1FV3A

The hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor gt1b
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
KNLDCWVDNEEDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
publication title The crystal structure of tetanus toxin Hc fragment complexed with a synthetic GT1b analogue suggests cross-linking between ganglioside receptors and the toxin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
total genus 108
structure length 451
sequence length 451
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 2000-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1fv3A01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1fv3A02
3FJDA 5DUYA 1XG6A 3N7MA 2EIGA 1BYHA 2GDFA 4EFPA 2W08A 3O0XA 2UUSA 1DFCA 1WW6A 2DVAA 1JLXA 5BP5C 4YW2A 2L5XA 4WVWA 2PHTA 1AXMA 2Y9FA 5JLVA 2ZGPA 4XJ8A 3W58A 3CA1A 1CPNA 1JT5A 1QNYA 4WV8A 1Q1UA 1KJRA 3D5OA 1V6VA 3EF2A 4Z9WB 4AN6A 2A5ZA 2CWSA 4TYSA 5GLUA 2VSAA 4YZ4A 5GLZA 3LLPA 3WDTA 1GGPB 3WG1A 3AP6A 1EPWA 3FUOA 1JOJA 8I1BA 2NN8A 3SH4A 3BIWE 2KKIA 2AAIB 1ABRB 4BMEA 5BVPI 1SFYA 1FATA 2D3SA 3ILFA 4F34A 4YGBA 4I0YA 4P0KA 2P2KA 1WBCA 3A21A 3ZSKA 1UKGA 1IS3A 2W52A 3AYAA 3AZZA 4IZXA 3VKMA 1D0HA 2DTWA 3QYDA 4P0LA 2VXRA 3I8TA 2NTDA 1LOFC 2GZBA 4G6MA 4R9BA 4XJ9A 1V6UA 1N3QA 3OBTA 3AZVA 3QLQA 3WO4A 1AX1A 4Q27A 4DCKC 1DQ2A 4YZ3A 1W6MA 4K1ZA 1RZOB 3ZX7A 1RMLA 2SLIA 2D7IA 3BRGC 4AVTA 2Q9XA 3CA5A 3S8KA 4XBQA 4XMAA 3AH1A 3OYWB 5BOWA 2D3PA 21BIA 2BEBA 1C1FA 3NBNA 1BZWA 3H6SE 4F83A 1CESA 1JYCA 1DYKA 4X39A 1YYNA 4ASMB 3BA5A 2Y9GA 3PMEA 1BXHA 3KQRA 4DS0A 2AFGA 5DVHA 2EXJA 2WLQA 2ZZJA 4Q2FA 2NP0A 2DU0A 4XXAA 2ZQNA 2VW1A 4IYBA 1PC8B 2GN7A 2R1BA 1ONKB 4PF5A 1MD6A 4AGRA 1V6WA 4BOWA 4Y1YA 5HCFA 1OQ1A 3FJ9A 1DHKB 3WNXA 1QMJA 1AZDA 2GALA 4A7KA 1IT0A 1CVNA 2KI4A 1G9DA 1LJ7A 1G82A 3INAA 1AX0A 4QD2C 5GLWA 4K1YA 3WDXA 3WHUA 4LO0A 1WLWA 5F8SA 1G8WA 5JVVA 3AP5A 4P9XA 4JAWA 4M3CE 3UJ4A 4I3NA 3MW3A 5CB7A 3WVJA 2YMZA 3ZXLA 4II0A 4UW5A 2AREA 3UD8A 4IONA 5CAZA 1N47A 3HN1A 2ZQOA 1WBFA 4I96A 1W3FA 4X38A 1CPMA 2DUOA 1DQ6A 2EXKA 5JOZA 3SLIA 1SLTA 2E51A 1Q8PA 3FJ8A 2Q5TA 4CJMA 4KC3A 2WQZC 2ZA9A 1UMZA 4SLIA 2NM1A 3W9TA 3FFZA 5GALA 1II4A 3H6RA 4J2YA 3T1LA 4Q1RA 3A4UA 1PUMB 4J2KA 2GNMA 2A6ZA 3H0OA 1LTEA 1QQLA 3WA1A 1UAIA 3WDUA 5KXCA 3WG4A 3ZYPA 3O5WB 2UWAA 5GZFA 2EAKA 4Q91A 5T54A 1W6OB 5BP5A 4ZFUB 4R9DA 4D0ZA 2V5YA 3MW4A 4DEPA 2CYFA 1RIRA 3B9CA 1PWAA 2ZBJA 1EYLA 5E8AA 1F9KA 4AVSA 1LOGA 4H55A 2YUGA 4EFQA 4XHBA 2QYIB 2MLLB 2KH2A 2GMMA 4FPJA 3CRHA 1S0FA 4IQPA 2NMOA 3BA4A 3AFKA 3N7LA 1G9AA 1LU2A 2ZGUA 2P3IA 3T8SA 4UW6A 3CA3A 2NVHA 4DQAA 1G9BA 4M00A 1YTOA 3AXEA 4LO7C 1DLLA 2A75A 4J23B 2DUQA 2IHOA 4I1EA 4M3CB 1O4YA 5CA6A 1EV2A 1W6NA 2GNBA 4ISRA 4XTMA 1PZZA 1FWUA 3DGTA 3CU1B 5I1BA 3BA7A 3WUCA 4FPLA 3AK0A 3APBA 2SBAA 4I8MA 1NZKA 2D6MA 4HA2A 1ITBA 1YF8B 5L73A 1GICA 3ZXGA 4GA9A 5IK4A 4Y24A 1JY0A 4I4RA 1NLSA 4RL7A 1GNZA 2D6OX 1KQRA 3V64A 1TFMB 5DZFA 4WBCA 2KM2A 4K21A 5H9RA 2DV9A 5IK5A 4D0TA 2ZACA 2GN3A 1A3KA 1SBFA 4LBNA 3QCWA 2GNDA 5KXBA 4OWLA 4YG0A 1CONA 4ZXKA 1N3OA 3AP9A 1HKNA 5BXTA 3RQ0A 1AXYA 1W0OA 5DUVA 4YGCA 4FPKA 4UW3A 1LENA 3V0AB 2GNTA 3WO2A 1LODA 4G9MA 1OKQA 1CIWA 1HLCA 4GAFA 5BQUC 2ZMKA 3C9ZA 3HSMA 2P3KA 2ZHLA 4P0JA 1SZ6B 4FP3A 4YFZA 3E8LC 1PZ8A 2Q3NB 2BFHA 3LTQA 1LHWA 2FO1A 4AN7B 4JP0A 2ERFA 2A70A 5FRAA 3RRDA 4X37A 2ARBA 4YW1A 3RG0A 5T55A 1S0DA 1UZYA 3A22A 4QBCA 1N1YA 1AVBA 2F2FC 3CQAA 1P63A 2RSTA 1BJQA 3N0KA 4OWJA 2DWRA 1LGBA 3AKGA 1FWVA 1GLHA 1S0LA 1C57A 1ENRA 5DUXA 1MZ6A 3L2YA 4HANA 2ET2A 1JN2P 5HPZA 3NBCA 4YM3A 3FJCA 3JUTA 2ARXA 4YFWA 1Q8OA 4Z8BA 2D20A 3VT1A 3Q9OA 4FGFA 3F62B 2OUJA 1V6MA 4LBQA 1LHNA 4XTPA 3FJJA 1LESA 2PHXA 1V6JA 2D7RA 1DZDA 4FPHA 1GBGA 4ZFWB 4EEEB 3A0NA 5DSSB 4I4VA 2R49A 1MS0A 3WO3A 4YG6A 1JTCA 1BFCA 4K20A 1LOAA 7I1BA 5FZUA 1GZCA 1UPSA 4LO3C 2Z42A 1F5FA 4Q9GA 2D1ZA 4PC4A 3VEQA 1JHNA 3I29B 1BASA 1TWEA 4XDQA 1QOTA 3AZXA 4WVVA 3BOPA 2K8RA 1JT3A 1BFGA 1IKPA 3OJBA 4OWKA 2KLLA 4ZLBB 4I2SA 4FP2A 4Q1PA 2ZMLA 2VU9A 1V6IA 3ZC8A 1GZWA 1WLCA 3ASIA 1DYPA 2A3XA 3SNVA 2E7TA 3VKOA 2NZ9A 5B2HA 3UJOA 4AVVA 1FQ9A 1OFSA 4LBOA 5JMCA 1BFFA 1MS4A 2VXTI 3O0VA 4YLZA 2D6LX 4J2SA 3PVNA 5BYNA 3V65A 3O4BA 2LIEA 3AJZA 3OJ2A 1VALA 1DBNA 1UZZA 4HR6C 1QQKA 5DG1A 1W6MB 1IOBA 2ES3A 4XIKA 3ILRA 1YO8A 4Y1VA 3V0BA 3ILNA 1I1EA 2OVUA 4XE9A 4XFTA 3IIRA 4ZOTA 2P39A 4YW5A 2I1BA 3AP7A 4XOGA 2FMDA 2VY0A 4XXPA 3POYA 1V00A 3AZYA 1TOOA 1ISZA 5IK7A 3OGFA 4ENDA 4I7IA 1PZ9A 2P3JA 3PUBA 4I4PA 2WSVA 2E4MA 3WDWA 1LOBA 1Q03A 5BXPA 1SBEA 1QDCA 2VUAA 4LBKA 1KITA 1X50A 4CTEA 3AJ6A 4XJUA 2BQPA 2GMEA 4NO4A 1IRPA 1V6LA 2GMPA 1Q8SA 3BADA 3LSDA 5HCAA 3HMYA 4D69A 5KXEA 4OUJA 1S0IA 4QO3A 4YZ5A 1W6QB 5CNAA 2DUPA 1EVTA 2ZHNA 3VSZA 5T50A 1RITA 4G9NA 1R1ZA 2R1DA 1SCSA 4I30A 2CNAA 1L2HA 2BEAA 1TIEA 2LALA 4BMBA 1QF3A 1Q8VA 1FN0A 3BRDA 1GSLA 5E89A 4I4YA 1QNWA 4C1WA 3FLRA 3D6EA 5F9TA 4XFUA 4LO2C 3POWA 4GALA 3RSJA 1DJSB 3BAVA 4USOA 3NBEA 1FYUA 2DU1A 4YM0A 2D6KA 1DZCA 4YG3A 1WBLA 3WCSA 1LU1A 5JDBA 4U36A 2OW4A 1MZ5A 4Q8LA 3M3QA 1Y7BA 2P23A 3WG2A 1HCEA 2DRZA 1T4QA 2A6YA 1UL9A 2VW2A 4YOLA 3FJIA 5EC5A 2JE7A 1SR4C 3WMUA 3I4IA 2ZGTA 3W59A 4OEFA 4NOTA 4ZGRB 4MYEA 1IKQA 4FPOB 1ZM1A 1R8NA 2DRYA 4ITCA 1OQLB 4LO1A 1F31A 3I2AA 2ZGSA 3MPPG 5EYYA 1ULFA 3NJ5A 3AJ5A 3AJYA 1WW7A 2UWBA 3WINC 4ISQA 3HOMA 4Y26A 1IS4A 1SACA 4G6JA 5DZGA 1YIFA 3AXDA 5E24E 3OJVA 2E53A 1N1SA 1QOOA 1URXA 5EHAA 1A78A 1Q56A 4OZXA 4Y20B 4LO3A 2E6VA 1KRIA 1APNA 3TAYA 1RINA 4YGDA 1NXD1 4YM2A 4Y1XA 1W6PA 1FX5A 4CRQA 3CA0A 1HQLA 4ATFA 1HDKA 5GLTA 3ZXDA 1CQ9A 4LO8B 3FJFA 3I2XA 4JQ0A 1N1TA 3A23A 4YZ1A 2FHRA 3IN9A 3WCRA 4IZEA 1ISXA 1LGCA 1W0PA 2CTVA 2H0BA 2PELA 2M49A 5DZUA 3ZSLA 2PHFA 1W6NB 5JOXA 2WJSA 3O4AA 1AJOA 5GLVA 2ZKNA 1LOEA 2ZAAA 3OBRA 4ATEA 1Z4SA 4XYXA 4XFSA 1G86A 1V6NA 4FPGA 4I37A 5D61A 1YI7A 1ULGA 4LBLA 1M16A 1CR7A 1H30A 2DVGA 1VAVA 1HWOB 3FLPA 3PVEA 3BAQA 4FQ4A 4U2AA 1LHUA 3M2MA 1MS5A 1N4KA 5GM0A 5BXSA 5SV8A 4ZFYB 2ERMA 2WBCA 1FNZA 3AX4A 2YXSA 1VIWB 5EXOA 5FNXA 2UWCA 2ZR1B 1W3GA 3PVOA 3WZ1A 3BAGA 4R9CA 1LEMA 3OY8B 1S0CA 1MC9A 4GP0A 4AWDA 3O4CA 5DXDA 5GZGA 1C4RA 1O4ZA 4PBOA 2NYYA 1XHBA 3O4DA 1ZA4A 3PHZA 1PZ7A 1LOFA 1LULA 2D6PA 3FJBA 2B7YA 3AZWA 3GNEA 1JXNA 1WUVA 1W6OA 1WW5A 3USUB 1AVXB 5G00A 3VUOA 4M01A 1KNMA 5FZYA 4JKQA 4UW4A 4P9WA 4XZPA 2A71A 5T5OA 1AX2A 3UDAA 1Z2VA 4I4OA 1MR5A 3O3QA 3IM7A 2AYHA 3N3HA 31BIA 5EYXA 4XJZA 4FOVA 1LHOA 4KBBA 3ZVXA 2K4AB 3B9UA 3N35A 5F8WA 1W3AA 5DG2A 5GZEA 3KM5A 1JUIA 1LECA 4FOYA 2ENRA 2WT2A 1K5VA 1QU0A 3GALA 3Q7WA 2KI6B 3AYDA 3A0KA 4PCRA 2F8XC 1AXZA 4M3CA 3RMYA 4JPZA 1ONAA 3BRFA 4LBQB 2ZGLA 1J1TA 2J3PA 2DVFA 4DRVA 1ULDA 3DUIA 1JW6A 2EALA 3VT0A 4X3AA 1HWNB 2A6VA 2D44A 4DPNA 3O0WA 4BLJA 2FGFA 2XB6C 1U0AA 4G1RA 2W68A 1JBCA 2W39A 1K5UA 4FPEA 2JE9A 2D23A 3F1RA 4JRAA 5EWSA 3CA6A 3B00A 4LBQD 3WDYA 1V6OA 2C5DA 3R4SA 2HW9A 4KEIA 3IPVA 2C9AA 4PQ9A 1HKDA 2EF6A 2A6WA 4AYUA 3WINA 4ZKTB 3V79C 5T5JA 4BPZA 4A7YA 5H9QA 2CL2A 1ULCA 1S0JA 4XILA 3FJAA 2VH9A 1WW4A 3U4XA 3B3QE 1AVAC 3R4UA 1PUUB 3SH5A 3RTIB 1JLYA 3UJ0A 4YM1A 3NV3A 2ZHMA 2IWTB 2WNEA 1QXMA 3AKHA 4PBPA 1GYKA 4FPCA 1S0GA 4Y22A 5DUUA 1HQWA 4L4HA 2WT0A 1VAMA 3AH2A 4DENA 2AENA 2ESUA 2AXMA 3ZC9A 4BQ1A 1YRZA 3V0BB 2P34A 4LBJA 4P9YA 4AGGA 3JUUA 2I2SA 3BB2A 5CBLA 3CAHA 5D63A 2DTYA 2JJ6A 1S0BA 4QC4A 2AUYA 1FMMS 2D24A 1N3PA 3FLTA 1GANA 5H9PA 4FOQA 4XKIA 3BX1C 2UURA 3WUDA 3LCPA 2AH2A 2ZGMA 4XJAA 4TZDA 1SBDA 4USPA 5DZEA 1I3HA 3VKFC 3RMXA 4L4IA 1DQ4A 3P6JA 1Q8QA 1CN1A 2RHPA 1RG8A 3ZYRA 4D8HA 1WD4A 3SH3A 2FFVA 1LGNA 2DS0A 3FBYA 3D7WB 2X2TA 4JCKA 5GJ6A 1DFQA 1XQNA 4I6IA 2R0FA 2JD4A 3NBDA 5LK5A 2Z49A 1H9WA 4M3CF 2WKKA 2HWAA 3AP4A 1SLLA 3ZXJA 1QOSA 4BM8A 2AQZA 4XBLA 1FGAA 3WV6A 2D6NA 1DGLA 4FPYA 3ILAA 2YROA 1BARA 2UU8A 4I4QA 2ZGQA 3WMVA 1HCDA 3TB0A 9ILBA 3QR5A 5T5LA 1DQGA 3ZXFA 1VLNA 4Q26A 2CWMA 1J0SA 4XMIA 3NV4A 4C1XA 3VV1A 1XZZA 1IOAA 4Q8KA 3POSA 4EKXB 2MIBA 2QN4A 1N1VA 3OGGA 4XJWA 1T9FA 4I4UA 4FQZA 4A7ZA 4XBNA 1UN1A 3UJQA 1TTUA 6I1BA 1JT7A 1IRAX 3P53A 5BQUA 2EXIA 1Z0HA 1R8OA 3CRGA 2D3RA 4FVVA 5F5QA 3A07A 1CVSA 1IILA 1ENSA 1IJTA 4DRRA 1NUNA 4I1BA 2VW0A 1V6XA 4GKXA 3JRRA 4HL0A 2DVDA 4YGEA 3P6IA 5IT6A 2FDBM 4XIOA 2F2FA 3NV1A 3POKA 1E0OA 2RG9B 2Y9XE 2YZ4A 3H6QA 1ENQA 1GNHA 1QDOA 2PHUA 4TLPA 1W6PB 1AVWB 4P6AA 4Z8SB 4H04A 1UX6A 2LTNA 3D4KA 3Q7YA 3CRIA 4OEEA 3H6RB 2A3YA 1W6QA 1JYIA 1SLIA 3IM0A 4YW3A 1MS8A 3OYWA 3O12A 1DQOA 4QKRA 1LEDA 4GWMA 3ZSJA 3HR9A 3FJKA 1GV9A 4QALA 3UD7A 3O4OA 5FZZA 4JC1A 1ISWA 1FNYA 2CY6A 1BFBA 4QBVA 3M3OA 4OEGA 3S8JA 1SLAA 2WSUA 1RY7A 2JDZA 2D43A 1LOCA 4GOVA 4AGVA 2HZ9A 2A3WA 3M1HA 3M3EA 4KEKA 3NV2A 4Y1ZA 1DQ5A 4W65A 2DURA 3BAOA 3C2UA 1WLDA 1H9PA 1AXKA 4I4XA 4GWNA 1FV2A 3BAHA 5E88A 1IS6A 1Z78A 2G4IA 2A6XA 5GZCA 3PJQA 2JECA 2XOAA 1BLDA 4IY9A 5D62A 2VSEA 3CNAA 3IKWA 1BA7A 5GAQA 4JKXB 1AF9A 1G7YA 2GO2A 1ISVA 1KDMA 1WBAA 5JOWA 3VKLA 1TWMA 3RTJB 3MALA 4CZSA 1IS5A 3B01A 3AKFA 1G9CA 2AR6A 3KMVA 1M2TB 2ZABA 1DQ1A 3HALA 1S0EA 4P14A 1MS9A 2K43A 1I1BA 3SISA 3T2TA 3O44A 4GP3A 2R9KB 4Y20A 1ISYA 1KDKA 1QKQA 2RQ9A 2E7QA 3IM5A 2YY1A 2TEPA 1VCLA 3N7JA 2MC2A 4IHZA 5T5PA 4DFSA 4FOWA 1YXWA 3T1MA 2P37A 3R05A 4YZ2A 3TC2A 3ZSMA 2NMNA 3SNMA 4R6UB 3SITA 5H9SA 3VKNA 2ZGOA 4GOYA 2WRYA 3O5SA 2D7FA 3ENRA 1IHKA 4ZA3B 1ILR1 2YV8A 1DQ0A 3WG3A 4Q9PA 1MVEA 5F90A 3AKIA 2AGSA 3CA4A 3IMNA 4OW4A 2DVBA 1D2SA 2E4MC 2FFUA 1TEIA 3WDVA 4WZFA 4XHXA 1SLCA 1JQZA 3IAGC 2WT1A 2Y9WC 1G9FA 1SCRA 4L8QA 3UK9A 4QD2B 1QGLA 3PG0A 5GZDA 2DREA 1Q04A 1HIBA 2DYCA 1WCSA 4RA0A 1V6KA 4YW4A 3Q7XA 1LHVA 1DZQA 3IPVB 5FREA 3UL2A 5IUQA 2ZGKA 4FPFA 4LO2A 1GKBA 2ZMNA 4R9AA 41BIA 3OY8A 2LIQA 1LCLA 4EB2B 2EXHA 4LBMA 2D22A 1B09A 1FAYA 1BKZA 1JT4A 3UD9A 3VSFA 4GXLA 3AH4A 3MEPA 2ZGRA 1TP0A 1CJPA 3M3CA 4GAIA 3ZPYA 3B69A 2JKBA 1MS3A 5F8YA 1HWPB 3USUA 3WOGA 1YBIA 2VLCA 1AVUA 1SR4A 1MVQA 4Y22B 2X2SA 5KXDA 3LSEA 4H9WA 5DUWA 1HWMB 3ZXKA 1A8DA 3JU9A 5FNWA 2PHRA 1XYFA 1BQPA 3BODA 3OJMA 3MW2A 4J2XA 4HJJA 3NWKA 3O49A 3HBWA 3V0AA 3BTAA 4GKYA 3N7KA 1GZWB 3VT2A 3FJHA 3OPZA 3VWCA 1AFCA 3N36A 1DIWA 4LO0C 3FUQA 2V73A 1KJLA 2HYKA 1SLBA 4LO1C 4Y1UA 1WD3A 2OUHA 3WHTA 1FMZA 2A7AA 3IM6A 3ATGA 3RS6A 2XG3A 1CE7B 4ZBVB 4I4SA 1BLAA 5JOYA 1MACA 5EG6C 2ZGNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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