3PMEA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin c/d mosaic serotype
Total Genus 110
50100150200250300350400020406080100
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
415
Chain Sequence
INDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRLEGDVQVNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIKQNSGWKLCIRNGNIEWILQDINRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSERIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYMINYNYIDRYIAPKNNILVLVQYSDISKLYTKNPITIKSAANKNPYSRILNGDDIMFHMLYDSREYMIIRDTDTIYATQGGQCSKNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSQYCSQIFSSFMKNTMLLADIYKPWRFSFENAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
publication title Crystal structure of the receptor binding domain of the botulinum C-D mosaic neurotoxin reveals potential roles of lysines 1118 and 1136 in membrane interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type C neurotoxin
total genus 110
structure length 415
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3pmeA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pmeA02
5JOXA 1UN1A 1GV9A 2A5ZA 2XG3A 3USUB 2A3XA 5JDBA 3R4UA 4XHXA 2K4AB 1W6NA 2D43A 3WV6A 4USPA 1II4A 1S0FA 4BLJA 2X2SA 1DYPA 2VW2A 2AXMA 3M2MA 3AP9A 1V6OA 4DCKC 3CA3A 5F8YA 5F5QA 1ULGA 1EVTA 5FNXA 3BTAA 3BRGC 2ZGLA 2DS0A 2VU9A 4FP2A 1MACA 2ZGRA 2ZGTA 7I1BA 1CJPA 3ZYPA 4AGGA 1F31A 2WSUA 1GNZA 4LBOA 1HWMB 3V65A 2R9KB 2A3WA 1N3OA 3KQRA 4FPOB 3W58A 2CY6A 2GMMA 2EF6A 1KITA 2WKKA 2HW9A 4Y20A 3UJOA 4AYUA 1C1LA 2EXKA 4XFTA 4I4PA 1C1FA 2DU1A 3CRHA 1KQRA 4YLZA 1V6XA 2VW1A 3OJMA 2JD4A 3OGGA 3WDVA 1O4YA 1V6LA 2ERFA 1C57A 3UJ4A 1KRIA 1WW4A 2VY0A 3VT0A 2FFVA 2ES3A 2ZHMA 1I1EA 4G6MA 4X39A 1CR7A 2D7IA 4XXPA 1TTUA 1Q8QA 5CBLA 3O4DA 3MPPG 1GICA 1IOBA 1M16A 1LOGA 4H9WA 4H04A 2CWSA 1GANA 4Q9PA 2I2SA 2NYYA 4UW6A 5BQUA 4I96A 1KDMA 1BARA 4RL7A 3W59A 3ZSMA 1QMJA 3RMXA 2PELA 3AXEA 1XG6A 2AH2A 2OW4A 5GALA 2LIQA 4FPEA 1ISYA 1Z78A 4GWMA 1RZOB 5CB7A 1JW6A 4OEGA 4QBCA 1A78A 1IILA 4XBLA 1HKDA 3ZPYA 1V6UA 3OPZA 1FAYA 2WT0A 3LLPA 5H9RA 4Y20B 2UU8A 5GLVA 3N0KA 1BFCA 1AX2A 1URXA 2HWMA 5FRAA 3N7LA 3E8LC 4FPFA 2WNEA 4XJZA 2Y9XE 3AKFA 4I1EA 2HYKA 1GYKA 2DVGA 5H9QA 2E6VA 3OYWA 1IJTA 1ITBA 3BADA 4MYEA 3IM0A 1S0BA 1WBAA 2VW0A 3O4AA 4D69A 4PQ9A 3ZXFA 2FGFA 3RTIB 2AR6A 2EXHA 1JQZA 3POWA 1ISWA 3AK0A 1YF8B 3WOGA 3JRRA 1PWAA 3CU1B 1LOEA 1SCSA 2UWAA 3WO4A 4I3NA 3AKGA 2ZGNA 5HPZA 4YW1A 5FNWA 4I4XA 2ZHKA 3LTQA 3RG0A 4C1WA 5CAZA 1VCLA 3AP5A 1XHBA 3PJQA 4QALA 1T9FA 5BQUC 1CIWA 3FUOA 3U4XA 1TOOA 1XZZA 2G4IA 1YIFA 5IK5A 1WBLA 2EAKA 1VAMA 4IHZA 2DVBA 2P37A 2UWBA 3N36A 1Z0HA 1BJQA 1DQ2A 4YM3A 1JN2P 1BASA 3HSMA 4Y1VA 3T2TA 2ZHLA 2ZGQA 5T52A 1HKNA 1TWEA 3BA5A 5JOZA 3NJ5A 1LULA 1W6OA 2A6XA 4I37A 1J1TA 1V6WA 2BFHA 1JT3A 1LU2A 1FQ9A 5BXRA 4JC1A 5EYYA 3T1MA 3B9CA 2Q9XA 3WUCA 1BLAA 3OYWB 5D61A 3IM5A 1E0OA 3UJ0A 4Y24A 1I1BA 3AH4A 4I4OA 3PMEA 4M3CF 1FWUA 1VALA 3WINA 4DS0A 1GGPB 4CRQA 4F83A 1DQGA 4FPKA 1G7YA 3AZYA 2GO2A 1K5VA 2V73A 4KEIA 3OJVA 1S0JA 1SR4A 4XZPA 2EXJA 2ZGUA 5GZEA 1QOSA 5E24E 3LSDA 4XBNA 4XFUA 4ZFYB 4FPJA 2DUQA 2OUHA 2D1ZA 1WBFA 1N1VA 5BYNA 2AENA 1SLAA 4XJ8A 1TIEA 2GNBA 2HWAA 2P39A 3BRFA 4NO4A 1A3KA 1MVQA 5E88A 1V6IA 4Z8BA 3WDXA 2MIBA 4JKQA 4OWLA 4UW3A 1LU1A 1DFCA 4K1YA 1LGCA 3VV1A 1ENRA 1DFQA 4QC4A 3INAA 4YM0A 4R6UB 1AVBA 1FMMS 2WRYA 4EB2B 1TP0A 3WO2A 2NMOA 2UURA 2A71A 4LO2C 2P34A 1WLDA 1R8OA 2ZR1B 3MEPA 1JY0A 1EPWA 1GLHA 3VKOA 1R1ZA 1V6MA 2ZBJA 2E53A 4ZGRB 3O44A 1QKQA 4L4HA 1IOAA 3R4SA 2IWTB 4ZBVB 3H6QA 2GMEA 3PVNA 4YOLA 2W08A 4ATFA 1DQ6A 2I1BA 1U0AA 3ZX7A 3ENRA 3HR9A 3Q7XA 4IY8A 1W0PA 4YGEA 2XB6C 1FGAA 2ESUA 3NBCA 4I1BA 1AXMA 4CJMA 3WMUA 1SLBA 3VKNA 2A6YA 3W9TA 1SR4C 1SACA 3WO3A 2R1DA 1TFMB 3GNEA 5KXEA 6I1BA 4LO0A 2DREA 1QOTA 2PHUA 4GXLA 4YGDA 3ILRA 4OWKA 3RMYA 3I29B 4C1XA 1FNZA 1SLIA 2R1BA 3A07A 4Q27A 3ZXEA 3OBRA 5GZDA 2GNMA 1FATA 1BYHA 1IKQA 4BQ1A 4QKSA 2VXRA 3OGFA 4Q91A 1S0DA 1LEDA 2D3SA 5DUYA 3C9ZA 3ZVXA 4L8QA 3WDUA 2NM1A 2GNTA 1PUMB 3QCWA 2GZBA 1AF9A 3T1LA 2QYIB 2D24A 4LBLA 1KJLA 5BP5A 4ZA3B 1SLTA 1IKPA 3QYDA 4K1ZA 4AGVA 1GKBA 1LHVA 3RSJA 3CAHA 5GZGA 2A6WA 4YW4A 3ZC8A 4ISQA 3FJ8A 4YW3A 3CA5A 4I2SA 1FMZA 3AZXA 3N7KA 2W52A 4GOYA 1P63A 4R9DA 4PCRA 1IHKA 3FBYA 4UW5A 1JOJA 3VKFC 41BIA 2VSEA 4P9XA 4CTEA 1WBCA 2EXIA 1UMZA 1DGLA 2ZQNA 3N35A 5G00A 2DV9A 1AFCA 1DZCA 1D2SA 1N3QA 5T55A 3PG0A 1ENQA 1LEMA 1MS4A 4LO0C 1ENSA 3WA1A 4M01A 1UKGA 1WCSA 2A3YA 3SLIA 4J2YA 3QR5A 4YGBA 1SBDA 1LTEA 3AP6A 3FUQA 4M3CA 4AVSA 1H9PA 2RHPA 4CZSA 3UDAA 2FO1A 2ZMLA 5T5LA 3WG1A 1FV3A 5L73A 2DUOA 1SBEA 4QKRA 2PHTA 1S1AA 3B3QE 3VT1A 3ILNA 1Q8SA 2R0FA 2ZHNA 1DYKA 5F90A 1V6JA 4JKXB 1C4RA 1ULCA 4ATEA 5DUUA 1W3AA 2BEBA 4X3AA 1Q8VA 1LOCA 1LGBA 1HCEA 4IZEA 5BP5C 4FOYA 4D0ZA 3RQ0A 4YZ5A 1G9AA 1PZ8A 2E7TA 4HR6C 2LTNA 1IS5A 3FJDA 2ZA9A 3ZXDA 4Y1XA 3IMNA 3D7WB 4OEFA 1V6KA 4JQ0A 4P9YA 1KNMA 3I2AA 4ZOTA 3N7JA 3V0BA 2UWCA 4HANA 5EYXA 1AX0A 2AAIB 1DZQA 1HWPB 2VSAA 3O5WB 4U36A 2JKBA 1W3FA 3IN9A 1BA7A 4W65A 3CNAA 1MS0A 5GZCA 3DUIA 1G82A 3IPVB 2YROA 1XQNA 2ZABA 2D3RA 1EV2A 1NXD1 2MC2A 4FPHA 5DG2A 2JJ6A 1UZYA 4M3CB 3ZXGA 1WW6A 2NVHA 1JLXA 4FPCA 5KXDA 3MW2A 2A6ZA 1QDCA 4Q2FA 4Q8LA 4ENDA 3FJ9A 3FJFA 1BKZA 4AVVA 2KH2A 3WHTA 3B01A 3ILFA 1JTCA 2YUGA 2YMZA 4JP0A 1BQPA 4M3CE 3FJIA 2ARBA 4XILA 3H0OA 3POSA 4XMAA 1G9FA 3AXDA 3SITA 1AX1A 4UW4A 1ABRB 3ZC9A 1OQLB 1UL9A 1BLDA 3N3HA 2D6KA 1QQKA 3APBA 2VLCA 3M3OA 1I3HA 3WG2A 2RQ9A 3V0BB 4FOVA 2A70A 4IQPA 2Q3NB 2TEPA 5HCFA 3VSFA 1OQ1A 2KKIA 1UPSA 1LHUA 2D6PA 3I4IA 2ZACA 1HQLA 1J0SA 3F1RA 1IRPA 3FLTA 3TC2A 1RINA 2GALA 2WT2A 1UZZA 4OW4A 8I1BA 1X50A 4YG3A 2LIEA 1S0EA 1NLSA 3HALA 3D5OA 2A6VA 2ZGMA 1DBNA 3FGMA 3FJEA 2NTDA 4NOTA 2BEAA 1Q1UA 1LOBA 4ZKTB 3FJCA 5BXSA 3UD9A 5IK7A 2WT1A 5DUXA 1F9KA 1HWOB 5I1BA 3BX1C 2Z42A 2DRZA 3CRIA 1AVAC 2SBAA 3VEQA 5LK5A 5JOWA 2JE7A 2PHWA 3H6SE 3AKHA 4OEEA 4LO2A 4TZDA 3PVEA 4Y1ZA 1S0IA 3FJJA 1BXHA 4LBQA 3MW4A 1PZ9A 1D0HA 1CVNA 4G9NA 4LBQD 4QD2C 2AYHA 1ULEA 3RS6A 3P6JA 1QNWA 5KXBA 3P6IA 1LOFC 1CN1A 4Y1UA 3WLUA 4JCKA 3A23A 1QDOA 4AVTA 2PHFA 5DG1A 5T54A 4BOWA 4AN7B 5EC5A 2C9AA 2ZGSA 2E4MC 1LECA 3O4OA 3OBTA 3IKWA 4YG6A 2AFGA 2ZKNA 3IIRA 4KEJA 5GLZA 1MS8A 4ISRA 2D6MA 3BAVA 2FHRA 1DQ0A 4IYBA 3ZYRA 1YXWA 1AVUA 1YYNA 2R16A 4BPZA 1DQ5A 2D44A 4YZ4A 1G9CA 1K5UA 5JMCA 2E51A 4GKXA 3AP7A 3AJ6A 4I7IA 4J23B 2MLLB 1LJ7A 4GALA 1ONAA 1AVXB 4PF5A 2ZGPA 5IK8A 3AJZA 4XDQA 3RRDA 4EFRA 1LHOA 2H0BA 3QLQA 2YXSA 4A7YA 2AREA 3WDYA 4LBQB 1QOOA 5DZEA 3O0WA 1Q03A 3FJBA 3AYEA 1LODA 3TB0A 5CA6A 3CQAA 4IONA 4JRAA 1FWVA 4ITCA 3UD8A 1HCDA 2R49A 3H6RA 2M49A 3TAYA 1XYFA 1CESA 3BRDA 1BFGA 1V6VA 3O49A 1JT5A 1AVWB 2D7FA 1Z2VA 1DZDA 3CA6A 4Z8SB 4XJ9A 3NV1A 3OJ2A 4ZFWB 4XIOA 2NP0A 1SFYA 4EKXB 1AJOA 2YZ4A 1MVEA 2K8RA 5F9TA 3N7MA 2FFUA 3M3CA 4XHBA 2DURA 2JECA 2UUSA 4Z9WB 3NBEA 4YW2A 3AH1A 4KBBA 5DZUA 2W68A 4RA0A 4YG0A 4GAIA 3M3QA 1WD4A 3AKIA 4I4YA 1A8DA 5H9SA 1FNYA 4PC4A 4WBCA 1WD3A 1GSLA 4J2SA 3BAGA 1O4ZA 3I8TA 1HIBA 4XYXA 4FOQA 4Q8KA 3WNXA 3LSEA 2CYFA 5T5PA 3O4CA 4XE9A 1KDKA 3HOMA 5EXOA 1H9WA 5GAQA 4QBVA 3WHUA 4YFWA 5DZGA 2PHXA 1QQLA 1S0LA 3SH5A 4I0YA 4P0LA 4I4UA 1VLNA 2CWMA 1RITA 2E7QA 3VT2A 3SISA 5D63A 4DQAA 3BB2A 3A0KA 1ONKB 1S0CA 4XJAA 3H6RB 2OVUA 1M2TB 1SLCA 1CE7B 2P3IA 4LBKA 2DVAA 2GN3A 4H55A 3BA7A 2AUYA 1LOAA 2R0HA 4AGRA 4I4QA 1W6MB 3RTJB 2W39A 5BXPA 2Z49A 2F2FC 1DQ4A 1N1YA 2EIGA 2ZGOA 4ZLBB 4YZ3A 2Y9WC 5EHAA 4GA9A 1EYLA 1W6QB 1JLYA 3V0AA 3POKA 4XJUA 4LO3A 4GWNA 1PZ7A 4YW5A 5FREA 1W3GA 2GN7A 3FLPA 1MZ5A 3OY8A 2A75A 1SLLA 5T50A 4BLIA 5EWSA 2Y9FA 1ZM1A 2D20A 2P23A 1PUUB 1MS3A 3HN1A 2ENRA 3IPVA 5DXDA 3ZXLA 4Y1YA 4EFPA 3VKLA 1JT7A 2ERMA 3BA4A 4XFSA 3D6EA 4K21A 2A7AA 4P0JA 3R05A 1Q8PA 4A7ZA 1AXYA 1DJSB 4DENA 4Y22A 2D23A 3VKMA 3KM5A 3V64A 1RIRA 4P0KA 3AJ5A 5H9PA 4Q26A 1ZA4A 2SLIA 3WMVA 3WG4A 1MC9A 2YV8A 1N4KA 3K1XA 2D6NA 1R8NA 1N1TA 1MS9A 2FDBM 1ULDA 1W6PB 2J3PA 4II0A 1G8WA 2DU0A 2KLLA 4HJJA 21BIA 3NV2A 4XXAA 4DRRA 1IS6A 2DWRA 2ZAAA 4IY9A 2D6OX 1MS5A 3V0AB 1YTOA 4FGFA 3PVOA 4OWJA 2C5DA 4L4IA 4M00A 2KI4A 4XTPA 2DVFA 2ZZJA 2DTWA 3FJHA 1Q04A 2JE9A 3OY8B 4LBNA 3VUOA 2ZMKA 5GLTA 3IM7A 2D6LX 4LO3C 3JUUA 5IT6A 2DVDA 4GKYA 3UL2A 3WDTA 3Q9OA 1Y7BA 3ZSKA 3O3QA 5BOWA 2VUAA 4BM8A 4SLIA 3VSZA 3BOPA 4OZXA 4FQZA 1APNA 4U2AA 1QNYA 1W6NB 1GBGA 1DQ1A 4Y22B 2XOAA 4D8HA 3B00A 1QGLA 1ISZA 4I30A 4Q1RA 4XTMA 5BVPI 4D0TA 4LO7B 4ZXKA 3A4UA 3S8JA 1KJRA 1ISXA 3VWCA 5DUWA 3WG3A 2RG9B 3JUTA 3SNMA 4EFQA 4LO7C 3UD7A 1LOFA 2WBCA 3Q7YA 2ZQOA 4TLPA 1Q8OA 3CRGA 3T8SA 3WDWA 4J2XA 4I8MA 2NMNA 9ILBA 1BZWA 4FPLA 5F8WA 1QXMA 2E4MA 1LGNA 3OJBA 4JPZA 3CA1A 4WV8A 1H30A 2CTVA 1MD6A 2CNAA 4LO8B 4WVWA 1NZKA 1Z4SA 3L2YA 5HCBA 3WZ1A 4YZ1A 3BAUA 5EG6C 2LALA 4FVVA 4G1RA 2DYCA 5FZYA 3FJKA 3ILAA 4GP0A 1WLWA 4F34A 1IT0A 4P9WA 3AZWA 1G86A 4XOGA 5IUQA 4R9BA 4I6IA 3ZXJA 4K20A 3AYCA 2KI6B 3NBDA 3AYAA 1WW5A 3B69A 1GZCA 2KM2A 4R9CA 2ZGKA 4USOA 1AJKA 1BFBA 4G6JA 5T5OA 3O0XA 4GOVA 1Q56A 1JHNA 3Q7WA 4AN6A 4FPYA 5T5JA 3AZVA 5DVHA 4WVVA 4OUJA 5B2HA 1WW7A 1T4QA 1G9DA 1FN0A 2P3KA 1FYUA 3NWKA 1BFFA 1IRAX 4LO1A 3AZZA 1LHNA 5E8AA 4QD2B 4PBPA 1LHWA 3SH3A 1PC8B 2GDFA 5FZUA 3GALA 2Y9GA 1AXZA 5BXTA 3BAHA 1DIWA 4DFSA 4HA2A 5GLUA 4I4RA 4XMIA 3FLRA 1TWMA 3CA4A 5JOYA 5KXCA 2AGSA 1ISVA 4LBJA 4R9AA 2IHOA 2DRYA 1CPNA 3BIWE 4FPGA 4TYSA 1JT4A 2YY1A 3WUDA 1VAVA 2ET2A 2OUJA 1HWNB 1DQOA 1MZ6A 4WZFA 1AXKA 1SBFA 2WLQA 3WCRA 2L5XA 5GJ6A 1V6NA 5GM0A 1DHKB 5JLVA 2QN4A 2B7YA 3MALA 1W0OA 2CL2A 2X2TA 2P3JA 1N47A 1L2HA 3BAQA 1JBCA 5CNAA 3WVJA 3AH2A 3AJYA 3BAOA 3AX4A 4A7KA 1N1SA 4QO3A 1CONA 3KMVA 1HDKA 5GZFA 1FV2A 4HL0A 1RY7A 3SNVA 4J2KA 1GZWA 1FX5A 1MR5A 3M1HA 1B09A 3BODA 2EALA 4YM1A 4XBQA 4IZXA 2ARXA 3F62B 2HZ9A 1MS1A 4LO1C 1CPMA 5HCAA 2GNDA 3NBNA 1RMLA 1IS4A 1UAIA 4GAFA 1ULFA 3LCPA 5SV8A 4DPNA 5F8SA 3P53A 1AZDA 3AP4A 2WJSA 2RSTA 1OFSA 3ZXKA 1W6OB 3HBWA 1LCLA 4FOWA 3S8KA 5DSSB 3WCSA 3M3EA 1F5FA 2Z48A 3I2XA 2K43A 4G9MA 3ASIA 4ASMB 4ZFUB 5D62A 3UJQA 2F2FA 3DGTA 3PUBA 2DUPA 3FFZA 4YFZA 1JUIA 1W6MA 4GP3A 1JYCA 5DUVA 5JVVA 1LESA 3B9UA 3A0NA 1QF3A 1CQ9A 1S0GA 1HQWA 2V5YA 2JDZA 3AYDA 1HLCA 1W6QA 4KC3A 3AFKA 1TEIA 3WINC 31BIA 4YZ2A 2PHRA 3ZSJA 2NZ9A 4PBOA 4XIKA 5GLWA 3EF2A 3HMYA 2P2KA 3ATGA 1G9BA 2WSVA 1GNHA 1CVSA 1V00A 4I4VA 5IK4A 1GZWB 4P14A 2AQZA 4I4SA 3A21A 1SCRA 1ILR1 2ZMNA 1RG8A 1GZ9A 3USUA 3O5SA 1PZZA 1UX6A 4EEEB 4FQ4A 2VXTI 4Y26A 4BMBA 3O4BA 4BMEA 1WUVA 4FP3A 3A22A 3NV3A 2GMPA 4DEPA 2DTYA 4JAWA 4LBMA 1VIWB 4YM2A 1QU0A 1JYIA 1OKQA 3C2UA 2WQZC 4AWDA 1W6PA 3JU9A 1JXNA 3SH4A 4X38A 3FJAA 1YO8A 1LENA 2F8XC 3UK9A 1YBIA 5E89A 5DZFA 4X37A 2D22A 3IM6A 2NN8A 1YRZA 4XJWA 3IAGC 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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