3OGGA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin d
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
414
structure length
404
Chain Sequence
SINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTINCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin serotype D.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 108
structure length 404
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3oggA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3oggA02
1I1EA 4JQ0A 1S0EA 3UL2A 2P2KA 1OFSA 3A4UA 2KM2A 2JJ6A 2AGSA 1MD6A 3FUQA 4XIKA 4ISQA 2IWTB 1AFCA 4I4QA 1JOJA 4ASMB 1W6QA 2AFGA 3M3QA 1R8OA 5E88A 2ZHNA 3AP6A 4I1BA 2FDBM 3O0VA 3CA1A 4UW3A 3AZWA 1ABRB 1F9KA 4Q2FA 5CNAA 1YO8A 5T54A 4FGFA 3AYEA 1PC8B 1GV9A 3SNVA 3T1MA 2VW1A 2AREA 4Q27A 5GZDA 1WUVA 1TWMA 1PUUB 1GYKA 5D63A 1LOCA 1C4RA 4LO2A 1OKQA 4QBVA 2ZAAA 2GMMA 2DUPA 3LSEA 2PHRA 5IK5A 5GLWA 1CR7A 4YG3A 1XZZA 4YM2A 2VW0A 1GSLA 3KMVA 3WDUA 4YW4A 4P0KA 5BYNA 3UJ0A 3TC2A 4G9MA 3ZXEA 5IUQA 2DRZA 1JT3A 2A7AA 1G86A 4GP0A 2PELA 3OPZA 2FFUA 2NM1A 4IY8A 1X50A 2YROA 2R9KB 4FPJA 2WRYA 4EB2B 3SITA 2GDFA 3AKIA 4GAFA 3Q7YA 3Q7WA 3O4DA 4J23B 4EKXB 5D61A 3BB2A 3QLQA 1JUIA 1ISWA 1FAYA 3USUA 4AVVA 4YM1A 3V64A 3ILNA 1AVBA 2WLQA 4XJAA 1C57A 2PHFA 2VSEA 3B9UA 3IPVB 1QU0A 2CNAA 1SBEA 4M3CA 1FWVA 3CNAA 1Q8OA 4JPZA 2BFHA 4DS0A 2KLLA 1FGAA 4GXLA 3V0AA 1HQWA 1MACA 3U4XA 3WG4A 2VSAA 2A6ZA 3OGGA 4Q91A 2P39A 2A5ZA 1R8NA 3T2TA 2HWAA 1DGLA 3CRIA 1HDKA 4FPLA 5H9QA 1NUNA 5HCBA 4PBOA 1VAVA 1LODA 1LU2A 1QOSA 4FOWA 5EYYA 4XOGA 4ZKTB 4CJMA 1QNWA 1GICA 2VUAA 3AJ5A 5GZGA 8I1BA 4NO4A 3WNXA 2VH9A 3POWA 1O4ZA 3FJFA 3N7MA 3PVNA 5EG6C 2XG3A 3VUOA 1W0OA 4AGGA 2X2SA 2AR6A 4XJ8A 4YGBA 5BOWA 3USUB 2R0HA 1BLDA 3N3HA 4H04A 4L8QA 4NOTA 4YG0A 4D0ZA 4M3CB 1FWUA 4EFQA 3F1RA 2ZZJA 1KJLA 2DTWA 3AYCA 1W6PA 5JLVA 4EEEB 4OWJA 3LCPA 4Y24A 3W9TA 3RMXA 2YV8A 5IK7A 1SZ6B 3A22A 2ZGLA 1SBFA 5T55A 4LBQA 3UD9A 2W39A 3WDYA 2NYYA 5DG1A 5BXSA 2GN7A 1MVEA 5IK4A 3BA7A 1LEDA 1ENQA 3AH1A 1MVQA 5JOXA 4X37A 1WLDA 1AVAC 1N47A 2GNMA 1XHBA 1W3FA 1AX1A 3A0NA 1TOOA 5BXRA 3E8LC 2QYIB 3WO3A 4LBOA 3IM5A 4G1RA 1WW4A 4K1YA 4BM8A 2DVBA 2VXRA 4II0A 1BLAA 2A3WA 2EXJA 4OZXA 4GKXA 4DEPA 4WVVA 4YGCA 3AJYA 1W3GA 2UURA 4OW4A 1BA7A 1GGPB 1W6PB 4LO2C 4YG6A 1HKDA 4OEEA 3VKFC 3NBEA 1SACA 1Z2VA 41BIA 2A75A 1HWPB 3AH2A 3O49A 2DVAA 2A3XA 5BVPI 3FJJA 3UJQA 1AJOA 4EFPA 4XTPA 4XBQA 5SV8A 4KBBA 3UD7A 1ITBA 3VV1A 1CVSA 2D6NA 1RZOB 3INAA 1DQGA 3BIWE 4HJJA 1W3AA 4LBKA 1QGLA 4I4VA 1LTEA 2KH2A 31BIA 1JYCA 4I4SA 2HZ9A 2YMZA 5DZFA 4CTEA 3FJDA 4JRAA 3KM5A 4XJWA 1N1YA 2P3KA 3AZZA 5HCAA 4A7KA 2YY1A 1N1VA 3VSFA 3AX4A 4LO3A 4X38A 1QNYA 4ITCA 1WLCA 4XXAA 4I4UA 1ENRA 3P6IA 1V6UA 4LO1C 4A7YA 1JT4A 2W68A 4BMBA 2R1DA 2D6KA 1A8DA 2L5XA 3HALA 4BMEA 1G9CA 1RITA 2OUHA 4LO8B 2OVUA 3TAYA 1TIEA 2ARXA 4J2XA 1LULA 1PZ9A 2LTNA 3VKOA 1JHNA 3IM0A 4Q8LA 3LTQA 4CRQA 2E4MA 4FOYA 1Z0HA 3NV1A 1V6XA 1NXD1 3BRFA 2DU0A 3PVOA 3ZXFA 4HL0A 3OJMA 3PUBA 3S8JA 3O4AA 3AJ6A 9ILBA 3PVEA 5JMCA 1LOGA 1RINA 2F2FC 2JECA 4M3CE 3I4IA 1H30A 2DREA 4HR6C 5H9SA 1IS5A 1VAMA 3WCRA 1LCLA 1LU1A 3P53A 1FATA 3VT0A 3C2UA 4PQ9A 3Q9OA 1EPWA 3HN1A 1ZM1A 4GALA 2CL2A 3VKLA 2DVGA 1LHWA 4ZA3B 2OUJA 1LEMA 3TB0A 3B69A 1CIWA 3NWKA 3RG0A 4AGVA 5GZEA 3F62B 3WDTA 1V6VA 1CPNA 1MZ5A 3L2YA 4K20A 1F5FA 1WCSA 1W6OB 4JCKA 4FP3A 1GBGA 5GLUA 1JT7A 3WMUA 2ZGRA 4OWLA 1IS6A 2ZGNA 3FLTA 1BFGA 2ZQOA 2EXKA 1KDMA 3QYDA 1DHKB 4AWDA 1CVNA 1XG6A 5F9TA 1LGCA 3OY8B 3AKFA 4ENDA 1CQ9A 1S0JA 2SLIA 1G8WA 2BEAA 3FJ9A 4Y1ZA 3A23A 2XOAA 1HWMB 1V00A 2GO2A 3N0KA 1SR4A 3RTIB 2WSUA 3CU1B 4HANA 2OW4A 2YUGA 4YZ4A 3RMYA 3FLRA 4K21A 2E51A 3UD8A 1FV2A 3PJQA 2D6LX 1LOAA 1ULEA 3ENRA 4ISRA 5GZFA 1K5UA 3WZ1A 4Q1RA 2DURA 5H9RA 4LO0C 1TEIA 2ZKNA 3FFZA 1IRAX 3O44A 5DZUA 3RSJA 4GWMA 2RSTA 1MS0A 2ZABA 3FJAA 3ILAA 4DRVA 2JKBA 2DVDA 2D24A 1Q8PA 3B01A 3WG1A 5CB7A 5BQUC 3EF2A 2EXHA 2K4AB 2NP0A 4YM0A 2R49A 3WDXA 3WINC 1N3QA 3IPVA 4I0YA 1GZCA 2Z42A 3BA4A 1YRZA 3ZX7A 4XYXA 2D7RA 1DQ2A 5F8SA 2AUYA 4QBCA 4Y26A 4QO3A 3ZXKA 4P9WA 4LO3C 2Z48A 1WLWA 2R1BA 2VY0A 3WDVA 4BPZA 3I8TA 1JW6A 3ATGA 1A3KA 3AXDA 3V0BA 1DYPA 4Y1YA 5I1BA 4KC3A 1WD3A 2UWAA 2A3YA 2D3PA 3MEPA 4H9WA 1RG8A 3UDAA 1UZYA 2WSVA 1G7YA 3AZVA 2HW9A 1AXYA 4D8HA 2VW2A 3BODA 1DFCA 2GMPA 1LOFA 3ZSJA 2BEBA 3N7LA 4DRRA 3AYAA 4GAIA 3B9CA 2E4MC 3HBWA 5F5QA 1N1TA 4FPCA 4XE9A 4LO1A 5DUYA 1MC9A 2FHRA 5DUUA 1LHUA 4JKXB 1W6MB 4BQ1A 3H0OA 4YGDA 1VIWB 1ULDA 2I2SA 1L2HA 1LESA 4C1WA 1A78A 1QDOA 4I96A 5DUWA 2HWMA 1S1AA 1M2TB 1N4KA 3AJZA 4YW5A 3CAHA 3V0BB 1TWEA 5T5OA 2M49A 3POSA 1QDCA 4D69A 1QOTA 4I7IA 5BP5A 5EHAA 4Q26A 4Y1VA 1S0GA 3BTAA 3CRGA 2R16A 3O3QA 2UWBA 4G9NA 4XBLA 1IKQA 2F2FA 3IAGC 1BFBA 3ZYPA 1UPSA 1QOOA 1BKZA 3B00A 4GOYA 4ZGRB 4WV8A 1GZ9A 5JDBA 2ZHLA 3RTJB 1JLYA 4IZXA 2DUQA 1JYIA 3BAUA 1ISVA 3CRHA 3FJIA 4IONA 2E7QA 3NV2A 1SLAA 1HKNA 1BXHA 1DQ5A 4Y20B 1FNZA 4YW3A 3O0XA 3D5OA 3WG3A 2NVHA 4LO7C 3KQRA 4XIOA 3H6QA 5E89A 1YIFA 3VT2A 1SLBA 5DZGA 1SR4C 1Q04A 3JUTA 1DQ0A 4XTMA 1GNZA 1WBFA 1IILA 3O12A 1WW6A 2KI4A 5JOZA 1H9WA 1BASA 3BRGC 1JXNA 2ZQNA 1IOAA 4IZEA 1FNYA 4FQ4A 2WT1A 2A70A 4R9CA 1AVXB 5DXDA 2AENA 4XMAA 5F8YA 3M3CA 1BJQA 2KI6B 4P6AA 1ONKB 3IMNA 5L73A 1MS3A 3I2AA 2MC2A 1SCSA 1TFMB 4I4PA 1G9AA 4Z9WB 3Q7XA 3O4BA 1YBIA 1BFFA 4XILA 4J2SA 1RIRA 4ZXKA 4FPHA 3SISA 1WD4A 1XQNA 3M3OA 1PUMB 2ZGKA 1DZDA 2BQPA 3CA0A 4A7ZA 4QD2B 1K5VA 2NN8A 1U0AA 5GJ6A 1MZ6A 4LO0A 1DYKA 2ZR1B 3IIRA 1VALA 4IY9A 3WVJA 5LK5A 2ZBJA 4UW4A 3FJHA 3APBA 2D7IA 1FX5A 1KJRA 5BQUA 2V73A 4XDQA 4ZFWB 3BADA 2MIBA 4ZFYB 2AXMA 4Y22B 5GAQA 4XKIA 1DQ1A 2JE9A 3N36A 3WINA 1Q8VA 4AGRA 3FBYA 3P6JA 1ENSA 5IT6A 3NBCA 4I4YA 5DSSB 3VWCA 3MW3A 2Y9FA 4LBNA 2GMEA 3PG0A 3BAVA 4QKRA 2QN4A 1ZA4A 1NLSA 4Q1PA 3UJOA 3WCSA 4XMIA 1N3PA 2IHOA 1LOFC 1WW5A 2GNDA 1QXMA 1AX2A 2D6OX 2Y9GA 2NZ9A 5DZEA 5E24E 3QCWA 2GZBA 3NBDA 1ULFA 5HPZA 2Y9XE 1FYUA 3B3QE 3JU9A 1GKBA 4LBJA 1FMZA 1MS9A 2CWSA 1DBNA 3PMEA 3HOMA 4AVTA 3OYWA 4YLZA 2ESUA 4Q9GA 1AX0A 2YZ4A 3ZXDA 1Q1UA 2JE7A 1JQZA 2ZHKA 4QC4A 4GKYA 3ZSLA 3QR5A 1V6WA 1FMMS 3RQ0A 2UU8A 1HWOB 3VKNA 1UL9A 1W6OA 2DV9A 4FPKA 4OEFA 4KEKA 3FJEA 5F90A 1BZWA 5BP5C 3WA1A 1JBCA 3IN9A 2WT0A 2ZGSA 1C1FA 3N35A 3OJBA 4XJ9A 1DQOA 3IM6A 3VKMA 1LHNA 1SLIA 1EV2A 1T4QA 2VXTI 3CA4A 2VLCA 3DUIA 2Z49A 4SLIA 2DTYA 1BARA 2A6YA 1UZZA 3OY8A 4BLIA 1MS1A 5AVAA 5D62A 3OBTA 1DIWA 4FP2A 4J2YA 5FREA 2TEPA 4I4OA 4BLJA 2PHWA 4LBLA 1Q03A 5EWSA 2ENRA 3WHUA 1IT0A 2RG9B 3OYWB 4XJZA 2LIQA 1NZKA 1HQLA 4JKQA 2D43A 3M1HA 1HCEA 1W0PA 1II4A 3NJ5A 1IS3A 4KEIA 1Q56A 4QD2C 4USOA 1UKGA 4PF5A 2PHXA 4FPFA 3WV6A 2I1BA 3WUDA 3IM7A 1J1TA 4WBCA 1GZWA 1I3HA 1S0DA 1QQLA 1LHVA 4DCKC 1HCDA 3AYDA 3MW4A 1HIBA 1RY7A 1GANA 2A6VA 2XB6C 3R05A 2W08A 4WZFA 3ZXJA 4OEGA 1SCRA 3ZSMA 3MALA 4XJUA 1QQKA 3WMVA 3LSDA 4YGEA 5KXDA 4AVSA 1IKPA 3CA3A 2Q3NB 4JC1A 1Z4SA 3M3EA 1S0BA 4DFSA 1V6JA 2JDZA 3ILFA 7I1BA 2D1ZA 1BQPA 2ERFA 4R6UB 1DQ4A 4XBNA 3PHZA 3AZYA 4R9AA 1LGBA 2AAIB 2AQZA 1H9PA 4GWNA 4Q9PA 2EALA 5IK8A 2CWMA 4R9BA 4M3CF 3AH4A 1LENA 4I2SA 4YFZA 2K8RA 2WNEA 5BXPA 3FGMA 1G9FA 3ZXGA 2X2TA 5JOYA 4G6MA 5GLZA 3H6RA 1ISXA 5FRAA 1GZWB 3JRRA 1D2SA 5BXTA 5KXEA 1DZCA 5HCFA 2R0FA 3WOGA 3NV4A 1GNHA 1LHOA 1O4YA 2G4IA 1V6IA 4EFRA 5JOWA 2CTVA 2YXSA 4QKSA 3V79C 5FNXA 1QMJA 5T50A 3C9ZA 5GZCA 4LO7B 2GN3A 1JY0A 1S0IA 1PWAA 1JN2P 3O4CA 4FPEA 3BAQA 2CY6A 4OUJA 1W6MA 4HA2A 4GOVA 3NV3A 1SLCA 1PZ8A 4PBPA 1KNMA 4X39A 3UK9A 5T5JA 5FNWA 3D7WB 2ZHMA 1BFCA 3AKHA 2FGFA 3WDWA 3SLIA 2AYHA 4LBQD 4YFWA 3SH3A 1MR5A 2H0BA 5T5PA 2MLLB 1LOEA 3T8SA 2ZGMA 3WUCA 2WQZC 1KRIA 1MS4A 1R1ZA 2DS0A 1DZQA 1CESA 4MYEA 3GALA 4FVVA 4U36A 1W6NA 3A0KA 4XHBA 2RQ9A 3H6RB 1OQ1A 1S0FA 3HMYA 1APNA 3FUOA 1JTCA 2ZGUA 1KITA 4ZFUB 4M01A 2Q9XA 2EIGA 5G00A 3VT1A 4P0LA 3AP9A 3I29B 4IYBA 4G6JA 1AVWB 1N1SA 1W6QB 2D44A 5T5LA 4FPOB 1UX6A 4J2KA 2E53A 2E6VA 5GLTA 1YI7A 1CN1A 1GLHA 3K1XA 3FJ8A 2VU9A 4GP3A 3R4UA 5GALA 2JD4A 2DVFA 4Y20A 4YM3A 1I1BA 3MPPG 2FO1A 2ES3A 5F8WA 2P3JA 4U2AA 1PZZA 2J3PA 1TTUA 5JVVA 2ZMKA 4XZPA 1CJPA 3AFKA 2UWCA 4I4XA 1B09A 3FJCA 1V6KA 1AXKA 4Q8KA 2B7YA 1WW7A 3RS6A 1S0CA 1W6NB 4ATFA 1FN0A 2P37A 3ZYRA 3LLPA 1V6MA 4YW1A 1G9BA 4DPNA 2KKIA 3WLUA 1S0LA 2E7TA 2V5YA 2ARBA 5FZUA 1YXWA 2D6PA 3W58A 1Q8QA 1AVUA 1KQRA 3ZC8A 2D23A 4R9DA 3GNEA 4I8MA 3H6SE 1WBCA 2D22A 3M2MA 4I1EA 3JUUA 2WBCA 5EXOA 3BX1C 2DWRA 3BAOA 3O4OA 4H55A 2P23A 4XFUA 4ATEA 1QKQA 4I3NA 2NMNA 1LGNA 1MS8A 3CA5A 1P63A 3A07A 3ZVXA 1HLCA 2DYCA 2ZA9A 3V0AB 3BOPA 2NMOA 4RA0A 4I4RA 4FOQA 1XYFA 1RMLA 4M00A 1ULGA 4P14A 1LOBA 2PHTA 3ZC9A 4TYSA 2K43A 3RRDA 5E8AA 1V6LA 3AXEA 3DGTA 4PC4A 1SBDA 3AZXA 1YTOA 2C9AA 4Y22A 2PHUA 4ZLBB 4USPA 2D3RA 5EYXA 3O5WB 3AP5A 3NBNA 4FPYA 1IRPA 1ULCA 2D20A 1Z78A 1EVTA 3V65A 3IKWA 4X3AA 3OJVA 3D6EA 4RL7A 1ISYA 1UMZA 2ZGPA 1CE7B 4DENA 1KDKA 21BIA 2GNTA 2ZMLA 4F83A 1FQ9A 3SH4A 4AN7B 2D7FA 3FJKA 6I1BA 2GALA 2WT2A 3AP4A 2LIEA 3ZXLA 3I2XA 2GNBA 4TZDA 1AXMA 4BOWA 2CYFA 3N7JA 2A6WA 3O5SA 4KEJA 1E0OA 3AKGA 5DUXA 3POYA 2C5DA 3R4SA 5DG2A 2WJSA 5B2HA 2P34A 3ASIA 4QALA 4XHXA 4LBQB 3FLPA 4DQAA 1TP0A 1AJKA 4L4IA 1SLLA 4PCRA 4W65A 5CBLA 5KXBA 1Q8SA 3BAHA 1F31A 3OBRA 1M16A 2NTDA 1ILR1 1JLXA 2SBAA 4GA9A 1Y7BA 4Y1UA 2ZGOA 4YZ5A 4OWKA 3MW2A 2W52A 3N7KA 1SFYA 1CPMA 4Z8BA 4IHZA 1AF9A 4YW2A 2ZMNA 1IS4A 4TLPA 4XFTA 2WKKA 5DUVA 3A21A 1DJSB 3O0WA 2DUOA 4AYUA 4JP0A 5H9PA 4XFSA 5EC5A 5KXCA 1AXZA 3BRDA 2EAKA 1IOBA 1DLLA 2ZACA 2DU1A 4CZSA 4ZOTA 3ZSKA 4JAWA 1IHKA 2ET2A 3WO2A 2HYKA 4P9YA 2FFVA 1PZ7A 4P0JA 2F8XC 4FQZA 1T9FA 4IQPA 1YYNA 1IJTA 4Y1XA 4AN6A 3OJ2A 1V6NA 1C1LA 1WBLA 3POKA 1UN1A 1LJ7A 3VEQA 2ERMA 4YZ1A 4D0TA 5CAZA 4YZ3A 4FPGA 1BYHA 4LBMA 2ZGQA 2AH2A 4F34A 1SLTA 2D3SA 3BAGA 2A6XA 1FV3A 3BA5A 2FMDA 3CQAA 3HSMA 1MS5A 1OQLB 4Z8SB 4YOLA 1CONA 4L4HA 4P9XA 5FZZA 3AP7A 5FZYA 2EF6A 1N3OA 4FOVA 3SH5A 5CA6A 1ISZA 1UAIA 2Q5TA 4K1ZA 4I6IA 2UUSA 2EXIA 1J0SA 4I37A 1HWNB 1ONAA 1WBAA 1YF8B 2DRYA 4UW6A 3SNMA 3WG2A 1QF3A 5DVHA 2Y9WC 5GM0A 3W59A 3AK0A 4I30A 3HR9A 2A71A 4WVWA 3ZPYA 3D4KA 1G82A 2ZGTA 1V6OA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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