1FV2A

The hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor gt1b
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
KNLDCWVDNEEDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of tetanus toxin Hc fragment complexed with a synthetic GT1b analogue suggests cross-linking between ganglioside receptors and the toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
total genus 106
structure length 451
sequence length 451
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 2000-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1fv2A01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1fv2A02
4FPYA 5T5LA 3BTAA 3TAYA 4HA2A 5GLVA 3USUB 3N7LA 1G9CA 3VSFA 2JDZA 5DSSB 5T5JA 4P0JA 1SACA 3AKGA 3IM5A 1BYHA 1UPSA 1CVSA 1FGAA 4FOYA 2PHFA 1A3KA 2KKIA 2A5ZA 2A6WA 5LK5A 3ZVXA 1DQ1A 1RG8A 1QKQA 5EYYA 1JBCA 3SISA 3FJIA 2P2KA 4LO2A 5DG1A 3FJJA 3BAVA 1IS4A 2GMPA 2PHWA 2YUGA 1LOAA 5CA6A 4P6AA 3AZXA 3CA4A 1MR5A 4FOVA 2HYKA 5BXRA 4YFWA 3BRFA 3GALA 4OW4A 5FZYA 4YM0A 4JP0A 1FATA 2ZMNA 5F8WA 3ENRA 2GN3A 1TWEA 2ET2A 3WUCA 1IJTA 1W6MA 2C5DA 2YY1A 4YW1A 4LO2C 4L8QA 3EF2A 3AXEA 4RL7A 1ISXA 3I2XA 2HZ9A 1S0JA 3WG4A 2ZGMA 5GAQA 1V6KA 3W9TA 1CIWA 4RA0A 1LODA 3ZC8A 3U4XA 1ULEA 4HJJA 1K5UA 3P6JA 5FZZA 2C9AA 4ISQA 2GMMA 2DTWA 1GYKA 1I3HA 1FWUA 5T5OA 3PVEA 3IAGC 1AXZA 1SLIA 1IHKA 4R9DA 1W6OB 4AN6A 3RQ0A 4QO3A 1QF3A 2NN8A 2D7FA 4Q26A 3WG3A 2PHRA 1WCSA 3F62B 2FFVA 1SFYA 1SLTA 1N1TA 5GLTA 2DTYA 4BMEA 1EV2A 2I2SA 1WW4A 4I4VA 3FLPA 1JOJA 4I2SA 1G9FA 3WA1A 5DUYA 3UD9A 4GKYA 4DENA 2WJSA 1ZM1A 1GZWB 3ILFA 3E8LC 5F9TA 4L4IA 2PHUA 4FPOB 3HALA 2ERMA 3ZX7A 2H0BA 1SCRA 2ZGRA 3AZWA 2R0FA 1RMLA 3WZ1A 1SLAA 4FQZA 1Z2VA 2NM1A 3ZSMA 1VAMA 3NBCA 1Q8PA 4FPLA 2FFUA 2WRYA 4M3CE 3WO2A 5T55A 4XBNA 4EFPA 1KQRA 2A3XA 4IQPA 1LEDA 2WT0A 4M01A 4TLPA 1N1YA 3OGFA 1LHWA 1LJ7A 1XG6A 1JT7A 3AKHA 5EG6C 1RITA 1ULGA 1S1AA 2FGFA 3VKOA 5GZEA 4GAFA 2IHOA 1JXNA 4I1EA 4P9WA 3O5WB 3POSA 4I4OA 1G8WA 3HSMA 3O4CA 1AX1A 5JOZA 4F34A 4Q9GA 1HKNA 4ZBVB 3JU9A 1S0IA 1BJQA 3AH2A 4I37A 4NOTA 4XMAA 4AWDA 1UL9A 1H9PA 2ZABA 2QN4A 3KQRA 1DHKB 1HDKA 1SBFA 1JTCA 4FP3A 2D22A 5CB7A 4FOQA 3O44A 2D6LX 4WZFA 5KXBA 4UW5A 1AF9A 2ZMLA 3N3HA 3AJYA 3H6RB 3V0AA 1PZ9A 1R1ZA 2WQZC 4NO4A 4LO3A 1KITA 1A78A 3JUUA 3LSDA 3QLQA 2OVUA 3AXDA 4FPKA 4FPGA 1S0LA 3MW3A 1YF8B 1YBIA 1RZOB 1DQ0A 1HWOB 3WG1A 3M1HA 4P9YA 5GM0A 2WNEA 3FJDA 1LECA 3S8KA 5L73A 3O4DA 2BQPA 1X50A 2VXRA 1VIWB 1S0FA 3MPPG 1N3PA 4LO3C 4YZ4A 4LBQA 3ZXDA 3WMUA 5GLWA 1FV2A 2JKBA 1MVEA 2D20A 1IOAA 3VKMA 4QBCA 5FZUA 1DZDA 2VW0A 4K20A 3ATGA 3SH3A 1S0DA 1LHVA 5SV8A 4P0LA 2BFHA 4OWJA 2GNDA 1V6MA 4D0ZA 1WD4A 3PUBA 3IM0A 5EXOA 1VCLA 1BLDA 2DUPA 2NTDA 2AGSA 4FVVA 5FNWA 4EEEB 1MS1A 3OY8B 1HCEA 2D3RA 1W3FA 4LBQD 1SZ6B 2KLLA 5DZUA 3VT0A 3KMVA 1DZCA 4XJAA 3NJ5A 1A8DA 1AX0A 4ZFYB 1SCSA 5H9RA 3AZVA 2ZGUA 4ZKTB 4DCKC 3N36A 1ENRA 4Y1ZA 5JMCA 1DQ4A 1F5FA 4YZ5A 1KRIA 4QD2C 1VLNA 1ENSA 2E6VA 3INAA 4FPJA 2E7QA 4I30A 4LBLA 4F83A 2X2SA 2A3WA 1UX6A 2DU0A 3ILAA 2AR6A 5EC5A 4UW4A 6I1BA 3O5SA 4AYUA 5G00A 2VH9A 3Q9OA 3O0XA 5T50A 4ZGRB 3FGMA 1LOEA 2NZ9A 1Q8OA 3WMVA 3M3EA 1G86A 4YG0A 1LULA 2P3JA 2EXJA 3Q7YA 4YZ2A 1XQNA 3LTQA 4Y22A 3WDVA 4CJMA 2J3PA 4KEIA 2CYFA 3APBA 1R8OA 1D0HA 1AFCA 2XG3A 5CAZA 1ULDA 4HR6C 4Z8SB 3FJEA 3AZZA 4A7KA 3T1MA 2BEBA 2GN7A 4JKQA 5BYNA 3WDUA 5HCFA 1GSLA 4JC1A 1LHUA 1SLLA 1AXYA 1LHNA 2ZQNA 1IOBA 1MS3A 2WKKA 5EWSA 5IT6A 4XFUA 1WLDA 1DQ6A 3O4OA 1NZKA 4XIOA 3N0KA 1HKDA 4XILA 4SLIA 1I1BA 1AJOA 2E4MA 2Z49A 1N1VA 3D5OA 1II4A 4Y1XA 2R0HA 3MEPA 2Z48A 3HOMA 5F8YA 1DLLA 2ZGOA 5JOYA 1PC8B 2WSVA 1FMZA 1GICA 4LBMA 3AP6A 2AUYA 4X37A 5GZGA 3AH4A 2E51A 2UWAA 2ESUA 4YM3A 3SLIA 2P3IA 4G6MA 3ZSJA 1JY0A 4ISRA 1CPMA 2E4MC 4LBKA 4PC4A 3O3QA 3WINA 1S0CA 2Y9GA 1LEMA 2CNAA 2Q9XA 1W6NA 1V6LA 3HN1A 1YYNA 1IT0A 5HPZA 4U2AA 3WDTA 5DXDA 4XJ8A 4G9MA 2Y9FA 4WVVA 2NP0A 2YMZA 1Z4SA 4GAIA 1Z78A 1QDCA 2R16A 3DGTA 4CRQA 3WLUA 3RS6A 2L5XA 3LSEA 3CRIA 2UWBA 4GALA 3VV1A 5DUWA 2VLCA 1BFBA 1G9DA 2F2FA 3O0WA 1QU0A 1C4RA 1S0BA 1YXWA 1Q1UA 3WINC 2D6PA 2A6YA 4XMIA 4YW5A 4XZPA 1IS5A 4AGRA 4XFTA 4Y24A 4D8HA 2LTNA 5HCAA 5IK7A 1RY7A 1U0AA 3VSZA 5D63A 1G82A 3V0BA 4XE9A 4YOLA 1V6WA 1AVWB 4QKRA 2F2FC 5FRAA 1CVNA 2V73A 4OEFA 1APNA 4II0A 1V6NA 4I0YA 3IM7A 4YM2A 4JCKA 4JKXB 4A7YA 4YZ3A 3WV6A 1DJSB 3FJ8A 3M3CA 1EPWA 2E7TA 4R9CA 2GNBA 1CR7A 3IPVB 3SNMA 3M3OA 1F9KA 4XYXA 4PCRA 1LENA 4P14A 1QXMA 1ULFA 1AZDA 2ZBJA 3ZYRA 4ATFA 4QBVA 3PHZA 4EFQA 4J2SA 2AREA 3ZXEA 4PQ9A 1UKGA 1UAIA 4GP0A 3CAHA 2Y9WC 1URXA 4X38A 3ZPYA 1BXHA 1GNZA 1TIEA 1YI7A 4Q9PA 1ULCA 3UJ0A 3H0OA 1K5VA 4YFZA 1W6QB 2A75A 2D44A 4XJWA 3OJBA 2EXKA 1GZ9A 1OKQA 1LTEA 2AQZA 3ZC9A 1HQWA 2DUQA 3BA7A 2DV9A 2VW2A 3OJ2A 1LOCA 2ZHNA 3M2MA 1IS3A 1ISZA 2P39A 1DBNA 1FV3A 2VU9A 1AJKA 1MS9A 4G1RA 2Q5TA 4Y22B 2DREA 4FP2A 4K1ZA 3AP4A 1O4ZA 3NV3A 1M16A 2RQ9A 3D4KA 1ILR1 4Y1UA 1GGPB 4Q2FA 3CA0A 1FN0A 1GLHA 2D3PA 3W58A 4DQAA 5JOXA 3D6EA 1LOBA 3N7JA 1WBFA 1MZ6A 2W39A 2WBCA 4IY8A 4ZA3B 3WO3A 2FO1A 3IMNA 3AYDA 2VW1A 1FX5A 2DUOA 5GZCA 5IK5A 3CRGA 4Q8KA 2WT1A 2OUJA 1UN1A 2GMEA 4Q1RA 3UJOA 5IUQA 3AJ6A 3WHUA 1C1LA 2LALA 4H9WA 1W0PA 2EAKA 4BLIA 2D23A 1N3QA 3VKFC 4EKXB 5T5PA 3N35A 1PUMB 2DYCA 3BODA 4U36A 3MW4A 2XB6C 2XOAA 1BA7A 1XYFA 4UW3A 2CWMA 5F8SA 2PELA 1V6XA 1CJPA 2V5YA 3WCRA 1CESA 1BQPA 3JUTA 1JW6A 1W6NB 3CQAA 5BXTA 3A0NA 4XDQA 3NWKA 4MYEA 3ILRA 1FWVA 3NBDA 2K43A 2NYYA 4USPA 2MIBA 4AN7B 3SNVA 3QCWA 1LGBA 3I4IA 1GBGA 1WLWA 1MS4A 1V6OA 4KBBA 3A21A 1MS8A 1V6VA 2I1BA 1DYPA 2K8RA 4ASMB 3NV1A 5E24E 1G9AA 3C9ZA 3POKA 3BRDA 3ASIA 2AYHA 3H6QA 1OFSA 3W59A 1ITBA 4WBCA 1CE7B 8I1BA 2A3YA 1JT3A 1HWPB 4AGVA 2CTVA 3V79C 4TYSA 4ENDA 1WLCA 3BA4A 2ZGQA 1QGLA 2DVGA 4R6UB 3V0BB 4PF5A 5D62A 2AFGA 4ZLBB 1S0EA 4Q1PA 3FJAA 2OW4A 3RSJA 4IY9A 1G7YA 5GZFA 2FHRA 3V64A 1TP0A 2DWRA 4ZFUB 2A6XA 1JN2P 2W68A 2Y9XE 1O4YA 4JPZA 1W6MB 4I6IA 3LCPA 3A07A 3NV4A 3I8TA 1GV9A 3T2TA 1V00A 1SLBA 4I4RA 3FUQA 4Z9WB 3A22A 4OWLA 4AVSA 1AVAC 4YM1A 3R4SA 4Y26A 1WW5A 3FLRA 5T52A 4IHZA 3OBRA 2FDBM 4XBQA 4GKXA 5GLZA 2EALA 2ZR1B 2D3SA 4IONA 1MS0A 1Q8VA 5DZEA 5B2HA 2ZGTA 3HMYA 4WV8A 1IKPA 5I1BA 3NV2A 5EHAA 4OUJA 1QQKA 2ZA9A 2NMNA 3CA3A 1W0OA 1MC9A 2ZGNA 2GALA 3FJBA 4TZDA 3RRDA 3WOGA 1DYKA 1FYUA 4YGBA 5JDBA 4XTMA 1NXD1 7I1BA 2E53A 1CONA 1MACA 3AP5A 1TTUA 1FQ9A 3V65A 3OPZA 4QALA 5GALA 1HWMB 2A6ZA 2UWCA 4DRRA 1UZZA 4J23B 4D0TA 4L4HA 1Q03A 4XHXA 3AP7A 5JOWA 2W08A 4IZXA 2EXIA 3ZXGA 2D24A 4J2YA 5CNAA 3VUOA 3FUOA 4LBOA 4HL0A 2DS0A 1WBCA 3MW2A 3UK9A 2VUAA 4I4PA 3T8SA 5GZDA 1CQ9A 1YTOA 1ONAA 1IRAX 3VT1A 1W6OA 5DUXA 4YGEA 4C1WA 1W6PA 2P23A 3I29B 4GOYA 1EVTA 1TOOA 1N3OA 1DQGA 4H04A 4YW3A 1BZWA 2UU8A 3AX4A 1Z0HA 4X39A 1JQZA 1HIBA 1T4QA 4KC3A 2DVAA 4BQ1A 2X2TA 2P37A 2AH2A 2YROA 3MALA 4XJZA 5H9QA 4EB2B 1P63A 4EFRA 3ZSKA 5JLVA 2VSEA 4ITCA 4I4UA 2GNMA 1S0GA 3M3QA 4YGCA 4PBOA 2EIGA 3AZYA 4ZXKA 1IKQA 4YW4A 1DGLA 1BFFA 2ZHLA 4DPNA 3PVNA 3O4AA 1TEIA 1ISYA 3SITA 1GANA 1DZQA 3FJHA 3B00A 2JE7A 4OEGA 3FJFA 3BX1C 2ENRA 3BAQA 2GNTA 5BXSA 4BOWA 3K1XA 3O4BA 3V0AB 2OUHA 3WCSA 3ZYPA 4GWNA 2DVDA 4FPFA 3B3QE 5BP5A 1ISWA 3SH4A 4YG3A 2PHXA 5BOWA 3CA6A 1AX2A 4FPHA 3UL2A 2FMDA 2R49A 1N1SA 4DFSA 3F1RA 1QNWA 3WO4A 5DZFA 2WT2A 2ZQOA 4XJUA 3QYDA 3AYCA 3WDWA 3PVOA 3ILNA 3O0VA 4GA9A 1UZYA 4LBQB 5BP5C 1AVBA 4FGFA 2UUSA 1DIWA 2RG9B 1LGCA 3S8JA 1V6JA 2GDFA 3PG0A 2ZHMA 4I4YA 4I1BA 1VAVA 3OYWA 3FJKA 3CA1A 4I96A 3AYAA 4ATEA 2HWMA 4R9BA 1PWAA 3JRRA 1ABRB 2K4AB 4ZFWB 5JVVA 3H6RA 1H9WA 1PUUB 4XXPA 4AGGA 5AVAA 3AYEA 2YV8A 1V6IA 5E89A 1Q8SA 2HWAA 3AP9A 2D7RA 5DVHA 4UW6A 3ZXFA 2JJ6A 4QD2B 5CBLA 4LO8B 1WW6A 4FOWA 3CU1B 1J1TA 4PBPA 4Y20A 3AJZA 1JLYA 2DU1A 3AKIA 3UDAA 4AVVA 3RTIB 3RTJB 4XTPA 4H55A 1Q04A 4M3CF 4YZ1A 4K21A 3FJ9A 2D7IA 3AJ5A 1DQOA 2Q3NB 4KEJA 1F31A 3OJMA 1LOFA 2HW9A 1LESA 2JECA 4XJ9A 4I4XA 3B9UA 4K1YA 2WSUA 2DRYA 1QNYA 3O49A 1C1FA 3TC2A 3C2UA 2D6NA 5DG2A 4XXAA 2ZACA 5FNXA 4J2XA 3L2YA 2DVBA 3FBYA 3OY8A 3D7WB 3RMYA 4I8MA 3A4UA 1LOFC 2ZKNA 2AAIB 1MZ5A 3OGGA 1GZCA 3HBWA 2QYIB 4OZXA 3ZXKA 1YIFA 1WBAA 3UD7A 3GNEA 1J0SA 1KDMA 1AXKA 4LO7C 1LOGA 1T9FA 3PMEA 1W6PB 4OWKA 1LU2A 3VKLA 5KXDA 5IK8A 1QOTA 5DUUA 2G4IA 1LCLA 3UJ4A 3POYA 2WLQA 4XBLA 3WG2A 1HLCA 1WUVA 1IS6A 1V6UA 1AVUA 4JAWA 2R1BA 2PHTA 2R9KB 3UD8A 1JYCA 1HQLA 3CNAA 1YO8A 1PZZA 4P9XA 4GOVA 2ZGKA 2EF6A 4CTEA 1JT5A 3BOPA 2KI4A 3N7KA 2P34A 4D69A 1WW7A 2A7AA 4YLZA 2UURA 4Q27A 4Z8BA 3AK0A 3RG0A 1OQLB 4LO1A 4J2KA 1D2SA 3FFZA 5T54A 2ARBA 1WBLA 3TB0A 2A70A 3PJQA 3R4UA 2D6MA 4M3CA 2D1ZA 4DEPA 3HR9A 3ZXLA 2VSAA 1IRPA 4IYBA 3BAOA 21BIA 4BM8A 2ARXA 1SLCA 2CL2A 2LIEA 3ZXJA 2VXTI 5BXPA 3B9CA 4XIKA 4LO1C 3WDXA 2LIQA 2R1DA 3B01A 4GXLA 1BFGA 1HWNB 1ENQA 2A71A 2W52A 1ZA4A 4OEEA 1LU1A 5GLUA 2AENA 3A23A 1IILA 5GJ6A 4FPCA 1GKBA 1N4KA 2NMOA 4R9AA 4Y1YA 4A7ZA 2DURA 1MD6A 3BRGC 1BASA 1DFCA 4LBNA 3OYWB 3CRHA 5EYXA 5DUVA 3VEQA 1QOOA 1N47A 1QOSA 2P3KA 4YW2A 4USOA 2NVHA 1BFCA 2KI6B 4I4QA 3USUA 2GZBA 1M2TB 5KXEA 4HANA 3N7MA 5HCBA 2D43A 4YGDA 3WDYA 3Q7WA 4FPEA 1WD3A 3B69A 4Y20B 3VWCA 3NBNA 2AXMA 2ES3A 1QMJA 2MLLB 3OBTA 2BEAA 5KXCA 2DRZA 3O12A 5FREA 1OQ1A 1CN1A 4YG6A 3FJCA 5F90A 3WUDA 1DQ5A 3A0KA 2ERFA 1W3GA 1XHBA 2JD4A 3WVJA 1TWMA 4GWMA 3BAGA 2MC2A 1BKZA 4XFSA 1LHOA 1E0OA 2CY6A 1R8NA 4ZOTA 1VALA 4Q91A 4BLJA 3DUIA 2ZMKA 3IM6A 2RHPA 1JT4A 4LO7B 3CA5A 5H9SA 1FNZA 3BADA 1Y7BA 3WNXA 4QKSA 1MVQA 4I3NA 1SBDA 5F5QA 1RINA 3T1LA 1JYIA 1ONKB 2IWTB 3LLPA 2TEPA 4I4SA 3R05A 2YZ4A 3BA5A 1XZZA 2EXHA 1KDKA 1G9BA 1RIRA 3IPVA 1SR4A 4M00A 3RMXA 1AXMA 1EYLA 4DRVA 3VKNA 4G6JA 2ZGPA 1PZ7A 4P0KA 1W3AA 3BAHA 4QC4A 2RSTA 3QR5A 1KJLA 1HCDA 1QQLA 5E88A 3VT2A 2ZZJA 1B09A 2A6VA 1JHNA 1SR4C 2M49A 3UJQA 1W6QA 2SBAA 3I2AA 4DS0A 1CPNA 1DQ2A 1NUNA 3IKWA 1ISVA 4AVTA 3POWA 1BARA 31BIA 1GNHA 3Q7XA 4XHBA 4LBJA 1BLAA 3P53A 4BMBA 1FNYA 1TFMB 3BAUA 1QDOA 1FMMS 1KNMA 4JQ0A 4CZSA 3KM5A 2CWSA 3SH5A 4BPZA 4G9NA 2YXSA 1NLSA 4XOGA 4GP3A 1LGNA 1GZWA 2ZAAA 4FQ4A 2VY0A 2JE9A 5BVPI 1JUIA 1YRZA 1L2HA 2KM2A 4M3CB 4Y1VA 3H6SE 2B7YA 2D6KA 1C57A 4C1XA 4LO0A 4X3AA 4I7IA 2Z42A 3ZSLA 1I1EA 1KJRA 1AVXB 3AH1A 3P6IA 2ZGSA 1MS5A 3BIWE 1Q8QA 1SBEA 4JRAA 9ILBA 5BQUA 1DFQA 1Q56A 3WHTA 3IN9A 5IK4A 4IZEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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