1FV3A

The hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor gt1b
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
KNLDCWVDNEEDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of tetanus toxin Hc fragment complexed with a synthetic GT1b analogue suggests cross-linking between ganglioside receptors and the toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
total genus 108
structure length 451
sequence length 451
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 2000-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1fv3A01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1fv3A02
1AXMA 1ENRA 1SBEA 2ZAAA 4II0A 4WVVA 4FPLA 2ZABA 3MW2A 1UX6A 3NBCA 3OJMA 4J2YA 2I1BA 3B69A 4XKIA 3ZXKA 1TP0A 3IM5A 3OBRA 3VSFA 1S0FA 4YM1A 3N7KA 1V6KA 1BARA 5GZDA 1SZ6B 5T55A 4XJ9A 1A3KA 4DQAA 1IS5A 1BFGA 2WQZC 5DUWA 1Q8VA 2AQZA 3LTQA 3M1HA 1VCLA 1HKDA 2LALA 3AX4A 4IQPA 3A23A 5EG6C 2OUJA 4ZFUB 3FJDA 3AYAA 4P9WA 5E8AA 1AX1A 1SLCA 3BOPA 2P3IA 4I4XA 3UJ0A 1CPNA 1S0DA 3ASIA 4Z9WB 1DQ2A 5GLUA 1LOAA 2R1DA 1S0IA 2ERFA 1LHUA 3RMYA 4XMAA 2TEPA 3ZVXA 1LHVA 1S0JA 4PCRA 2A6YA 2L5XA 1SACA 3C2UA 1JY0A 1WUVA 3JU9A 1ILR1 1LTEA 1LGCA 2D7RA 5DG2A 1S0EA 3VT0A 2I2SA 4Z8BA 2ZQOA 2D6NA 4FP3A 2ET2A 3OJVA 3RRDA 1N1VA 5CA6A 1AVBA 4FPOB 5CB7A 1DJSB 2ARXA 1QNWA 3HSMA 2D23A 3FBYA 3WO4A 2JDZA 4LO2C 4BOWA 1XZZA 3K1XA 4USOA 4PC4A 3T8SA 1HWMB 2RSTA 2BEAA 5FZYA 1MS1A 5KXCA 4I0YA 5HCFA 2DU1A 4I1BA 3BODA 4M3CA 1FYUA 3OPZA 3FJ8A 3AKIA 1ULDA 1C57A 4Q9PA 3ZSJA 2Z48A 2VY0A 1LESA 1ENSA 4Q91A 1Q8OA 3T2TA 1MZ5A 3VT2A 2OW4A 4QD2B 1AF9A 3OBTA 4G6JA 2Y9GA 1GZCA 3UDAA 4YGBA 1HLCA 4GXLA 2KLLA 3WDXA 1FX5A 3UJOA 4LO2A 1Z4SA 1ISXA 3AYDA 4XTMA 1LOCA 2A71A 4YM3A 2GZBA 3B00A 4X39A 5F90A 1BXHA 4M00A 3NV3A 4K1ZA 5L73A 2YXSA 4I96A 1DYKA 2W68A 3W9TA 2V73A 4LO0C 2ZMNA 3UL2A 3IM0A 3WG4A 2PHWA 2GNMA 2Z49A 1S1AA 5IK5A 1QQKA 1BFBA 3POKA 1SFYA 3N0KA 1GZWB 4XJWA 3OGGA 2P37A 1LENA 3FJJA 3VV1A 2ZHKA 4ASMB 3ZSKA 1GBGA 4YZ3A 1AJOA 2WSVA 2DUPA 4PQ9A 2V5YA 5F8WA 2UWAA 2C9AA 1MS8A 3CRHA 5H9QA 3FJAA 2W52A 4J2XA 2ZGPA 1QXMA 2WJSA 1T4QA 1G9FA 3M3QA 1LOFC 2ZQNA 4I4RA 4LBLA 1LOEA 2XG3A 3ZXLA 2CWMA 4GP3A 1YF8B 4I3NA 3WO3A 2DVDA 1CIWA 3SITA 1IS3A 5T5LA 1ZM1A 2VH9A 4TZDA 4JKXB 3WNXA 3FJEA 5F9TA 4BPZA 5FNWA 3ZSMA 5EWSA 3PG0A 4Q8LA 3NV2A 1TWMA 1LU2A 4YZ1A 5GM0A 3CA5A 1WW7A 1DHKB 4LO7B 4I1EA 2K4AB 1FAYA 4YZ5A 2A3XA 2BFHA 1TTUA 3W58A 2R9KB 3IKWA 3AZXA 1RZOB 3HN1A 3WV6A 3N3HA 2HW9A 3FFZA 4FOWA 1FQ9A 2ZGQA 3CA3A 1BKZA 2A6XA 4DRRA 4RA0A 1W6OB 3O4BA 4Q27A 3A0NA 4AN7B 1AVUA 1W0PA 4ITCA 2GNDA 4SLIA 1RG8A 1ULCA 1V6MA 4YFZA 5KXDA 1V6IA 2EXJA 2VW0A 4IONA 1WBAA 1QNYA 4FQ4A 1UKGA 1DGLA 3V0AA 3AK0A 2AFGA 1YI7A 4XJUA 4PBOA 5B2HA 1AZDA 5GLWA 5H9RA 3V0BA 1HWPB 4G9MA 1HQLA 2DU0A 1LHWA 2DV9A 3WMUA 1DQ0A 3MW3A 1MZ6A 4BLJA 5FZUA 3P53A 1FV3A 4XFSA 4EB2B 4XZPA 3WDVA 1URXA 3VT1A 3A0KA 1FN0A 3DUIA 2NTDA 2ENRA 1SBFA 1H9PA 1MS5A 5DZUA 2JE9A 1QGLA 2ZGSA 5JOWA 5CAZA 2FHRA 5D63A 2D22A 3B9UA 5DVHA 2D20A 1UZYA 4L4IA 1Q8PA 41BIA 2E4MC 4LBKA 4OW4A 4HJJA 1LODA 3Q7WA 4I30A 1R1ZA 2ZGKA 4YW1A 3IM6A 4J2SA 1DQ4A 4Y20B 1Q1UA 3IAGC 3BIWE 1BLDA 1OQLB 4ATEA 2DRZA 1AXYA 1AFCA 3B01A 1Q8SA 3CRGA 4ZA3B 2CWSA 5GLVA 3H6RB 4FOYA 3BA4A 5GZCA 1NLSA 4HR6C 1W6NA 4IY8A 4FPFA 1FMZA 2VW2A 1LULA 1W6QA 4M01A 1W6MA 4EFPA 2E4MA 2GO2A 1MC9A 4Q1PA 4FOVA 5JMCA 5KXBA 2VUAA 2EALA 2YY1A 2M49A 1DZCA 1VALA 3TB0A 1WCSA 4OUJA 3N7MA 1XHBA 5AVAA 4F83A 4UW5A 3WO2A 2JE7A 5T54A 1MS0A 1CQ9A 3GNEA 4DRVA 1RY7A 6I1BA 1H9WA 5GAQA 5FREA 3A22A 3WG2A 2WT0A 1LOBA 1S0BA 4TYSA 4I4PA 4J2KA 1F5FA 3AP5A 4JC1A 1HIBA 2A7AA 4XOGA 1Q56A 4GWNA 3CA1A 3D5OA 2AYHA 2IWTB 3OYWA 1Q03A 2FO1A 1DQ6A 2QN4A 1W3AA 2HWAA 5HPZA 2P3JA 4KC3A 4LBNA 3O4AA 4Y1VA 3WUDA 5JOZA 5I1BA 3KM5A 2LIQA 3FLPA 4YFWA 1GSLA 1JXNA 4FVVA 1SBDA 1DIWA 1EVTA 4KEIA 4Q26A 5IK8A 4M3CF 3B3QE 1YBIA 1KJRA 3WA1A 3AJYA 1A8DA 1MR5A 2EXKA 4C1XA 4OEGA 2P23A 3BRFA 4WZFA 4U2AA 3APBA 3JUUA 1X50A 1Q04A 3QR5A 1FV2A 1BQPA 1PUUB 1YYNA 1S0LA 1GZ9A 1G86A 1QQLA 4Y22B 1M2TB 4WVWA 4ZBVB 4BQ1A 1GV9A 2HWMA 3F62B 5DZEA 3CU1B 1TIEA 4CTEA 1LEDA 1EYLA 4XXPA 3INAA 4J23B 3T1LA 3R05A 4H55A 3N7LA 4GWMA 4G1RA 4YOLA 3NV1A 3A4UA 4U36A 4P9XA 1H30A 4ISRA 4FPCA 1IRAX 4LBQB 1CESA 3WHUA 1W6PB 4YZ4A 3RTIB 3IPVA 1AVAC 2PHTA 3ZXJA 3UJ4A 5GLZA 2D44A 3O0XA 1TFMB 2VLCA 1BYHA 3NWKA 1IS4A 3WDYA 5IT6A 1DYPA 3ZYRA 2D7IA 2F8XC 2AR6A 2R0FA 3ZYPA 3M3OA 3AKFA 4ZGRB 4EEEB 2GNBA 2DVGA 2DREA 3BAVA 3N35A 1W6OA 4GKXA 2B7YA 1WBCA 3WMVA 4XBLA 1JTCA 3ZC8A 3FJHA 1QMJA 2R0HA 4LBOA 5JDBA 1EV2A 1AJKA 4DCKC 3N7JA 3H0OA 1NUNA 5T52A 3AZVA 2NP0A 4KEKA 5BP5C 2GN7A 1AVWB 2Y9WC 4FQZA 1N1YA 3I2AA 4IHZA 5HCBA 2VU9A 5IK4A 1CE7B 4AWDA 3B9CA 3ILAA 2KI4A 1ULFA 4GP0A 2A5ZA 2GNTA 5T5OA 3IN9A 1MS4A 3AKHA 1IKPA 4WBCA 3I2XA 3ENRA 3O0WA 4YM0A 1CJPA 1MS9A 1J1TA 3LLPA 1FNZA 4Q1RA 4FOQA 2YMZA 2Q3NB 2EIGA 1V6LA 2YZ4A 4GAIA 1HCEA 2RQ9A 5BP5A 4X38A 2K43A 1ABRB 2D24A 4ZOTA 3FUQA 3C9ZA 3RSJA 8I1BA 1U0AA 3AFKA 3FUOA 2A3WA 4AVVA 3IIRA 1JOJA 4IY9A 4YGDA 3V79C 2NVHA 4HL0A 3USUA 4FPJA 1OQ1A 3IMNA 4ZFWB 3IM7A 5DZGA 1DBNA 4LO8B 3AP6A 2VSAA 4JAWA 3H6RA 3PHZA 4XXAA 3ZXEA 1JT5A 1NZKA 1K5UA 2CTVA 1JBCA 2KH2A 2F2FC 1PZ8A 3ILRA 4OWKA 3AZWA 5DUUA 5GZFA 3HMYA 5GZGA 3M3CA 2ZGTA 1TEIA 1CN1A 5DUVA 2Q5TA 4I4SA 4EFRA 3OY8A 1BZWA 2ZZJA 1GICA 2Y9FA 2VXTI 4DS0A 1FNYA 3WCRA 4CZSA 2P2KA 1I1BA 4DENA 2K8RA 1R8NA 4AVTA 3R4UA 3BA7A 3BAQA 2ES3A 4WV8A 2AUYA 1V6WA 1CVSA 2IHOA 3O5SA 2ZGRA 3SLIA 1DZQA 1FWUA 1IKQA 1PZ7A 2WNEA 2YROA 4JRAA 2F2FA 3JUTA 2AGSA 1I3HA 1FWVA 3SH5A 1YRZA 2GMMA 4UW6A 2NN8A 3ZPYA 2D43A 3VKFC 4BM8A 5GJ6A 1WBLA 4P0KA 4FGFA 4YW4A 2E6VA 1BFCA 1CONA 3UJQA 1SLLA 1KQRA 5DZFA 1JT7A 1CVNA 4R9AA 3WINA 4P0LA 5T5PA 3FLRA 3A07A 5EYXA 1JT3A 4OEFA 2D6OX 1MS3A 1QDCA 1VAVA 4GKYA 5H9SA 3ATGA 3E8LC 1RITA 2FDBM 1V6JA 1SCSA 3Q7YA 3BAGA 3VKOA 5E89A 3ZXDA 4YG0A 1G9BA 2D7FA 4HA2A 4MYEA 1D0HA 4HANA 1QOTA 1N3QA 4M3CB 3O0VA 1G82A 3OJ2A 1VIWB 3O4CA 3AYCA 4I4QA 5DSSB 3AH1A 1ONKB 1DZDA 2GMEA 4YLZA 5JOYA 4XBQA 4I37A 3WUCA 4YGEA 3Q7XA 3QYDA 4AGGA 4Q2FA 1ENQA 1SLBA 4PF5A 1HWNB 3ZC9A 4Y24A 1CPMA 2ZMLA 4LBQA 1KRIA 1UAIA 3NBEA 4EFQA 2A6VA 2DVAA 5F8YA 1SLAA 1CR7A 1YIFA 3RS6A 2E53A 2LTNA 3VWCA 4GAFA 2G4IA 1D2SA 3WCSA 1G7YA 4A7YA 4FPYA 3POYA 5BYNA 4QALA 1N3PA 1KNMA 1WLWA 3ILFA 5GZEA 1GKBA 7I1BA 4LO3A 1IOAA 2EF6A 4JQ0A 4QD2C 1W3GA 3AH4A 1WW4A 5E88A 4F34A 2VXRA 2KI6B 2NYYA 4DFSA 2AXMA 4XE9A 2D3SA 3FJCA 3D7WB 1V6XA 4QBVA 1Q8QA 2H0BA 1ISZA 2UWBA 4LBMA 2ZGNA 4Y1UA 1O4YA 4XJ8A 4ZXKA 4FPEA 4KBBA 2UUSA 1GNHA 1JHNA 2NZ9A 5BXRA 2VW1A 4W65A 2X2SA 3BA5A 1WLCA 1PWAA 3OJBA 4NOTA 1OKQA 3NV4A 2ZGUA 3RMXA 5BXTA 1MVQA 4Y1ZA 3PVEA 4FP2A 2HZ9A 2DRYA 3AZYA 4OZXA 2R49A 2CL2A 1ULEA 4JCKA 2JECA 1UMZA 1WD4A 4UW3A 4FPGA 3D4KA 5FNXA 1FMMS 3HALA 1VLNA 2UURA 2D1ZA 2Z42A 3TAYA 4I2SA 1Z0HA 4AGVA 1W3FA 3QLQA 31BIA 3ZXFA 4QKSA 3PVOA 4Q9GA 2D6KA 5GALA 4IYBA 3CRIA 1TWEA 1XYFA 3NBNA 1LGBA 4K21A 2CNAA 3O12A 1GZWA 1C1FA 4OWLA 4I8MA 3V0AB 1F31A 1N3OA 3PUBA 3WHTA 1ITBA 4JKQA 2SLIA 4I6IA 4IZXA 5F5QA 2ARBA 1II4A 3VUOA 1LHOA 4Y1XA 1IHKA 4K1YA 1QDOA 4LO7C 2JKBA 3V0BB 4ZLBB 2Q9XA 5JOXA 3Q9OA 4YG3A 4K20A 3UD8A 2FFVA 1L2HA 2DYCA 3SNVA 4FPKA 1A78A 4AYUA 1DFQA 4QC4A 1VAMA 2XB6C 5EHAA 3I4IA 2GALA 2LIEA 4XDQA 4XJAA 3LSEA 2OUHA 1PUMB 3LCPA 2DWRA 4Y26A 2ZHMA 3AP4A 4BMBA 1HCDA 1Z78A 3FLTA 3HBWA 3WOGA 1GANA 2ZMKA 1KITA 4YZ2A 1GYKA 2GN3A 1SCRA 4JPZA 3WDTA 1V6VA 1ZA4A 3SH4A 3AH2A 1JN2P 3D6EA 1DLLA 2X2TA 1MD6A 3FJBA 2UWCA 3CA6A 1DQGA 5JVVA 1UPSA 1IT0A 4USPA 2PHUA 2A70A 3P6IA 3AJZA 4RL7A 2DVFA 3FJ9A 3KMVA 3P6JA 2DURA 3RQ0A 1WBFA 4AN6A 5DUXA 1BJQA 4QKRA 3VKMA 1ISWA 1DQOA 1MACA 4XIKA 3EF2A 4G9NA 1JYCA 3AJ5A 5E24E 4GOYA 5H9PA 1HDKA 1Z2VA 2CYFA 3M2MA 3S8JA 2AREA 2PHFA 2DVBA 2SBAA 2ERMA 1YO8A 4OWJA 2MC2A 1IOBA 3VKNA 1W6NB 2ZKNA 1RIRA 5BVPI 4GOVA 3L2YA 3MW4A 1JUIA 1T9FA 1W6QB 1O4ZA 4NO4A 4EKXB 3V64A 1N1TA 1W6MB 1V6UA 3RTJB 4C1WA 4GALA 2NMOA 2ZGMA 1QKQA 5EC5A 4GA9A 3DGTA 2JD4A 2NMNA 5EXOA 2GMPA 2Y9XE 2C5DA 1V6OA 1S0GA 4XHBA 1J0SA 1ONAA 3AJ6A 2GDFA 1WD3A 1RINA 1F9KA 2MIBA 1FATA 4FPHA 3O4OA 1AVXB 4JP0A 3OYWB 2XOAA 4R9CA 4XJZA 4YW2A 3CA0A 1JYIA 4XTPA 2WT2A 1JQZA 3R4SA 4D8HA 1OFSA 3JRRA 1P63A 2DS0A 1AXZA 3BADA 2D3RA 3BB2A 5LK5A 3PJQA 1C1LA 3AYEA 1M16A 3UD7A 3VSZA 1IILA 1JT4A 4Y20A 3KQRA 3MALA 4IZEA 4ENDA 1HKNA 4Y1YA 4Z8SB 5BOWA 1KDKA 2PHRA 4KEJA 3WVJA 2A75A 4YG6A 3BRGC 4XHXA 3BTAA 4D69A 1G9AA 5BXSA 4A7KA 2JJ6A 3I8TA 1IRPA 5T50A 2PHXA 1HQWA 2ZACA 1N4KA 3WLUA 1LOGA 2DTWA 3PVNA 3ZX7A 2VSEA 4ZKTB 3VKLA 1AXKA 2FMDA 2BEBA 1BFFA 4BMEA 1I1EA 4I4YA 3FGMA 2P39A 1YTOA 3SISA 4PBPA 3WG3A 1LJ7A 1GLHA 2WT1A 4LO0A 4ZFYB 3WDWA 4P14A 1LEMA 2R1BA 1UN1A 4YGCA 3O49A 3WINC 3BAHA 1WLDA 4P0JA 4M3CE 4BLIA 4TLPA 2ZGLA 1GGPB 1B09A 3A21A 1NXD1 2P34A 1LU1A 2UU8A 2DUOA 4DEPA 3IPVB 1G9DA 2CY6A 2ZR1B 2YUGA 2W39A 4L4HA 3M3EA 1PC8B 1G9CA 5FRAA 3QCWA 4XMIA 1TOOA 3WZ1A 3V65A 3F1RA 2ZA9A 2ZHNA 3AP9A 4XBNA 4D0TA 1IJTA 1Y7BA 3I29B 4LO1C 3O44A 1LOFA 2D6MA 2D3PA 21BIA 1ISYA 4I7IA 5CBLA 1QOOA 1W0OA 4CJMA 4XILA 4CRQA 3VEQA 2EXIA 5JLVA 4QBCA 4DPNA 2QYIB 2RG9B 3OGFA 3UK9A 2W08A 2MLLB 5SV8A 1BASA 2FGFA 3TC2A 3NBDA 2RHPA 4A7ZA 3NJ5A 3BX1C 1N47A 5IUQA 1WW5A 1R8OA 4H9WA 1PZ9A 3H6QA 4Q8KA 4Y22A 1WW6A 2WLQA 2BQPA 4XFTA 4LO1A 1RMLA 2AAIB 3N36A 4QO3A 2A3YA 5BXPA 4LBJA 4AVSA 4LO3C 4R6UB 3MPPG 4R9DA 2A6ZA 1LCLA 1QF3A 1DQ5A 2R16A 2WSUA 1SLTA 4H04A 5F8SA 5CNAA 1W6PA 4YW3A 2KKIA 1GNZA 1ISVA 3CAHA 4G6MA 2A6WA 4LBQD 3W59A 5BQUC 3O3QA 3PMEA 1DQ1A 1FGAA 5KXEA 4I4OA 4ATFA 3U4XA 2E7TA 1YXWA 2DUQA 1QU0A 3SNMA 4YW5A 1KJLA 2PELA 5DXDA 4P6AA 3ZSLA 3USUB 2OVUA 2ZGOA 3BAOA 1LHNA 1N1SA 3WDUA 2NM1A 3LSDA 5DUYA 2E51A 2AENA 1UL9A 3RG0A 3ZXGA 3SH3A 3H6SE 4AGRA 4OEEA 1JLYA 2KM2A 3FJIA 4XIOA 2FFUA 4X37A 2ZHLA 3MEPA 5DG1A 1AX0A 4R9BA 3FJKA 5FZZA 3AP7A 5BQUA 4P9YA 1PZZA 3UD9A 2ESUA 1JLXA 1LGNA 2EAKA 4ISQA 3AKGA 3POWA 3OY8B 4L8QA 4XYXA 3CA4A 2J3PA 4YM2A 1QOSA 3CQAA 3S8KA 4XFUA 5D62A 3GALA 3ILNA 2WBCA 1ULGA 5HCAA 1SR4C 9ILBA 2YV8A 3WG1A 3O4DA 2EXHA 1SLIA 2HYKA 3BAUA 3HOMA 1UZZA 1JW6A 3AXDA 1V6NA 4UW4A 3T1MA 1E0OA 2ZBJA 5T5JA 2P3KA 3POSA 1HWOB 5GLTA 1XQNA 2D6PA 4I4VA 1K5VA 1EPWA 2E7QA 1V00A 2WRYA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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