3PMEA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin c/d mosaic serotype
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
415
Chain Sequence
INDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRLEGDVQVNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIKQNSGWKLCIRNGNIEWILQDINRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSERIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYMINYNYIDRYIAPKNNILVLVQYSDISKLYTKNPITIKSAANKNPYSRILNGDDIMFHMLYDSREYMIIRDTDTIYATQGGQCSKNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSQYCSQIFSSFMKNTMLLADIYKPWRFSFENAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the receptor binding domain of the botulinum C-D mosaic neurotoxin reveals potential roles of lysines 1118 and 1136 in membrane interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type C neurotoxin
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 110
structure length 415
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3pmeA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pmeA02
4YZ2A 2WQZC 2YMZA 4BQ1A 4C1XA 4JQ0A 5GM0A 5LK5A 1APNA 3WCRA 1GZ9A 3WDXA 2ZGPA 4HJJA 1PZ9A 1A8DA 1RY7A 3FJ9A 1S0EA 2A70A 4X38A 3CA0A 4YW2A 1P63A 1N47A 3R4SA 2R0HA 1MD6A 1QMJA 2CTVA 5D62A 1MZ5A 3N7MA 1Q56A 5F8YA 2D43A 1ONKB 4XBLA 3FJDA 4JCKA 1AVAC 1QQKA 2DVBA 3FBYA 4BMEA 4AGRA 2ZHNA 5T54A 4Z8BA 2CY6A 3BAOA 2XG3A 2A71A 3FGMA 3WDYA 3NWKA 2UURA 3Q7XA 4W65A 2Y9GA 1DQOA 2DRYA 2K43A 1AX0A 1GNHA 1ITBA 2J3PA 3UDAA 3ZXKA 2AQZA 1IS5A 3SH4A 2I1BA 3O4CA 5CBLA 2DUQA 1IKPA 1HKNA 4QD2C 3AH2A 1OQ1A 1TFMB 1IHKA 1TTUA 5DSSB 2BEBA 1I1BA 4I7IA 3AXEA 3I4IA 4YG0A 2A3WA 4H9WA 1JT4A 5KXBA 5GZGA 4AVSA 1QQLA 4Z9WB 1CPMA 1V6IA 2DVDA 4ZGRB 3N36A 4YW5A 3H0OA 2AYHA 4LBKA 1MACA 2D44A 5D63A 3IMNA 2DWRA 4FPOB 3F62B 1II4A 1IILA 1WW5A 1DQ5A 4FPCA 1W3FA 2R16A 3VKFC 2EF6A 2DTYA 2A3YA 1XG6A 2LTNA 4I4OA 4XIKA 5DUYA 2P3KA 4ZFWB 1GKBA 1IS3A 2ZGKA 1SLLA 3AK0A 1DHKB 3CA1A 4OZXA 1O4ZA 1BFFA 1PC8B 3BRGC 1ULGA 2E6VA 2FDBM 4WBCA 3WLUA 4Q1RA 4AWDA 2P3JA 3AYAA 2NMOA 4P9WA 1R8NA 2NVHA 5E24E 2WRYA 1JQZA 3AH1A 4A7ZA 3A22A 4II0A 2UUSA 4USPA 3HMYA 2DU1A 4ZA3B 1HKDA 4YM3A 1M16A 1WD3A 1QKQA 2L5XA 5F9TA 3AZXA 2ZGUA 2HW9A 4IHZA 1UZZA 3VEQA 4Q91A 5DUVA 2RHPA 2Y9FA 1LENA 4XFTA 5JOWA 2E51A 1WUVA 1G9CA 4HL0A 3A0KA 4GOVA 4XBNA 4XHXA 4YW4A 5BXRA 2VW0A 5JOXA 4ZFUB 3BAHA 2JECA 3A21A 1DQ0A 4M3CA 4Q8KA 3FJ8A 2RSTA 1JXNA 4QALA 4ATEA 5GALA 3V0BB 3M1HA 2ZGMA 1F31A 1LULA 1G8WA 1JBCA 4BMBA 1UZYA 3BAUA 2IWTB 3OJMA 1GNZA 3O5SA 1WW7A 1BFBA 3AJZA 3V65A 2D6LX 1Q8SA 3H6SE 1LTEA 1K5UA 4YGBA 4XKIA 4Q2FA 2EXKA 4FOWA 2HWAA 1SR4A 1SFYA 3CA5A 2XB6C 2WLQA 2W52A 3UJQA 4CZSA 4YW3A 5T5PA 1S0LA 1N1YA 4UW4A 2D24A 3VT1A 1WBCA 4LO7B 4QBCA 2ZBJA 1T4QA 1JY0A 2NMNA 4D69A 3QLQA 3O4AA 4LO0C 3ZSJA 4XJ8A 2ZGNA 2Z49A 1W6MB 4F83A 3A07A 5BQUC 4XYXA 2VH9A 1B09A 2YXSA 1DGLA 3PJQA 3FJEA 4ZFYB 4GP3A 1W6NA 1HCEA 2A6VA 2KLLA 3O5WB 3N7KA 1QNYA 1CVNA 2ARXA 4R9BA 1WLDA 2NP0A 1YTOA 1GZWA 3ZXFA 3W9TA 3A0NA 1SCRA 2C5DA 3T1MA 4I4SA 3RMXA 3RTJB 3FJKA 2ZQOA 4ISQA 1R8OA 3SLIA 1SBFA 2GZBA 1MS5A 3CA3A 2ZGOA 4BLJA 4YOLA 2AGSA 3NJ5A 2KI6B 1V6NA 1UL9A 2KKIA 3QYDA 1Q04A 4AN6A 1RIRA 3SH5A 4M3CF 1HLCA 3M3QA 5H9RA 3KM5A 3T8SA 4XOGA 3ZYRA 1G9BA 1IOAA 2ZGTA 1MZ6A 4Y22B 1SLIA 5F8WA 3POYA 4OW4A 1BQPA 1N1SA 1V6OA 4Y1XA 1LHWA 3WDWA 4AGVA 4I4PA 3H6QA 2A3XA 1LEMA 3E8LC 1G7YA 1S0DA 1AFCA 1FYUA 4XFUA 1PZZA 1AXKA 5BP5C 1MR5A 5T5JA 5T5LA 3WG4A 1Q1UA 1I1EA 4AGGA 1LGNA 1CESA 5CAZA 3BRDA 1PUUB 3ILFA 2JE9A 4LO2A 3VWCA 1YI7A 1S0FA 1IRAX 2WKKA 1C1FA 1FX5A 5KXCA 2W08A 2VSAA 4Y20A 4XJUA 4XBQA 1JLXA 5GZDA 3AP4A 4TZDA 3ATGA 5GLVA 1LCLA 2F2FA 3IIRA 2ZGQA 5GLUA 1FAYA 4GALA 3M3OA 3WHUA 2GNMA 1UN1A 2E7TA 1DFQA 1PZ8A 2DRZA 3K1XA 5DUUA 3FFZA 2P34A 3AH4A 3OJBA 4U2AA 3UD9A 3BODA 1WLWA 4XTMA 2EALA 3OY8A 5CB7A 3AP6A 3ZXGA 4L4HA 3MEPA 1MC9A 2WSUA 3AYDA 1NXD1 4FQZA 4YG3A 4QO3A 3QCWA 4UW5A 4LBQA 1MS3A 2H0BA 1MVQA 3WG3A 4XJWA 4QD2B 2DUPA 2RQ9A 5EG6C 3O12A 2D7IA 1U0AA 3ZSKA 4YGEA 1VALA 4RA0A 3CRIA 3WDUA 2K4AB 4BOWA 1ISZA 1O4YA 3FJHA 4YZ1A 1W6OB 3JU9A 3UK9A 1LJ7A 1ISXA 3AKFA 3HR9A 3BA4A 4FP3A 1S0CA 2ARBA 3WINC 1JLYA 1JTCA 1RINA 2PHTA 1ISVA 1AVXB 1IS6A 1DLLA 1LECA 2HYKA 2PHUA 1JT3A 3S8KA 1S1AA 1ULFA 1A78A 2JDZA 2LIEA 3L2YA 5DZGA 3IAGC 3ZYPA 1Y7BA 2Z42A 5KXDA 5L73A 3UJ0A 3B3QE 3VKLA 4R9AA 1JYCA 1CR7A 3WUCA 1WBAA 2A6YA 4UW6A 5HCFA 1EYLA 4PF5A 1Q8VA 2KH2A 1LOFC 2GMPA 5FNXA 3VV1A 5F8SA 2AREA 1SACA 3AJ5A 2Q9XA 1W6PA 4JC1A 5HPZA 3LSDA 3AP5A 4HR6C 1L2HA 1Z0HA 5EC5A 4WVWA 4IZEA 3BTAA 4OWLA 1XYFA 4GXLA 5FZUA 1HDKA 3I2XA 2WBCA 4I4UA 1DYKA 4I1BA 4P0KA 2ZMNA 4I0YA 4ZBVB 4XE9A 3BB2A 3SNVA 5JOYA 4HA2A 3WO3A 1LOAA 4I6IA 1H9PA 1ZA4A 2FMDA 3I8TA 2YV8A 4G6JA 3Q7YA 3RRDA 4FPEA 3SISA 4LBQD 1MS8A 2D6NA 1D2SA 4OEFA 4XILA 4XJZA 1RG8A 1UPSA 1AXZA 1EVTA 1TWEA 2ZABA 3MW3A 5GAQA 2E4MC 1ISYA 3WOGA 5F90A 4KEKA 5E89A 3W58A 5IK4A 1UMZA 3FUQA 1CJPA 4LBJA 1CQ9A 1JYIA 3OGGA 1MS0A 2P23A 3DGTA 3P6IA 1GGPB 3UD8A 1Q8QA 41BIA 5H9QA 2FFVA 3UJ4A 3VSFA 3NBNA 2AENA 3FJFA 2R49A 1KDMA 1BLAA 4AYUA 3A4UA 4GKYA 2NTDA 1CPNA 4CRQA 3PVEA 4CJMA 1C4RA 1JT5A 4H04A 3F1RA 1W3GA 4JKXB 2ES3A 5IK5A 3T2TA 2HWMA 1YXWA 4DCKC 2GNBA 1ULDA 3BADA 1V00A 4LBNA 4DPNA 2ZR1B 1Q8OA 2YUGA 1OQLB 4OUJA 1KJRA 4X37A 1BARA 4EKXB 1G9AA 1J0SA 4GAIA 2UWCA 3O0WA 3AP7A 2PELA 4YGDA 1BKZA 3D5OA 2AAIB 2VSEA 2PHRA 1JN2P 4J2XA 1DZDA 5HCAA 2V73A 3ILNA 5E8AA 1N3OA 1UKGA 2NYYA 3C9ZA 3FLTA 2FO1A 3SH3A 3HBWA 1MS4A 1OKQA 2D6KA 1F5FA 2DVGA 4FVVA 2E53A 1S0JA 1IT0A 3BOPA 4LO3A 4WVVA 1HQWA 3WVJA 3RS6A 3V0AA 1S0IA 4UW3A 3AYCA 3WG2A 2W39A 4YLZA 3OYWA 3O4BA 2JE7A 2VLCA 4EFPA 1OFSA 1TWMA 3IN9A 1WLCA 2DTWA 4FOQA 1SBDA 4P14A 4JKQA 3OBRA 3V79C 2DUOA 1HWMB 3JRRA 1G9FA 1JW6A 1KJLA 4M01A 1DQ4A 1DQ1A 4J2YA 4YZ3A 1ULEA 3N35A 1ULCA 2WJSA 1TP0A 4J23B 1YRZA 2ZMKA 3HALA 3PVOA 1LGBA 3USUA 5JOZA 2PHFA 4Q9GA 3WG1A 4USOA 4WZFA 3NV3A 4XTPA 3OGFA 4FP2A 4M3CB 1V6VA 4TLPA 3D4KA 3H6RA 3AKIA 5DUXA 1VCLA 2MC2A 4BPZA 1DZCA 1XQNA 2I2SA 3MPPG 1S0BA 3W59A 3I2AA 1FMMS 5FREA 3NBEA 4JP0A 3ENRA 4ISRA 2GO2A 3M3CA 4PCRA 1NUNA 5EXOA 1RZOB 4D0TA 1CE7B 4IY8A 3PUBA 1PZ7A 3WZ1A 2OW4A 3CNAA 5SV8A 2WT0A 1LODA 3B9CA 1CVSA 1F9KA 3IPVA 3BX1C 3S8JA 2R1BA 5EYYA 4LO1A 2D23A 3PG0A 4R9CA 2DV9A 4PBPA 4F34A 4YM1A 3AP9A 2X2SA 3Q7WA 2TEPA 3WMUA 3O49A 1DFCA 1DQ2A 3OJVA 4L8QA 4Y26A 3UL2A 3M3EA 4XZPA 3BA5A 1ONAA 4A7KA 1W6NB 9ILBA 1J1TA 1WCSA 3B69A 4ZLBB 2D3SA 2UU8A 1HWNB 1AZDA 2D20A 1FGAA 3FJCA 1GZWB 4Q1PA 1SLCA 1Z2VA 2GNTA 4C1WA 2CYFA 4R6UB 1KRIA 5GZFA 1AXMA 4JRAA 1URXA 4PBOA 1IJTA 5I1BA 4ENDA 3ZVXA 4G9MA 4XXAA 2BFHA 2F8XC 4FPKA 1YO8A 4Q27A 1SCSA 1AF9A 1KQRA 2FGFA 1V6MA 2K8RA 5JMCA 2ZGLA 2OUHA 4ASMB 2V5YA 1NLSA 4LO3C 3B9UA 1R1ZA 4IZXA 2CWSA 2MLLB 4I4XA 2GALA 1LGCA 4YFZA 1HIBA 1DJSB 1V6XA 3BA7A 1MVEA 4Y1UA 3VSZA 1AVBA 2ZGRA 2VXRA 2ZHKA 1VLNA 1SLBA 4PQ9A 4XDQA 1CIWA 1SR4C 1W0OA 3SITA 5EWSA 1IRPA 1W0PA 4GOYA 3ZXEA 3MW2A 3HSMA 4QC4A 3Q9OA 1W6QA 5BVPI 1X50A 1YBIA 1BLDA 1FNYA 4YFWA 1WW4A 5DVHA 2MIBA 4Y1ZA 1EPWA 1T9FA 1SZ6B 4GA9A 3AZZA 3WA1A 4OWKA 1GICA 1BFCA 3WDTA 1AX1A 5GZEA 3BIWE 1SLAA 2EXIA 3CRHA 1MS9A 1LHVA 1GSLA 4Y20B 2D3RA 5FNWA 1IOBA 1WBLA 2DS0A 5IUQA 1BXHA 3ZXLA 1EV2A 2P39A 4SLIA 3POSA 1VAVA 2Y9XE 5D61A 5CA6A 3AYEA 3D6EA 3OJ2A 3O44A 4DFSA 1FWUA 4ITCA 1VAMA 3FJJA 1V6JA 5CNAA 2GNDA 3AKHA 2Q3NB 2ERMA 1LOEA 2LIQA 3R4UA 2KI4A 3OY8B 5HCBA 3ILRA 4I30A 2E7QA 2DU0A 2ZA9A 2ENRA 2NM1A 3RG0A 4M3CE 5H9SA 4NO4A 1BZWA 3VT0A 3B01A 2PHXA 3GALA 3C2UA 4FPGA 1PUMB 5EHAA 4LBQB 4EFRA 4DRVA 1I3HA 2ZQNA 1Z4SA 4EEEB 5BXPA 5T55A 3LTQA 2Y9WC 4KEIA 5DUWA 2A7AA 3WDVA 2OVUA 1AVUA 4XXPA 1UAIA 3N0KA 4YM0A 4DEPA 2FHRA 1HWOB 2YZ4A 5JLVA 3PHZA 5B2HA 3VT2A 2FFUA 3RQ0A 4G1RA 2YY1A 5DG2A 5GZCA 1DZQA 5BXSA 3N7LA 3CRGA 4XHBA 4LBOA 5DG1A 1BYHA 4LO2C 3IM5A 4FGFA 3LCPA 4M00A 4DQAA 3BRFA 3TAYA 2VW2A 4P6AA 4OWJA 3KMVA 3O4OA 5H9PA 2EXHA 4A7YA 4XFSA 4NOTA 1FQ9A 1N1VA 3RSJA 2R1DA 2F2FC 3N7JA 4EFQA 1ILR1 4YZ4A 1XZZA 4LO0A 5BOWA 3FJBA 1BASA 4I4VA 4K1ZA 4I2SA 1K5VA 3JUTA 2P2KA 4ZOTA 1FNZA 1W6PB 5BQUA 3ZSLA 5IK7A 1LOCA 3WO2A 4FOYA 2ZMLA 4GP0A 1LHNA 1V6KA 4KBBA 2D1ZA 2ZZJA 5KXEA 2NZ9A 3O3QA 8I1BA 1LU1A 2X2TA 1LOGA 4BM8A 1E0OA 1ENQA 6I1BA 2R0FA 2WT1A 3IM6A 1QDOA 3ZX7A 4IYBA 2P3IA 4P0LA 2DURA 3V64A 1YYNA 1FV3A 4OEGA 1VIWB 4ATFA 4QKSA 4YM2A 3V0BA 3LLPA 3PVNA 2GMEA 2RG9B 3JUUA 2ZGSA 1LU2A 1QU0A 2ZHMA 4I96A 4I8MA 2VY0A 4K21A 4I3NA 2D6OX 3ZC9A 2A75A 1JOJA 2AR6A 5IK8A 3BAVA 3WCSA 1V6UA 2QYIB 1QGLA 1QOOA 2EXJA 4QKRA 3VKOA 4J2SA 2D7FA 2DVFA 3WHTA 2D3PA 1G9DA 4X3AA 1LHOA 2VW1A 3NV1A 4TYSA 2A6ZA 1QNWA 3IM7A 3ZC8A 2GN3A 1CN1A 1GV9A 4Y1VA 5GLZA 3M2MA 2CL2A 1DIWA 2GN7A 2AUYA 2JJ6A 5BP5A 4K20A 1AJOA 4Q8LA 3SNMA 3KQRA 1QXMA 2A6WA 2HZ9A 2UWBA 1W6MA 1V6LA 4I4RA 1FWVA 2JKBA 3NBCA 3GNEA 3TB0A 1RITA 5DZUA 4D8HA 1HCDA 1TIEA 1UX6A 5DXDA 3NV4A 3WV6A 4D0ZA 1FV2A 1C57A 1PWAA 1ISWA 3CQAA 2Q5TA 1GYKA 4DS0A 3AXDA 2A6XA 4YZ5A 3D7WB 3OPZA 1ENRA 4GAFA 4QBVA 4DRRA 1HWPB 5AVAA 1KITA 1NZKA 3PMEA 1AJKA 3IM0A 3ILAA 1AVWB 2ZKNA 3POWA 4HANA 1Q8PA 3P53A 1RMLA 2VU9A 2UWAA 4AN7B 1LOBA 3B00A 3AX4A 1M2TB 2A5ZA 1A3KA 3AFKA 2BEAA 3FLPA 4P9YA 4H55A 5BXTA 2CNAA 2GMMA 1IKQA 4GWNA 4XMAA 1H9WA 1SBEA 4X39A 3V0AB 1QOTA 1TOOA 4G6MA 1FMZA 1ABRB 7I1BA 1DQ6A 3TC2A 3ZXJA 1W3AA 4FPHA 4Y22A 3NBDA 1QOSA 3OYWB 1ZM1A 1ENSA 4XMIA 4DENA 4Z8SB 2D22A 4P0JA 4LO8B 3CAHA 4LBLA 2DYCA 4IY9A 3DUIA 3ZXDA 5EYXA 1HQLA 2AXMA 2VUAA 4ZKTB 2CWMA 3ZPYA 1WD4A 3HOMA 2C9AA 5T50A 1FATA 2KM2A 3WINA 4K1YA 1KDKA 3USUB 1G82A 2M49A 3O0XA 2WT2A 3CA4A 3H6RB 1MS1A 1WBFA 4RL7A 3AZYA 4XJ9A 2Z48A 3FJIA 4G9NA 2EIGA 1LESA 2OUJA 1YF8B 2G4IA 1KNMA 1GANA 5BYNA 1SLTA 2W68A 1WW6A 1G86A 3POKA 1GZCA 5E88A 2AFGA 4JAWA 3FLRA 2R9KB 1D0HA 4YG6A 1LOFA 5F5QA 3EF2A 2ZAAA 1DBNA 4IQPA 1AX2A 4YGCA 3IKWA 3T1LA 3VUOA 2D6PA 1LHUA 4GWMA 4YW1A 3LSEA 1YIFA 3R05A 5GJ6A 4LO7C 5JDBA 2ZACA 3P6JA 2B7YA 3OBTA 4MYEA 4ZXKA 2IHOA 3CA6A 4R9DA 1N3QA 1IS4A 4J2KA 2BQPA 3IPVB 1BJQA 2NN8A 1BA7A 4JPZA 3AZVA 4KEJA 2SLIA 3N3HA 5GLWA 1LEDA 1DQGA 3CU1B 4I4QA 4XJAA 4I37A 1XHBA 2ET2A 5GLTA 2VXTI 2D7RA 2AH2A 3HN1A 4Y1YA 3AJ6A 4Y24A 5T52A 1JT7A 4FPFA 4AVTA 1FN0A 1DYPA 2YROA 3MW4A 1H30A 1C1LA 4Q26A 4EB2B 4XIOA 3UD7A 5DZFA 4LBMA 1W6OA 2SBAA 3AKGA 2P37A 1BFGA 4I1EA 2DREA 2LALA 3BAQA 2E4MA 5IT6A 1QDCA 3NV2A 3AZWA 3O0VA 5DZEA 1S0GA 3ZSMA 1Q03A 3I29B 5T5OA 1TEIA 3FUOA 4Q9PA 1V6WA 3APBA 4KC3A 1CONA 2QN4A 3WO4A 2PHWA 1AXYA 4OEEA 2WNEA 5G00A 4WV8A 3UJOA 3INAA 2D6MA 1JUIA 3WUDA 1N3PA 4FOVA 2XOAA 4AVVA 2JD4A 5JVVA 2ERFA 4U36A 2DVAA 3MALA 2WSVA 5FZYA 2ESUA 3WMVA 1JHNA 4FPYA 4PC4A 4IONA 4L4IA 4BLIA 4I4YA 1QF3A 4FQ4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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