1UPSA

Glcnac[alpha]1-4gal releasing endo-[beta]-galactosidase from clostridium perfringens
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
404
structure length
402
Chain Sequence
AKDFPANPIEKAGYKLDFSDEFNGPTLDREKWTDYYLPHWCKDPESAKANYRFENGSLVEYITEDQKPWCPEHDGTVRSSAIMSFDKSWIHNFSGTTDNHERNEWRGYTTKYGYFEIRAKLSNTGGGGHQAWWMVGMQDDTNDWFNSKQTGEIDILETFFSKKDTWRIAAYGWNDPNFQTSWTISEDKVPSGDPTSEYHIYAMEWTPTALKFYYDNELFKVIYGSPDYEMGTILNIYTDAGSGAHNDVWPKEWAIDYMRVWKPVDGYKESLNNYLIRNRQTGKFLYIEENNDKVSYGDITLKNEKNAKWSKEYRDGYTLLKNNETGEYLNIENQTGYIEHGKVPKTWWSAQWSEVPVDGYTRFVNRWKPNMSIHTESYEGVLQYGNVPNTYWTSQWQLIPVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Three-dimensional structure of GlcNAcalpha1-4Gal releasing endo-beta-galactosidase from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Glycosyl hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords GLCNAC-ALPHA-1,4-GAL-RELEASING ENDO-BETA-GALACTOSIDASE
total genus 111
structure length 402
sequence length 404
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00722 Glyco_hydro_16 Glycosyl hydrolases family 16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1upsA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1upsA02
5BXRA 3UDAA 1V6IA 3TAYA 3CRGA 3ZXJA 1AFCA 3AK0A 2GZBA 1CQ9A 4IHZA 2PHUA 3FJBA 2AENA 4LO1C 4Y22A 1V6OA 1JY0A 3MW3A 3NV1A 4I4PA 2EAKA 3PG0A 3WG1A 2ZHNA 2CNAA 1AVWB 3R05A 1BLDA 4H55A 1K5UA 4ZFYB 4BLJA 3VKMA 4ASMB 3BRDA 1W6NA 4XBLA 3GALA 1SLIA 4WVWA 5HCBA 3H6RA 1KJRA 4M00A 2KI6B 2A3YA 1CESA 4X3AA 3VUOA 5BXTA 2P34A 1WW4A 3WDUA 1V6MA 1JT5A 5IK4A 5D63A 1KDMA 3SLIA 3POYA 5EYYA 1W3AA 2R1BA 3BAUA 4XJ8A 1MACA 4FPLA 4K1ZA 4WV8A 2I2SA 4DRVA 3AJYA 1EPWA 1HKDA 5JDBA 2PHRA 1HKNA 4YZ4A 3UD8A 4WVVA 3LLPA 1BFBA 1ENSA 3AP9A 3OJBA 3OYWA 5T5LA 3B3QE 3NBNA 1U0AA 1N3QA 1QGLA 4Z9WB 1UX6A 2V5YA 2M49A 1JOJA 3O3QA 1C4RA 1OKQA 4Y1UA 2RSTA 3AX4A 1WW6A 5GLWA 2A6VA 1N3OA 4LBNA 1NLSA 2V73A 4IQPA 4LO7C 1BFFA 1WBCA 1E0OA 1JT3A 3ZSKA 2D6KA 4LO3A 1LGBA 2CTVA 1BFGA 3WVJA 3PMEA 5GLTA 1HWMB 4P0KA 1W6MA 5GZFA 4XILA 3AH4A 1MC9A 2FDBM 1XHBA 1CPMA 1LOEA 2GNTA 3A0KA 5E88A 1BFCA 3V64A 1LGNA 3KMVA 3SNMA 3WO3A 2CWMA 4Y1XA 5EXOA 1S0CA 3RQ0A 1WLWA 1N4KA 3ILFA 4J2KA 8I1BA 2A75A 1OFSA 5JOWA 1FATA 4FOQA 1R1ZA 2JJ6A 5JLVA 3ZX7A 3PUBA 3H0OA 1LECA 1X50A 4EFRA 1SCSA 2ZACA 3N35A 2YY1A 2A6XA 2X2TA 2EIGA 3BIWE 1DYPA 1URXA 3W59A 3O4DA 5JOYA 4X38A 1JBCA 3AFKA 2D3SA 2DVFA 2Y9GA 1DQ1A 3H6QA 2EF6A 5F8YA 2GNBA 3P53A 4AGGA 3BADA 4LBOA 4I4OA 4XJZA 3ZYRA 3I4IA 4HA2A 4C1WA 4ATFA 5BVPI 1ILR1 3AKFA 3WNXA 1PZ8A 3P6IA 1JLYA 4OW4A 3FLRA 1SLLA 5FZUA 5DUUA 4A7KA 4LBJA 4LBKA 3NV4A 5GJ6A 3N3HA 4GOYA 1RG8A 9ILBA 1SBDA 4I30A 2WQZC 3BA7A 4EFQA 3BAGA 1KITA 5IK8A 2GALA 3DUIA 1GV9A 3JUUA 3IM0A 1H9WA 2WNEA 31BIA 5DZGA 3SH4A 4GKXA 2DU1A 4FP2A 3O5WB 2WT1A 4Q8LA 2A7AA 4AGRA 5F9TA 1CVSA 1QQKA 1T9FA 1WBLA 3SH3A 1NXD1 1DQ6A 3FJEA 2AAIB 2LIEA 3AZXA 1JHNA 1WD3A 3JRRA 1QMJA 1ZM1A 1MS3A 2NP0A 1QKQA 3UJ4A 2VUAA 2ENRA 2HW9A 3M3OA 5FZZA 1IHKA 2HWAA 3QCWA 5T50A 2ES3A 4U36A 3N36A 4RL7A 3CNAA 1AF9A 2CL2A 1ENRA 1YYNA 1DQ2A 2FFUA 3V0BB 4X39A 3CQAA 3M2MA 1DQ4A 3OBTA 3VKNA 2Z49A 3AZYA 2BEBA 2HWMA 2ZMLA 2A6WA 3O4BA 4XZPA 4OZXA 4AWDA 3CRHA 1T4QA 1PUUB 5JVVA 1LOBA 21BIA 3IN9A 4XFUA 4KEJA 3VSFA 1V6LA 4XOGA 1DQOA 1Z78A 5CB7A 4UW6A 4DFSA 2E51A 1S0BA 1G9AA 3A07A 2VLCA 3WG4A 3IM7A 3OJ2A 4KEKA 1W3FA 2D6PA 2ZBJA 1LHUA 3ENRA 2VW0A 1XZZA 4QBCA 4C1XA 4I4QA 4LO2C 1KJLA 4I4UA 1LOFA 4AVSA 4P9YA 4F83A 2JD4A 1TP0A 3ILNA 1YRZA 4USPA 1N1TA 2W39A 2Z48A 2H0BA 2AH2A 2AYHA 5BYNA 4YG3A 3BRFA 3OGFA 1UZYA 4OWJA 1AXYA 4YW1A 4EB2B 1DJSB 4FPJA 2ZGMA 4GOVA 3R4UA 1NUNA 4BMEA 1HCEA 3IIRA 1UPSA 4ZFWB 4FQZA 2ZAAA 4EKXB 4LO8B 4G9MA 2P3IA 2AXMA 3RS6A 1ITBA 5H9QA 1AXZA 1WW7A 4YFWA 4MYEA 5DSSB 2UUSA 1FAYA 4I4YA 4CRQA 4JPZA 1GYKA 4LBMA 2D6OX 1J1TA 3TC2A 4LO7B 1LESA 1AJOA 4YGCA 3L2YA 2NVHA 4I2SA 4I3NA 4LBLA 3WO2A 5DZUA 1BXHA 1ISWA 1FQ9A 5SV8A 5KXEA 4EFPA 1V6NA 1W6QB 2ZGUA 3INAA 4YFZA 4Y24A 1W0PA 4TYSA 1PZZA 1PZ9A 4M3CF 3WDXA 1O4ZA 2DTYA 3I2XA 4UW3A 1GGPB 1A8DA 3CRIA 2ERMA 3BX1C 1CE7B 1UMZA 4DPNA 3BAQA 5G00A 4I8MA 3PVOA 1ENQA 2HZ9A 4YOLA 3MALA 1IRPA 3PHZA 4JAWA 4OWLA 4GA9A 1GICA 2E6VA 2VU9A 2E4MA 4YG6A 1LHOA 1S0DA 3BAVA 3RRDA 4DCKC 2IHOA 4DS0A 1XG6A 3FJIA 2PHTA 3ATGA 1GANA 1ONAA 2PHFA 4I1EA 1DQGA 2WBCA 4YM3A 3JUTA 1D0HA 2DWRA 3WHUA 4ZOTA 1MS1A 4XTMA 3HMYA 4H04A 2TEPA 5D61A 1EV2A 3FJAA 4R9CA 1II4A 2UWCA 3FLTA 1PWAA 4FPOB 1LGCA 3QR5A 5H9RA 2ZGKA 3FUQA 3B69A 4CZSA 4YGEA 2QYIB 1S0IA 2GMEA 3LTQA 4K1YA 3RMXA 3USUA 1OQ1A 2B7YA 3K1XA 4IYBA 1FNYA 1IOAA 3WUCA 4YG0A 1SR4A 4R9DA 1YBIA 1RINA 2I1BA 1VAVA 5GLUA 1KNMA 3A21A 1JW6A 1Y7BA 2Y9FA 4LO3C 1W6OB 1SCRA 3VKLA 4Y20B 2KKIA 2FMDA 2D23A 3Q7WA 1LENA 3O12A 2P37A 2R0FA 4G6MA 5T5PA 4P9WA 4EEEB 4FGFA 3FUOA 3PJQA 1RZOB 2DTWA 3V0BA 4AN6A 1F5FA 3WDVA 3O49A 1LODA 3ASIA 2ZGNA 2ZGQA 3ZYPA 3MPPG 4AVVA 5D62A 5FNXA 3FJJA 4I6IA 3AP6A 4GP0A 2JKBA 5H9SA 3VT2A 4Y1VA 2YUGA 3MEPA 2ET2A 1V6JA 4R9BA 4M01A 4A7YA 2ZMNA 4YW4A 5F90A 4FPFA 2BEAA 1RIRA 3RTIB 3AP4A 2WJSA 1F9KA 1IT0A 2CWSA 4Z8BA 1F31A 3WMVA 5HCAA 2K43A 3CA4A 3FJCA 2VSAA 3UD9A 1FV2A 3POSA 1MVQA 2A5ZA 5GZDA 1LU1A 4Q1RA 3CA6A 5CNAA 2KLLA 4I4XA 1LCLA 3OPZA 1Q8SA 1HLCA 2AUYA 1EVTA 3CA1A 3AYDA 4GALA 2RHPA 3O4CA 1DZCA 1LOCA 3M3EA 2A3WA 4I4SA 1S0JA 1DQ5A 2DUQA 4JQ0A 4R6UB 1ONKB 4D0TA 4ZFUB 1FNZA 2ZKNA 1RMLA 4FPCA 5DUWA 1CN1A 2EXHA 2RQ9A 2Q9XA 2D3PA 4FOVA 2BFHA 3AXEA 3Q7XA 4LBQB 2R9KB 1S0EA 1HDKA 4JKXB 5H9PA 2PELA 2RG9B 4DENA 1V6KA 3OBRA 4ITCA 1DZDA 3V0AB 4YM0A 1FYUA 1WBAA 1QXMA 1DLLA 1JXNA 1PZ7A 1VAMA 2KI4A 1CIWA 3N7JA 2ZGPA 1QDCA 2ZMKA 3U4XA 4R9AA 3P6JA 1MS9A 4XBQA 3HALA 2BQPA 1CR7A 1C57A 1W6QA 3F62B 1Q8PA 4II0A 1O4YA 1WLDA 3IM5A 1AJKA 3C2UA 3T1LA 4J2YA 2YV8A 3FLPA 1H9PA 4HANA 3QLQA 4FPHA 1VLNA 4JCKA 1W3GA 2EXIA 5DVHA 4PF5A 4IY9A 3O0WA 2D7RA 1ABRB 3AP5A 3OJVA 1IKPA 4XDQA 1R8NA 3EF2A 4L4HA 3HSMA 4D0ZA 4IY8A 4H9WA 4D8HA 4SLIA 1AXKA 1ULCA 2MIBA 4KC3A 1JTCA 5GLZA 1JT7A 4Y22B 1LJ7A 2P2KA 2JDZA 2WKKA 1C1LA 1QDOA 1LULA 4YZ1A 3B01A 4Z8SB 5DG1A 3ZXDA 2YROA 3NV2A 4NO4A 2E53A 4DRRA 2EXKA 3BODA 1LOFC 4XIKA 3ZXKA 1IS4A 3ZXFA 2VXTI 4YZ2A 2D6MA 4XE9A 1YXWA 3WA1A 3T1MA 1MD6A 2ZHLA 3OY8B 1FGAA 3ILAA 2R16A 2WLQA 2GO2A 1LOGA 4AVTA 3HOMA 4YW2A 3WHTA 1G82A 4YM2A 2FFVA 4ZXKA 2GN7A 4TLPA 1ULEA 1S0FA 2EXJA 3I29B 3BA4A 3M3CA 2DRYA 4Q9GA 3VKOA 3CAHA 2XOAA 1N3PA 3ZXLA 3BA5A 1HWPB 2A6YA 4P6AA 1SFYA 1D2SA 4Y20A 3LSDA 1FMMS 2F2FA 1H30A 4XFTA 1PUMB 3RG0A 2D20A 2ZGOA 1JQZA 3S8JA 4FOWA 3FJKA 4AYUA 4YW5A 4PBOA 4YM1A 1YF8B 2UWBA 5F5QA 1N47A 1BLAA 1MS0A 2P3JA 3CA0A 1TWMA 5KXCA 1TTUA 5F8SA 4FPEA 1V6XA 3M1HA 1B09A 5L73A 1G86A 2NMOA 3HBWA 4GWNA 4DEPA 3AKIA 1IJTA 5BP5C 3QYDA 1FWUA 3O4AA 3E8LC 5BQUA 2Q3NB 1LU2A 4M3CB 1W6MB 5IK7A 2AGSA 3A4UA 2Z42A 3CA5A 4Y26A 5FREA 2PHXA 1VIWB 4XJWA 4WZFA 3D7WB 3Q9OA 1GNHA 2D44A 1R8OA 1MS5A 3AP7A 2GMPA 4GAFA 5IT6A 4K21A 5JOXA 3WG2A 4GXLA 2QN4A 2DUPA 3DGTA 2A71A 4XMIA 3CA3A 3B9UA 5CBLA 5T5OA 3WINC 1DYKA 5JMCA 5EC5A 1JT4A 4YZ3A 3UJOA 3ILRA 2C5DA 3WV6A 1AX0A 5FZYA 3B9CA 5F8WA 4BQ1A 4G9NA 2VXRA 4XJUA 2WT0A 3WO4A 3A0NA 3BRGC 3UK9A 3WZ1A 1V6WA 1DIWA 5GALA 4LO2A 1AXMA 3SNVA 2CYFA 4LO0A 4USOA 4QKRA 1JN2P 2XB6C 4LBQA 4AN7B 1CONA 1UL9A 4F34A 2MC2A 2ZQOA 3FFZA 1HQLA 1IILA 2AR6A 1MS8A 2ZABA 1SBEA 3KQRA 3V0AA 1BKZA 1BASA 1RY7A 1YTOA 1XQNA 4OEEA 1SR4C 3ZSLA 1MR5A 4IZXA 3N7LA 2MLLB 5GLVA 2XG3A 4D69A 2ZHMA 3CU1B 4I7IA 3AZVA 1Q56A 5BXPA 1A3KA 3D5OA 4HR6C 3N7MA 4PQ9A 2ZGTA 1S0LA 2CY6A 2VH9A 4ATEA 1ISYA 1UN1A 1M2TB 1L2HA 4PCRA 1HQWA 4WBCA 3D4KA 2KH2A 4K20A 4QD2C 2OVUA 3RMYA 1YIFA 2ZQNA 3WDWA 1LEDA 5CA6A 4GAIA 2DURA 2VY0A 2D6LX 1V6VA 3HN1A 1SBFA 1OQLB 3IAGC 4XIOA 2GDFA 3SISA 5BXSA 2YZ4A 1CVNA 2L5XA 1ISVA 1AVUA 3AZZA 3OGGA 4JP0A 1LHWA 3FGMA 5GZGA 1I1EA 5DXDA 4XMAA 2D7IA 5EHAA 1AVBA 2AQZA 4JKQA 1C1FA 3TB0A 1MS4A 5B2HA 1MZ5A 1KRIA 3FJDA 2NYYA 3W58A 3NJ5A 5BOWA 1FMZA 1BYHA 4PC4A 4X37A 1LEMA 2WT2A 3GNEA 1JLXA 1LOAA 2ARBA 3LSEA 3IPVB 2HYKA 2FHRA 1DFQA 5GZCA 3OJMA 4ZGRB 5AVAA 3NWKA 1HWNB 2K8RA 2DS0A 1GLHA 1WLCA 1GSLA 1N1VA 4I4VA 3OY8A 4OEFA 5T52A 4CTEA 2NMNA 2SLIA 3A22A 4DQAA 1IKQA 1VALA 5DZEA 4BM8A 1MZ6A 2DVGA 3F1RA 1S1AA 4Y1YA 1UKGA 1W0OA 3ZSMA 3WCRA 3D6EA 2D22A 1FN0A 1JUIA 4BLIA 1IOBA 3UJ0A 4ENDA 3O44A 1GZCA 3FJ8A 4FQ4A 1QNWA 3M3QA 4L4IA 1GZWB 2JECA 2VW2A 4QKSA 4J23B 4LO1A 4XYXA 3O5SA 1BARA 4I4RA 3N0KA 2Y9XE 4XFSA 1ULDA 1PC8B 3AH1A 3AKGA 2D3RA 2A6ZA 1AVAC 1TWEA 1DFCA 1ULGA 5HPZA 3I2AA 2YMZA 4GP3A 41BIA 1Q8VA 3IM6A 3WG3A 4ZLBB 5LK5A 2ERFA 3B00A 3NBEA 1G9BA 1SLCA 4M3CA 2JE9A 2E7QA 4HJJA 1LTEA 4QO3A 1Q03A 3VSZA 4JRAA 1G9DA 5FRAA 5T54A 1AX1A 1ULFA 2YXSA 3AH2A 1Z4SA 4Q8KA 1WBFA 4KEIA 2NTDA 2D1ZA 1ZA4A 5E8AA 2F8XC 2GMMA 1Q8OA 1IS6A 2W08A 5EG6C 5JOZA 3BAHA 5CAZA 2A70A 6I1BA 4ISQA 2W52A 2IWTB 2G4IA 4GKYA 4ZBVB 1BJQA 4FP3A 4QC4A 3WOGA 4FPGA 1QF3A 2P3KA 2ZGRA 1CJPA 4Y1ZA 1A78A 3MW2A 3W9TA 2R49A 2AFGA 1TEIA 4XHBA 3NBDA 4P0LA 3T2TA 5DG2A 5DZFA 5DUYA 3VT0A 1W6PB 3ZXGA 2GNMA 3BOPA 4P9XA 1WD4A 4IZEA 2LIQA 3HR9A 4I37A 3O0VA 4YW3A 1APNA 1YI7A 5T55A 1GBGA 1HCDA 1EYLA 5KXDA 3ZC9A 3JU9A 1AX2A 4FOYA 1SZ6B 2P39A 2DU0A 4XJAA 5DUXA 3AJZA 4W65A 3PVNA 3VV1A 2DVAA 3AXDA 3SH5A 1TOOA 1Q1UA 2F2FC 2C9AA 1HIBA 2R0HA 4YGBA 3VKFC 5E89A 3WDYA 4XBNA 4ZKTB 4L8QA 3FJFA 2VSEA 5FNWA 7I1BA 1N1YA 3USUB 2ZR1B 3VWCA 1WW5A 1W6NB 5E24E 4I96A 3H6RB 3RSJA 4BPZA 1Q8QA 5EYXA 3T8SA 3AYCA 2WRYA 3VEQA 1UAIA 1TIEA 5BQUC 1BQPA 1BA7A 1KQRA 3IKWA 3NV3A 2VW1A 4XHXA 4A7ZA 3WLUA 4YZ5A 3FJ9A 1RITA 3POWA 4Q27A 2Q5TA 3VT1A 1M16A 2K4AB 2D6NA 2ZA9A 3BB2A 4BOWA 1HWOB 4GWMA 4KBBA 1IS3A 3WUDA 1WUVA 3FJHA 4RA0A 5HCFA 2X2SA 4QD2B 1FWVA 3OYWB 3ZC8A 1FX5A 3WCSA 2ZZJA 4I1BA 1Q04A 2AREA 1JYCA 3UJQA 2OUHA 1W6OA 1FV3A 3A23A 2GNDA 1CPNA 2UWAA 1JYIA 4QBVA 1AVXB 3ZVXA 2NZ9A 3IPVA 3AKHA 1Z0HA 1NZKA 4OUJA 2WSVA 3R4SA 1TFMB 3S8KA 2DUOA 3V65A 1G7YA 2FGFA 1QNYA 3LCPA 1GKBA 5T5JA 4XKIA 2PHWA 4U2AA 4HL0A 3UL2A 4Q91A 3KM5A 2DRZA 4PBPA 4BMBA 1DQ0A 4AGVA 1QOSA 4LO0C 1XYFA 3ZPYA 4G6JA 2LALA 3MW4A 3AZWA 5GZEA 1LHVA 5EWSA 1GZWA 2NM1A 2R1DA 4P0JA 5GAQA 2FO1A 3H6SE 4OEGA 3WDTA 4ZA3B 2GN3A 3APBA 3BAOA 3AYEA 4Q2FA 4XXAA 2ZGSA 5IUQA 2A3XA 1SLAA 2WSUA 5I1BA 4JC1A 2E4MC 2D7FA 2JE7A 4NOTA 1V00A 2SBAA 2UU8A 1P63A 5DUVA 4FPKA 2W68A 4J2SA 2ARXA 2D43A 1G9FA 1UZZA 1ISXA 3FBYA 3WMUA 2ZHKA 1AZDA 4XXPA 2ESUA 2LTNA 1G9CA 1I1BA 5IK5A 1I3HA 1DGLA 4Q9PA 3PVEA 2NN8A 3Q7YA 1QOOA 2Y9WC 4G1RA 4Q1PA 1MVEA 4XJ9A 3POKA 3N7KA 3IMNA 3RTJB 1SLBA 1VCLA 1QOTA 2EALA 1QQLA 2KM2A 1KDKA 1N1SA 3AYAA 4UW4A 1IRAX 5BP5A 1IS5A 4FVVA 1SACA 5GM0A 2OUJA 4FPYA 4M3CE 3AJ5A 4TZDA 1YO8A 3ZXEA 1LHNA 2J3PA 2UURA 3C9ZA 1ISZA 3O0XA 4QALA 4ISRA 4LBQD 2D24A 1GZ9A 4P14A 2ZGLA 1SLTA 1DZQA 2DVDA 4J2XA 2DREA 4Q26A 1K5VA 4OWKA 1W6PA 4UW5A 3UD7A 3WINA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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