3RMXA

Crystal structure of hcr/d f1240a mutant
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
415
structure length
404
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRASFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 89
structure length 404
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmxA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmxA02
1H9PA 4XHXA 4XTMA 1S0JA 3M2MA 1W3AA 1MS8A 5KXBA 2VW1A 5BP5C 3WOGA 4QC4A 5H9SA 4YZ2A 3I2AA 2D3PA 1JN2P 4PQ9A 4Q1RA 1Z2VA 2E4MC 3O5WB 1APNA 5FNWA 1O4YA 4DRRA 1AJKA 2ZABA 4BMBA 1YIFA 1PZZA 4AYUA 3QCWA 1CONA 5BYNA 2A6WA 3P6IA 1R8NA 3FLRA 3WMUA 3BADA 3WV6A 1V6WA 4FPJA 5KXEA 4LBMA 2CNAA 3ZXFA 1D0HA 3WUCA 4FP2A 3AZVA 4IZEA 1G9DA 3AP7A 4LO8B 4DEPA 1N3PA 1G9CA 4CJMA 4J2SA 1CIWA 4YGBA 2D44A 3APBA 1G9FA 1JBCA 1UMZA 3AKIA 1BFBA 2D7FA 1ISYA 4LO3C 4I0YA 3V79C 5SV8A 3LLPA 2DVAA 2HWAA 4EB2B 1Q1UA 4YGCA 1AVAC 4R9BA 5GZDA 4XE9A 1DFQA 3IPVA 3JUTA 1WW6A 4BQ1A 3V0BA 4I1BA 1IS5A 2AAIB 3UD9A 5DUUA 3R4UA 1VIWB 1LULA 4P0KA 1Y7BA 1RINA 4P14A 1JT3A 2R49A 1MVQA 3HR9A 3UJ4A 4Y20A 4BLIA 3B9UA 3T8SA 2ESUA 3FUOA 3BAOA 1IRAX 2SLIA 3FFZA 5IK7A 2EIGA 4GP3A 3FUQA 2J3PA 4OEEA 3FJJA 2F2FA 4YGDA 3AP6A 4YZ3A 3N7MA 2E7QA 3VT0A 4ZFYB 4PC4A 1SR4C 1V6XA 4XBQA 1AXKA 4ZBVB 4GAIA 2AGSA 2FMDA 1Q8VA 1ONAA 1EYLA 1V6JA 1WBLA 3WCSA 1W6OB 2YROA 1WLDA 4FPFA 3O0WA 3PJQA 1W6PB 1X50A 3RRDA 1W6NB 4Y1XA 5BVPI 1CESA 4RL7A 4USPA 5T5LA 1PC8B 4XKIA 4BOWA 3BODA 2VSAA 4OWKA 1MC9A 2D6KA 1BQPA 4I37A 3VWCA 5DSSB 4XIOA 4DPNA 4M00A 4I4XA 2VH9A 1IILA 1ONKB 2ZMNA 3A0NA 1F5FA 2ZHLA 2EAKA 3CNAA 1MD6A 3ZC8A 3AFKA 4NOTA 1S0GA 5IT6A 1UKGA 1CPMA 3UL2A 1I3HA 4FPGA 2KKIA 3INAA 4Y26A 3W58A 1XZZA 1KJLA 4XTPA 4ZXKA 2D6MA 4XBNA 4LO2C 3O4OA 1V6LA 4WVWA 1YRZA 1MS5A 1DIWA 1KQRA 2PHUA 4C1XA 3ASIA 3OYWA 4GWNA 3N36A 2FFVA 2Z49A 3OY8B 4P9YA 2BEBA 1IKPA 1QMJA 4HJJA 1A8DA 5CNAA 1S1AA 5JMCA 4LO1A 4DCKC 4I30A 4EFPA 3WHTA 1LEMA 1FN0A 3AKGA 1SACA 2A6YA 1DJSB 1S0EA 1S0LA 1AVWB 1DHKB 5B2HA 4I3NA 4Q8LA 4L8QA 1PUUB 2ZHKA 2CL2A 3IM7A 4Q2FA 3W9TA 3ZXGA 1BZWA 1FATA 3LSEA 3AYEA 2D6OX 5DZEA 4YG3A 4IONA 2VW0A 1I1BA 1DZCA 4ZKTB 4F83A 2WLQA 1OFSA 3Q7YA 4RA0A 2GNTA 3FGMA 3FJIA 4OEFA 1WD4A 1SBDA 1ILR1 4WBCA 3MW3A 1JYCA 3WINA 4JAWA 2DUPA 4R9AA 3T1LA 1GZWB 1HIBA 1QQKA 4EEEB 4A7ZA 1FMZA 5FNXA 5CBLA 1S0FA 2B7YA 1SBFA 4Q91A 1D2SA 3NBDA 1M16A 2GMPA 3N7KA 4I4YA 5IK4A 1MS0A 1LEDA 4Z9WB 2XG3A 3N0KA 3WCRA 2A71A 3BA4A 1G7YA 1LECA 2GNMA 4JQ0A 2P3JA 5FREA 2NMNA 3ILAA 1NXD1 3POWA 1Q8QA 3FJAA 3FJCA 2ZBJA 3WDWA 1JUIA 1XHBA 2YV8A 3D5OA 2D6LX 4XIKA 5JDBA 3WO4A 1MZ5A 4M3CA 3IM6A 2R0FA 1WBCA 41BIA 2UU8A 1E0OA 4AGRA 4C1WA 3Q7WA 2OUJA 1WBAA 2ZQOA 4ITCA 2BEAA 2FFUA 4KBBA 3WA1A 1SLAA 2H0BA 3HOMA 3M3OA 1B09A 1KITA 1RG8A 4JKQA 1EVTA 1K5VA 1JLXA 4FPYA 2GMMA 1KNMA 1LODA 5HCAA 3AK0A 1N1TA 1PZ7A 3ILNA 5CAZA 2VLCA 1W0PA 4M01A 4D8HA 3AJZA 3R4SA 2K4AB 2DUOA 4XJWA 3AKFA 4AWDA 2DTYA 4ZGRB 31BIA 3OPZA 3AYDA 1IS3A 1QDOA 2LIQA 3VKFC 2W52A 1WCSA 1SLBA 1K5UA 3S8JA 2BQPA 3TAYA 3SITA 4A7KA 4NO4A 2JDZA 3N3HA 3BB2A 1VLNA 3VT2A 3ZXKA 5DXDA 5F9TA 1DBNA 5HCBA 4ENDA 2X2TA 2JECA 2DREA 4HL0A 3CA6A 4TYSA 3KMVA 3IKWA 5BQUA 1IS6A 3V64A 4AGVA 3BTAA 2Y9GA 3WZ1A 3O4BA 1BARA 1IHKA 1VAVA 2R1BA 3QYDA 3BAVA 4Y22A 3WO3A 1CQ9A 4CRQA 3FJ9A 1IOAA 3PVEA 4X39A 3FJDA 3S8KA 3RSJA 4BMEA 3I8TA 3O4CA 3WVJA 1XQNA 2P2KA 4IYBA 1QU0A 2L5XA 2ZGMA 3OJBA 4KEKA 1JTCA 1W6QB 1C1FA 4QO3A 4Y1VA 1DZQA 3CA3A 2D3SA 2JE7A 2A3WA 4Z8BA 4G9NA 3SISA 3RQ0A 4BPZA 3M3CA 1BFFA 4FPCA 1GKBA 2ARXA 2GNBA 2AENA 1HQWA 3NV3A 2ZKNA 1HCEA 3NV4A 5HPZA 2EXKA 9ILBA 3WMVA 1RMLA 1W6MB 4XOGA 4GXLA 3AJYA 3VKOA 4YZ5A 1N1SA 4Y1YA 2DS0A 2ZR1B 1DQ4A 2CTVA 2DU0A 2GZBA 2Y9FA 2E6VA 2HWMA 2FHRA 1V00A 3PVNA 4DFSA 4FQZA 4XXPA 3WDTA 2P34A 1MS9A 1JYIA 2A6ZA 1JT4A 4OW4A 2C5DA 1Z78A 4UW5A 2SBAA 2NTDA 5L73A 2OVUA 4QBCA 1BLAA 4I7IA 4AN6A 5F8YA 1VAMA 3I4IA 2DRZA 3Q9OA 3BIWE 2WSVA 3H6RA 4IZXA 3ZSMA 1Q04A 1FYUA 1H30A 5LK5A 3VV1A 2IWTB 1DZDA 4U2AA 1JQZA 2ZGUA 4XXAA 4YZ4A 3HALA 1LOGA 3IIRA 5T52A 4I6IA 2V73A 2ENRA 2ARBA 1FNYA 5DG1A 4BLJA 5GZGA 1W3GA 1WLCA 5DUVA 3CRGA 1LOAA 1ENQA 4YOLA 3NBNA 5JOWA 1GV9A 4IQPA 4XMAA 4D69A 5F8SA 1SCSA 1QOTA 1UAIA 2YY1A 1ISZA 1MVEA 3WDYA 3B3QE 2VY0A 1RIRA 1ULGA 5EYYA 2WNEA 3T2TA 3JU9A 1TFMB 2ZHMA 4L4HA 1LHNA 4XDQA 4I1EA 3U4XA 3V65A 4JKXB 2D3RA 4IHZA 4YGEA 1CPNA 4I4UA 1IS4A 1AX1A 3O4DA 1YO8A 2ZGLA 2NVHA 2A3XA 3FJ8A 4J23B 3B69A 1LU1A 4SLIA 3B01A 1W6OA 1LHUA 3AYAA 3USUB 1LU2A 4OEGA 3ZXJA 3N7LA 4R9CA 1AVUA 1W6PA 1W6NA 3QLQA 1MZ6A 5CA6A 8I1BA 4UW4A 3ZXDA 1J1TA 5F5QA 2R16A 2ZGKA 2RQ9A 5FZYA 1BJQA 4LBQB 1JT5A 5BXPA 1A3KA 2KI4A 2D7RA 3UD8A 5EYXA 4ZA3B 4D0ZA 1R1ZA 3AP4A 4DENA 4AGGA 2WSUA 3WG1A 21BIA 2ZAAA 1AF9A 1ENRA 3UD7A 4XILA 5DZFA 4XJAA 2NMOA 4KEIA 1Q56A 1XG6A 3HMYA 5E8AA 4PBPA 1N1YA 3PG0A 2D20A 5E88A 3AZYA 2F2FC 2RSTA 3AP9A 4OZXA 1N3QA 1CVSA 1LOEA 3AXEA 2OW4A 1LCLA 4JCKA 4GOYA 5BOWA 3NV2A 1IKQA 2V5YA 4QALA 1FV2A 2ZGQA 1M2TB 4ZFWB 1SLIA 3FJKA 2ZA9A 2ZGTA 3NWKA 3NV1A 2GN3A 1S0DA 4EFRA 1OKQA 1G9BA 3UJOA 2XOAA 5FZZA 1TWMA 3OY8A 3CA1A 1N3OA 3SNVA 1GSLA 4FVVA 4IY8A 4W65A 1YBIA 2WBCA 3A07A 1R8OA 1ZM1A 2Q5TA 4P0LA 2LIEA 3VUOA 2MLLB 4K20A 3VT1A 3AZXA 4IY9A 1N47A 5GLTA 4XFSA 4TZDA 3TC2A 4GAFA 1Q8OA 3RMXA 3WG2A 3V0AB 2IHOA 2Q9XA 4ISQA 1ISVA 2ZACA 1Q8SA 4LO7C 3L2YA 1UX6A 2YUGA 1QXMA 5KXDA 1HDKA 3RTJB 2LALA 3F62B 1UPSA 4Y1ZA 3VKMA 3N7JA 3E8LC 1GNZA 3AX4A 1YI7A 3SLIA 6I1BA 4G6MA 1Z4SA 2NZ9A 3PMEA 3VEQA 2A7AA 2PHXA 3SH4A 3MPPG 3HBWA 4H55A 1N1VA 1V6MA 3T1MA 2UURA 1ITBA 1QKQA 2JE9A 5CB7A 1EPWA 2QN4A 1JW6A 4A7YA 1AXMA 1GZWA 2RG9B 4HANA 3EF2A 5BXRA 4YG6A 3BA7A 3CA4A 1TOOA 2OUHA 3A0KA 1YYNA 1PWAA 3CU1B 3BA5A 3FBYA 1W3FA 1DQ6A 3MW2A 4LO1C 3FLTA 2JD4A 4I4SA 3B9CA 3LSDA 4FPHA 1HWMB 1OQLB 4EFQA 4ZFUB 2EALA 4J2XA 4FOWA 3KM5A 4K1ZA 3WLUA 1I1EA 3RMYA 4YM0A 2KH2A 1CJPA 1MACA 1FAYA 2ERMA 1SBEA 3NBEA 2KLLA 4Q1PA 2VW2A 3WO2A 1G9AA 1U0AA 1FMMS 1WW7A 4YFZA 1GZCA 3A21A 2DURA 1FGAA 4XMIA 2W08A 3FJBA 2E53A 3H6QA 4AVTA 5IK5A 2CYFA 5DUYA 3UJQA 1DQ0A 5D61A 1ISXA 2DVFA 3Q7XA 3CA5A 1II4A 2PHWA 3WINC 4D0TA 3A4UA 3RS6A 5DUXA 2P39A 1RITA 4X38A 5T54A 4G9MA 1QNYA 2Q3NB 1DYKA 4I4OA 1FNZA 4XJZA 2I2SA 3OGFA 1LOBA 5BP5A 4YW1A 3AZWA 4H9WA 3WDVA 1LHVA 4QD2C 2AREA 2E4MA 3ILFA 3O49A 2WT2A 4K1YA 1BFCA 1SLTA 1NZKA 1ISWA 3AH2A 1DGLA 4ZLBB 4P0JA 1DLLA 2CWMA 2R9KB 2A6XA 1T9FA 4YW2A 1V6UA 2PHRA 1URXA 3OBTA 3I29B 2NM1A 2WQZC 5D62A 5GM0A 1KDMA 3KQRA 4LBJA 4GP0A 4DRVA 1QOSA 1LJ7A 3DGTA 4BM8A 1FQ9A 1FX5A 3O5SA 3FJFA 2AR6A 1LGBA 3FJEA 4JC1A 1L2HA 4M3CE 4XYXA 2ERFA 3ZSLA 3WHUA 1ZA4A 2DVGA 1BXHA 3QR5A 4AVVA 5DG2A 2Z48A 1BLDA 3ATGA 2ET2A 4Q9PA 2DVBA 3DUIA 3UJ0A 1ABRB 1JOJA 2P3IA 5GLWA 4LO3A 2EXIA 2G4IA 2JJ6A 3R05A 3ZYRA 4DS0A 4USOA 4JPZA 5GLZA 4KEJA 4FPKA 4LBKA 3BAUA 5JOZA 1YXWA 3D4KA 2A5ZA 1SZ6B 5GLUA 4G1RA 1CVNA 2ZMKA 2FGFA 1ENSA 2YXSA 3O0XA 4LBLA 4FOYA 4OWJA 4HR6C 5EWSA 3VKNA 4QBVA 2ZGOA 3UDAA 4XJUA 1XYFA 2D43A 3BAHA 1Q8PA 2X2SA 1LOFC 3BRGC 4ZOTA 1W6QA 1HCDA 3M1HA 1AX2A 2A75A 3W59A 5IK8A 1IOBA 4PF5A 5JLVA 4OWLA 2MIBA 3AH4A 1WW5A 3MEPA 3RTIB 2VSEA 2JKBA 4YFWA 4FPEA 4MYEA 1AXZA 4XJ8A 3BOPA 4YM1A 3A22A 4AN7B 3SH3A 1LGNA 1GNHA 1H9WA 4XHBA 1W6MA 1MR5A 1FWUA 1SR4A 3AYCA 4ATFA 1UN1A 3NBCA 5BQUC 1G82A 2GNDA 3B00A 3ZSKA 4LO0C 1ULDA 3NJ5A 5GJ6A 2ZGPA 4FQ4A 1JY0A 1QF3A 4I4VA 2FO1A 3WNXA 7I1BA 2GALA 3IPVB 3V0BB 4II0A 1TIEA 3H6RB 2D1ZA 5GLVA 3M3QA 1VALA 3SNMA 5H9RA 3ZC9A 4I8MA 3MALA 3P53A 4DQAA 4CZSA 1JT7A 5GZCA 3OJMA 2WT0A 4Y20B 3AJ6A 4X3AA 1NUNA 2P3KA 4G6JA 2Y9WC 2EF6A 2NN8A 3ZX7A 4FP3A 1AZDA 4GA9A 1G86A 2QYIB 5T5JA 4UW3A 2AUYA 2DWRA 1CN1A 1LESA 4YM2A 4J2YA 4XBLA 5HCFA 2GO2A 3AP5A 1CR7A 2ZHNA 1AX0A 2UWCA 3POKA 2A3YA 3N35A 3PHZA 3CA0A 3PVOA 1AFCA 5EHAA 3AH1A 2ZMLA 4YLZA 4EKXB 1GGPB 1V6VA 1RZOB 1J0SA 1WLWA 2C9AA 3A23A 4FPOB 4LO2A 3O0VA 1DQOA 1LGCA 3SH5A 1SCRA 2CWSA 2WKKA 1HWPB 1FWVA 4GKYA 1DQ5A 2FDBM 3FLPA 3GNEA 1JXNA 5DVHA 2W39A 4Q8KA 3BAGA 4J2KA 3JUUA 3VKLA 3H0OA 4WVVA 5F8WA 1TEIA 3OJ2A 3BRDA 1BA7A 2E7TA 3AKHA 4XFTA 1WUVA 4ATEA 1BASA 1O4ZA 4LBQD 3USUA 2VXTI 2A6VA 1TP0A 1AVBA 1BYHA 2ZGRA 4P6AA 1V6IA 1CE7B 2WJSA 1S0IA 2UWAA 4LO7B 1EV2A 3MW4A 2ZGNA 4LBQA 3D7WB 3BX1C 1KDKA 1ULFA 1TTUA 2M49A 4GALA 4KC3A 1ULEA 1HWOB 3PUBA 2YZ4A 1WW4A 4QKRA 1TWEA 3P6JA 3ZXEA 4YZ1A 1QNWA 1QDCA 1DQ2A 2P37A 1GYKA 4LBNA 5AVAA 5GAQA 3C9ZA 3OYWB 3CRIA 4QKSA 1NLSA 2DUQA 2R1DA 2XB6C 1OQ1A 4Z8SB 4P9WA 2PHFA 2GMEA 3RG0A 5G00A 2AQZA 5GALA 3O3QA 5KXCA 1MS3A 1ULCA 3CQAA 1KJRA 2KI6B 4PCRA 2WT1A 1QOOA 3LCPA 1LENA 2VXRA 3IN9A 2ZGSA 3IM0A 1Q03A 1N4KA 1WBFA 1F9KA 1LTEA 4WZFA 4CTEA 3O12A 3HSMA 1VCLA 5DUWA 3AZZA 2ES3A 3BRFA 4Q27A 2DYCA 2D6NA 2HZ9A 3H6SE 5H9PA 4Y24A 1IRPA 1UZYA 1WD3A 5FZUA 1DQ1A 5IUQA 3VSZA 2UUSA 1JLYA 1C57A 4WV8A 3IM5A 1DQGA 4FGFA 1LOCA 3TB0A 1UL9A 5F90A 2BFHA 5EG6C 1C1LA 1DYPA 3O4AA 3ILRA 1S0CA 4PBOA 3ZYPA 4OUJA 5EC5A 1P63A 3V0AA 4YM3A 5DZUA 4H04A 5E24E 1IT0A 3C2UA 4LBOA 2DTWA 2DV9A 3GALA 4GWMA 4QD2B 3M3EA 2LTNA 4JRAA 3ZXLA 4I96A 5E89A 2D22A 1AVXB 1YTOA 4R6UB 1V6NA 2P23A 2HYKA 3AXDA 3K1XA 4YW4A 2MC2A 4XJ9A 3ZVXA 3CAHA 1LHWA 1YF8B 2KM2A 1V6KA 2Z42A 5EXOA 1KRIA 2PELA 3WDUA 2HW9A 1SLLA 1F31A 4M3CB 2E51A 4I2SA 3OGGA 4JP0A 4P9XA 1FV3A 2D24A 2DVDA 2UWBA 1QQLA 4I4RA 1GZ9A 2DRYA 3ENRA 1HLCA 1C4RA 3D6EA 4FPLA 3I2XA 4X37A 3POYA 4ASMB 4Q26A 3LTQA 4I4QA 2F8XC 1BKZA 3FJHA 1GBGA 1QGLA 1GLHA 2D23A 3ZPYA 5JOYA 3UK9A 1BFGA 1HKNA 1Z0HA 2NP0A 3O44A 1S0BA 1SLCA 3BAQA 5JVVA 1A78A 2AYHA 4K21A 3AJ5A 1MS1A 4U36A 2WRYA 5DZGA 2A70A 3WUDA 2AH2A 4TLPA 4YW5A 2AXMA 2EXJA 1MS4A 5T5PA 2CY6A 2K8RA 4R9DA 2ZZJA 3CRHA 2PHTA 5GZFA 4AVSA 2AFGA 1HQLA 2D7IA 4HA2A 5D63A 1AJOA 1GICA 1HWNB 2ZQNA 2GDFA 4GKXA 3JRRA 3OJVA 2K43A 3VSFA 1LOFA 4Q9GA 3WG3A 4FOQA 1W0OA 5T5OA 1G8WA 4Y1UA 1RY7A 5T55A 4XFUA 5T50A 2D6PA 4L4IA 5GZEA 2TEPA 1HKDA 3ZSJA 2VU9A 2NYYA 1T4QA 4UW6A 4FOVA 4GOVA 4M3CF 2R0HA 1PZ8A 4F34A 3F1RA 3HN1A 5I1BA 3OBRA 1JHNA 4YW3A 3WDXA 4XZPA 4I4PA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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