3N7JA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
415
structure length
405
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYAQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Identification of a Unique Ganglioside Binding Loop within Botulinum Neurotoxins C and D-SA .
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 94
structure length 405
sequence length 415
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3n7jA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3n7jA02
31BIA 3O44A 3AKGA 2HWAA 3WOGA 4FQZA 3VWCA 1DIWA 3F1RA 3T2TA 4Y1YA 5JDBA 4U36A 1ILR1 3BTAA 2A6WA 4DFSA 2PHFA 2Z49A 4Q8LA 5FZZA 5JVVA 1IRPA 3V64A 5BP5A 2ES3A 2R49A 4LBKA 4LO3C 2B7YA 1UX6A 1DQOA 5DUVA 4A7KA 1UN1A 4I1BA 5IK7A 4GXLA 3ZSMA 1TEIA 2SLIA 3FJAA 2DTWA 1LENA 2CTVA 3AKFA 4XXAA 2VU9A 4XJ9A 4LBQA 2ZKNA 1LOFA 4JC1A 2DS0A 3V0BA 4EFPA 4XBLA 4A7YA 5CNAA 4GWMA 1LHOA 4PBPA 2UURA 4Y24A 3ZC9A 4LO0C 4Q1RA 2A6ZA 3POSA 5KXBA 4Y20B 1NXD1 2NM1A 4P14A 4L8QA 3LLPA 4JKXB 3ZYRA 4IZXA 4G9NA 1N1VA 2LALA 2GNMA 3LSDA 4M3CB 4EFQA 4XFSA 5GLVA 3NBEA 1EV2A 4BMEA 1XQNA 5T50A 1RINA 1J1TA 3NJ5A 1DLLA 1TFMB 2G4IA 4JRAA 4YM3A 2E51A 3RMXA 2ZGMA 1PZ8A 2ZGUA 1Q03A 2ZGQA 1UPSA 3I4IA 1SZ6B 3FJKA 1GZWB 3USUB 1IKPA 2AGSA 1LOEA 5GLZA 2ERMA 4LBLA 5T54A 1AVAC 3JUTA 4YZ1A 2R1DA 5DUYA 3JRRA 2Q9XA 2IHOA 3WVJA 1JT7A 4CRQA 3APBA 2ARXA 4OEGA 5DZGA 2SBAA 4YZ3A 1FGAA 3WDYA 3ZXEA 3M3CA 5JOZA 2DREA 4QBVA 3VSFA 1CESA 2NZ9A 4XXPA 3RSJA 1GBGA 4BQ1A 4A7ZA 4FP2A 3VKOA 4YG6A 5DG2A 2A3WA 2EAKA 2F2FA 5D62A 3SH3A 4FPEA 4Y1UA 1ZM1A 1HQLA 1K5UA 1PZZA 4UW4A 2GN7A 3RS6A 2ZHKA 3R4SA 3WCRA 1YO8A 1SLLA 1JTCA 3FJDA 1SLAA 3QCWA 3LSEA 4P0JA 3AP9A 2A6VA 3AP5A 4ASMB 1JT3A 4LO7B 1LU2A 1DHKB 3CA6A 3UJQA 1SR4A 4Z9WB 5CA6A 2E4MA 4AWDA 3ZXKA 2UWBA 4G6JA 1RZOB 4F83A 3NV1A 2MIBA 1AZDA 2PELA 3WO3A 4YW5A 1R8NA 1EVTA 4IZEA 4I1EA 1BLDA 2DUOA 4GP3A 5H9QA 4OWLA 1GLHA 5B2HA 4YGBA 4GA9A 3WG2A 2D6OX 1LHVA 3IMNA 1AXKA 1V6WA 3ZSKA 3Q7WA 3PVNA 3NV2A 1W6NB 4XILA 2QYIB 1RIRA 1ISYA 4XBQA 1W0PA 1TP0A 4OUJA 1XG6A 4PQ9A 1IOBA 1FYUA 3AK0A 2PHTA 1G9AA 3D4KA 5E88A 4KBBA 2ZGRA 2VW2A 4YOLA 3AJ5A 2BEBA 4XBNA 2OVUA 1V6UA 1K5VA 1DZQA 3ASIA 3FBYA 2D3SA 4M3CA 2I2SA 2Z48A 3O0XA 2GMMA 4LO2A 1I3HA 4XMIA 3ZXLA 1AX0A 1VAMA 4LBNA 2GZBA 1S0CA 3ILRA 2JE9A 4FPJA 3K1XA 2EALA 4H04A 1LOGA 2FDBM 4DCKC 4WV8A 3HSMA 1GZWA 3USUA 3L2YA 2D6LX 2W52A 1H9PA 3QR5A 2CWMA 2P2KA 3IKWA 4QALA 1G9BA 4I8MA 3UD8A 1FMZA 4FPKA 1G7YA 2P23A 5IK4A 1MZ5A 5BOWA 4XJZA 2R0FA 1GYKA 1X50A 1G9CA 2NP0A 4CZSA 1RY7A 3TAYA 4YW4A 2PHUA 1V6OA 3BA7A 1DQGA 4J2KA 2VSEA 1AVBA 1IOAA 1DZDA 1FWVA 4HJJA 1WBLA 3FJIA 3ZXFA 2EXKA 2VH9A 4Z8BA 1DFQA 1QNWA 3CU1B 3BAHA 4Y1VA 3N3HA 4QO3A 2GDFA 4D0TA 3WUCA 3O4DA 1C57A 4AVSA 3SLIA 2R16A 1CQ9A 3SNMA 3HBWA 2VXTI 5F9TA 1AFCA 4OWJA 1AJKA 3AZYA 3OJMA 4WBCA 3OGFA 3WHUA 2D6MA 1V6KA 2C5DA 1ABRB 2VSAA 5EG6C 4YW3A 4DQAA 4GALA 4XJ8A 3ZSLA 3BB2A 2VW1A 3UJ4A 4Y26A 1NUNA 1LGCA 1TIEA 5G00A 2D6KA 1J0SA 4QD2B 1PUUB 1SLBA 2UWCA 4XJUA 3AYDA 4OW4A 3I2XA 1D0HA 3AZXA 1E0OA 2YXSA 1WUVA 5FZYA 3OYWA 3IM6A 4FGFA 2XB6C 3AH4A 3U4XA 3BX1C 3BAQA 4FPFA 2J3PA 4YG3A 1DYKA 5T5JA 1W6NA 1TWMA 4Y1XA 2FHRA 1WD3A 2W08A 5GALA 2K43A 4K1YA 3AJZA 5BXRA 4LBMA 4XZPA 2WKKA 4ENDA 1F5FA 3FJCA 2DRZA 1JUIA 5I1BA 1N3QA 1MS8A 1GANA 5LK5A 3LCPA 1Y7BA 5EC5A 2KH2A 2DVDA 1KRIA 4BMBA 4XTPA 4P6AA 3I8TA 2BFHA 1W6MB 1DQ1A 1S0JA 1Q1UA 1RG8A 4H9WA 3AX4A 1LJ7A 2YMZA 3WMUA 1NZKA 3OJ2A 4P9XA 3BOPA 4I4VA 4ZXKA 3C2UA 2ZBJA 3WMVA 2GALA 1JT4A 1HWMB 2HWMA 3R4UA 1AXMA 1XYFA 4J2YA 2YV8A 3N7JA 3FJFA 3NBDA 5F8WA 1G8WA 2D7FA 1OQLB 5GAQA 3FJBA 5JOWA 4GAIA 2NTDA 2X2SA 1QMJA 1G86A 5FREA 1WLDA 1RMLA 1KJRA 1UAIA 3AP6A 1PC8B 2A6YA 2ZMKA 4K20A 4R9DA 3PUBA 4MYEA 1G82A 1BLAA 1BFCA 4HA2A 2NMOA 2D6NA 4P9YA 4Q26A 5IK5A 5DUWA 4YGDA 1D2SA 1GICA 5F8SA 1BJQA 3DUIA 4FPHA 5DUUA 2VUAA 1QOOA 3VKNA 2A70A 4YM0A 2ZGOA 5HPZA 4D69A 3OJBA 3POWA 2D1ZA 5T5OA 1V6LA 1SACA 1LCLA 3B9UA 1URXA 2ZMNA 3ATGA 3W58A 5IUQA 3FJJA 2VW0A 4ATFA 4D0ZA 5BVPI 3ZPYA 1C1FA 1KDMA 4ATEA 1CPNA 4J2SA 4I0YA 1YIFA 4WVWA 2I1BA 3GALA 5F90A 4II0A 3WINA 1V6XA 1ULGA 1GKBA 4G6MA 3S8KA 1EYLA 5BXTA 4YLZA 2VLCA 2WRYA 4XE9A 4YM1A 2AR6A 3UK9A 1A78A 5DXDA 2AFGA 1Q8VA 1LGNA 2JE7A 3WDWA 5GLTA 2XG3A 3O4OA 1CJPA 3AJYA 3UL2A 1S0FA 3LTQA 3BAVA 1CR7A 1VLNA 2Y9FA 1MD6A 1JOJA 2E53A 2EIGA 1AVWB 1AJOA 2E7QA 4FP3A 2KKIA 1BYHA 1W6MA 1AVUA 1APNA 2YROA 1V6NA 5CB7A 4YFZA 2P37A 4GOVA 4X39A 1HDKA 4BLIA 4Y22B 2ET2A 1EPWA 1JHNA 1N1SA 3H6SE 3WNXA 4W65A 4EB2B 1L2HA 5GZCA 2UUSA 3INAA 3KQRA 2EXHA 2K8RA 2VXRA 4Q27A 2D24A 1S0GA 4LO1A 3CA0A 2PHXA 1FATA 5GJ6A 5DZUA 1V6IA 2E6VA 2A6XA 5EWSA 1V6MA 6I1BA 1IHKA 1HKDA 2KM2A 4SLIA 1JQZA 1MVQA 4FPYA 3CA4A 5T5PA 2P3IA 4JQ0A 3UD9A 3PVOA 1YTOA 2IWTB 2D43A 1LOBA 3D5OA 3CNAA 2OW4A 5GM0A 5GZEA 3TB0A 1MS4A 1WCSA 2W39A 1GNZA 1P63A 2R1BA 4Q9GA 5EXOA 1ULFA 3N7MA 1WW5A 3FUQA 3B00A 4YZ2A 1Z4SA 1HKNA 4X37A 3Q7YA 5SV8A 4JPZA 5H9RA 1Q8QA 4LBOA 2OUHA 3NBCA 3QYDA 1IKQA 2RHPA 1CN1A 1BFBA 4L4HA 4YFWA 5BYNA 3NV4A 1HQWA 3FGMA 3ILNA 4NOTA 1KITA 4FOWA 4G1RA 1JN2P 3O0WA 3WDTA 3RTJB 1Q8OA 4IQPA 4Q1PA 3B69A 4EKXB 2P39A 1N4KA 2A71A 4FVVA 4ISRA 5HCAA 1TOOA 2HW9A 3POYA 2ZGPA 4GKYA 4XIOA 1QU0A 4F34A 4RL7A 2Y9XE 5F8YA 3Q9OA 3D7WB 5BP5C 1W6PB 2R9KB 4GP0A 1LU1A 4JP0A 2D3RA 4WZFA 1U0AA 1DBNA 4AN6A 3ZX7A 1ISWA 4XOGA 5T55A 1N47A 3O4AA 2GN3A 2ZGSA 4X38A 4I4YA 3WG1A 1LULA 4I3NA 5GLUA 4Y20A 2MLLB 3OY8B 2A5ZA 1LOFC 2DUPA 4AGVA 1MZ6A 1C1LA 2UU8A 4USOA 1G9DA 5AVAA 2M49A 2JECA 2AUYA 3IM0A 5DZFA 3ZVXA 1MS3A 1XZZA 1FX5A 1V6JA 1ONAA 4Y22A 2FO1A 3OJVA 4ZLBB 1BFGA 1WW7A 1LOCA 5JLVA 5D61A 3BA5A 3AH1A 4I4RA 2D23A 4G9MA 3N0KA 3IM5A 1GGPB 3H0OA 3P6JA 5FRAA 5E89A 4YGCA 3ZC8A 4FQ4A 1YRZA 5KXCA 3AYEA 2BEAA 2GMEA 5HCBA 2D44A 2DUQA 3BRFA 3RRDA 3WCSA 3AXDA 1SLTA 2X2TA 4FPCA 2WJSA 3MPPG 1FWUA 5F5QA 2FFVA 4GWNA 3P6IA 1QQLA 1W3AA 5FNXA 3FLTA 3N7KA 1M2TB 1SFYA 1VAVA 4QBCA 1V00A 4NO4A 3H6RB 1WBFA 1SBDA 1WW6A 3M3QA 3A23A 2RSTA 2ZMLA 1ULDA 3PG0A 5BQUA 2JJ6A 1V6VA 4JCKA 2R0HA 1PZ7A 2AQZA 1F9KA 4BLJA 2CY6A 5KXDA 5GZFA 2ZGKA 2F2FC 3FLRA 4AGGA 1GZ9A 3ILFA 1A8DA 4XFTA 3MEPA 1OKQA 1YYNA 4USPA 3UJ0A 2JD4A 3WG4A 1IILA 4C1XA 2AH2A 4D8HA 2RQ9A 4FPLA 1S0LA 1DQ2A 3MW4A 3OBRA 1Z2VA 1WBAA 1ENQA 2WBCA 2HZ9A 1W6QB 1SR4C 4XKIA 2E4MC 2AREA 2BQPA 3V65A 4LO3A 3EF2A 3CRHA 4FPGA 4IHZA 3RTIB 4Z8SB 4AVVA 1W6PA 4R6UB 1UZZA 1VALA 4XYXA 3AH2A 3F62B 2JKBA 5GLWA 3CAHA 3ZXDA 1QXMA 2ERFA 5T5LA 1Q8PA 4XFUA 1QOSA 4R9BA 4I96A 4PC4A 2NMNA 1OQ1A 4LO0A 3UDAA 3VUOA 1S0DA 3NWKA 2PHWA 3V0BB 4L4IA 1SCRA 5E8AA 1QDCA 3FFZA 1ONKB 3HN1A 4ISQA 4I4SA 1Z0HA 4QKSA 4Q91A 3AFKA 3H6QA 1CPMA 2NYYA 4LBJA 1LHWA 3IAGC 4OWKA 4LO2C 4YM2A 1RITA 2E7TA 3Q7XA 2WNEA 1ISZA 1HCDA 2P3JA 7I1BA 1HWOB 3AKHA 3RG0A 1QF3A 4HR6C 3BODA 1N1TA 5DUXA 1IS5A 2WT2A 3SH4A 2YY1A 1AXZA 1DYPA 5IT6A 4LO8B 3VEQA 2Y9GA 1QKQA 3WHTA 2DV9A 3AYAA 4I37A 3SISA 4XJWA 1JT5A 1JBCA 1ITBA 5JOXA 4DS0A 1MS1A 4ITCA 4M3CE 2ENRA 4JKQA 1ISVA 2JDZA 4ZFUB 3O4BA 3BADA 2K4AB 1PWAA 3TC2A 3JUUA 2W68A 3MALA 1KDKA 5DSSB 3AXEA 2F8XC 3BAOA 4CJMA 3A0NA 5JOYA 1MR5A 3UJOA 1JLXA 1UMZA 2LIEA 1W6OB 1KNMA 1WLWA 4I6IA 4ZFWB 3C9ZA 1UL9A 1SLCA 3S8JA 4LO7C 2A7AA 1CE7B 1W6QA 1S0BA 2ZGNA 3M2MA 3AZVA 1LGBA 2D6PA 4PCRA 2LIQA 2ESUA 1T4QA 5DZEA 3ILAA 3BIWE 1I1BA 3OPZA 4AGRA 1LECA 1JYCA 2KI4A 3AP4A 1XHBA 1LESA 4DRRA 1YXWA 1WLCA 4P0KA 3N7LA 1HWPB 5FZUA 1FMMS 3SNVA 4FOYA 3IN9A 4P9WA 1DZCA 4DPNA 3P53A 8I1BA 4CTEA 2C9AA 1BARA 1GSLA 3IPVB 1LODA 2WLQA 1AX2A 1FNYA 3O12A 3OGGA 4M00A 1H9WA 3UD7A 3SITA 1JXNA 3NBNA 1DQ4A 4YG0A 3MW2A 3R05A 1ULEA 2KLLA 1LHUA 5GZGA 5T52A 2V73A 4RA0A 3A22A 4AYUA 4YGEA 1DQ6A 4FOQA 3GNEA 2ZA9A 2FMDA 4P0LA 2DTYA 1LEMA 2D7RA 2L5XA 1FV3A 3JU9A 1UZYA 41BIA 4WVVA 4DENA 4KC3A 3BRGC 1AF9A 1N3OA 4X3AA 4QKRA 5HCFA 1SBEA 1SLIA 3BRDA 2ZACA 4TLPA 2ZQNA 3O5SA 4GKXA 5D63A 2MC2A 4I2SA 1HLCA 1O4ZA 4PF5A 2WT1A 1BKZA 3AJ6A 1C4RA 5KXEA 4I7IA 2GNDA 4XIKA 4ZA3B 4ZKTB 1MS5A 3I29B 3RQ0A 4J2XA 4DRVA 3FLPA 1GNHA 2DVFA 1BXHA 5JMCA 3BAGA 2ZZJA 2HYKA 5CAZA 3OBTA 3PMEA 1OFSA 1N3PA 1WBCA 3POKA 3BA4A 3CA1A 4XJAA 2ARBA 4U2AA 4TZDA 3B3QE 3ZYPA 4Q8KA 4BOWA 2DVGA 3CA3A 2ZQOA 1W6OA 1WW4A 5DVHA 2OUJA 1Q04A 1MC9A 1DQ5A 2WSUA 4Q2FA 5BXSA 3VT1A 1KQRA 4BM8A 2DURA 2ZAAA 1ENSA 3N36A 1H30A 2Q5TA 2A3XA 1DQ0A 1Q56A 3VT0A 5L73A 3A4UA 4QD2C 1O4YA 3WV6A 2ZGTA 4OEFA 4KEJA 5EHAA 4IONA 5IK8A 1AVXB 4XHXA 5EYXA 1IT0A 3CQAA 4PBOA 1YF8B 2DYCA 3FJ8A 2AYHA 3WINC 3A07A 3O49A 4DEPA 2RG9B 2AENA 1PUMB 1N1YA 2GNBA 3OYWB 1TWEA 4Q9PA 4ZGRB 3HALA 4HANA 4ZBVB 2GMPA 3IPVA 5FNWA 2CWSA 1S0IA 4XDQA 4H55A 1II4A 1GV9A 2DU1A 2UWAA 1IJTA 1R1ZA 4HL0A 4JAWA 3WUDA 4UW5A 4I4PA 4J23B 1W0OA 1Q8SA 3FUOA 1IRAX 3O0VA 4UW3A 2ZGLA 4Y1ZA 4LBQD 4I4QA 1PZ9A 1VCLA 3WDUA 1CONA 4KEIA 1SBFA 1AX1A 2TEPA 4FPOB 2AXMA 1IS3A 4R9CA 1BZWA 1M16A 2VY0A 1LHNA 2DRYA 1CIWA 1F31A 1WD4A 1JYIA 2GO2A 2A75A 2ZHLA 2ZR1B 5BXPA 3WA1A 1KJLA 1JLYA 4YW1A 1DJSB 2KI6B 4LO1C 4ZOTA 1UKGA 3QLQA 1YBIA 2QN4A 2H0BA 3CRGA 3AKIA 3V0AB 1FQ9A 3AP7A 3T8SA 2WSVA 2NVHA 1YI7A 3PJQA 1HIBA 2YUGA 2D22A 3ZXGA 1HCEA 5DG1A 1MACA 2DU0A 2P34A 21BIA 4I4XA 1FAYA 1FNZA 3PVEA 2CNAA 3CRIA 4I4OA 5EYYA 4I4UA 1JW6A 5H9SA 4C1WA 1Z78A 3CA5A 2GNTA 3RMYA 2FGFA 3A21A 1BQPA 1BFFA 3O5WB 3KM5A 2D3PA 4AVTA 1ENRA 3KMVA 3E8LC 5H9PA 1ZA4A 1CVSA 1QOTA 4M01A 3M3EA 3T1LA 4IY8A 2DVBA 1W3GA 3B01A 1FN0A 2DWRA 3WO4A 4YZ4A 3WZ1A 2NN8A 1JY0A 1AXYA 1DGLA 1TTUA 1I1EA 4OZXA 4TYSA 1MS9A 1T9FA 3HR9A 4EFRA 1B09A 4GOYA 1IS4A 3O4CA 2Z42A 2FFUA 5CBLA 1A3KA 2EXJA 3WO2A 2AAIB 1QDOA 1HWNB 1NLSA 2CL2A 1CVNA 3O3QA 3BAUA 3SH5A 1LEDA 1R8OA 2WQZC 3VV1A 2ZHMA 3M3OA 4AN7B 2YZ4A 3D6EA 1QGLA 1QQKA 3AZZA 4BPZA 4IYBA 3OY8A 3VKFC 3FJEA 2PHRA 4XTMA 3IIRA 1LTEA 1DFCA 4LBQB 3WDVA 1S1AA 2WT0A 1IS6A 3I2AA 3W59A 2LTNA 4UW6A 2EXIA 3NV3A 2ZABA 4ZFYB 3WLUA 1BASA 3ZSJA 4EEEB 1LOAA 3B9CA 3V79C 3M1HA 2P3KA 4OEEA 3WDXA 1BA7A 4IY9A 2V5YA 4QC4A 3HOMA 1G9FA 1QNYA 1ISXA 1FV2A 2XOAA 4XMAA 1SCSA 3MW3A 3VSZA 4M3CF 3VKLA 3A0KA 1W3FA 2DVAA 4K1ZA 4YZ5A 1MVEA 3AZWA 4XHBA 2D7IA 3V0AA 4K21A 4GAFA 3T1MA 2D20A 2CYFA 3HMYA 2Y9WC 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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