1UPSA

Glcnac[alpha]1-4gal releasing endo-[beta]-galactosidase from clostridium perfringens
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
404
structure length
402
Chain Sequence
AKDFPANPIEKAGYKLDFSDEFNGPTLDREKWTDYYLPHWCKDPESAKANYRFENGSLVEYITEDQKPWCPEHDGTVRSSAIMSFDKSWIHNFSGTTDNHERNEWRGYTTKYGYFEIRAKLSNTGGGGHQAWWMVGMQDDTNDWFNSKQTGEIDILETFFSKKDTWRIAAYGWNDPNFQTSWTISEDKVPSGDPTSEYHIYAMEWTPTALKFYYDNELFKVIYGSPDYEMGTILNIYTDAGSGAHNDVWPKEWAIDYMRVWKPVDGYKESLNNYLIRNRQTGKFLYIEENNDKVSYGDITLKNEKNAKWSKEYRDGYTLLKNNETGEYLNIENQTGYIEHGKVPKTWWSAQWSEVPVDGYTRFVNRWKPNMSIHTESYEGVLQYGNVPNTYWTSQWQLIPVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Glycosyl hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Three-dimensional structure of GlcNAcalpha1-4Gal releasing endo-beta-galactosidase from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLCNAC-ALPHA-1,4-GAL-RELEASING ENDO-BETA-GALACTOSIDASE
total genus 111
structure length 402
sequence length 404
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00722 Glyco_hydro_16 Glycosyl hydrolases family 16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1upsA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1upsA02
3OJMA 2VXTI 1E0OA 5EG6C 3AXDA 4DEPA 1LEDA 2DUPA 2NYYA 4I1EA 4KEJA 1CPNA 4PBPA 3VWCA 1CE7B 2YZ4A 3O4AA 5F9TA 1GLHA 5JOWA 2ZMKA 1FV2A 1LJ7A 1I1EA 1QGLA 2NMNA 2D6OX 1MS8A 4OUJA 3A0KA 1RINA 2Q5TA 4K1ZA 2R9KB 5EYYA 1V6VA 4YFZA 2D6MA 5HPZA 1RITA 6I1BA 2ERFA 2A3WA 2SBAA 1HKDA 4AVSA 4AWDA 4NOTA 3ZC9A 3HSMA 5L73A 1AX0A 4YW1A 1JHNA 1AJOA 2P37A 1GANA 2AYHA 4DS0A 1W6PB 2P2KA 1V6KA 1UMZA 4RA0A 1KITA 5GALA 1PZZA 3QYDA 4YM2A 4LBKA 4PC4A 3BAHA 3A07A 4XJ8A 3BAUA 5DG1A 2CY6A 3BRDA 1G9BA 1YO8A 2Q3NB 1YBIA 3UD9A 1QOSA 3VKFC 3Q9OA 4RL7A 3AZZA 1V6OA 4EFPA 4U36A 4GP0A 2AQZA 3ZXJA 4XXPA 1S0LA 4H55A 1IKQA 1HQWA 1TOOA 2P34A 5GZGA 4PQ9A 4DCKC 1C57A 4AGRA 3NV4A 3WZ1A 3FUQA 4J23B 4R9DA 4BLJA 1KQRA 4PF5A 4QD2B 5KXEA 3ATGA 1QF3A 3P53A 5IUQA 3B00A 3O5WB 1IKPA 3S8KA 2F2FC 1JLYA 1HWOB 2DRYA 4WBCA 2D22A 4YW2A 2F2FA 4F83A 4ZFUB 5CAZA 4Y1XA 1IRPA 3IKWA 1F5FA 2WJSA 2CNAA 4P0JA 2A7AA 4YGDA 4I4XA 4ATFA 1W6PA 2NTDA 8I1BA 1V6MA 1R1ZA 4JKQA 4Q8KA 5FNXA 1JY0A 3FBYA 1LGBA 3ENRA 9ILBA 4Q91A 5GLWA 3OJBA 4P0LA 1WD4A 4M3CE 2XB6C 3BA5A 3Q7XA 1VIWB 4WV8A 5T5LA 3FJKA 1EVTA 3AJYA 4I96A 1LGNA 2E51A 5I1BA 4M3CB 3U4XA 2D44A 1UKGA 1HQLA 1LCLA 1HKNA 2F8XC 3IMNA 4L4IA 2DVAA 1FN0A 1CIWA 3NWKA 1WLCA 4OWJA 2UWCA 1JTCA 3HN1A 4TZDA 2YROA 3V64A 3BTAA 3AH2A 3OGFA 2VH9A 2GDFA 3LSDA 4CJMA 4GAIA 1GZ9A 1CQ9A 3H6RB 1Q8SA 2GNTA 5KXCA 5T54A 2CTVA 2ZGQA 3BAOA 3FJHA 5JOXA 1DQOA 1IS3A 5FZUA 1UN1A 1AXYA 4QC4A 4FPLA 3WDWA 1GYKA 2YXSA 1BFCA 4D69A 1ITBA 4Y20B 3A23A 5E88A 3RG0A 2ZGMA 3WHTA 3RRDA 4FOVA 4U2AA 1GZCA 3PVNA 1W6NB 3CU1B 2PHFA 2M49A 2L5XA 3AZVA 3WDVA 4YGBA 1MS0A 3PMEA 4ZKTB 1IS4A 1LHVA 1MZ6A 1WW5A 4FPOB 3CRIA 4M3CA 3WINC 1EYLA 2B7YA 2A3YA 3WINA 3JRRA 2X2TA 4OEGA 3FJFA 3AJZA 2A6YA 1UZZA 1LECA 3IM5A 4XE9A 3SNMA 4QBVA 2C9AA 1KDMA 2ZHMA 4IHZA 1Z2VA 3VEQA 3H6RA 1JT7A 4XJAA 4EFQA 2R16A 3ZC8A 5FRAA 4D0TA 1WBLA 1MC9A 3FJ8A 2GNDA 3ZSLA 1H9WA 4IZEA 5EXOA 5JOYA 4AVTA 2BEBA 1QOOA 3ZXKA 4WVVA 4Q1RA 4Y20A 2ZGNA 1NUNA 1CPMA 2Y9FA 1QQKA 1D2SA 2GN7A 3TC2A 1DGLA 4AGGA 1WUVA 5IK7A 4Q2FA 1W6NA 1GV9A 5IT6A 1JUIA 4A7KA 1MVQA 4W65A 4DPNA 3UL2A 1VALA 5F8YA 3WA1A 2WT0A 3N7JA 4IZXA 1LESA 2UUSA 1DQ6A 1G9CA 2WKKA 3OY8B 4XBQA 2JD4A 4YZ1A 1SBDA 1WW4A 5F8SA 3T8SA 3QLQA 3JUUA 2PHXA 4BM8A 4H9WA 3HMYA 2DVBA 1AVXB 2D3SA 3ZSJA 2RSTA 1UZYA 3N36A 1AJKA 5D62A 2K8RA 1AVWB 1FV3A 1V6XA 1DQGA 4LBMA 4R9CA 4XBLA 1IRAX 4YW5A 4OZXA 4K20A 3VSZA 2FO1A 1ISXA 4IY8A 3AK0A 4Q26A 1FATA 1WLWA 2R0HA 3BAQA 1G9AA 3AYAA 3Q7WA 4XFUA 1VCLA 1DFQA 4BOWA 4DRVA 2GMMA 2CL2A 3VKOA 2RQ9A 1BARA 3WOGA 5T52A 1SBEA 3ILFA 1SLTA 3VKLA 3OY8A 3VUOA 3AKFA 2CWSA 1N3PA 3VT1A 1BJQA 4ZA3B 1HLCA 1BLAA 2JECA 1NZKA 3AJ6A 1ENRA 5E8AA 4LO7B 5IK4A 1N3QA 3N0KA 3LCPA 4ZXKA 3F1RA 1O4ZA 1N1YA 1YF8B 1R8NA 1I3HA 1GZWB 3ASIA 2VW0A 1DLLA 4Y26A 2DTYA 4BPZA 3LLPA 3FJBA 4SLIA 3LTQA 3SH3A 2Z42A 1FWUA 5CBLA 3WUCA 4OEFA 4YZ2A 2UURA 3BADA 4ZLBB 1V00A 3ZXEA 1IT0A 4FPJA 3CA1A 2AH2A 1UL9A 3DGTA 2NZ9A 5GM0A 2E7QA 1A8DA 4FQZA 3AH1A 1AVUA 1WCSA 1QDOA 2IWTB 5DZUA 3NBNA 1GICA 4YW4A 4YM1A 1ULDA 4LO7C 1BXHA 3V65A 4F34A 4P6AA 3CNAA 1YIFA 3BOPA 3KM5A 2V73A 4Y1ZA 3AX4A 2VSEA 2NP0A 3ZXLA 5DZEA 2WNEA 1PUMB 1R8OA 3CAHA 3POYA 4Y22B 1FMMS 3AP7A 1YTOA 3UJ0A 1Q03A 4DRRA 1GZWA 1HIBA 5DSSB 1G8WA 3USUB 3ZSKA 1V6WA 2GMPA 3AP4A 4I4RA 4ZFYB 4WZFA 5H9SA 3Q7YA 3NV3A 2PHRA 3SNVA 4FPCA 4GP3A 4GOVA 1NXD1 2EF6A 4JCKA 4AVVA 3NBEA 1N3OA 3O12A 4LBQD 2AAIB 4I2SA 5H9RA 2TEPA 1JOJA 1ONAA 1ULFA 1D0HA 2VW1A 3RTJB 3WLUA 3UD8A 1Q56A 1KRIA 4M00A 2ZACA 1ISZA 1TTUA 4I4VA 3SH4A 4I4SA 1YYNA 3HBWA 3RS6A 3V0AB 5F90A 2A75A 2OW4A 4YM0A 1JN2P 4D8HA 4J2KA 4I8MA 3GALA 2GNMA 2G4IA 1CN1A 1YI7A 2A6WA 2BQPA 1LEMA 1W6MB 4Y22A 1GSLA 3WG1A 4YM3A 1BKZA 1KNMA 3VT2A 3ZSMA 3USUA 2D6KA 2FDBM 4X38A 3O5SA 2P3JA 1SLIA 2X2SA 2D1ZA 2CYFA 1V6LA 3IM0A 2UWBA 3E8LC 3WO2A 2DRZA 3CA3A 4I0YA 4LBOA 4USPA 5FZZA 2WBCA 3WUDA 3BAVA 3PVEA 3MW2A 3A21A 4R6UB 3WMUA 4ZBVB 4UW3A 2ZGLA 4XMIA 2WSUA 2Y9WC 1AXZA 2NN8A 4BQ1A 2NVHA 1DFCA 1FGAA 2D20A 1BQPA 3AP9A 1Z4SA 1AXMA 1WBAA 3V0AA 5GAQA 4Q9GA 4IQPA 1V6NA 4XJWA 4AN6A 4XJ9A 1S0BA 3BAGA 3OJ2A 3FJIA 1W6MA 4P9YA 1AX2A 5T5JA 4USOA 3VKMA 1TWMA 3O49A 2LALA 4A7YA 1AFCA 4JP0A 1DZDA 2FGFA 3WDTA 2EXIA 2DVDA 1FAYA 3MW3A 3PG0A 2DV9A 4KEKA 2ZR1B 3UK9A 2KM2A 3POSA 31BIA 1PC8B 1DQ2A 4R9BA 1CJPA 3AH4A 1S0EA 2ZAAA 2QYIB 1FYUA 1UX6A 3P6JA 3RQ0A 2DUOA 4TLPA 2GZBA 4GA9A 3OYWB 2D7IA 5KXDA 1G86A 1W3FA 1EV2A 1PZ8A 2ZGRA 4XYXA 2E7TA 1SBFA 3R4UA 1BFBA 1Q8PA 2GNBA 3BODA 4YOLA 1Z0HA 3QCWA 3SITA 3CQAA 3B69A 4XZPA 3FJCA 5HCBA 2DU0A 4KC3A 4G6MA 3WG2A 2ZGPA 4FQ4A 2A3XA 5T5OA 1SZ6B 3AKHA 4GOYA 4GWMA 2WT2A 2AR6A 2ZBJA 1LGCA 3V79C 1CONA 4I4UA 1BFFA 2D24A 2HWAA 1U0AA 4PBOA 4FGFA 2EALA 2GN3A 5BQUC 4XHXA 5BQUA 1FX5A 1SLLA 5GLUA 3WDYA 4LO2C 5KXBA 41BIA 3O4CA 4LO2A 3WO4A 3OYWA 3H6SE 3O0VA 4R9AA 1S0DA 3ILNA 1GNHA 4AYUA 2VXRA 5EWSA 2DVGA 4XDQA 1YRZA 4ENDA 3MW4A 2AUYA 5DVHA 2P3KA 2WT1A 4GAFA 1FNZA 3CA6A 4II0A 3BIWE 3ZXDA 3POKA 5FREA 2ENRA 1N1VA 2FMDA 3HALA 1MZ5A 1HWPB 1RIRA 1Q04A 1KJRA 1CR7A 3PVOA 3AJ5A 3ZPYA 5FNWA 3ZX7A 1DJSB 2JJ6A 5DUWA 1J1TA 5BXPA 3UJQA 1DZCA 2XG3A 4FPHA 2MLLB 3CRGA 1RZOB 2RG9B 5DUVA 1N1SA 3FLRA 3H0OA 1AZDA 3IIRA 3W59A 1UAIA 2DVFA 2W68A 3N3HA 1JYIA 2I1BA 4YG6A 3AKGA 4LBJA 1QNWA 3T2TA 2ZQNA 1SR4C 4G1RA 3M3EA 4FPFA 1ISYA 1SR4A 2ZMLA 4H04A 5H9QA 1G82A 4EKXB 4I6IA 2RHPA 1C1FA 1DQ5A 1ONKB 4ZOTA 4HR6C 3WNXA 4L4HA 3AXEA 2WLQA 1AX1A 4XBNA 2I2SA 4Z8BA 2WQZC 2E6VA 4Q27A 1HCEA 4YFWA 3AKIA 1W0PA 3B01A 2AENA 4D0ZA 4LBNA 1G9FA 3OBRA 2PELA 1AF9A 4C1XA 3TAYA 1K5UA 1DHKB 1XZZA 3FFZA 4KEIA 5GZCA 2MC2A 4FP3A 1QU0A 1WW6A 1OFSA 1PUUB 3VT0A 3N35A 2KI4A 3WMVA 2ZA9A 1LTEA 5T5PA 1JLXA 2LIQA 1KJLA 1S0JA 3AP5A 4ZGRB 1JXNA 1W6OB 1N4KA 4EFRA 2Z48A 5F5QA 5BVPI 3ZXGA 2OVUA 3NV2A 3W9TA 3M3OA 4YW3A 3IPVB 1H9PA 4LO0C 1GKBA 3D6EA 1SLCA 1ENSA 4LO0A 2VW2A 4FOQA 3I4IA 4AGVA 3IN9A 4I37A 1AVBA 2NMOA 1DQ0A 1F9KA 1OQ1A 3MEPA 1BYHA 2ZHKA 3O3QA 1EPWA 3KMVA 3ZVXA 1T4QA 1CVNA 4DQAA 3EF2A 3O4BA 1SCRA 3WO3A 4MYEA 2H0BA 3N7LA 5F8WA 4XTMA 2EXHA 3WDXA 3MPPG 2Y9XE 1OKQA 3O44A 2DTWA 1LOCA 4JPZA 1LHUA 4M01A 4X3AA 1LOAA 4LO1C 4ISQA 3WG4A 4HL0A 2VSAA 4FP2A 4LO1A 2DU1A 2GALA 5HCFA 1B09A 4A7ZA 1W3GA 1A78A 3WVJA 2MIBA 1S1AA 4P0KA 4M3CF 1ZA4A 5GZEA 2ZQOA 1W6OA 4AN7B 1FMZA 2GO2A 5DG2A 4YZ4A 2BEAA 4NO4A 3H6QA 2DURA 1ULGA 3IPVA 2QN4A 1XYFA 3WHUA 5JMCA 2V5YA 5BXTA 1MS3A 2P39A 5JOZA 4LBQB 4K1YA 1IS6A 2ZGUA 1Q1UA 4FVVA 3UJOA 1Q8OA 1M2TB 1RY7A 3I2AA 2A6VA 1N47A 3I8TA 4BMBA 1ENQA 5IK5A 2P23A 3QR5A 3HR9A 3POWA 3ILAA 4Y1YA 3R05A 4Y24A 4XOGA 4CTEA 2D3PA 5DUXA 2FFUA 1O4YA 4XMAA 2KI6B 3CA0A 1LODA 1QNYA 1QOTA 2D6LX 1IOBA 4QBCA 2UU8A 1FQ9A 3FUOA 5FZYA 2R0FA 4DFSA 3O4OA 4YGEA 3IM7A 5BYNA 4BLIA 5EC5A 4FPKA 1C1LA 3NJ5A 1S0CA 4OWKA 3V0BA 5CB7A 3SH5A 5E89A 4WVWA 3FJJA 4J2SA 4XHBA 5DZGA 4XTPA 1SCSA 4LBQA 5CNAA 3CA4A 4JQ0A 2ARBA 2WSVA 3AYCA 4C1WA 4YZ5A 3VKNA 4QKSA 2D43A 4I4QA 3M2MA 2ZABA 1JQZA 5SV8A 2K4AB 1Y7BA 4PCRA 2IHOA 1IOAA 1MS5A 3AZXA 1OQLB 4EB2B 1W3AA 2AFGA 3I29B 4Y1UA 4XIOA 1ULCA 1UPSA 1ABRB 2VLCA 3OPZA 4FPYA 2AREA 1L2HA 3RMXA 4ZFWB 3B3QE 2JKBA 2PHUA 1MD6A 3AYEA 1XHBA 1FNYA 3NV1A 5G00A 2HZ9A 1ISWA 2KH2A 1QXMA 2FFVA 2ZGSA 1KDKA 1V6IA 3ZXFA 1H30A 2Q9XA 7I1BA 2SLIA 3WDUA 3F62B 4I1BA 3HOMA 2R1DA 3C2UA 1TP0A 5JLVA 2P3IA 5B2HA 1TEIA 4IYBA 1G7YA 4XIKA 2ERMA 3M1HA 1MS1A 3ZYPA 1TWEA 2NM1A 1IS5A 1AVAC 1S0GA 2E53A 2A6ZA 4K21A 1DYKA 3SISA 3CRHA 3MALA 3ILRA 1GNZA 2A6XA 2DUQA 3FLTA 2YY1A 5T50A 3OBTA 1AXKA 1IJTA 3APBA 5DXDA 5BXRA 5EHAA 1VLNA 3N7KA 1QDCA 5JDBA 1WW7A 3CA5A 4QO3A 2D6NA 1DIWA 1J0SA 2CWMA 2ZHNA 5GLZA 2W52A 4OEEA 4LO8B 2BFHA 1WBFA 2XOAA 2UWAA 4ATEA 4LO3C 4LBLA 4KBBA 4QD2C 4DENA 4LO3A 2ZGKA 1PWAA 4X37A 4UW6A 3T1LA 5D63A 2OUHA 5EYXA 1NLSA 4YLZA 3PJQA 3WCRA 4P9WA 4ISRA 3BRGC 3AZYA 3D7WB 1P63A 2A5ZA 2YUGA 1SFYA 4CZSA 1RG8A 1LOEA 1XQNA 4FPGA 5GZDA 3JUTA 3O0XA 1LHWA 2HWMA 5T55A 1W6QB 3FJEA 2K43A 3PHZA 4GKXA 4I4YA 2ARXA 1JT5A 4HJJA 1GGPB 3UD7A 4XFSA 1MACA 1QKQA 1HWMB 2ZKNA 3ZYRA 4JC1A 3K1XA 3I2XA 1BFGA 1MS4A 1LHOA 2W08A 4Z9WB 2VY0A 5CA6A 3AP6A 2AGSA 1S0IA 4Y1VA 1FWVA 1MS9A 1DYPA 3FGMA 3B9CA 1RMLA 1QQLA 4I30A 2PHWA 1A3KA 3KQRA 2A70A 4GALA 4GKYA 1X50A 1DZQA 1LULA 1TIEA 1WD3A 4UW4A 3JU9A 4FPEA 4Z8SB 1W0OA 2ESUA 2ES3A 1W6QA 4Q1PA 3N7MA 4FOYA 3BA4A 2DREA 4JAWA 1HCDA 4HANA 1JT3A 2E4MC 1PZ9A 3T1MA 2HW9A 3FJAA 1ISVA 2E4MA 2EXJA 1DBNA 1CESA 4QALA 4G9NA 5DUYA 2EIGA 5GLTA 4G6JA 2LTNA 5GLVA 3WV6A 2KKIA 4P9XA 3L2YA 1DQ1A 1URXA 1DQ4A 3D5OA 3AZWA 2KLLA 4XFTA 2FHRA 3BRFA 1YXWA 1WBCA 4HA2A 1LOFC 1BZWA 1BLDA 3RTIB 5HCAA 1II4A 4OWLA 3AFKA 4XJZA 3O0WA 1JBCA 1LOFA 1XG6A 4I4PA 2LIEA 2JE9A 4J2XA 1JYCA 3SLIA 1VAMA 1F31A 2D6PA 4G9MA 2JDZA 5E24E 4ITCA 2ET2A 2ZGOA 1SLBA 1Q8VA 1V6UA 1VAVA 4L8QA 4P14A 1Z78A 2R1BA 1LOBA 2GMEA 4XILA 1MR5A 1WLDA 2ZZJA 2PHTA 2D23A 2A71A 2ZMNA 1GBGA 4J2YA 3PUBA 1LENA 1K5VA 3D4KA 3W58A 2OUJA 2ZGTA 3IM6A 1BA7A 3P6IA 4I4OA 1I1BA 1SLAA 3RSJA 1LU1A 3RMYA 5BOWA 1HDKA 4XXAA 3BB2A 2C5DA 2DS0A 1T9FA 4UW5A 1IILA 2ZHLA 1MVEA 3O4DA 2DYCA 4XJUA 5AVAA 2WRYA 4I7IA 4OW4A 5JVVA 3B9UA 2YV8A 3WCSA 3OGGA 4JKXB 4I3NA 1ULEA 1ILR1 21BIA 2VU9A 2HYKA 1JW6A 3BX1C 3VSFA 2J3PA 5LK5A 2DWRA 3WG3A 3TB0A 4JRAA 1CVSA 3BA7A 5DZFA 2Y9GA 5H9PA 5GZFA 1N1TA 4BMEA 4FOWA 1TFMB 4EEEB 3M3CA 1C4RA 3AYDA 2AXMA 2Z49A 1LHNA 3OJVA 2JE7A 3VV1A 2W39A 4Q8LA 1G9DA 4IY9A 3A4UA 4CRQA 2D3RA 3S8JA 1SACA 3UJ4A 1PZ7A 5BXSA 1LU2A 5GJ6A 2D7FA 4TYSA 3DUIA 4IONA 2EXKA 3R4SA 3M3QA 2R49A 3IAGC 4YG0A 3A22A 2EAKA 2YMZA 1LOGA 1ZM1A 3V0BB 3FJDA 1V6JA 1APNA 5D61A 1M16A 1IHKA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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