3PMEA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin c/d mosaic serotype
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
415
Chain Sequence
INDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRLEGDVQVNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIKQNSGWKLCIRNGNIEWILQDINRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSERIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYMINYNYIDRYIAPKNNILVLVQYSDISKLYTKNPITIKSAANKNPYSRILNGDDIMFHMLYDSREYMIIRDTDTIYATQGGQCSKNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSQYCSQIFSSFMKNTMLLADIYKPWRFSFENAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the receptor binding domain of the botulinum C-D mosaic neurotoxin reveals potential roles of lysines 1118 and 1136 in membrane interactions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
molecule keywords Type C neurotoxin
total genus 110
structure length 415
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3pmeA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pmeA02
3PVEA 3BA5A 5JVVA 3B00A 3BRGC 2WT1A 2DU0A 3AH2A 3Q7WA 2ZQOA 2ZGTA 4Q1RA 4UW3A 4FPCA 2GMPA 1TWEA 4ZA3B 1FAYA 4ZFYB 2CL2A 4GAIA 2TEPA 2ZGLA 1Q1UA 4J2YA 2AXMA 1WUVA 4CTEA 1YBIA 1LCLA 2OVUA 3TC2A 1LOBA 1W6QB 4JQ0A 1LENA 1KQRA 3AZZA 3PVNA 5IK4A 1SFYA 5H9QA 2ES3A 1M2TB 4ZKTB 5I1BA 2VSEA 1IOBA 5DUUA 1HCEA 1QNYA 2DTWA 2KM2A 2YV8A 1SBFA 3IPVA 1I3HA 2ZHLA 2W08A 4Y1YA 3OPZA 4Q26A 1S0IA 3OGGA 5CB7A 4YZ1A 3POYA 2P3JA 2K43A 2SLIA 4GWNA 3IAGC 1M16A 1YI7A 4JKXB 3IMNA 1MACA 2I2SA 3UJOA 4OWKA 4P0LA 3POWA 2GN3A 2D43A 1PWAA 5SV8A 2FGFA 3FJJA 1V6JA 4KBBA 2EALA 4XXPA 2P2KA 3IM5A 1O4ZA 2UWAA 4R9CA 3AZXA 5FRAA 3VKNA 3WINC 5D62A 2DWRA 4K1YA 1W0OA 1DQ6A 5FREA 3ZXGA 4FPYA 2UU8A 1JT4A 2DS0A 1QOTA 3CA4A 2OUJA 4LO8B 4XJ8A 4YZ3A 1J0SA 1LHOA 1AXMA 1KITA 4P9YA 2WT2A 4OEFA 4TZDA 5KXEA 2YY1A 2AGSA 3MEPA 3V0BB 5GZDA 5D63A 1TWMA 4QD2C 2C9AA 4P9XA 3V79C 2DTYA 5CBLA 1WD3A 4X3AA 3WG3A 21BIA 1AVWB 5G00A 4XBNA 5JOZA 4LBQD 1ISVA 5H9SA 2P37A 4LBNA 4YM2A 1SLLA 1DQ2A 2PHUA 1CE7B 1GKBA 3NV1A 4I6IA 1LHUA 4R6UB 3N35A 4Y20B 3FJ9A 4LO1A 2GZBA 5KXCA 2J3PA 4AGRA 4AVTA 1KRIA 2LALA 3V0AB 2AYHA 2Y9GA 4D69A 2WSUA 1XYFA 1W0PA 1SZ6B 4LO3C 4I2SA 4I4UA 3AJYA 5BXTA 4FQ4A 2VXTI 3PHZA 4OWJA 4QBCA 3WUCA 1N1SA 4HANA 3INAA 1V6KA 1H9WA 1BKZA 1LHNA 4DFSA 2D23A 1N47A 1FV2A 1S0EA 3WHTA 1CESA 2ZGSA 1AVUA 1R8OA 1LTEA 3ZXJA 1C1FA 2WQZC 3HN1A 1GGPB 2PHTA 1W6OA 4FOVA 4YFWA 5T5OA 4M01A 1DQ5A 2AQZA 4LO0C 3H6QA 2ZR1B 1B09A 4YG6A 4XFTA 3ZSMA 3ILFA 1DLLA 1MZ6A 1Y7BA 3FJDA 3WUDA 2DURA 5FZUA 1JT7A 2KI4A 2A6VA 1GZWB 3UD8A 3N7JA 3FLTA 3A21A 3T2TA 1V6XA 1LGBA 1H9PA 5E88A 1QF3A 4I4SA 4FPLA 4IQPA 2E51A 4Y22B 1KDKA 2YROA 2A3WA 4PC4A 1KNMA 3VV1A 4A7KA 9ILBA 4LBMA 4LBQB 4QKRA 1APNA 1MR5A 5EHAA 3A07A 1CR7A 2LTNA 2R16A 3E8LC 3NV2A 4HA2A 3IM0A 3M3EA 4XJAA 1PZZA 1WLWA 4YM1A 4ZOTA 1ULFA 4EFRA 4LBOA 2KI6B 1E0OA 3PJQA 2P34A 2ZHMA 3OJ2A 4GALA 1S0GA 1VCLA 1DQGA 2EXIA 4G9MA 4TLPA 4FPEA 4ZBVB 1RITA 1W6NB 2HYKA 1G9AA 4JP0A 2CYFA 4BLJA 1NLSA 1CPMA 1VAMA 4I4QA 1NUNA 3F1RA 1Q8PA 1LOFC 2W68A 3BODA 1XZZA 3AKIA 5T50A 4LO1C 1Q04A 4XTMA 4YW5A 1BFBA 4G6JA 1Q8SA 2R1BA 4XIKA 2R49A 3AP6A 1AFCA 5T52A 3ZYRA 4FPFA 3M3OA 3SITA 5GLVA 3ZXEA 4XE9A 5T5PA 5HCAA 2ZGPA 3VWCA 4JAWA 4USOA 3AYDA 1WBCA 1SBEA 3O0VA 3ZSLA 1CIWA 3R4UA 3H0OA 4FVVA 2AFGA 2DVFA 1LGNA 3T1MA 3CA6A 3ZX7A 1XG6A 2YUGA 2QN4A 1DIWA 2P23A 4Q2FA 2X2TA 4IYBA 1H30A 2X2SA 4I37A 4AN6A 1LHWA 1HQLA 3A0NA 2CWMA 7I1BA 3AXDA 3FJ8A 3VKLA 2JDZA 3VKMA 3CQAA 1IRPA 4YGCA 4JCKA 5BQUA 4K21A 4YLZA 1JLXA 3K1XA 1HKNA 4JC1A 5FNXA 3H6RB 2IHOA 1LECA 1U0AA 4XJWA 4DRVA 4Q9GA 5F8YA 3FUOA 1BFFA 2WSVA 3KMVA 4P6AA 1I1EA 3LCPA 1BXHA 1LOCA 3AKFA 1A8DA 2D6PA 4YGDA 1GNZA 3OBRA 3WG1A 1RY7A 1V6NA 4FOWA 1G9DA 3AJZA 4Q8LA 2A75A 2E7QA 1DHKB 3USUA 2A6YA 3VT2A 4Z8BA 1BZWA 1Z2VA 1IOAA 1X50A 2IWTB 3T8SA 4K20A 1YTOA 2XOAA 3OJBA 1ABRB 2Z49A 4HR6C 3Q7XA 4Y1ZA 5HPZA 6I1BA 3NBEA 3UD7A 4Z8SB 2AH2A 3Q7YA 2D3PA 1AZDA 2NVHA 4YOLA 1A78A 4FPKA 3D5OA 2GALA 1LESA 4XHXA 4PQ9A 2ZGKA 2GNTA 4YFZA 2EXKA 1ILR1 2D6LX 2ERFA 1HLCA 3D4KA 4Q8KA 2R1DA 2ZZJA 2WLQA 2AR6A 4Y1UA 5GZGA 2RSTA 1FN0A 4P0KA 4EFPA 1WBAA 3KM5A 3FLPA 4BQ1A 4YG0A 3WNXA 2D1ZA 3ZSKA 1HCDA 1TFMB 1JY0A 3CRGA 3GALA 4RL7A 5E8AA 1QU0A 1LJ7A 2BEBA 2QYIB 1XHBA 4A7YA 4PF5A 1Q8QA 4I1BA 1K5VA 5F5QA 1IS3A 1Z0HA 2NP0A 5LK5A 1LOAA 1WW5A 4XHBA 1DZCA 3BAOA 4HJJA 4DEPA 4YGEA 4OUJA 3WDXA 3OY8B 1ISZA 2GNBA 5BQUC 3NBCA 3EF2A 2HWMA 1MS5A 1HWPB 1GANA 3LSDA 3N7MA 3RRDA 3OGFA 1GBGA 4YG3A 1JYIA 3VKOA 3I4IA 1EVTA 2KLLA 4Q91A 3SH5A 3VT0A 3AKGA 3B9CA 4R9BA 3TAYA 2ARBA 3IIRA 2ZGOA 2Q5TA 5GJ6A 4KEIA 4G1RA 2Y9WC 5GLWA 3T1LA 4M3CF 2AAIB 4OW4A 1PZ8A 4YW4A 2DREA 2PHWA 5GZCA 4XXAA 4XILA 2ZGUA 3AX4A 4H04A 1VALA 3PG0A 4BM8A 41BIA 3KQRA 5DXDA 3ZXLA 2F8XC 1GICA 5HCFA 2BQPA 2GN7A 4R9AA 1W6PB 2CTVA 1JXNA 1PZ7A 4ITCA 1YYNA 1VIWB 4YZ5A 1QNWA 3BAQA 5EWSA 1V6MA 2DVDA 5GM0A 1S0CA 3WO2A 3M3QA 3WMVA 1J1TA 2E7TA 1ISWA 2HWAA 5BP5C 1RZOB 2BEAA 2VW0A 1UL9A 3CNAA 2D7RA 1W6QA 5CA6A 3TB0A 3UK9A 4LO7C 3LTQA 1DQ4A 3FJIA 1LU2A 3MW3A 4NO4A 3BA7A 3DUIA 1LOGA 1S0FA 1Q8VA 1TEIA 2YXSA 4C1WA 1IS6A 3WCSA 5JMCA 4F34A 2LIQA 3ZC9A 1DJSB 4LO2C 3CA0A 1S0BA 4LBKA 3MW2A 4GKYA 3RS6A 3JRRA 1EV2A 5T5JA 1AJKA 1G82A 4GKXA 2VUAA 5BVPI 3UL2A 3FJCA 2KKIA 4IZEA 3WO4A 3AH4A 4JKQA 3CA3A 1N1VA 2ZMNA 1C4RA 3M3CA 1YRZA 3O49A 1C57A 2LIEA 3S8JA 3JUUA 1MS1A 3BX1C 4JRAA 4DPNA 5DUXA 1WD4A 1DQ1A 1KJRA 3ZXFA 2UURA 3WLUA 4QALA 1YXWA 2DVBA 4NOTA 2GMEA 3SISA 3POKA 4P0JA 2VW1A 5KXDA 3WDTA 2DVGA 3R4SA 4I1EA 4XMAA 4TYSA 3RMXA 2ZGRA 3HALA 1O4YA 4XYXA 5GLTA 2E6VA 4EKXB 4UW6A 3BRDA 4Q1PA 1ITBA 2ERMA 1QQKA 5EYYA 3BOPA 1JUIA 3O0XA 2ZACA 5GZEA 1LOEA 2K8RA 3V0BA 4GAFA 3L2YA 3H6SE 1IJTA 4R9DA 1GZ9A 4Y26A 1OQLB 2D24A 2KH2A 1HKDA 4YW1A 3S8KA 1GV9A 3WZ1A 4H9WA 2NM1A 2FFVA 4QBVA 3WVJA 4WVWA 3QYDA 3A4UA 2PHFA 3SLIA 3AJ5A 2DUOA 3WG4A 1ENRA 3HOMA 1LEDA 3WA1A 1QQLA 3QR5A 5DG2A 4Y20A 5DUWA 4XJZA 1DQOA 1AVXB 2WNEA 2FDBM 3OYWB 1CONA 2GO2A 4XFUA 3A23A 4F83A 2DRYA 4Y24A 1UZZA 4EFQA 4MYEA 2ET2A 3UJ4A 2NYYA 1IS5A 3O4AA 4ISRA 1W3GA 1Z78A 2V73A 2DU1A 3WOGA 2RG9B 1RINA 3N7KA 4CJMA 2AUYA 3HSMA 4IZXA 5DUVA 3NJ5A 2D3RA 1LEMA 2NN8A 5IK7A 2A70A 1Q8OA 3FLRA 1V6UA 3ZXKA 4AN7B 2GDFA 1QXMA 5HCBA 5DZGA 3W9TA 2D44A 4PBOA 3O12A 1JT5A 1PZ9A 5T5LA 3ILNA 1DZDA 1Q03A 3DGTA 2PHRA 3M1HA 2R0FA 1GZWA 2GNMA 1MS9A 3BA4A 4X38A 4M3CE 4DCKC 1ULCA 3O4CA 1GLHA 2XG3A 3JUTA 1JYCA 3APBA 5AVAA 4I4YA 3RTIB 4FGFA 4H55A 4M3CB 3WDWA 3D7WB 1DQ0A 4XOGA 1PUMB 3N0KA 4ATEA 4LBQA 2Z42A 4QO3A 1N3QA 1AVAC 5GLZA 4I4VA 1QGLA 5F8SA 4I96A 5E24E 4YGBA 4SLIA 1UKGA 4AGVA 3UJ0A 3AYAA 2NMOA 1T9FA 1ZA4A 1IRAX 1FMZA 4I4PA 3UJQA 3CRHA 2OUHA 2ZHNA 3SNVA 5JOWA 4I30A 3ASIA 1QOSA 2ZGNA 1GZCA 5F90A 1SLBA 4XFSA 1HWNB 4K1ZA 1W6NA 4FPOB 3OBTA 1EPWA 3OJMA 3AK0A 2D6OX 4YM3A 3B9UA 2WKKA 2JE7A 3PMEA 3NV4A 4J2KA 1G9BA 5H9PA 1I1BA 1LGCA 1SLAA 5D61A 5BXSA 1N1TA 1DZQA 2XB6C 2VY0A 3O4BA 1ENQA 3FJAA 2D7IA 1BQPA 1FV3A 4ZXKA 4Q9PA 5DUYA 4X37A 2P3KA 4XMIA 1AVBA 1CQ9A 3V65A 1BLAA 3SH4A 1JT3A 2F2FA 2ZKNA 4WZFA 4OZXA 3IM7A 2UWCA 2WBCA 1JN2P 1QDCA 3I29B 3AFKA 1Z4SA 8I1BA 1OKQA 3FJBA 1AJOA 3RG0A 4C1XA 3O3QA 1QMJA 3D6EA 4ZFUB 1RIRA 2D6NA 1FWUA 4D0ZA 3ATGA 4GP0A 1SLIA 1L2HA 3AZYA 3WMUA 1N3PA 4LO7B 1HDKA 1F9KA 3CAHA 4I8MA 3RSJA 1QDOA 2UWBA 2D20A 4QD2B 4U36A 1DYKA 4I0YA 1UZYA 3H6RA 4WBCA 3AJ6A 1PC8B 2EIGA 2D22A 3BADA 2CWSA 2EF6A 3P53A 1QKQA 1YF8B 3QLQA 1ISYA 2R0HA 2EXHA 1FYUA 1RG8A 4X39A 1MS4A 1JLYA 1FQ9A 4GXLA 4GWMA 3NWKA 4GOYA 4GOVA 1P63A 5GAQA 2W52A 2PELA 2FMDA 3WHUA 3P6JA 1BA7A 4LBLA 3WINA 3FUQA 1AX2A 1QOOA 3FBYA 2DRZA 2VH9A 3AP4A 1WLDA 1W3FA 1SBDA 2WRYA 3RQ0A 2BFHA 5JLVA 1GNHA 1BJQA 2YMZA 5JOYA 1T4QA 1DFCA 4RA0A 3IPVB 5IK8A 3ENRA 5IUQA 4AYUA 3BTAA 1WW6A 1F31A 3AXEA 1FGAA 1ULDA 1HWMB 2DVAA 3VSZA 4KEJA 2VLCA 1IKPA 5CNAA 3WG2A 1ONKB 4FP2A 4EB2B 3WDUA 5KXBA 4FQZA 3U4XA 1W6MA 31BIA 2Z48A 5JDBA 4XBLA 1G9FA 3P6IA 4YZ4A 3WV6A 1G9CA 4IHZA 2NMNA 5EC5A 1AXZA 5BXRA 2VXRA 3WCRA 5H9RA 4FOYA 2A6ZA 4YM0A 3ILAA 4I4OA 1TP0A 2ZGMA 2E4MA 3MALA 5DSSB 2A71A 2JJ6A 3MW4A 2OW4A 3AP9A 3OY8A 4LO3A 4FP3A 2A5ZA 2A3XA 1IKQA 4GP3A 1YO8A 3C9ZA 1JHNA 3ZSJA 3IN9A 1ULGA 1IHKA 1N1YA 4LBJA 4J23B 1MD6A 3CRIA 1FX5A 3WO3A 3VEQA 2JKBA 4LO0A 1BARA 5GALA 4QC4A 1AXYA 1UMZA 2ZA9A 1UPSA 3RTJB 3POSA 1BFCA 4W65A 5T55A 4IY8A 3W58A 5L73A 4ATFA 1W3AA 1UN1A 4U2AA 1V6LA 2ZBJA 2VU9A 5DZEA 2AREA 2DV9A 3CA1A 3M2MA 1BASA 1TIEA 1R8NA 4ZLBB 2VW2A 1FNYA 4UW5A 1MS8A 5F8WA 1C1LA 2JECA 4XZPA 2CY6A 3W59A 1V6VA 4D0TA 1W6OB 4P14A 1ONAA 1SCRA 3UD9A 3C2UA 4Q27A 4OEEA 1IS4A 1S0JA 3AKHA 2AENA 1W6PA 3BAVA 2GMMA 1VAVA 2JD4A 3LSEA 1BYHA 2ESUA 3F62B 4WV8A 2CNAA 2A6XA 2P3IA 1SCSA 3IKWA 1CJPA 4YZ2A 3A22A 4G6MA 3FGMA 3HBWA 4PBPA 1OFSA 5EXOA 5EG6C 5EYXA 3CU1B 3VSFA 3AZWA 1S1AA 1NZKA 5FZZA 5F9TA 4I7IA 3Q9OA 4BPZA 3AH1A 2NZ9A 3I8TA 3ZC8A 1LOFA 1MZ5A 4XBQA 1NXD1 4FPJA 2E53A 1WLCA 1MVQA 2E4MC 3BB2A 4XJUA 1CVSA 3N7LA 1VLNA 3BAHA 2ZAAA 2GNDA 4YW2A 3LLPA 2P39A 1UX6A 4ISQA 4ZFWB 4GA9A 1ULEA 2RQ9A 3AZVA 5DZFA 4CRQA 3UDAA 2YZ4A 3N36A 2I1BA 3NV3A 3OJVA 3ZVXA 4DS0A 3HR9A 3AYCA 3O5WB 3RMYA 4DENA 1II4A 4FOQA 4P9WA 1N3OA 3BAGA 2EXJA 2DUPA 1MVEA 4G9NA 2FO1A 3O4DA 1UAIA 2ZHKA 1V6WA 2D6MA 5IK5A 1GSLA 2JE9A 1V6IA 4IONA 1TTUA 1G86A 3V0AA 1FWVA 2ARXA 4Y1VA 2HW9A 1OQ1A 3ZYPA 5IT6A 3MPPG 3ZPYA 3B01A 4D8HA 1R1ZA 5FZYA 5JOXA 2FHRA 5GZFA 2B7YA 3R05A 1S0LA 4PCRA 2PHXA 1ISXA 4OWLA 1SACA 1G7YA 4I3NA 3PVOA 2FFUA 4IY9A 1MS3A 4XIOA 3B3QE 2Y9FA 3NBNA 2V5YA 5GLUA 5B2HA 1SLCA 1JBCA 1F5FA 2ZMLA 1Q56A 2MIBA 4USPA 3AP7A 1EYLA 3FJHA 4Y22A 3VKFC 1DFQA 4FPHA 4JPZA 3FJEA 5BXPA 3FJKA 3JU9A 4QKSA 4L4IA 2D7FA 1JOJA 3OYWA 1JQZA 2R9KB 4KEKA 4M00A 4BMBA 1IILA 1N4KA 1AF9A 2HZ9A 1AXKA 2M49A 3AP5A 1K5UA 1KDMA 2ZQNA 4EEEB 1LODA 1JTCA 1DYPA 1V6OA 3USUB 2Y9XE 3SH3A 4ENDA 1IT0A 5DZUA 2UUSA 1SLTA 4J2SA 4Z9WB 1A3KA 3PUBA 2RHPA 2A6WA 4WVVA 4AWDA 4AVVA 1AX1A 4AGGA 3SNMA 1SR4A 3BIWE 5DVHA 3NBDA 1CN1A 1LULA 1FATA 3WDYA 1CPNA 4BOWA 2EAKA 4XKIA 4M3CA 2MC2A 1D0HA 3ILRA 3WDVA 4FPGA 3VUOA 3A0KA 2SBAA 3QCWA 3I2AA 2C5DA 1LU1A 3N3HA 2A7AA 5E89A 5T54A 4BLIA 3O4OA 4I4RA 5CAZA 3I2XA 4XTPA 1XQNA 1ENSA 2A3YA 4BMEA 2ZMKA 3V64A 2WJSA 1URXA 4A7ZA 4XJ9A 1HWOB 1CVNA 2L5XA 2DUQA 4DQAA 5BYNA 2ZGQA 3FFZA 3O44A 4XDQA 1BFGA 2W39A 1WW7A 1BLDA 1DBNA 1AX0A 4ASMB 3IM6A 4Y1XA 5BOWA 3AYEA 4HL0A 1FNZA 1KJLA 2DYCA 1HQWA 3HMYA 2Q3NB 4KC3A 3B69A 2Q9XA 1WBLA 2MLLB 1MS0A 2ZABA 2WT0A 4UW4A 4CZSA 3ZXDA 2ENRA 1V00A 1LHVA 1W6MB 1RMLA 4AVSA 1WW4A 1DGLA 4L4HA 3FJFA 1S0DA 1WCSA 4L8QA 4DRRA 3O0WA 1WBFA 1MC9A 5BP5A 2VSAA 5DG1A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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