3ZXGA

Lysenin sphingomyelin complex
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
AAEGYEQIEVDVVAVWKEGYVYENRGSTSVDQKITITKGMKNVNSETRTVTATHSIGSTISTGDAFEIGSVEVSYSHSHEESQVSMTETEVYESKVIEHTITIPPTSKFTRWQLNADVGGADIEYMYLIDEVTPIGGTQSIPQVITSRAKIIVGRQIILGKTEIRIKHAERKEYMTVVSRKSWPAATLGHSKLFKFVLYEDWGGFRIKTLNTMYSGYEYAYSSDQGGIYFDQGTDNPKQRWAINKSLPLRHGDVVTFMNKYFTRSGLCYDDGPATNVYCLDKREDKWILEVVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Lysenin Reveal a Shared Evolutionary Origin for Pore-Forming Proteins and its Mode of Sphingomyelin Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSENIN
molecule tags Toxin
source organism Eisenia fetida
total genus 60
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.980 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3zxgA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3zxgA02
4G1RA 4IYBA 4I4YA 3NBNA 3CA0A 1BARA 3O44A 2FO1A 1TP0A 2D24A 4J2SA 4ZBVB 1HKNA 3TC2A 2DS0A 2NM1A 2ZR1B 1QQKA 3BX1C 1DIWA 1Z2VA 5EHAA 4OWJA 3OJ2A 2KH2A 2QYIB 3C9ZA 2RSTA 2D20A 4JKXB 3FJCA 4P0KA 3P6JA 3H6QA 4LO2C 1IJTA 3O49A 3O5WB 4EFPA 6I1BA 4QKRA 3FJ8A 3HALA 4YOLA 3W9TA 2ERMA 3PG0A 4A7YA 31BIA 3FJIA 4AN6A 2FFUA 1TTUA 4QC4A 1S0BA 3BA5A 3Q7WA 3FJ9A 2KI4A 4EKXB 1Q04A 3UD8A 1UPSA 3QR5A 3LLPA 1HIBA 5GAQA 2IWTB 3CAHA 4CJMA 4I7IA 3N0KA 4I4VA 1BFBA 4X39A 9ILBA 2D22A 4LO0C 1DFCA 4LO3A 1AF9A 4X3AA 3RMXA 3HSMA 3BAOA 41BIA 1R8NA 2NP0A 3AH1A 3O4CA 3WINA 2Y9XE 2VUAA 4KEKA 5BP5A 2VU9A 2YUGA 3D7WB 4J2KA 3F1RA 2X2TA 2HZ9A 1IOBA 5BXTA 1ISZA 4HJJA 1EVTA 1DQGA 1FMZA 1BLDA 1PUUB 7I1BA 21BIA 4I6IA 2D7RA 3WO3A 3LTQA 4JAWA 3EF2A 4DENA 3OBRA 1AVWB 2R9KB 3K1XA 1HCDA 1FWUA 3OGGA 4HR6C 4JRAA 1HWMB 3P6IA 4IZXA 1AVXB 2DREA 2NZ9A 1S0CA 3VWCA 2KKIA 1SR4A 1ABRB 3NJ5A 3BB2A 1ISYA 3MPPG 5D62A 3AZWA 4LO3C 2HW9A 3Q7YA 1FQ9A 3OJMA 3HN1A 4Q9GA 3FJDA 4A7ZA 1JT4A 1FGAA 1PUMB 2L5XA 1XHBA 1JT7A 1V6VA 4Z9WB 3AKFA 3IIRA 4J2XA 3AKIA 3AJ6A 5BP5C 1NZKA 4OEEA 1V6XA 2LIEA 2K8RA 4I2SA 1BA7A 3HMYA 2E4MC 2F8XC 4ZLBB 5B2HA 3OJVA 1XG6A 3KMVA 1WD3A 2DRYA 4D0ZA 3FFZA 4II0A 1IILA 2VXTI 1R8OA 1YF8B 5FZYA 3CA4A 3CRIA 2XOAA 4GAFA 4LO0A 3FJEA 3FJAA 1FV2A 4A7KA 2KI6B 3AZVA 5FNXA 3N7JA 1SR4C 3V79C 3H6SE 1KNMA 4GOYA 4H04A 1Q1UA 3V0BB 2Z49A 4I1BA 4AN7B 1DFQA 1ISVA 5FZZA 5BXPA 1BLAA 3V0BA 3IM6A 3WO4A 4QALA 3CRGA 4IHZA 3FJBA 4JQ0A 1XZZA 5HPZA 1ISXA 4ISRA 1HWOB 2QN4A 1IHKA 3AJ5A 3AH2A 1JLYA 3O3QA 2NTDA 2ZQOA 4Z8SB 1G82A 3BAVA 3FUOA 3ILAA 3N7KA 3R4UA 3CRHA 3O4OA 4OWKA 2VLCA 5BQUC 3ZC9A 4USOA 3UDAA 5JLVA 5BXSA 1DZDA 5F8SA 1II4A 4EFRA 3BRDA 2HWMA 1FWVA 3T8SA 3PUBA 4XFUA 1CE7B 4I4UA 5F90A 1K5VA 4X38A 3Q7XA 3FJFA 3AH4A 3BAQA 4I1EA 4ZFWB 1T4QA 1AXMA 2F2FA 4TLPA 4QD2C 1L2HA 3FUQA 2E4MA 2BEBA 1HWNB 4I4XA 4OEFA 1F31A 5D61A 3QYDA 1JLXA 3RSJA 1RZOB 4ISQA 3HBWA 3P53A 1HCEA 2MLLB 1J0SA 3NBEA 5BVPI 3PMEA 1FV3A 3F62B 1CVSA 1YXWA 4F83A 4Q91A 3POKA 2Y9WC 3BAHA 3VSZA 1MD6A 4DCKC 3BTAA 2D23A 2AAIB 3N7MA 1FMMS 1TWEA 4G6MA 4WBCA 3S8JA 2K4AB 2Q3NB 4LO7C 5I1BA 1BFFA 1BFCA 1SZ6B 2FDBM 4R6UB 2ET2A 5DUYA 5FNWA 3JRRA 3BRFA 1K5UA 2P39A 1E0OA 1T9FA 5EC5A 1G9CA 3O4BA 3A21A 4OUJA 4FVVA 5EG6C 4I4QA 1JT3A 2IHOA 4LO1A 2F2FC 2RG9B 3I29B 3BA7A 1W3GA 2GZBA 4IONA 4KEIA 1OQLB 1PC8B 3VT2A 1G9DA 1D0HA 1TFMB 3ZC8A 4DEPA 2FFVA 1IT0A 3CA5A 5BQUA 4I0YA 4QKSA 1GGPB 3A07A 1JQZA 3CA6A 2D1ZA 1Q03A 3FGMA 5G00A 1ONKB 4USPA 3VEQA 3RMYA 5FZUA 3RTIB 1QQLA 1W3FA 2FGFA 1FN0A 2K43A 1WD4A 3CU1B 3BADA 1I1BA 5F8YA 2VXRA 3UD7A 1DLLA 3V0AB 4JPZA 3IAGC 4IQPA 4IY8A 3V0AA 3NBDA 4EEEB 1V6UA 3MALA 4KC3A 4X37A 2AQZA 2M49A 4KBBA 1Z4SA 1JT5A 4QD2B 1TOOA 2D7IA 4ENDA 1NUNA 1PZZA 2I1BA 4XKIA 2VSEA 1S0GA 1MC9A 3FJHA 3ZXDA 4I37A 3WMVA 4ZGRB 2Q9XA 3FJJA 5D63A 4H9WA 3E8LC 3WO2A 2NYYA 3CA1A 3I2XA 4G9MA 4ZKTB 4LO1C 2Z48A 5F8WA 4OW4A 1ISWA 4LO8B 4J23B 1S0DA 1BFGA 1RMLA 2AFGA 2J3PA 1QXMA 1TWMA 3IM7A 2D44A 4I3NA 4QO3A 4D0TA 4IY9A 1ILR1 3SNVA 4I4PA 4LO7B 2UUSA 4ZA3B 4OWLA 4I4SA 3H6RB 3BAGA 3BAUA 3A23A 1AVAC 1EV2A 2D43A 3UJ4A 3H6RA 4ZFUB 5JMCA 5DZUA 4GP3A 4L4IA 2KLLA 2VSAA 4OEGA 4P0JA 4JP0A 3RTJB 4I96A 4GP0A 4QBVA 4Q9PA 1IRPA 3WMUA 4XFSA 2WRYA 3O4DA 3O4AA 3UJ0A 4G6JA 1P63A 1I1EA 3VT1A 4PC4A 1M16A 4P0LA 3I2AA 4FGFA 1AFCA 4ZFYB 3BRGC 3CQAA 5BOWA 4GOVA 4F34A 2P23A 1EPWA 3WA1A 4I8MA 2WBCA 5E24E 1N4KA 4IZEA 1JTCA 4L4HA 2MIBA 1Z0HA 4D8HA 3AKHA 3UD9A 4XFTA 1JY0A 1ITBA 1V6WA 1TIEA 2LIQA 1YYNA 3VSFA 3S8KA 3ZX7A 4ZOTA 4KEJA 3AKGA 4I4RA 3N7LA 3VT0A 1AVUA 3JUTA 2RQ9A 1G9BA 3IM5A 1YBIA 2X2SA 1IRAX 1BASA 2HWAA 4HA2A 1WBAA 1RY7A 4J2YA 5BXRA 3A22A 3FJKA 2DRZA 3PHZA 2MC2A 2BFHA 1DJSB 5DVHA 1HWPB 3BA4A 3B9UA 4LO2A 1M2TB 2ZQNA 3NBCA 1EYLA 3OGFA 1G9AA 3OBTA 1PWAA 1DQOA 2Y9GA 2Y9FA 1S0EA 4JKQA 3WINC 5DSSB 4EFQA 4EB2B 1S0FA 2GO2A 1XYFA 2NVHA 4QBCA 8I1BA 4I4OA 2BEAA 1VCLA 3CA3A 1S0LA 3R4SA 4P6AA 1DZCA 1A8DA 4GAIA 2ESUA 2AXMA 1WBCA 3ZXGA 1W3AA 4G9NA 1YTOA 3VUOA 3HOMA 1RG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KQ4B 3MIBA 2ZS6B 4URTA 1XNKA 4UOJA 4Z2WA 1ZVFA 4I4YA 2CV6A 4WV8A 4DFSA 3NBNA 3E5XA 1TP0A 3PJYA 2D24A 4ET7A 1HKNA 4P14A 3ZMOA 1GMMA 2ZR1B 3CJXA 1Y9QA 4KI5M 4ZXKA 3BX1C 5CZKA 2VR4A 1JOPA 3AYDA 5A7OA 3IDAA 1H8TB 2VW0A 3ZR6A 2CWSA 3OBZA 4WM8B 2KH2A 2WC2A 4JKXB 1OURA 1PO21 1N1SA 3P6JA 3K75B 5J1XA 1IKQA 3E5UA 2G9GA 5F2SA 1BEV3 3AZYA 4LO2C 2HWE3 1I5PA 4DOUA 3O5WB 4XUQA 5L36A 4UW5A 1S1AA 5EYXA 2WQ4A 1CGPA 3ZYIB 4XQWA 1QJEA 4QKRA 2H0BA 2ET1A 3LOIA 4Y20A 3THPA 5LW9A 4AGGA 1BZWA 5D2AA 5FY1A 4A7YA 4QWNA 3AX4A 4E4SA 3FJIA 2ADDA 1AJOA 4LJHA 4QPYA 5T5LA 4GB33 4O61A 3N36A 1PZ8A 1XNDA 2A3XA 4WVWA 3ZFGC 2YPDA 4AVCA 5C7GA 4QC4A 1X8EA 5FYMA 5I0SA 5FMDA 1J59A 3BA5A 3AKQA 3Q7WA 1LNSA 2VZPA 2Z4FA 5IFPA 2ZGNA 1CONA 1X50A 1XYNA 2MEV2 4JGYA 2ARAA 3B3QE 3RVHA 3W59A 3UD8A 1DYPA 3VZMA 1GANA 2QFEA 4NRMA 5DZEA 4UFMA 5FYCA 3QR5A 1HIBA 5GAQA 2XVLA 5FZDA 5KBFA 2X5IB 3ZSKA 5KHKA 4BH9A 2XL7A 2VZVA 2DCYA 5FREA 1N3PA 4DMIA 5FKCA 2BEOA 4ZY9A 1WLWA 2QQOA 5LEJA 1IOAA 4QU2A 5DDJ3 5FBZA 3DXTA 1IS5A 2P37A 4AEJA 1PMHX 2IFRA 3OTFA 2XJPA 3W21A 3PTYA 4UBHA 4BK5A 3BAOA 3AK0A 4YW7A 5BNOA 2FDHA 2NP0A 1KDMA 2JD9A 5A32B 3HT1A 2Y9XE 4MH0E 3LSDA 4ARYA 2RM22 4PC4A 1G9FA 2XOMA 3D7WB 1RUJ3 4CUBA 3F1RA 5L19A 1IOBA 5C4WB 1TVGA 5FPXA 3VBHB 1UU4A 1W04A 5FZ4A 3SH3A 4A41A 3POJA 4P9GA 2RDSA 3T09A 1FAYA 3N9MA 1ULDA 4WVVA 5CIRA 3UKNA 2ZGUA 4AI8A 1DQGA 1EVTA 4YW5A 1PUUB 4HVOA 4RR3B 3LQCA 3S57A 4I6IA 1NX9A 4TYSA 2C9AA 2DVAA 3R0RA 2D7RA 4B7EA 4AVSA 3JXSA 1T2XA 1I9RA 1BK1A 2B39A 1LGBA 1X7NA 2QQNA 1WW6A 2HWF3 4F8AA 1AVWB 2ZMKA 5L9RA 2RHPA 5T54A 3WVJA 1H4HA 5L7OA 2EIEA 3JBG2 1E5IA 1UMHA 3CBNA 4WZFA 1VB2A 2VOWA 4IZXA 2PELA 3ROUA 2JE9A 2NZ9A 1A34A 1VBD3 1O5LA 2YXSA 4M0NA 1UZ0A 3HQUA 2QZ3A 5I0TA 4SBVA 3USUB 1NXD1 1W6OA 2YROA 4X6QB 4EE2A 2J1RA 3W5NA 1V6OA 4Q4W3 4B4QA 1HB2A 1ZBA3 3L2HA 3MV01 3N9LA 2YY1A 3AZWA 5ACA2 4LO3C 5KHGA 3MGUA 4EN7B 3RZZA 4EYUA 1SACA 1VB4A 3PDQA 3OJMA 1AVBA 3LGRA 3LKJA 1FYUA 1SBEA 4LE3A 3PU3A 4BQ2A 4AHXA 1AYM2 4P5HA 1DU3D 4XF3A 1XHBA 1D4M2 2ZX0A 5CVRA 1V6VA 5I0RA 2L5XA 5ISLA 2EF6A 3IIRA 3AKIA 2G9ZA 3I3QA 4O9GA 5LBCA 3AJ6A 4XAEA 5BP5C 2VVEA 3CMGA 3KF5A 3MHZA 3WDVA 3WR0A 3U4XA 5LBEA 4HK9A 4IEOA 1D4VB 1WWYA 1CPMA 4KH9A 3PIJA 4QX1A 1DZRA 2YFZA 5FZFA 3S7EA 5LK7B 1QOTA 3ZYBA 2WFF1 4K20A 2NQYA 2F8XC 2XHNA 4IGPA 1SCSA 5K0UB 2QQVA 3L2YA 4ZLBB 5FZEA 2YBPA 1H2LA 1CAVB 3TB0A 3OJVA 1GNZA 1OKQA 3KMVA 1W6MA 4MHRA 5T52A 4CUAA 2EVXA 1HRV1 3HBKA 3OUJA 4JDOA 3O0WA 2DRYA 1X8MA 4Y26A 3OYWA 4BB3A 4II0A 5K9YA 2ORZA 3Q8AA 3J7NA 1YF8B 4B3NA 3ZFEC 3CRIA 1MEC1 4Q0VA 4NIDA 2ZHMA 4JHTA 3SEPA 2P4EA 1OQEA 3UNPA 1VMHA 3JB4C 3WNXA 2V4VA 1XNTA 2GNMA 4XJ8A 1K42A 4NUBA 4JAAA 3FBYA 2IC1A 2R043 4AZZA 1RUD1 3C3VA 3VZKA 1Q1UA 3UGFA 4I1BA 1SLIA 1ISVA 1RTVA 2VMDA 2XJTA 4CU8A 5F3CA 1PO22 5FZOB 3URFA 3VBSA 3TEWA 3V0BA 1KQRA 2GMEA 2R061 3WO4A 1QU0A 2DWRA 4Y20B 2H0VA 4V2VA 2WNOA 2VMFA 3FJBA 1XZZA 4LKSA 5HPZA 1YI9A 1CAXA 3LA2A 1IG3A 4ISRA 2AENA 5FYTA 2WWJA 3BI3A 1GZWA 1Q8SA 1CN1A 1JXNA 1U5XA 3RWNA 1IHKA 5FPBA 3RNSA 2A6ZA 5IAVA 5FZMA 4NPMA 3ZSLA 5FFOC 1QXPA 4N90A 2ZGRA 1UIJA 4CEWA 4JGYB 4FTSA 4GIQA 2WIIB 2Q8CA 1JLYA 2GNTA 2ZQOA 3NKTA 2R073 4Z8SB 4LO6B 4ZPIA 3J7HA 2ZX1A 5E8AA 4QPGA 5BUVA 3N7KA 3R4UA 1KS4A 1RVF1 2R0HA 1QQP3 5LB6A 3WP6A 4JZRA 2VQTA 4L2NA 5KR7A 4LNVA 1PIV3 4NR1A 1H4GA 1OF4A 5BQUC 2CNAA 5C3PA 3UDAA 3AL5A 4NWVA 4BA6A 2RJ2A 4XPVA 1DZDA 1CX4A 1II4A 4EFRA 5CKNA 3H42B 5FLJA 5DAQA 1HQLA 4XFUA 2RDRA 1VRH1 3F62B 5BNOB 2LS6A 4QQHA 1K5JA 1J3RA 3QBQA 1CE7B 2B46X 3I3DA 1WMFA 2RS53 5E1RA 4W8JA 3NJVA 4COWA 4YW3A 3K4ZA 3KGZA 3LEGA 4M00A 5F8PA 1T4QA 2F2FA 4CCDA 1Y43B 4IUGA 2KR2A 3X29B 1ISZA 1RGSA 2JJ6A 1AYN1 2Y6JA 4JGZC 4GH4A 4LTAA 4QDSA 1F31A 3BPZA 1UWWA 2HWB3 3PIGA 3RSJA 4BIOA 1JLXA 5FKBA 5D61A 2Y6LA 1OFNA 3LZZA 3AMQA 4OYUA 1R1ZA 4AHWA 5L7OB 1F9KA 1VBA1 2JD4A 3WCSA 2WO1A 4ZZ5A 1J0SA 5I91A 2A6XA 1DGRA 3VKLA 4F83A 3VGIA 4FTEA 2NMNA 1POV3 5JIAA 3UETA 1CJDA 4N9HA 2PHFA 1ULEA 1W6OB 3BTAA 4DXZA 5EQUA 2D23A 5HXMA 5A70A 1R083 4I0WB 2LTNA 2D40A 3WW1A 1ZZ6A 5LZ6A 1LOCA 2LUWA 1TWEA 1AL0G 1OXCA 4YW6A 4H14A 2K4AB 5I1BA 2DYCA 1XOYA 4YZ5A 4Q4V1 3BIEA 1PVC1 2BDRA 5HCHA 2HWC3 1W2TA 5DUYA 3BRFA 5I0DA 3OEBA 3GGLA 2OUJA 2J1SA 5E88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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