1DFQA

The hc fragment of tetanus toxin complexed with sialic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
EDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of the H(C) fragment of tetanus toxin with carbohydrate subunit complexes provide insight into ganglioside binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
molecule keywords TETANUS TOXIN HC
total genus 109
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 1999-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1dfqA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1dfqA02
1LODA 2PHWA 5FRAA 2JE9A 1N1SA 4NOTA 1XQNA 3WDVA 1JN2P 3FJKA 4Q27A 2HZ9A 4IHZA 3VEQA 3OJ2A 2WKKA 2XOAA 4P0LA 2VSAA 2VSEA 1VAMA 3R05A 4XXAA 2LTNA 4EEEB 2PHUA 3WG1A 1UN1A 4BLJA 5GALA 3O0WA 2CWSA 3ATGA 3ASIA 4ENDA 1G8WA 1IS6A 2DREA 4QALA 4YG6A 4Q8KA 5GLUA 3T8SA 3H0OA 5BYNA 1Q8SA 2OVUA 1IRAX 1IT0A 2Y9WC 3AZZA 3FGMA 1DHKB 3AZWA 3NJ5A 2A75A 3HBWA 3ZXLA 4LO7B 4Q2FA 3IAGC 3IN9A 1JY0A 4JC1A 3H6SE 1AVBA 4WVVA 2H0BA 1HWOB 3FUOA 1LGCA 2AH2A 3FJCA 1Q8VA 1UX6A 4X39A 1OQLB 3FLRA 1A8DA 4P9WA 1HWMB 3UD8A 1U0AA 3A21A 1DFCA 3I8TA 2GNDA 2ES3A 3A4UA 3CNAA 2EF6A 4YM2A 1VCLA 2A3YA 1WBLA 5JOXA 4Y20B 5FZZA 4K1ZA 3WNXA 2D7RA 3WO4A 3ZXDA 2AUYA 5GZGA 1VALA 3FJ9A 3MALA 5T5JA 2J3PA 3MPPG 4XHXA 3HOMA 4QD2C 4UW5A 3V0BA 4YZ5A 3AX4A 1HQWA 1RITA 1HWNB 2Y9FA 1Q1UA 1M2TB 4YOLA 3AYCA 1LOAA 3UK9A 1FNYA 3ZC8A 3BA4A 5KXEA 2FMDA 3SLIA 4H55A 1LULA 4BOWA 4SLIA 4Y1ZA 5H9SA 3LSEA 2GDFA 2D24A 4Y1YA 3P6IA 3O44A 1MS5A 4XJZA 2CY6A 5HPZA 5T5OA 5JOZA 4RL7A 1G9AA 1AVUA 2QYIB 1V6OA 4P14A 4ZLBB 4PCRA 4XILA 5DUXA 1G82A 1LENA 5DG1A 5GLWA 3BA7A 1V00A 4I1EA 2Z48A 3A23A 3HR9A 2ZQOA 2WQZC 1ISVA 1ULGA 5IK5A 2W08A 2VUAA 4H04A 4X3AA 2EIGA 3C2UA 3BTAA 3VUOA 1N3OA 2EXIA 1QQKA 1MZ6A 3HN1A 3FJBA 3IM6A 5D62A 3O12A 2DVFA 4Q91A 2NYYA 3P53A 2E6VA 5DXDA 4M3CF 4XFSA 2ZR1B 4ZFYB 4PBOA 5GZDA 4KEKA 4F34A 1AX1A 3AK0A 4AVSA 1QNWA 2A6YA 4I6IA 2SLIA 1LHNA 1BQPA 1QQLA 3RTIB 2RQ9A 3ILAA 2QN4A 1UMZA 2BEAA 1LHWA 4HL0A 1H9WA 2HWAA 1FMZA 3LLPA 5E89A 1V6MA 1Z78A 4EB2B 1FX5A 1ISWA 2YY1A 2UURA 4YW5A 3M2MA 5BVPI 1WLDA 3ZXKA 3ENRA 3QLQA 1DFQA 1MS1A 1SBEA 3BAHA 4Z8SB 3N36A 3UD7A 3AJYA 1SLIA 2OUJA 4OWKA 4Y22B 2GNBA 2D6MA 3OY8A 3CA6A 1HCDA 1IS3A 1MACA 2EAKA 5IK7A 3AKIA 4ASMB 2NTDA 2D1ZA 1NXD1 1T4QA 3JUTA 4WV8A 3POSA 5GM0A 1FATA 4I0YA 1LCLA 1SR4A 3S8JA 4YM3A 3P6JA 1W6QA 3FJ8A 3BA5A 4P0KA 4LO3A 4GKXA 1CJPA 1BA7A 2R1BA 1SLBA 4FQZA 5HCAA 5EXOA 3O3QA 3WMVA 1KDMA 1FAYA 3D6EA 1LESA 5GLVA 1URXA 1QDOA 4GOVA 4LO1A 1LHUA 1BLDA 5B2HA 1FWUA 5F8YA 1RG8A 1HKDA 4JKXB 5E88A 1AXYA 5F8SA 4Q8LA 3VSZA 1V6NA 2DVBA 1Z2VA 1H30A 4EFRA 4I4RA 2M49A 1W3AA 4WZFA 3AKHA 3D7WB 4AWDA 1WBCA 5E24E 2JDZA 2HYKA 1W6MA 4OEFA 4ZFWB 2Y9XE 2FHRA 4I8MA 1ILR1 5EYXA 1I1EA 1N4KA 2VU9A 2YUGA 4XZPA 1CVSA 4I2SA 1PZ8A 2P37A 1OQ1A 2D6OX 4JCKA 4CRQA 4IZXA 3T2TA 3RTJB 3WDXA 3NV3A 2ZZJA 3OGGA 1V6XA 4H9WA 4JRAA 3DGTA 1TOOA 3CA0A 2FFVA 4YZ3A 3VKNA 1FGAA 4XDQA 4I96A 1RMLA 2SBAA 1IJTA 4TYSA 4CTEA 1YBIA 3ZXJA 1II4A 4J2XA 2ZMLA 2MIBA 3D4KA 3IPVB 3ILFA 4L4IA 4I4SA 2DRYA 2AAIB 4UW6A 1D0HA 1VIWB 1S0CA 1PWAA 3SNVA 2KKIA 3BRDA 3R4UA 1PC8B 1RIRA 1HWPB 1XYFA 5EHAA 3M1HA 1DBNA 4LBOA 1CPMA 1MR5A 1JOJA 3A22A 2YXSA 1B09A 3EF2A 2D44A 2ZGMA 4EFPA 3BIWE 1PZZA 3CAHA 2GO2A 4QC4A 1W6PA 3V65A 1YIFA 5GJ6A 4WBCA 1DYKA 3TC2A 4K1YA 5BXSA 4L8QA 2JECA 3WG4A 2C5DA 1WW4A 1ITBA 5T5LA 3FJEA 5BQUA 2A71A 4UW4A 3WA1A 3RS6A 3B9CA 3V0BB 1N3PA 3WINC 5KXDA 3FJAA 3UJQA 3WDYA 1E0OA 1F31A 5L73A 1W3GA 1WBFA 3W58A 3O5SA 1S0BA 1SCSA 4CZSA 2D7IA 3M3QA 4YG0A 5GZFA 2EALA 1S0FA 1G9FA 1JYCA 1M16A 3MW4A 4A7YA 3NBDA 3PMEA 4QKSA 1DQGA 2E4MA 3OJBA 2KI4A 3WINA 1ENQA 1OKQA 3BAUA 3M3EA 3OPZA 3F62B 2ARBA 4DRRA 4DFSA 3FJDA 5HCFA 3O4OA 1TWMA 2WLQA 1MD6A 3POKA 4ISQA 4XJUA 5CNAA 3O4AA 3FJFA 1V6UA 1DQ4A 1JT3A 1L2HA 5G00A 1GZWA 3T1MA 4YZ1A 1MZ5A 2A6WA 4JP0A 2E7TA 4R9BA 5EWSA 3I4IA 3FLPA 1WW6A 3USUA 4X37A 3CA3A 2XG3A 4DCKC 2K4AB 4YW2A 2BFHA 4Y1VA 3V64A 2WSUA 4KC3A 2R0HA 3TAYA 5KXCA 1W6OA 4LBQA 5HCBA 4MYEA 3AKFA 1DZCA 1G7YA 4FPLA 2MLLB 2E51A 4DPNA 2CWMA 3PUBA 1SLTA 4LO8B 1JT4A 2NM1A 1DGLA 2VH9A 2FGFA 2EXHA 3QCWA 5E8AA 5D61A 3VT0A 4FPJA 2HW9A 1AVXB 3LTQA 3WZ1A 5T50A 1AJKA 1CR7A 1QDCA 1DZQA 1QNYA 2GZBA 4TZDA 1Z4SA 2D43A 2P3IA 1WUVA 1R8OA 2GMMA 2DV9A 2D3RA 4G9NA 3PVNA 3ZXGA 3QR5A 5DUYA 4D8HA 1BJQA 3TB0A 4YZ4A 1WW5A 4XJWA 5IK8A 2WRYA 3JRRA 2DURA 1HLCA 2UUSA 4OZXA 4R9DA 5EG6C 2X2SA 3KMVA 4J2KA 3H6RA 3PVOA 1ULFA 5FREA 5CAZA 1C1LA 1CPNA 2ZACA 2IWTB 4D0TA 4YM1A 1JW6A 4Y1XA 3WHUA 2DUPA 1QMJA 4A7ZA 1CIWA 3MEPA 5FNXA 1BFCA 3N7KA 2AQZA 3IM7A 2VXTI 2WT0A 1SBFA 1FMMS 1RZOB 1KJRA 3W9TA 4OUJA 1JBCA 4II0A 2DVAA 1ISZA 1W6QB 1VLNA 4YZ2A 3WO2A 3VWCA 3NBCA 2DTYA 2D20A 3RMYA 5T52A 1FYUA 1JLXA 4DEPA 4LO7C 4FP3A 4YM0A 1Q04A 1AXKA 3CA4A 3AZYA 2A6VA 1KNMA 3N3HA 3INAA 1EYLA 4R9AA 1AXMA 5F5QA 1FNZA 4GA9A 4LO2C 3AP9A 1DIWA 3SISA 3I2AA 4ZKTB 4JAWA 3A07A 2ZHMA 3RSJA 2DVGA 4I4PA 1D2SA 2ZGNA 4P0JA 4G6JA 4OW4A 1LJ7A 5H9QA 3O0XA 3M3CA 1SZ6B 1ENSA 2KI6B 2B7YA 5IK4A 4GP3A 2ZGOA 3SNMA 3MW3A 3NBEA 2F8XC 4USPA 3WCRA 3O5WB 3NWKA 1QU0A 3OJVA 3OBRA 2UWBA 1BXHA 1RINA 2ZGPA 2K8RA 1P63A 1S0JA 3FBYA 3DUIA 4LBQD 4EKXB 4AYUA 2ZHLA 3NBNA 3NV1A 2D6NA 4BQ1A 1DQ0A 2ENRA 3HMYA 3HSMA 1GV9A 1YRZA 2RHPA 3SH4A 4LBJA 2JJ6A 3ZVXA 2WT1A 1WCSA 4C1XA 2L5XA 5SV8A 1KJLA 2KH2A 5BP5C 1IHKA 2LALA 4Q26A 1A3KA 4FOQA 3AXDA 3WDTA 2ZHNA 3AP6A 2ARXA 3CRHA 3POYA 4HJJA 2W68A 1AJOA 4I4QA 4HR6C 4IY9A 1YO8A 2Z49A 1VAVA 5T5PA 1LU2A 1F9KA 1N1VA 1QOOA 3ILRA 3RG0A 3WV6A 4JKQA 3A0KA 4FPHA 1ENRA 5H9RA 4U36A 3U4XA 1LOFC 1GNZA 2BQPA 2YV8A 1ISXA 4FPFA 4FPYA 41BIA 4ZFUB 1BFBA 1IKPA 2Q5TA 2G4IA 2UU8A 2VW1A 1LECA 3VV1A 1W6PB 1HQLA 2JD4A 3ZSJA 3C9ZA 5I1BA 4BMBA 3PG0A 31BIA 2VLCA 4M3CA 1GBGA 4WVWA 4ATEA 1IRPA 5DZGA 2RSTA 2EXKA 3CU1B 4X38A 1FV3A 1LOFA 3AXEA 2VXRA 1SLAA 4GWMA 1AFCA 3V0AA 5AVAA 3BAOA 2DVDA 4ITCA 2AYHA 5GZCA 1MC9A 3FJJA 3WDUA 5JLVA 3OYWA 3AFKA 5JMCA 3ZYPA 5FNWA 1JT7A 1QGLA 1PUUB 5IUQA 2W52A 2DUQA 2X2TA 4GAIA 1C4RA 4DRVA 1JHNA 1RY7A 1J0SA 4I7IA 5BXRA 1YXWA 3UJOA 1ABRB 1CQ9A 4P9YA 1MS4A 1QOSA 3B3QE 4OWLA 2AENA 3HALA 1BFGA 3I2XA 1ZA4A 2D3PA 2P34A 3N35A 2OW4A 1HIBA 1BZWA 1DLLA 3WMUA 3JU9A 1CVNA 1A78A 1YTOA 4RA0A 4D69A 3VKLA 2A70A 1J1TA 4K21A 4Y1UA 3ZX7A 2F2FC 1AVWB 2PHXA 2A5ZA 1JQZA 2AGSA 1JXNA 4GALA 1SFYA 2DU0A 1QOTA 3L2YA 1S0EA 2GNMA 3GALA 1LOGA 5H9PA 1S0IA 3LSDA 5DUVA 2AR6A 1YF8B 4AVTA 1KRIA 5DSSB 1TFMB 4YW1A 3W59A 3KM5A 1LGBA 2AFGA 1N1TA 2D6PA 4YGDA 1SACA 2CYFA 4EFQA 1F5FA 3WLUA 1SCRA 3O4DA 2D7FA 1JT5A 4XBQA 2KLLA 4P9XA 1W6OB 4LBQB 5DUWA 4IQPA 3WG2A 1ISYA 4R6UB 1QXMA 4ZBVB 4LO0C 4OEEA 5GLTA 1O4ZA 1APNA 2BEBA 4OEGA 3AH2A 3VSFA 1PZ9A 1DQ2A 2XB6C 2DYCA 1S1AA 1W6NA 5F90A 4Q1PA 5BXPA 2ESUA 4FGFA 2ZGQA 2D6KA 2P3JA 2ZA9A 1LOBA 3IKWA 1TIEA 2R9KB 4FPOB 4AGRA 2FFUA 2FDBM 3SH5A 3UJ0A 4YGEA 4C1WA 2PHRA 4KEIA 4GP0A 1ONAA 1PZ7A 1LOEA 1TEIA 4FOWA 1GZ9A 1UL9A 1KDKA 3Q7YA 1S0LA 3ZPYA 2IHOA 4FQ4A 2Q3NB 4A7KA 3FJHA 2NMNA 4AN6A 3AH4A 4XE9A 3FLTA 3SITA 1V6KA 1GGPB 3N7JA 5T54A 1GSLA 1MVQA 4QKRA 3FFZA 1LEDA 2OUHA 3VT2A 4QD2B 2A3WA 1Q03A 1UZYA 3IIRA 4ZA3B 2CL2A 3WUCA 4YLZA 4DENA 3V79C 1O4YA 4IY8A 9ILBA 1LEMA 5JVVA 21BIA 2D6LX 5DVHA 1NZKA 3PVEA 2VY0A 2DUOA 4AGGA 3F1RA 4HANA 4G1RA 1V6VA 7I1BA 3ZSLA 5EC5A 2DU1A 4BLIA 2TEPA 3KQRA 2NN8A 4Q9PA 3AP7A 5KXBA 1BYHA 2ZMNA 2UWCA 2DWRA 4FPCA 1WLWA 3AYEA 3NV2A 1BFFA 1IKQA 2LIQA 2ZKNA 2P3KA 4GWNA 1AZDA 1C1FA 4PQ9A 4BM8A 1V6LA 2ZMKA 3Q7WA 3IPVA 1SLCA 4LBMA 2A6ZA 1DYPA 4ISRA 2CTVA 1N3QA 2GMPA 1AX2A 5JOWA 4R9CA 1KQRA 5DZFA 2PHFA 2ERMA 3WUDA 4OWJA 1T9FA 3NV4A 1BLAA 4YW4A 1WBAA 1MS3A 1LOCA 5DG2A 4XBLA 1GICA 4BMEA 3I29B 2ZGSA 1PUMB 3WOGA 4NO4A 4XIKA 1EPWA 4AVVA 2ZGKA 4M3CE 2W39A 2K43A 2LIEA 1AXZA 2VW2A 4I4OA 3IM0A 1TTUA 4U2AA 1NUNA 3AZVA 2Z42A 5DZEA 4XYXA 4KEJA 4M01A 2GNTA 3ZSKA 1ONKB 4QO3A 3ZXFA 1ULEA 3R4SA 3JUUA 1JUIA 3H6QA 2ERFA 1GZCA 3OY8B 2WJSA 1SLLA 2VW0A 2D3SA 4I4VA 4XIOA 1XHBA 3D5OA 2NVHA 4YW3A 3OBTA 3T1LA 1V6JA 3Q9OA 2WT2A 5CB7A 4Q1RA 1AX0A 1BASA 1UPSA 1ZM1A 4LBLA 4QBVA 3WHTA 2DRZA 1DQ1A 5F8WA 4DQAA 1YI7A 1X50A 3BAVA 4I4YA 3SH3A 3BRFA 3AJ6A 4F83A 3MW2A 1UKGA 1UAIA 3ZC9A 3AJZA 1V6WA 4GOYA 4GXLA 1R1ZA 1W0PA 1MS8A 1DQOA 1BARA 4TLPA 3UJ4A 8I1BA 2AREA 3VKOA 2ZHKA 4FOVA 4M3CB 2NMOA 3OJMA 4YGBA 2WBCA 2UWAA 2ZGRA 2DTWA 1BKZA 4AN7B 4XJ9A 5F9TA 3V0AB 2FO1A 1Q8OA 1LHOA 2D22A 4XJAA 3BX1C 3WDWA 3OYWB 1XZZA 3CRIA 2PHTA 2ZGLA 4I1BA 1FN0A 3N0KA 4G6MA 2JE7A 1G9CA 2R16A 1DZDA 2A7AA 1W6MB 4XFUA 3LCPA 3BAGA 3M3OA 4ATFA 2WNEA 5LK5A 2ZBJA 4LO2A 2AXMA 1FWVA 2YMZA 1LHVA 1CE7B 1CONA 2V5YA 3CA5A 1ULCA 4GAFA 2Y9GA 2P2KA 4Y20A 2NP0A 3AZXA 1TP0A 2R49A 4W65A 2A3XA 1QKQA 3ZXEA 2DS0A 2HWMA 4I4UA 5FZUA 2WSVA 3QYDA 4FPKA 4K20A 3S8KA 1IS4A 3N7LA 5JDBA 1Z0HA 1ULDA 3IM5A 1K5VA 6I1BA 1IS5A 1SR4C 1YYNA 3BADA 3UL2A 1WLCA 4I3NA 2ZQNA 3BOPA 3FUQA 3B69A 2I1BA 3UDAA 4PBPA 1MS9A 4LO3C 1DQ5A 1G9DA 4XBNA 1CN1A 3IMNA 4Y24A 3E8LC 3AYDA 1G9BA 2R0FA 1WW7A 1Q56A 1XG6A 5DUUA 4UW3A 5BP5A 1V6IA 4LBKA 1Q8PA 4XOGA 2YZ4A 4XKIA 4LO1C 3RRDA 1W3FA 1JLYA 1H9PA 3GNEA 1CESA 2GALA 4DS0A 4ZXKA 3VKMA 1AVAC 5CBLA 3AP5A 1LU1A 1W6NB 4GKYA 1GYKA 3B9UA 3VT1A 1JTCA 3ZSMA 1DQ6A 1WD3A 1HDKA 4LBNA 4FVVA 4CJMA 5EYYA 4YG3A 3CA1A 4G9MA 5DZUA 3BRGC 1IOBA 3O4BA 1Q8QA 5IT6A 1EVTA 4JPZA 4ZOTA 5BXTA 5GZEA 4XXPA 4XFTA 3UD9A 4HA2A 4Y26A 1HKNA 3WO3A 2CNAA 4I37A 2C9AA 3VKFC 2ET2A 1I3HA 2GMEA 4YFZA 5GLZA 4AGVA 5D63A 5CA6A 3B00A 2RG9B 1SBDA 4ZGRB 3ILNA 1EV2A 4Z8BA 4IZEA 3FJIA 3AKGA 3OGFA 4M00A 3WVJA 4L4HA 4XMAA 2YROA 3B01A 2MC2A 4XTMA 1FQ9A 4JQ0A 4D0ZA 4YFWA 4KBBA 3BB2A 1LTEA 5GAQA 2A6XA 2KM2A 1WD4A 2EXJA 3BODA 5BOWA 3WCSA 3CQAA 1AF9A 4BPZA 4FP2A 5FZYA 4XJ8A 2P39A 1C57A 3AH1A 2GN3A 4FPEA 4USOA 2Q9XA 1GZWB 1LGNA 4I4XA 4PF5A 1NLSA 3ZYRA 4QBCA 3USUB 1S0DA 3K1XA 4Y22A 2D23A 2ZGTA 1UZZA 5T55A 2ZABA 1MVEA 5JOYA 4J2YA 2PELA 2F2FA 2V73A 2ZAAA 1N1YA 3AP4A 1FV2A 2I2SA 1N47A 3CRGA 3PHZA 4PC4A 1GLHA 5BQUC 4IONA 4P6AA 1GANA 3Q7XA 2GN7A 4XTPA 4YGCA 2NZ9A 2JKBA 3BAQA 3APBA 3O49A 1IOAA 1JYIA 4FOYA 2E53A 1MS0A 4Z9WB 1HCEA 1QF3A 3N7MA 4J2SA 4XHBA 3AYAA 2ZGUA 3AJ5A 3RMXA 1W0OA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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