3ZXDA

Wild-type lysenin
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSENIN
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
total genus 55
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxdA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxdA02
5DZUA 3WMVA 5BQUC 4HA2A 4G9MA 1AVUA 1TTUA 2GO2A 3SNVA 2HWAA 1W3AA 3BX1C 3OJ2A 1MD6A 3BADA 3HMYA 1G9DA 3FJAA 3OGGA 4A7KA 4EKXB 4IONA 3O5WB 1FMMS 1Q04A 3OGFA 2WRYA 4QBCA 3N7LA 3Q7WA 2R9KB 4X3AA 4OWLA 4A7YA 4ZFYB 1OQLB 4LO0C 5DUYA 3FUQA 1JQZA 1K5UA 2VU9A 4AN6A 4WBCA 3P6IA 2DREA 2DS0A 2BEBA 1EVTA 3O3QA 3C9ZA 5DSSB 1BFFA 4I4PA 5I1BA 5HPZA 2ZQOA 4ISRA 1UPSA 1JTCA 1TFMB 4LO8B 4I7IA 3BAHA 1XG6A 3NBNA 2M49A 1I1EA 3FJ8A 1M16A 1S0EA 3O4BA 3S8KA 4OEEA 1W3GA 2E4MC 2NZ9A 1V6VA 4I2SA 2D22A 3AH4A 3HOMA 2HWMA 3PUBA 4HJJA 4I4OA 3VWCA 2IWTB 4CJMA 5BP5A 1JT5A 5D61A 5FZUA 1AVAC 5FNWA 1ILR1 4X38A 5BXRA 1EYLA 3NBDA 1P63A 3O4DA 1XZZA 2YUGA 3BAGA 1HIBA 4LO3C 1ABRB 1FWUA 3TC2A 3WINC 4JKQA 3AKFA 1IHKA 3QR5A 3HBWA 1M2TB 3BAUA 21BIA 2MC2A 4XFSA 2D7RA 3AKIA 1AXMA 4ZA3B 5D62A 1IT0A 2XOAA 4H04A 1JT7A 4KC3A 4I1EA 3FJKA 3WO4A 4A7ZA 2LIEA 2FDBM 1HCDA 1BFCA 3JRRA 3RSJA 3KMVA 3AJ5A 4FVVA 2NTDA 1K5VA 2I1BA 1F31A 3JUTA 4J2XA 5BXTA 3WO2A 4ZBVB 1JT3A 1IILA 4OWJA 1TWMA 3ZX7A 2BEAA 1W3FA 1DIWA 2NVHA 5BQUA 1PUUB 4ZFUB 2J3PA 3H6RB 4I4XA 4D0ZA 3BRGC 3O49A 4JQ0A 3IM7A 2KI4A 5JLVA 4IHZA 1Z4SA 4I4QA 3ZXDA 5B2HA 4JRAA 3BAVA 5FZZA 1NUNA 2RSTA 2K4AB 4P6AA 1V6UA 1WD3A 2D24A 1AVWB 2GZBA 3R4SA 4Q91A 1ISXA 2UUSA 4LO7B 3H6RA 8I1BA 1QXMA 4LO1C 1ISZA 2NYYA 3I2AA 5EHAA 4QD2C 3N7MA 2VLCA 2BFHA 4G6MA 4LO2C 3WMUA 1T4QA 3IM6A 4ENDA 3UJ4A 3CU1B 3QYDA 4DCKC 1JT4A 1R8NA 2FFVA 1SR4A 3P53A 1DFQA 5EC5A 1AF9A 3CAHA 2E4MA 4IZEA 1DQOA 1YYNA 4I4RA 4I4UA 5D63A 5F90A 2Z48A 1PWAA 2P23A 4I96A 5F8WA 3CA1A 4I8MA 4ZGRB 3AZVA 5BVPI 4OW4A 2P39A 3VT2A 3ZC9A 1YXWA 3S8JA 5F8SA 2KKIA 4D8HA 3FJBA 3EF2A 1VCLA 2NM1A 3AZWA 4OUJA 2QYIB 3V0AB 3R4UA 1SR4C 4G1RA 1BARA 3OJVA 1FWVA 3I2XA 3OBRA 1ITBA 2AFGA 1TOOA 4LO3A 2FO1A 3A21A 1ISYA 3A23A 4LO7C 3WINA 3NBEA 5BXSA 3O4AA 3CRIA 2KH2A 3F1RA 1YBIA 3NBCA 3CRHA 4I1BA 3F62B 4I4VA 4OEGA 4GP3A 3OBTA 1JLXA 4X39A 3E8LC 4J2SA 4JKXB 1S0FA 4G9NA 4EEEB 4KEIA 4F83A 1YTOA 3V0AA 3POKA 1E0OA 2Y9WC 4KEJA 4J23B 2RG9B 3HALA 4QKSA 3H6QA 3T8SA 4ZOTA 2FGFA 5BXPA 2D7IA 1D0HA 1DQGA 3RMXA 2VUAA 2F8XC 3N0KA 3FJ9A 4XFUA 2Z49A 3BA4A 4KBBA 4QD2B 1AVXB 5FZYA 1G9CA 4IQPA 3D7WB 1A8DA 1Q03A 3LLPA 4Q9GA 3PMEA 31BIA 4I4YA 1HCEA 1Z2VA 3A07A 3VSZA 3FGMA 2LIQA 1DFCA 2KLLA 2VXTI 3HN1A 5G00A 4Q9PA 3O4CA 3CA0A 4GOYA 1BFGA 3UD7A 3VSFA 3FUOA 4LO1A 4EFRA 1HWPB 5E24E 1WBAA 2HW9A 1S0BA 4USPA 4IYBA 4XKIA 4P0JA 4LO2A 2ZQNA 3RMYA 2X2SA 3FJEA 2D23A 3BA5A 4ZFWB 3W9TA 2MIBA 2HZ9A 2Y9XE 3WO3A 3IAGC 1EV2A 2D20A 1IRPA 4EFQA 4II0A 3MPPG 1II4A 4EB2B 3FJCA 3BB2A 1PUMB 1PC8B 2IHOA 3BRDA 3FJHA 3N7JA 3UJ0A 3FJJA 4GAIA 1XYFA 2ESUA 4FGFA 3ZXGA 5JMCA 1PZZA 4XFTA 1RMLA 4KEKA 3PG0A 2D44A 4L4HA 2Y9FA 1FGAA 2K8RA 1MC9A 3CA5A 2Q3NB 2ZR1B 4IZXA 1BLAA 3P6JA 2KI6B 1N4KA 1ONKB 1RY7A 2VSAA 1S0CA 4OWKA 1TIEA 1HWOB 1FMZA 3Q7YA 1IRAX 2FFUA 1QQLA 4IY9A 2NP0A 1GGPB 3AH2A 2K43A 1HKNA 4H9WA 3UD8A 3AH1A 1CVSA 7I1BA 3A22A 3IM5A 3CA3A 4DENA 1RG8A 1DJSB 4I3NA 4L4IA 9ILBA 1T9FA 4TLPA 2Y9GA 1DZCA 6I1BA 2D1ZA 3RTJB 3NJ5A 4OEFA 1QQKA 1R8OA 3O44A 4JPZA 4QBVA 4EFPA 4ISQA 3ZC8A 1J0SA 5GAQA 1RZOB 3FFZA 3BRFA 3H6SE 4Z9WB 1NZKA 4USOA 3VT0A 1JLYA 4Z8SB 1WD4A 1HWNB 4I0YA 4GAFA 3B9UA 3CQAA 4ZLBB 4QALA 2AXMA 2VXRA 5FNXA 2DRYA 5BOWA 4QKRA 1S0GA 1ISVA 4QC4A 2QN4A 4ZKTB 4G6JA 4HR6C 5EG6C 1Z0HA 1IJTA 3K1XA 3I29B 3VUOA 3BAQA 3CRGA 4GOVA 1AFCA 1FQ9A 4J2YA 3OJMA 2MLLB 3BAOA 1TP0A 2X2TA 3UD9A 3V0BB 3N7KA 1G9BA 1G82A 2ET2A 1V6XA 3RTIB 2F2FA 3AKGA 1L2HA 3VEQA 1DZDA 4YOLA 4IY8A 1FN0A 4P0KA 3FJFA 1CE7B 1FV2A 2D43A 3BA7A 3V79C 4R6UB 4JAWA 2VSEA 5BP5C 2AAIB 2DRZA 4D0TA 4I4SA 3IIRA 3AKHA 41BIA 1BFBA 1BA7A 3WA1A 4F34A 2AQZA 1Q1UA 3Q7XA 3CA4A 4AN7B 3V0BA 1KNMA 1ISWA 1FV3A 4X37A 3VT1A 1HWMB 1JY0A 1EPWA 2ERMA 3LTQA 2Q9XA 1G9AA 1V6WA 1TWEA 3FJDA 2F2FC 1SZ6B 2L5XA 1S0DA 4I37A 1WBCA 1BASA 3UDAA 4JP0A 3CA6A 1XHBA 4P0LA 4QO3A 2RQ9A 1IOBA 3ILAA 3O4OA 3PHZA 3AJ6A 3BTAA 5DVHA 3MALA 4PC4A 1DLLA 4GP0A 3HSMA 1BLDA 4J2KA 5F8YA 3FJIA 4DEPA 4LO0A 1I1BA 4I6IA 2WBCA 1YF8B 1S0LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ASJ3 4R8HA 4XEZA 1Q8OA 5FZ4A 4HA2A 4G9MA 4NHKA 4COUA 2GC0A 4IEUA 4AFCA 2FMDA 1F8VA 4TSVA 1W3AA 2QQNA 4F3JA 5C5UA 3WNMA 1MD6A 3BADA 1POV3 3HMYA 1G9DA 5IK7A 4H3WA 3FJAA 1VAMA 3OGGA 1LAJA 4IONA 2WWJA 4XTMA 3WF3A 1CAVA 5IATA 1FMMS 4YLZA 1XSRA 1XYPA 2WNVA 3J8F3 5LBCA 5IVJA 1OVPA 2WABA 5D1IA 3VHNA 2IXLA 2VW2A 2X8KA 4BQWA 1ND2A 2BNNA 2BFUL 4XF4A 4AN6A 1AR92 2DCZA 5FOJB 4QQOA 2I2SA 3J7NA 4Q9GA 3VD4A 2J42A 2DS0A 3KF5A 3DN7A 5CADA 3AP5A 2VNRA 1W0PA 1WCDJ 2Y0OA 1EVTA 3J26N 2I45A 3OSDA 5F39A 1ULGA 5F2SA 1GV9A 1GZWA 5I1BA 3WQBA 5KC6A 2ZQOA 1TQ5A 2VTXA 1QJEA 1UPSA 3WP5A 1W05A 3ES1A 3I3QA 2QQPA 1O3SA 2QNKA 4DRRA 1NT0A 3VKNA 3NBNA 1VRBA 1XNCA 4E9KA 4CDXC 1I1EA 1CAWA 2M49A 1UMIA 4MZFB 1O8PA 2QZ2A 5DAWA 3ZM8A 4C91A 4NIDA 4UF0A 1M16A 4M4RA 3ZFGB 4XF3A 3O4BA 1AR71 5FAXA 3H7JA 4XMIA 4OEEA 2NZ9A 2YGLA 2D6LX 5LBEA 2EXJA 2XHKA 1OA4A 3D82A 3PTYA 4I0BA 4QX8A 5KHHA 4MXWA 1JN2P 2WN3A 4I02A 3I4IA 2GNMA 2PYTA 5DUVA 3EO6A 3LEGA 1QQP1 1HRV3 2FZ1A 4XF9A 5LK7B 3PUBA 3BTZA 2YU2A 3OCPA 3OGVA 1PGW2 5L7OA 2AGSA 1OLQA 3NL1A 2VCAA 2ZGUA 4OYUA 5TSWA 1W8HA 1JOBA 2YHJA 4WM7C 4ZU7A 1DYOA 3H3ZA 4IEZA 1ODMA 4YSFA 5FNWA 3H3LA 2J7MA 4CDWC 4URAA 5K9YA 1ILR1 4X38A 5BXRA 1TMF3 1EYLA 2R071 3SMHA 2VECA 2WSUA 3ZYPA 4IEQA 3WSOA 2HWE2 1PMIA 1DGLA 2R041 2WFF2 4K6BA 3THCA 4JKQA 2HWF1 2VNOA 4LKSA 4RD7A 4ATEA 3FHIB 4X6RB 5C8CA 1IG0A 3JQWA 3SCGA 3BAUA 1HXS3 2CDOA 4QWNA 3T3YA 3FJSA 3VN4A 4IL7A 2MC2A 4O65A 3KV5A 2PHFA 1IT0A 1VBB3 4R4XA 2JG9C 4EN9B 1Q8VA 5IVCA 2PHUA 1QEXA 1QH6A 2VZSA 4CUCA 1JT7A 3WO4A 3WX5A 1NQDA 1W3XA 2J1UA 1W6QB 5FO9B 3BUCA 4JDMA 2DUPA 5CA6A 1BFCA 3RSJA 4XHBA 5CVRA 4I3GA 4CCJA 4DS0A 4PHZA 2NTDA 4LHNA 4DMIA 3JUTA 4N8MA 4AF9A 1IILA 4OWJA 4FOVA 3KD4A 3RQ0A 1OBNA 4QPWA 1DIWA 4ASLA 4GB33 5BQUA 2WWSA 3Q8EA 4C0HA 4N9IA 4OI4A 2XHNA 3E5QA 1VPHA 1XQNA 4JQ0A 4Q4W3 4WBBA 4P14A 4Q1PA 2Q1MA 4QDSA 4Q4X3 3IM7A 2KI4A 2HWC3 3AP7A 4CE8A 1I5ZA 4IHZA 1LR5A 4Q8LA 3M1HA 1Z7S2 2MNGA 1QJX1 3AKQA 4AG4A 5KC5A 5FZZA 2VXJA 1YI7A 4GWNA 2XDVA 1LJ7A 1RYYA 2VMGA 3OEBA 1RITA 1RUI2 4WVWA 4DB5A 2RSTA 1HQLA 2WNUC 1V6OA 1WD3A 1W2NA 3K4AA 4FT8A 4ZU5A 5FYIA 2CV6A 3KGLA 1SFYA 2SLIA 2QVSB 3R4SA 3T2OA 1EPZA 1JU3A 4XW3A 3ZMOA 5A3NA 1C57A 4I0WB 4LO7B 1REEA 2D6NA 4K7JA 3H6RA 4LEJA 3U10A 1R1A2 3H7YA 5ACA2 2HLEA 5EHAA 1H8TB 2C5DA 4LBLA 2MHFA 2ORXA 3AZXA 4NHMA 3S7EA 1K5MA 4LO2C 3BTXA 2XQXA 1IS3A 2TNFA 3WQ1A 1T4QA 4HMZA 1IZ3A 1PMHX 3HOBA 4NIGA 3DV8A 1CJPA 3PU3A 5FO8B 4KBZA 1JT4A 3WCSA 1YFUA 1C3HA 1YQCA 3LDRA 3QH7A 1DFQA 1POV0 4RS5C 4IV3C 2HWB3 4GWJA 5D63A 4I4RA 1N3QA 1H2LA 1EAH2 4QGMA 1X7NA 1IS4A 1BQPA 4JKMA 4EN8B 3POWA 1JZ7A 3CA1A 3K3OA 1KRIA 1UW8A 3D5OA 2AEZA 1L7LA 2P39A 3I2JA 3ZR5A 3GZAA 1CD3G 2IC1A 4Q4Y1 2PELA 2ZGKA 5A33B 2ZJCA 5GLZA 1UX7A 2GAUA 3WDTA 1V9U1 4BQ1A 3FJBA 3IB3A 3I97A 3LQCA 1EV12 3POIA 1F15A 1UIKA 3BGAA 1OLME 4GIQA 2CY6A 3HJRA 1H8VA 1PIV2 4NRPA 4YM3A 1QJY1 1GOFA 3NKGA 4G1RA 3ME2A 3AFKA 3AKSA 1U5IA 3AP6A 3ZXFA 5A6YA 2AFGA 2WLPA 4M3CF 2YU1A 2CGOA 3A21A 1CVNA 2VZPA 1R082 3J7MA 4DY5A 4AQ6A 1AYM2 4JGYB 3KCCA 5F5QA 5KHJA 1QQP3 2OZ6A 4YW4A 3F95A 1W9SA 4OEGA 4OI2A 1D2SA 2ZAHA 3OBTA 4GALA 2PN5A 2AENA 2B4KA 2O14A 4J2SA 3VD9A 3KF3A 1OHFA 2CGNA 4CDQA 1VAVA 4P08A 3S0MA 4F83A 4EN6B 1YTOA 3KV4A 3JBG2 2PXJA 5C4WA 3H8RA 3POKA 2XL7A 2R073 2WJSA 1JXNA 2Y9WC 5A7NA 1QHDA 2WNUB 3ENRA 3KZ4C 4KEJA 1UY1A 4XURA 2R043 2D5HA 1KS5A 3ZFEC 4LUMA 4MGZE 3H6QA 1WMEA 2HWF3 4FAHA 3AKTA 3KMHA 4NRMA 1NCRC 3K77A 2VUAA 3RMXA 4CA9A 1DQ4A 4CCEA 1MQTA 1NG0A 2BWCA 3ELNA 4K3UA 2Z4FA 3MICA 3Q8CA 2A6WA 4IEOA 4E2SA 3BA4A 1ENSA 4IE5A 4KU8A 2SBAA 4Q0SA 4GD4A 4CEYC 3SEPA 3QCWA 4WM8A 4GH4B 1AXKA 3ZR6A 4AVBA 3E6CC 1A8DA 2YBPA 1Q03A 3ZKYA 4ATFA 4ONUA 5C33A 2ZBJA 2BFUS 3VZJA 1REFA 5C9AB 3NRUA 1SBFA 4O9GA 1O8SA 1ZZ8A 1UXXX 1V00A 4TWTA 4E4SA 1W6PA 4UW5A 2LIEA 2OUJA 3SKJE 1STMA 3FGMA 3EYPA 4HVOA 1DFCA 2P1BA 3H8UA 4IV3B 3AB0A 4Q9PA 2DVGA 3O4CA 3DCQA 4AI2A 3UD7A 4XUPA 5E88A 1AJKA 1FT9A 4LO1A 4EFRA 1MS0A 3Q9OA 4YARA 5E24E 4QD2A 3O0VA 1W03A 2VZUA 4USPA 4XKIA 2C26A 3AJYA 5FZCA 1QOTA 2HBUA 2BERA 3LPFA 4BE3A 1IOAA 1QJX3 4RHV1 2X2SA 3WDVA 1JZ6A 3BA5A 1WLDA 1VBA3 5DDJ2 1LKNA 3ABZA 1AL22 4ZFWB 2MIBA 2Y64A 1EV2A 4UW3A 1MS8A 2D20A 3ON7A 1MS5A 3USSA 1IRPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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