3ZXDA

Wild-type lysenin
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSENIN
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
total genus 55
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxdA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxdA02
2LIQA 2D7IA 3N7MA 3AH4A 1K5UA 2F2FC 1WBAA 4Q9GA 1II4A 1QXMA 1TWEA 2BFHA 4LO0A 4XFUA 1G9AA 3CRGA 1Z2VA 1XHBA 2VSAA 1PWAA 3ZX7A 4I4SA 3AH2A 3N0KA 3AJ5A 2FFUA 2VXRA 4EB2B 4I96A 4J2XA 1JLYA 4IONA 1F31A 2DREA 1DJSB 1AFCA 3O4CA 3IIRA 3FUOA 3FJEA 3WMVA 4Q91A 2ESUA 4F34A 3S8KA 4L4IA 2FDBM 2LIEA 1S0CA 3OJMA 4OWLA 5DVHA 1IJTA 4LO1C 1RG8A 1FMZA 3O4DA 1WD4A 3CAHA 5BXPA 3FJBA 3A21A 4TLPA 2HW9A 3H6SE 7I1BA 3FJJA 4F83A 1JQZA 4P0LA 2Q9XA 2WBCA 1G9BA 2MC2A 1E0OA 1S0FA 4X37A 1TWMA 3QR5A 4I3NA 1NZKA 2DS0A 4JP0A 3V79C 2P23A 4D0TA 3UJ0A 1BFFA 1CE7B 2KI4A 3AKGA 1ILR1 3ILAA 3FJ8A 2BEAA 3Q7YA 3WO3A 4KBBA 4X39A 1SR4C 3WO2A 1K5VA 4XKIA 4I4QA 5DUYA 2VU9A 5BQUC 3MALA 1R8NA 4H04A 4ZFUB 3BADA 3VWCA 5I1BA 3PG0A 3S8JA 2IHOA 1J0SA 1YTOA 2J3PA 3V0BA 1HCDA 2RQ9A 3FGMA 1Z0HA 1ISWA 4J2SA 3RTJB 4IYBA 2D43A 4DEPA 3C9ZA 2Y9WC 3O4OA 3BRFA 1DQOA 3CA5A 4D8HA 3H6QA 3IM6A 4LO2A 3CU1B 3K1XA 2XOAA 3AKFA 4I4RA 1HKNA 1JT3A 2Y9XE 1HWMB 1HWPB 2L5XA 1IHKA 1PZZA 1RZOB 2ERMA 2MIBA 4DCKC 3HSMA 4P0KA 3WMUA 4I2SA 4QBVA 4P0JA 4EKXB 1DFCA 3VT1A 1ISVA 1S0DA 2E4MC 2I1BA 5JMCA 4A7KA 1V6WA 4D0ZA 3V0AA 4IY8A 3MPPG 1Q03A 4ENDA 3CRIA 1JTCA 3BAHA 4KEIA 2VXTI 5BP5C 4JKQA 2D24A 5BOWA 41BIA 4IZXA 2KI6B 4I4YA 1Q1UA 4P6AA 1T9FA 1KNMA 1HWOB 2AFGA 4I4OA 3WA1A 4OUJA 3OJ2A 1ONKB 2NYYA 5EG6C 3VT0A 1XG6A 4II0A 1EYLA 1S0LA 2K8RA 3BB2A 4G9NA 4A7ZA 3NBNA 4DENA 3N7KA 1BLDA 4LO0C 4I0YA 1I1EA 3FJFA 3I2AA 4GP3A 4FVVA 3KMVA 2AAIB 2DRYA 4HJJA 3OGFA 3N7JA 2D20A 2HWMA 3Q7XA 4I37A 4HR6C 3WINC 1PUUB 2NP0A 3HN1A 3QYDA 4JKXB 2ZQOA 4QKRA 1S0GA 1TOOA 3O3QA 4LO3C 3P6IA 3O4BA 4G1RA 1HCEA 2Y9FA 2UUSA 4I4UA 3V0BB 3BA4A 1IRAX 1L2HA 1YF8B 5BXTA 3A23A 2K4AB 3CA3A 3UDAA 3UJ4A 1DQGA 4I6IA 1AVUA 1AVXB 4Q9PA 4J2KA 5BXRA 1EV2A 4ZFWB 1ABRB 3NBEA 3JUTA 3LLPA 4ISQA 4EFRA 4LO7B 3A07A 1NUNA 4LO1A 4G6MA 3ZC8A 1WBCA 3R4SA 4QD2B 5D63A 2ZQNA 5F8SA 1M2TB 3O49A 1JY0A 3BRDA 1TFMB 3AZWA 1FGAA 4OWKA 1ISXA 4USOA 4IHZA 1IOBA 1TIEA 3V0AB 4XFSA 1RMLA 1YXWA 3FJAA 2M49A 1AVAC 2Z48A 1S0BA 3H6RA 3BRGC 4IQPA 3T8SA 3FJKA 5EHAA 1SR4A 4I7IA 5EC5A 4ZA3B 3RTIB 2D1ZA 4QC4A 3RSJA 3F1RA 2FO1A 5FNXA 4G9MA 5BQUA 3CA4A 3VEQA 1TTUA 1BFGA 2NZ9A 3P6JA 1YYNA 4QKSA 1TP0A 3RMXA 3BAGA 3CA1A 1OQLB 3NBDA 2ET2A 1N4KA 5FZZA 4I1BA 4EFPA 2FGFA 4JQ0A 1VCLA 3OGGA 1ISYA 3AZVA 1MC9A 1Z4SA 3BAQA 1G9CA 3VT2A 1FWUA 4QBCA 2VUAA 1JT4A 3SNVA 1BFBA 1A8DA 3BA5A 1BLAA 1W3FA 3FFZA 3E8LC 2E4MA 4ZKTB 3ZXGA 1HIBA 2VSEA 4JPZA 3F62B 2AXMA 1V6VA 5B2HA 1M16A 2KH2A 5BP5A 4I4XA 4JRAA 2GO2A 4QALA 1HWNB 4X3AA 1QQLA 4X38A 3VUOA 3CQAA 4I8MA 1ISZA 2KLLA 4G6JA 4GAFA 4GOYA 1YBIA 3OJVA 3O44A 4LO8B 4OEEA 1MD6A 3FJHA 4Z8SB 2K43A 1IRPA 1ITBA 2F2FA 1V6XA 1BASA 3WO4A 3OBRA 3R4UA 3ZC9A 1G82A 3AKIA 3UD7A 4QO3A 1BARA 3LTQA 4H9WA 4GP0A 1FN0A 1W3GA 1XZZA 3O4AA 3O5WB 2D23A 4CJMA 4WBCA 3H6RB 3TC2A 6I1BA 1I1BA 5E24E 4GOVA 3Q7WA 5F8WA 4EFQA 4OW4A 3WINA 3A22A 3BAOA 3NJ5A 1GGPB 3POKA 3ZXDA 3PMEA 2F8XC 2GZBA 1DFQA 1W3AA 4LO3A 3UD9A 2FFVA 21BIA 3D7WB 3CRHA 4KEKA 1P63A 1QQKA 4ZLBB 2NTDA 3N7LA 5BXSA 3BTAA 2MLLB 1DZDA 3BX1C 1WD3A 1DLLA 2QYIB 2R9KB 3FJCA 4ZGRB 1FWVA 2BEBA 1SZ6B 4R6UB 3EF2A 3CA6A 4AN7B 4FGFA 3JRRA 3FJDA 2IWTB 1DZCA 3AH1A 5DSSB 1XYFA 3IAGC 5HPZA 2Y9GA 1IILA 2X2SA 5FNWA 2Q3NB 2AQZA 3IM7A 3BAVA 2D7RA 5G00A 4KEJA 2D22A 1PC8B 3FJ9A 3HALA 4ZOTA 1AXMA 1JT5A 2RG9B 4ISRA 3I29B 1FV3A 2HWAA 3W9TA 4LO2C 1R8OA 2P39A 4KC3A 4L4HA 3PHZA 2KKIA 2VLCA 5JLVA 4GAIA 1D0HA 1FQ9A 4LO7C 3AKHA 5F90A 1BFCA 1T4QA 4A7YA 4I1EA 3RMYA 3AJ6A 3IM5A 2ZR1B 1FV2A 1AVWB 4QD2C 1IT0A 4ZFYB 5FZYA 1EPWA 2DRZA 3FJIA 2NM1A 2WRYA 4YOLA 3FUQA 4OEFA 4XFTA 4OWJA 1RY7A 4Z9WB 3HOMA 3HBWA 3I2XA 4USPA 3VSFA 2QN4A 9ILBA 2HZ9A 5BVPI 31BIA 2D44A 4IZEA 4IY9A 4PC4A 3BAUA 4OEGA 5D61A 3B9UA 5D62A 1DIWA 3CA0A 1V6UA 4JAWA 4AN6A 3VSZA 3P53A 1PUMB 1Q04A 1AF9A 2YUGA 1CVSA 4J2YA 3HMYA 4J23B 3OBTA 4EEEB 2X2TA 1UPSA 4HA2A 3PUBA 5F8YA 2RSTA 4I4PA 4ZBVB 3BA7A 4I4VA 1BA7A 8I1BA 1JLXA 5FZUA 1EVTA 1JT7A 3UD8A 2Z49A 3NBCA 1FMMS 1S0EA 1G9DA 5GAQA 2NVHA 5DZUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GZCA 2BVVA 4UT5A 3N7MA 3PMSA 4Z07A 3WHTA 3ZYFA 3IZOA 3JB4C 2V5DA 3NMBA 5A7OA 3SEEA 4Q9GA 1II4A 1TWEA 3E5UA 2BFHA 4XAEA 4QX8A 2D5HA 2HWB2 3BTXA 1PWAA 1MPXA 1QJY3 4P9LA 2GDFA 4UFMA 5FFOC 1PM4A 5C71A 1ZBE2 1AXKA 2V73A 3AZYA 4XTPA 3N0KA 2ETEA 1UYPA 2HH9A 4XUTA 2VNOA 2HEWF 4NUBA 5A1LA 4UFLA 4X6QB 1F31A 3RI8A 3POBA 2FDFA 3B3QE 4QKNA 1VBD2 3MUZ1 3KCYA 4UBGA 1XU1A 2E51A 2VZRA 2W1SA 4L4IA 1V6KA 1Y7BA 1R1ZA 4OWLA 4XIKA 4NHMA 5FO8B 3RYRA 3GF6A 5IFTA 3BI3A 2QQVA 2GSYA 2WZPP 1AL22 1GKBA 5FPAA 2OVUA 4A41A 3VDDC 3MZHA 1ZREA 4FSJA 1FMZA 3CAHA 1LULA 5D8AB 3WG3A 4AVVA 4LHNA 4CU8A 1VBE2 4F83A 3OG2A 4ARXA 3OOXA 3NBDA 1N3QA 1K5MC 2GC1A 2JEMA 3OB8A 1VBC3 4QPIB 2WFPA 4MHUA 4NROA 3IT8A 4O65A 2HWF2 3AP4A 1UO9A 4DXTA 4BH9A 3MLKA 3OPTA 2EF6A 2WDBA 3RVHA 1AJKA 1NZKA 4RA0A 1UCXA 3CJXA 3H3UA 3VL9A 1ND2C 1NZCA 4JKKA 1RITA 3UYJA 1UXXX 3E1F1 2WO2A 4EV0A 4DNYA 3PVEA 1D4M2 2KI4A 4LBKA 4G3YC 5FXZA 1RUH3 2YY1A 4IUGA 1D2SA 2HEVF 1SLIA 1GOGA 3AKGA 4TLFA 1NY71 2BEAA 1GSLA 5J36A 3BYWA 3UJQA 2OZJA 2W2IA 1DGRA 3OJBA 3ZN5A 3ZO0B 4CEYA 3QD6A 2RS53 2DUQA 2Q1FA 4GKYA 5IJRA 1TZOA 2QBXA 5H9QA 1JYXA 3K4AA 4LBQA 2PHXA 3AJYA 5LRSA 4QM9A 2D3PA 1R8NA 3MALA 4LPLA 4OUMA 3BADA 3VWCA 5I1BA 2ZABA 3ZN4A 2IHOA 1PVXA 4YG0A 2WZR2 1F35A 1FMD2 2J22A 1WMEA 2XJSA 4HSLA 3X29B 3ZXFA 3V0BA 1XC6A 2D20A 1GP4A 2A6XA 2DVBA 4OUEA 1QQP1 3FGMA 1RB8G 4XABA 4EN0A 4MXWA 1WLDA 2XMLA 4MSVA 4JHTA 1TME2 4UI9L 4RR3C 1AX1A 1NG0A 4UWDA 1O3SA 5F6KA 4QXHA 5FYCA 3ZR6A 3CA5A 1J83A 3ZPYA 2W3JA 1HRI2 4D8HA 1BMV1 1OLME 4XDQA 3N9OA 4CDXC 3QACA 1UU5A 4FP3A 4DPNA 3CKHA 4YFZA 5JZGC 3HBZA 3V56A 3HQUA 2L5XA 3WNKA 2DBNA 1V6NA 4OMCA 1O5LA 4URTA 3SKJE 4K21A 2ZGTA 4C0HA 1F5FA 2OXBA 3HSMA 1QDCA 4EWEA 1AHSA 2VZOA 3NAPC 3THPA 3GBWA 4XUPA 4I30A 4TTGA 5LEJA 2F17A 4FPJA 2CAUA 4J1XA 4EKXB 2R062 1S0JA 2QQIA 2Q9XA 4IE0A 4NPRA 1EAH1 1G7YA 1DFCA 2VZ1A 2ARBA 2RDNA 4CRQA 3J7LA 3VT1A 1GQGA 2W46A 4HETA 1PNFA 1RVF3 5B2GB 1V6WA 4BM8A 2VMFA 1V6LA 4ZPIA 5JXIA 2K46A 1NA1A 1QXRA 2C1FA 1OFNA 4OI2A 4UW4A 4HT1T 5FMOS 4R9BA 2HJIA 1IZ3A 1IS4A 3GZAA 2OIIA 4MLOA 4JKQA 3U4XA 1X33A 3VLBB 4MYEA 1XYNA 3VD5A 3LDBA 3B9CA 2X5IC 5A3TA 3T1LA 4AQ6A 3EMRA 1KNMA 1LR5A 1QJU1 3EHKA 4B7KA 3OY8A 1CPNA 4AQTA 4OMDA 5ABJC 3WX5A 4I4OA 5ANNA 3WA1A 1XNBA 1UXZA 2J42A 2YC4A 3J7HA 5CEHA 2HYKA 4QKFA 3OBAA 2WO3A 2XWJB 3OJ2A 4IV1B 4LKEA 5C3PA 1ONKB 4AVSA 1SCSA 1ZZ7A 3KCCA 5CU1A 5EG6C 3VT0A 1JZ6A 1XG6A 3LEKA 1J58A 2P37A 2OUJA 1H6XA 4YRDA 3U78A 3ZIWA 4A7ZA 1R64A 2ATFA 2VULA 3THDA 4EYUA 3HWJA 4WVMB 3WZ1A 5HCHA 4AVAA 1HB2A 2JG8C 1BYHA 1W3XA 3EO6A 4FVVA 4I02A 1W99A 2YC0A 5FYHA 2LM3A 4HJJA 1AXZA 3R0RA 4GB31 3ZSEA 3N7JA 5FY8A 1U5XA 3UDAA 4XHXA 3I2HA 3VBOB 4D94A 4I37A 2OQ6A 1VBC2 2QVSB 2HBTA 4ZS2A 5GKAC 4BMBA 4C91A 2UWBA 1PUUB 4IDZA 5F3GA 3WG4A 2VXJA 2A75A 4COYA 4CEYB 4RS5C 1COV3 1CESA 3USSA 5LEKA 2YHJA 3WQBA 2IFWA 4B7EA 4CCDA 3M8LA 4Q0VA 1JYWA 2WFF2 2ARXA 2E7AA 4IEVA 3AKQA 3GALA 3P6IA 1DYOA 4YVWA 3I2KA 3QCWA 2PHDA 4FP2A 3HBKA 5H9SA 4WVWA 5F3CA 2WN3A 1V9U3 2C26A 3V0BB 5A3UA 3VN4A 4GQ7A 3CHXA 1IRAX 1RUH2 2WBCA 1W0NA 4MXWB 4QQ2A 1AYN3 3DUIA 5I8SA 1VBA1 4LBLA 2ZMNA 2RS33 1US2A 2WQ8A 1JZ2A 1POV0 2UY9A 4HVRA 3MW3A 3TEXA 3RYKA 3GHMA 4FPHA 4Q9PA 1N4KA 4J2KA 2RS52 2ZBJA 2W1WA 1LU2A 2JDKA 2PYTA 2XLAA 2XWBB 4LKFA 4CEWC 1ZRFA 1WW4A 5A6XA 1QMJA 4WM8C 2RMU3 2DCKA 5DG2A 3AZXA 4ZXKA 1V00A 1NUNA 2X09A 2G9ZA 2HLEA 5CBLA 3VHNA 2VMDA 3R4SA 5LRRA 2W91A 5F32A 4J1WA 5C7GA 3O1TA 1DYKA 3H1WA 3NQHA 4Z82A 3T2OA 1FOD3 4MUVA 1ONAA 3K46A 4L97A 4XPVA 4N43A 4KU8A 4R52A 1QGLA 3I4IA 1X8MA 1MEC1 2J7MA 2BU9A 4H2AA 1JY0A 1PGL1 3M3OA 3O49A 1MS4A 4OWKA 3BRDA 5C9AA 3HIFA 1ASJ3 4HK8A 2E7QA 4IV3C 4NPLA 5DZEA 3WP6A 1TIEA 2VMIA 3C3VA 4E8CA 4FPLA 2VM9A 1BCXA 3MV11 2IFRA 3MDPA 3Q8FA 1YQ2A 4QX3A 5IUQA 4XFSA 1NA1B 4XUOA 1REEA 2R32A 4K6BA 5A7NA 2VO5A 2CYFA 1LGCA 1KJLA 3LIHA 2A3XA 1S4CA 2HWC3 2A6YA 4NR1A 4JCKA 4HLTA 4NHKA 1CZVA 2I07B 2WS93 4MVTA 4GJYA 2ZEYA 4PF5A 4OZOA 5LASA 2VQ0A 1SBDA 3OY8B 5EC5A 4QMAA 4UAPA 4EZHA 4GWJA 1IS3A 4CUAA 2RDQA 4MGTA 3N35A 4EROA 2ZGUA 3F1RA 1RVF2 4W6WA 2K0GA 2VMCA 1IPKA 5BQUA 5CIRA 2DFCA 2P2KA 2ZMKA 3UESA 3NV2A 4DS0A 1PO23 3U0ZA 4CDQC 5DAWA 1O4ZA 4DEVA 1WUVA 4LOTA 2VVEA 3NNJA 1MVQA 1QJFA 3BKZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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