3PMEA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin c/d mosaic serotype
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
415
Chain Sequence
INDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRLEGDVQVNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIKQNSGWKLCIRNGNIEWILQDINRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSERIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYMINYNYIDRYIAPKNNILVLVQYSDISKLYTKNPITIKSAANKNPYSRILNGDDIMFHMLYDSREYMIIRDTDTIYATQGGQCSKNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSQYCSQIFSSFMKNTMLLADIYKPWRFSFENAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
publication title Crystal structure of the receptor binding domain of the botulinum C-D mosaic neurotoxin reveals potential roles of lysines 1118 and 1136 in membrane interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type C neurotoxin
total genus 110
structure length 415
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3pmeA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pmeA02
2P3IA 4IHZA 1MS8A 2EALA 1WD4A 1JYIA 1CPNA 1W6OA 2VH9A 4XOGA 2PHWA 1FX5A 1VLNA 3C2UA 3VKOA 3ZSLA 3LLPA 2AAIB 1RITA 2FMDA 3SNVA 4R9CA 4XBLA 5DUVA 2D6NA 1V6OA 5BOWA 3Q9OA 4XJUA 2I2SA 3F62B 1KJLA 2DUQA 4I2SA 1W3GA 5BXRA 1EV2A 2E4MC 3AYAA 1ISXA 1LHNA 1W6PA 3AJ6A 2D24A 5T5PA 3WZ1A 3CA5A 4BM8A 2YUGA 3P6JA 5T50A 2ZGUA 1XG6A 3BRFA 2VSEA 1UAIA 4AN7B 1DBNA 3N0KA 3BA4A 1DZDA 2FO1A 1TFMB 3PVEA 1G9FA 4KEJA 1IRAX 2WT0A 3WO4A 3ZPYA 5HPZA 4WBCA 1EPWA 4HJJA 5F8YA 1IKQA 3V64A 3MPPG 4ATFA 4I4OA 2Q9XA 4H04A 4J2SA 6I1BA 3WG3A 4Q1PA 3AKIA 3UJ4A 4CZSA 1D0HA 3H6RA 2ZACA 4D0ZA 4Y20B 1TWEA 1NLSA 5H9PA 1UZZA 4YGEA 4MYEA 1MZ6A 1FV2A 3IMNA 4I4PA 2A6WA 2A6YA 3D6EA 3B3QE 2UWCA 4QO3A 4RA0A 4P0KA 1LTEA 5F5QA 1YF8B 1XQNA 1HCEA 2R1DA 3O4DA 1SLIA 2BFHA 1KQRA 5SV8A 2Y9GA 3I4IA 1M16A 1Z2VA 3AP6A 4Y1YA 3IM7A 5AVAA 3TB0A 1M2TB 5F8SA 4KEIA 1LEMA 3P53A 1FNZA 1HQLA 1WW7A 4Q8KA 4OEEA 4QD2B 2D6KA 1AVAC 4I7IA 1URXA 2W68A 3FJCA 1G8WA 3Q7YA 4YFWA 5HCBA 1ISZA 3LSEA 3AZZA 4G6MA 3ZYRA 2GMMA 4XE9A 1JT4A 3VWCA 3JRRA 4YZ1A 2VXRA 1QMJA 4OWKA 2Q3NB 3R4UA 5GAQA 1FQ9A 3FJBA 3HMYA 2KI4A 3UD8A 5JOXA 2ERMA 4GALA 1D2SA 1N1SA 2ZQNA 4AWDA 1B09A 3F1RA 4OEGA 3NJ5A 5FRAA 3R4SA 4FPGA 4JQ0A 4LO7B 4XTMA 3USUB 1MD6A 3AP7A 3PVOA 1SBEA 4P9WA 2AH2A 3SNMA 1ENRA 5DUXA 4DQAA 5KXEA 2MC2A 2ZHNA 4X37A 3WG1A 4D69A 3IKWA 3MEPA 3BODA 4X39A 3ZXLA 1GV9A 4FOYA 3OJBA 3DGTA 4BLJA 4Y20A 3ATGA 3AZVA 2WLQA 3OYWB 2OUJA 3UD7A 4I1BA 2D7RA 4U2AA 5B2HA 2UURA 3ZXJA 4TZDA 4Y24A 2KH2A 4BPZA 3CQAA 1YXWA 2EAKA 3I8TA 1Q04A 2WT2A 5H9SA 1N47A 5JOZA 4X3AA 1V6WA 1WW4A 2LALA 1AVBA 2Q5TA 4I4RA 2LIQA 2D20A 4LO1A 1Z78A 1YO8A 4LBNA 1MS9A 5DG1A 2K8RA 1JTCA 1AXMA 5T5LA 1Q03A 2R0FA 1G9DA 4F34A 1BARA 1AXZA 3ZSMA 2AR6A 2CTVA 4XHXA 4Y1ZA 1VAMA 4R6UB 3JUUA 4L8QA 1WUVA 1VIWB 4R9DA 4WV8A 4Q26A 1JY0A 2KM2A 3VT1A 4LBJA 2A70A 3KQRA 4XIKA 5GM0A 1ZM1A 2DRYA 4Q2FA 1YBIA 4I4SA 4D0TA 4XIOA 3WO2A 3VKNA 3FJDA 3CA0A 2NTDA 2DU0A 4I4XA 4AVTA 1IKPA 1DJSB 4JPZA 4QKRA 1WD3A 2D6MA 1YYNA 3IM0A 4FVVA 5GZDA 1AX1A 4OWJA 5BXPA 4I8MA 1DZQA 1FWUA 1DYPA 2ZHMA 1RZOB 2RSTA 4YZ3A 1QXMA 2G4IA 2RQ9A 4Q91A 3W59A 4FP2A 1Q1UA 3A0NA 1DHKB 9ILBA 2AGSA 3APBA 3U4XA 3ZXDA 5F9TA 2DS0A 1WBCA 4AYUA 3N7MA 3OYWA 2P2KA 5E89A 4UW4A 4ENDA 1I1BA 1QGLA 5T55A 3O0XA 4GAIA 1T9FA 2DTYA 3ZXFA 1MS3A 2FHRA 1BKZA 3WLUA 3FUQA 2HZ9A 3NV3A 2ZBJA 4GOYA 2R0HA 2XOAA 3FJ9A 2X2SA 2X2TA 1GNZA 2A5ZA 1J0SA 1LENA 1S0GA 3CNAA 4YM3A 3O4BA 3I2AA 2FGFA 4II0A 2HYKA 1JT3A 2UWBA 3CA6A 2R9KB 1QOTA 2KLLA 3BIWE 3L2YA 4ASMB 1HDKA 4OZXA 5IK5A 2YY1A 1CJPA 1PC8B 2H0BA 3VT0A 1JYCA 2Y9WC 2CWMA 1FGAA 5E24E 3UDAA 2ZA9A 1SCSA 4Y1XA 2KKIA 1SACA 1A8DA 1Q8SA 3AH2A 3SH3A 4JCKA 2CWSA 2GZBA 3O0WA 1QOOA 3RTJB 3IM5A 5FREA 3N35A 4OUJA 3BB2A 3P6IA 5JLVA 5GLVA 4ZBVB 3A0KA 4YM1A 2DVAA 4U36A 4OEFA 5DZUA 4M01A 1JHNA 3IM6A 4I4UA 2KI6B 3JU9A 4YZ4A 2PHXA 2Z42A 5GZFA 1HWPB 2GALA 3RG0A 5GZCA 4GP3A 1GSLA 2ESUA 1IS3A 4DRRA 1BLAA 1TWMA 4GKYA 5HCAA 3VV1A 1XHBA 1QDCA 2A7AA 3NBDA 4LO7C 3ZSJA 2ZAAA 1N4KA 2P23A 2ARBA 4G1RA 2M49A 3T1MA 3WHTA 4H55A 1MS5A 4Y22B 1I3HA 1P63A 5H9QA 1HWMB 1KNMA 4DEPA 4ZXKA 3FLTA 1W6NB 4PF5A 4DFSA 1CVNA 2BEBA 3TC2A 4PBPA 2WBCA 2V5YA 4NOTA 3AYCA 2W52A 1YTOA 1K5UA 4L4IA 1FYUA 3UK9A 2ZGRA 4BMEA 1KJRA 4YGBA 2GMEA 3CA1A 4AVSA 1HIBA 5BP5A 1QNYA 1SLTA 2D22A 3V0BB 2LIEA 2RHPA 3FJEA 2XG3A 2AREA 1BFBA 1MACA 2ZZJA 1DQ2A 1GBGA 4H9WA 1HKDA 2AYHA 2ZGNA 2MIBA 1RIRA 3POYA 3A07A 1LECA 4WZFA 1PZ8A 1V00A 3O12A 3I29B 2OVUA 1LU1A 3OGGA 3K1XA 3WUDA 1JOJA 4YZ2A 3I2XA 2GNTA 1FATA 3B69A 3POKA 4G6JA 3IN9A 3BX1C 1ONKB 2UWAA 3E8LC 4AGVA 4BQ1A 1LGNA 1O4YA 3M3CA 1AFCA 4I0YA 5DSSB 4GAFA 4FPYA 5F90A 4JKXB 1OQLB 3B9UA 5DG2A 2F2FC 3OJVA 21BIA 4FPJA 1C1FA 3ILAA 1H9PA 1V6LA 4K21A 2YZ4A 2UUSA 4XXPA 1W3AA 1C57A 1VCLA 2GDFA 2JD4A 2AENA 5BQUA 5EHAA 4XFSA 2AUYA 1S0DA 2D7FA 1CE7B 4Y22A 2VSAA 5G00A 3S8JA 3WINC 2PHTA 3KM5A 1ENQA 3WDVA 2ZMNA 2W39A 3VUOA 4FPCA 1DFCA 4HA2A 5F8WA 1GZCA 4IZEA 3ILFA 1BLDA 3BAUA 4LO8B 4XJWA 3WDWA 1IRPA 1W3FA 5GLWA 3AXDA 1GKBA 3V0BA 2LTNA 1ITBA 1DQ4A 1DYKA 4F83A 4LO3C 3INAA 4TLPA 3UJOA 3KMVA 1BQPA 4R9AA 4FP3A 3QLQA 4LBQD 3CAHA 3AZXA 3OGFA 3HOMA 3OJ2A 5E8AA 2D1ZA 3FFZA 4G9MA 2HWMA 1BFFA 4I3NA 1IOBA 1KDMA 1ILR1 4YG6A 3VEQA 4CJMA 1BYHA 1Z0HA 4GWNA 4JP0A 3AH4A 4FPLA 1ISYA 5IUQA 3CRIA 3BAHA 1V6JA 4FQZA 1FNYA 1QU0A 3WCSA 2UU8A 4Z9WB 5FZUA 2VLCA 3O44A 1VALA 1AVUA 1WLCA 4ZOTA 5EXOA 1GLHA 1KITA 3RSJA 4UW5A 3FJHA 3AKFA 3FJAA 2CYFA 41BIA 3HN1A 1LOFA 2P34A 1HCDA 3BRDA 3AKGA 2ZGPA 1ULCA 5T52A 1GYKA 3DUIA 3V0AB 4YW3A 4X38A 4ZFWB 4EFPA 2ZR1B 2E7QA 4IONA 1SCRA 3PUBA 3BADA 4LO2A 4A7ZA 1BASA 4ZLBB 3M1HA 1S0FA 4FOVA 3LTQA 2DUPA 2NN8A 3POWA 3PJQA 4EFRA 4OW4A 2A6XA 2DTWA 3ILRA 1WW5A 5FNWA 3AYDA 4GP0A 4LBMA 1FN0A 4M3CE 1N3PA 3O49A 5DZFA 2F8XC 1WW6A 4ZGRB 3T8SA 1FMZA 3CRGA 2ZMKA 2ZGSA 4IYBA 1Y7BA 1QQKA 4XDQA 1V6UA 4FPOB 3BA5A 5IK7A 4YM2A 4LO0A 1ENSA 5CAZA 1W0OA 4PQ9A 2ZHKA 4Q1RA 1II4A 3UJ0A 4IY9A 4FPEA 2Y9XE 4GOVA 3FBYA 4YW2A 5T5OA 1R8NA 1SR4A 1SLLA 3VKLA 3GALA 2B7YA 1DQ5A 1GZWB 5DXDA 1BZWA 2A71A 2QN4A 1WBLA 4BOWA 1DQGA 3USUA 4K1ZA 1ONAA 5E88A 1MR5A 3RTIB 2DYCA 4XJZA 1SLCA 2K4AB 1ULGA 1GICA 1HKNA 3ZC8A 4ISRA 2IHOA 3T1LA 2D23A 1N1YA 4GKXA 1W6MB 4A7KA 3QR5A 1G86A 1JXNA 4QBVA 1JQZA 3AJZA 1SLBA 2RG9B 3FLPA 4YLZA 3ZX7A 1Z4SA 3SISA 3SLIA 2DRZA 3HR9A 3PHZA 4I30A 2AQZA 4CRQA 2EXKA 2JECA 1WBFA 3AKHA 1EVTA 1F9KA 4ZA3B 1UPSA 3N36A 1O4ZA 3RS6A 2ZMLA 2GN7A 1NUNA 1E0OA 2D6LX 3IAGC 2NMOA 3NV1A 3OY8B 2JJ6A 2JE7A 3N7JA 2EXJA 2TEPA 2E7TA 1IS4A 3R05A 1CIWA 1LJ7A 5FNXA 1PUUB 4BMBA 5JDBA 1SZ6B 3M3OA 4FOQA 4XBNA 3FUOA 1GANA 2A75A 2CY6A 3VKMA 4LO2C 4ISQA 4LO1C 3A22A 3AXEA 5BVPI 3WG2A 1R8OA 3FGMA 1MZ5A 2D6OX 2E4MA 3ZXEA 5DZGA 1IS5A 3N7LA 3O4OA 3H0OA 4KEKA 2ZABA 2Z49A 4LBKA 2JKBA 4C1XA 3OJMA 4QD2C 2EXHA 3O4CA 1GNHA 1Q8OA 1DLLA 3AP9A 3LSDA 1AZDA 5GLTA 2E51A 1BFGA 3ZVXA 3LCPA 5H9RA 2CNAA 2DUOA 4XMIA 4JAWA 5DVHA 5DZEA 3WO3A 5CNAA 3AH1A 1SBDA 2L5XA 2FDBM 1YIFA 3A21A 3WA1A 3O3QA 3O4AA 4YM0A 4G9NA 2DURA 2C9AA 3ZSKA 5GALA 2ENRA 2ZGMA 3W9TA 1W6QB 1W6MA 1YRZA 1DGLA 1DFQA 3SH4A 4JKQA 4D8HA 1K5VA 1S0CA 4DENA 3NBCA 1N1TA 1MS1A 2SLIA 3A23A 2D3SA 4C1WA 1U0AA 1JT5A 1H9WA 2YV8A 5GZEA 2DREA 4AGRA 3O5WB 1LULA 4UW3A 3B9CA 4FQ4A 1ABRB 1QQLA 3S8KA 1AJOA 1FV3A 4Y1VA 4LBQB 1FAYA 4ITCA 2NP0A 4J23B 1ULEA 3PVNA 3BOPA 1CVSA 2NVHA 1QOSA 4GXLA 3RMXA 2ZGKA 5GLUA 3SH5A 4HL0A 2ZGLA 4YOLA 1EYLA 1LGBA 3BRGC 3FJIA 4J2XA 3IIRA 2HW9A 2PHUA 3WCRA 5D63A 3WMVA 1DQOA 1HQWA 4JC1A 3H6QA 5KXCA 4KBBA 1WLWA 1LOCA 5KXDA 4DPNA 2ZGOA 2ZGQA 1YI7A 1IJTA 2K43A 3ZYPA 3D5OA 1XZZA 5EYYA 2BQPA 1TOOA 3WNXA 4IQPA 2D3RA 4XILA 1LHVA 2DVFA 2WSVA 2D7IA 1HWNB 4RL7A 1F31A 4XZPA 1RINA 2EIGA 3ZXKA 5KXBA 4ZKTB 4Y1UA 2Z48A 5CA6A 2C5DA 5L73A 3AJ5A 31BIA 1CONA 3NBEA 4YW1A 2NZ9A 4WVWA 2PHRA 1IILA 3WUCA 3WV6A 3HBWA 4IY8A 3ZC9A 1Q8PA 3V65A 3ZXGA 5IK8A 7I1BA 5D61A 3MW4A 3WDYA 5BXSA 4DS0A 4QC4A 1J1TA 4EB2B 4AN6A 5FZZA 3NWKA 2YROA 3AJYA 1CQ9A 1JLYA 3C9ZA 1W6QA 3QYDA 1LESA 5BYNA 1JW6A 4Q27A 1ZA4A 4P0JA 1MS4A 3AX4A 4FOWA 1S0EA 4LBOA 3A4UA 1MC9A 3FJ8A 4EFQA 1W6NA 1H30A 2HWAA 3VSZA 1G9AA 1AF9A 1TIEA 1ISVA 4LBQA 1PZZA 4YW4A 3PMEA 1PUMB 1MS0A 1G7YA 2NMNA 3HALA 1F5FA 1VAVA 4PBOA 1IT0A 2ZKNA 4W65A 3UL2A 3MW3A 1JN2P 5JVVA 1FWVA 5JOWA 1BXHA 2A3XA 3CRHA 3MALA 2WNEA 3MW2A 1CPMA 2AFGA 4ZFUB 5BP5C 4USPA 4M3CF 4XJ9A 3WOGA 4L4HA 3CA4A 1UKGA 3QCWA 1AX2A 1G9BA 1PZ9A 2WKKA 4FPKA 2ES3A 2VW2A 2WT1A 1UX6A 2WRYA 4A7YA 3JUTA 3CA3A 3ASIA 4PC4A 4XBQA 2A3WA 5DUUA 1N3QA 3VKFC 4FGFA 1XYFA 3SITA 3AZWA 3WMUA 3IPVB 2MLLB 3WHUA 2PHFA 2VY0A 2R49A 4XJ8A 1GGPB 4EEEB 3VSFA 5D62A 4I4YA 5EC5A 4P0LA 1T4QA 4J2YA 1C4RA 1DQ0A 2ZGTA 2NYYA 3BAGA 1V6XA 1WBAA 2FFVA 2VU9A 4XFUA 1AXYA 5GJ6A 4XJAA 1BJQA 4YG3A 4GWMA 3M3EA 5EYXA 4I6IA 2PELA 1KDKA 3UJQA 1UZYA 2WQZC 4YZ5A 4P6AA 2J3PA 1V6MA 3N7KA 1PZ7A 4P14A 5DUWA 3VT2A 1RMLA 3HSMA 1QDOA 1A78A 5I1BA 2E53A 4PCRA 3RMYA 4AGGA 2P39A 4M3CB 5GZGA 1V6KA 4Q8LA 1A3KA 1QKQA 3M2MA 1LHUA 3AP5A 2ERFA 5BQUC 1V6NA 4XTPA 1W0PA 5T5JA 1S1AA 1SFYA 1HWOB 5T54A 1LCLA 3BTAA 1AJKA 3TAYA 2XB6C 2DVBA 1JLXA 4K20A 1LEDA 3D7WB 3AFKA 2JE9A 4WVVA 4R9BA 3H6SE 2JDZA 5CB7A 3PG0A 2GN3A 1OQ1A 1ISWA 5LK5A 5FZYA 1IS6A 1S0JA 2OW4A 1FMMS 1LOAA 1R1ZA 3AP4A 3D4KA 1NXD1 1LOBA 1OKQA 2WJSA 2CL2A 4NO4A 4XMAA 4FPHA 4Y26A 4XXAA 3WG4A 4I4QA 1UN1A 2NM1A 5BXTA 4Z8BA 2FFUA 1S0LA 4I4VA 1UMZA 3AK0A 4BLIA 2R1BA 1AX0A 3B01A 1I1EA 5JMCA 1DZCA 3OBRA 1MVQA 1KRIA 1V6VA 4JRAA 2R16A 2OUHA 1S0IA 3O0VA 2DVDA 1CR7A 1GZ9A 3RQ0A 3GNEA 3IPVA 4XHBA 4Q9GA 3ENRA 3N3HA 4YFZA 1IOAA 1SBFA 2AXMA 2GNDA 4YG0A 1IHKA 3AYEA 4IZXA 3CU1B 3FJJA 4XKIA 2VUAA 5CBLA 4QALA 4QKSA 2QYIB 1TP0A 3RRDA 1C1LA 2D3PA 1RG8A 2WSUA 3BAVA 2GNMA 2DWRA 1JT7A 1Q56A 3W58A 1QNWA 5GLZA 4KC3A 3V0AA 1TTUA 2YMZA 3M3QA 5IK4A 1LOFC 2D43A 2IWTB 2YXSA 4EKXB 2A6ZA 1BFCA 2Y9FA 1JBCA 4M3CA 2I1BA 3WDTA 1SLAA 2ZHLA 1WLDA 1L2HA 3POSA 3FLRA 2GMPA 2E6VA 1DIWA 5DUYA 2D44A 4ATEA 1JUIA 4HR6C 2DV9A 3Q7XA 1LGCA 1QF3A 2SBAA 3ILNA 1W6OB 1LU2A 3NBNA 1CN1A 1LOGA 2DVGA 3NV4A 4OWLA 5EG6C 5JOYA 4I37A 1AXKA 4I96A 1N3OA 2ET2A 5HCFA 2P37A 1AVXB 1Q8VA 1NZKA 4GA9A 8I1BA 5IT6A 3OBTA 2DU1A 2P3KA 1TEIA 1Q8QA 2VW1A 1G82A 1W6PB 1BA7A 4LBLA 1CESA 4LO0C 2F2FA 4K1YA 3WVJA 4FPFA 3EF2A 3UD9A 1N1VA 1OFSA 2GO2A 1GZWA 1LHOA 3BA7A 3FJFA 1DQ1A 4USOA 1HLCA 1LODA 4DCKC 4M00A 2BEAA 1V6IA 1SR4C 4DRVA 4P9YA 4ZFYB 3BAOA 4UW6A 2ARXA 1MVEA 4P9XA 3WDUA 2VXTI 3V79C 2EXIA 2A6VA 1X50A 3FJKA 1LOEA 4QBCA 3B00A 3H6RB 2VW0A 2P3JA 3T2TA 4YW5A 3WDXA 4XYXA 4AVVA 2EF6A 4SLIA 3AZYA 1ULDA 4YGCA 1PWAA 3WINA 4TYSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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