3N7JA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
415
structure length
405
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYAQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Identification of a Unique Ganglioside Binding Loop within Botulinum Neurotoxins C and D-SA .
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 94
structure length 405
sequence length 415
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3n7jA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3n7jA02
5IK5A 1NXD1 1SLLA 4X37A 2E4MC 1AF9A 4XJUA 5F8YA 4LBMA 1WBLA 3VKMA 2MIBA 3OBRA 1LOAA 2PHFA 4X3AA 1ULFA 2B7YA 2ARBA 4FGFA 3ILAA 5T52A 2PHRA 1YO8A 2AFGA 1LHUA 1G9FA 5KXBA 4PBOA 1IS3A 3WHUA 2PHWA 1LCLA 2IHOA 4I4XA 3AZZA 2EXJA 4GP3A 2E4MA 3SNVA 3LSEA 3BAQA 2VW0A 4LO1A 1UAIA 1LOBA 2DWRA 3T1MA 1QNYA 3B01A 2X2TA 1G9AA 3AYAA 4GAIA 5E24E 2P37A 2A6VA 1Q8OA 2ZGNA 2ZHMA 5JOXA 1DQOA 3H6QA 1Y7BA 3BAHA 2DUQA 5GLWA 4JAWA 1IRPA 1V6JA 1V6WA 2VW1A 4LO2C 4XJ8A 1G9DA 2NMNA 3BA4A 1SLCA 3OPZA 5F5QA 5H9PA 1QU0A 1BASA 1AXMA 1DFQA 1H9PA 1PWAA 4IZXA 1FNYA 4ENDA 3WUDA 1W6MB 1FGAA 1LTEA 2RHPA 1QOTA 3N7MA 4Y20A 2D6LX 2GZBA 1GZWB 1YIFA 1SR4C 3LTQA 1CJPA 4P9YA 2DREA 1V6IA 1OKQA 5HCFA 1N1YA 3T1LA 1WW6A 4EB2B 2ES3A 4BM8A 3UD9A 4LO2A 1DFCA 2PHTA 3CNAA 3WO3A 3NV4A 4EKXB 4ATEA 1K5UA 4H04A 4YFWA 4R6UB 1W3GA 4XKIA 3I2AA 2ZA9A 1SLBA 2R0FA 4XBLA 3RTJB 1DYKA 2DUOA 3C9ZA 1LU2A 1V6NA 4P9XA 3RS6A 4DCKC 1AX2A 1DQ6A 4BMEA 1SR4A 1BFBA 2NP0A 4L4IA 4CJMA 2NN8A 3LLPA 1RZOB 1JT7A 3CA3A 1JHNA 4Y26A 4XDQA 1I3HA 3UJOA 2JECA 3MW4A 4ZXKA 4BQ1A 1QDOA 1LULA 3O44A 1YI7A 4M01A 1S0EA 2FGFA 5F8WA 2DVGA 4Z8BA 5DZGA 3IIRA 4XFUA 2UWCA 4JKXB 2AQZA 3U4XA 1Q04A 4YGCA 4QC4A 1RINA 1G82A 3CRGA 3SISA 1MS3A 4J2YA 2GN3A 2DV9A 1BYHA 4EEEB 3I29B 1H30A 7I1BA 2EIGA 4IHZA 2Y9FA 3W9TA 3DGTA 1GBGA 3SH3A 3IPVB 2R49A 1MR5A 4P0JA 5H9RA 5BXSA 4Y24A 2YROA 5IT6A 4D69A 3WZ1A 2OVUA 3NBEA 1MVEA 2DTWA 4YM3A 3T8SA 1XYFA 1KRIA 1Z4SA 2Z48A 1W6QB 2BEBA 1TEIA 3ZYPA 4C1XA 3UJ0A 5BYNA 3CQAA 2K8RA 1HLCA 1LESA 1WW7A 4LO8B 5EXOA 1FQ9A 4YZ3A 4QKRA 2WBCA 1W0OA 4WBCA 3SITA 4XE9A 1Z0HA 3V0AA 1FMZA 1XZZA 2FFUA 4YZ2A 1J1TA 1QNWA 2NMOA 1URXA 3D4KA 1LHVA 3Q7WA 3HOMA 2ZGLA 4AVSA 4ZFWB 1LOFC 5GALA 3O4DA 3ZPYA 1BA7A 1UMZA 2AH2A 1N47A 1JTCA 3USUA 3PUBA 4YGEA 4I7IA 1S0GA 1VAMA 3FJBA 3V64A 5DG2A 1CIWA 2FFVA 2R16A 1N3QA 4IONA 3FUOA 1DZDA 1FX5A 3FJAA 4Y22B 4IYBA 3O5WB 4JQ0A 4I4YA 1N1TA 4LBNA 2WLQA 2W52A 1ISVA 1B09A 4QBVA 3P53A 2Y9WC 4AN6A 3VWCA 2YV8A 5AVAA 1FYUA 2RG9B 3BOPA 1WUVA 4OUJA 5DVHA 3HBWA 1QXMA 3WMUA 2YXSA 1PZZA 4LBLA 1ULCA 3K1XA 1GNZA 3HALA 4Y20B 1TIEA 2GN7A 3NBDA 3CA1A 4OWJA 1CVSA 5I1BA 3L2YA 3BAUA 2VSEA 1W6NA 4XZPA 3BTAA 2CY6A 3S8JA 1JQZA 1Q8VA 4P9WA 2ZBJA 5DUWA 3IM7A 5DUUA 1AJOA 4CTEA 1V6OA 4FPKA 2NYYA 1W0PA 2FHRA 1IKPA 1IT0A 4Q8LA 2GMMA 4I4UA 3OJVA 1N4KA 4DFSA 1DQ1A 1HIBA 5T5LA 4GALA 2P3JA 1W6PB 1ABRB 1HWMB 2D3RA 1W6OA 1R1ZA 2AXMA 4FPEA 2KM2A 3FJHA 2WT1A 4P14A 1G8WA 1FV2A 4R9AA 2EALA 1UN1A 4YLZA 1MS0A 4I0YA 1ISZA 3F1RA 1DQ2A 3C2UA 2YUGA 1SCRA 1BFFA 1FMMS 1GKBA 1CR7A 2DU0A 4FPYA 1DBNA 3H6SE 4ISQA 3E8LC 3O4CA 4OWLA 4X39A 1LHNA 3MPPG 2I1BA 3PJQA 3N7JA 2CWMA 4QD2C 4A7YA 2WT2A 4HA2A 2VXRA 4U36A 3WDWA 5JOWA 1WLWA 3OY8B 1AVWB 1LECA 1ILR1 4YG3A 1VALA 1DQ0A 3BRGC 1ZA4A 3I8TA 4C1WA 4X38A 3ASIA 3AYEA 4LBQA 2EXHA 2HW9A 5JOZA 4ZLBB 2KLLA 3ILFA 3D5OA 1WBCA 3N35A 3BAOA 3CA5A 4G6JA 2FMDA 5CNAA 5EHAA 3UJQA 4K1YA 4WZFA 3AP4A 2QYIB 1TFMB 1LGNA 1QQLA 1Q8QA 2VLCA 5FZUA 2DU1A 4ZFYB 3VT2A 1QQKA 3A21A 2D22A 2ZQNA 1ENSA 5EYXA 2K43A 4IQPA 5LK5A 1PUMB 3NBNA 2CNAA 3AZVA 4FPGA 4ZFUB 3USUB 2M49A 1JYCA 2ZGPA 1WBFA 3SLIA 3A22A 4I96A 3WUCA 3AKHA 1LGBA 4M3CF 2D6NA 2JJ6A 3FLRA 3AXEA 4ZBVB 4DPNA 5KXCA 1TP0A 2SLIA 4OEGA 4LO1C 4H9WA 1JLYA 3FJFA 5GZFA 1AVAC 3AKIA 1JYIA 2BEAA 2E6VA 1SCSA 1FATA 2G4IA 2D7RA 2Z49A 1II4A 3V79C 3IM6A 3MALA 4AN7B 2ZHNA 2VU9A 2C5DA 3H6RB 1W3AA 1JLXA 2ZACA 4NO4A 1M2TB 3IM5A 5BVPI 3H0OA 2KKIA 2CL2A 21BIA 4Q8KA 3I4IA 3AJ6A 4AGRA 4GP0A 1BQPA 1DHKB 3HSMA 2VSAA 3AH4A 2RQ9A 4GA9A 1W6NB 1NZKA 2UURA 1SLIA 4EFRA 2VXTI 3OJ2A 1N1VA 2W08A 4M3CB 4P6AA 1GYKA 4OEEA 5SV8A 4KBBA 8I1BA 1UPSA 1VCLA 3AP7A 4ZA3B 1HKNA 3AYCA 2GMEA 1SACA 4GOYA 4IY9A 3AYDA 4D0ZA 4AVTA 4Q1RA 3WDVA 1LHWA 2Y9XE 2ZABA 3CA4A 5D62A 4LO0A 3BIWE 4FOWA 1XQNA 4FQ4A 4A7ZA 1N1SA 4XHXA 3OYWA 3ZXLA 1HWPB 3O3QA 3ZXKA 4I4PA 1KQRA 4XILA 2ZMKA 4YOLA 2P23A 2ZR1B 3M3CA 4LBJA 3TB0A 1VIWB 2HWMA 4YZ4A 2KI4A 2P2KA 4I2SA 2DVBA 1TWEA 1LODA 1MZ5A 1HQWA 4XOGA 5BP5A 1MC9A 4PF5A 1DGLA 3O12A 2P39A 4I4VA 1LOGA 1V6VA 3Q9OA 3CAHA 1KJLA 3Q7YA 2AR6A 1T4QA 2OW4A 4DEPA 2ZGRA 1ISXA 2ZGOA 5D61A 2D3SA 1CE7B 3CRHA 1ITBA 3QCWA 3AX4A 4FP2A 1YYNA 1UX6A 4LBQD 3WDTA 3QYDA 1SBEA 1S0LA 1V6XA 2LIQA 4LBQB 5FZYA 1J0SA 1HKDA 3PMEA 5T5JA 2HYKA 1DZQA 3V0BA 4LO3C 3UD7A 5E8AA 4GKYA 4QD2B 4WVVA 2L5XA 1DQGA 3APBA 4Q27A 3WCSA 1OFSA 1WW5A 3NWKA 1I1BA 1EYLA 2D23A 5JVVA 1PZ7A 3FGMA 1ZM1A 1MS5A 3VSZA 1CONA 1G9BA 3FJDA 5BOWA 2ZKNA 3OGGA 1DLLA 2Q9XA 4LO3A 5T5OA 3RMXA 2DVDA 3CRIA 1AXKA 3MEPA 3CA6A 4OZXA 3WINC 5F9TA 1Z78A 4J2XA 4P0LA 4AWDA 1HCDA 2WSVA 1ONAA 1WD4A 1PC8B 3FFZA 2JD4A 5DZFA 1IS5A 2D43A 4XIKA 1RG8A 2GDFA 2D44A 1D0HA 4LO7C 4JC1A 2A7AA 2WRYA 2DRZA 3INAA 5CB7A 1JY0A 2A3XA 2E7QA 3NV3A 5GLTA 3SH4A 1YF8B 5JLVA 1WLDA 2ZGQA 4Y1XA 1N3PA 3WINA 4Q91A 2CWSA 1BFGA 3FLPA 2LIEA 1FNZA 2ZZJA 4J2KA 1BJQA 1U0AA 1S0BA 2EF6A 2CYFA 1BXHA 4G9NA 4I4RA 3M3OA 1S0JA 3CA0A 3OJMA 4GAFA 2BFHA 1LEMA 3AJ5A 1UKGA 4XMIA 1MACA 3A4UA 3WO4A 4A7KA 1PUUB 5GZEA 2R1BA 1IS4A 1GZ9A 1QDCA 4I1EA 2FDBM 3NV1A 3B69A 1CESA 4OEFA 3RG0A 1AVBA 2XB6C 3MW3A 4ATFA 3WLUA 2JKBA 4GOVA 5BQUA 4FVVA 1F5FA 2A75A 5FNXA 3P6IA 1GZCA 2ET2A 2VY0A 2WSUA 3OGFA 1ISWA 1WD3A 4XJ9A 2UU8A 1Z2VA 4IY8A 3RQ0A 1LU1A 3O4AA 1A78A 1GNHA 3AJZA 1IOBA 5T50A 3BB2A 1O4YA 5GM0A 2F8XC 4YW4A 5D63A 1Q8PA 3ZC9A 1ENRA 2GNBA 3WVJA 4XFSA 1N3OA 1KNMA 1SLTA 3VT0A 3B9UA 4TLPA 5DXDA 2ESUA 3RRDA 2DVFA 4AGVA 4FPHA 1XHBA 4BPZA 5GJ6A 1AZDA 3PVEA 4XBQA 2TEPA 2D3PA 3IKWA 2XG3A 3ZXGA 2ZGMA 1Q56A 5BXTA 4II0A 4I30A 1LENA 4FPJA 2D6OX 6I1BA 2P3KA 2YY1A 3FJIA 4I4OA 1C1LA 3P6JA 4GWNA 3WDXA 2Q5TA 5EYYA 4UW4A 4YZ5A 4Y1ZA 4ISRA 4XXAA 2EXKA 4MYEA 5T5PA 4D8HA 1AXZA 3KM5A 2JDZA 1DQ4A 4YGDA 1K5VA 4LBOA 2MLLB 5CA6A 1V6UA 2YZ4A 1W6MA 2AAIB 2R0HA 1Q03A 1AX0A 2BQPA 3JRRA 3KQRA 4HL0A 2V5YA 3ZXJA 1AX1A 3F62B 2PHXA 2LTNA 3IAGC 2P3IA 5FZZA 2ERMA 4YW1A 4PC4A 3AK0A 1LOEA 2DYCA 2VH9A 1JT5A 1AFCA 1RY7A 3W58A 5T54A 2Q3NB 4QO3A 1JXNA 9ILBA 41BIA 4FOYA 2WQZC 4XTPA 1ULGA 1IILA 4AYUA 2C9AA 3JU9A 1RITA 3AKFA 4Q1PA 3VKFC 3ZSKA 3Q7XA 4UW5A 5IUQA 4ZGRB 3A23A 2PELA 3NV2A 2ZHKA 4PCRA 3WG4A 3VV1A 1NLSA 3PHZA 3OJBA 4DENA 2UWBA 4I3NA 4FP3A 2IWTB 4XYXA 4YM2A 5E88A 5GAQA 5HCAA 3RMYA 5F90A 5HCBA 3ZVXA 1LOCA 3WG2A 5IK4A 4XXPA 3V0AB 4YW3A 3O4BA 4YZ1A 5IK7A 5L73A 5T55A 4USPA 4XHBA 2NM1A 3M1HA 4L4HA 1VAVA 1L2HA 2ZQOA 4ZOTA 3UDAA 4Y1UA 3IN9A 1GSLA 2VW2A 1E0OA 1JT3A 3D6EA 5GZGA 1ENQA 1YXWA 1YRZA 1G86A 5FNWA 1APNA 3BRFA 1JN2P 4PQ9A 1D2SA 4YG0A 4U2AA 4LO7B 3HR9A 5GLVA 3W59A 1R8NA 1JT4A 3AH2A 1R8OA 2ENRA 3AZYA 3ZSLA 3N3HA 4SLIA 3M2MA 3ZX7A 2ZHLA 4HR6C 1CPMA 3FJ8A 1TWMA 4I37A 4TZDA 4WVWA 2A6XA 4DQAA 2JE9A 1V6LA 2WT0A 4M3CE 1BLAA 3BODA 2DRYA 1ONKB 1CN1A 3UD8A 2ZGUA 2QN4A 4BLIA 3TC2A 4JCKA 3BRDA 5DZEA 1JW6A 5GLUA 1MS8A 2KH2A 1Q1UA 4FPLA 1GICA 3PG0A 3JUUA 5GZDA 3N0KA 4I8MA 4NOTA 3BAGA 5CBLA 3FLTA 3FJ9A 2LALA 31BIA 3WV6A 5JOYA 3O0WA 4FOVA 4DRRA 1Q8SA 2ERFA 3UJ4A 1X50A 2GMPA 4LO0C 4Y1YA 2GO2A 1QF3A 2D1ZA 1SLAA 4XFTA 3N7LA 3AH1A 5E89A 1A3KA 1EV2A 3A0NA 3WO2A 1TTUA 1WW4A 1IKQA 3POSA 5G00A 5H9SA 1WBAA 2ZMLA 4Y22A 2A6ZA 2NZ9A 4KC3A 4Z8SB 5BP5C 3R4UA 3LSDA 1DZCA 4I4QA 1MS1A 3RSJA 1ULDA 1QGLA 5DUYA 1W6OB 3VKNA 3V65A 1CVNA 4GWMA 1V00A 3AKGA 3ZYRA 2R9KB 2AYHA 2I2SA 2PHUA 1GV9A 2DTYA 2ZAAA 3M3EA 4K1ZA 3WOGA 4I4SA 1DQ5A 2A71A 1KDKA 3UK9A 2K4AB 1C57A 2WNEA 3N36A 2X2SA 3S8KA 4L8QA 1QMJA 2A6YA 3BA5A 2AREA 4FPFA 2A3YA 2A5ZA 3O5SA 4Q9GA 4H55A 3WCRA 1FAYA 2A70A 3SH5A 1H9WA 4JRAA 1MS4A 1IS6A 3VSFA 3ENRA 3IM0A 4AGGA 1XG6A 2EXIA 4OWKA 1S0DA 3AP9A 1W6PA 2XOAA 5DG1A 3ILNA 3WG1A 1JBCA 4CZSA 4USOA 2D6KA 2W39A 3I2XA 4FOQA 2R1DA 4JP0A 1HWNB 4KEIA 1T9FA 2NTDA 4DRVA 1M16A 4XIOA 1S0CA 2WJSA 1BLDA 4BOWA 2AGSA 4GXLA 1LHOA 2FO1A 3WG3A 3KMVA 5B2HA 1LEDA 5H9QA 2YMZA 2NVHA 2EAKA 1IRAX 4XMAA 4XTMA 4YG6A 5BXPA 1BZWA 5EWSA 3CU1B 1S0FA 3VEQA 3FJKA 5FREA 3AXDA 3B00A 1FN0A 2ZGKA 3FJCA 3QR5A 4DS0A 4ASMB 1BARA 2JE7A 1KITA 1YBIA 3OY8A 5GZCA 1KDMA 1WCSA 1RIRA 1AXYA 2DS0A 1MZ6A 1HDKA 1FV3A 3AZXA 4BMBA 1BKZA 1C4RA 5DSSB 1UZYA 2P34A 1BFCA 4F83A 3ZXDA 1MS9A 5KXEA 5BQUC 3FUQA 5DUXA 3DUIA 4J23B 3R05A 3M3QA 1F9KA 4FPCA 2J3PA 1SFYA 4RA0A 3WHTA 1OQ1A 4Q9PA 2OUJA 1TOOA 4KEKA 3POYA 3GNEA 4OW4A 2AUYA 2H0BA 3WNXA 4M00A 1AVUA 3RTIB 3WMVA 3SNMA 2MC2A 2D7FA 1LJ7A 3VUOA 3QLQA 4UW3A 1G7YA 1W3FA 1EPWA 1AJKA 3AP5A 1DYPA 1EVTA 4YW5A 4K20A 4D0TA 4W65A 2GNTA 4HANA 3WDYA 1LOFA 4IZEA 1HWOB 3EF2A 3VKOA 4G9MA 4UW6A 3POKA 1SBFA 3A0KA 1VLNA 1JOJA 3O0VA 2UWAA 1S1AA 1CPNA 4EFPA 1OQLB 1YTOA 3OYWB 5DUVA 1KJRA 5HPZA 3HMYA 3WDUA 3BAVA 1LGCA 4JPZA 2GALA 3N7KA 1JUIA 2W68A 1UZZA 3H6RA 5FRAA 3BX1C 5F8SA 4PBPA 2GNDA 3T2TA 1SBDA 1NUNA 4ITCA 3B9CA 1PZ9A 4WV8A 2UUSA 3POWA 4GKXA 2A6WA 2DVAA 5EC5A 1PZ8A 3BADA 4R9BA 2D6MA 3FBYA 1G9CA 3BA7A 3GALA 5CAZA 1I1EA 4XBNA 1FWUA 3AFKA 2Y9GA 2Z42A 1AVXB 4YW2A 3PVOA 4M3CA 1O4ZA 3B3QE 2AENA 3ZXFA 2D7IA 3ILRA 1IHKA 2HWAA 4F34A 4XJZA 2E53A 3JUTA 3NJ5A 2ZGSA 4BLJA 1ISYA 1ULEA 3R4SA 1HCEA 4FQZA 1C1FA 4P0KA 3AZWA 3O4OA 2A3WA 4I6IA 3FJJA 3O49A 3V0BB 2V73A 4KEJA 4XJWA 1UL9A 3FJEA 1GZWA 1V6KA 1QOOA 3ZXEA 5JDBA 2SBAA 5GLZA 4Z9WB 3NBCA 2DUPA 2WKKA 2E7TA 1MVQA 2ARXA 3VT1A 2E51A 1GLHA 4YGBA 2KI6B 3VKLA 4TYSA 4FPOB 3A07A 4EFQA 3MW2A 4I1BA 2D24A 4CRQA 3AP6A 5JMCA 4YM1A 3ZSJA 1WLCA 2ZMNA 2GNMA 1GANA 4QALA 5BXRA 1QOSA 2F2FC 3ATGA 4Q26A 3UL2A 2OUHA 4HJJA 3IMNA 2CTVA 5DZUA 5IK8A 3ZC8A 1V6MA 4YM0A 2HZ9A 1FWVA 4R9DA 4R9CA 1MD6A 1GGPB 3OBTA 2ZGTA 1QKQA 1CQ9A 1S0IA 3WA1A 4G6MA 3HN1A 4XJAA 3PVNA 4LBKA 2VUAA 3ZSMA 4J2SA 4ZKTB 4QBCA 4AVVA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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