1FV2A

The hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor gt1b
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
KNLDCWVDNEEDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of tetanus toxin Hc fragment complexed with a synthetic GT1b analogue suggests cross-linking between ganglioside receptors and the toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
total genus 106
structure length 451
sequence length 451
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 2000-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1fv2A01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1fv2A02
2ZGLA 1Q04A 5DZGA 4LBQB 4YFWA 2H0BA 1S0EA 3FJ8A 4G9NA 1MACA 1J0SA 1Z4SA 3OPZA 3FJHA 3HSMA 4I3NA 5DG1A 3ATGA 1RITA 1YRZA 2HWMA 1G9FA 1JT4A 5CBLA 4R9DA 1N47A 4ISRA 1LGBA 4Y20A 1Z78A 1S0LA 4XIOA 1S0CA 5JOXA 2UURA 3LSDA 1QNYA 2XG3A 3PVOA 2JECA 4AGRA 3JUTA 3C2UA 1UN1A 2OW4A 4G6JA 1N3OA 4XBLA 1G82A 1JBCA 2VY0A 3I29B 1APNA 4FOYA 3AP4A 1GSLA 5E89A 3QCWA 3V0BB 4FPYA 2A7AA 4Q2FA 4GKYA 1U0AA 2P3KA 3FJCA 2LTNA 4RA0A 2IWTB 2BFHA 1QQKA 1G9BA 1W6QB 4R9BA 6I1BA 3USUB 2NN8A 4JCKA 5BVPI 4QC4A 4QBCA 1W6NB 3IPVA 5DUUA 2YZ4A 3FLRA 4FOVA 1EPWA 1UZYA 2D1ZA 3R4SA 3H6SE 1N1TA 2UUSA 3NV4A 4YM2A 4CTEA 2D3PA 2E53A 4I96A 4G1RA 4P9YA 1HCDA 4C1XA 4IHZA 1IS3A 2NM1A 3CQAA 2FFVA 3AKFA 4YG6A 4YGEA 1Q03A 3WHUA 2GNMA 4YGCA 2ZAAA 1DZQA 1FN0A 2AUYA 2GNDA 5HPZA 4R9CA 4ZXKA 1N4KA 2P2KA 3DUIA 1HKDA 3IAGC 1V6WA 3CA5A 4KC3A 4TYSA 3FJIA 3BB2A 1W6MA 1QDCA 1XQNA 5DUYA 1LENA 1WBLA 4DPNA 1M16A 4HJJA 2E4MA 3KQRA 5FRAA 3PG0A 2ZQOA 4GWNA 1Q8VA 2A71A 3OJ2A 3VWCA 4OUJA 3ILNA 4QKRA 2XB6C 2LALA 3AJYA 4I7IA 3O12A 4P0LA 3K1XA 2Q5TA 2DVGA 1W0OA 1ISWA 1FAYA 4QBVA 4UW4A 3POKA 1JOJA 5JDBA 2D6MA 5GZFA 5FZUA 1LOFC 2AR6A 4BM8A 1IS5A 3NBDA 1Q8QA 1DJSB 2P3JA 1AFCA 3BODA 4AVSA 1FNYA 3VT2A 1RY7A 3WCRA 1ITBA 3BA7A 3AYCA 1LHWA 5BP5A 1TFMB 4USOA 4UW6A 1JYIA 4J2YA 2WBCA 4XXAA 2YV8A 2YROA 4XHBA 5EWSA 3M3CA 1FWUA 1AZDA 2ARBA 1DYPA 1MZ6A 4U2AA 3HN1A 2K8RA 1RIRA 3AH1A 2A70A 1LCLA 2Z42A 1C1LA 3NBEA 2NP0A 3WMUA 4I4PA 5DZUA 1SR4C 3ILRA 2D44A 1LESA 4WZFA 2GALA 3BA5A 3CRGA 4GOVA 3BX1C 1W6PA 3OYWA 3M2MA 1KITA 3FFZA 1S0FA 1LEDA 2DVAA 1IHKA 3RTIB 1AXKA 2BQPA 2DU0A 2ZGSA 2E6VA 3BRDA 4FOWA 1CR7A 1VALA 2R1DA 4XILA 1CONA 4LBLA 2IHOA 1HKNA 1DQ5A 3GNEA 1AX1A 5EYYA 1D0HA 2I1BA 5CB7A 2JKBA 1GICA 3H6RB 1GYKA 1FV3A 2JE7A 4IY8A 3Q7XA 4JP0A 5LK5A 2V73A 5D62A 3FJEA 2AH2A 3OJMA 3V64A 4I4UA 3JU9A 1ENSA 1G9AA 1AXZA 2DS0A 1MVQA 2G4IA 3B01A 2ZGOA 2B7YA 1RG8A 4LO0A 5BQUC 1MS4A 4A7YA 5T52A 4X3AA 2DU1A 4KEKA 3VV1A 3BRFA 2AYHA 3UK9A 2D7IA 1WW4A 7I1BA 4Q8LA 3ZSLA 2PHXA 2ZQNA 1TWEA 4UW3A 4WV8A 3AZWA 1LOAA 2WKKA 2EIGA 2XOAA 1UMZA 1AX0A 1C4RA 1N1SA 4M01A 2BEAA 1WBAA 3ZSKA 1F9KA 1YI7A 1BFFA 5GLZA 2D7FA 4I1EA 5DUWA 3O4BA 4FPOB 2AXMA 2AFGA 1BYHA 1PZZA 3HOMA 4LO3A 1V6OA 2KLLA 5H9QA 2RSTA 2P23A 3N7LA 3I2AA 4YG3A 1IRPA 4M00A 3BIWE 5JMCA 3T1LA 1TWMA 1SZ6B 4LO2A 3VSZA 2FGFA 2DUOA 1DHKB 4I2SA 4Q1RA 1CVSA 1VLNA 1BXHA 1JW6A 2A6ZA 3WINC 1FGAA 1CESA 4BQ1A 1AVAC 2YUGA 4U36A 1AJOA 5F8SA 2EF6A 1V6LA 1KJRA 1Q1UA 3NV1A 4XBNA 1IKPA 1LU2A 3AXDA 4FGFA 5GLVA 1T4QA 4I4SA 3AJ5A 2CNAA 1ONAA 3WDWA 3ZSJA 4II0A 2Y9WC 4Y22B 2UWAA 2D23A 4IQPA 4XFSA 4IONA 4OEEA 1D2SA 1MR5A 3AH2A 4Q8KA 3IM0A 2ARXA 3MW2A 4JPZA 2Y9XE 4Z8SB 4FPLA 3AYAA 5E24E 4ZGRB 4DRVA 1UPSA 2WNEA 5GZDA 3CRHA 1X50A 1PZ8A 1YTOA 3A21A 1S0IA 4ZA3B 4ZBVB 4Q9GA 1HDKA 3WOGA 1ULDA 3LSEA 2TEPA 2NTDA 5AVAA 3KM5A 2RQ9A 4XJ8A 3QYDA 1VAVA 1V6XA 5FZZA 4FPFA 4GALA 4IZEA 4GWMA 4XJWA 2NYYA 3O0VA 2AREA 3WDYA 2NMNA 3GALA 2JJ6A 3FJBA 4CJMA 1B09A 2D43A 1JT5A 2OVUA 3WVJA 3EF2A 2EAKA 1FNZA 3SLIA 2VXTI 1S1AA 5EXOA 3Q9OA 1WUVA 2YY1A 1TP0A 1Z2VA 3ZVXA 1CN1A 1V6IA 4HA2A 3POWA 2ES3A 3CA1A 3WDUA 2A6XA 2WSUA 4FP3A 3AFKA 4KEJA 2W52A 4ZFUB 1MS1A 5FZYA 3RTJB 3WZ1A 1O4YA 1DQ4A 3UJ0A 4F34A 1NXD1 2PHWA 2VU9A 3BTAA 4OEFA 1URXA 3TC2A 3IN9A 1GGPB 4USPA 4FQZA 2D7RA 4ZFYB 1G9CA 1RZOB 3B69A 2VW0A 1RMLA 2GMPA 1Q56A 1DBNA 1SLCA 4NO4A 4L4HA 1ISZA 4ATEA 2ZKNA 1SLIA 1G8WA 4H9WA 4BPZA 5BXRA 1MC9A 1JT3A 4XHXA 3I8TA 1WW7A 2SLIA 5JOYA 3WO4A 2FO1A 2E51A 3O0XA 4DEPA 1QOTA 2WLQA 3A0NA 3FJFA 1S0DA 3ZXJA 1QDOA 4OWJA 5BXPA 2MIBA 4YM0A 2ZMLA 1YO8A 1QGLA 2Q3NB 3I4IA 4Q26A 4LO1C 3WUDA 5DSSB 1AX2A 1DYKA 3CA4A 2ZGUA 2R49A 5IT6A 3MALA 3ZC8A 4J2KA 1NLSA 2ZHLA 1SLBA 1I1EA 2WRYA 2GDFA 2ZGRA 3O5SA 1TOOA 3WUCA 5DUVA 4TLPA 4G9MA 4Q1PA 1TTUA 3BAGA 2FHRA 5BXTA 1CIWA 4I30A 4LBQA 2R16A 1QKQA 1UZZA 1W6OB 1V6MA 1IOAA 1ULCA 1IJTA 1CE7B 2KI4A 1WCSA 4XFUA 4JC1A 3AKIA 3D5OA 2EXJA 3WV6A 4DRRA 5EC5A 2Y9GA 3O4AA 2Z48A 2W39A 3MW3A 5T50A 3PVEA 2VW2A 1DGLA 4I4VA 3SNVA 3UD9A 4SLIA 3RMYA 2Z49A 4GA9A 3O4DA 3B9UA 3MEPA 5BOWA 2PELA 5IK4A 3NV2A 2R0FA 3FLPA 3INAA 1A8DA 1LOFA 2KI6B 2PHRA 1ENRA 3WG1A 5F8YA 2A6VA 2D3SA 4K1YA 1Y7BA 2RG9B 1N3PA 3TAYA 4BMBA 3CA3A 1GZCA 3NBNA 4JAWA 1ULFA 3AP5A 3V0BA 4DCKC 4LBOA 3P6JA 4XJZA 4L4IA 1MS0A 2V5YA 1DQGA 2SBAA 1LHNA 1LECA 3M3EA 4AN6A 2ZBJA 1GNZA 5JOZA 3V65A 4Q9PA 4EB2B 1WBCA 2OUHA 4UW5A 2ET2A 2R9KB 1W6QA 1N1VA 3USUA 3V0AA 4OWKA 3O0WA 1W6NA 5GAQA 5DG2A 1LGCA 1SLTA 5CNAA 1FYUA 1QMJA 5E88A 3OJVA 1DZCA 4Z8BA 5F8WA 5F90A 1GNHA 1SLAA 4I4YA 3S8KA 3ZXEA 3R4UA 4XTMA 2ZMKA 2A5ZA 1SR4A 1AVBA 4NOTA 3ZXGA 3RS6A 2K43A 3W58A 4GAFA 3SNMA 2FFUA 2R0HA 1OFSA 1S0BA 5IUQA 5JVVA 1BLAA 4EEEB 3OJBA 3PUBA 3S8JA 5KXDA 2FMDA 3N7MA 3M3QA 1N1YA 2VSAA 3HALA 4QALA 4ASMB 1EVTA 4Y1YA 2DRZA 3F1RA 3WG3A 2KH2A 3M3OA 4M3CB 1AJKA 2CTVA 4MYEA 4IZXA 3ENRA 1AXMA 1WLDA 1K5UA 1KRIA 4P9XA 1HWMB 21BIA 1FMZA 1IILA 1EYLA 2DUPA 4KEIA 2A3YA 1AVXB 1PUUB 3BAOA 1WD3A 5T55A 1GKBA 4R9AA 1PUMB 1BFCA 1N3QA 5IK7A 3CAHA 3OY8A 3N7JA 2QYIB 1DZDA 3H0OA 3PMEA 3UD8A 3POSA 4CRQA 2D6NA 2QN4A 2DRYA 1YYNA 1L2HA 3BADA 5BQUA 5FREA 3NBCA 4K21A 3RSJA 1FATA 5EYXA 1F31A 3A22A 4HANA 4FQ4A 1XHBA 3LLPA 2CWSA 4WVWA 3OGFA 3WLUA 2DTWA 4JQ0A 2F8XC 5GM0A 5GLWA 3E8LC 4CZSA 2GZBA 1Q8PA 3W9TA 2GMMA 4F83A 5CA6A 1UKGA 3M1HA 2LIEA 3KMVA 1K5VA 4Y1VA 1BARA 2WQZC 2ZGNA 1ABRB 2P37A 4LO7B 4G6MA 1LOCA 1LOEA 4TZDA 2P39A 2YMZA 1LEMA 2ESUA 4XJUA 4I37A 1SCSA 2DTYA 2GO2A 4I4XA 2ZHKA 2JD4A 3JRRA 1BQPA 4FP2A 2HZ9A 2W68A 1UL9A 3HMYA 3A23A 1Q8OA 2X2SA 4I8MA 1ILR1 1O4ZA 4XE9A 3IM6A 4OZXA 5HCBA 3CU1B 1YF8B 3O4OA 1BJQA 1UAIA 2ZGQA 3VUOA 3HBWA 3WINA 4EFQA 4GP3A 1S0GA 4XOGA 4DFSA 5GZEA 4Y1UA 4XJ9A 3BOPA 4DQAA 3H6RA 2C5DA 4D8HA 1SLLA 4AYUA 1MS8A 3UDAA 1KDMA 3APBA 4C1WA 3PJQA 1DLLA 3O5WB 3RRDA 2C9AA 1MVEA 1LOBA 4ZLBB 4YW5A 2AENA 2PHTA 2VXRA 3VKLA 1PWAA 2ZZJA 4PCRA 4YM3A 3AX4A 5IK5A 3Q7WA 2EALA 3N0KA 3SISA 4AWDA 2CWMA 2ZACA 2KM2A 3ZYPA 1UX6A 3NWKA 3WHTA 4P14A 4J23B 4Q27A 5GJ6A 9ILBA 3PHZA 4FPCA 1GBGA 4GOYA 5GLTA 2E7QA 3AK0A 4XBQA 3CRIA 4X39A 2PHFA 1FQ9A 4YLZA 4Y20B 2X2TA 3ZXDA 1GZWA 1JQZA 3TB0A 1MS5A 2GNTA 4Y24A 4XZPA 3QR5A 1S0JA 2VUAA 4YGDA 1KQRA 1DIWA 4JRAA 2AQZA 4LBNA 4Z9WB 3IM7A 3NV3A 4FOQA 2CYFA 4XTPA 1DQ0A 5GLUA 1HIBA 2JDZA 4WBCA 4KBBA 4AGVA 3FGMA 1FX5A 1AVUA 1ENQA 1BASA 4D0ZA 2P34A 2UWCA 2RHPA 1JUIA 5F5QA 3D7WB 2DVFA 3P53A 2D6PA 2ZGPA 3AKHA 3CA0A 5DZFA 4M3CE 1BFGA 2MLLB 1YIFA 3IPVB 1AXYA 3AYDA 3DGTA 1VIWB 2Y9FA 3FJ9A 4XIKA 4YZ5A 2WJSA 1PZ7A 4Y22A 4FPKA 5KXEA 3U4XA 2LIQA 3V79C 2F2FC 2ZGMA 31BIA 3VT0A 2JE9A 2E7TA 4FVVA 1JHNA 3LTQA 2BEBA 3W59A 1SBDA 1SBFA 2A3XA 3AZZA 2DVDA 3AP6A 5T5OA 4XKIA 1ISVA 5EG6C 1JXNA 1WW5A 4XFTA 1HQWA 5H9PA 1W6MB 1JLXA 3BAHA 5T5JA 3N3HA 3BA4A 1LTEA 4Y26A 4DENA 5DXDA 4P0JA 1Z0HA 4LO1A 3N36A 3WO3A 1ZM1A 3T1MA 5G00A 4LBJA 2DVBA 4BMEA 1GLHA 1DQ2A 1HWOB 1IKQA 3ZXFA 3MPPG 1CPMA 3WA1A 2PHUA 3WNXA 1DFCA 4AN7B 5T54A 4BOWA 4LBMA 1SACA 3P6IA 3A07A 4EFPA 2FDBM 1C57A 4AGGA 3N7KA 1LGNA 5DVHA 1LJ7A 3ZPYA 1JT7A 1CQ9A 4K1ZA 1G86A 4YZ1A 1BFBA 1JY0A 1SCRA 3V0AB 1A3KA 2HW9A 3WMVA 3WDXA 4HL0A 4BLJA 3ZC9A 2MC2A 5DZEA 1YXWA 4EKXB 1I3HA 1BZWA 3VEQA 1OQ1A 1T9FA 3FBYA 4ITCA 2A6YA 1HWPB 1MS3A 5T5LA 2OUJA 3UD7A 1AF9A 5JLVA 1DQOA 5GZCA 5H9SA 1NZKA 3N35A 3UJQA 5JOWA 1WW6A 1W6PB 2R1BA 5I1BA 3OYWB 1KDKA 5BXSA 4ZKTB 2WSVA 5GZGA 4H55A 2WT1A 4R6UB 2CY6A 2ZGTA 4I1BA 1MZ5A 3BAQA 1QXMA 3BAUA 1ONKB 2ERMA 2D22A 4ATFA 1BKZA 1JYCA 1LHUA 2E4MC 2NVHA 2VH9A 3POYA 2WT0A 3OY8B 2ZMNA 3ZXKA 1CPNA 2VLCA 2L5XA 3VKOA 2VSEA 5GALA 2ZA9A 1ISYA 4PBPA 2VW1A 4P6AA 5D61A 3UJ4A 3ZXLA 4YZ2A 1LULA 4XDQA 3ZX7A 4YZ3A 4PQ9A 4I4QA 1IS6A 3WG4A 3IKWA 4RL7A 3B3QE 2D6KA 1LODA 1WD4A 1W6OA 2D6LX 3AKGA 2KKIA 4XMAA 1LHOA 4Y1XA 4IYBA 1LOGA 4DS0A 4PBOA 2NMOA 3FJAA 2GN7A 4J2XA 3AZVA 5BP5C 2A75A 2UU8A 4GXLA 4FPJA 5HCFA 4ZOTA 1H30A 4I4RA 3FJJA 5DUXA 1MD6A 4ENDA 4W65A 2I2SA 1G9DA 4GAIA 1AVWB 2YXSA 2AAIB 2W08A 4FPGA 4IY9A 1JN2P 4YW4A 4YM1A 4GKXA 4XYXA 8I1BA 1IOBA 3FJKA 5IK8A 4D69A 3H6QA 1XG6A 1H9PA 3UJOA 5FNXA 4FPEA 1FMMS 4WVVA 2A3WA 3T8SA 1QU0A 4JKQA 4LBQD 1DQ6A 1PC8B 4PC4A 1LU1A 2D24A 3ILAA 2D6OX 4A7ZA 1JLYA 4QD2B 3AP9A 1NUNA 2K4AB 1TEIA 1FWVA 2EXHA 5F9TA 1EV2A 3AZYA 3Q7YA 3SH3A 5T5PA 4XJAA 3IMNA 5D63A 2ZHNA 1QOOA 2DREA 2D3RA 5B2HA 2WT2A 4YOLA 3VKFC 3C9ZA 1KJLA 4JKXB 2ERFA 2HWAA 4GP0A 2GMEA 3I2XA 5KXCA 1RINA 3RQ0A 2DURA 1C1FA 3D4KA 1CVNA 4XMIA 2AGSA 4OWLA 1A78A 1JTCA 1WLWA 1ZA4A 3MW4A 4HR6C 3VSFA 4D0TA 3FJDA 3OBTA 2DWRA 2EXIA 3WCSA 4LO0C 3ILFA 1ISXA 1E0OA 3WO2A 3LCPA 1TIEA 2Q9XA 1R1ZA 1VAMA 4M3CA 1GZWB 3AZXA 3JUUA 3NJ5A 4LBKA 1H9WA 2ZR1B 2UWBA 3WDTA 2CL2A 3R05A 2DV9A 1QNWA 1YBIA 2A6WA 4Y1ZA 4YGBA 3AH4A 3FUOA 1IT0A 3F62B 4AVVA 1R8NA 1QQLA 1W3GA 1OQLB 5H9RA 5E8AA 4X38A 1MS9A 3HR9A 2DYCA 4YW1A 3B00A 4Q91A 4P0KA 4AVTA 1HLCA 2ENRA 3SITA 1F5FA 4P9WA 1IS4A 1M2TB 1WLCA 2GNBA 4XXPA 3ZYRA 3AXEA 3WDVA 4LO3C 3OGGA 3SH5A 4PF5A 1GV9A 3SH4A 3AYEA 4YFZA 3CNAA 4LO8B 4L8QA 1ULEA 3CA6A 41BIA 1SFYA 5SV8A 3O44A 1QOSA 4QO3A 1GZ9A 1IRAX 1II4A 3O49A 3ZSMA 1W3FA 4A7KA 2P3IA 1DQ1A 1V6UA 4LO2C 1VCLA 4YW2A 1XZZA 4YG0A 1KNMA 1QF3A 1G7YA 3L2YA 4OEGA 1ULGA 3VKMA 4QD2C 3T2TA 3VT1A 3RMXA 1WBFA 1HQLA 3D6EA 1V6JA 3AP7A 1HWNB 1P63A 4X37A 1SBEA 3BRGC 4OW4A 3O3QA 2M49A 5CAZA 4EFRA 1BA7A 1PZ9A 4I6IA 1CJPA 4LO7C 3BAVA 4YW3A 5HCAA 1OKQA 4I4OA 4I0YA 3A4UA 2ZGKA 5FNWA 4H04A 1I1BA 5L73A 2ZHMA 3AJ6A 2DUQA 4QKSA 3OBRA 1Q8SA 3B9CA 4M3CF 3AJZA 2ZABA 5KXBA 1V6VA 1V6KA 3IM5A 3UL2A 3WG2A 1J1TA 3FUQA 3RG0A 5EHAA 1FV2A 1LHVA 3IIRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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