The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
433
|
structure length |
415
|
Chain Sequence |
MRIDPFKLAHWMNARKYTAAQTADLAGLPLDDLRRLLPAAATALAEALSVEPSQLAADAHRNLTVVHKSAEEMHASRRPIQRDGIHFYNYYTLAAPEGRVAPVVLDILCPSDRLPALNNGHLEPAITVNLGPGDINGRWGEEITPQTWRVLHANHGGDRWITGDSYVEPSYCPHSYSLAGDAPARIVSYTAQSNISPLMTEANNWSTGAFEEALKALSGKVSAGSVLDLFLARRAHTRTSAAEAAGVPPADLEAALRSPASETGLTVLRTLGRALGFDYRVLLPADDQVGKTWTTIEDSRRSRRTFGTYEAASMASAAHLPDLVGSFLRVDLIDHAENHYVVTEGRLTLEWDGPDGPASVELEPDGSAWTGPFVRHRWHGTGTVLKFGSGAHLGYQDWLELTNTFEPAATLRRGR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
An Unusual Carbon-Carbon Bond Cleavage Reaction in the Biosynthesis of the Herbicide Phosphinothricin
rcsb |
molecule tags |
Biosynthetic protein
|
source organism |
Streptomyces viridochromogenes
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molecule keywords |
PhpD
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total genus |
115
|
structure length |
415
|
sequence length |
433
|
ec nomenclature |
ec
1.13.11.72: 2-hydroxyethylphosphonate dioxygenase. |
pdb deposition date | 2009-02-19 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains | ||
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Jelly Rolls | ||
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Jelly Rolls |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MGI E; 4XFG A; 2Z2S B; 3WW1 A; 3IDB B; 5I0R A; 3S0M A; 3U3W A; 4HMZ A; 4UBG A; 4NVP A; 1I5Z A; 5BY5 A; 5I0T A; 1ZRR A; 3D0J A; 1XWR A; 1DWK A; 4X4G A; 2OYZ A; 3LAG A; 3WW4 A; 3KJX A; 4EV0 A; 1FXZ A; 1SEF A; 4JCX A; 4X4F A; 2XSD C; 3B02 A; 3E5X A; 5HI0 A; 2O49 A; 1J3P A; 4HVQ A; 2LCV A; 4L11 A; 1GT0 C; 2D5H A; 1O4X A; 3FHI B; 3VK0 A; 4Z5H A; 4XFI A; 4XFB A; 2V09 A; 5EZW A; 2B9U A; 5BUV A; 3EJK A; 5KHJ A; 1ZRC A; 4I6R A; 1TQ5 A; 2OZ6 A; 5KBF A; 1CAX A; 2CAV A; 4PU4 C; 2MQK A; 3CLC A; 2BEO A; 2D5V A; 3HT1 A; 1IC8 A; 3TNQ A; 1YSE A; 5EFU A; 1X82 A; 3CF6 E; 2GC2 A; 1RZR D; 4X4D A; 4HVR A; 4WVZ A; 2UY8 A; 2B8M A; 3F52 A; 4XFC A; 5KHI A; 4JCY A; 4HSJ A; 2LYQ A; 3UKV A; 3UFD A; 1LB2 A; 2KZ8 A; 4Z5C A; 5CVR A; 3EQE A; 4ORF A; 3FWE A; 2UY9 A; 1Q43 A; 3S7I A; 2AWI A; 4ZU7 A; 2O1Q A; 4I02 A; 1OFN A; 2EVX A; 1R69 A; 2IXL A; 3L1P A; 1NXM A; 3GYD A; 1ZZ8 A; 1XRU A; 1JUH A; 1ZNP A; 1Y3T A; 3NVC A; 3LFP A; 1O7F A; 2OZJ A; 5FQ0 B; 4AXO A; 4Z5D A; 3DNV B; 3FMY A; 2XCJ A; 1OSL A; 5BPX A; 1X8M A; 3ZDS A; 3JZV A; 4EWD A; 3IIA A; 1LQC A; 3QWG A; 2O4A A; 1XE7 A; 4RD7 A; 2Q0A A; 3MZH A; 4MGY E; 1OMI A; 2A6C A; 3KGL A; 4XEZ A; 1YHF A; 3SCF A; 2PYT A; 4I3P A; 4Q0P A; 5I0U A; 2R1J L; 1CGP A; 2PFW A; 2IVG A; 4IVZ A; 2I45 A; 4XF3 A; 1DZT A; 2KXL A; 2PAM A; 4BH9 A; 3BU7 A; 3LOI A; 3NW4 A; 2XLF A; 3N4M A; 3FZ3 A; 5FDB A; 4OFG A; 1ZZB A; 2BGC A; 1JFS A; 1QY4 A; 2EF8 A; 4GHJ A; 3BDN A; 2HKX A; 2CSF A; 3GBF A; 4IEO A; 1CAW A; 2QDR A; 1HF0 A; 4HSL A; 2BNM A; 3KMH A; 2XLA A; 4Z07 A; 2PUA A; 3D0S A; 2GRM A; 1VR3 A; 2Q4S A; 1WLT A; 5A7L A; 3LA7 A; 4Z82 A; 3MDP A; 1CAU A; 4AQ6 A; 2PUC A; 3ACL A; 2JVL A; 1UXC A; 2HJI A; 1X57 A; 3F51 A; 1EP0 A; 3RYK A; 4L2N A; 2AW6 A; 3R6S A; 2EAA A; 4E2G A; 3I59 B; 2PUD A; 1WET A; 4IEW A; 5AVP A; 4YAR A; 1EYB A; 2ZKL A; 3LA3 A; 1QP0 A; 2EWT A; 1UPI A; 4PIY A; 2HIN A; 1AU7 A; 1O3T A; 1O4T A; 2GC0 A; 3OCP A; 4P9G A; 5JCT A; 2B5H A; 3IWZ A; 4D7S A; 1J3R A; 2PTM A; 1YLL A; 3H7Y A; 4MGZ E; 4YNI A; 2GU9 A; 4MZU A; 2KEK A; 4Q29 A; 2PIJ A; 4PIZ A; 4WBB A; 4YSF A; 1RIO A; 3RDI A; 4UXA A; 2FMY A; 2EBY A; 3D1N I; 3JXB C; 1LCC A; 5CAD A; 3H8U A; 5K8S A; 2ICP A; 3NKT A; 1QXR A; 4I8T A; 1X7N A; 1X8E A; 1RUO A; 1QP7 A; 4KWJ A; 4NDW A; 2ATF A; 2Q30 A; 3ELN A; 5J48 A; 3U0Z A; 1LR5 A; 4X6Q B; 3HZI B; 3L2H A; 5JSP A; 1ZRD A; 2PUB A; 2CV6 A; 3QOP A; 4HZF A; 4AQ2 A; 4LLO A; 5FLI A; 1RPE L; 4X4H A; 1ZPQ A; 1OI6 A; 1ZVV A; 4QGN A; 1ZZ6 A; 2L49 A; 3GN5 B; 1FT9 A; 2OFY A; 1ZZ7 A; 3E97 A; 1O3R A; 5JR7 B; 3CL1 A; 3FYA A; 4GUL A; 2IXK A; 4XET A; 3RNS A; 5CU1 A; 3RYP A; 3E6B A; 3MYX A; 4F8D A; 2PHD A; 4MUV A; 1SFN A; 2KPJ A; 4PU3 C; 4MX3 A; 2AXZ A; 4R8H A; 4Y42 A; 3IDC B; 4O9E A; 4JTO A; 2XIU A; 4PJY A; 4XFH A; 1FI2 A; 3OP9 A; 4F8A A; 2D40 A; 3C3V A; 4YG1 A; 2PAE A; 2XKO A; 1DGW A; 2QJV A; 3ETQ A; 3LA2 A; 1YWK A; 5I0S A; 2D93 A; 4I01 A; 3ST7 A; 2LYJ A; 2XHK A; 4A2U A; 1O3S A; 2MEZ A; 3ZHI A; 2XL7 A; 4KU8 A; 4BYY A; 1GQG A; 3OD0 A; 3BCW A; 1DGR A; 3UKN A; 2IC1 A; 1OD5 A; 3S8Q A; 1RL3 A; 2GAU A; 2B5A A; 4UBH A; 3DV8 A; 5D1I A; 4KWL A; 1OCT C; 3H1M A; 4X4I A; 2IXH A; 4HLT A; 2GRL A; 2AXU A; 4MCT A; 2H8R A; 3CEW A; 3RZZ A; 3H5T A; 1QQB A; 2IUO A; 1WIZ A; 2VQA A; 4IES A; 1IPK A; 3SMH A; 4IEQ A; 4YG4 A; 1ZRE A; 1H1I A; 1RC6 A; 4IEY A; 2XGX A; 1ZX5 A; 1QXJ A; 3EBR A; 4LEJ A; 2BNN A; 2PPX A; 1ZZC A; 3H3Z A; 4MH0 E; 3CLP A; 2L8N A; 4Q0U A; 3SCH A; 1RTV A; 4JTN A; 4BIF A; 3OQM A; 1PER L; 4IEU A; 3O14 A; 2OA2 A; 4EWA A; 3KXA A; 2MPF A; 1G6N A; 2OPK A; 4JV4 A; 2LYP A; 4QX5 A; 3OGJ A; 5KHH A; 3SXW A; 4IWR A; 2PA7 A; 4N9H A; 2DCT A; 5JSO A; 1J59 A; 4FAG A; 3LWC A; 4IEZ A; 4QGM A; 2BJC A; 1EFA A; 3HT2 A; 1ZVF A; 3NST A; 2LYR A; 3CEC A; 3KZ3 A; 2ETE A; 2IXJ A; 2QVS B; 4IET A; 1ZRF A; 2Y0O A; 1HW5 A; 4I0A A; 4Q0Q A; 4FT8 A; 5FQ0 A; 4KL1 A; 2KEI A; 2K0G A; 2ZCW A; 4FBI A; 4MCX A; 1XE8 A; 2N7G A; 3KCC A; 2AXV A; 4MGK E; 4IA8 A; 2VPV A; 5I8S A; 3MPB A; 4I2O A; 1DW9 A; 2C0Z A; 2F4P A; 5FPX A; 4PIX A; 4AVA A; 4Z59 A; 3E5Q A; 3B7H A; 1E3O C; 4XF1 A; 1J1L A; 5J3U A; 1Y9Q A; 1JFT A; 1QWR A; 3QF3 A; 2GZU A; 1QP4 A; 4XF9 A; 4I09 A; 2GC1 A; 4O9G A; 1SQ4 A; 3G7D A; 4LUK A; 3WW3 A; 2HSG A; 4B29 A; 3HIF A; 2CAU A; 4F7Z A; 5KHK A; 4I6T A; 3VHR A; 3FYM A; 5I91 A; 1YFY A; 3OMT A; 3CRO L; 3ZHM A; 2QNK A; 5I8T A; 1QPZ A; 2PAK A; 2PUF A; 1NE6 A; 2XKP A; 2O8Q A; 3H7J A; 2WUS R; 3ZKC A; 3I54 A; 4QGL A; 5T3N A; 5LEJ A; 4I0B A; 1YFU A; 1Q3E A; 3HQX A; 4Q0S A; 3I59 A; 1ADR A; 2H6C A; 1NEQ A; 3E5U A; 1UIJ A; 4X6R B; 3QYX A; 5K98 B; 4J1X A; 1I6X A; 1CQT A; 1NE4 A; 4J1W A; 1NZC A; 2GZW A; 1DZR A; 3LZZ A; 5FLH A; 5FCC A; 2Q1Z B; 3PVB B; 5LEK A; 2ET1 A; 5JAX A; 4XFA A; 4X4B A; 1NYW A; 1GQH A; 2OR1 L; 3BAL A; 4TLF A; 5LRR A; 3S7E A; 3F6W A; 2PHL A; 5BV6 A; 3NL1 A; 1CAX B; 1J58 A; 1LKN A; 4N9I A; 3I7D A; 4E2Q A; 2WIU B; 2AUW A; 1EPZ A; 4AVB A; 1CAV B; 5J7M A; 3U10 A; 1O3Q A; 1UD1 A; 1ZS4 A; 1QQA A; 3EHK A; 3FE5 A; 4FAH A; 4QM8 A; 3WW2 A; 4ERO A; 3IBM A; 1POU A; 1U12 A; 4K8F A; 5BXX A; 1Q5O A; 3QAC A; 2UYA A; 3H1Y A; 1R63 A; 3EUS A; 1PRV A; 4Z58 A; 2EA7 A; 4H7L A; 4D7T A; 2IVB A; 1S7E A; 3RYR A; 2PQQ A; 4E2S A; 4EWE A; 4XF4 A; 3FJS A; 2BYV E; 1SQ8 A; 4HN0 A; 4JQD A; 3OF1 A; 4ZU4 A; 3FFQ A; 3LIS A; 4YBA A; 4XF0 A; 1LMB 3; 2CGP A; 2FQP A; 3DL3 A; 2PE5 A; 2LYL A; 2IU7 A; 4FBF A; 4LUM A; 1ZAY A; 3GN5 A; 5E1R A; 3PLQ A; 4YYO A; 4AVC A; 2MNG A; 4WZC A; 1IPJ A; 2UYB A; 1LLI A; 1CAV A; 4BHP A; 4Q0V A; 3D82 A; 4QXK A; 3PNA A; 2ICT A; 4QMA A; 3BB6 A; 2FJR A; 4YG7 B; 3JXC L; 1CJG A; 3TNP B; 2O38 A; 2XI8 A; 1L3J A; 3USS A; 1EY2 A; 3NJZ A; 3OTF A; 4X4C A; 2QCS B; 2Z69 A; 3ES4 A; 4LUL A; 3ES1 A; 1RGS A; 5KHG A; 1B0N A; 3M3I A; 3E6C C; 3EO6 A; 2WFP A; 4IER A; 2IXC A; 2K9Z A; 3KSC A; 1CX4 A; 4KWK A; 1VJ2 A; 3H3U A; 1X2L A; 1BDI A; 2XJ3 A; 1LRH A; 1ZZ9 A; 1CAW B; 1YFW A; 4LA2 A; 1L1M A; 1LCD A; 4IEV A; 2KEJ A; 4LA3 A; 4YRD A; 4OB4 A; 4IEP A; 4PU8 A; 4HVO A; 5E16 A; 1CAU B; 3H9A A; 1PMI A; 3H1W A; 4DIN B; 2PUG A; 3KGZ A; 1PRA A; 3M70 A; 1ZUG A; 4GQM A; 3OQO A; 1JWL A; 3MLF A; 1PM7 A; 3R1F A; 2ET7 A; 4KU7 A; 2PUE A; 2WC2 A; 3CO2 A; 5I93 A; 3G5G A; 2IXI A; 1NER A; 1V70 A; 3QQ6 A; 4OLL A; 3SHR A; 1UXD A; 4O8B A; 1JH9 A; 4FN3 A; 5C6C A; 2JCG A; 1UW8 A; 4MV2 A; 3SCG A; 2H6B A; 1Y7Y A; 2GC3 A; 1WGP A; 3IVP A; 2R63 A; 3CJX A; 4HN1 A; 2XL9 A; 3H50 A; 1WH8 A; 3U11 A; 2H0V A; 5I8Y A; 1UCX A; 5LRS A; 1VP6 A; 4PU7 A; 5FPZ A; 3FX3 A; 2BNO A; 2P17 A; 4IEX A; 2IVQ A; 3ROU A; 4ZU5 A; 3UKT A; 1WA4 A; 3BS3 A; 3DN7 A; 3BPZ A; 1H1M A; 4HBN A; 1RUN A; 3OQN A; 2E9Q A; 4JVA A; 1UIK A; 5JSR A; 3TRB A; 1YUD A; 2D5F A; 3PXP A; 5F1R A; 5FLJ A; 1RZR A; 2GH2 A; 2CRO A; 1WH6 A; 1O5L A; 1BDH A; 4ONU A; 2VEC A; 1YFX A; 4R52 A; 1PRU A; 2LYK A; 1J3Q A; 3E6D A; 5C8W A; 3O9X A; 3JXD L; 1UTX A; 4I6U A; 4LTA A; 4MET A; 4QM9 A; 1O5U A; 2IV1 A; 3DKW A; 2LYS A; 3RPQ A; 1VPW A; 3BD1 A; 2MHF A; 4XFF A; 4X4E A; 4CYD A; 1PNR A; 1RZS A; 2XLG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VBS B; 2ZEW A; 1W8O A; 3AYC A; 5DTM A; 4WM8 A; 1NLR A; 3AP6 A; 4XFG A; 3VKN A; 3W58 A; 3ZX7 A; 2Z2S B; 4B7E A; 1YCI A; 5BNO B; 3QD6 A; 3U3W A; 1BBT 1; 1OT5 A; 2RM2 1; 5I0T A; 2WR9 A; 3D0J A; 2FCU A; 4YW4 A; 1XWR A; 1HXS 2; 1VBC 2; 5FFO C; 1DWK A; 2XJU A; 5HBA A; 1UU6 A; 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