1DFQA

The hc fragment of tetanus toxin complexed with sialic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
EDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HC
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
total genus 109
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 1999-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1dfqA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1dfqA02
2NP0A 2ZGPA 3P53A 4QALA 3WMUA 5BXTA 4Q2FA 4XXAA 1JUIA 5EXOA 4FQ4A 5SV8A 2WKKA 4FVVA 1SBFA 4DRRA 1AX0A 1V6OA 3ZSMA 4C1XA 4XHBA 2VY0A 3BAVA 1S1AA 1BQPA 3IPVB 1HKNA 4YG0A 2GZBA 41BIA 4HANA 1ZM1A 1N3OA 2Y9GA 1LHUA 3H6RB 3ILNA 4OEEA 2DURA 5GLVA 4X3AA 1XHBA 2EXIA 4XMIA 1Q8PA 4KEKA 3WDYA 2ARBA 2M49A 2WBCA 4WBCA 3WDTA 1G9AA 5HCBA 3MW3A 1WBAA 4FPOB 1R1ZA 1Q8VA 1VALA 3N7JA 3ZYRA 2Y9WC 4AGVA 3AJZA 3AXEA 4DRVA 4M3CE 4IY8A 1GZWB 2AFGA 4YZ3A 3BAQA 1AVBA 3A0NA 5FNWA 3WDUA 2EALA 1Q8SA 1BJQA 3EF2A 1LENA 4R9DA 4TZDA 1L2HA 4XOGA 4K1ZA 1W3AA 2ZKNA 4K20A 5T5OA 4QC4A 2VXTI 2D3SA 1M16A 4OEGA 1W0PA 2JD4A 1TP0A 2SBAA 1K5UA 2X2TA 3UD7A 3KQRA 1G9DA 1S0GA 1LEMA 2R16A 4XJUA 3T1LA 3BTAA 5GLWA 2D6NA 1JTCA 4OWKA 1CPNA 1WW4A 2NMNA 2LTNA 4M01A 2DS0A 4I8MA 5T52A 2R49A 1MZ6A 2VXRA 4YW2A 1X50A 3FJCA 2DU0A 1MS4A 5B2HA 1OFSA 4Y22B 1DQ0A 1TIEA 1DIWA 4P0KA 1HCEA 4KEIA 3MPPG 1F5FA 4GALA 1N1VA 2JKBA 1SLIA 2Q3NB 3WA1A 4EFPA 4LBMA 2VLCA 1WLWA 4LO0C 1LULA 1LGCA 4Y20A 2VW0A 2WSVA 3O4CA 3T8SA 3NV4A 3B3QE 4LO7B 3IM6A 4LBQB 1V6KA 1WCSA 3M3OA 2HWAA 1W3FA 4G9NA 3CA4A 1C57A 3V0BB 3V65A 1TEIA 1ABRB 1MS8A 2UURA 3VKNA 4YM0A 3LLPA 4WVWA 2VH9A 1JN2P 1CR7A 3B69A 5FZYA 1ILR1 2XB6C 2GDFA 2GNDA 2NM1A 1TTUA 3PVNA 1DQ4A 1N1SA 2P23A 5F8SA 3POSA 3FLTA 2ZGQA 5E24E 1YRZA 1LOAA 1S0DA 5BXSA 1GGPB 4I0YA 4HA2A 4P9WA 1PUMB 1BFGA 2EF6A 2ESUA 4FOVA 1DQ1A 4GWMA 3BOPA 4P6AA 1BXHA 1ISYA 2ZGLA 4YGEA 5BOWA 3AYAA 1LESA 3WNXA 2FMDA 4WV8A 5DG1A 4ITCA 1G8WA 5EHAA 2HZ9A 1IRPA 3AX4A 4JC1A 4JPZA 3RMYA 3OBTA 4ZA3B 4TYSA 3ZYPA 1WBCA 1WBFA 5CA6A 1BZWA 4FP3A 4JKXB 4XIKA 3BODA 4I30A 2D6PA 4J2KA 3FJHA 2DREA 4LO0A 1UPSA 2K43A 2NMOA 1LODA 3OPZA 5GZGA 1RINA 1JQZA 2GNTA 3BA7A 2GALA 2GMPA 3KMVA 1MZ5A 3CRIA 2D6LX 2DUQA 3MEPA 3A0KA 4P9YA 2EXJA 1NZKA 3H6SE 1UAIA 3D4KA 4YOLA 4XTMA 2MIBA 4XDQA 1FNYA 3T2TA 4ZGRB 3BRGC 2DUPA 2VU9A 3QYDA 2W52A 4AN7B 3N0KA 1LTEA 4AN6A 3BAUA 2UWBA 3NJ5A 3T1MA 3ILFA 1XYFA 3CA1A 5BYNA 5FZZA 2A3WA 3P6JA 3LSEA 1AVXB 4XJ9A 5GZCA 2ARXA 2WSUA 3SLIA 1URXA 3ASIA 4LBLA 1U0AA 3DGTA 1SBEA 4OW4A 5F8WA 2F2FC 2A5ZA 3D6EA 2EIGA 1II4A 2ZGUA 2ZA9A 2DVGA 4ZFWB 5CNAA 4ZFUB 1GZCA 4FOWA 2UWAA 1ENSA 3OYWA 1WD4A 1IS4A 5T5PA 3M1HA 4Y1VA 5BP5C 1ISWA 4Y1YA 3IM7A 4X38A 2YZ4A 2R9KB 1G9FA 4FPYA 3ZVXA 4Y24A 5HCFA 4DQAA 1OKQA 3F1RA 4KEJA 3LTQA 21BIA 3NBEA 3VWCA 3UD9A 2H0BA 1JYIA 1CQ9A 1E0OA 2D1ZA 2Z48A 2YV8A 5BXRA 3O4OA 1IJTA 2PELA 2D43A 3O3QA 3SH5A 3CU1B 1B09A 1V00A 4C1WA 2I2SA 4Q1RA 1MS0A 3APBA 3AH2A 4QKRA 3JUTA 3N7LA 3NV2A 4IY9A 5F8YA 5T50A 3BAGA 3O49A 5G00A 4A7YA 3V64A 2D22A 1CVNA 4ZOTA 4Y20B 1JBCA 3KM5A 3WMVA 2D7FA 4EFQA 4PBOA 1IS3A 3I8TA 4OUJA 3WG4A 1VCLA 2ZGOA 4EFRA 3LSDA 1RY7A 4CJMA 4LO3C 1IT0A 3ILRA 4U2AA 4LBOA 1LOCA 4W65A 2PHRA 2WLQA 4KBBA 1A3KA 3FJFA 4PBPA 3R4SA 1IS6A 4JQ0A 4QKSA 4QO3A 4QD2C 3Q7WA 3AJ6A 5EYXA 4AWDA 1W3GA 4HL0A 2E4MC 4YG3A 1Q04A 1FAYA 1GZ9A 1KJLA 2JE7A 1MS5A 2D23A 1OQ1A 1S0CA 2A3XA 2R1DA 4FOYA 4X37A 1PWAA 5BXPA 4XE9A 1QNWA 1TOOA 4Y26A 4YM3A 5IUQA 1MS3A 1MACA 4G6JA 4BLJA 2WNEA 1AXKA 3PHZA 1FQ9A 5BP5A 4FGFA 5DUVA 4TLPA 2D6OX 1LOEA 3AJ5A 5JOYA 2WRYA 1YIFA 3WINC 1FATA 1D2SA 2BEBA 1APNA 2ZAAA 5DUWA 2YY1A 1DQ2A 4JRAA 2CTVA 4XKIA 4YZ4A 5E8AA 1QMJA 1V6UA 4X39A 1AVAC 1SZ6B 4K1YA 3ZC8A 1N1YA 4Q27A 3ZXEA 1I1EA 2JDZA 1BYHA 5HPZA 4R9AA 1A78A 3WDXA 5GAQA 4XBQA 1FWVA 2ZR1B 1DZQA 3S8KA 3IMNA 1MR5A 3ENRA 3AKFA 3PVEA 3NBDA 1RMLA 3TAYA 4LO3A 1S0BA 4D0TA 4GWNA 3JRRA 4XZPA 3A07A 3AP5A 1IRAX 2IWTB 1VAVA 2DU1A 3ZXJA 5FREA 4P14A 1Q03A 2KLLA 4YZ5A 1RIRA 3IN9A 4BMBA 3O0XA 1FWUA 3AH4A 1QXMA 4P0LA 2E4MA 3PG0A 3VT1A 3M3QA 4LBNA 3IIRA 3AZWA 3AFKA 1LEDA 4Y1UA 3MALA 2P3IA 5E88A 3FJJA 4NOTA 2E7QA 1QQLA 4I4OA 1LGBA 3SNMA 4P9XA 4ISRA 1M2TB 5DZUA 3R05A 1KQRA 1DHKB 2R1BA 3V0AA 2IHOA 2QN4A 1CVSA 3WZ1A 2DUOA 2F8XC 4BQ1A 3IKWA 3OYWB 1FMMS 3WG2A 2E53A 1DLLA 3OJ2A 1AVWB 2ZBJA 1I3HA 5IK8A 4Q8KA 3WINA 2AYHA 4JAWA 4YW5A 3AYDA 3LCPA 3VT0A 2BQPA 2K8RA 5D63A 3BAHA 5IK7A 3VKFC 1VLNA 1WD3A 4YFWA 5FZUA 2RQ9A 1CPMA 4AYUA 1V6MA 4GA9A 1AFCA 1DQ6A 1QDOA 1DZCA 2Y9FA 1HWMB 3RTJB 1IOAA 4GP0A 2KI6B 3BAOA 2KH2A 3VT2A 2AUYA 2AREA 5AVAA 1FX5A 4ZXKA 2KI4A 3POKA 2ZQOA 3R4UA 2P3KA 1QOTA 1MS1A 2V73A 5T55A 3UL2A 3GALA 1ITBA 4UW6A 5JMCA 1T9FA 5KXDA 1CJPA 3INAA 4AVTA 1FV2A 1GNHA 3WCSA 4LBJA 4XFTA 3M2MA 1YTOA 1JHNA 5GLUA 1QOOA 2A6YA 3FGMA 4IZEA 4P0JA 1HLCA 4DPNA 1SCSA 4I4XA 2KKIA 2D6MA 1Z0HA 2E7TA 4Y1XA 3USUA 1DJSB 2NVHA 2E51A 1O4YA 3I4IA 1DYKA 2DWRA 4Q91A 1GKBA 1JW6A 4LO1C 1CIWA 1JT5A 3ZPYA 2ZMKA 1YI7A 4LBKA 4M00A 1HDKA 3SNVA 3B9CA 4CTEA 4FP2A 4LO2C 1UX6A 2AXMA 3E8LC 4I1BA 3ZXFA 4DS0A 1BARA 4USOA 4I4YA 3U4XA 3AYCA 5IK5A 4OWLA 1V6NA 1ISVA 4JKQA 1JYCA 4PF5A 1LCLA 3N36A 2NN8A 3ILAA 4I4RA 2EXKA 1LOBA 4KC3A 4H55A 1GV9A 3UJ0A 3WOGA 5T5JA 2PHWA 4FPHA 3WG1A 1AXZA 1K5VA 1WW5A 1NLSA 4F34A 3FJDA 4OZXA 2DTYA 3ZC9A 1IKPA 1SLAA 2MC2A 1HWOB 1A8DA 5DZEA 2A75A 3M3EA 3QLQA 1S0IA 4BLIA 2HWMA 4I6IA 5D61A 2UU8A 1H9WA 2YROA 4Y1ZA 2GN3A 4YZ2A 1JOJA 4II0A 2CL2A 3O0VA 3RRDA 1DGLA 3AJYA 1CN1A 3WHTA 2I1BA 1HQLA 2FHRA 2ZGKA 3NWKA 1FNZA 1LU2A 2LIEA 4USPA 3VSFA 3M3CA 4Q1PA 2GMEA 1BFFA 1H30A 1UZZA 1WBLA 4BPZA 4J2SA 2A6WA 1AXYA 1IS5A 1UN1A 3ZSJA 4XHXA 5CB7A 4G1RA 3JUUA 3FBYA 2D7RA 4YFZA 4ISQA 4NO4A 3I2XA 2GNMA 4QD2B 1YF8B 2ZGTA 4FPLA 3OBRA 2FGFA 2UWCA 3ZXKA 2A70A 2WT2A 3AKHA 1R8OA 1IOBA 4YGBA 3PMEA 3WLUA 4LO1A 1AJKA 2YMZA 4YW3A 1XZZA 1G86A 5HCAA 5F90A 2ZACA 2G4IA 1QDCA 4I1EA 4DCKC 2D3PA 2RSTA 4J2XA 3WO2A 4WVVA 3AP7A 4LO2A 1LU1A 1UKGA 1HKDA 1WW7A 2ERFA 5F9TA 3V0AB 3PUBA 2AAIB 3BX1C 5D62A 3PJQA 2JJ6A 2VW1A 2EAKA 2AH2A 2A7AA 2D24A 1SLLA 4JCKA 1S0JA 2GO2A 3UD8A 1DFCA 3P6IA 1R8NA 1JT4A 3IAGC 1YXWA 1FN0A 3CA3A 2ZABA 3TB0A 3UJ4A 1DYPA 4YM1A 4H04A 3O12A 4FPKA 2DRZA 2EXHA 4YW4A 1PZ7A 1AF9A 1YYNA 5I1BA 2WJSA 3N35A 2QYIB 2W08A 1MS9A 3POWA 1O4ZA 1C1LA 3OJVA 5EYYA 2NTDA 1GSLA 1JXNA 2P37A 3O44A 4ENDA 5GZEA 4BM8A 5E89A 3BA4A 1GNZA 3NBCA 2ZGRA 2DVBA 3Q9OA 4GOVA 3VV1A 1ONKB 3OJBA 3VKOA 3FJKA 4GP3A 5EG6C 6I1BA 4XBNA 1LECA 1MC9A 4AGRA 3HSMA 5DG2A 1W6NB 4YLZA 2DV9A 3SITA 1Q1UA 3HMYA 5KXCA 1BLAA 4I37A 5T54A 2F2FA 1Y7BA 2YUGA 1LJ7A 4J2YA 2OW4A 1J1TA 3K1XA 3VUOA 3AZVA 4XMAA 4LBQD 1W6OA 2ES3A 2D3RA 2PHTA 1EYLA 3WDVA 4H9WA 3ZSLA 3BRDA 4FPJA 4D0ZA 3OGFA 2Q5TA 8I1BA 4M3CB 1RZOB 4FPGA 4I7IA 3USUB 3VKMA 5JDBA 4YZ1A 1S0LA 5DSSB 1CESA 1NUNA 3FUQA 3N3HA 2DVDA 1ULDA 4IQPA 1PC8B 4XXPA 1QQKA 4I4PA 3CNAA 3FJEA 5DZGA 2D7IA 4XJZA 1KNMA 3MW2A 2TEPA 1ULEA 2OVUA 2R0HA 3A22A 4SLIA 1F9KA 1T4QA 1ENRA 3H6QA 1LHOA 2BFHA 3O4AA 1DQGA 1DZDA 5LK5A 5GALA 5T5LA 3ZXLA 1AVUA 1EV2A 3WCRA 4CZSA 4YM2A 1QNYA 1N3PA 3Q7XA 3OY8A 1W6QA 3I2AA 4ZLBB 1Q56A 3GNEA 5DUUA 1SACA 1Q8QA 3BADA 2D6KA 2VW2A 2VSAA 2AGSA 2Z42A 1IHKA 2RG9B 1H9PA 4DENA 4IONA 1V6VA 2CWMA 2FDBM 4XJAA 3ZX7A 5DVHA 1UL9A 1V6JA 1WLDA 3VKLA 4ZBVB 5EC5A 3B9UA 5CBLA 1KRIA 1GANA 2PHXA 1QKQA 1F31A 3Q7YA 1DBNA 2LALA 1GICA 3ZSKA 5JOZA 3UK9A 3WO3A 2CNAA 4IYBA 1ULGA 2C9AA 4GKXA 4FQZA 9ILBA 5DUYA 1LHVA 4EEEB 3B00A 3WHUA 5CAZA 3D5OA 1TWMA 3W9TA 3UJQA 5JOXA 4L4IA 1HCDA 2DYCA 1BLDA 5JVVA 1SR4C 4J23B 1JLXA 1EVTA 4FPEA 2OUJA 3O5WB 2J3PA 3HR9A 1KDKA 4D69A 3W58A 1S0FA 5GM0A 2UUSA 3H0OA 1AX1A 4IZXA 1JY0A 2ET2A 4I4UA 4FPCA 1CONA 1SLTA 5DXDA 4XJ8A 3S8JA 3O4DA 2ZZJA 1V6WA 2GMMA 2FFUA 4RA0A 1D0HA 1W6PA 4YGDA 2FFVA 4LO8B 1G9BA 3SH4A 2ENRA 1FV3A 2X2SA 1W6MB 1LOGA 4HR6C 2NYYA 2ZGNA 3UDAA 2WT1A 2Z49A 3CQAA 1JLYA 4A7KA 5GZDA 2A3YA 3ZXGA 3N7KA 3CA6A 1SLBA 2YXSA 3WUDA 1DQOA 3RQ0A 1Z4SA 4IHZA 1PZ8A 1PUUB 3O5SA 1YO8A 31BIA 3RTIB 1FMZA 3AZZA 2B7YA 4PQ9A 3FLPA 3FJBA 3AZYA 1W6NA 3BIWE 4GOYA 1LOFC 2ZMNA 1SBDA 3O4BA 3B01A 1ULCA 5JOWA 1Z2VA 4PCRA 1ULFA 2ZHMA 4XILA 1HWNB 4BMEA 2V5YA 5F5QA 4Q8LA 2MLLB 1FYUA 5H9SA 4PC4A 2W39A 2JECA 5GLZA 3BB2A 4Q26A 1GBGA 4UW3A 4A7ZA 3JU9A 1LHNA 4DFSA 4M3CA 3I29B 1KDMA 1AJOA 2ZHNA 1VIWB 4U36A 1CE7B 1V6XA 3IM0A 2ZGSA 1V6LA 2ZGMA 2C5DA 5DUXA 2DTWA 5KXEA 1W6OB 1SR4A 1HWPB 1V6IA 1JT7A 1ONAA 1UMZA 1G9CA 2P3JA 3OJMA 4K21A 1FGAA 3C9ZA 1QOSA 3SISA 4XJWA 2A6XA 2CY6A 4QBCA 3BRFA 3FJ8A 1QGLA 5GLTA 3ATGA 2ZMLA 2OUHA 3RS6A 3NV1A 3FLRA 2A6VA 2DVFA 4JP0A 3QCWA 1UZYA 2GN7A 2DRYA 1ENQA 4ATFA 3IM5A 4AVSA 3HBWA 1WW6A 4R6UB 4ZKTB 1PZ9A 1KITA 1N1TA 3AKIA 3NV3A 2HYKA 3AH1A 1LHWA 3IPVA 1Z78A 2W68A 1RG8A 3D7WB 4XFSA 1G7YA 2R0FA 4LO7C 2AQZA 4UW5A 3H6RA 4XYXA 4HJJA 4BOWA 2HW9A 3OY8B 1W6QB 1SCRA 4F83A 2ERMA 2VSEA 1RITA 1ZA4A 1C1FA 1IKQA 1MVEA 5DZFA 1LOFA 4OWJA 1WUVA 3HN1A 3BA5A 3HOMA 3F62B 3OGGA 1AX2A 2A6ZA 3AKGA 3A21A 3SH3A 4EB2B 1OQLB 1SLCA 4R9CA 1WLCA 2JE9A 1DQ5A 1N4KA 1HQWA 1GZWA 3ZXDA 4FOQA 2XG3A 4XBLA 1HIBA 3NBNA 3CRGA 4I3NA 3QR5A 5BQUC 4DEPA 4R9BA 4AVVA 1MVQA 1XG6A 1GYKA 2ZHKA 1ISXA 2AENA 1BA7A 5H9QA 3CA0A 1QF3A 4L4HA 1AZDA 4AGGA 1BFBA 5KXBA 1I1BA 3PVOA 2ZHLA 4UW4A 5JLVA 7I1BA 3WUCA 3V79C 3CA5A 3UJOA 5FRAA 2P2KA 3AK0A 1MD6A 1SFYA 3A4UA 3WV6A 4MYEA 3AP9A 4I4QA 2FO1A 3TC2A 4Y22A 4D8HA 1BASA 1W6MA 2D44A 1G82A 4XFUA 5EWSA 4XIOA 5GJ6A 2GNBA 2DVAA 4ATEA 3VEQA 3FJ9A 3FJIA 3RMXA 4WZFA 4ZFYB 2SLIA 4YGCA 1Q8OA 1W0OA 2NZ9A 1W6PB 3WVJA 1IILA 4Z9WB 5FNXA 4LBQA 2CWSA 1NXD1 3W59A 1EPWA 4QBVA 1C4RA 1KJRA 1XQNA 1PZZA 4OEFA 2BEAA 1S0EA 5H9RA 4YG6A 3V0BA 3N7MA 3FFZA 1DFQA 3L2YA 3O0WA 1QU0A 4GXLA 4I4VA 4I96A 1J0SA 5L73A 1LGNA 2E6VA 1AXMA 2P34A 2L5XA 4GAIA 2D20A 3A23A 4EKXB 4G9MA 4RL7A 3RSJA 5IT6A 4XTPA 2Q9XA 3AP6A 3FUOA 2AR6A 5BQUA 3AXDA 1N3QA 2XOAA 4YW1A 1N47A 2A71A 1ISZA 5IK4A 1VAMA 3AP4A 2RHPA 4ASMB 4Z8SB 1YBIA 5BVPI 1TWEA 3HALA 2WQZC 1BKZA 2PHUA 4GKYA 3VSZA 4Q9GA 4G6MA 4I4SA 1JT3A 3WDWA 4FPFA 3RG0A 5H9PA 4CRQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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