The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
270
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structure length |
270
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Chain Sequence |
SDQQLDCALDLMRRLPPQQIEKNLSDLIDLVPSLCEDLLSSVDQPLKIARDKVVGKDYLLCDYNRDGDSYRSPWSNKYDPPLEDGAMPSARLRKLEVEANNAFDQYRDLYFEGGVSSVYLWDLDHGFAGVILIKKAGDGSKKIKGCWDSIHVVEVQEKSSGRTAHYKLTSTVMLWLQTNKTGSGTMNLGGSLTRQMEKDETVSDSSPHIANIGRLVEDMENKIRSTLNEIYFGKTKDIVNGLRSIDAIPDNQKYKQLQRELSQVLTQRQI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of V-1 bound to capping protein (CP)
rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
F-actin-capping protein subunit alpha-1
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| total genus |
54
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| structure length |
270
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| sequence length |
270
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-05-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF01115 | F_actin_cap_B | F-actin capping protein, beta subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Capz alpha-1 subunit | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Porin | Porin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LK4 2; 5AFU L; 3AAA A; 2KXP A; 4AKR B; 3LK4 1; 1IZN A; 3LK2 B; 3AA6 B; 5ADX L; 5AFU K; 2KZ7 B; 3LK3 A; 3AAE A; 5ADX K; 2KXP B; 3AAA B; 3AA0 A; 3AA7 A; 3AA1 A; 1IZN B; 3LK3 B; 3AAE B; 4AKR A; 3LK2 A; 3AA6 A; 3AA7 B; 3AA0 B; 3AA1 B; 2KZ7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV5 T; 3S4U A; 3L39 A; 1BDC A; 2BVL A; 2WU2 A; 4LMK A; 3FZL B; 5BVZ A; 3LW5 H; 4ILU A; 5ETW A; 3ZT5 A; 2Y9Y A; 5G38 A; 1HWT C; 3Q5W A; 3C98 B; 4DR2 T; 1Q90 D; 3K3N A; 2H7H A; 4G76 A; 4I50 E; 2WJQ A; 4AI6 A; 3HTK B; 3H1K J; 1KFY A; 3W67 A; 1NH4 A; 4EYU A; 2ZT9 B; 2VQE T; 5KAI O; 4L74 A; 4EED A; 5TIS O; 4EOZ B; 4EDF A; 3ZJ1 A; 1MM5 A; 2ZT9 C; 2ZVN B; 3ZC0 A; 2XJ7 A; 3GHG A; 2LSY A; 2XUE A; 1OVV A; 5FXW A; 1RE4 C; 4WY4 A; 2POR A; 5H2F E; 1UK5 A; 4IHJ E; 3M91 A; 2XQ9 A; 2R8A A; 3VKH A; 4QMA A; 1GTW A; 1H88 A; 2WIT A; 3EVY A; 4PK6 A; 3H32 A; 1VRB A; 3IN6 A; 4JI0 T; 1OW6 A; 4GCP A; 1D1A A; 1SQB G; 2Q9Q A; 4UB6 H; 2SPZ A; 1HG2 A; 3HD7 C; 5AVS B; 3KV9 A; 3H1I D; 4CN4 A; 2AXC A; 1SQB E; 2X0H A; 1TU3 F; 1BGY J; 2JJL A; 3L72 D; 2C0X A; 2E5V A; 1JY2 P; 1LTA C; 3MJX A; 3AEG A; 3LID A; 1LT9 C; 4U9C A; 1JCD A; 4JI2 T; 4CN6 A; 1VQ8 P; 2NP9 A; 1S3J A; 1T6A A; 2N9Y B; 2P10 A; 2BKO A; 4K0U A; 2E43 A; 1SLQ A; 4DND A; 4ADZ A; 4H13 B; 4YJ3 E; 4O3Y A; 3EQ2 A; 5C3J A; 5BU8 B; 4H13 C; 4MLK A; 2XDJ A; 5AQV B; 2BBJ A; 1JM0 A; 5FL0 A; 4EZH A; 1RF1 A; 4LSI A; 1W2E A; 2R6G F; 5HXC A; 3CQC B; 2NOX A; 2CPT A; 4HTE A; 2KIK A; 2YO2 A; 5JRC A; 1KYO H; 4EOT A; 1SUM B; 3LW5 J; 3K1S A; 4AYE C; 1KOR A; 4CI3 B; 1O3X A; 3JC6 C; 4RL9 A; 2W66 A; 4Z3T A; 3WMM 0; 2KNC B; 1BT9 A; 3RRC A; 1E7P A; 4IGU A; 4UEM A; 2K4T A; 2W4X A; 4G2A A; 4ISS A; 4ZHQ E; 5APX A; 2CHO A; 2V26 A; 2L5G B; 4DR4 T; 4IFF A; 2M6B A; 1L0N D; 2E2A A; 4AIU A; 5CFB A; 4D65 A; 3VP8 A; 4AUI A; 3KZI O; 4EV6 A; 2P2U A; 2IBZ G; 2K9Y A; 4AFK A; 4RLB A; 5EZY E; 2PP6 A; 3A0H E; 1BCC D; 3HTK A; 2ACX A; 4U3C A; 1KIL E; 2IBZ E; 3PUS A; 2W27 A; 2HN1 A; 2W61 A; 4V1A v; 2QJP B; 3GA8 A; 3AXJ B; 3KVA A; 1RE4 A; 1JY3 N; 1FZG A; 2DWG A; 2W62 A; 1X8Y A; 4AKR A; 5B5E O; 4O9B A; 4ZI2 C; 2XSB A; 3LG7 A; 2O3J A; 1EQ7 A; 1KB9 E; 1V9D A; 4Y99 C; 4OHF A; 3M9H A; 2GK9 A; 3CX5 D; 3QRC A; 4IDN A; 1USD A; 3K19 A; 1Q82 Q; 4DUZ T; 1HF9 A; 4N74 A; 2K37 A; 2MJZ A; 3HD7 A; 3AE5 C; 3LSV A; 4TV8 E; 1PRN A; 4LGD E; 4L75 A; 1SQQ G; 1IFP A; 3CWB G; 3WI3 A; 4LF7 T; 3QOF A; 1JNR A; 3SZV A; 3CWB E; 2LFU A; 4X5T A; 2DNX A; 4O3X B; 1LT9 A; 4LFB T; 5AW6 B; 2I0M A; 1SQV G; 3OYZ A; 2H88 C; 3UUL A; 1WT6 A; 4JI7 T; 3O1I A; 2KT9 A; 1ZW0 A; 2BVM A; 1SQV E; 1YJW P; 3RH3 A; 4YLH A; 4PJ0 O; 4K35 A; 2R4L A; 3SWH A; 3CI9 A; 4PK4 A; 2ZLD A; 1E79 H; 5LHH B; 4LF5 T; 2BG9 B; 1X0T A; 3DWO X; 3GW6 A; 1UUS A; 1EDI A; 2IDO B; 2BG9 C; 5KAF H; 2YIN A; 3FBL A; 5IYZ E; 2CBJ A; 1HTL C; 2LSK A; 3PUW F; 4CI1 B; 1XMO T; 4GCQ A; 1N73 B; 5JRE A; 2W67 A; 3NVO A; 3AE6 C; 3V2N A; 4WZX A; 5FY0 A; 3L73 J; 1N73 C; 2RPA A; 1KF6 A; 1PV3 A; 1VQ7 P; 2MKV A; 2DW3 A; 4JYB A; 2EHO C; 4OK0 A; 4IL6 O; 3BRZ A; 4B6X A; 1L4A B; 3ZT7 A; 3L36 A; 4AIS A; 4AKM A; 4RJW A; 2K24 A; 1PGQ A; 1LNQ A; 1NGM B; 1L0N K; 1L4A C; 4ZNC A; 4OX9 T; 1BE3 J; 3Q5S A; 4IE6 A; 2QEX P; 4IDP A; 4YT0 A; 3N2K E; 5L4E A; 4QXB B; 2W6J H; 5J1G A; 5FVN A; 5AW4 B; 3AXJ A; 1SQB D; 3GMI A; 2Y0E A; 3CCV P; 3A5X A; 4N6J A; 1PIX A; 2BCC G; 2IFM A; 5CJ4 A; 4COF A; 5KXJ A; 1WYB A; 3RC8 A; 4B3R T; 3AED C; 3JC2 2; 3C5O A; 2D0U A; 2BCC E; 1GD2 E; 1IJ5 A; 3H1I J; 1J2J B; 4KHP T; 5J0Z A; 1GQE A; 3CX5 H; 3LK3 B; 3T24 A; 2W6A A; 3SFD C; 3AE5 A; 3VZW X; 1VQN P; 5TIS E; 1HTJ F; 4DV3 T; 2CE7 A; 2W6B A; 1WRD A; 5APY A; 3ZST A; 3PUG A; 1HGV A; 3QB5 K; 2N9B A; 5L3C B; 4C00 A; 4C91 A; 4JEU B; 1T72 A; 3ZN0 B; 1AQT A; 1U7J A; 4WW0 A; 2WPR A; 4ANJ A; 3E1R A; 2VKD A; 1M7L A; 3P4Q A; 2KZJ A; 1USE A; 3P50 A; 3PUX F; 4BAY B; 3H1L J; 4JCH A; 3QWO C; 1WLX A; 4CXX A; 5JR9 B; 5AQG B; 3WAK A; 1NKZ B; 3F89 A; 4HFB A; 2ZLY A; 2M3B A; 2YDS A; 5JR9 C; 3AA0 B; 4WY4 D; 5DJT B; 4ZZC A; 1R5L A; 4EXT A; 3DA3 A; 2BG9 A; 4I43 B; 1VCS A; 3UU5 A; 2IYP A; 3TLW A; 2FYU E; 4GOE A; 1Q7Y Q; 2LHR A; 4DV1 T; 5CA0 E; 1FZC B; 4KI0 F; 1FU1 A; 3M9B A; 4UVB B; 4HFC A; 1FZC C; 1T16 A; 3TZG A; 1OXZ A; 2QRX A; 1KIL D; 2IBZ D; 5HAX A; 3RK2 D; 3B57 A; 3EMN X; 1L0N J; 1FC2 C; 3AE6 A; 2KOG A; 4LLH A; 5E79 H; 4LF8 T; 5HCM A; 2M07 A; 3CC4 P; 4KHX A; 1N73 A; 2UU9 T; 2NPS D; 1FOS E; 2BBH A; 4YJ2 E; 1NWQ A; 2V7Q H; 4U2Z A; 1BCC J; 1PHO A; 5LG4 A; 3IEE A; 2EHO A; 5H2F H; 3CX8 B; 4XNK A; 1KB9 D; 3KDP B; 2V7K A; 4WBO A; 4BJN A; 1D0Y A; 3TLV A; 1L4A A; 1OSM A; 1G1J A; 2VVN A; 5L3G B; 2W63 A; 3JAE A; 2KYV A; 3KIN B; 3QC9 A; 3V5U A; 4W80 A; 3KBU A; 2K5B B; 5KLV G; 1YIJ P; 1FDM A; 2B76 A; 1D7M A; 2LJL A; 2WDR A; 1GK6 A; 3CX7 B; 5ABH A; 2JP3 A; 3CWB D; 5KLV E; 4WB4 A; 3AED A; 1GFO A; 3ABV C; 2BEZ F; 1SQB K; 4A97 A; 4DV7 T; 4X1K E; 2JO1 A; 3SS1 A; 2YKO A; 4ZEY A; 3FXD B; 2WDV A; 1SQV D; 2YDR A; 3LK3 A; 2Q5U A; 4L0R A; 3FZM B; 4UXN B; 3MUD C; 1XDP A; 2DLR A; 1QJ9 A; 2YIU B; 5B5E E; 3UIA A; 2BG9 E; 2WM9 A; 1DX7 A; 4TWH A; 1UUR A; 4DOJ A; 2YIU C; 2H43 A; 2E74 B; 2N9D A; 2V6X A; 2XNX A; 3MA9 A; 2L9Q A; 2E74 C; 1RE3 C; 4UB6 E; 4HB1 A; 2M6I A; 2JR8 A; 3CCJ P; 5H6Q B; 5DJQ C; 5JR9 A; 3RIU C; 1QGK B; 4H0L B; 3LBX B; 5HEO A; 3AE9 C; 2BZB A; 1EXJ A; 3AA0 A; 3KQG A; 4IE0 A; 7PRN A; 4IST A; 3I5C A; 3RKO A; 4NXM T; 2J4U P; 3POR A; 4F8H A; 3A7O A; 5AQP B; 4LF9 T; 4N59 A; 1Y47 A; 1NYH A; 2YKQ A; 3NZQ A; 1FJG T; 3POQ A; 3TLT A; 1FZC A; 3WU2 O; 3NRX A; 3ZCI A; 5B66 O; 2M8R A; 2LOP A; 2V7Q J; 3A0H H; 2K9J B; 1IJ6 A; 3ZMV B; 1FZE A; 1S5L E; 2YXR B; 4GYR A; 3MHV A; 2ES0 A; 5FKY A; 1R8E A; 3P8M C; 4LMJ A; 3RYH E; 1ZHY A; 1Z0P A; 1VQ6 P; 1BH3 A; 2Y7S A; 3HKE E; 1A02 F; 3I1A A; 5LA6 E; 5JQG E; 5LJN A; 4F4B A; 1L0L G; 2IUB A; 3HUS B; 3ZMZ B; 2FFD B; 5G26 A; 1KYO E; 3L71 E; 2C9N Y; 1KB9 H; 2NW8 A; 4O4U A; 2BCC D; 2IPP A; 3HUS C; 1L0L E; 4NPF X; 5HXE A; 2FFD C; 2YNY A; 2KIN B; 1SQB J; 3R4Y A; 3RHW A; 3VU7 H; 4TX5 A; 2Q3I A; 3S9O A; 5BU5 A; 2ZAE B; 1NOH A; 3N9N A; 1JNZ A; 2XSA A; 5GON E; 2CCQ A; 3W15 B; 2XZE A; 3B4S A; 4YFS A; 2O1J A; 2UUA T; 4HJG H; 3D6Z A; 5FNV E; 4IE7 A; 3ABV A; 3L73 G; 3T97 B; 2C5J A; 2FXO A; 4DR7 T; 2Y48 B; 4YTM A; 4IT4 A; 1JOC A; 2FJB A; 2NW9 A; 4L9I A; 4ILC A; 1R8I A; 3L73 E; 5CBO A; 2QM7 A; 4LML A; 4UV8 B; 4HFH A; 5FY7 A; 2WY2 A; 3DZM A; 1EXI A; 4YSX A; 1U57 A; 2IAK A; 2ODU A; 5BMV E; 3IHR A; 1BE3 G; 3JSV C; 4WWI A; 1VDF A; 3PJA J; 3MUD A; 4YHJ A; 2KWI B; 5AQM B; 1GW3 A; 4WBN E; 1UCU A; 2QA7 A; 1SQV K; 2IIU A; 1NAY A; 1BE3 E; 3PU8 A; 2F1C X; 5AW9 B; 3C50 A; 2FYU D; 2OTL P; 3NSG A; 2HFE D; 2LRL A; 3GN5 B; 3PRN A; 3RPU A; 1RE3 A; 1HG5 A; 2W8Z A; 2X68 A; 1Y64 B; 2C9L Y; 3RIU A; 3ZPO A; 1W9R A; 4JI1 T; 2A3D A; 2CK3 H; 3SWK A; 4FRT A; 4JUY A; 3VN0 A; 3TF5 A; 3AE9 A; 4B3M T; 4B61 A; 2UXD T; 3HW9 A; 4DCK A; 2HLO A; 4QXC B; 2ZXX A; 3LBX A; 1SHZ C; 4U3F G; 3BAS A; 2GE4 A; 4X1I E; 4A5X A; 2WVR A; 3Q1M A; 3RI5 A; 4HWC A; 4U3F E; 3TK1 A; 3ITK A; 4DT0 A; 3H25 A; 2A06 G; 5AVR B; 1ZN5 A; 3AAI A; 3H1L G; 3QB5 A; 3RQU A; 2BS2 A; 2MTQ A; 2A06 E; 2ZFG A; 3C4Z A; 5CGM A; 3ZMT B; 2K9J A; 4C7N B; 4JI5 T; 2YEV C; 2CBI A; 3H1L E; 3BAT A; 3CCL P; 4DR5 T; 2JDI H; 3BS0 A; 2J62 A; 4QH4 A; 2E8I A; 5KLV D; 4FZN A; 2LR2 A; 2WAU A; 4H9R C; 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2PFX A; 5HEG A; 2WSS V; 2YOE A; 1XMQ T; 2LE8 A; 2POH A; 4NPD A; 2X9Y A; 4QX7 B; 3AA6 B; 5DQV A; 1MPF A; 3F5H A; 2BCC J; 3K8P C; 2UUB T; 2JKV A; 1N36 T; 1S35 A; 1JY3 P; 2GUV A; 4YY3 T; 3BRV B; 3PJA A; 3FZH B; 5JDQ A; 2QE7 H; 4EZ4 A; 3L73 D; 3KZI H; 5AVX B; 3P7I A; 4JI6 T; 4XNL A; 5KLV K; 1GL2 A; 3M0D A; 5FXV A; 4F6R C; 3WU2 E; 5CHX A; 5B66 E; 4PUX A; 3POX A; 2LT3 A; 1B7T A; 3PGU A; 5E79 E; 2P58 A; 1AV1 A; 2JJ9 A; 4B3S T; 3T20 A; 3PLN A; 4NXN T; 2UXX B; 4I1L A; 1X22 A; 1LTJ A; 4FZM A; 3A0B O; 3PP5 A; 1BE3 D; 1LRZ A; 4PR7 A; 1YJN P; 5B5E H; 3V2Q A; 4GIF A; 2UWJ E; 1LT1 A; 3Q3D A; 3O6Q A; 1EZV I; 5J2U E; 1JTH A; 4RES B; 2WSF H; 3EDV A; 3TDK A; 1KIL A; 4FI5 A; 2V7M A; 2KP8 A; 5AW8 B; 2FYU J; 3BQL A; 3AE4 A; 2QM8 A; 3UFG A; 1MM4 A; 4WVZ A; 4D5U A; 2NPS A; 1AQ5 A; 3CK6 A; 3L3P A; 1XTC C; 4IFD K; 5AQQ B; 3CCQ P; 4PK5 A; 2YKP A; 3RIA A; 1Q81 Q; 3H1J G; 1U5P A; 2QJY B; 4U3F D; 2ZM0 A; 2IC6 A; 2GUS A; 2OLT A; 2QJY C; 3H1J E; 3ONL C; 1ORM A; 2IW5 B; 4CTD A; 3ETU A; 5HXR A; 4BWN A; 5JTG A; 2A06 D; 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