T05A 2YV0X 1O1WA 1TL3A 3NCIA 2OPSA 4FJNA 1ZBUA 3KKSA 4CIGA 3RMCA 4BDYA 4CFCA 3NGIA 5KGXA 4E7LA 3DLKA 1NKCA 2OYQA 3P1GA 3HVRA 4DSIA 4BE0A 4FZYA 3ZSRA 4L8RB 3NH0A 3VN5A 1KTQA 1RBRA 1BQMA 2IDOA 3QIPA 4FJ8A 3ALYA 1FKPA 1S1UA 3V9XA 2G8WA 4CJVA 4H4OA 3DM2A 1IKXA 4B9TA 3SZ2A 1C1CA 4QCLA 2YHAA 1NOYA 4FM1A 4M3UA 4QOZB 4N47A 2ZQBA 4ZTFA 3L2WA 3DLHA 4YNQA 5HRNA 3SUPA 2FBVA 4UQGA 3IRXA 5HRRA 1BHLA 1JLCA 4AH9A 1UOCA 5K14A 4CJQA 1TAQA 4KTZA 3OYIA 2EX3A 2YKNA 3PUFA 4B9LA 4RW4A 2HNZA 4I2QA 4CFAA 4CFDA 3ZSOA 4OKKA 1XHZA 3QNOA 4BWMA 1S1XA 3OYEA 1QSSA 1LW2A 1LAVA 1U47A 4FJJA 3TAGA 2OPRA 4CFBA 3MXMA 1ITGA 3ITHA 1NK4A 2IOCA 4DSEA 4DLGA 2R7YA 1RILA 3MAQA 1Q9YA 1RTIA 3SUOA 3ZT4A 4N41A 1T8EA 4B9NA 3ZCMA 3HO1A 2BE2A 4BDPA 2FBYA 1U45A 3DMJA 1S6PA 5CYQA 2WONA 1IKYA 1WSGA 2HHSA 5J2QA 1L5UA 1QSLA 4DU4A 2B5JA 3AO2A 4I2PA 2G8KA 3QNNA 3SI6A 2YNHA 4M3RA 3AV9A 3A2FA 3LAMA 4KV8A 4LH5A 5E41A 1KRPA 4CGHA 4RW8A 1BCOA 4IG0A 3M8RA 4KAZA 3RRHA 2W42A 4Y1DA 3LP2A 4CEQA 1C1AA 1VK0A 1TVRA 2D5RA 3AA2A 4CEEA 3K5NA 3VQ5A 1WLJA 3PV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3WXIA 2HHUA 1HYZA 4B8CA 4YOXA 3DRPA 4XH4A 3L6QA 4KHYA 4FSVA 1E4GT 3U9DA 3OHRA 4CF9A 1NGAA 1T44A 2E6LA 3GDQA 2G8VA 3MKSB 1NJZA 4JK7A 1XMFE 2P9UA 3O6WA 2YHWA 4DR7K 3KD5E 3I55N 5BRDA 3ENHA 1KSPA 4MFBA 1HKGA 5J1EA 4FLYA 5HLFA 3MCPA 2HSTA 3T7ZA 2JLEA 5AQLA 3PIOL 3V9SA 3ATVA 4GY2B 4IDHA 1MTYG 4FWNA 4FLVA 2OVQB 4CHNA 4CECA 4DSJA 3DOLA 3VQ9A 1JXBA 1TUUA 4OPAA 3ZSYA 3AO4A 3NAEA 2JWKA 4CI6A 3ZT2A 1NJXA 3V9WA 3DYAA 3HOSA 3OBWA 4DSFA 1ZBFA 3RTVA 3K57A 1HX1A 1W97L 2FSNA 2E2QA 3CFPA 4IFEA 3LDSA 3ENOA 4OPHA 4BG9A 3VQ6A 4CZIA 1T03A 3S9HA 4JD2A 4KI6A 3WXMB 2O8CA 2OPPA 4CJKA 2ZJRL 4J2BA 3R3LA 4ICGC 3GL1A 5J2MA 4ISGA 5M1FA 4YOTA 1S6QA 2JWLA 3DRSA 2I7NA 2PFTA 4DUYK 2UYTA 1YJNN 3AVJA 3UIQA 3OGLB 2GELA 3H46O 1VQ9N 1S1VA 3NF7A 4B1ZA 4Z94A 2MZWB 1B9FA 3CYMA 3ULDA 1ZBSA 3HM8A 5DMRA 3VENA 2PFVA 3O9RA 1S9EA 5GIOA 2O8CB 3PY8A 2E1YA 3HPOA 1SAZA 2IVOA 3FFKB 1KAYA 1LV5A 1O13A 3CQYA 2A1SA 4GV9A 3K59A 1DTQA 3VGMA 4FM2A 4K25A 3T3FA 4CEAA 4DTSA 1NGFA 4DTJA 4DV4K 2XY8A 1HQUA 2NRHA 2W6LA 3U3GA 2RF2A 3D2EB 3ULEB 1NKEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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