3RMXA

Crystal structure of hcr/d f1240a mutant
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
415
structure length
404
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRASFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 89
structure length 404
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmxA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmxA02
1Y7BA 1XHBA 1KJLA 1SZ6B 1BFFA 3WUCA 2HWMA 2MC2A 4YZ5A 4ITCA 1PC8B 5GLZA 1JT7A 3ILFA 3F62B 3FUOA 4NO4A 4X38A 2ZGNA 1P63A 3V0BA 3HSMA 5DG2A 1SLAA 4BMBA 2QYIB 1KNMA 1PUMB 4G1RA 3POYA 3NBCA 4D0TA 1H9WA 1F31A 1WBCA 4D69A 5BOWA 5FZUA 4XBQA 1GZCA 2D43A 4YW1A 4KEIA 1U0AA 4P9XA 1AX0A 1CPNA 1S0GA 1SACA 4XYXA 2D22A 4R9CA 4I4YA 1YYNA 4IZEA 1A3KA 1EYLA 1JY0A 2IWTB 2GMPA 3OJMA 1ITBA 2P2KA 1LOFC 5BXPA 2ZR1B 3FJDA 3RTJB 1SBDA 2PHTA 1YIFA 8I1BA 2KI6B 2GMMA 1R8NA 1QQKA 1I3HA 2GMEA 4J2XA 2Q5TA 1JTCA 3R05A 4Q9PA 5LK5A 5IK5A 2ZHLA 4I1EA 1KJRA 2BFHA 3KMVA 2XB6C 1LJ7A 5GLTA 4X37A 4I30A 4EFRA 5D62A 1APNA 1HCDA 3H6SE 1S0FA 1N1YA 1UZZA 2P37A 4XILA 1PZZA 3ZXGA 4XHBA 4P9WA 1ISWA 1XZZA 4QC4A 3NV3A 1V6KA 4YW4A 2ZQNA 1NZKA 3CRIA 1ENRA 1MS3A 1GGPB 1D2SA 2CL2A 1AVWB 4K20A 4FPCA 3BRGC 1KITA 1G9BA 1S0CA 1MS9A 2GNBA 3A22A 2A3YA 1QOTA 4A7ZA 3BOPA 5CAZA 1PUUB 2LTNA 4ATFA 3QLQA 4DPNA 2WT1A 3Q7YA 4YOLA 1RIRA 3NV2A 1V6VA 1H9PA 5DUVA 4LO2A 4I4VA 2F2FC 3S8KA 1SLIA 1ISVA 1AX1A 4BM8A 5DUYA 3P6IA 4F83A 2FMDA 3UD9A 1WLCA 1V6OA 2FHRA 2WKKA 3WHUA 1CR7A 1K5UA 1II4A 2VUAA 4FQZA 5HPZA 1FWUA 2KM2A 4LO3C 4PF5A 3I4IA 1C57A 1LCLA 3AP7A 4QBCA 2VU9A 1QNWA 3O4BA 3FLPA 2E6VA 4D0ZA 3HOMA 3N0KA 2HYKA 4PQ9A 1BFCA 1LGBA 2WSUA 5E8AA 3WDVA 4AVTA 1BJQA 1MC9A 1IRPA 1DQ0A 3BA7A 1SCRA 3UK9A 3OYWA 1HQWA 4ZOTA 3NBNA 1JQZA 3UL2A 1AFCA 1LOCA 3FJKA 4Q26A 1TWEA 2BEBA 4LBOA 1F5FA 2ENRA 4M3CA 4IHZA 5FZZA 2AENA 1MVQA 2OUJA 4HR6C 1MD6A 3T1LA 5T5LA 4ATEA 3AJ6A 1DYPA 1IILA 1AXKA 2RHPA 2VSEA 3ZC8A 1VALA 1OQLB 3ZXJA 2M49A 3RG0A 4AN7B 4Y22B 1DJSB 4XKIA 2DWRA 1GV9A 3Q7WA 4XIKA 1GZWA 2FFVA 4XJWA 1N1SA 1PWAA 1GSLA 4YG6A 1CVSA 31BIA 1IS6A 3IM6A 4EKXB 1S0IA 3ZSKA 1DQ2A 1Q03A 3SISA 4YG0A 3QCWA 2BQPA 4I96A 3BODA 3O0XA 2PHWA 2VH9A 1VLNA 1T4QA 2ZMKA 3N35A 2JE7A 1LEDA 3FFZA 7I1BA 5F5QA 1QF3A 1AVBA 3LSEA 3EF2A 2EXJA 4I4PA 4C1WA 3ZPYA 4TLPA 3FJHA 1AXYA 1MZ6A 1LODA 1WD4A 2DV9A 2ERFA 4AGGA 4Z9WB 3O5WB 1HDKA 3VEQA 4ZLBB 5FREA 3WINA 2GN7A 4FPEA 4Q9GA 3IAGC 5GLUA 2NP0A 1FV2A 5T5JA 3RSJA 3AXDA 4QO3A 3V64A 5CA6A 3UD7A 1SLBA 4U2AA 4AYUA 3ZX7A 4LO1C 4LBQD 3VKFC 2Y9GA 4LBJA 3PMEA 1NXD1 5T5OA 1VAVA 4ZA3B 4Z8BA 2R0HA 1S0LA 1IOBA 3CRHA 1WBFA 1MS4A 1JT4A 5F90A 2XOAA 1JN2P 2KH2A 3O4DA 4OWKA 4W65A 3POSA 4DRRA 3I2XA 2A6VA 3SNMA 3B9CA 1DZQA 2A70A 1TFMB 3F1RA 3ZYPA 1HWPB 2K4AB 2GNTA 5DZUA 1GKBA 5IK4A 5EC5A 1URXA 1UAIA 4H9WA 1ULFA 1V6LA 2V73A 4KEJA 3O0VA 5IK7A 3BRDA 3FLRA 4D8HA 3WG1A 3FJFA 4YG3A 2YMZA 4LO0A 5GLVA 3IPVB 5BP5C 4YM0A 5GZEA 2VY0A 2D7RA 3ZVXA 5BQUC 4GP3A 2GZBA 2RSTA 3W9TA 3UD8A 2GN3A 4GWMA 2PHXA 1RITA 4XDQA 1WBLA 1V6MA 3WUDA 3MEPA 4EEEB 1LOEA 2ZMLA 1Q8PA 3AKHA 1Q56A 4I1BA 2KLLA 1FMZA 3OGGA 3ZC9A 4KBBA 4I0YA 2D7FA 1W0PA 1O4YA 2R49A 1PZ8A 3NV4A 1C1FA 4YGCA 5L73A 2ZQOA 4Q27A 2D6OX 3IKWA 4USPA 3VUOA 4P0KA 3IM7A 1LTEA 2CYFA 1ZA4A 1AXZA 3BAUA 5CB7A 1QDCA 3FLTA 4XJZA 1F9KA 4XTPA 5JVVA 1WCSA 1TTUA 3FUQA 3WV6A 1CIWA 3BB2A 2GNMA 4M3CB 3AYEA 5E89A 2ZGKA 4I7IA 1NLSA 1MACA 4R9AA 1R1ZA 2CNAA 1BARA 2D23A 3AJ5A 2H0BA 4LBKA 5BXSA 4Q1RA 2VW0A 4WBCA 5GLWA 2ARBA 2OW4A 1SCSA 2DVAA 1SR4C 3O4AA 4K1ZA 5HCAA 2E4MA 1GANA 4XZPA 3AJYA 4XBLA 1Q8SA 1EPWA 2ZMNA 2A5ZA 2UUSA 4MYEA 5T50A 1LULA 1C1LA 3CA4A 2SLIA 2W68A 3WMVA 4PBOA 1TEIA 2LIQA 4XBNA 3V79C 5CNAA 1AJOA 1UL9A 4IY8A 1WUVA 4KC3A 4P0LA 1OFSA 2Y9WC 1LECA 3TAYA 1Q8QA 3GALA 3POKA 1N47A 4ZFUB 4CJMA 1D0HA 1LU1A 2A6ZA 5F8YA 1IKQA 1IS3A 2NYYA 4Y1YA 2D6MA 2ZABA 1R8OA 2RQ9A 1MR5A 3WLUA 1ILR1 3OY8A 3OJBA 2P39A 2C5DA 4H04A 5EHAA 1DZDA 2C9AA 3AZWA 4SLIA 3LSDA 5KXCA 4ISRA 4TYSA 2ZAAA 4CTEA 3ZSMA 4OEGA 2A75A 2D20A 3D5OA 5AVAA 1AVXB 5T54A 4G9NA 3CRGA 2ET2A 5G00A 1T9FA 1W6MB 4GOYA 4ENDA 2UWBA 4DCKC 2ZGTA 3W59A 2AYHA 3AH1A 3ILRA 1LHWA 4I4QA 2DTYA 3WO2A 3A4UA 4BLIA 3AZZA 2DVGA 4XMAA 9ILBA 4I4RA 1W0OA 4CZSA 1IT0A 4M3CF 4X3AA 1FN0A 5BXTA 3TB0A 1AJKA 3AH4A 4HA2A 2R16A 4DENA 3VSZA 3FJEA 3D7WB 4L4IA 1UZYA 3IM5A 3SH3A 3OGFA 5EXOA 4IQPA 3O49A 2NMOA 2ZZJA 2Z48A 4QKSA 2CTVA 2X2TA 3PHZA 1DYKA 4FQ4A 2DVDA 1QU0A 3RQ0A 3ZXDA 4OUJA 1FNZA 4XHXA 4IYBA 3BA4A 2E51A 1GNHA 1SBFA 4HL0A 2WSVA 2R0FA 3AH2A 5EG6C 1HKDA 4R6UB 4NOTA 2AAIB 3AJZA 3UJ0A 1B09A 3USUB 1W6QA 1FMMS 4JQ0A 5IK8A 2JD4A 2Y9XE 3WA1A 2EALA 4QKRA 2FDBM 2R9KB 4I4UA 1YF8B 4FPYA 1BASA 3FJ9A 1PZ9A 1JW6A 1IS5A 3AX4A 2B7YA 2D6NA 1BYHA 3R4UA 1KDMA 1W3FA 1FV3A 2JKBA 1SLLA 4R9BA 4BMEA 5GJ6A 4FPLA 2AGSA 1SFYA 2NZ9A 3O44A 4WVVA 3UDAA 1ISXA 3H6RA 3CU1B 4GA9A 5BVPI 1V00A 1IRAX 3HR9A 3SH4A 2V5YA 2DURA 4DFSA 3FJJA 1YBIA 2TEPA 3VV1A 3WCSA 3AKFA 2AR6A 1V6NA 4YLZA 3BA5A 3MW4A 1DGLA 1MS0A 3ZXKA 2D3PA 3AP6A 1CE7B 1FAYA 3BAHA 1IHKA 1RMLA 1N3QA 1UPSA 1HCEA 3VWCA 2A3XA 1TIEA 2ZHNA 4GWNA 1GBGA 4BPZA 1X50A 2GALA 1CESA 1LHNA 3ZYRA 1DQ1A 3BIWE 2HW9A 1ISZA 2UWCA 3V65A 4IZXA 1QOSA 1AX2A 1SLCA 1W6OA 2WT2A 2K8RA 2P3KA 5H9QA 5JOXA 3NBDA 3V0AA 4K21A 4JC1A 4Y20A 3CNAA 3V0BB 4OW4A 5KXEA 2ZHMA 3HALA 1JOJA 4J2YA 5H9SA 4BLJA 3P53A 3Q7XA 2DTWA 3BADA 1NUNA 1CJPA 3VT0A 5GZFA 3FBYA 5HCBA 1AF9A 2A6WA 3AZXA 1HIBA 3B3QE 3KM5A 1A78A 4YM1A 2D3RA 1DFQA 1GYKA 5DXDA 2WRYA 1N1TA 4G9MA 5DUXA 1LOBA 4PC4A 2CY6A 4M3CE 2KKIA 3AP5A 5BXRA 1W6PA 4GAFA 3HMYA 3SITA 1O4ZA 3TC2A 2HZ9A 3B00A 3CAHA 1CVNA 2KI4A 1SBEA 4Z8SB 3UJQA 5DSSB 1H30A 2JJ6A 3OBTA 1WLWA 4XFTA 1Q8OA 1S0DA 1FNYA 1S1AA 4XMIA 1EVTA 4AGVA 1AXMA 3L2YA 4CRQA 3I8TA 2JECA 3UJ4A 4BQ1A 2UU8A 1G7YA 3D4KA 2OUHA 3M3QA 1DZCA 4H55A 4FOVA 4XOGA 3OPZA 3AP4A 3RMXA 2VW1A 4UW6A 5DUWA 2DVBA 2HWAA 1V6WA 2YV8A 1VIWB 1W6QB 4Y1VA 1WBAA 2ARXA 3FGMA 5H9RA 3PVEA 4OZXA 1VAMA 2JE9A 3PUBA 4Y24A 3AP9A 1ENQA 2ZGPA 1W6NA 2FO1A 4Q8LA 3I2AA 1J1TA 4GAIA 1DQOA 1LOFA 4LO2C 1AZDA 2NTDA 2FGFA 4YFZA 4FPKA 3HBWA 2DS0A 5EYYA 5FNWA 2ZHKA 1XYFA 4Y1XA 3N7MA 1ENSA 4Q1PA 1BXHA 5HCFA 1ABRB 3B9UA 1ULEA 1DQ6A 2ESUA 3WOGA 4Y26A 1QGLA 3WG2A 4P9YA 4X39A 1XQNA 5IUQA 3WG4A 1BFBA 2SBAA 2Y9FA 1N1VA 1G9AA 1KRIA 4ZXKA 4IONA 3DUIA 1DQ4A 3WDWA 4FPGA 3WG3A 4DS0A 2AQZA 1I1BA 3WDXA 3T2TA 3WZ1A 5SV8A 5DZGA 2ZGQA 1V6JA 2CWMA 2EXIA 1DFCA 1CPMA 5BYNA 1YXWA 3OYWB 1BZWA 2WBCA 3WCRA 2E53A 1LU2A 4XFUA 2CWSA 2R1BA 1GLHA 1LHUA 4JAWA 2PHFA 5T55A 2WLQA 1KQRA 1G9DA 3FJBA 4P0JA 5F8WA 3RRDA 3N7JA 4OEFA 3N7KA 4YZ1A 1HWOB 3POWA 2F8XC 1QOOA 3A21A 3ZXEA 4XJAA 3DGTA 3O5SA 2F2FA 2IHOA 1XG6A 3A07A 4XXPA 4Y20B 2EXKA 4G6MA 3QYDA 2ZACA 4J23B 3N7LA 2DRYA 3K1XA 2Q3NB 1GZWB 4LBLA 1PZ7A 1TOOA 4LO8B 4EFQA 4OWJA 3H6QA 1C4RA 1WW5A 3APBA 3B69A 1Z4SA 2AH2A 4M00A 4YFWA 1BKZA 4LO3A 1HWNB 2DREA 2E7TA 2PHRA 3AKIA 1FQ9A 4YZ2A 3PG0A 2GO2A 4DQAA 5JDBA 3CA6A 5KXDA 3M2MA 3N3HA 4XJUA 4II0A 4Q91A 3IM0A 1DQ5A 1FGAA 2VXRA 3O12A 4AVSA 4IY9A 2VSAA 3O3QA 1RG8A 2DUPA 1L2HA 3W58A 4J2KA 3WINC 1CONA 4OWLA 2EAKA 5DUUA 2ZGLA 3M3CA 3NJ5A 1QXMA 1YI7A 3CA5A 1FYUA 4GALA 2P23A 4YM2A 1N3PA 3BX1C 3IIRA 1LESA 3BAQA 2ZBJA 1J0SA 3VKLA 1UN1A 2A71A 3WO3A 5JOZA 4L8QA 4YGDA 3BAGA 4PBPA 4WV8A 4A7KA 1MS8A 5JOWA 2W08A 3U4XA 4Y22A 3OJVA 1OQ1A 3M3EA 4AN6A 3KQRA 3H0OA 4FPHA 4XJ9A 2UWAA 3E8LC 3PJQA 3ENRA 4JP0A 4EFPA 2JDZA 4LBNA 3ZXLA 1S0EA 1W6NB 4XXAA 1JYCA 1ULCA 2DYCA 4R9DA 2J3PA 3VT2A 1WW6A 3UJOA 2ES3A 1G82A 4L4HA 1MZ5A 4I6IA 4YW2A 3ZXFA 4I3NA 3ZSJA 1WW4A 2PELA 3Q9OA 1DLLA 1IOAA 5JLVA 3A23A 1G9CA 4LO0C 3M1HA 4FPFA 5DZEA 3WMUA 3RS6A 1S0JA 1Q8VA 2OVUA 1WLDA 3SLIA 1Z2VA 4AWDA 4KEKA 3FJIA 2AFGA 5EWSA 1MVEA 2YXSA 4LO1A 3GNEA 4FGFA 1YRZA 1EV2A 1LGNA 2MLLB 5EYXA 1JXNA 2P3IA 2GNDA 4XE9A 5CBLA 5JMCA 3A0NA 3CQAA 1ULDA 3QR5A 3NV1A 4FPOB 4WVWA 4RL7A 4LBQA 2X2SA 1HWMB 41BIA 2A3WA 1FX5A 3CA1A 3P6JA 3R4SA 1QQLA 2I2SA 3PVOA 2Z42A 5GAQA 1JUIA 1K5VA 4ZBVB 2DRZA 2DUQA 1RINA 4ZKTB 3AYDA 5FRAA 3SH5A 3JRRA 1ONKB 2FFUA 1CN1A 3IMNA 2ZGMA 3HN1A 3WHTA 5DVHA 3WDTA 4U36A 3C2UA 5BP5A 1QNYA 3FJCA 5GZGA 5BQUA 3INAA 2UURA 2NN8A 3IPVA 5FNXA 1UX6A 2E4MC 2YZ4A 5D61A 3AZVA 3BAVA 2DU0A 2Z49A 5DZFA 2G4IA 4G6JA 3JUUA 3BTAA 3O4OA 2LALA 4TZDA 2NVHA 4JKXB 4ZFWB 1GNZA 1IJTA 2P34A 1JBCA 4DRVA 2RG9B 5GALA 2A6XA 3RTIB 4Q8KA 1G8WA 1UMZA 3LTQA 5T5PA 2D1ZA 4GKXA 3VKNA 1ISYA 4JRAA 1Q1UA 1LGCA 4EB2B 1GZ9A 3OY8B 1AVAC 1CQ9A 4I8MA 3WNXA 5GM0A 3FJAA 2EIGA 2EF6A 1BQPA 2AREA 1V6IA 3T1MA 1JT5A 1JYIA 1S0BA 1JLXA 2D44A 4I4XA 1Z78A 1LOGA 3WVJA 2VXTI 4BOWA 1YO8A 4AGRA 2VLCA 21BIA 4FOWA 4F34A 2D6PA 1DIWA 1SR4A 2ZA9A 1MS1A 3SNVA 4A7YA 2ERMA 4ZFYB 2D6KA 3AXEA 4YGBA 1JT3A 1DBNA 2AXMA 5JOYA 4YW3A 1N4KA 4Y1ZA 4YW5A 3VKOA 5F9TA 1GICA 5E24E 3VKMA 1LEMA 1VCLA 4USOA 3M3OA 4FPJA 2NM1A 1G9FA 4GP0A 5D63A 2WQZC 4AVVA 3O4CA 2NMNA 5FZYA 3WO4A 4GXLA 3WDYA 3OBRA 1TWMA 4M01A 3NWKA 1G86A 1LENA 4ZGRB 4JPZA 1MS5A 1ULGA 4K1YA 3I29B 2ZGOA 3D6EA 1M2TB 4XTMA 5KXBA 2BEAA 5I1BA 2R1DA 4XJ8A 4YZ3A 4WZFA 1Z0HA 3ILNA 4JKQA 3C9ZA 2XG3A 1QKQA 4QALA 3PVNA 2AUYA 1A8DA 1KDKA 4I37A 1W6MA 4UW4A 1N3OA 3N36A 2WJSA 3B01A 1LHOA 3LCPA 3AK0A 4LBQB 5H9PA 2YY1A 2YROA 4J2SA 1I1EA 4I4OA 5B2HA 5GZCA 5GZDA 3JUTA 2QN4A 4YZ4A 2WT0A 2EXHA 2MIBA 2E7QA 3BRFA 3MPPG 4XIOA 4P6AA 2D3SA 3H6RB 2W52A 4ISQA 1BLDA 4OEEA 2VW2A 2K43A 4JCKA 1LHVA 3ATGA 3ILAA 4GKYA 2DU1A 3OJ2A 1YTOA 4UW5A 4LBMA 3O0WA 4LO7B 2Q9XA 2D7IA 1SLTA 2W39A 3LLPA 2DVFA 3AKGA 3AZYA 5T52A 4HJJA 4LO7C 3MW3A 1E0OA 1IS4A 1TP0A 4QD2B 4YGEA 1UKGA 1OKQA 3MALA 4GOVA 4QD2C 2ZGSA 4UW3A 5IT6A 1HQLA 3AFKA 2A6YA 1FWVA 1V6UA 3IN9A 1QMJA 1W3GA 4QBVA 1RZOB 3USUA 1QDOA 1ZM1A 3FJ8A 1DQGA 1AVUA 4C1XA 3WDUA 3S8JA 2P3JA 4DEPA 2D24A 4FOQA 1W6OB 1BA7A 1V6XA 5E88A 4YM3A 4FP2A 3V0AB 3AYAA 4Y1UA 1WD3A 3ZSLA 3JU9A 3BAOA 1JLYA 4HANA 1IKPA 3CA0A 5F8SA 3VSFA 4FP3A 2YUGA 4XFSA 4FOYA 1JHNA 1FATA 3AYCA 1DHKB 2LIEA 1WW7A 2D6LX 2I1BA 1LOAA 4P14A 3CA3A 3VT1A 1HLCA 3NBEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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