3RMYA

Crystal structure of hcr/d w1238a mutant
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
415
structure length
401
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNIAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
total genus 97
structure length 401
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmyA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmyA02
1AXMA 2D44A 4PF5A 5CBLA 1JT7A 3NBEA 1AXKA 4QBVA 3H6SE 3OJMA 3B69A 3WZ1A 4HJJA 3OGFA 4ZOTA 2EXIA 1C1LA 2ZGRA 1SLIA 1HQLA 2GMMA 4YZ2A 3RMYA 5T5PA 1U0AA 1MS9A 3ZC8A 3ZYPA 1KNMA 4JC1A 3V0AA 5GLUA 3RQ0A 5EYYA 4AGVA 3V0BA 2ZHNA 4F34A 4IZXA 3JRRA 2OVUA 1SLCA 1DHKB 1J0SA 1EYLA 1YTOA 1SCRA 3D6EA 2R1DA 2DURA 3CA6A 3MALA 4ZFYB 2GNBA 4Y20B 2E6VA 3AZXA 1VLNA 4XIOA 5T50A 4WVWA 4XJ9A 2P37A 3FJJA 3N7LA 1HCDA 4L8QA 4YLZA 2I2SA 1LU2A 4NO4A 2R1BA 2AYHA 4J23B 4LBQD 4GALA 3CRHA 3HBWA 4DCKC 1JN2P 2ZQOA 3WINA 3V79C 2K8RA 1GSLA 4Y1UA 1CONA 3AJZA 2P39A 1IRPA 3JUUA 3P6IA 4Y1ZA 5F90A 1RIRA 3POWA 4ZBVB 4FPCA 1DQ0A 3V65A 5H9PA 3ZSLA 1LOBA 1LOGA 5DUWA 3VWCA 2KI6B 5IT6A 3FUQA 1E0OA 1XHBA 1GZCA 1EPWA 5GZFA 5DG1A 2GNDA 3OGGA 2EF6A 1YF8B 4G6JA 1S0BA 1BQPA 1SBFA 3BODA 4FPHA 3FJ8A 3BRFA 1G9FA 1LHUA 1Q8OA 3BTAA 5CNAA 1W6PA 5G00A 4XBLA 2R49A 3B9CA 1LEDA 1MVEA 3IM0A 4Q27A 2UWCA 1IRAX 2VW2A 3A21A 3WNXA 1IOBA 1LTEA 4BLIA 3BA4A 2XOAA 4KEIA 4LBQA 2D7FA 4CZSA 3USUA 4UW6A 3MEPA 2AH2A 1G9CA 5DUVA 4D69A 2YMZA 1JT5A 2D6OX 1BJQA 1Q8SA 3POYA 4YW4A 1IT0A 2R9KB 1MACA 2HWAA 2GN3A 4YM1A 4FPJA 2YUGA 4ZA3B 1PZ7A 1FQ9A 5E89A 1GICA 1QNWA 1UAIA 3PVOA 2WSUA 4I4UA 4J2YA 2DVFA 1SFYA 4YGCA 3RTIB 1DFCA 4OW4A 5GZDA 3ZXEA 3AP5A 2NYYA 1LGNA 1SR4C 1CVNA 3O12A 3V64A 4AGGA 1QOSA 2VUAA 1G9DA 4A7ZA 3BAHA 3O0WA 1V6OA 3N35A 3D7WB 3BAUA 1UPSA 3B3QE 2X2TA 1S0EA 3WG2A 1MS1A 2ZGPA 1CN1A 4EKXB 4U36A 1LGBA 3PG0A 1W6QB 1PUMB 3ZXKA 1SZ6B 4G6MA 3H0OA 5BXRA 3OJBA 4PCRA 4DS0A 2D1ZA 5CA6A 5KXCA 3AH2A 5GALA 1SLLA 1W6PB 4ISRA 4PBOA 1DZCA 3RS6A 1FNZA 2A3WA 2CTVA 3N7KA 5FREA 1QGLA 2WQZC 4P0LA 1XYFA 3HOMA 1V6VA 1LODA 2CY6A 5BOWA 4GP0A 4R9BA 1PZ9A 2D7IA 1WW5A 3IPVB 3FUOA 2ZKNA 3OYWA 3FFZA 2RQ9A 2EIGA 3WVJA 2OUHA 2H0BA 3T2TA 2NMNA 3BAGA 4LO2A 1JT3A 1ULEA 4JCKA 2ZHLA 2DYCA 3F62B 2MC2A 4FQ4A 2D3SA 4FPGA 1MZ6A 1PUUB 4Y1YA 1LHOA 2DWRA 2CWMA 2A6VA 3WO4A 2ZABA 5L73A 31BIA 3TC2A 3VKLA 3KQRA 3TAYA 3IIRA 1N1VA 3O44A 1H9PA 1BFBA 3FJIA 2W52A 1DJSB 3BRGC 1ISYA 1FMZA 5H9RA 5BXPA 2VW0A 2SLIA 3A4UA 1S0FA 4D0ZA 2HYKA 1WCSA 1VIWB 1WUVA 1LHNA 4JP0A 3UD9A 3U4XA 3IAGC 3OPZA 2K43A 2D43A 3P53A 3WDUA 2Q5TA 1GLHA 3AKGA 4DENA 1AX1A 1XZZA 3T1LA 1II4A 2P3JA 4I4VA 4I4QA 1K5VA 3POKA 2GDFA 3JU9A 2C9AA 1OQLB 1S0GA 4M00A 4YGBA 2VY0A 3OYWB 5JOZA 1HWMB 2Z49A 1AJKA 4G9NA 4ENDA 4Q8KA 3R4UA 5DSSB 2KH2A 4Y1XA 3FJDA 3SNMA 5DXDA 1BZWA 3D5OA 1WBLA 2UWAA 4XHXA 1GANA 2HW9A 4P6AA 3AJ6A 4K1YA 2P3IA 3NBDA 4P9WA 3IM7A 4XDQA 2PHRA 2BEAA 1S0CA 5DZEA 4I3NA 1DIWA 4MYEA 3WG4A 4GOVA 1MD6A 1DYPA 2A3XA 4R9DA 4XHBA 3FJ9A 3BAOA 1G7YA 3VEQA 3WO3A 1IKPA 4I2SA 2LALA 2DTWA 3BA5A 2ZGUA 1CPMA 2ZA9A 5E88A 1BFFA 1DQ4A 1XG6A 1VCLA 4I1BA 1YYNA 4X38A 5B2HA 4FOVA 6I1BA 4EFRA 3AZVA 1DGLA 4AWDA 1QF3A 5JOYA 2A75A 2ZGMA 3N3HA 2NVHA 3M3EA 2ZR1B 1UZZA 4YM0A 4Z9WB 5BP5C 3MW4A 3DUIA 4I37A 1KITA 3VT2A 3PMEA 1W3GA 1KJRA 3IM6A 4OEEA 1JW6A 1QQKA 4QBCA 4GAFA 2PHTA 1BYHA 2UURA 3N7JA 4DFSA 3WDXA 4K21A 4XMAA 3WG1A 1CIWA 4FPOB 1NLSA 3ZVXA 3NWKA 2PELA 2DS0A 3KM5A 3ILRA 1SCSA 1Z2VA 7I1BA 1LENA 1SACA 2SBAA 1I3HA 3F1RA 5T5JA 3HMYA 4GXLA 2MLLB 2ESUA 4I96A 2FMDA 1BLAA 4X3AA 4FPYA 3WLUA 3WG3A 2W39A 4WVVA 5DUYA 5GLVA 5GZGA 1DYKA 1W6NB 3AYAA 3I2XA 1Q8QA 4XFSA 1MS3A 3SLIA 2GN7A 4LBKA 1SR4A 1MVQA 2C5DA 3AFKA 1LEMA 2YROA 5GLTA 2ZGQA 1SBDA 2RHPA 3CA5A 2EXKA 2FGFA 4EEEB 2JD4A 3I4IA 1HWOB 4ZGRB 1M2TB 1V6UA 3WA1A 1QKQA 4C1XA 3WO2A 2L5XA 3ZSMA 4D8HA 2XG3A 2DRYA 1RMLA 1BARA 1T9FA 2D6KA 3NJ5A 1N3PA 2GO2A 2GMPA 1WD3A 2AREA 4J2KA 4CRQA 3BIWE 3FJKA 1JUIA 2X2SA 1KDMA 4XJZA 2Y9GA 3FJAA 4I4RA 2F8XC 4M3CA 3WCRA 1N1TA 1N47A 3CA1A 5GLZA 4Y1VA 1DQ6A 4QO3A 3ZSKA 1YI7A 3CA3A 3IM5A 1T4QA 2R16A 4Y22A 4YZ3A 2ARBA 4YG6A 2NN8A 1GNZA 1AVUA 3MW2A 4X39A 5DUUA 1AVWB 2XB6C 1P63A 5IK5A 3FJEA 3ZC9A 1ULFA 3WOGA 4Q1RA 1N3QA 4BMBA 1TEIA 2ERMA 1KJLA 1JHNA 2ZMLA 5FNWA 4LO7B 2A3YA 2ZHKA 1WD4A 4Y24A 1JYCA 3NBNA 1LOAA 3A23A 5HCAA 3T1MA 2D3RA 1ENQA 4QD2C 3OBRA 1WW6A 4I4OA 3HALA 21BIA 1KQRA 2P34A 4A7KA 3O0VA 1WBFA 4FGFA 3WUDA 4BLJA 4R9AA 2ZGNA 3SH3A 3V0AB 2AAIB 4PQ9A 1LJ7A 1GYKA 1PWAA 1WBCA 1CPNA 1FNYA 1TIEA 3VUOA 3V0BB 1RZOB 2VU9A 2EALA 3A0NA 4YW3A 3AKFA 3O4DA 1DQ1A 4SLIA 2EAKA 2E4MC 4Z8BA 1S0LA 1CQ9A 8I1BA 3R4SA 4FVVA 2BEBA 2HWMA 3UL2A 2HZ9A 2F2FC 1Y7BA 3WUCA 1APNA 2E7QA 1HWNB 4FOWA 1FGAA 4M01A 4P0KA 5H9SA 3AKHA 3A0KA 1A8DA 4I30A 2CL2A 4XILA 3BRDA 5T5OA 1GGPB 4PC4A 1D0HA 4OWLA 4GP3A 1S0DA 1LULA 5AVAA 3ZXJA 5JOWA 2JKBA 4QC4A 1IOAA 1MC9A 1YXWA 3O5SA 3ZPYA 1Z78A 1TP0A 1OKQA 3MW3A 4LBMA 1FYUA 2D22A 4IYBA 2EXJA 1Q03A 1ISXA 1IS4A 1LOFC 3PUBA 3FJBA 4YZ5A 3ILNA 3OY8A 3SH4A 4IZEA 4FPEA 1JY0A 5EYXA 4ATFA 3O4AA 3LSEA 4H04A 5EC5A 4FPFA 1S1AA 4L4HA 2ZBJA 1ISZA 1PZZA 4USOA 5E8AA 3AX4A 1QQLA 1HLCA 1WLCA 4BOWA 3ILAA 2J3PA 1S0IA 2JE7A 5BXSA 4HANA 5BP5A 1GZ9A 2FFUA 2DTYA 2GNTA 2A6YA 4XMIA 4GAIA 2P3KA 1R8NA 5FNXA 1K5UA 2YZ4A 3ATGA 4LBQB 4U2AA 3USUB 3Q7YA 1JT4A 1B09A 2KLLA 4AVVA 5CB7A 4FOQA 1KRIA 1ZM1A 2I1BA 4C1WA 1FX5A 4DRRA 2GNMA 1V6NA 5KXEA 1D2SA 1F5FA 4L4IA 3HSMA 2GALA 3FBYA 1ULDA 1ZA4A 5LK5A 1JOJA 1FV2A 1LOCA 1N3OA 1AXZA 1IILA 1AFCA 2DV9A 1QOOA 5EWSA 2WJSA 2CNAA 4JKXB 3POSA 4A7YA 1BFCA 2Q3NB 1V00A 5HCFA 3FLPA 2WKKA 2ENRA 1BLDA 3H6QA 2VLCA 5DUXA 2D3PA 3FGMA 3OY8B 2Y9XE 1X50A 5KXDA 2WT1A 4BM8A 3PHZA 1I1EA 1L2HA 4IHZA 1ULCA 1G86A 3ZX7A 4RL7A 1DQGA 1W6MA 3N36A 2CWSA 3UD7A 1MZ5A 1GNHA 3NV4A 2A70A 4XTMA 2ET2A 3WMVA 9ILBA 3QCWA 5BVPI 3WDYA 4WZFA 4Q8LA 1A3KA 3VKNA 3WDWA 4J2SA 2OUJA 2PHFA 1CJPA 1HWPB 4XJAA 1UZYA 4RA0A 4DRVA 2R0HA 4Y26A 4Q9GA 1RY7A 4XZPA 1Z4SA 3BAQA 3ZSJA 3Q7WA 3ZXDA 3W58A 4LBLA 2LTNA 3MPPG 5GAQA 3FJCA 2ZQNA 4K20A 3B01A 4UW3A 2D20A 4OEFA 3CAHA 1SBEA 3ZXGA 3N0KA 1QMJA 1QNYA 3Q9OA 2UWBA 2NM1A 4XJWA 4FPLA 4XXPA 3ZXLA 4K1ZA 4F83A 4ITCA 3AP7A 1UMZA 4EFQA 2D6LX 5IK8A 3HN1A 1Z0HA 4BMEA 2KKIA 2EXHA 1G8WA 2ZMNA 2AXMA 1ENRA 3T8SA 4JPZA 3VT0A 1MS8A 2TEPA 2UUSA 4QKRA 1W0PA 1ENSA 2DUOA 4NOTA 2JE9A 1Q04A 1WLDA 2E4MA 3ILFA 2MIBA 1O4YA 4OZXA 2KI4A 1DQ5A 1MS5A 3I2AA 3VT1A 4I4PA 2V5YA 5BYNA 3NV3A 4W65A 3AZWA 2F2FA 3AK0A 4I0YA 3A07A 4AGRA 1BASA 4G1RA 5DG2A 3D4KA 1A78A 4TLPA 4Y20A 2D6NA 1F31A 3UJOA 3BOPA 1V6JA 2DU1A 1DBNA 1JXNA 4XIKA 1YRZA 4WV8A 3BADA 4AVTA 4YZ1A 2ZGSA 3ZXFA 1DFQA 5DVHA 3CRIA 4Q91A 1F9KA 3AJYA 5EHAA 2WLQA 1Q56A 1N1SA 2NP0A 4KEKA 4EB2B 1I1BA 3AYDA 1NUNA 4PBPA 1CVSA 4CJMA 4FPKA 4LO2C 4R9CA 5JOXA 4HA2A 2D6MA 4YFWA 3FJHA 4IQPA 4JQ0A 5F5QA 1LOFA 5H9QA 2PHUA 1BFGA 4YM3A 5BXTA 2DRZA 4R6UB 1PC8B 4TYSA 3SH5A 4IY8A 3I8TA 4Z8SB 3LSDA 5JVVA 2VXRA 4P0JA 1DZQA 1NXD1 2AGSA 2ES3A 1AZDA 2NTDA 4IONA 3CU1B 1N1YA 1GKBA 1VAMA 1WW7A 5KXBA 1ITBA 2AR6A 3AZYA 4I8MA 5T5LA 4I4XA 4ZLBB 3UJ0A 3B00A 1JYIA 4QKSA 4QALA 2PHWA 3H6RA 3JUTA 5T55A 2ZGLA 2FHRA 2DVBA 3CA4A 4KBBA 1LHVA 4XYXA 4GOYA 2JJ6A 2FFVA 5T52A 4LO8B 4AVSA 3NBCA 1HCEA 3VSFA 3WCSA 2W08A 3O49A 4Q26A 3AKIA 5GLWA 2IHOA 4XFUA 1GV9A 4I6IA 2A6ZA 4KEJA 2AFGA 5D62A 4DPNA 4HL0A 3IMNA 4II0A 3FLTA 3M3OA 2AENA 1LCLA 4ASMB 1AF9A 2NMOA 5DZUA 5F8SA 3E8LC 3L2YA 2Z48A 2K4AB 2E53A 4LBJA 3SISA 4Q9PA 3S8JA 1AXYA 1AVBA 3LCPA 5GJ6A 1AVXB 3O4CA 1V6KA 3UJ4A 1MS0A 3B9UA 4HR6C 4XXAA 3WMUA 2ZZJA 3EF2A 3C9ZA 5JDBA 5JMCA 1EVTA 1GZWA 5SV8A 2CYFA 2A5ZA 2BFHA 1QDOA 3BA7A 4FOYA 3A22A 3AYCA 3RG0A 2WT2A 2FDBM 4FQZA 1RINA 4ZXKA 1H9WA 2P23A 5I1BA 3O4OA 3WHUA 4LO0C 1W6OA 1W6QA 4I4SA 1QOTA 4XTPA 2YXSA 3W9TA 2YY1A 3QYDA 2A6WA 1URXA 4YOLA 4G9MA 4YM2A 3H6RB 5IUQA 4USPA 3AP9A 4GWMA 3AH4A 3AH1A 1AVAC 4I4YA 5BQUC 2ZAAA 4M3CB 3ZYRA 3WHTA 4I1EA 3O0XA 5GZCA 2DVGA 4OEGA 3RSJA 2D24A 1MS4A 3CQAA 1MR5A 4XFTA 4YGEA 4Y22B 4LO3C 4YW5A 4P9YA 4AN7B 2D6PA 2D7RA 1FATA 1DLLA 3LLPA 1FN0A 3UD8A 1UL9A 3AYEA 3QLQA 1Q1UA 4YGDA 2BQPA 3IPVA 1JBCA 2DUPA 2ZGTA 5FRAA 2NZ9A 3NV2A 1BA7A 4LO1C 2DVAA 1FV3A 1G9AA 1OQ1A 2GZBA 3AZZA 4XOGA 4IY9A 4GWNA 3PJQA 2LIQA 2WNEA 2ZACA 4LO7C 1AX0A 5HCBA 3UK9A 2LIEA 1YIFA 1GZWB 3WDTA 2E7TA 4XKIA 1AJOA 1DQ2A 1TWMA 5D63A 4AN6A 3HR9A 3C2UA 2M49A 2ZGKA 1WW4A 3OJ2A 1IS3A 3LTQA 4BPZA 2RG9B 1W6OB 2W68A 3M1HA 4YG0A 2ARXA 1V6MA 2VW1A 5JLVA 4M3CE 5FZYA 3W59A 2A7AA 2VH9A 3M2MA 4X37A 3P6JA 2D23A 2PHXA 1LECA 2WRYA 5CAZA 2A6XA 2G4IA 3QR5A 4ZKTB 4GKYA 1SLAA 3OBTA 4DQAA 4JRAA 1FWVA 2GMEA 3IKWA 2DVDA 41BIA 1C1FA 4J2XA 1YBIA 1QU0A 5EXOA 2Z42A 4ZFWB 2KM2A 4Q2FA 2OW4A 2AUYA 3O4BA 2IWTB 2ZHMA 4H9WA 3ASIA 3WINC 3BX1C 1DZDA 2FO1A 5FZUA 3OJVA 3APBA 1JQZA 2ZMKA 2WSVA 1G82A 3KMVA 1PZ8A 1M16A 3FJFA 5IK4A 1HDKA 5EG6C 1XQNA 2UU8A 2WT0A 3UDAA 2JDZA 4M3CF 1V6WA 3VV1A 3VKOA 1TTUA 3RTJB 5E24E 2AQZA 3PVEA 4YW1A 2Y9FA 1ILR1 1W3FA 3RMXA 1KDKA 2P2KA 1G9BA 4LBOA 3AP4A 4P9XA 4XJ8A 1V6LA 1S0JA 1W3AA 4OUJA 1JLXA 3AP6A 4JAWA 4UW5A 1Q8PA 1V6XA 5F8YA 5F9TA 3M3QA 3S8KA 1WLWA 1LGCA 3WV6A 5DZFA 3NV1A 3AXDA 4DEPA 5D61A 4Q1PA 3SITA 3PVNA 4XBQA 4XJUA 1TFMB 3K1XA 1BXHA 2A71A 1VAVA 4GA9A 4FP2A 3INAA 4KC3A 1IHKA 3I29B 1QDCA 2DUQA 3O5WB 1SLTA 3FLRA 2Y9WC 1VALA 3VKMA 3BAVA 3N7MA 1EV2A 3CA0A 1IS5A 1QXMA 2E51A 2QN4A 2V73A 3BB2A 1IS6A 4YG3A 4ATEA 2DREA 4H55A 1ISVA 4GKXA 2VSEA 1JTCA 4WBCA 2DU0A 1R8OA 1BKZA 1ULGA 3DGTA 4YFZA 1FWUA 2JECA 2R0FA 1N4KA 1RG8A 2ERFA 5FZZA 1O4ZA 1LESA 3WDVA 1UN1A 1FAYA 4LBNA 1W6NA 1ABRB 4UW4A 5DZGA 1GBGA 4EFPA 2YV8A 2RSTA 2WBCA 1HKNA 3RRDA 1NZKA 4P14A 1J1TA 1CE7B 1TOOA 3IN9A 1ONKB 4ZFUB 1R1ZA 4XE9A 1Q8VA 4FP3A 3VKFC 4CTEA 1CR7A 1C57A 1IJTA 4LO0A 4JKQA 1OFSA 1WBAA 3Q7XA 1W6MB 1HQWA 4I7IA 4TZDA 3AJ5A 4OWJA 1H30A 1UKGA 3M3CA 1SLBA 5IK7A 1ISWA 1W0OA 1FMMS 1UX6A 5BQUA 4D0TA 1CESA 1TWEA 3UJQA 3TB0A 4AYUA 5GZEA 2ZGOA 1RITA 1LOEA 1LHWA 4LO3A 5GM0A 1IKQA 3AXEA 3CRGA 3O3QA 3GNEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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