1DFQA

The hc fragment of tetanus toxin complexed with sialic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
EDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HC
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
total genus 109
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 1999-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1dfqA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1dfqA02
1CIWA 3FFZA 2A6ZA 2KLLA 3FJIA 5GJ6A 4X37A 3B3QE 4GP0A 5F9TA 1PUMB 1UN1A 3AP5A 2M49A 3NWKA 4OEGA 3IMNA 3FUQA 4FPGA 1SLBA 2TEPA 1IJTA 1MS9A 5KXEA 3WINA 1AVWB 3PUBA 1IT0A 2NP0A 2R1DA 4MYEA 1VAVA 2EXKA 2FO1A 4H04A 4I1BA 5EHAA 4XXAA 2ZGLA 2GMMA 3W9TA 2KH2A 3DUIA 1ULDA 21BIA 2AAIB 4OWJA 4GWNA 1SFYA 2Y9XE 1DZDA 4AVTA 4L4HA 1Z0HA 3USUB 1H30A 4EB2B 3S8JA 3BAUA 3IPVB 4XBNA 2EIGA 3O5SA 4XHBA 1MVQA 3TB0A 4LO2A 1ENRA 2PHRA 1DQ6A 3MPPG 3VT1A 3AKHA 1H9PA 5JOWA 3MALA 2JECA 4YZ2A 5DUXA 1C57A 3MW4A 3AK0A 3UL2A 3PVEA 4H55A 1W6OA 5DUUA 4H9WA 4P0JA 2NVHA 2UU8A 3O0WA 3WG3A 3R4UA 2WT0A 3RQ0A 4Y22A 2WSVA 1A78A 4C1WA 4PBOA 5JOZA 4OW4A 4YG3A 3H6RA 2DWRA 1FGAA 1BZWA 4JP0A 3ZC9A 4YM2A 3FJFA 2AREA 4TYSA 4G6MA 4DS0A 1UL9A 3FJAA 4USPA 2PHUA 3ILFA 1O4ZA 4XJ8A 3QYDA 2ERMA 3FJKA 3HMYA 5CAZA 2D3PA 7I1BA 2ZHKA 2DRZA 1W6MA 4JPZA 2WT1A 2DU0A 3ILAA 1GZWB 2ESUA 2E4MC 4ENDA 1W3FA 4LBNA 4Y1ZA 1MR5A 1Q8SA 3CA3A 4FPLA 3T1LA 3LLPA 4J2XA 1N1YA 5GZDA 3POWA 2GNBA 1YRZA 1JT5A 1CN1A 3PVNA 3NBNA 1PZ8A 4XFTA 4D0TA 2F8XC 2IWTB 3RMXA 3O44A 2GO2A 4Q1RA 4P14A 5DZUA 4Q26A 4XBQA 1JUIA 3WDXA 3ZXLA 1S0CA 1JT7A 5IK7A 3ENRA 4P9WA 1DYPA 1LU1A 3WG1A 4DFSA 1WBFA 3IKWA 1LOFA 3WG4A 3WDYA 2Q3NB 4FGFA 3FJBA 1E0OA 1IKQA 4PQ9A 1SR4A 1N3OA 2A7AA 4K1YA 2VW1A 3OGGA 2R9KB 1JLXA 4KEKA 4AVVA 1S0FA 5FREA 1JYCA 4XTMA 2A6WA 5B2HA 4YW4A 2E51A 1LGBA 1LHOA 3FJHA 4I4RA 2EXHA 1SLCA 3I2XA 5EG6C 3CQAA 1J0SA 3B69A 4PC4A 3OJVA 1G86A 3B9CA 1W0OA 1RMLA 1C1FA 2ZHNA 2ZABA 5BP5A 5IUQA 1DQGA 4I4VA 2ZGUA 3CNAA 4GALA 5T50A 4LO8B 3JRRA 5D63A 1GBGA 4LBMA 4Z8SB 3AZXA 2AQZA 3A21A 3WCRA 3ZSLA 1DQOA 3M2MA 3UD7A 2R0FA 2HZ9A 4P0KA 1QDOA 3AP6A 1Q56A 1LESA 5CBLA 1UKGA 3D7WB 3BAQA 1TTUA 4J2YA 3OYWB 3ZYPA 2P3KA 4I4UA 3AX4A 3CRGA 3FJ8A 2ES3A 2ZACA 2DUPA 2ZMLA 5D62A 4G9MA 5CA6A 4IONA 1ONAA 3JUTA 3ASIA 1A3KA 3ZXKA 3USUA 3M3CA 1NUNA 3KQRA 3GALA 1LU2A 1DJSB 3IPVA 3H6QA 4K21A 4GP3A 1P63A 3MEPA 3HALA 4UW4A 5G00A 1CJPA 1LGCA 4M00A 5BQUC 4ZBVB 3BOPA 3MW2A 1DBNA 2CYFA 1LOBA 2Y9GA 4Y1VA 1W6QB 1IOBA 4PCRA 1SACA 2CWSA 4DCKC 1BFGA 1HIBA 1MS1A 3V0AA 1HKNA 1SLTA 2D6MA 2MC2A 1AXKA 4CJMA 4FPOB 4XIKA 2GZBA 3WZ1A 4QC4A 3P6IA 4LO3C 1LECA 1PZ7A 5H9QA 4G6JA 4LO1A 2ZMNA 4I6IA 3WDUA 4YW2A 3APBA 4ISQA 2W52A 2UWAA 2D23A 4XHXA 3WO2A 1LULA 4XMIA 4YW1A 5DXDA 2DURA 2R0HA 1QF3A 4ZKTB 4QD2C 4Q27A 2DYCA 1YI7A 1URXA 4LBJA 3UJ0A 2OUHA 3RRDA 3AKIA 1MS0A 4LO0C 5F8SA 2GNMA 5GLWA 1FMZA 5GAQA 2YMZA 4Y1XA 2WNEA 3NJ5A 2ZGSA 1XYFA 1GZWA 1AVAC 5JOXA 2GNTA 4R6UB 2RSTA 3T8SA 5FZZA 4PBPA 1I1BA 3AJ5A 1DGLA 4Z8BA 2I2SA 1WLDA 4JKXB 3OBRA 1DLLA 1JLYA 2ZA9A 3AZWA 1JY0A 1CONA 2NZ9A 5BXPA 2CL2A 2V73A 3KMVA 4JKQA 2C5DA 2VSAA 1FV3A 2YUGA 3DGTA 3O49A 4Y1YA 4L4IA 4XDQA 1WW6A 2JJ6A 1MZ6A 4FOQA 1FQ9A 4QO3A 3V79C 1CPMA 1YBIA 2GMPA 3O3QA 3Q7YA 2BFHA 1JXNA 3SLIA 2FFUA 4I4OA 2G4IA 2EF6A 1KITA 4ZLBB 1HWNB 3AYEA 1WBAA 3UD9A 3D5OA 5EYXA 5BXRA 4I3NA 1JTCA 4M3CB 4YZ1A 4OUJA 1GICA 4OWLA 1U0AA 5EYYA 1DIWA 1FWUA 1G9DA 4JCKA 2GMEA 2Y9WC 1GSLA 2YV8A 1ONKB 2VU9A 4Y26A 4X38A 4LBKA 3T1MA 3PG0A 2ZHLA 2WLQA 4K1ZA 4XJZA 4EFPA 3WOGA 3CA4A 1I3HA 41BIA 2D7FA 2D6PA 1DQ0A 3VSFA 3AJZA 3NV4A 4CZSA 1HDKA 3BA7A 2WBCA 4AGRA 2ZR1B 3BAVA 1V6LA 4Y20A 4LBLA 2P37A 4GKYA 3JU9A 4DEPA 4A7YA 3VKFC 4AGGA 1ULGA 1ULEA 4DENA 3A4UA 1N4KA 2EXIA 3WHUA 1QXMA 1V6UA 1TIEA 3OYWA 1QNYA 4M3CF 1Z4SA 5F8YA 1MC9A 3AYAA 1AXZA 4YZ3A 1K5VA 3IM6A 3INAA 4EFRA 1YTOA 1BA7A 4WV8A 4P9XA 2F2FA 2PHXA 1K5UA 3B9UA 1DZQA 1LHNA 1KDMA 1ISWA 4LO7C 1QKQA 1MS4A 4P0LA 1MS3A 1BXHA 2WQZC 2WT2A 6I1BA 1UX6A 4FOWA 1G7YA 5T52A 4YGDA 3POYA 5KXDA 2VH9A 2NN8A 3AKFA 1IS4A 3RTIB 1PC8B 1FX5A 3OY8A 3NV3A 3T2TA 3E8LC 4HANA 1ENSA 3M3OA 3IM7A 3BIWE 3QLQA 1LHVA 1Q1UA 1LTEA 3Q9OA 1N1SA 3O4BA 3BAOA 2PHTA 2DVGA 4M3CE 1TFMB 2KKIA 2VSEA 1V00A 2FMDA 1W3GA 4GKXA 2Y9FA 3HBWA 2E7QA 2ZGMA 4WBCA 3WVJA 2K4AB 9ILBA 1ZA4A 5H9PA 4TZDA 1W6PB 4U2AA 3SH4A 3A23A 4YM0A 2BQPA 4QKRA 4ZGRB 2D6LX 1PZZA 1KQRA 5T55A 1Z2VA 4I4YA 4DRRA 3WINC 2E6VA 1KRIA 1QU0A 4ISRA 4YG6A 5E8AA 4QALA 4C1XA 1DFQA 2JD4A 1GZCA 4IY8A 2D3RA 1V6MA 2CTVA 3AFKA 4FVVA 4CTEA 1CR7A 3UJQA 1TWEA 31BIA 3ZYRA 3M1HA 3BADA 3VKNA 2FHRA 2HYKA 4WZFA 2WJSA 1S0BA 2YZ4A 1QOSA 3N7LA 2PELA 2UUSA 3O12A 3BX1C 4Q8LA 2NTDA 4FPYA 3ZXDA 5HCBA 2JDZA 4J2SA 1AFCA 3N7MA 3O4AA 1CESA 5E24E 4LO2C 1ISVA 1AJKA 4FOYA 3BAHA 2A70A 4Z9WB 1LCLA 1JW6A 1QOTA 2HWAA 2D6KA 4XMAA 3VKMA 3WCSA 4Y1UA 4OWKA 3VKLA 2J3PA 1HWPB 1M16A 3CA5A 3ZPYA 2A6XA 3ZXGA 1O4YA 3AP9A 2YROA 4JQ0A 2WKKA 3SITA 2ZKNA 5GLVA 3ILNA 4FPHA 3Q7XA 2XB6C 3BB2A 1G9FA 4BQ1A 1KDKA 1YF8B 5I1BA 2IHOA 2ZZJA 1CQ9A 1N1VA 1TEIA 1AX0A 5DZGA 3ZXEA 2A71A 4G9NA 1DFCA 1YIFA 3RSJA 1B09A 1APNA 2ZBJA 4HR6C 4FOVA 3FJDA 4ZFYB 3NV2A 5T5OA 2X2SA 1PUUB 2JE7A 4USOA 2MIBA 3WDVA 1I1EA 4YGEA 1SZ6B 1S0GA 3EF2A 5BVPI 4XFSA 2W08A 1PWAA 1JOJA 5BOWA 2ZMKA 4KBBA 3SISA 5GZEA 3ZC8A 3F1RA 3N35A 3UJ4A 1EYLA 3FBYA 2K43A 1A8DA 3W59A 4WVWA 1LOFC 4YM3A 1HQWA 3OJBA 3ZSJA 1ISYA 5H9SA 1SR4C 3SH3A 4BMEA 2R49A 4GOVA 1Q03A 1LOEA 3W58A 3I4IA 5DVHA 1XZZA 1LHWA 1AXYA 1F31A 3WDTA 1AX2A 4I8MA 3AZZA 2DV9A 4I37A 1QGLA 3AJYA 1BFFA 4YLZA 4QBVA 1FAYA 4XOGA 1BJQA 1IILA 1FNYA 1G9CA 3O0XA 4G1RA 4XIOA 3AH1A 4XTPA 2VW0A 1SCSA 1MVEA 1BLDA 2DREA 3WDWA 1RY7A 2ZQOA 3WHTA 1WD3A 5T54A 4YG0A 2DRYA 4I4SA 2X2TA 2ET2A 5GALA 5HCAA 1FNZA 2Z49A 2GNDA 1LOGA 5F8WA 1WBLA 4LBQB 5BP5C 3D6EA 5T5LA 1R8OA 4ZFWB 1W6PA 4Q9GA 1RITA 1XQNA 5DG2A 2BEAA 3U4XA 1AXMA 1CPNA 3FJJA 3AH4A 2EAKA 5DG1A 2VXTI 3RS6A 2QYIB 2EALA 1AVBA 2W39A 2ZGNA 2A3YA 2DUQA 4HA2A 3UK9A 3O4CA 1WCSA 4YFWA 1W6OB 2DVFA 3ZXJA 1WLCA 1T9FA 5DSSB 1ENQA 3SNMA 1SBEA 4Q2FA 4I4XA 1ABRB 2AH2A 5AVAA 5KXBA 3MW3A 4XKIA 3H6RB 1LOCA 2OUJA 2GDFA 5T5JA 1S0EA 4ITCA 1GANA 4JRAA 1W3AA 1AZDA 1VIWB 2OW4A 4ATEA 5DUVA 3N0KA 4J23B 3VEQA 1NXD1 3AXDA 3VV1A 3BRGC 2E53A 3FLTA 3AZYA 2D6OX 2FDBM 1HWMB 4J2KA 2RHPA 3UD8A 1MS8A 4XBLA 5JOYA 2WSUA 2ARXA 3OGFA 1SBDA 3HR9A 2GALA 2ZGQA 2CY6A 3KM5A 3BAGA 2OVUA 1TP0A 4IZEA 4P6AA 5GLUA 5T5PA 5FZUA 4LBOA 4XYXA 5EC5A 5FRAA 1JHNA 2PHFA 4I0YA 1MZ5A 1Q8VA 2ZGRA 4IQPA 4YOLA 3TC2A 3P53A 4XJAA 1OQ1A 4GA9A 3FUOA 1HLCA 1CE7B 4I4QA 5GM0A 4OZXA 4LO1C 3O0VA 1RINA 1DZCA 4YZ5A 4L8QA 1BLAA 2A3WA 4DPNA 4X39A 1V6WA 3VSZA 1LEDA 2ZGKA 4UW5A 2JKBA 1W0PA 2A3XA 2D24A 1QMJA 4DRVA 4GAIA 1FWVA 3WMUA 2YXSA 2NM1A 2DVBA 2EXJA 5JVVA 1YO8A 4D8HA 2Z42A 1AF9A 3C2UA 3FLRA 1WLWA 4EFQA 3RMYA 3ZXFA 1EVTA 2ZHMA 1R1ZA 1W6NB 2FFVA 4EKXB 4W65A 4GAFA 2D6NA 2DUOA 2UWCA 2AENA 2AXMA 4R9CA 1JT3A 3POSA 3AXEA 1H9WA 2Z48A 1N1TA 4SLIA 2P39A 1SLLA 1ISXA 1MD6A 1LODA 3M3QA 1UMZA 4IYBA 3WO4A 1JN2P 1XHBA 1ULFA 4D0ZA 1FATA 3B01A 3BRDA 4KEIA 1FMMS 2RG9B 1SBFA 5GLTA 1V6OA 1YYNA 2ZQNA 3A0KA 2AFGA 1S0LA 1JYIA 2D1ZA 3WUDA 1UZYA 4RA0A 4QD2B 3AKGA 5KXCA 2FGFA 1F5FA 3ZSMA 5JLVA 4ZXKA 1MACA 3CA6A 1Q04A 5IK5A 4XXPA 3WO3A 3N36A 4FQZA 3NBCA 4QKSA 1M2TB 3FLPA 4P9YA 1KJLA 5GZGA 4BM8A 1BASA 2E4MA 5BXTA 2SLIA 2UURA 5SV8A 1LENA 2W68A 1BQPA 3ZSKA 4F83A 5DUWA 3OPZA 4XJWA 3V65A 1W6QA 1V6JA 2LTNA 1D0HA 1HKDA 3SNVA 2LALA 5DZFA 3AJ6A 1Q8PA 5DUYA 1RZOB 1RG8A 5DZEA 4LBQD 4LBQA 1BYHA 3N3HA 5EWSA 1Z78A 4Q9PA 5JMCA 2A75A 3WA1A 1G8WA 1V6XA 4Q1PA 2A6YA 3IIRA 3V0AB 2CWMA 1C4RA 3FJCA 2D20A 1EV2A 4AYUA 3CA0A 4UW6A 3WLUA 3WMVA 2KI6B 3CAHA 4AGVA 4ZA3B 1WW7A 5F5QA 1AJOA 1G9AA 8I1BA 4ZFUB 1D2SA 2XOAA 3PHZA 4NOTA 4FP3A 4I4PA 3RTJB 2F2FC 2P3IA 4R9BA 1UPSA 2ZGPA 2LIEA 2D22A 4BPZA 2D3SA 4I1EA 1HWOB 1BKZA 1F9KA 4IHZA 1AVUA 3LSDA 3JUUA 1QDCA 2VW2A 2ZGTA 2AYHA 3AP7A 3S8KA 4YGBA 3BTAA 3O4OA 1N3QA 3H0OA 4U36A 1G82A 3WV6A 1OKQA 1NZKA 4RL7A 4XE9A 4IZXA 4GXLA 4YFZA 4OEFA 5D61A 1HCDA 2Q9XA 2ZAAA 3PVOA 4YZ4A 5E89A 4OEEA 1S0DA 4Q91A 1XG6A 4FPCA 2D44A 4R9DA 4BMBA 1T4QA 3POKA 2R16A 3HN1A 5BXSA 1L2HA 4IY9A 3V0BB 2DTWA 2P3JA 2UWBA 2C9AA 4I30A 2D7RA 2GN7A 1X50A 1ULCA 2L5XA 4YGCA 3FJ9A 3A07A 4M3CA 1DQ4A 4XILA 5CNAA 3AP4A 3AYDA 2ZGOA 3R4SA 4LO7B 4DQAA 1LHUA 1G9BA 2R1BA 2K8RA 1JQZA 4JC1A 2HWMA 3AH2A 1W6NA 4GOYA 3K1XA 4JAWA 2H0BA 1DHKB 1LGNA 1FYUA 5BYNA 2DS0A 5BQUA 3B00A 3I8TA 2CNAA 4D69A 2RQ9A 3WNXA 3M3EA 2V5YA 3IN9A 3IM5A 1DYKA 3QCWA 1BARA 2KI4A 2BEBA 5LK5A 2NMNA 5JDBA 2P2KA 1KJRA 2JE9A 4LO3A 2KM2A 2AR6A 3V64A 1LEMA 1WW5A 4YM1A 1MS5A 3VT0A 3ATGA 2AGSA 3IAGC 5EXOA 4AN7B 3R05A 1IKPA 5F90A 1DQ2A 5IT6A 1S0JA 1IRPA 1QNWA 4Y20B 1AX1A 2YY1A 2HW9A 2DU1A 3VT2A 1CVNA 1DQ1A 4YW5A 4Q8KA 4LO0A 3OJ2A 1S1AA 1LJ7A 3BA4A 1NLSA 5HPZA 4AWDA 1GNZA 5GZFA 4UW3A 3GNEA 4TLPA 4YW3A 3FGMA 2AUYA 1VLNA 1WUVA 1YXWA 4A7KA 3CU1B 3VKOA 2NMOA 1VCLA 5FNWA 5IK8A 2DVAA 1WW4A 2VXRA 3PMEA 5CB7A 3F62B 1BFBA 2DVDA 3A0NA 4BLIA 4X3AA 1V6NA 2GN3A 1SLIA 1QOOA 2QN4A 3LSEA 3HSMA 3TAYA 3OY8B 4HJJA 1R8NA 3HOMA 1IRAX 4FPEA 5E88A 3O5WB 3PJQA 3CRHA 1DQ5A 4HL0A 1VAMA 3P6JA 5FZYA 2ERFA 1BFCA 1TWMA 3CA1A 1N3PA 1V6VA 3AYCA 1Y7BA 3L2YA 2A5ZA 5L73A 1GGPB 1QQKA 5FNXA 1QQLA 3BRFA 1IS6A 1Q8OA 3N7KA 4A7ZA 3LCPA 1VALA 3VWCA 2D43A 3LTQA 1FV2A 5GLZA 3QR5A 3O4DA 4Y22B 4ATFA 1ZM1A 2LIQA 1UZZA 1UAIA 1V6IA 4FQ4A 1HCEA 3CRIA 3AZVA 5GZCA 3OBTA 3BODA 4GWMA 1HQLA 1RIRA 2PHWA 1PZ9A 4WVVA 4CRQA 4BOWA 1ITBA 4NO4A 3C9ZA 4KEJA 1W6MB 1OFSA 1FN0A 4FPJA 1AVXB 1ISZA 2VLCA 1IOAA 4KC3A 3SH5A 3VUOA 3FJEA 2NYYA 1OQLB 1GNHA 2VUAA 5IK4A 1EPWA 3ZX7A 2P34A 1II4A 2A6VA 3NV1A 3WG2A 3V0BA 1GV9A 2I1BA 4EEEB 4XJ9A 2ARBA 1TOOA 3ILRA 2SBAA 1GZ9A 4I7IA 3I2AA 1KNMA 3A22A 3I29B 2WRYA 2D7IA 3BA5A 4R9AA 3Q7WA 5H9RA 2XG3A 1GYKA 1LOAA 1JT4A 2Q5TA 4FP2A 1GKBA 2DTYA 1V6KA 4PF5A 3NBDA 1N47A 1Q8QA 4AVSA 4AN6A 4XJUA 4ZOTA 3H6SE 1C1LA 4XZPA 1SCRA 2E7TA 4BLJA 2B7YA 2MLLB 1IHKA 4F34A 4II0A 1WD4A 1J1TA 2P23A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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