3ZXDA

Wild-type lysenin
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
molecule keywords LYSENIN
total genus 55
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxdA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxdA02
2P39A 31BIA 1FWUA 1W3FA 4QKSA 1HWOB 2ZR1B 1S0GA 3FJJA 2D23A 1RY7A 3NBCA 4ZOTA 4GAIA 4X3AA 4OWKA 4A7KA 3PHZA 3KMVA 3FJBA 4FVVA 3N7LA 4D0TA 4Q91A 4GP3A 4HR6C 2DRYA 3CQAA 4I4XA 1HWPB 1SZ6B 3CAHA 1BA7A 3A21A 3CA1A 2Y9XE 3PMEA 1BFFA 5BXRA 7I1BA 5FNXA 5F8SA 4ZLBB 5F90A 4ENDA 3SNVA 1V6UA 4LO0C 4OEEA 1RMLA 1T9FA 4USOA 4I4OA 2ZQOA 2D1ZA 1TFMB 3ILAA 4QBCA 4IYBA 4OEGA 2VSAA 3OBTA 1S0BA 1Q04A 2AQZA 3VT2A 2D44A 2HW9A 1JLXA 3V0AB 2P23A 5FZYA 4EEEB 4J2SA 5BQUA 4I4QA 1NZKA 2DRZA 1ISWA 3JUTA 4R6UB 4KEIA 2Z49A 1CE7B 3BAUA 3BX1C 1M16A 1D0HA 1V6XA 3AZWA 4JAWA 3IIRA 4JPZA 3Q7WA 2WRYA 4D8HA 21BIA 1JT5A 1SR4C 4I6IA 4XFUA 5GAQA 1K5UA 8I1BA 1J0SA 3UD8A 3WINA 5BXPA 4XFTA 3V0BA 3BRFA 1XZZA 1WD3A 4I1BA 1BFBA 3RMXA 4AN6A 2VLCA 3V0BB 1Z4SA 2Z48A 3BA7A 2QN4A 5DUYA 3K1XA 1V6VA 1YF8B 5HPZA 3EF2A 2F2FC 3O3QA 2D43A 4P0KA 5BP5C 4LO1C 4HJJA 4GOYA 4I96A 2GZBA 3CA3A 3N7MA 2K4AB 3N0KA 1DFQA 2ESUA 2X2SA 3IM7A 1JT4A 3S8JA 4CJMA 3ZC9A 3BTAA 3OGGA 4LO2C 3UJ0A 2E4MC 4EFRA 4LO8B 1FV3A 1JQZA 1VCLA 4EB2B 1II4A 4X37A 4ZBVB 3FJEA 3O44A 3BA5A 4Q9PA 3VSFA 1BLAA 4G6MA 1G9BA 3O49A 4X38A 4GP0A 4ISRA 3VEQA 3FJDA 3O4AA 1S0CA 2D24A 4OEFA 4I8MA 4I3NA 4P6AA 3RMYA 3FJKA 3HOMA 3ZC8A 4I4RA 5DVHA 3A07A 3CA6A 1FWVA 2K8RA 1AVWB 2J3PA 3UDAA 1PC8B 4LO7B 5BXSA 1YYNA 2X2TA 1WD4A 1JT7A 4OWJA 2MIBA 3A22A 4USPA 4PC4A 3FJ8A 3VT1A 1BFCA 1YXWA 3OJ2A 3P6IA 1Q1UA 3F62B 4J2XA 1ONKB 2VXTI 5F8WA 3N7JA 4JQ0A 3H6QA 2VXRA 4I0YA 1G82A 4QKRA 1AFCA 4I2SA 2RQ9A 3PG0A 4A7ZA 4IONA 1HWMB 1F31A 5EHAA 4EFPA 4L4HA 1FN0A 4OWLA 3IM5A 1G9AA 2NTDA 3AJ5A 1T4QA 3AJ6A 3AKIA 4OW4A 1OQLB 4G9NA 3FUOA 1DIWA 1FMMS 3TC2A 2Y9FA 3D7WB 1ITBA 3UD7A 2K43A 1HIBA 5D62A 3POKA 2RSTA 3LTQA 4JP0A 4LO0A 2NM1A 5B2HA 1S0FA 3O4OA 1Z2VA 1JT3A 4H9WA 4KBBA 4IZXA 4LO3C 1EYLA 3I29B 4I4YA 1PUUB 3QR5A 41BIA 3AKHA 4D0ZA 5EG6C 3N7KA 1TOOA 1R8NA 1S0DA 2AAIB 1DQOA 1ISYA 1YBIA 4Z9WB 1L2HA 1WBCA 3P53A 3I2AA 3OBRA 2D7RA 1QQKA 3FJCA 2D7IA 1XHBA 4I4SA 1FV2A 5BOWA 2YUGA 4J2YA 1SR4A 4QO3A 3VWCA 3E8LC 2BEAA 2KI4A 3UJ4A 3WO4A 1AVAC 3NBDA 1W3GA 1DFCA 1TWEA 2NZ9A 3HSMA 5D63A 1IHKA 1Q03A 4G1RA 2HWMA 4X39A 4JKXB 3NBEA 5FNWA 3CA5A 1MC9A 3FFZA 2D22A 3FJIA 2KLLA 2IWTB 4KEJA 1JLYA 2KKIA 2Q9XA 1BARA 3BRDA 2F2FA 2FFVA 4KC3A 5BP5A 4LO1A 4ZFWB 1R8OA 3WMUA 4QD2B 1BASA 1HWNB 1GGPB 1TTUA 4OUJA 1EV2A 1A8DA 2I1BA 4I37A 3O4CA 1V6WA 3R4UA 4EFQA 2QYIB 4XKIA 1YTOA 4LO2A 3CRHA 3VUOA 2E4MA 4IHZA 3NBNA 3BRGC 3F1RA 1ISXA 3RTIB 2M49A 4LO7C 3HMYA 3H6RA 2AFGA 1AF9A 2Q3NB 4J2KA 4I1EA 3BB2A 3OGFA 1IT0A 9ILBA 3BAOA 2ERMA 2MLLB 2HZ9A 2VSEA 3AZVA 1N4KA 2LIQA 1TIEA 3JRRA 1BLDA 3PUBA 3I2XA 3P6JA 2FFUA 2RG9B 3FGMA 3WO3A 1TP0A 1DZCA 3O4BA 4II0A 3FJFA 2ET2A 3CU1B 3R4SA 1EVTA 4P0JA 2WBCA 4IY8A 2NP0A 1IRPA 3AH2A 1KNMA 2FDBM 3H6SE 2UUSA 4AN7B 2LIEA 4IY9A 1G9DA 4I7IA 4XFSA 1EPWA 1G9CA 1DJSB 3BA4A 2VUAA 3BAQA 3C9ZA 4Z8SB 1ISZA 2KI6B 5G00A 3IAGC 1RZOB 5BVPI 3O4DA 3OJMA 1PWAA 5EC5A 2F8XC 2GO2A 2D20A 3S8KA 3FJAA 4P0LA 3WA1A 1S0EA 3FUQA 1HKNA 3B9UA 5BQUC 1AXMA 2IHOA 4G9MA 5JLVA 1ILR1 6I1BA 1FMZA 2R9KB 3W9TA 1QQLA 4QC4A 3ZXGA 2AXMA 4HA2A 4IZEA 3QYDA 3V0AA 1AVXB 5DSSB 1K5VA 2DREA 2NYYA 1I1BA 4ZA3B 4G6JA 5FZUA 1MD6A 4ZFYB 4ZGRB 1IJTA 3IM6A 3HBWA 5DZUA 4DENA 1IOBA 1P63A 5E24E 4GOVA 1FGAA 1XYFA 3HALA 3RSJA 3T8SA 1FQ9A 3WINC 5FZZA 4EKXB 1W3AA 2HWAA 4LO3A 1PZZA 2NVHA 3MALA 4ISQA 3O5WB 2ZQNA 1TWMA 3CA0A 5I1BA 5BXTA 1DLLA 1IRAX 1QXMA 3Q7XA 2BFHA 3MPPG 4FGFA 1BFGA 1ABRB 3ZXDA 1M2TB 4J23B 1CVSA 3AH4A 4A7YA 5JMCA 1RG8A 3HN1A 4YOLA 3VSZA 4JKQA 3LLPA 4ZKTB 5F8YA 3A23A 1HCEA 3NJ5A 3Q7YA 4I4UA 4QD2C 1JTCA 3AKFA 4I4VA 2L5XA 1PUMB 1ISVA 1HCDA 4IQPA 4QBVA 4Q9GA 1DQGA 3BAVA 4KEKA 5D61A 3BAGA 2Y9GA 4H04A 3WO2A 1DZDA 2DS0A 2KH2A 4I4PA 3BAHA 2FO1A 1E0OA 1I1EA 3OJVA 4QALA 3V79C 1JY0A 3CRGA 4L4IA 3VT0A 3CA4A 2BEBA 4ZFUB 2MC2A 3RTJB 3ZX7A 2XOAA 1S0LA 3CRIA 4F83A 1XG6A 3AKGA 1AVUA 4DCKC 3H6RB 4DEPA 4JRAA 1IILA 4F34A 2Y9WC 1WBAA 4GAFA 3AH1A 1Z0HA 4WBCA 1UPSA 3FJHA 3BADA 4TLPA 3FJ9A 2VU9A 3UD9A 2FGFA 1NUNA 3WMVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
31BIA 1H2LA 1SPPA 1ENRA 1LNSA 1QH6A 1W04A 2ID4A 2ZR1B 2Q30A 1QDCA 1WBLA 2GSYA 4Y1XA 5IYYA 4S2GA 1NCRA 3FE5A 5DG2A 3W20A 5J48A 1RY7A 1GSLA 5F3EA 3HNBM 2VJXA 4CEWB 3KT1A 5C70A 4BCUA 3KMVA 2WABA 2DVAA 1W39A 2PFWA 2Z5WA 5C4WC 1OH4A 2QZ3A 1U5IA 3AKPA 2XHKA 5FYSA 2PHFA 2DVGA 5A7SA 4GP3A 2WNUC 5J3UA 4COVA 4LMFA 2DRYA 4KMQA 3BUCA 5FPBA 2EALA 2VBPA 1ONAA 2ZKNA 1NA1B 1W8ZA 2BOJA 1I6XA 4Q4V1 1SZ6B 3KMHA 4D6QA 2Y9XE 4M4RA 1BFFA 5BXRA 7I1BA 5KC5A 1CR7A 3N4MA 1BJQA 1XJAA 4GH4A 4ZLBB 1GICA 2HWE3 2PQSA 3EO6A 4XJWA 2D3SA 3NJVA 5FZGA 2R062 1J1LA 1DQ5A 3LPFA 4AQ2A 3GHNA 3KZ4C 4NN0A 4PLOA 1NCQC 5FJHA 1T9FA 3VV1A 2XL9A 2XVLA 4C8DA 4DOUA 2D1ZA 4B1LA 2CHHA 2C6SA 2P6HA 2ZTNA 3DXUA 4MXVA 5DABA 4GMP0 3MHZA 1MS3A 2VSAA 3EMRA 3AMMA 4IEPA 4NAOA 2XWJB 3DYMA 2JDYA 4F8AA 2OS2A 1SLAA 5J36A 1O4YA 5C3PA 1TME3 1RUI1 2DVDA 2G9GA 4QWNA 3CJIC 4J2SA 1NKGA 1K5MB 2YPDA 4R52A 4XJAA 1PIV3 1AL21 4LBLA 3BTZA 4CUAA 2VE1A 3DN7A 5GZGA 4KEIA 4CCNA 3BAUA 2RM21 1EV13 1QWRA 2Y26A 4YLZA 3BX1C 3AZWA 3IIRA 4HANA 4D8HA 2YMZA 3GBWA 1DCSA 4E4SA 4CXYA 2PA7A 1O3QA 5FZ8A 5GAQA 1NY71 3LQCA 4Q4V2 3KCYA 5CNAA 4EWAA 2VZTA 3RG0A 1DGWX 3VD9A 2A5ZA 2WFF1 5LBFA 3ZR6A 1RMU1 3V0BA 3IZOA 5LATA 3VGIA 1ISZA 1XZZA 3WW2A 1O4ZA 3KF5A 5C3QA 4I1BA 5IJRA 3U0ZA 1C8NA 5FR3A 3K51A 2QQNA 3RMXA 3LIHA 2ZZQA 5GLUA 1BEV3 1T6BX 3CBNA 5FAXA 3ZIWA 5BNOA 2RV9A 2FDGA 3AMQA 3H9AA 3BA7A 4EYUA 5HPZA 4BIOA 4DO0A 3BOWA 5K7PA 1DZQA 2Y6LA 3A4UA 4ZU4A 1OF4A 1LU1A 1WW5A 2ZX3A 3ST7A 1RUI2 4HETA 4CEYC 4DRVA 1MVEA 4OEEA 3AK0A 4PLNA 3V56A 1AL22 4CP0A 1GLHA 3ATGA 3C7HA 3OBAA 4FPEA 4BQ1A 4NIIA 3K3NA 3VHOA 4WZCA 5JOYA 4OQ8A 3WF0A 5EJ3A 5KXDA 1GNHA 4I30A 4LE3A 4CJMA 3FHQA 1QJU2 2RM22 4J25A 3BTAA 1KJRA 5FYTA 1V6MA 3ZC9A 3GALA 2E4MC 4FPFA 1FV3A 4DEVA 3RS6A 3K4AA 4MHRA 1O5UA 1S2BA 2GC1A 1HXS3 4PBOA 5DUWA 5CAZA 4X3AA 2AACA 3HNYM 4Q9PA 2WJSA 3OD0A 4HK9A 1W9TA 1O3TA 3JBG3 5A3OA 1W2NA 1Y9GA 2HYXA 3GCXA 2WFF2 3ZLIA 4AYUA 1RMU2 5BYNA 1N3OA 5FY5A 3WQ0A 1NXD1 3I2GA 4A4AA 3FJDA 4J1XA 2EIEA 4UF0A 2D24A 1PMIA 2PMWB 1X36A 2ZGLA 5FLJA 4AHWA 4P6AA 2ATFA 2WLPA 3APBA 3AXEA 2B45X 4FXKB 2E9QA 2P17A 4QGMA 3ZC8A 5DVHA 5JXHA 1ULOA 4NIGA 3CA6A 2OQ7A 3KQ4B 1UNBA 3DGTA 1AVWB 2W46A 4IGPA 5BNPC 2R073 3UDAA 2QCSB 4CCLA 5LA1A 4A42A 2VZUA 3WCRA 1YYNA 3T1LA 5BXSA 1B09A 3ZYHA 3FBYA 1W6MB 4U36A 5FZOA 1QDOA 2ES3A 3UGFA 4NJ4A 3QOPA 3ZFGC 4COUA 4LO5B 3NJYA 2UY8A 4HPKA 5GJ6A 5CKNA 1W6PA 5FCCA 4NE9A 3IDCB 4P5YA 2XB6C 1HB2A 1SPPB 3NV4A 4Z07A 1DQ4A 5FZEA 4F7ZA 2VXTI 4LXLA 5F8WA 3N7JA 5FXXA 3TN93 5CFDC 1CJPA 2VULA 2BFUL 3H6QA 2Z69A 5ACA1 4N7UA 5FZBA 2CTVA 2UYBA 4XFIA 1UX6A 5FY7A 4I0YA 3EXUA 1J58A 3KT7A 4AGVA 4NHYA 4OLLA 2R0FA 4AFDA 1W06A 1HJFA 3HAGA 4KU7A 5FZ6A 1QNWA 3KGZA 5D1IA 1JYWA 1FI2A 1H2NA 5ABJC 4IONA 1ASJ1 1F31A 4KG0A 3U14A 2VZSA 3VKLA 5KC6A 4OWLA 4LUMA 3SNMA 4AAXA 1RXGA 1YFYA 4CDQC 4UFIA 2NTDA 3AJ5A 1L7QA 4QHZA 2D5FA 4FTEA 1OKQA 2PLV3 1ZRRA 4GH4B 3PDQA 3FUOA 3C3VA 1OH3A 1VBC2 5C4WB 2A71A 3TC2A 5A7NA 3D7WB 5BNNC 1PVXA 3HJRA 4ITCA 4JKMA 5HCHA 2WNUB 1NZCA 4Q4W1 2QDRA 2A73B 3AMNA 2VNRA 4IV3A 1CAWB 1WKYA 4PF5A 4AG4A 4RFRB 3I2KA 3HNMA 3JD71 4RYDA 4CCDA 1BK1A 1O5LA 2JICA 4TYSA 3MLLA 1Z2VA 2V72A 4ES8A 3GNEA 5ACA2 1Y9QA 4BE3A 1OOPA 2AYHA 4GWNA 4HONA 1NQJA 4M00A 1F2NA 4LLFA 3C2UA 4NPMA 3NW4A 2CGNA 1AR91 2CWMA 4OHZA 3T30A 3U4SA 3FN9A 1S0DA 5IVFA 2AAIB 4FOWA 2XKOA 3UK9A 1LOEA 5JOWA 1YBIA 1L2HA 1XXNA 3PNAA 1ASJ2 2VTXJ 3OBRA 3I4IA 4GXLA 4IEYA 1YQCA 2VOKA 4QDQA 5ANQA 5IAVA 4EROA 1HRI3 1ST8A 1IG3A 2C0ZA 1ENXA 2JDKA 2NQYA 3HN3A 4AL9A 4I4SA 3IN9A 5D2AA 4DUVA 3ZSMA 1ULDA 2XJUA 1RUF3 4UWDA 4AFCA 1SBDA 3WINE 3E8LC 3WO4A 4R4XA 1HRV3 2FDHA 3VD4A 3DCQA 3MIEA 4W8JA 2NPIA 1BK0A 3OY8B 3THPA 1DFCA 3NBDA 4KU8A 4XW3A 1IGOA 1RUG1 3CMGA 5FZCA 4ZXEA 3LOIA 2WZR3 1WLWA 5A80A 1MACA 4Q4W2 5T5LA 1UY2A 5BNOB 2XWBB 5DAVA 4BQ4A 3SH4A 1C57A 1ND2A 3CA5A 2E53A 3RWKX 3JD72 4PQQA 1PO13 2D22A 3AZZA 1QJY1 3AL5A 1QXPA 4QQOA 2PQQA 5F6LB 1UXZA 4KGQA 1ZVFA 2VOTA 2ZACA 3A0KA 1JU4A 4H55A 4R9AA 3ZMNA 5A3UA 2WA3A 3ACIA 4EN7B 2BERA 3AM2A 4MZFB 4MXWA 4LOTA 5CG9A 3UESA 4Q0UA 4E8CA 5BP5A 5FK8A 4RFT0 4LO1A 1KGYA 1Y4WA 3Q8AA 3VDDA 1AR92 4EWDA 1XYPA 2EIDA 4M3CF 3DUIA 3MDPA 3NKGA 4XEZA 1YFWA 3BYWA 2EIGA 3BIEA 1R1ZA 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