3OBRA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
420
structure length
418
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYATQECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 112
structure length 418
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obrA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obrA02
3BODA 3POWA 4NO4A 1MC9A 3CRIA 5DG1A 1ULDA 5FZUA 1YO8A 3CU1B 4H9WA 1SBDA 2E7TA 2VU9A 4Z8BA 1SLTA 5DZGA 3LSEA 1N3OA 1UN1A 1V6JA 1QOTA 5FREA 2DVBA 2EIGA 3BAVA 2DRZA 1DFQA 2Y9FA 2E6VA 4GWMA 1SFYA 1PWAA 4LO7B 2K43A 1JBCA 1PC8B 4I37A 1SACA 1T4QA 1LOFA 4YGBA 3RMYA 2CWSA 4TZDA 3OGGA 1RIRA 2A7AA 3D6EA 4R9CA 2ZMKA 1N1YA 2DU1A 4BLJA 2DTWA 2NVHA 4I4UA 4UW6A 4KEIA 2ZHLA 3O12A 3VWCA 2AQZA 4Q91A 5DG2A 5T50A 1JHNA 3AYCA 1JT4A 3N35A 2F8XC 4FPYA 1S0DA 1SCRA 3P6IA 4DEPA 2FDBM 3IM7A 2NTDA 1IT0A 4EEEB 3UJ0A 2CYFA 3T8SA 2VLCA 3WLUA 4ZFUB 3BAHA 5HCAA 1TOOA 3M3CA 2D6NA 1S0IA 4FPKA 3ILFA 5F8WA 1Q8QA 2X2SA 5GZGA 1VCLA 3VT2A 1JY0A 2B7YA 3PUBA 2EF6A 4M3CE 4G1RA 4Q27A 2ZGKA 2Z49A 2WT0A 2HWMA 4H04A 3HR9A 1HCEA 1WD3A 5IK5A 1LCLA 3QLQA 1JTCA 4I4PA 1C1LA 2L5XA 3K1XA 2A6VA 3ZXFA 2NMOA 1DZQA 1MS3A 4ZA3B 4UW5A 1WUVA 4M01A 21BIA 1DQ4A 4Z9WB 2JE7A 1MS1A 3POSA 4QD2B 1BFCA 3ILAA 3DUIA 2DUQA 4USPA 1WW7A 1HCDA 1VIWB 5CBLA 1GZ9A 1Z78A 3AKGA 2ZHMA 5BXTA 3WINA 4K1ZA 3ZSJA 3WG4A 1W6OA 2DVDA 3VEQA 3O4AA 4JCKA 4AYUA 4I96A 4YW1A 5F5QA 1FWVA 1QF3A 1V6OA 4JKQA 2A71A 2FMDA 4YW4A 3BRGC 4ZFWB 2AYHA 2Z42A 4DS0A 3OJBA 3D4KA 2I1BA 2JD4A 1W3FA 3HOMA 1BARA 4Y20B 1N4KA 1Q56A 3AP4A 5T54A 2HW9A 2NM1A 2Z48A 4JP0A 5E89A 1IKQA 5CAZA 4M3CA 5SV8A 4AGGA 2ZKNA 3ATGA 1G9AA 1XHBA 3ZSLA 1ABRB 3ZPYA 2Y9GA 1W6QB 1H9WA 4A7ZA 3RMXA 1WBFA 2VH9A 4XBLA 3IM5A 1Q8OA 1BLAA 1QU0A 4R9BA 2P2KA 1BKZA 3V64A 1MVEA 2G4IA 5L73A 3UJQA 3NJ5A 1FQ9A 3WDVA 3QR5A 3FJKA 1BFBA 3MPPG 3OBTA 4YLZA 4XBNA 2ZAAA 2QYIB 1CQ9A 3IM0A 1QQLA 3F1RA 2K8RA 1IKPA 5T5PA 5DUYA 4Y1VA 3FGMA 4ATEA 3RTJB 3BX1C 4Y24A 2RQ9A 1RMLA 1Q8VA 4RA0A 4YM3A 3ASIA 3PJQA 3AYDA 1UZZA 5T5JA 4OWJA 2WSVA 1DQOA 3RSJA 1YXWA 3RRDA 5HPZA 1IILA 3RG0A 3AZVA 5GZFA 2FGFA 4AVSA 3N3HA 2VY0A 1MVQA 1C4RA 1GZWA 4BM8A 1Z2VA 1V6WA 4Y1ZA 3UDAA 2ZA9A 4XXAA 2LIEA 2YXSA 4QKSA 2AXMA 4MYEA 3ZC8A 1V6UA 1KITA 1G86A 1GANA 2ZGQA 3AKIA 1DBNA 3B01A 1G9BA 4GOYA 4Y1YA 4XJAA 4Y22B 5DZFA 3AK0A 3V0AA 1M2TB 41BIA 1JT3A 2XG3A 1FAYA 4I7IA 1AVWB 5H9PA 2Q9XA 1LHWA 3AYAA 4ZKTB 1J0SA 3D7WB 1A3KA 4FPFA 2RSTA 4Y1UA 3AJ5A 4XFSA 2GNTA 4XXPA 2R0FA 4I4SA 3NWKA 1EV2A 1EVTA 3WO4A 3AZWA 2D24A 3FJFA 5DZEA 2D3SA 4XHXA 4FPGA 3SH4A 4XIOA 1WD4A 1N1SA 2XOAA 4WVWA 3NBEA 3POKA 1DLLA 1ULEA 3OY8B 1YIFA 5FZYA 2VW0A 2P34A 5BQUA 1HLCA 1QNWA 2BFHA 3TAYA 3A21A 4EFRA 3B3QE 4YZ4A 3S8KA 1JOJA 2BEAA 3ZXKA 2R49A 2D6PA 3AP6A 2ERMA 3NV2A 1WBCA 4H55A 3H6RA 4DFSA 2GMMA 3BA5A 3CA6A 3LCPA 2D1ZA 3USUA 4KEKA 5BYNA 1UZYA 3UL2A 3ILRA 3A07A 5KXCA 4FPLA 1IHKA 3N7LA 3BIWE 1P63A 2DVFA 2D6LX 4PCRA 3SISA 1YBIA 31BIA 1MACA 5JVVA 3FJCA 2LIQA 3FUOA 2GMPA 2ZABA 2W52A 4I4OA 2V5YA 4IHZA 1AXYA 2ZGSA 2ZGTA 4JKXB 4CRQA 3PHZA 3QYDA 2ZHKA 4QALA 1DQGA 1APNA 1AF9A 1LTEA 1GKBA 3WV6A 4D69A 3IMNA 4LBQD 3NV1A 1WW5A 4WV8A 3C2UA 4R9AA 1G8WA 4L4HA 1X50A 3B9CA 3T2TA 4YGDA 1N3QA 1K5VA 3CAHA 4KEJA 2DTYA 1FWUA 1XQNA 4YGEA 4PF5A 4G9MA 2BEBA 5E8AA 1QMJA 4XJWA 1SLCA 2SLIA 1BLDA 1Q04A 3ZYRA 2P23A 3WDYA 2ZGRA 1VALA 4F34A 5IK8A 1UAIA 2ZZJA 2ZQOA 5BXSA 2Y9XE 1SLIA 5GALA 4LBLA 2FHRA 4R6UB 1W6NB 3N7MA 3UJ4A 1FATA 2ZMNA 2ZGOA 3FFZA 1KRIA 1YTOA 4W65A 1FV3A 2DUOA 4FQ4A 3SH3A 1GNHA 5FNWA 4FVVA 4I1BA 3WHTA 1TWMA 2VSEA 1DZCA 5AVAA 1MS9A 3AZYA 1LEMA 5KXBA 4K21A 4Q26A 1ENRA 2KKIA 1ULCA 4AGVA 1S0JA 4Y26A 2FFUA 3FJBA 4QKRA 5B2HA 4TLPA 1LGBA 3VT1A 1XG6A 1JYCA 3R4SA 3CA3A 1OQLB 1DJSB 1VAMA 1R8OA 2W08A 3H6SE 4UW3A 3WUDA 3FJ8A 1L2HA 3O0VA 1HQWA 4OWLA 5GLVA 4U36A 1LHOA 3UD9A 2DUPA 4Q1PA 1WLDA 2D44A 4QBVA 4IZEA 1E0OA 4I0YA 4J2KA 2WSUA 5EYXA 1PUUB 2P39A 5LK5A 4WZFA 4ZBVB 1JYIA 3FUQA 4PC4A 1CVNA 1PZZA 2D43A 1GYKA 4NOTA 4Q2FA 4Z8SB 1KDMA 1GZWB 4ISQA 4DRRA 2YUGA 2VW2A 5BP5C 3Q9OA 2TEPA 3AXEA 4LO3A 4XZPA 2NYYA 1FMZA 4P14A 2WRYA 1ILR1 4LBJA 3N36A 4LBKA 4P0KA 3JU9A 2A6XA 1V6NA 4FOVA 5DSSB 4I30A 1S0EA 1W0PA 2YV8A 2E51A 5BXPA 4WVVA 1Y7BA 1YRZA 5BOWA 2D3PA 4CJMA 2VXTI 4D0ZA 3V0AB 5BVPI 3V79C 1TEIA 2E7QA 1CPNA 1BA7A 3CRHA 2CTVA 4J2SA 2K4AB 4HR6C 3WDXA 4YG3A 2P3IA 3IKWA 1CE7B 3BA7A 2FFVA 1ISWA 1AXMA 2EXHA 1HWPB 3ZSMA 3ZXLA 3O0WA 2D20A 1F9KA 2PHXA 3AH2A 1XZZA 4FQZA 2MLLB 1WLCA 2A70A 2WT2A 3I2XA 3BAOA 3VKMA 1W6PB 4II0A 2UWAA 3P53A 4P0LA 3MW2A 4WBCA 2XB6C 4LBMA 1SLBA 3APBA 3PVEA 3WHUA 3FBYA 1FMMS 1AJKA 5EYYA 1AJOA 3AH1A 4J2YA 5G00A 4YW3A 1IS3A 1Q8SA 3ZYPA 3B00A 2UU8A 4I4VA 2ET2A 2HWAA 1HDKA 2YZ4A 5H9QA 1AX1A 5JOWA 1ZA4A 5BQUC 4FPOB 2AH2A 1OQ1A 2H0BA 3OYWA 1DGLA 1LOEA 4FPJA 3KMVA 2D7IA 2ERFA 2VUAA 1FX5A 5T52A 4I3NA 1GBGA 2LALA 4HL0A 4G6JA 1ZM1A 4LBQA 1SBEA 1KJRA 1CPMA 4U2AA 1H30A 1BFFA 3WUCA 5DZUA 3AKFA 3H0OA 2EALA 2AREA 3ILNA 4PBOA 1G9FA 4JPZA 5I1BA 3WG1A 1W3GA 3AFKA 1XYFA 5DUWA 1ULFA 1CVSA 2CWMA 4LBNA 4C1WA 2FO1A 2R1BA 1BJQA 4EKXB 2JKBA 3ZC9A 1ULGA 3EF2A 5BP5A 1BYHA 4ISRA 2PHTA 4FOYA 2IHOA 4YGCA 3HALA 3W58A 1QGLA 1PZ7A 5D61A 1RITA 2GN7A 3VKLA 2R0HA 1JLXA 4XYXA 3CA5A 2C9AA 1G9CA 3A22A 1RZOB 2EXJA 2GNMA 3NV3A 5DUVA 2D3RA 2WKKA 3NV4A 3WO2A 4USOA 3VT0A 3F62B 3WDTA 2Y9WC 4I1EA 5JDBA 1R1ZA 2YY1A 5HCBA 2A3YA 1ISZA 1AX2A 1TP0A 3WMVA 3FLRA 1GV9A 4FP2A 5H9SA 3UD7A 4PBPA 3FLTA 1SR4A 4EFPA 4XHBA 4M3CF 4QC4A 3B69A 5CB7A 1VAVA 3NBCA 4GAFA 1V00A 4AN7B 1ENSA 1MS0A 3MALA 5F8YA 2ARBA 4J2XA 2Q3NB 1CESA 3I4IA 2YROA 1DYPA 1JLYA 1CONA 3FJAA 3O4BA 2Q5TA 2ZGUA 3UK9A 2HYKA 4ASMB 1NXD1 1GICA 2UWBA 2GZBA 2ES3A 2KLLA 4YFWA 3AX4A 4F83A 1K5UA 1UMZA 3TB0A 3O4CA 4ATFA 4L8QA 2W39A 4BLIA 4QO3A 2P3JA 3VKFC 4BOWA 2WNEA 3BOPA 5GJ6A 1N1TA 3VSZA 1W6MA 1WW6A 3VKNA 1IRAX 3V65A 4M00A 1AXZA 1LEDA 1A8DA 3M3EA 4A7KA 4XDQA 1S0LA 4Y1XA 5FNXA 2R16A 1WLWA 5GLUA 5FRAA 4K20A 2YMZA 1IOBA 2GO2A 3ZVXA 4AVVA 2KH2A 1S0BA 4IZXA 4GKXA 3IAGC 4G9NA 3C9ZA 3I2AA 1AVXB 3R05A 2WT1A 5EHAA 2D23A 3AZXA 3ZXJA 4GP3A 5JOYA 3HN1A 4LBOA 1W6QA 4LO3C 1AVUA 4I8MA 1AXKA 1CJPA 1M16A 2R1DA 1IOAA 3M1HA 4KC3A 1S1AA 5EWSA 2CNAA 5BXRA 2JDZA 1SCSA 1LOBA 1V6LA 1MS5A 1W0OA 4CTEA 3PVOA 1RINA 2DURA 4Q1RA 2WJSA 3SNVA 4I4RA 5GLZA 4EB2B 1W6OB 3WZ1A 2HZ9A 5FZZA 5JOZA 4KBBA 4UW4A 4P9YA 4AGRA 3V0BA 3LLPA 2DYCA 3RQ0A 4XFTA 2P3KA 5EC5A 2UURA 4IY8A 3BRFA 3WOGA 5DUXA 4CZSA 1FN0A 4OWKA 5CA6A 4FPEA 2BQPA 2W68A 3VV1A 1DFCA 1LU2A 3FJDA 4SLIA 4GOVA 1LOCA 1C1FA 4XMAA 1LHUA 5GZCA 2MC2A 3OPZA 2P37A 2DVAA 1MR5A 3IN9A 4M3CB 5JMCA 3O0XA 4I2SA 1NUNA 3S8JA 4IQPA 1CR7A 3M2MA 3GNEA 1GNZA 5GZEA 3FJEA 1ISVA 3POYA 1KDKA 4LO0C 5KXDA 4HJJA 3A4UA 2ZHNA 2E4MA 4DRVA 1DYKA 2ARXA 1I1BA 4XTMA 3U4XA 4X38A 4LBQB 2WQZC 1NZKA 1LHNA 2A5ZA 1QDOA 1D2SA 4Y22A 3SLIA 4AVTA 5H9RA 4IONA 1JUIA 3WMUA 3LSDA 3PMEA 4JAWA 1U0AA 3BA4A 4Q9GA 2QN4A 3O3QA 1EPWA 4FP3A 1F31A 3AH4A 3M3QA 2EAKA 3O4OA 3WVJA 3FLPA 3IM6A 5T5LA 1IJTA 4DCKC 1GSLA 4ITCA 1YF8B 2KI4A 4P0JA 2AFGA 1JW6A 1LOGA 3WCSA 3VKOA 1MD6A 4YM0A 2ZGLA 1FNYA 3B9UA 2VXRA 1DZDA 3OGFA 2PHFA 5GAQA 2DRYA 4LO8B 5HCFA 2NMNA 4P6AA 1WCSA 2WBCA 1UKGA 4LO7C 1TIEA 2NZ9A 1SLAA 3OY8A 3IPVA 1LENA 1T9FA 1V6XA 2I2SA 3UJOA 2OVUA 4BMBA 4BQ1A 3WCRA 4LO2C 1JT7A 3SNMA 2ZBJA 1HWMB 1AX0A 3KQRA 3GALA 3NBDA 1AVBA 3I29B 2NN8A 5DVHA 4D8HA 4P9XA 3HSMA 4FOWA 2PHWA 3INAA 1BXHA 3CA4A 3MW4A 1G7YA 3R4UA 4YZ2A 1GGPB 4YFZA 1AFCA 1N47A 2CL2A 2V73A 4K1YA 1V6VA 4XBQA 3W9TA 3AP5A 1IRPA 2ZMLA 3BAGA 1QOOA 4R9DA 3W59A 3O5SA 3SH5A 2GNDA 1JXNA 4YG0A 5IK7A 1DQ5A 4JRAA 5E24E 3JRRA 1O4ZA 2C5DA 3VUOA 3CA1A 1I1EA 4Q9PA 1SR4C 3ENRA 3AP9A 3FJHA 1Z0HA 2VSAA 4X39A 4GKYA 1JQZA 4D0TA 4ZGRB 3WDWA 1Q1UA 1V6KA 3A23A 3BRDA 2ZGNA 4YW5A 5IUQA 3A0NA 2J3PA 1IS6A 3N0KA 1V6MA 1UPSA 2EXIA 2VW1A 1JN2P 3IIRA 3VSFA 1LGNA 1WBLA 3WNXA 3AZZA 5T5OA 4YM2A 4XKIA 4LO0A 1ONAA 1BZWA 1LU1A 1W6MB 2PELA 4GXLA 1NLSA 5GLWA 3AJZA 2UWCA 1QKQA 4XJ9A 4QD2C 3TC2A 2DU0A 3Q7YA 4XFUA 4AN6A 1PZ9A 3T1MA 3H6RB 1AZDA 2ZGMA 2KM2A 3BB2A 3USUB 3BAQA 2AENA 1UL9A 1W6NA 3OJ2A 2PHUA 1HWOB 2D7FA 1QQKA 4I4QA 2SBAA 1CN1A 4L4IA 1TTUA 3M3OA 2D7RA 7I1BA 2GNBA 5CNAA 3BADA 3BTAA 2OW4A 1QNYA 1QOSA 1BASA 1G9DA 8I1BA 3WO3A 5KXEA 3AJ6A 1LECA 2F2FC 1MZ6A 3N7JA 1GZCA 3N7KA 4FPCA 3ZXGA 2A6WA 3A0KA 1JT5A 1I3HA 3CRGA 5GM0A 4OUJA 3T1LA 4I4YA 4YW2A 4TYSA 2GMEA 2RHPA 3O4DA 3BAUA 4OEGA 3E8LC 1EYLA 3PVNA 4FPHA 1KQRA 1LGCA 2ENRA 3AKHA 4JC1A 3ZXDA 1ITBA 3FJJA 3D5OA 2ESUA 1CIWA 4DQAA 3JUTA 1SZ6B 3LTQA 5GLTA 4LO2A 3DGTA 3P6JA 4ENDA 3CQAA 1HWNB 4RL7A 5F8SA 1MS4A 5F90A 3ZSKA 1PUMB 4AWDA 3V0BB 1KJLA 3I8TA 1BFGA 2D6MA 1C57A 2IWTB 4FOQA 4Q8LA 2JECA 4XJZA 1TWEA 2D22A 5D62A 3ZX7A 1W3AA 2E53A 5DXDA 5JLVA 2CY6A 4BPZA 3CA0A 2A75A 2WLQA 2PHRA 1LESA 4YZ1A 5GZDA 1G82A 2OUHA 1ENQA 1DHKB 5IT6A 2A3WA 1VLNA 1V6IA 1ISXA 2R9KB 4I4XA 5JOXA 1Z4SA 3AYEA 2RG9B 4GA9A 4HA2A 1RG8A 3WDUA 2EXKA 3AJYA 1OFSA 4Q8KA 4HANA 1QXMA 4XTPA 1BQPA 3AXDA 4P9WA 1HIBA 1S0FA 2GDFA 2LTNA 4IYBA 4JQ0A 1FNZA 1S0GA 5D63A 2UUSA 6I1BA 4LO1C 4BMEA 1LULA 1WBAA 2E4MC 1TFMB 4GAIA 2GALA 1AVAC 4ZFYB 1YYNA 1H9PA 5T55A 2AUYA 5EXOA 1N1VA 1QDCA 3AP7A 2KI6B 4X3AA 2NP0A 4YOLA 2D6OX 3PG0A 4OEFA 5F9TA 3MW3A 1ISYA 3SITA 4XMIA 9ILBA 3HBWA 1W6PA 1DQ2A 1DQ0A 1HQLA 1DQ6A 3IPVB 4YZ5A 2X2TA 1LOFC 3UD8A 2F2FA 1DQ1A 2D6KA 3L2YA 3RTIB 4Y20A 3OJVA 3MEPA 4ZXKA 3HMYA 2DV9A 1RY7A 1GLHA 3KM5A 4FGFA 4XIKA 4YZ3A 1A78A 1OKQA 3Q7XA 5DUUA 3WG3A 2A6YA 4XOGA 4X37A 4A7YA 4PQ9A 2OUJA 4GWNA 1B09A 4G6MA 3ZXEA 3O5WB 2GN3A 3OJMA 2AR6A 3FJ9A 4OW4A 4GP0A 1HKDA 1SBFA 4XILA 2A3XA 5EG6C 4ZOTA 2ZGPA 1II4A 1WW4A 4YM1A 1URXA 4DPNA 2MIBA 4XE9A 1KNMA 4ZLBB 1Q8PA 4IY9A 2DREA 4C1XA 2A6ZA 1F5FA 1N3PA 4OZXA 2ZACA 1UX6A 5IK4A 4EFQA 3Q7WA 2DVGA 4YG6A 4DENA 4XJUA 1IS4A 2ZR1B 1O4YA 2AAIB 3O49A 1Q03A 2DS0A 3RS6A 1FV2A 1LOAA 1MS8A 1LHVA 1HKNA 1MZ5A 2ZQNA 3JUUA 3WA1A 2DWRA 1R8NA 3FJIA 1J1TA 3H6QA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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