3OBTA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d ligand binding domain in complex with n-acetylneuraminic acid
Total Genus 104
50100150200250300350400020406080100
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
420
structure length
412
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYAECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
50100150200250300350400400300200100
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 104
structure length 412
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obtA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obtA02
2ZGOA 4G6JA 2P34A 3CA0A 2ZACA 2MLLB 4FPLA 2Y9XE 3DGTA 3CA1A 1JT3A 5GZFA 3CRGA 3WO2A 1PZ9A 4YW1A 5IT6A 3EF2A 2UU8A 4QKRA 2KM2A 1UZYA 4IZXA 4USOA 4KBBA 1Z0HA 1DQ2A 31BIA 1SBFA 1O4YA 5GZDA 2WT0A 1MZ6A 5CBLA 4Q27A 4LBQB 1FMZA 2LIEA 4I7IA 1SACA 2ESUA 4DS0A 1Q04A 3IPVB 4X38A 3FLPA 2P2KA 1URXA 1JLYA 5BXPA 2RSTA 1X50A 4I4UA 4P9WA 2ZGQA 4XBLA 2VXTI 2ARBA 2OW4A 5KXBA 3JUTA 4YFZA 3WDXA 3JU9A 1U0AA 1HCDA 4XMAA 1RIRA 3IN9A 1M2TB 1WBFA 1FWVA 4LO0A 1PWAA 2D6PA 1IS4A 4Y26A 1RITA 2Q5TA 4LO1A 1CONA 4YW4A 4FPKA 4H04A 3BOPA 1KRIA 1UPSA 1YTOA 1QDOA 1AX2A 1N3PA 4LBOA 4QBCA 2IHOA 1Q8PA 2AXMA 3UD7A 4PC4A 3WUCA 1EV2A 2ES3A 2AAIB 1J0SA 3FUOA 4XMIA 2CWSA 2VW1A 4QALA 3BRGC 1LEMA 2BEAA 5IK4A 3I2AA 1AJKA 2WT2A 2X2TA 2Y9WC 4NOTA 2ZA9A 2ERFA 2AENA 3ZSKA 3R05A 1SCRA 3S8KA 1ULFA 3BAUA 3WLUA 3O4OA 3CAHA 5DUVA 1C1FA 2JD4A 3VKNA 5E88A 1LU1A 4Q1PA 1IT0A 5F9TA 1VAMA 1G7YA 1OQ1A 2DUQA 2EF6A 1YIFA 1EVTA 3AX4A 3AYCA 3O4DA 3T8SA 1R8NA 4Z8BA 2W52A 1W0OA 3SH3A 2NN8A 1FYUA 4XXAA 2RQ9A 3BAHA 4I4PA 1IILA 1CESA 2Q3NB 2A3XA 4XZPA 5EYXA 2FMDA 2DS0A 3RMXA 3A21A 4ZOTA 4IY8A 1DLLA 4I4QA 1S0DA 1GANA 4G1RA 1Q1UA 1LCLA 4QBVA 4J2YA 4Q26A 1DYKA 3WDYA 4YOLA 5GZCA 3FLTA 3V64A 4ZBVB 1UZZA 4FPYA 3OYWB 3ZYRA 3FBYA 3WDUA 1MZ5A 5H9QA 1WD4A 3V0BA 4QKSA 2DRZA 3BX1C 4AN7B 1V6VA 1LESA 3PVEA 4G9NA 1XHBA 2DYCA 2ENRA 2QYIB 1AXMA 3AXEA 4FPGA 3BB2A 3WO4A 1DJSB 1WD3A 4OZXA 4I8MA 4OEEA 1AXKA 2Y9FA 4AVSA 1SZ6B 4TYSA 2X2SA 4XJZA 3AP9A 1MS1A 2UURA 3TAYA 2D1ZA 1DQ4A 1H9PA 3ILAA 5DZUA 4FPHA 1T4QA 1AF9A 4I4YA 2AREA 3B01A 3AYAA 3AP6A 4A7YA 1DZQA 1MS8A 4LO3A 1Q56A 2YROA 1OFSA 1J1TA 1W6OB 4DCKC 1WBCA 1ZM1A 2R0HA 1PZ7A 3OJVA 4OUJA 2AGSA 2ZGMA 1IS6A 1F31A 3M3CA 2ZGUA 4GAFA 3AXDA 5DZGA 1HCEA 4K21A 1S0BA 4AN6A 2ET2A 2F2FA 1SBEA 1Q8SA 4R9CA 21BIA 2EAKA 3NV3A 3BA4A 2DUPA 4I96A 4GWMA 1LGNA 1EYLA 2NVHA 1ENRA 1NUNA 4M3CA 1IRAX 4JCKA 1TWMA 1MD6A 4J2XA 2A75A 3UJOA 2ZGLA 3VT2A 2Z42A 2AFGA 2R1BA 4FPCA 3ZXJA 1BYHA 2K43A 2VY0A 2A6VA 1DQGA 5E8AA 4WZFA 2PELA 2WSVA 3KMVA 1G82A 4XIKA 4UW4A 2W08A 3BAGA 1W6NA 4OW4A 3ZXLA 1K5VA 4I1BA 1OKQA 1GZ9A 4K1ZA 3NWKA 3V0BB 1GNZA 4W65A 1V6NA 1MS3A 2R49A 2VLCA 1LHWA 5EC5A 4FOYA 2C5DA 4P0KA 2VU9A 1LTEA 4JKQA 1RG8A 1AFCA 2DTYA 5EYYA 4KEIA 2LIQA 3FJBA 4ENDA 4RA0A 2L5XA 4XHXA 4LBLA 1F9KA 3FJKA 4GKYA 4XFSA 1W6QB 5F8SA 1W6MA 1BARA 2RHPA 4X37A 3AFKA 4FPOB 1XQNA 5JOWA 1KJLA 1KDMA 4WV8A 1WBLA 3AP7A 3RG0A 3WA1A 1JY0A 3BIWE 1Q8VA 3IKWA 1SLCA 2A3YA 2ZGNA 2Y9GA 2FFUA 5LK5A 1I1BA 5FRAA 1QNYA 2ZGSA 4Q9PA 4XBQA 5GZGA 3WV6A 1SR4A 4H55A 2MIBA 1LHUA 4XKIA 2AH2A 3IMNA 3B9CA 3AKHA 2QN4A 4AGRA 1VLNA 5T55A 1TTUA 2NZ9A 3W59A 2D3PA 3O4AA 4I1EA 5H9SA 1V6XA 1ULCA 3A0NA 4D8HA 2DTWA 1IJTA 3POWA 2GZBA 1QQLA 4I2SA 2FFVA 1RY7A 2V73A 2ZHMA 2YV8A 3BAVA 1EPWA 2SBAA 2NP0A 1F5FA 3VSZA 3BA5A 5FREA 3FUQA 1DFCA 4M3CB 2NTDA 1SLIA 3QR5A 3WDTA 4UW6A 1MACA 3AYEA 3O4CA 2EXHA 1KJRA 1V6MA 1DQ5A 1C1LA 1LHVA 4XXPA 7I1BA 1AVXB 4FOWA 2HYKA 1HQWA 1PUMB 4FP3A 3M3QA 1LODA 2BFHA 4Y20B 2CTVA 3UD9A 2R1DA 3PJQA 3ZXDA 5D63A 4P9XA 4FPJA 4BOWA 2EALA 2D6OX 3USUB 1CPNA 1TWEA 3ENRA 1LGBA 3RMYA 3CA3A 3RTJB 3VT0A 2FGFA 3HBWA 3O12A 3OGGA 4LO1C 4Q8LA 5CB7A 3MW2A 1HWPB 4USPA 5H9RA 1CIWA 4YZ4A 5DUXA 2DVDA 3F1RA 4XJUA 4IYBA 1XZZA 1WW7A 2WSUA 3POSA 4FPFA 4HANA 4GAIA 3W9TA 3VKLA 4M3CF 4Y24A 3VV1A 1W6MB 3RTIB 3IM6A 1YRZA 1WCSA 1LOFA 2YUGA 5BXTA 4ZLBB 2MC2A 4XDQA 1FX5A 1WW5A 2DURA 1LULA 3IAGC 2JKBA 3D6EA 1L2HA 3ILNA 3UK9A 3WDVA 3W58A 1G9DA 4AWDA 4BPZA 5T50A 2UWCA 5SV8A 3NBEA 4IY9A 3WO3A 1UKGA 2GMEA 4WVWA 3LSEA 4DEPA 1YBIA 1S1AA 2DWRA 1BFCA 1V00A 2ZGRA 1R1ZA 3WCSA 3P6IA 2DVAA 4RL7A 1XYFA 3ZYPA 1ISWA 3ZXGA 3O0XA 3O44A 5KXCA 4IZEA 5FNXA 5GJ6A 1RZOB 3NJ5A 1GSLA 3CU1B 1GKBA 1FMMS 2K8RA 4LBMA 2A6YA 1JYCA 2A7AA 5FZUA 1AX1A 4AVVA 4P0JA 5DG2A 1VCLA 3WG2A 1W3FA 4DRVA 2ZKNA 5HCBA 3UJQA 1A8DA 4YFWA 1AVBA 4CTEA 3FJJA 4II0A 1CQ9A 1CR7A 2A71A 3HALA 2GNTA 2UWAA 2P3JA 3RRDA 5BVPI 2E7QA 3WHTA 2NM1A 1HWMB 4F34A 3HN1A 5E89A 4JQ0A 1C57A 1WBAA 3N7JA 2A5ZA 4Q1RA 3M3OA 3L2YA 5GLZA 3LLPA 6I1BA 4OWLA 5BYNA 4D0ZA 3WHUA 2WQZC 4ATFA 2WJSA 3D4KA 3V79C 3AH4A 1YYNA 4Y1YA 2P39A 5JOXA 1Q8OA 5IUQA 1IS3A 2LALA 1LHOA 2ZGPA 2YMZA 3H0OA 4Z8SB 3OJBA 3HSMA 4LBQD 4YM1A 2HWAA 3UJ4A 2GN3A 2PHXA 2DVFA 4LO3C 2E6VA 4BLIA 4LO2C 2VW2A 2R9KB 2G4IA 2AQZA 2YZ4A 41BIA 3VSFA 2DUOA 3F62B 3BTAA 5GLWA 4H9WA 4P6AA 4ASMB 3SISA 2D6KA 2A6WA 3PVOA 1GGPB 2P37A 5T5OA 2VSEA 1ENSA 3FJCA 2EIGA 1GBGA 2F2FC 4P14A 2ZZJA 2JE9A 2ZBJA 1JT5A 4OWKA 3U4XA 1DQOA 3ZXFA 4KC3A 1JQZA 1W3AA 3ZC9A 3R4SA 3RQ0A 1QKQA 5F8WA 1PUUB 4UW3A 2NYYA 2DRYA 2CY6A 1LOBA 3KQRA 1V6IA 1HKNA 4GA9A 3PUBA 1LOAA 1K5UA 3ZXKA 1LJ7A 1FNZA 3N0KA 3D5OA 3OJ2A 4I30A 2HWMA 3ZXEA 1YI7A 4K20A 3AZZA 3AJ6A 2FO1A 4DQAA 4HL0A 5FNWA 1QDCA 1JBCA 4YGEA 2PHUA 2D7RA 2P23A 3ZC8A 3ZPYA 1SLTA 1FWUA 5D61A 1FN0A 3FJ8A 2EXKA 1N47A 4BM8A 4LO2A 4QO3A 3A23A 2D6NA 1B09A 4EEEB 1WLWA 1ULGA 1PZ8A 1N3QA 4D0TA 3WG4A 3H6RA 4Z9WB 1ISVA 2DREA 1QOTA 4I4OA 3P6JA 1SCSA 3PVNA 4SLIA 4OEGA 2VUAA 4HA2A 1JXNA 1SBDA 3N7KA 1UN1A 3V0AA 1N3OA 1D2SA 1WLCA 4AYUA 2PHWA 3R4UA 3SH4A 1AVWB 3N3HA 4Y22A 5GLVA 3FFZA 1AXYA 2AR6A 2WNEA 1JHNA 4I4VA 5E24E 1W3GA 9ILBA 2CNAA 3SH5A 2BEBA 1AVUA 1S0FA 2E53A 1Z78A 5HCFA 3A0KA 4D69A 1SR4C 2D6LX 1BFGA 4I6IA 5IK7A 3O5WB 3A07A 3P53A 3RSJA 5T52A 4ZFUB 3DUIA 3JUUA 3TC2A 4Q8KA 3FLRA 2ZABA 3OBTA 3OJMA 2GMMA 1YF8B 5BQUA 3IM5A 4YW2A 1A3KA 3B69A 2D6MA 2KLLA 1N1YA 4AGGA 4XILA 1S0GA 4XJWA 5JLVA 3OY8A 3CRHA 2DVGA 5T5LA 2H0BA 2D3SA 8I1BA 1ULDA 4LBNA 5T5JA 4YM3A 3JRRA 4EFRA 3A4UA 4IHZA 3N36A 4ZKTB 2ERMA 3MEPA 1GICA 3AZYA 3GALA 5EWSA 4MYEA 3HMYA 4HR6C 4UW5A 3CA4A 2WLQA 4R9DA 4F83A 4OEFA 2D20A 1VALA 4KEJA 1RMLA 1TOOA 2P3KA 3A22A 1QOSA 2DV9A 4XBNA 3WCRA 3O4BA 3M3EA 3FJIA 3FJEA 2FHRA 3IM0A 1CJPA 1N1VA 3WMUA 5GLTA 3K1XA 5EHAA 1DBNA 1G8WA 3FJFA 3CRIA 4X39A 4FQ4A 2A3WA 1S0EA 3AH1A 1KQRA 1QQKA 3H6QA 3QCWA 4J23B 3IPVA 3H6RB 2CYFA 4XJ9A 2WT1A 1VAVA 2GNDA 3I8TA 3E8LC 3POYA 4GOYA 1LOEA 4ZFWB 1JW6A 2F8XC 3Q7XA 1JUIA 4YG6A 4I37A 1WLDA 2GALA 1LOFC 1QU0A 4K1YA 2JECA 1LOCA 3UL2A 2I2SA 2YY1A 2D3RA 4U36A 4R9BA 1WW4A 4R9AA 2KH2A 3WNXA 4XHBA 1BZWA 1JTCA 4GXLA 1G86A 1MS9A 2ZMNA 1TIEA 5EXOA 2ZGKA 4Y1UA 1KNMA 1LU2A 4XTMA 1ZA4A 2JDZA 5JOZA 3OBRA 5AVAA 1Q03A 3MPPG 4WVVA 4HJJA 4X3AA 5BXSA 1W6NB 4EFPA 1ITBA 3HOMA 2ARXA 4A7ZA 1SLLA 1XG6A 1SFYA 2E7TA 2CL2A 4G9MA 3NBDA 5GZEA 3T1LA 1DZCA 2A6ZA 2UWBA 4XE9A 2ZMLA 4AGVA 4GALA 4DRRA 2VW0A 1MVEA 4YG3A 4C1WA 2Z49A 5G00A 3WINC 3AH2A 3AKGA 2PHFA 1MR5A 1MS5A 2E4MA 5DSSB 4I4XA 4IONA 2GNBA 2ZMKA 1ONKB 1V6KA 3BA7A 4GWNA 4TLPA 1CN1A 2I1BA 4PF5A 1UMZA 3OGFA 3Q7YA 3B9UA 1E0OA 4I4SA 4FOQA 1I3HA 2AYHA 2ZGTA 1DHKB 2R16A 1HDKA 3WVJA 4GP0A 4U2AA 4YGDA 5BP5C 1UX6A 2PHRA 2KI4A 1ABRB 1BLAA 3VEQA 2M49A 4TZDA 4Q2FA 4YZ3A 3INAA 1GYKA 5HCAA 3ASIA 1GNHA 4ISRA 2D44A 1GZWA 4YGCA 2FDBM 4LO7C 3MW4A 5DZEA 3OYWA 2WBCA 2EXJA 2WKKA 1MS4A 3B3QE 1N1SA 4ZXKA 4YGBA 3ILFA 4ITCA 3AJ5A 3WZ1A 2ZAAA 4GKXA 3VUOA 3LSDA 4M01A 2YXSA 2PHTA 2OUHA 1FV3A 4EFQA 3C2UA 1BQPA 2D7FA 1TFMB 3ZSLA 3QYDA 4QD2C 4XTPA 5CAZA 3WINA 2A6XA 5DG1A 1G9CA 1H9WA 2V5YA 4YZ2A 1S0CA 4YLZA 3WUDA 1VIWB 5DUYA 2CWMA 1QXMA 1HLCA 2GMPA 1QNWA 5F90A 4XYXA 5T5PA 4M3CE 4FQZA 4BMBA 1FATA 1IOAA 1AJOA 1FGAA 5BP5A 2W39A 2GN7A 4CZSA 4FOVA 1II4A 3O0WA 3VKFC 1W6OA 2RG9B 1LOGA 4DENA 1Z4SA 3B00A 3MW3A 2ZR1B 4ZGRB 1KITA 5F5QA 4P0LA 3FJDA 3VKOA 1HKDA 4G6MA 5BOWA 2KKIA 1ENQA 1ILR1 5H9PA 4JKXB 3VKMA 2Q9XA 1LENA 3UDAA 5KXDA 3AKFA 2BQPA 4J2KA 4YW3A 5JOYA 5GALA 1MS0A 2DVBA 1BXHA 4JPZA 1NZKA 4I3NA 3BADA 2K4AB 1V6JA 3M1HA 3C9ZA 3FJHA 2D7IA 3BAOA 1DGLA 5HPZA 1GLHA 1NLSA 1BKZA 3BRFA 1IHKA 3I2XA 1IKPA 4YZ1A 1TP0A 3CA6A 1I1EA 5T54A 4P9YA 1AX0A 2GO2A 4ISQA 1GZWB 2JJ6A 1G9AA 3N7LA 1YO8A 3PMEA 3BODA 4GOVA 1M16A 4L4IA 1BFBA 4FPEA 4LBKA 4XJ8A 5CNAA 2ZQNA 2HZ9A 1ISZA 3CNAA 5DUWA 1G9FA 1S0LA 1IRPA 3I4IA 2AUYA 4XJAA 3IM7A 1SLAA 4FGFA 3WG1A 2GNMA 1DZDA 3AK0A 3V65A 1HWOB 2W68A 3HR9A 3AP5A 1W6QA 5BQUC 2HW9A 2KI6B 5B2HA 5DZFA 1TEIA 2GDFA 2DU0A 2D43A 4YG0A 3WDWA 4L8QA 3SITA 5IK8A 4ZFYB 4JRAA 1V6LA 1HWNB 1N1TA 4CRQA 4QC4A 1BFFA 2VXRA 2VH9A 4I0YA 1W0PA 3OPZA 1ISYA 3APBA 3CA5A 5JVVA 3SLIA 1JN2P 1FQ9A 1V6OA 3FGMA 3KM5A 4ATEA 1V6WA 4LO7B 1C4RA 3PHZA 3O0VA 1Q8QA 4JAWA 3N35A 5IK5A 2NMOA 1LECA 1NXD1 2B7YA 4YZ5A 3SNVA 2XOAA 1W6PA 1BJQA 1LEDA 1QOOA 3ILRA 3VT1A 1CPMA 5I1BA 1YXWA 1IS5A 2D23A 4QD2B 4KEKA 4R6UB 5FZZA 2EXIA 2C9AA 1N4KA 2WRYA 1H30A 3ZX7A 1FV2A 1S0JA 4FVVA 1R8OA 1CVSA 3AYDA 1QGLA 1DIWA 5FZYA 4Y20A 2Z48A 3RS6A 3AJZA 3M2MA 1V6UA 3BAQA 4BMEA 4PCRA 3USUA 2ZQOA 2JE7A 1MC9A 4YM2A 2UUSA 1ISXA 2XB6C 1AVAC 3UJ0A 1AXZA 3Q9OA 1O4ZA 1UAIA 1GV9A 2NMNA 1CVNA 1AZDA 5BXRA 1QMJA 5D62A 3TB0A 1DFQA 3I29B 5GM0A 3ZSMA 2TEPA 3WOGA 3ZVXA 3T1MA 5EG6C 4EB2B 3MALA 4Q91A 3LTQA 1DYPA 1MVQA 4BQ1A 1G9BA 4GP3A 1LGCA 4Q9GA 2ZHLA 3AZVA 5DXDA 3BRDA 3T2TA 3IIRA 4YM0A 2E51A 1JOJA 3D7WB 4AVTA 1ONAA 2A70A 4LBQA 1P63A 1WW6A 1JT7A 1PC8B 4WBCA 2E4MC 3AKIA 4C1XA 4XOGA 4PBPA 4ZA3B 1LHNA 2P3IA 5JMCA 2D24A 2IWTB 1GZCA 4NO4A 3O3QA 1BA7A 3VWCA 3V0AB 2R0FA 2VSAA 1IKQA 2SLIA 3QLQA 4DFSA 5KXEA 1PZZA 1WUVA 4Y1ZA 2XG3A 3AP4A 3FJ9A 3O5SA 1APNA 5DVHA 1Z2VA 2OVUA 1IOBA 4Y22B 4DPNA 3NV1A 1S0IA 1HQLA 4Y1VA 1JT4A 3ZSJA 3NV4A 3NBCA 1A78A 4LO8B 1DQ1A 3PG0A 3WMVA 4A7KA 1W6PB 1D0HA 4OWJA 3SNMA 3Q7WA 3H6SE 2ZHNA 3FJAA 4LBJA 3CQAA 1BLDA 4FP2A 4JC1A 1CE7B 4JP0A 4XFUA 4J2SA 1JYIA 3NV2A 4XFTA 2ZHKA 1DQ6A 3AZWA 3LCPA 3GNEA 1QF3A 3AJYA 1FNYA 2D22A 2DU1A 3OY8B 1T9FA 1KDKA 1Y7BA 1ULEA 1UL9A 4Y1XA 4CJMA 5F8YA 4EKXB 4M00A 3S8JA 1DQ0A 1SLBA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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