3OBRA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
420
structure length
418
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYATQECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 112
structure length 418
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obrA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obrA02
4XXPA 3AKFA 3BIWE 2DRYA 1DQ6A 1NZKA 1S0DA 3N36A 4XJ8A 3W58A 2CNAA 1IOAA 1GANA 4H04A 2JD4A 3OBRA 5BOWA 1BARA 1LOGA 2KI4A 2KM2A 3WDTA 5GALA 4OWKA 4PBPA 2WKKA 5DSSB 1QXMA 4AYUA 4YOLA 4EFPA 2GNTA 1V6JA 5GLVA 4KEJA 1GICA 1ULEA 2ZHMA 5EYYA 1L2HA 1G9BA 2D3RA 3MW2A 3OGGA 3MPPG 2EXJA 4X38A 1KJRA 4QD2B 1UZZA 1C57A 1IS4A 4HANA 1BFBA 2ZR1B 3O44A 3O49A 1FMZA 4YG0A 3M3EA 1AJKA 1MC9A 1JTCA 2W39A 2ZHKA 3WG2A 2GNDA 4YLZA 4LO3C 1DQGA 1YRZA 1PZ9A 3KQRA 2MLLB 5BQUC 2LTNA 2DUQA 3ENRA 3EF2A 3IPVA 5AVAA 1PWAA 2ESUA 3WUCA 3O5WB 4YG3A 5CA6A 1AVXB 1P63A 4A7ZA 3ZSMA 1S0BA 1TTUA 4I4XA 1GNZA 1LOEA 1BJQA 5HCFA 4YZ3A 3RMYA 4ZLBB 1YO8A 3IM6A 3VSZA 3ZXGA 1JY0A 3DUIA 3POSA 1SFYA 3BA7A 4ZFYB 1HWOB 4GP3A 2D6LX 3MEPA 1WBCA 1MVQA 3FJ8A 3HSMA 4M3CA 4FPOB 2E6VA 1MS5A 1Z78A 2GMMA 3AZWA 4DRRA 2ERFA 3K1XA 4GOYA 4XMIA 2ZHLA 1QNYA 1CVNA 3LCPA 1W3GA 4Y24A 4DCKC 1ISZA 3WINC 4U36A 3A23A 2A6WA 3IM5A 1TIEA 2R1BA 2A5ZA 5IT6A 3BB2A 1LU1A 2DYCA 3QR5A 1MVEA 2NMNA 3D4KA 1W6PA 2RHPA 3A22A 4Q26A 3CA1A 4EFRA 1MS3A 4AVTA 3BODA 1BXHA 2WBCA 5H9QA 2CTVA 1G9FA 2I1BA 3JUUA 3WOGA 1QMJA 5BXTA 3AP7A 1S1AA 3W59A 3AFKA 3VEQA 5HCAA 2KH2A 2NP0A 1UX6A 3BOPA 1K5VA 4ISRA 4JP0A 2HWAA 2D20A 3PMEA 5JOZA 5GLWA 5DXDA 1N4KA 5IK4A 4YGDA 1IKQA 1DQOA 1LEMA 3N35A 1ILR1 1MD6A 3SH4A 4Y22B 1PC8B 1DHKB 1BQPA 2GNBA 1Q8VA 2LIEA 1LOCA 5JMCA 4OEFA 2AUYA 2Z48A 4YFWA 1Q8SA 5GLZA 2E7TA 4PQ9A 1CPMA 4R9BA 3CA6A 2ZMKA 4L8QA 1F9KA 1W6OB 4YM1A 4XJAA 3ZSKA 2F8XC 5T55A 2UWCA 4L4HA 4P9WA 1CESA 2A75A 1DQ0A 3BAOA 3FJKA 3LSEA 1YTOA 2LALA 3V0AA 2A6YA 3WO4A 4OWLA 4DEPA 1GZCA 1JBCA 1LOFC 1BASA 4ATFA 1N1YA 5EHAA 3INAA 5FNXA 1LULA 2W52A 1K5UA 3M2MA 3OBTA 3S8KA 4DENA 1SBFA 4Z9WB 4ZKTB 1JT5A 1BLDA 3ZXJA 4YG6A 1JXNA 1UMZA 4YW4A 4G6MA 2C5DA 1NLSA 4KEKA 1LHUA 1DQ1A 1TFMB 1SZ6B 1HIBA 1A8DA 1CE7B 1DZCA 4EB2B 1N1VA 3WO3A 2HWMA 4II0A 4J23B 4IQPA 2AFGA 3FJHA 1LHOA 4HL0A 5H9PA 4USPA 4Y1YA 3BRDA 2GO2A 1DFQA 2CYFA 3BRFA 1DZQA 1ITBA 3CQAA 1G82A 2ZMNA 1JUIA 2HZ9A 4FOWA 4ASMB 1B09A 1DZDA 1HCDA 1QF3A 2VU9A 1FQ9A 3AKIA 1UAIA 2BFHA 3H6RA 1SLBA 5I1BA 3UL2A 1S0GA 1FX5A 4XJUA 3WMUA 2ZGOA 4TZDA 3AP5A 2AENA 5DUUA 2PHFA 2DVAA 1GLHA 3TAYA 3BAUA 1R8NA 4GAIA 1JOJA 1HLCA 4AWDA 4AN7B 4K20A 3NBEA 2LIQA 3ZSJA 3I29B 3CAHA 1ULGA 4LBQD 3P53A 2KI6B 4F34A 2GN3A 1VIWB 2D7IA 4ISQA 3F1RA 5BVPI 4I4QA 2PHXA 4I30A 5EC5A 3AJYA 4XKIA 3O4BA 3ILAA 2GN7A 1V6VA 3R4SA 4NO4A 4ZXKA 3AH1A 1KITA 2Y9FA 5F9TA 1YXWA 1Z0HA 2NVHA 3FBYA 1WBLA 3AJZA 5BP5A 2D6KA 1S0FA 1FAYA 4UW6A 4YZ4A 2ZMLA 4A7YA 2ZHNA 5DZGA 1II4A 1SR4C 2WLQA 2XB6C 1G86A 3VKLA 1J1TA 3WUDA 2EXHA 3A0NA 3POKA 3AYDA 3W9TA 4JAWA 2RQ9A 4ATEA 1Q8PA 3Q7XA 1DBNA 1LCLA 4CTEA 1APNA 5DZFA 3ILRA 4ITCA 4LO8B 2VSAA 5GZCA 3QLQA 3HBWA 1MR5A 3I4IA 3ZXDA 4FQZA 4YW3A 2M49A 2WSUA 5CBLA 1H30A 2GNMA 4XFUA 1DLLA 3SLIA 2X2SA 1Q56A 2CL2A 1N1SA 3MW3A 4WVVA 1LJ7A 2BQPA 1FV3A 1TWMA 4PF5A 1QQKA 3RTIB 4FPCA 3AZYA 1V6OA 2DU0A 2ZGNA 3T1LA 4M3CE 3JU9A 4AGGA 5H9SA 3BA4A 1AXKA 3WA1A 2VH9A 1J0SA 2HYKA 3SNMA 3NBNA 1W0OA 4ZBVB 3MW4A 4PCRA 3MALA 3N7LA 4FPFA 4HA2A 4M00A 1N3PA 2EIGA 4IHZA 4IZXA 5F90A 1BA7A 4GKXA 1SLTA 1JQZA 4I37A 4I1EA 4ZOTA 2B7YA 3WDYA 4J2YA 1JN2P 4BQ1A 4Q1RA 1AXYA 1HQLA 3ZC9A 5L73A 1IS3A 2VY0A 3ILNA 1CONA 1QOTA 3BTAA 3ZXFA 4DRVA 3LSDA 5CNAA 5LK5A 3FJEA 2ZGQA 3B01A 1FN0A 1LESA 1W6NB 2NN8A 3P6IA 4XBNA 3UJ4A 2ZA9A 1JLXA 1AFCA 2MC2A 4FOVA 1NUNA 2P34A 2A70A 1AVWB 3N0KA 3SNVA 2D6OX 3VKNA 1IILA 1CVSA 1WW6A 4Y20A 4FPJA 3C9ZA 3VWCA 1SLLA 3PUBA 5D61A 4XIOA 2TEPA 2A7AA 5T5PA 4KBBA 2DVDA 3I8TA 3CA5A 1DFCA 4XBLA 1WD4A 2ZQNA 4FVVA 1ULCA 1Q8QA 4EFQA 3WLUA 3V64A 4D0TA 5JDBA 2V73A 4I4VA 2FO1A 2VW1A 4LO3A 2WT0A 3WDUA 4Q91A 4Q8LA 1W6OA 3D5OA 3FGMA 3WHUA 1DQ4A 1DQ5A 1ENRA 1ULDA 2VXRA 3RS6A 1RIRA 1LENA 2L5XA 1GKBA 4XTPA 4ZGRB 1AF9A 2AGSA 1KNMA 1XQNA 4D0ZA 2ZGTA 1SCRA 1WUVA 2D22A 3V65A 3BRGC 1I1BA 4QKRA 1MS4A 31BIA 4Q9GA 4IYBA 2EF6A 2FDBM 1W6QA 4YFZA 4TYSA 4AVVA 1S0JA 1ZA4A 2OUHA 1RMLA 1QOOA 1LGNA 1N1TA 2XG3A 1FNYA 4J2SA 3VKFC 2E4MA 3HOMA 1CIWA 1UKGA 1JYIA 1YBIA 2GMPA 5IK8A 4FQ4A 5E8AA 4YZ2A 2A3YA 1D0HA 4I6IA 3T8SA 3AKGA 1LHNA 4JKQA 5GZEA 1F31A 5BXPA 4LBLA 2CY6A 4R9DA 1FWVA 4CZSA 1S0CA 2FGFA 2UU8A 2A3XA 5FRAA 4XHXA 2R49A 3PJQA 4D8HA 4FPKA 4I0YA 2YY1A 1YF8B 1O4YA 3O4DA 3RRDA 3O4CA 3WINA 3RSJA 1N3OA 1QDOA 3FJCA 1ENQA 2W08A 2DU1A 4I1BA 3M3CA 1UZYA 1T4QA 1V6KA 5KXEA 2RSTA 5KXBA 2D6MA 1UPSA 1AVAC 1KJLA 4OW4A 2ZACA 1CQ9A 1GBGA 5D63A 3AYEA 2JJ6A 2PELA 1LOBA 1HWPB 1N47A 2E53A 2WQZC 1WLCA 1LU2A 3AXDA 4JCKA 4K1ZA 1V6MA 3ZXLA 1QDCA 4F83A 3SITA 3HN1A 1CPNA 1VALA 2DVBA 1HKDA 5IK7A 3AYCA 2D7RA 41BIA 4UW5A 4GOVA 4G9MA 1FYUA 4LO1A 2IWTB 4FPHA 3IM7A 2UURA 8I1BA 4FP2A 3A07A 2PHTA 1WLWA 3CU1B 1KDKA 3NV1A 2R9KB 2C9AA 3O0XA 3AKHA 5FREA 1Y7BA 4C1XA 4LBQB 4MYEA 1S0LA 3ZX7A 2P23A 3O3QA 4BMEA 4XFSA 2ARBA 2ERMA 4YM0A 4OZXA 1AVUA 4XILA 2YUGA 1LEDA 1MS9A 3H6QA 4WVWA 1Q03A 2A6VA 3P6JA 4P9YA 1VCLA 5D62A 3UD8A 4Q27A 1U0AA 3F62B 3U4XA 3N7JA 2ES3A 4SLIA 2IHOA 2D6PA 3AX4A 3H6SE 2AXMA 2WT1A 4M01A 4P0LA 2ZGMA 4C1WA 3OYWA 3NBCA 3Q9OA 4X39A 5T5OA 1IS5A 2K8RA 3VT1A 3BAHA 1BKZA 2Y9GA 4LO0A 5FNWA 4XJ9A 1WW4A 1W0PA 1FNZA 1BFCA 3GNEA 4M3CB 4CRQA 3V79C 3AJ6A 4ZFWB 1TWEA 3BADA 2EXKA 1ONAA 4FP3A 2RG9B 3UK9A 2F2FA 1X50A 2XOAA 1C4RA 2D43A 3CRIA 4LBMA 4Q8KA 1QKQA 4JPZA 2ZGUA 4ZFUB 2E51A 2GZBA 1WD3A 5DVHA 5GJ6A 3B3QE 3KM5A 3FJAA 2EALA 2D6NA 2HW9A 5DUVA 3L2YA 3GALA 4M3CF 3BAQA 3B9UA 2MIBA 4QC4A 4G6JA 1W6PB 3WMVA 2VLCA 1D2SA 3O0VA 1AZDA 2ZGRA 3O0WA 3D6EA 1JYCA 4DFSA 1XYFA 3A21A 3B9CA 4FGFA 1GNHA 2YZ4A 2DRZA 3FJ9A 2Q5TA 2D3SA 3PG0A 1C1LA 1OKQA 1BFGA 1IJTA 1HCEA 5F8SA 9ILBA 3FLTA 4OUJA 1TP0A 3JUTA 4AN6A 3HMYA 2D23A 1G7YA 1OFSA 3QYDA 3M3QA 2ZQOA 1HDKA 4I4YA 3R4UA 3FJIA 1W6MB 1UN1A 2KLLA 1BFFA 1IRAX 3I2XA 4YW5A 4OWJA 5DUXA 2JE7A 3WCRA 5HCBA 2VUAA 5BP5C 3NBDA 3M1HA 1M16A 2BEAA 3UDAA 4XMAA 5G00A 2AAIB 5T52A 4WV8A 3O4OA 3A0KA 2WRYA 3Q7WA 1V6WA 1WW7A 1FATA 2Z49A 3OPZA 2ZKNA 3H0OA 1LGCA 5GZGA 1T9FA 3V0BB 4R9CA 4J2XA 3FJDA 6I1BA 3V0AB 1S0IA 1VAVA 4R6UB 4I4RA 3WO2A 3BX1C 2CWMA 2YMZA 3OJBA 1JLYA 1ISVA 2BEBA 3M3OA 5F8WA 1DYKA 1V6XA 1QGLA 4BPZA 2AR6A 1G9DA 4D69A 5EYXA 1N3QA 3VUOA 1Z2VA 2I2SA 4GALA 2A6ZA 5GAQA 3CA3A 1GZWB 4GXLA 4FOQA 3R05A 4Y1VA 1WLDA 1ONKB 2R16A 2CWSA 5EXOA 3HALA 1JT7A 4LO2A 2NMOA 5E89A 4I3NA 2DV9A 1O4ZA 4YZ1A 3OJ2A 4Y1ZA 1YIFA 4UW4A 5JLVA 1SLCA 1G9CA 5GLTA 3AH2A 3VT2A 3CA4A 3T1MA 5T54A 4AVSA 3FJFA 4XJZA 7I1BA 1V00A 1YI7A 3QCWA 4W65A 4QALA 1V6LA 1SCSA 4L4IA 2R1DA 3PVEA 3JRRA 3S8JA 1V6IA 2P39A 3NWKA 1FV2A 2ZZJA 1EV2A 2OW4A 5JOXA 1VAMA 5GM0A 4HJJA 3ZVXA 3TC2A 3O4AA 3OJVA 4G9NA 1W3FA 2NYYA 4A7KA 3B69A 4GA9A 3ASIA 3NV2A 4Z8SB 5T50A 3IMNA 2WT2A 3WCSA 1IOBA 2UUSA 5JOYA 2NM1A 3HR9A 3D7WB 2P3JA 2R0HA 4XDQA 4Y22A 2PHUA 2WNEA 4GAFA 3AP4A 1ENSA 1LODA 3NJ5A 4OEEA 1SLIA 5FZUA 2K43A 5BXRA 1SBEA 3RG0A 1E0OA 4FPEA 4J2KA 4IY8A 2X2TA 2SBAA 3CRGA 3FFZA 4H9WA 3BAGA 4IY9A 4P14A 5BQUA 21BIA 1HQWA 5F8YA 4U2AA 4LBQA 3RMXA 3USUB 2DS0A 2FHRA 2DWRA 3POWA 4YW1A 3WZ1A 5F5QA 2K4AB 3APBA 2ENRA 3LLPA 2Y9WC 5GZDA 1UL9A 1QU0A 3I2AA 3DGTA 4QBCA 3IAGC 1DYPA 4OEGA 4XXAA 4I4SA 3VKOA 4DQAA 4I2SA 5JOWA 1FMMS 1ULFA 5KXCA 5T5JA 2ZGKA 1JT3A 1MS0A 1VLNA 4XTMA 3FLPA 3WVJA 5H9RA 3FUOA 2JE9A 1LGBA 1MS8A 1RINA 4PBOA 5JVVA 1TEIA 3UD7A 2D3PA 2QYIB 2Q9XA 3UJOA 1V6NA 1BYHA 4QBVA 1YYNA 2ZGLA 2E4MC 3CNAA 2VW2A 1NXD1 4I8MA 3WG1A 1SBDA 3OY8B 1I1EA 4I4OA 4FPLA 3WNXA 4XZPA 1EYLA 4LO7C 4AGRA 3IIRA 2FMDA 1MS1A 2FFVA 4BM8A 5E24E 2KKIA 4Q2FA 1XZZA 1RITA 1FGAA 1V6UA 4JRAA 4JKXB 1URXA 1MACA 1OQLB 1DJSB 1F5FA 4USOA 2R0FA 2DVFA 2Y9XE 3WHTA 3CRHA 3AH4A 4HR6C 3OGFA 2W68A 4LBKA 4KEIA 1H9WA 5IUQA 4I7IA 2P2KA 1Q8OA 3ZYRA 1QQLA 4I96A 2ARXA 1DGLA 2WSVA 1TOOA 5DUWA 4ENDA 4XFTA 3ZPYA 1CR7A 1R1ZA 4Y20B 2DVGA 2G4IA 2DUPA 4EKXB 3B00A 2Q3NB 2A71A 3UD9A 4Y1XA 1ISXA 1PUUB 1AVBA 2SLIA 1AJOA 4IZEA 1AXZA 3C2UA 2P3IA 3AZXA 3RTJB 4G1RA 4QO3A 4LO1C 1W6MA 4LBOA 4YGBA 1MZ5A 1KDMA 3NV4A 4JC1A 3AZZA 1LHVA 5BXSA 4ZA3B 3SH5A 1ABRB 4XOGA 1RG8A 2FFUA 4GKYA 4YZ5A 3AYAA 5DUYA 3CA0A 2DREA 3WV6A 2ZABA 1PUMB 3IPVB 3AP9A 2OUJA 1OQ1A 2DTWA 4UW3A 1LECA 3PVOA 2V5YA 4YGCA 1PZ7A 2P3KA 1AX1A 1WCSA 1LOFA 4BLJA 3IN9A 1HWMB 3V0BA 5CB7A 1ZM1A 4AGVA 2QN4A 1SACA 4BMBA 3AJ5A 3AXEA 2D7FA 1DQ2A 1IT0A 3BA5A 4DPNA 1GZ9A 3ATGA 3SISA 1W6QB 3SH3A 1RZOB 2ZBJA 1LOAA 1MZ6A 3A4UA 4BOWA 5B2HA 3VSFA 1KQRA 4LO0C 1GZWA 3AZVA 1C1FA 4XJWA 1JHNA 3N7MA 3ZSLA 4XBQA 1GGPB 4R9AA 5KXDA 3OJMA 4P9XA 4YGEA 1JW6A 3KMVA 5CAZA 4Y1UA 4LO7B 4GWMA 3ZYPA 1M2TB 3WDWA 2F2FC 2AYHA 2GMEA 3O5SA 4XIKA 3UJQA 2VSEA 4Q1PA 5GLUA 2GALA 5SV8A 3TB0A 2VW0A 1I3HA 4GWNA 3ZXEA 1FWUA 3WG4A 5DG1A 1G9AA 1DIWA 3N3HA 1R8OA 5E88A 1BLAA 2Z42A 4RL7A 1EVTA 1RY7A 4YM3A 2YXSA 1A3KA 4FPGA 3T2TA 3FLRA 2AREA 1CJPA 2ZAAA 1W6NA 4I4PA 4XHBA 4X3AA 4CJMA 5EWSA 3VKMA 4TLPA 4Y26A 4WBCA 4Q9PA 5DZUA 1Z4SA 1Q04A 1GV9A 3IKWA 1QOSA 1ISWA 3WDVA 2A6XA 3O12A 2WJSA 1QNWA 4DS0A 3FJJA 1CN1A 1SLAA 4XYXA 3VT0A 4LBNA 5FZYA 2UWBA 2D24A 4QD2C 1SR4A 1WBFA 4P0JA 2AQZA 2A3WA 1AXMA 1WW5A 3ZXKA 2ET2A 2EXIA 2NZ9A 1A78A 1S0EA 2UWAA 1GYKA 3VV1A 4WZFA 1JT4A 4BLIA 3LTQA 3WDXA 1BZWA 2D44A 2PHRA 1IHKA 3E8LC 4XE9A 3USUA 4P6AA 5HPZA 2JKBA 3BAVA 1H9PA 1ISYA 4P0KA 4EEEB 4QKSA 1KRIA 2GDFA 1LTEA 4NOTA 1LHWA 2OVUA 2DTYA 3AP6A 2PHWA 4JQ0A 1PZ8A 2J3PA 2JDZA 4FOYA 3PHZA 3POYA 2EAKA 4PC4A 4FPYA 4H55A 2P37A 5GZFA 3Q7YA 2VXTI 4YW2A 4Z8BA 4RA0A 4K1YA 1IRPA 1HWNB 5EG6C 5DG2A 3OYWB 2YROA 4LBJA 4K21A 1GSLA 5DZEA 4YM2A 3NV3A 2E7QA 4I4UA 5T5LA 2D1ZA 1W3AA 3UJ0A 3IM0A 4KC3A 1AX0A 2NTDA 4GP0A 1XHBA 1G8WA 1AX2A 3PVNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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