3OBRA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
420
structure length
418
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYATQECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
total genus 112
structure length 418
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obrA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obrA02
5D61A 4IQPA 1UAIA 1JW6A 2AREA 5BYNA 3VKMA 3NJ5A 3NBEA 2Z42A 1OQ1A 5GLZA 4AVSA 1LOEA 3B3QE 1SCSA 3O4OA 1OKQA 3ILNA 3WOGA 3Q9OA 2A71A 4YZ5A 1GYKA 1DQGA 4J2KA 3APBA 1MS5A 3POSA 1DQ2A 3HN1A 8I1BA 2GNDA 2GZBA 1MS4A 2UURA 4OEFA 5CNAA 3AJ6A 1Z0HA 2RG9B 3RTIB 3ZYPA 1WBAA 1H30A 5EC5A 1RIRA 1XZZA 1FMZA 1SCRA 1IT0A 3R4UA 6I1BA 3MPPG 2GN3A 1ENQA 1EVTA 2ZMKA 3RMXA 5KXEA 4ZKTB 21BIA 2QYIB 2Z48A 4ZFUB 1ULEA 3N35A 2JE7A 4UW6A 4I37A 4GA9A 2LTNA 5D62A 1N3OA 2EAKA 3OGGA 1QOTA 4I6IA 4FP2A 1GBGA 3M1HA 4JCKA 3ZC8A 5JMCA 3BRDA 4FP3A 3MW2A 4LBQD 4C1WA 2AXMA 1IS4A 1UZYA 2CWSA 4H04A 1CN1A 2VLCA 2A6XA 1N1TA 1JT7A 2ZQOA 3JUTA 1LEMA 4PQ9A 1C1LA 2ZZJA 1AJKA 1MS3A 2CL2A 1PWAA 4ZFWB 2ZMNA 2VW1A 1JYCA 4XE9A 2OW4A 4YG0A 1L2HA 5L73A 3FJEA 1WBLA 2DVDA 3CA3A 1DQ4A 4YM0A 4XILA 1BARA 5SV8A 3PG0A 4ATEA 3AYEA 3WG1A 5EG6C 4K20A 1T4QA 4XDQA 2DRZA 2LIQA 4AGVA 2F2FC 1D0HA 4I1BA 3LSDA 3N0KA 1DQ0A 2BEAA 1JBCA 2WRYA 4LBJA 2YV8A 5JDBA 3WMVA 1WLDA 1JT5A 2KH2A 1LOBA 1U0AA 3EF2A 3GNEA 3B9CA 2WQZC 3UD7A 3AZZA 1TIEA 1WLWA 1BFCA 2ZGLA 5JVVA 2ZKNA 4SLIA 1HWPB 2A6WA 1SFYA 1ISXA 1HLCA 4FPJA 1V6LA 3DUIA 1DYKA 3AZYA 2YZ4A 1RMLA 2GDFA 2HYKA 1Q8VA 1QQKA 2K8RA 1MR5A 4FOQA 1ILR1 3FJDA 3FJAA 1QDCA 1JY0A 1FNYA 4RA0A 2UWBA 4P14A 1VAVA 3IPVB 1DQOA 4I4YA 3FJJA 1VIWB 5FNXA 4LO8B 2NN8A 2YXSA 3FJ9A 1K5VA 3POYA 4XBNA 3KMVA 3U4XA 1DHKB 1AXZA 2AH2A 3OY8B 2ZBJA 2D24A 4I4OA 4Q27A 4IZXA 3MALA 1ZM1A 2AENA 3N7LA 4FGFA 3L2YA 1RG8A 4FPHA 3F62B 3UDAA 5F5QA 1PZZA 5BP5C 3AJYA 4YZ3A 4IHZA 1G82A 4FPYA 1AX2A 3O0VA 1AFCA 4ENDA 1TTUA 2ENRA 3WDYA 3NBNA 3FLPA 2NZ9A 3ZSJA 1LESA 1QMJA 1W6PB 4XXAA 2DVGA 2FFUA 1BLDA 3CA0A 1N3QA 1V6IA 1Q8OA 3WVJA 2E51A 4L8QA 3N7MA 4Y24A 3VT2A 1UL9A 4P6AA 4P0KA 4I0YA 2E4MA 3FJIA 4Z9WB 4XJ8A 1UKGA 2UUSA 1Q8SA 1VLNA 4GKXA 4RL7A 3VSZA 4M3CF 1AVAC 1Y7BA 4LO2A 2WT1A 2GO2A 1IJTA 3WA1A 1S1AA 1YO8A 1S0EA 4BM8A 1DLLA 1IRAX 1LHVA 3ILAA 1F31A 3RMYA 4YGEA 4OWKA 3O4AA 4USOA 1JT4A 2VSEA 5E88A 4CTEA 1WBCA 4EFQA 4PBOA 3TAYA 3AH2A 2JE9A 5T5OA 4JPZA 4IY8A 2A7AA 4A7YA 4TLPA 1MS0A 3AZWA 4FPGA 1GKBA 5T54A 1VCLA 1JLXA 4KEJA 4QC4A 1RY7A 1LOGA 3BIWE 2IWTB 5AVAA 3JUUA 1W0PA 3CU1B 3VKFC 3M3EA 3FUOA 1LEDA 1BXHA 1Q56A 4I4XA 3M2MA 3HOMA 4K21A 1SLAA 1JUIA 4DFSA 3BRGC 2VW0A 2WKKA 1WLCA 3FBYA 2AGSA 3IM5A 3S8KA 1WUVA 4KBBA 5IK7A 4DS0A 2CY6A 3WDXA 2D23A 2PHFA 3B00A 3P6JA 1BKZA 2R16A 2EXHA 2D6KA 4WZFA 3AKFA 4XZPA 1LGNA 1GICA 4DRRA 2D6MA 4XIKA 2NM1A 5BVPI 5BQUA 1JN2P 3WCRA 2PHXA 5FNWA 3T2TA 3LLPA 2P3JA 3AYAA 1GV9A 3WDVA 2FHRA 3FUQA 3D7WB 1C1FA 4BQ1A 3AXDA 4HA2A 1S0FA 4I8MA 1VALA 2NVHA 4D0ZA 4J2XA 2R1BA 3PHZA 5CBLA 3IM6A 1AXYA 3IAGC 4QBCA 4OZXA 4TZDA 3WG3A 3ZXJA 1WW6A 1S0IA 4II0A 4ZOTA 1DFQA 4JAWA 1JHNA 1DZQA 2HW9A 5BQUC 1AVBA 3FJFA 2FDBM 4AWDA 4A7KA 3H6RB 4Z8BA 3BTAA 5F8SA 1QDOA 4U36A 4GXLA 4YG6A 4BOWA 3ENRA 4Z8SB 1TFMB 4YG3A 3WG2A 1P63A 2K43A 3I2XA 2DREA 4LO1C 1S0GA 2EF6A 2YY1A 4D8HA 3PUBA 1SLLA 2D7IA 1FGAA 2GN7A 1DQ5A 3POKA 2PELA 4D0TA 4XXPA 3V0BB 3OBRA 4NO4A 5GZEA 3IM7A 4WVVA 1R8NA 2UU8A 1GNHA 1NLSA 3F1RA 3AZXA 3BA4A 5DZGA 4LO3C 4AN7B 4ZGRB 5BXRA 3IPVA 2DWRA 4D69A 1PUUB 3N7JA 3TB0A 5BXPA 3LCPA 3P53A 4BLIA 3ZXEA 5DUVA 4WV8A 1IRPA 41BIA 1DZCA 4Y20B 3M3QA 5HPZA 3UL2A 1SLTA 3OY8A 4ZXKA 1GNZA 2Q3NB 3WINC 2GNTA 2VUAA 2WLQA 2KM2A 5H9QA 5DZUA 4LBMA 4FPFA 4XFSA 1Z2VA 3B01A 1GZWB 4AN6A 3WUDA 2JKBA 2RQ9A 3USUB 1WCSA 3UJ0A 3KM5A 2OUJA 4PBPA 4P0LA 1W6PA 5GZGA 1V6JA 5H9RA 1Q03A 1C4RA 1LCLA 4OEEA 3OJVA 4XJUA 1Q04A 4DRVA 3O5SA 3WDUA 3SH5A 2JECA 3Q7WA 4M00A 4P0JA 2Y9FA 2Y9WC 2VU9A 1T9FA 3IN9A 4Y22B 2WT0A 1O4YA 4YW4A 4ASMB 4ATFA 2F2FA 5E8AA 2WBCA 1LGCA 3WO3A 1ISWA 1BFFA 1YRZA 4PF5A 3RRDA 3OJBA 4ZLBB 2L5XA 5JOWA 2YUGA 1OQLB 2ZHMA 2EXIA 3SH3A 2KLLA 1WW7A 3S8JA 1X50A 4GAIA 2A6ZA 4XTPA 3BOPA 2DVBA 1J0SA 2DVAA 3ZSMA 3IMNA 5DVHA 1LHWA 3DGTA 3WG4A 3O0WA 1ULGA 4G6MA 1JT3A 3O49A 9ILBA 1YI7A 2D20A 3CQAA 1AX1A 1FAYA 2FMDA 1FWUA 4R9DA 1O4ZA 3AKIA 3POWA 2D6LX 4P9YA 2DVFA 3BAVA 1G9FA 3A07A 3WO2A 3AZVA 4XJZA 3D5OA 2DU1A 1R1ZA 1S0LA 3B69A 1DQ6A 1FV3A 2DS0A 5T5PA 1J1TA 2DU0A 2FGFA 1GZ9A 1NXD1 3FJBA 4C1XA 1SBEA 4IY9A 5GZDA 4XMIA 4OEGA 4M3CB 4QD2B 4DPNA 2WSUA 2ERFA 4OWLA 2EXKA 1CVSA 3H6QA 3AXEA 5DUXA 3OJ2A 3SNMA 2ZR1B 2DV9A 1BASA 4I4RA 1KDMA 4DENA 5BP5A 4OUJA 2ARXA 4FOYA 2D7RA 1W0OA 3QCWA 5GLWA 1TOOA 1HQWA 3BA5A 5CAZA 5KXDA 4YGDA 1N1VA 4PCRA 3P6IA 3V79C 2AYHA 2NYYA 2A6YA 3V0AB 2KKIA 4X38A 4X3AA 1WW4A 2E6VA 4XHXA 4XKIA 5JOYA 2NMNA 4I4SA 3HR9A 1IKQA 3N3HA 5IT6A 4EFPA 1G9DA 1PZ7A 1LOCA 2E7QA 5HCFA 1YXWA 4EKXB 1V6MA 3ZXLA 1TEIA 3AP6A 4Y1YA 1A78A 5EHAA 2CTVA 1FX5A 4J23B 1R8OA 5JOZA 2ZQNA 1SZ6B 2GNBA 3MW3A 2A5ZA 5GZFA 1KNMA 4YLZA 3ZXFA 5E24E 5EXOA 4Q91A 3H6RA 1CIWA 4JP0A 1SBDA 1KQRA 3WZ1A 5T50A 1FWVA 2R49A 3UJQA 2MLLB 4YZ2A 2E53A 3VKNA 4JC1A 5DG1A 3RTJB 1OFSA 2J3PA 1BFBA 2I2SA 3PMEA 4LBLA 2E7TA 2DUPA 4XOGA 2A70A 3AH1A 2ZHKA 1LODA 1V6NA 3V0BA 1ULCA 5DXDA 1N1SA 3R05A 1FN0A 3T1MA 3VV1A 2ZGQA 2DURA 4CRQA 3VKLA 2ES3A 4U2AA 1Z4SA 3RSJA 4FPEA 1DJSB 1FMMS 3AKGA 3ATGA 4YM1A 3WO4A 2VXTI 3WHUA 4YW1A 3BAQA 1XG6A 4HR6C 1LJ7A 4Y20A 2WJSA 3AP7A 1DFCA 2JJ6A 3LSEA 3UK9A 3V64A 4BMBA 4EB2B 2ARBA 2FFVA 2ESUA 3R4SA 3CRGA 1IILA 4Q1RA 3PVOA 3WDTA 2P23A 4AVTA 3C9ZA 5F9TA 4YOLA 2GNMA 4GWNA 1GZWA 1LHNA 1AVWB 4FPLA 2P3IA 4FOVA 5DUUA 4FPOB 1QF3A 4XTMA 1G86A 4KC3A 3USUA 5LK5A 5KXCA 2R1DA 1MACA 4YW3A 2P3KA 4GALA 4YFZA 4Y26A 1LU2A 4H9WA 1MS8A 1LOAA 3NBCA 1GZCA 5IK8A 1SLIA 1WD3A 3NV3A 4YZ4A 1IHKA 2MIBA 2W68A 3O44A 3ZC9A 3TC2A 2JD4A 1UZZA 1HCDA 4QKSA 2ET2A 1AZDA 1FNZA 4Y22A 3I29B 4UW4A 5CA6A 5JOXA 3QR5A 2C9AA 1UN1A 2A3WA 2ZHNA 2NP0A 5BXSA 1NUNA 3I4IA 4QKRA 3ILRA 4G9NA 3MW4A 3SNVA 3AFKA 1I1BA 3AKHA 4ZBVB 1TWMA 3HSMA 1XYFA 5H9SA 4BMEA 2DTYA 3IIRA 3ZXGA 5EYYA 2VSAA 1RZOB 1YIFA 5HCAA 4XFTA 4P9WA 4LO1A 1JQZA 4M3CE 4R9BA 4UW5A 1N1YA 1BQPA 3UD9A 4AGRA 1QXMA 1KITA 4LBKA 3SLIA 3MEPA 4XIOA 2EXJA 3SH4A 5G00A 1F9KA 4I3NA 4FVVA 1QKQA 1HKDA 5DG2A 2MC2A 1AVXB 1V6XA 4XFUA 5KXBA 2ZGSA 3W59A 4HANA 3Q7XA 1SBFA 5GJ6A 4LO3A 2A75A 3WUCA 3RG0A 3GALA 3VKOA 3ZSLA 3AJZA 2DYCA 3W58A 1G9AA 4DCKC 3BB2A 4K1ZA 1DGLA 4BPZA 1HWNB 5GM0A 3W9TA 3PVEA 2LIEA 1JLYA 3CA1A 1LGBA 5FRAA 1V6UA 2R0HA 2VXRA 3WLUA 5GLUA 4YM2A 2W52A 3BX1C 1QU0A 2XOAA 3WINA 1ISVA 2VH9A 4M3CA 3O12A 31BIA 4G6JA 1S0DA 4ZFYB 2AFGA 1GLHA 4JKQA 3FJ8A 1CESA 2A3YA 2CNAA 1LOFC 2PHRA 4HJJA 1N47A 2ZGRA 4Y1UA 1W6NB 4PC4A 1F5FA 1CJPA 1APNA 3AP4A 4I30A 3OYWB 1JOJA 1AVUA 4YZ1A 4YM3A 3AJ5A 1IS3A 1EYLA 3ZPYA 3V0AA 1FQ9A 4IZEA 1E0OA 1W3GA 1HWOB 3AK0A 4QD2C 1V6WA 2D3RA 3BA7A 1CVNA 1ENSA 1QNYA 2RSTA 4Q26A 5E89A 4Y1ZA 2D6NA 1EV2A 1Z78A 2D3PA 5T5LA 1DBNA 3HMYA 3IM0A 2DTWA 3UD8A 3NV4A 1DZDA 2XG3A 1W6MB 2C5DA 3I8TA 2D22A 2R9KB 5HCBA 4LBQB 3VUOA 3A0NA 1HWMB 1BZWA 2IHOA 4J2SA 1JTCA 3FLRA 3CRHA 4GWMA 2NMOA 4XBQA 3FGMA 3H6SE 1KJLA 1B09A 1YTOA 1LTEA 3VT0A 2AQZA 3WDWA 2BFHA 3QLQA 4ISRA 3ILFA 4DQAA 4R9CA 2BQPA 4Q8LA 5DUYA 2AUYA 2WSVA 2UWCA 1QGLA 2UWAA 1W6OB 3VSFA 1EPWA 2P34A 1G9BA 3LTQA 2ZHLA 3VWCA 4I96A 4JRAA 4W65A 3CAHA 1A3KA 4EEEB 4QO3A 1HQLA 5F8YA 1S0CA 1D2SA 3BRFA 1IS6A 4KEIA 1MZ6A 2ZGNA 1XHBA 5B2HA 2W08A 1GSLA 3K1XA 2PHUA 4FPKA 3ZXDA 4GP3A 3OBTA 4YW2A 2A3XA 1H9PA 2GALA 4H55A 1FV2A 1GGPB 4GP0A 4ZA3B 1IOAA 3BADA 1ULFA 1KJRA 5GLVA 4XHBA 4F34A 4I4UA 2ZGPA 2X2TA 3O4DA 1NZKA 5BXTA 2K4AB 1HCEA 2AR6A 5EYXA 3HALA 1H9WA 2KI6B 2GMMA 1ONKB 2OVUA 4HL0A 2SLIA 1AXMA 3A0KA 1AXKA 2ZACA 3UJ4A 2G4IA 3C2UA 3HBWA 1W6QB 4Y1VA 1IOBA 4FQ4A 2B7YA 2D6OX 2Y9GA 4QBVA 1YBIA 1YF8B 3H0OA 3BAGA 4AYUA 5GLTA 1I1EA 2Y9XE 3BODA 1M2TB 2GMPA 4L4IA 2JDZA 4GOVA 5FREA 4X39A 1MC9A 1SR4A 2EIGA 3WHTA 1S0JA 1WW5A 4LBOA 3ZXKA 1S0BA 3FFZA 3O0XA 2FO1A 2P2KA 1AX0A 2BEBA 3V65A 4OWJA 2ZA9A 4G9MA 2ZABA 2ZGMA 1G9CA 1PUMB 5IK5A 5D63A 3M3CA 4LO7C 4EFRA 1ENRA 2Q5TA 1SLCA 2D44A 4UW3A 1G8WA 3Q7YA 2XB6C 5F90A 3AYCA 4CZSA 5GALA 4DEPA 1ITBA 1KRIA 2D1ZA 4FPCA 1SR4C 1K5UA 5H9PA 1QOSA 4JQ0A 1MVQA 2TEPA 1BJQA 3A22A 4ITCA 4R6UB 1MZ5A 1FYUA 5GZCA 3INAA 4LBNA 4ISQA 3RQ0A 4WVWA 4NOTA 1VAMA 1LECA 4LO0A 4G1RA 4XYXA 1QOOA 2RHPA 1LULA 3WNXA 1N4KA 2NTDA 1W3AA 3O4BA 3T8SA 4MYEA 2ZGUA 4KEKA 2D6PA 3ASIA 1BA7A 3RS6A 4YGBA 3OPZA 3CA4A 5DZEA 2WT2A 3A4UA 2DUOA 1LENA 2R0FA 1UPSA 5T52A 5FZUA 1PZ9A 3WCSA 1V00A 4L4HA 1ABRB 3ZVXA 1JXNA 4J2YA 4I4VA 2D3SA 1RINA 3SITA 4LO0C 3NV1A 3AP5A 1LHOA 5T55A 2HWMA 5DUWA 4BLJA 4JKXB 2WNEA 1XQNA 2EALA 2QN4A 2YROA 3AX4A 1W6NA 2H0BA 3SISA 1SACA 2CWMA 3OYWA 4I2SA 5GAQA 4OW4A 4Q9GA 3N7KA 1Q1UA 1WD4A 3T1LA 5BOWA 3CA6A 5DSSB 2V73A 4YGCA 2ZMLA 1SLBA 3ZYRA 3JU9A 2ERMA 3I2AA 1V6OA 3O5WB 1M16A 4IONA 2W39A 4GAFA 3BAUA 2DRYA 7I1BA 4IYBA 2YMZA 3OGFA 2P39A 3A21A 1I3HA 1MS9A 2F8XC 2HZ9A 4WBCA 4F83A 3BAHA 4YFWA 1CONA 2E4MC 2ZGOA 4CJMA 1TP0A 1A8DA 5DZFA 1AJOA 1W6MA 2V5YA 1URXA 4LBQA 2PHTA 2OUHA 2D43A 1Q8QA 3FJKA 4TYSA 1FATA 2I1BA 2D7FA 1C57A 2ZGTA 4R9AA 3ZSKA 4LO2C 4LO7B 5F8WA 1LU1A 1G7YA 1PZ8A 2X2SA 2CYFA 3CRIA 1AF9A 3VEQA 3NBDA 3PVNA 1UX6A 4Q2FA 1W6OA 3JRRA 3FJCA 1LHUA 2A6VA 1QQLA 4XJWA 4I7IA 5IK4A 1ONAA 1RITA 2GMEA 3FLTA 1II4A 1UMZA 3IKWA 4K1YA 2DUQA 3M3OA 1V6VA 2SBAA 1W3FA 4P9XA 2PHWA 2VY0A 4Y1XA 1N3PA 3O3QA 4I4PA 4FOWA 3AYDA 1ISZA 3CA5A 1GANA 1QNWA 5T5JA 1JYIA 4X37A 4AGGA 4Q8KA 4I4QA 1MD6A 4USPA 1KDKA 1IKPA 3PJQA 1HIBA 4YW5A 3FJHA 1CQ9A 4A7ZA 2ZAAA 4Q9PA 1YYNA 3E8LC 1PC8B 1CPNA 4Q1PA 3D6EA 3VT1A 1TWEA 1HDKA 1BFGA 1DQ1A 3ZX7A 3KQRA 3AP9A 1HKNA 1LOFA 5FZYA 1CE7B 4GOYA 1Q8PA 3A23A 2AAIB 5FZZA 3N36A 4GKYA 2Q9XA 4XBLA 1W6QA 1DYPA 3CNAA 1ULDA 4M01A 2P37A 2VW2A 3AH4A 5JLVA 4XJ9A 2HWAA 3WV6A 3BAOA 1BLAA 2M49A 2ZGKA 3B9UA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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