3ZXDA

Wild-type lysenin
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSENIN
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
total genus 55
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxdA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxdA02
1PUMB 2KLLA 4LO1A 3VEQA 4JRAA 3NBCA 3JUTA 1HCDA 4LO2A 4PC4A 4QD2B 7I1BA 3WO4A 41BIA 5JMCA 3V0BA 4LO3A 3NBDA 3I29B 1RY7A 1EPWA 3PHZA 4USOA 2BEAA 4H9WA 1L2HA 3OBRA 3HN1A 3HMYA 2DREA 3VWCA 2GO2A 1FV3A 1BASA 4XFSA 2P39A 3BAVA 2LIEA 4ZKTB 5GAQA 1S0GA 3O5WB 8I1BA 2VU9A 1EVTA 2FO1A 31BIA 3IM5A 1MD6A 2NZ9A 3HBWA 3H6RA 3F62B 3R4UA 4ZFYB 4I6IA 1SR4A 2D7IA 2VXTI 2MC2A 3O4AA 1JTCA 3FJHA 1S0LA 4I4QA 4ZFWB 2NTDA 3O4BA 3RTIB 3S8KA 3D7WB 3CRGA 4LO0C 5FZZA 1HWNB 5FZUA 4Q9PA 1ABRB 5D62A 2Y9WC 1JQZA 1ONKB 3FJFA 2J3PA 1DQGA 3KMVA 4I1EA 1E0OA 4IYBA 4P0KA 1M16A 4P0LA 1DQOA 4I4XA 2R9KB 3I2XA 2D7RA 4LO7B 5FNXA 1M2TB 2Y9XE 2Z48A 4JAWA 1PWAA 1BFBA 3OJMA 4LO1C 4I4YA 1EYLA 1W3GA 1P63A 3FJ9A 4LO2C 2F8XC 1ITBA 3AJ6A 1G9AA 3OBTA 4I1BA 3V0AB 4ZOTA 3A07A 3CQAA 2QN4A 4CJMA 1G9DA 4I4SA 3H6SE 4FVVA 1R8NA 3VT2A 1DZDA 1N4KA 1DLLA 1T9FA 3OJ2A 3BRFA 1AXMA 4J2KA 4IZEA 3WA1A 2VSEA 3FJBA 2DRZA 3V79C 1QXMA 2FDBM 4I3NA 3IAGC 2Y9FA 4DCKC 4ZLBB 3FJDA 2FGFA 3P6IA 5E24E 3T8SA 21BIA 1BLDA 4J2SA 4Q9GA 3HALA 5BXSA 5FZYA 2RSTA 1DFCA 1NZKA 1S0FA 3CRHA 2E4MA 4KBBA 6I1BA 1FGAA 2VXRA 5BQUA 1J0SA 3FUOA 5G00A 3V0AA 4GAIA 2NM1A 3FUQA 4ZFUB 1FQ9A 3WINA 5F8WA 2WRYA 1EV2A 1TTUA 4J2XA 2DRYA 4LO8B 2KH2A 4FGFA 4J2YA 1RZOB 1F31A 3OGFA 3O4CA 1HWOB 4G6JA 3ZX7A 2XOAA 3OGGA 3VSZA 2AAIB 3ZC8A 5B2HA 3PG0A 2GZBA 3HOMA 4I4OA 4OEFA 4ZA3B 4QBCA 1Q1UA 3FJIA 2HWAA 4D8HA 2DS0A 4OWLA 4L4IA 2ZQOA 5JLVA 2RG9B 1WD4A 1V6VA 5DSSB 1AF9A 1HIBA 3CU1B 3S8JA 3F1RA 4ISRA 1BLAA 2HW9A 4I96A 1JY0A 3ZXDA 2IWTB 3K1XA 4JQ0A 1XG6A 4GOVA 3PMEA 2FFVA 3CA1A 4HR6C 1YBIA 1JLXA 1K5UA 1V6XA 3AZVA 4I4RA 1A8DA 4QO3A 4EFPA 5I1BA 3FJAA 1AVUA 3A22A 3AZWA 3EF2A 4LO7C 4EFQA 3A21A 2BEBA 3BTAA 4IHZA 4USPA 4DEPA 5D63A 3BA5A 1BARA 3N7LA 4G6MA 4L4HA 3O4DA 3Q7YA 2E4MC 1II4A 5BQUC 1YYNA 1W3FA 2NYYA 2Q3NB 3BADA 5HPZA 2D22A 1R8OA 2MLLB 2YUGA 4JKQA 4AN6A 3NBNA 3FJ8A 5D61A 2F2FA 3WINC 3UD8A 3FFZA 4A7ZA 2D20A 4GP0A 2X2TA 1IRAX 2VSAA 3QR5A 3WMUA 4I4UA 1G9BA 2NVHA 4I4PA 3C9ZA 1XZZA 1HCEA 4P0JA 2M49A 3N0KA 1WD3A 3PUBA 4HA2A 3N7KA 1FMMS 3BAUA 4EEEB 2AXMA 2ESUA 4KC3A 2D44A 1JT3A 3AKHA 3VT1A 3JRRA 4LO3C 2FFUA 3OJVA 1TFMB 1AVXB 1XYFA 1IHKA 2D24A 1MC9A 3CAHA 2VLCA 1ISWA 2K4AB 1DIWA 4ENDA 1W3AA 5BP5A 4JP0A 1QQLA 3VT0A 1JLYA 2ET2A 1G82A 1AVWB 1SR4C 4I7IA 3WO3A 1S0EA 5F8SA 3BB2A 1FWUA 3IIRA 4A7KA 1IT0A 1TP0A 1DZCA 3FJCA 3BA4A 3AKGA 2KKIA 3FGMA 1WBAA 3B9UA 1PC8B 2K8RA 1FMZA 1Z0HA 3AH1A 1OQLB 4X38A 4QD2C 4EB2B 1GGPB 4II0A 3V0BB 1AVAC 1TWMA 1T4QA 5BOWA 1BA7A 1TOOA 2Z49A 4IZXA 1AFCA 5FNWA 4QKRA 4Z9WB 3AH4A 3FJJA 1BFCA 4F83A 1RMLA 1IILA 2QYIB 1PZZA 3BRGC 3BAHA 2KI6B 5F8YA 4P6AA 3Q7WA 4G1RA 4JKXB 2LIQA 4X3AA 4OEEA 1I1EA 4I2SA 3FJEA 1V6UA 3RMYA 3ILAA 4YOLA 1YF8B 4AN7B 3WMVA 1Z2VA 2HZ9A 4R6UB 5BP5C 1UPSA 3CA6A 1ISZA 1WBCA 3AJ5A 2MIBA 3LLPA 5DUYA 3AKFA 4QKSA 1FN0A 3W9TA 4GOYA 4I37A 2ERMA 3IM6A 1BFGA 3NJ5A 1SZ6B 4J23B 3NBEA 3E8LC 4QALA 2I1BA 1S0CA 4IQPA 4XFUA 5EHAA 3I2AA 1RG8A 4X39A 1YTOA 2AQZA 1XHBA 1JT4A 3UDAA 2IHOA 2Q9XA 1K5VA 2ZR1B 3AH2A 4KEIA 4Q91A 3UD9A 3A23A 1ISVA 2Y9GA 1TWEA 1ISYA 4A7YA 2L5XA 4QC4A 1PUUB 3P6JA 3BRDA 4IONA 2P23A 3CA3A 1HWPB 1JT7A 4I0YA 2HWMA 4Z8SB 2NP0A 4EKXB 4ISQA 2UUSA 4OWKA 3ZXGA 3CA5A 3FJKA 3AKIA 2VUAA 1Q03A 1VCLA 3O44A 4XKIA 2RQ9A 1TIEA 3RSJA 4H04A 4IY8A 3TC2A 3UJ0A 1V6WA 1ISXA 4I4VA 3MPPG 1IJTA 4EFRA 4GAFA 4GP3A 5DZUA 4WBCA 3N7JA 4ZBVB 3RTJB 4KEJA 3BAGA 3R4SA 3H6QA 4JPZA 3WO2A 3LTQA 3POKA 3QYDA 4G9NA 4X37A 5EG6C 3UJ4A 4IY9A 4HJJA 5EC5A 3BX1C 2D23A 2AFGA 3CRIA 1BFFA 4OWJA 3VSFA 3IM7A 4I8MA 4XFTA 2D1ZA 4D0TA 1DJSB 4TLPA 2ZQNA 1IOBA 2D43A 1HKNA 1CE7B 2KI4A 3N7MA 2X2SA 1CVSA 3VUOA 4QBVA 1FV2A 1D0HA 1HWMB 3ZC9A 3UD7A 2F2FC 3RMXA 3O3QA 5BVPI 4KEKA 1S0DA 3CA0A 3MALA 3P53A 1Q04A 1JT5A 1DFQA 3BA7A 4OUJA 5DVHA 1IRPA 1I1BA 3O4OA 4LO0A 5F90A 3Q7XA 4ZGRB 4OEGA 2BFHA 4OW4A 1QQKA 4DENA 3CA4A 1KNMA 3H6RB 5BXTA 3BAOA 1S0BA 1ILR1 5BXPA 5BXRA 1YXWA 9ILBA 1Z4SA 3HSMA 3BAQA 1G9CA 1FWVA 2WBCA 3SNVA 2K43A 3O49A 4F34A 4D0ZA 4G9MA 1NUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C4XA 2WLQA 5FZ8A 1ZVFA 2R061 3RZZA 1AR72 5FKCA 4JQRA 1KD7A 1RUG2 2CWMA 3MUY1 1BBT1 1ZZ7A 5DXDA 1GZTA 5F6KA 3WQBA 2CGPA 4IEVA 5LY2A 3AZZA 41BIA 1ZRIA 1E5IA 3LDKA 4LO3A 3T2PA 1KXGA 3I29B 1RY7A 1EPWA 4FBFA 2YBKA 4CDWB 2EXKA 2YGLA 2A6WA 2A6YA 4M3CA 1S4CA 3OBRA 4OUEA 3TB0A 5IFTA 5LRRA 1JOBA 2G9GA 1OD5A 2Y38A 3NRUA 4JKLA 1XOYA 4BLIA 4FP2A 4Q1PA 5A1LA 4FSJA 1POV0 4Y3OA 5HV4A 2BEOA 4G4FA 1SDDB 4ATFA 5IK4A 2ZGOA 5CBLA 1UX7A 1ST8A 2JXAA 4Q4V1 1XNCA 3INAA 1HV0A 1FMD1 5JZGA 2BW8A 4QAWA 31BIA 1VBE2 2C5DA 1JZ6A 4GWIA 3VDDB 1ZX5A 4RR3A 4I6IA 1C8M1 1SLIA 4KG8A 4UWDA 4D94A 2XXZA 4U36A 4BYYA 2WNVA 5FUNA 4N43C 1MACA 3FJHA 4I4QA 1TME1 1CX4A 4YM1A 2IVJA 3WQ7A 1LRHA 2HWD3 2R16A 4ZZ5A 5CA6A 3NV3A 3O4BA 4QQLA 3D7WB 2WAOA 5EQUA 3BOWA 3DKQA 4JTNA 1HB3A 4RQPC 1BK0A 4YWAA 2G9ZA 5DUXA 2J3PA 4IEUA 5DN2A 1DQGA 3TEXA 2KD7A 5ACA1 1RB8G 1O4TA 3AYCA 4MH0E 2W46A 4CP9A 1RJ8A 1NLSA 1W90A 4JTOA 4GULA 1QXPA 1M16A 4P0LA 2X8KA 5KHKA 1X50A 4NIGA 4AEDB 2ARAA 3C7OA 1OA3A 4XFAA 1GNHA 2YROA 4DNYA 2D7RA 3M3QA 2IXJA 1AX2A 1H8TC 4U2AA 2G19A 3LWCA 4BB3A 1W99A 1UOJA 1GUIA 1W6NA 4GKYA 2Z48A 4UBGA 3PL0A 3RS6A 4CXYA 1X7NA 3PDQA 3RYKA 2BNMA 1BFBA 3OJMA 1ND3C 5C8WA 1YEWA 3AP6A 5CFDA 4EJRA 3ENRA 4PDWB 4D6QA 1X8MA 1SPPA 1MVEA 2QQKA 1KS4A 3ZO0B 1ITBA 5LA1A 3POFA 2Y8KA 5L9RA 4D7YA 1GMMA 3V0AB 4I1BA 5C3OA 4ZOTA 1UYZA 3DYOA 5HXVA 2GALA 5HCFA 4COZA 1IPSA 2UYAA 5JMOA 4LR4A 2QQLA 4UAPA 1ZBA2 3VT2A 1R8NA 1V9U2 1AYN3 5FXZA 2PHXA 2QQWA 1L3JA 1PO23 4LLFA 4LMFA 1ZZCA 5FPZA 2CGOA 1T9FA 4K8RB 4B4PA 1PZ8A 1W8NA 3ILFA 2VBPA 4BWOA 3GCXA 4IEZA 3RYRA 1J58A 2CDPA 4O65A 1BMV1 3WA1A 5JPMB 2PELA 3LEIA 3FJBA 4MUVA 5C7GA 4F7ZA 1JZ4A 4I3NA 4LO6B 1XRUA 3KSCA 2Y9FA 4DCKC 4FPJA 1PO12 1MS4A 4Q0UA 2NS2A 3FJDA 1LODA 3GNEA 4MG2A 2FGFA 3TOJA 3JXSA 1C5IA 3VZLA 3MIDA 3T8SA 1BLDA 1RUE3 2ZX0A 4XACA 5BXXA 3HALA 3LQCA 2X5IB 1AL21 4AI0A 2HWE1 4LO7A 2GH2A 2VNGA 4J1XA 4MGSA 4QT6A 4COYA 2XBO1 2WZR2 1UU6A 1V6IA 1G9FA 1OA4A 5LZ6A 1W2OA 2KXLA 5I0SA 3W59A 2E4MA 1AYM2 2VXRA 2OVUA 3E1F1 4LLOA 1MEC3 4W50A 3WDXA 4COUA 2GC3A 5F5IA 4R9BA 3W5MA 3N9NA 5GZGA 1G8WA 4Q27A 4AR2A 2NM1A 1IPJA 5L7OC 1OLQA 5K7PA 1COV2 1UKGA 2ZHKA 4GJZA 3M8LA 3POWA 3VBFC 2B9VA 2E53A 1JS9A 3HNBM 2WRYA 5KXDA 4LE3A 1GOGA 3VD5A 2DRYA 1AR61 4LO8B 2PHWA 2KH2A 1H1AA 3OJBA 1ACCA 1RZOB 1Z78A 3S7IA 5C5TA 1IKPA 1PK6C 1W9YA 3HEIA 4I0WB 3ZFFC 5CFCB 1JZ5A 3O4CA 2UY9A 5C8CC 2TEPA 4QPYA 3ZX7A 1H2KA 2YFZA 1KJRA 4PCRA 4XDOA 2DU1A 3AZXA 3VSZA 1Y3TA 3LEGA 2P5BA 1W06A 4AE2A 1CVNA 1E5RA 3DPRB 4XZUG 2EVXA 5A1FA 2GZBA 3HOMA 4EN6B 5FZ3A 4LO7C 4BQ5A 1Q1UA 4N7IA 3FJIA 1DZRA 2ARXA 1GV9A 1LEDA 4RS5A 2DS0A 2DVBA 4JV4A 4RHV3 3D3AA 3NWKA 4ZS2A 4L4IA 1WD4A 2GH8A 1C5HA 5DSSB 4GJYA 2JE9A 1VBD2 2MEV3 3KD4A 1ULGA 4ISRA 5CADA 2RV9A 4NPMA 3M2MA 5BV6A 2HW9A 1HW5A 2PQQA 3KLSA 3O1SA 3ZR5A 4GB31 3ZXDA 1JY0A 4CPBA 3ZFEB 1XG6A 2QBXA 2VZPA 4WVMA 1NCQB 1HRV1 4GOVA 4HR6C 3AZVA 1V6XA 1A8DA 4LNVA 5JOYA 1CZVA 2VZSA 4H7LA 1WW6A 3FJAA 1Y9MA 1IGOA 3AZWA 3DCQA 3W20A 5BNOB 4Y5Z0 1AVUA 4XF0A 4IHZA 1KGYA 5FBZA 5FY7A 3AP4A 5KXCA 4BXFA 4IW3A 2E7AA 3AMNA 1RVF3 4MO3M 4NO4A 4Y1VA 3BA5A 1PMJX 2VOKA 3N7LA 4H55A 4BOWA 3AXEA 5AC91 1UKRA 2WT2A 4ZONA 2XKPA 4AVAA 5DAVA 1B35C 1CAXA 1LOBA 2W2IA 2X53S 2NYYA 3FJSA 2YB7A 5JPNB 1D2SA 5EJZB 1W3FA 1EUTA 1HLCA 2WA3A 1XJAA 4INDA 5D8AB 2HEVF 2EIGA 3ZYBA 4A3ZA 1R1A2 2FDJA 4JHTA 3LSDA 4RGAA 4C91A 4Q0VA 3CNAA 1ULCA 3MUZ1 3AC0A 3C7EA 2F2FA 3PJQA 2IUWA 4WVVA 1OLMA 4RL7A 4AHYA 4M0HA 2WWUA 1BLZA 4ARXA 5BNNA 2WL1A 5LWBA 4HK9A 1IRAX 1GQPA 4AG4A 4P00B 3I54A 1QJZA 4I4UA 3SMHA 3RWKX 3A0NA 4SBVA 3LA3A 3AKRA 1WD3A 3KV9A 5FP8A 3N7KA 3PUBA 4E27A 1EAH3 4HA2A 3KS7A 2VAUA 4EEEB 1POV3 4FTBA 3WQ0A 4LPLA 1UN1A 5SV5A 3NJZA 3WNLA 4BDVB 1QQP1 2C26A 3HWJA 3H7JA 4TN7A 4XUQA 1UIJA 5CB7A 1H2NA 1H30A 3RDIA 5EYYA 1AR93 2W95A 2LTNA 3H8UA 2KA3A 4LO3C 2FFUA 2B9UA 5FXWA 3OJVA 2BOJA 1TFMB 4QPGA 2QDNA 1I9RA 2RDNA 1JI6A 3WNXA 1JYTA 2VOXA 1RUOA 5I0RA 1GANA 4UFJA 1X8EA 2ZACA 4BPZA 1I5PA 2LS6A 2VLCA 4AFAA 1HQLA 2K4AB 1DIWA 4LBJA 4R9CA 3O1MA 3NNFA 4OZOA 4IEOA 2QKDA 1CWPA 1ULOA 5JXHA 3OD4A 2CWSA 2ET2A 2A3XA 4LE4A 1LAJA 4IV1A 3WG4A 3I3QA 3I3EA 4E4HA 1V6MA 2O8OA 3C2UA 3WO3A 4CDQC 3HIFA 1S0EA 2BDRA 1DYOA 3RFRA 3VBHC 3NQHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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