3RMYA

Crystal structure of hcr/d w1238a mutant
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
415
structure length
401
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNIAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 97
structure length 401
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmyA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmyA02
5H9QA 2P23A 3FJBA 4LO1A 4M3CF 1SLAA 2Y9FA 3FJ9A 4AWDA 3O5WB 3HR9A 3M3QA 2A6XA 2Z49A 4J2KA 5BOWA 4BLJA 4CZSA 2OUJA 3IN9A 3PHZA 4LBQD 4EFRA 1G86A 2BFHA 5AVAA 5H9RA 2ZGMA 3AJYA 3D4KA 1DZCA 2KH2A 2Y9WC 1JUIA 1LODA 3VWCA 3M3OA 1V6JA 1DYKA 4JC1A 1Q56A 5DG2A 3FUOA 4DS0A 1C57A 1W6OB 3UD9A 4I4SA 3LLPA 3O0WA 4SLIA 5FREA 2AAIB 2D43A 3PVEA 4QC4A 3IMNA 1MC9A 3F62B 1LHUA 1ZM1A 2EIGA 4XDQA 2A7AA 2R1DA 1OQ1A 41BIA 4F34A 1N3QA 2YY1A 2PHFA 1AX0A 1HLCA 1DHKB 3N36A 4ASMB 5FZUA 3UDAA 4BPZA 1UZZA 3AKHA 5DUVA 4XJZA 2VSAA 4I0YA 1RY7A 2KM2A 2ZGKA 2AFGA 4QD2C 3AKFA 1GZWA 1DGLA 4Z8SB 2R16A 4RL7A 4YFWA 4K1YA 3ZVXA 2JKBA 3H6RB 1QGLA 3BAUA 3TB0A 4XJWA 4FGFA 3ZYRA 3MW2A 5JOWA 1SFYA 2DVGA 4BOWA 1BLAA 4LO3C 3JRRA 5H9SA 2BQPA 1BFGA 4U36A 1CVSA 2ZMLA 2P37A 3N7JA 2ARXA 3BRDA 2WJSA 5BXTA 4OW4A 4Q8LA 1OQLB 1LOFA 1LTEA 1PC8B 4DFSA 5SV8A 3WA1A 1V6WA 1JY0A 1W3GA 2LTNA 2DVBA 4YG0A 5JOZA 1MACA 3AH1A 4UW4A 4JAWA 3WDUA 4ZFWB 1WW6A 5EYYA 3AP4A 4IY8A 4I6IA 4H04A 6I1BA 2DRYA 1V6MA 4GP3A 2D3PA 1D0HA 4XIKA 2KI6B 1AX1A 3LCPA 3A07A 2C9AA 1SLLA 3Q7WA 2A3XA 1ISXA 3WO3A 3AYAA 4Z8BA 2NVHA 4AVVA 1WD3A 1F31A 3FJCA 4M3CA 3MPPG 2ZZJA 3O4AA 1X50A 1FN0A 4Q27A 3USUA 3PMEA 3NV2A 1CE7B 1JT7A 2ZGRA 1NLSA 2EXJA 3I4IA 3O0VA 3Q7YA 2MIBA 2D3RA 1IHKA 3CA1A 4I37A 4LO0C 1DQ1A 1FQ9A 4JKXB 5D62A 4X38A 2EXHA 5D61A 2D20A 1ABRB 3O4BA 2DYCA 3FJEA 3W59A 3SNMA 4XKIA 3FJFA 1QQLA 2UWBA 5EG6C 3M3CA 2BEBA 1AVXB 2D7FA 1V6OA 2W08A 5T52A 2GNMA 1JT4A 1AVBA 3WZ1A 1IT0A 3BAGA 5GZDA 2WT0A 4I4RA 4DRVA 4AYUA 3AX4A 1FWVA 1QOSA 2E7QA 4QALA 2MLLB 1MVQA 3JU9A 1JXNA 1I1BA 4OEGA 3NBDA 4HA2A 1V00A 4R9CA 2NP0A 4JPZA 1LOGA 3FJIA 2WT2A 5DUYA 1SR4C 1UAIA 4KEJA 3UJQA 1GZWB 5DZFA 5IUQA 2DU1A 4XXPA 3AJ5A 1J0SA 2L5XA 1DIWA 4LO3A 5DUUA 1C1FA 1AJOA 1G8WA 3ZXFA 4XMIA 1LGBA 2JE9A 4G9MA 4Y26A 1V6IA 1S0JA 4TYSA 3BRGC 5FNXA 1JOJA 1Z4SA 1Y7BA 7I1BA 2NTDA 3I2AA 1KJLA 1NUNA 4Q9GA 3V0BA 4TZDA 3FLPA 3Q9OA 2P34A 1Q04A 3ASIA 1W6NA 3RTJB 4Y1XA 4XFTA 3B00A 5DUWA 3WVJA 2GNDA 1N1VA 4XMAA 3ZSJA 2ZGTA 1QDCA 1ILR1 4D0TA 4G6JA 4IZEA 3WV6A 2E51A 1I1EA 3MW3A 4XJ9A 4JKQA 1A78A 1ENRA 3I29B 1IS5A 2WSUA 5BVPI 1AFCA 1RMLA 4M3CB 4Y1VA 5CNAA 5GM0A 5D63A 4LO0A 1VAVA 3USUB 5DZEA 1QXMA 3GALA 4FPYA 3FLTA 1L2HA 4XTMA 2V5YA 4GXLA 4ISRA 1WBLA 2R1BA 2R9KB 4YGCA 1BXHA 1FYUA 3VT0A 1NXD1 3KMVA 2A3YA 1ENQA 1JQZA 3H0OA 2JECA 2A6YA 1Z0HA 3OBTA 1BYHA 5GZCA 4ZOTA 1C1LA 4HR6C 1A8DA 4XJ8A 3OJ2A 1FMZA 4YZ4A 1SZ6B 2ZR1B 1ULDA 1IILA 2D23A 3B9UA 2A6VA 1BFBA 1Q8SA 1SR4A 1HWOB 4QD2B 3WO2A 1EVTA 3A21A 4FQZA 2ESUA 1WBFA 1CONA 2SBAA 3HN1A 1Q1UA 3ZC9A 4FPEA 4ZLBB 3RMXA 4LO2C 2VXTI 3UJOA 1HKDA 4LO7C 1RINA 1YYNA 4YOLA 4D8HA 5E24E 2PELA 4QO3A 1XYFA 4YZ1A 3NJ5A 1HQLA 2UURA 2GALA 2JD4A 5BP5A 2FHRA 2X2TA 4OUJA 3BX1C 3WDYA 3OGGA 4U2AA 4J2XA 3B9CA 1Q03A 4UW5A 3AYDA 3BB2A 2VXRA 5EYXA 2AREA 1CIWA 2DUOA 2ZABA 5BQUC 4LBQA 5GALA 1KQRA 4ENDA 2D24A 2E6VA 4CJMA 1SCSA 2DURA 3H6SE 2A6ZA 5GLTA 4Y24A 1MD6A 1SLIA 1BFCA 3BAOA 4XHBA 4YGEA 4AVTA 4I4OA 1YRZA 1W3AA 3QR5A 4X37A 5KXEA 3V0BB 2WKKA 1K5UA 4PF5A 3SITA 2GNBA 2YZ4A 1W6NB 2DV9A 3VV1A 1N4KA 4WVVA 3P6JA 1HKNA 3IM7A 2SLIA 4PQ9A 1LECA 3FJJA 4OEEA 1V6LA 2H0BA 2OUHA 5HCAA 4WVWA 1S0GA 1VIWB 3WG1A 1BFFA 1MS0A 3POKA 1G9DA 1TEIA 5GLWA 3WCSA 4ZGRB 1ULGA 1DZDA 1MS1A 1LGNA 2GN3A 1F5FA 1QQKA 3NV3A 4LBJA 2F8XC 1SCRA 4XXAA 3B69A 3SH5A 4H55A 1Q8OA 1P63A 3ENRA 5GJ6A 1SLBA 4I4PA 2ZGOA 1YXWA 5CA6A 3V64A 4II0A 1QOOA 5JOYA 1IOAA 1UMZA 3AXDA 3POSA 1PZ8A 5E89A 3POWA 2F2FC 3F1RA 1SLCA 2NYYA 1V6XA 4F83A 2R0FA 4C1WA 3IPVB 4GKYA 1KDKA 2ZHNA 4P0JA 4IY9A 1DBNA 5T5LA 4BMBA 4YM2A 4FOYA 4UW6A 3POYA 4Y20A 3NBCA 4J2SA 4Q26A 4J2YA 4DENA 1T9FA 3CAHA 2D6PA 3AZVA 1W3FA 1S0LA 2PHTA 3ZYPA 3FJDA 1EYLA 2UUSA 5KXBA 2GN7A 2VW0A 4XILA 2ZHLA 3ZXKA 4I4VA 2G4IA 5F5QA 3ZXLA 2Y9XE 2NMNA 4UW3A 3WHUA 1TOOA 2JJ6A 1N1YA 1WW4A 2ZMKA 1OKQA 4ZFUB 5BQUA 3E8LC 1LU1A 1CESA 3ZPYA 3AJ6A 1FV3A 1KJRA 1W6MA 1AXZA 1UPSA 1TIEA 3FJKA 2J3PA 2FDBM 1R8OA 3VKOA 5GZEA 5G00A 1IS4A 1O4ZA 2EXKA 5H9PA 1LHWA 4LBQB 4FPLA 1LGCA 1I3HA 2ZGPA 3ILFA 2AQZA 5IK5A 1QDOA 4WZFA 5BYNA 2A75A 4YW5A 4M01A 1ULFA 1Q8VA 3AP9A 3GNEA 3NWKA 3OPZA 4P14A 1JN2P 2D6LX 1WBCA 4GP0A 2D22A 4I2SA 5DZUA 3SISA 4OWLA 3ILRA 3CA6A 3UL2A 4A7YA 4Y1ZA 4ZKTB 1QF3A 2UWAA 1DZQA 1APNA 4EFPA 1G9FA 1UN1A 3FJAA 1WLCA 1RZOB 1WLWA 3N7KA 4KEKA 1VALA 3ZXJA 4I96A 1N3PA 1LU2A 5GZFA 3BA5A 3PJQA 1Q8PA 2EAKA 2D7IA 4ZA3B 3AJZA 5DUXA 3Q7XA 3WUDA 3BAVA 2FO1A 2C5DA 3AZXA 2ZHMA 3K1XA 3AYEA 1B09A 2F2FA 1ISVA 5T5PA 3R4SA 3VKLA 3CA3A 3S8JA 1AVWB 1N3OA 4R6UB 2DTWA 4YM3A 4K20A 2D1ZA 4OWKA 4P0LA 2VUAA 3R05A 2LIQA 4AVSA 3NBEA 3FUQA 1DFCA 2CWMA 4QKRA 2ERFA 1BQPA 3CA5A 1QMJA 3D5OA 2ERMA 2LALA 4I4UA 1F9KA 1T4QA 2DREA 1HWNB 3O5SA 3T2TA 5BXRA 1UZYA 4Y20B 3WMUA 1RITA 2DWRA 3VEQA 3A22A 4LO7B 4R9BA 4DRRA 4L4IA 1IRPA 4R9DA 3CU1B 2ZGLA 5JDBA 1JYIA 2DS0A 2VSEA 3FJ8A 4CTEA 1SBDA 1PZZA 2GO2A 3O4DA 5FZYA 2W52A 2M49A 3OJBA 1A3KA 1TFMB 3VSFA 3INAA 3C9ZA 4I1BA 1BJQA 4P0KA 2AH2A 2ZQOA 2Q3NB 3OY8A 1G9CA 4HANA 1W6MB 3CNAA 1JT5A 1LHOA 4QKSA 4FOWA 2DTYA 1DQ5A 2VW1A 2YXSA 1GBGA 3DGTA 4A7ZA 4ATFA 1AXKA 1EPWA 2DRZA 1DLLA 3WDTA 3KM5A 3AH4A 2YV8A 3CRHA 1W6QA 5GAQA 1Z2VA 1LEMA 4USPA 3N35A 3HBWA 1KNMA 3I8TA 4H9WA 3IKWA 4J23B 4FOQA 4YLZA 2KI4A 5F8SA 3O49A 2YROA 5GLUA 1LESA 1HCDA 2CL2A 4K21A 2NM1A 4GAIA 2JDZA 2RQ9A 1M2TB 1MR5A 2DVAA 1Q8QA 4Y1YA 4YG3A 3VT1A 4X39A 1KDMA 3WUCA 1S0BA 2E53A 1V6VA 2HWMA 2ZGSA 2QN4A 3SNVA 4I4YA 3UD8A 1O4YA 5IT6A 1IKQA 4BMEA 4XFUA 1ISZA 1V6UA 4P9YA 3ATGA 1BARA 3QLQA 4AN7B 2BEAA 1JT3A 5LK5A 4XJUA 4BLIA 31BIA 2ZMNA 1G9BA 1FWUA 4FOVA 2GMPA 2D6KA 1GANA 3AZWA 2AUYA 2UWCA 3PG0A 3BOPA 2D6MA 4XZPA 4XHXA 2NMOA 1S0IA 1R8NA 4XIOA 3M2MA 3FLRA 2VU9A 3AYCA 1DYPA 4OZXA 4AN6A 2P39A 1RIRA 1ZA4A 1PZ7A 5FNWA 2VW2A 3AH2A 4ISQA 3T8SA 4YG6A 2K4AB 2ZGNA 5DZGA 1DQ0A 1CJPA 5T5JA 3BAQA 3JUUA 3AXEA 1W6PA 1HCEA 2XB6C 3WLUA 4G9NA 4LBKA 3W58A 1WD4A 4ZFYB 1DQ6A 3BTAA 8I1BA 2AENA 5T50A 4NO4A 4Q9PA 4Q8KA 2CY6A 5I1BA 2A71A 4AGRA 4EKXB 4FPOB 3MEPA 1C4RA 1FNYA 2NN8A 2W68A 2OW4A 4XBLA 2PHWA 2YUGA 3AP7A 3OY8B 3PUBA 2CWSA 1TTUA 1GZ9A 4KC3A 2W39A 5GLZA 4M3CE 1PWAA 3AP6A 1AJKA 1AXYA 3VKNA 2P3IA 1YTOA 1YBIA 3C2UA 2XG3A 1TWEA 2IWTB 1W6QB 5JLVA 1GZCA 3N7MA 1NZKA 1AF9A 21BIA 2EF6A 1LHNA 2GNTA 1LCLA 1W0OA 3IAGC 2P3KA 5E88A 4PCRA 1AXMA 1MS5A 4Z9WB 3AKGA 1LOAA 2CTVA 4EEEB 1CPMA 3WO4A 1QOTA 2Q5TA 4GOVA 1GKBA 1CR7A 3B3QE 4FPGA 3M1HA 1WW7A 5B2HA 5T54A 3RQ0A 5GZGA 3ILAA 4OEFA 2GZBA 2AR6A 5BXSA 3BIWE 3P53A 1N47A 3MALA 4GWNA 4GAFA 3OYWA 3ZXDA 3BA7A 1MVEA 2GMEA 2ES3A 3RSJA 2VLCA 3UD7A 3M3EA 4KBBA 1SBEA 1JLYA 1VLNA 5F8WA 2WNEA 4DQAA 1QNWA 1S0FA 2JE7A 2WSVA 1H9WA 3WCRA 4D0ZA 4I4XA 1XQNA 1DQGA 4EFQA 3BRFA 2ET2A 3V0AA 1DJSB 5EWSA 1FGAA 1OFSA 1S0DA 3LSDA 1E0OA 3B01A 4XBNA 3D6EA 1D2SA 3BODA 1FAYA 4GA9A 4LO2A 3UJ0A 1S0CA 3RS6A 1W6PB 4LBOA 2RG9B 4FQ4A 1PUUB 4WV8A 2ZBJA 4R9AA 3OGFA 3N0KA 4L4HA 1LEDA 4FP2A 2I2SA 4K1ZA 4FP3A 3T1MA 2ZGUA 1QKQA 4MYEA 2PHUA 4A7KA 2TEPA 3WDWA 1R1ZA 4XTPA 4Y22A 4YGBA 1WCSA 4GALA 4OWJA 1UL9A 2A5ZA 3A0KA 1JLXA 3SLIA 1FNZA 4DCKC 2MC2A 3CQAA 5JOXA 3O0XA 2A70A 3O44A 1LENA 4W65A 4ATEA 3AKIA 1EV2A 3APBA 2NZ9A 1DQOA 5T5OA 4Q2FA 2XOAA 5CBLA 3TC2A 1IKPA 5BXPA 2FGFA 2EXIA 2QYIB 3U4XA 1DQ4A 4YGDA 1FV2A 1GICA 3CA4A 3V65A 1LHVA 3EF2A 3ZSKA 4PBPA 3PVOA 1ITBA 4P9XA 4I3NA 4TLPA 1PUMB 4JRAA 3LSEA 5EC5A 2RSTA 4GOYA 4I8MA 2DVFA 1MS3A 5DSSB 2HZ9A 2D7RA 4NOTA 3IM6A 2HW9A 2ZKNA 3OYWB 2D6NA 3WG3A 2WRYA 3A23A 3TAYA 4D69A 3O12A 3CRIA 1II4A 3FGMA 1WW5A 4XJAA 1IJTA 5FZZA 1XHBA 4HJJA 4JQ0A 3ZSMA 1DFQA 1ONKB 2HYKA 5KXDA 4YW3A 3BA4A 1GSLA 4I1EA 1BASA 3OJVA 4BM8A 4WBCA 2ZA9A 1YIFA 1GYKA 2FMDA 4YZ5A 3AZYA 3V0AB 1TWMA 2ZACA 1AX2A 3RG0A 4QBVA 3FBYA 5DG1A 3A4UA 1MS4A 3RRDA 1K5VA 3D7WB 2D6OX 3OJMA 4P6AA 1IOBA 3AZZA 3JUTA 4YZ2A 2RHPA 4RA0A 1GNHA 2WLQA 2ZAAA 3CA0A 1FATA 1V6NA 2D3SA 9ILBA 4FVVA 4KEIA 4LBMA 1JHNA 4ITCA 1V6KA 3BADA 3S8KA 1JBCA 3DUIA 1U0AA 3AK0A 5DXDA 4JCKA 4Q1RA 1WUVA 2A6WA 2PHRA 4Y1UA 1UX6A 3ZXEA 2DUPA 2WBCA 1GLHA 1W0PA 1J1TA 1LOCA 2ENRA 1PZ9A 1ISWA 1MS9A 3WINC 1GGPB 4Y22B 4I7IA 4L8QA 5GLVA 2VH9A 5FRAA 1G82A 2GDFA 2DU0A 1S0EA 3WHTA 1HIBA 1WBAA 1YI7A 1ULCA 4LBNA 5HPZA 2E4MC 4DPNA 4PBOA 4XBQA 3VSZA 1MS8A 1LOBA 4M00A 5HCFA 1MZ5A 2WT1A 1BZWA 3HSMA 1XG6A 4G6MA 3VT2A 2V73A 1HQWA 1HDKA 2WQZC 3ZSLA 1SACA 4P9WA 5EXOA 2AGSA 3WG2A 4YW4A 4AGGA 3T1LA 3AFKA 1XZZA 2B7YA 5BP5C 1AVAC 3WDVA 3LTQA 3BAHA 1MZ6A 1AZDA 1UKGA 2P2KA 2Q9XA 2D44A 3CRGA 2PHXA 4ZBVB 1YO8A 5F9TA 1M16A 1FMMS 1ENSA 3MW4A 4HL0A 5CAZA 2DUQA 2E7TA 3UK9A 4GWMA 1KITA 2ZGQA 1RG8A 3ILNA 3WOGA 3OBRA 5JMCA 4FPHA 3N3HA 2OVUA 4YW2A 3HMYA 1TP0A 4FPJA 3SH3A 1H9PA 1SLTA 1GV9A 2Z42A 3AP5A 2ARBA 3NBNA 4YZ3A 2X2SA 1URXA 3UJ4A 1FX5A 3PVNA 1G7YA 1LOEA 3P6IA 2HWAA 2K8RA 3R4UA 3WG4A 4Q91A 5F90A 1CN1A 3V79C 3H6QA 2GMMA 4LO1C 4EB2B 4FPCA 5CB7A 1W6OA 3HOMA 3IIRA 1BKZA 4XOGA 1IS6A 1SBFA 3IPVA 5E8AA 3WNXA 3VUOA 4GKXA 5JVVA 2Z48A 2YMZA 4YW1A 5IK4A 3O3QA 3WINA 4X3AA 3FJHA 4YM0A 2Y9GA 5F8YA 5L73A 2A3WA 1WLDA 3O4CA 1HWMB 2IHOA 3WDXA 1VCLA 1YF8B 1JW6A 4QBCA 3RTIB 2AYHA 2E4MA 4IONA 2CYFA 1JTCA 5IK7A 3HALA 4IHZA 4USOA 2VY0A 3KQRA 4XFSA 2EALA 1GNZA 1ONAA 2CNAA 1DQ2A 1LJ7A 3RMYA 4YM1A 3L2YA 5KXCA 4XE9A 1CVNA 1ISYA 3IM0A 2AXMA 1H30A 3IM5A 2I1BA 1N1SA 5HCBA 1BA7A 1IS3A 3A0NA 4JP0A 4ZXKA 1QNYA 1KRIA 1G9AA 4I30A 2LIEA 3ZC8A 4DEPA 4AGVA 3QCWA 1N1TA 5DVHA 3H6RA 3FFZA 2R49A 3O4OA 2DVDA 2FFUA 4FPKA 4IQPA 1HWPB 3N7LA 3VKMA 2ZQNA 3WMVA 1LULA 4LO8B 4LBLA 1CPNA 4Q1PA 1QU0A 3NV4A 1ULEA 4XYXA 4BQ1A 2P3JA 1IRAX 2FFVA 2ZHKA 2KLLA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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