3OBRA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
420
structure length
418
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYATQECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
total genus 112
structure length 418
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obrA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obrA02
4EEEB 3RTJB 4YZ4A 1YBIA 2P2KA 3N7JA 1C1LA 3UJ4A 3INAA 1SCRA 1N3QA 3N3HA 4JKXB 3FJAA 2VXTI 1S0IA 4Z8SB 3P53A 1A3KA 3ILNA 5GM0A 4LO8B 2VW0A 1IS6A 1JUIA 4XMAA 21BIA 3FJIA 3V0BA 5JOWA 4LO2A 2GMPA 1TOOA 2H0BA 5GZCA 4YW3A 1FV2A 1RINA 1K5VA 1NUNA 1DQGA 1CESA 4LBNA 4BQ1A 2PHUA 1LHOA 2JD4A 2ZHMA 1NLSA 2R0HA 1BFCA 1MS8A 2D6OX 1KDKA 3UD9A 2CYFA 4FQ4A 3WNXA 4BMEA 4DRRA 1VCLA 2LTNA 2BEBA 1SLTA 1YTOA 2R16A 3WO4A 5T5JA 5BP5A 1GYKA 3NV4A 1YO8A 4XHBA 1BA7A 3BX1C 2VXRA 4QD2C 4I4XA 1LOCA 4LBQB 1YRZA 1S0GA 3ZC9A 1IS4A 3ILRA 1V00A 3V0AA 4JCKA 3B69A 1ENRA 1P63A 1LHUA 3BOPA 4Y1YA 3RMYA 4K1YA 1H9PA 2RG9B 3MW3A 4ZFWB 5HCAA 1LEDA 2DU1A 2HZ9A 2D43A 1DQ6A 2Y9WC 4XJZA 2XB6C 2NP0A 2SBAA 1PWAA 1KJLA 1JN2P 1LOEA 1DQOA 1GANA 4YM0A 2RHPA 4Y1UA 1TEIA 9ILBA 1W6MA 2FFUA 3L2YA 5DUYA 1J0SA 1KNMA 1PZZA 4ZFYB 5KXEA 1AVXB 3GALA 2PHXA 3AK0A 4Y26A 3BADA 4I30A 2D7IA 1AVAC 1IS3A 5EYYA 4OW4A 3N0KA 1DYPA 3CRIA 1CVNA 4G1RA 5IK7A 3FJEA 1GZWA 3FBYA 1VLNA 4YW2A 1MVEA 1GKBA 4L4HA 4ZA3B 2HWMA 2Y9XE 4PCRA 4XHXA 2OUHA 3FJHA 2GNBA 1V6WA 3AP6A 1JYIA 3CAHA 1W3GA 5JVVA 1LULA 2WBCA 2D7FA 3R05A 5EHAA 1QOOA 5DUUA 4XTPA 2D6MA 4C1WA 3N7MA 3OBTA 4AGGA 2D6NA 1G9DA 5IK8A 3BIWE 5GLWA 1Z2VA 3AXEA 4QKSA 1EPWA 2VH9A 3VKOA 4Q1PA 1JLYA 3AKFA 3AP7A 5T55A 1AJKA 1AXYA 1V6OA 4U2AA 2GMEA 3CRHA 4IHZA 1OQLB 1AF9A 1IRAX 2TEPA 4R9BA 3D6EA 4QD2B 3IM5A 1ONKB 1AX1A 4GP3A 7I1BA 3NV1A 3QYDA 2NN8A 3NBDA 2ZGRA 1W6QB 4ASMB 2EXIA 1N4KA 5F8YA 2R9KB 1LHNA 2ARXA 1V6UA 1DBNA 3UK9A 1QGLA 2DUPA 4YGCA 3USUA 3N7LA 3FJBA 2P3KA 4EFPA 3O12A 1MR5A 4KC3A 2EF6A 3IM0A 2CL2A 2A7AA 2F2FC 1FWVA 3M3CA 1UX6A 1HCEA 4R6UB 2P34A 1PZ9A 2A6XA 4I0YA 1T9FA 1JBCA 4WVWA 2D44A 3B3QE 2P23A 5CBLA 1EV2A 1O4YA 2GZBA 4X3AA 3OY8B 5HCFA 4PBOA 2GNTA 4Y24A 4USOA 4M3CE 1W0OA 3A0KA 4QO3A 4G6JA 4OWLA 2HW9A 1VALA 3FLPA 3CA4A 4I96A 1SR4C 5T5LA 2AYHA 1GLHA 2ES3A 1QQKA 4YG3A 1Y7BA 2WRYA 2FO1A 2DURA 1W6OB 2VUAA 3LTQA 3JRRA 4I6IA 2ZHLA 4ISRA 4IY8A 1SLLA 1WW5A 4Y1XA 4QBCA 1G86A 2SLIA 1BZWA 1C4RA 2DRZA 1LEMA 41BIA 2DVBA 5BQUC 2FDBM 4FP3A 2AR6A 3H6RA 1WW7A 4P9YA 1LGNA 4ATEA 2R0FA 2Y9GA 1S0CA 1S0BA 2K8RA 1W3FA 3ENRA 3ZSJA 1W0PA 1PZ7A 2MIBA 1UPSA 3Q7WA 3AYCA 1DQ1A 3W59A 3A22A 4OWJA 1N1YA 1W6PB 5G00A 4D0ZA 1ZM1A 4YW5A 3WDTA 4YM2A 2E53A 4LO0A 2PHRA 1CPMA 1WD4A 3OJ2A 3O5SA 1GSLA 1F5FA 1N3PA 3C2UA 3I4IA 3N7KA 1CPNA 1MVQA 3O44A 3R4SA 2Z42A 3UL2A 1Z4SA 1SLCA 4I4PA 2D22A 3ZYPA 4I4YA 1U0AA 5EWSA 1KITA 3BB2A 4Q8KA 3BAUA 2DTWA 3OJBA 1SBEA 4LO1C 5FRAA 3O4OA 4XFUA 1XG6A 1JT3A 4BPZA 3F1RA 4AVSA 3JU9A 2JDZA 3PJQA 3UD8A 3WG4A 1LESA 1G82A 3WG3A 1DQ2A 5F9TA 4EFRA 1N1VA 1FV3A 3WDUA 1LECA 3BRGC 2NMNA 3O3QA 2B7YA 1QNYA 1LU2A 4MYEA 4QKRA 3ZXDA 4QBVA 2DUQA 2UWCA 3O4BA 4P14A 3WCSA 1QNWA 2VU9A 2YMZA 2CWSA 3SH4A 1HWOB 1TTUA 2ZHNA 2RSTA 1J1TA 1IKQA 3UJOA 2ZABA 2ZACA 1QKQA 1BASA 2Q9XA 2M49A 5KXDA 4I8MA 1RG8A 4LBQA 1AVBA 5E24E 2DVAA 3WV6A 3AXDA 1LGBA 4RA0A 3WOGA 3AJZA 1IHKA 5BYNA 4KBBA 4YGEA 4FP2A 3M2MA 1YI7A 2LALA 3RS6A 2FMDA 4GA9A 4UW5A 3BAQA 1ITBA 4WBCA 2DREA 2P39A 5DUWA 4KEKA 2W52A 1ISZA 2GALA 4U36A 1HKNA 1HQWA 1S1AA 5JOYA 3FJFA 1C57A 1FATA 1GBGA 3E8LC 1UZYA 4AWDA 3OJVA 1M2TB 4DFSA 1V6KA 1JT7A 1ENSA 3OJMA 2E4MA 2EXHA 4JAWA 4Y20B 1N47A 3AZWA 1ENQA 1MS5A 4F83A 5F5QA 5DUXA 2ZMLA 3CA6A 1IILA 3A4UA 4II0A 4Q26A 4BLJA 3OGGA 3T2TA 1JQZA 1LU1A 2CTVA 4IQPA 3AJ5A 1G9AA 2DVFA 4BM8A 4P0KA 1V6MA 1IT0A 1VIWB 3IN9A 4XTMA 4OZXA 2WT0A 1V6NA 2ERMA 1S0FA 4AN6A 4YW1A 4Q9GA 4XMIA 1WLDA 1YF8B 2ZGLA 1FNZA 5BOWA 4I4UA 2I2SA 3D7WB 4DEPA 1MS9A 3BA5A 4PF5A 3LLPA 1ONAA 3VV1A 1MC9A 4IZXA 3BRFA 1BKZA 2JJ6A 4FVVA 3WLUA 1XHBA 1RY7A 1CE7B 1XZZA 3VSZA 2JE9A 3WCRA 3CQAA 4K1ZA 3NBNA 4L8QA 1PUMB 4G6MA 1AJOA 2A6YA 5DZGA 2P3IA 3B9UA 2DWRA 4LO7B 1HIBA 2ZA9A 1WCSA 3D4KA 4FPKA 5GLVA 1G7YA 5BXRA 3VT2A 1AXMA 1SZ6B 1PUUB 4JQ0A 2A3XA 4GWMA 3KM5A 4R9CA 1CJPA 1JLXA 4GP0A 2PHWA 4NO4A 1S0EA 4HA2A 1W6QA 2ZHKA 1MS4A 3OGFA 1ABRB 3O0VA 3W9TA 4XBNA 4LBJA 1RIRA 3P6IA 5GZDA 1V6XA 3I8TA 4LBOA 4GALA 4UW4A 4R9DA 3AFKA 4OEGA 3S8KA 3MPPG 1QU0A 2DV9A 2ET2A 2XOAA 4BOWA 3MW4A 4YLZA 2BQPA 1IKPA 2FGFA 3O49A 2E7TA 3IKWA 3AH1A 4LO3C 3H6QA 4XJ8A 3T8SA 1HCDA 1N1TA 4WZFA 1N3OA 5F90A 1JXNA 2IHOA 5JOXA 5DUVA 3UD7A 3OY8A 3A0NA 2EAKA 1BJQA 4W65A 2DRYA 2NZ9A 5SV8A 3APBA 3BAGA 1AFCA 3ILAA 1QQLA 1PZ8A 3NWKA 2Q5TA 3SLIA 3KQRA 1BYHA 1HQLA 2XG3A 1SACA 3OPZA 1G8WA 2AUYA 2D6PA 2LIQA 1IRPA 4FPEA 1YYNA 1LTEA 4OWKA 1W6OA 4FQZA 2KI6B 3BAHA 5B2HA 5CA6A 2UWBA 1URXA 1Q56A 5EYXA 2RQ9A 3IIRA 5F8SA 4GOVA 3B01A 5DZFA 3AJ6A 1MS1A 1ULCA 4DCKC 4UW3A 4I4RA 1N1SA 1A8DA 5FREA 4OEFA 3ZSLA 2K43A 4YZ2A 5DG1A 4XFTA 3IAGC 3NBCA 2V73A 4R9AA 2F8XC 3H0OA 5CNAA 1RMLA 4EFQA 1C1FA 1BQPA 4D69A 4XILA 1W6PA 3UJ0A 4C1XA 3QLQA 3VT1A 4IY9A 5DVHA 5CB7A 1S0DA 3C9ZA 4K21A 5GZFA 3IM7A 1WD3A 1LODA 4I4OA 4Q27A 1GV9A 4YOLA 2A5ZA 4XXPA 2KH2A 1HWNB 4DRVA 4XZPA 4I3NA 1YIFA 3QCWA 3V65A 2Z48A 1GZ9A 3ZC8A 3SNMA 4Q9PA 4YG0A 1PC8B 2QYIB 1RZOB 2ENRA 4L4IA 4WV8A 1Z78A 4GAIA 4YM1A 4XBLA 3RSJA 5H9RA 2X2TA 3N36A 2BFHA 4QALA 4GWNA 1CIWA 3EF2A 2MC2A 2KM2A 4KEJA 3S8JA 1FQ9A 4HANA 4HR6C 4CTEA 3BODA 3T1MA 5KXCA 5IK4A 3A21A 3FUQA 3WG2A 1IOBA 4FPLA 1HWPB 2D20A 1GZCA 4HJJA 3AKGA 3CNAA 3VKLA 1M16A 1FYUA 1LOFC 3WDYA 1I3HA 5F8WA 2FHRA 4G9MA 3PUBA 1ISWA 4BMBA 1S0JA 2EXKA 1WW6A 3IMNA 4FPYA 3Q7XA 4FOYA 1QXMA 2D3RA 2CNAA 1JT5A 4DQAA 2DVGA 3POYA 4K20A 4YFZA 1QF3A 3RG0A 1UL9A 1MS3A 1UMZA 3PHZA 3RTIB 5E89A 4ZKTB 4XJUA 3FJ8A 1DQ5A 3O0XA 4J2XA 4ZLBB 2YY1A 1T4QA 5D63A 5T52A 1DZDA 2DVDA 5BXTA 1ULFA 5GAQA 3WMUA 3ZSKA 4IYBA 1FN0A 3RRDA 3ZPYA 1K5UA 3ZYRA 3WA1A 1DZCA 4DPNA 2E7QA 1WBCA 2R49A 4XYXA 1XYFA 4BLIA 1G9BA 1JYCA 1BFFA 4CRQA 1GNHA 4Q1RA 4Z9WB 2W08A 3FJKA 2G4IA 3AKIA 1YXWA 3RQ0A 3V79C 4Y20A 2DYCA 4XKIA 5AVAA 1AVUA 2D24A 4YZ1A 2GO2A 3CA1A 2AXMA 5GLZA 3JUUA 4PBPA 3SNVA 1LOBA 2UURA 4JKQA 3WO2A 1ULDA 2ZGOA 1SFYA 2DTYA 4FPCA 1JT4A 3ZXGA 3HR9A 1MZ5A 2UU8A 1R1ZA 4M3CB 3O4AA 2WNEA 3O4DA 4CJMA 2PHTA 5FZUA 4AVVA 5JMCA 2AGSA 3POWA 5GLUA 1LCLA 3IM6A 2Y9FA 2FFVA 3NBEA 2GN3A 1TWMA 3WVJA 2E6VA 1TWEA 3OBRA 2WT2A 4FPHA 2PELA 1HWMB 4FOWA 1W6NB 5L73A 4ENDA 6I1BA 3AJYA 1ZA4A 1TP0A 1SLAA 1AX2A 2P3JA 2ZAAA 3AZYA 4I2SA 5T50A 4GKXA 2ZQNA 1CQ9A 3NV2A 3PVNA 1FNYA 1CN1A 4M3CF 4XIOA 3FLTA 5JDBA 1LOGA 3I29B 4J2KA 2A6WA 1Q8SA 1VAMA 4RL7A 3WINC 5BXPA 4GKYA 2OUJA 1GGPB 3PG0A 5E88A 3PVEA 2K4AB 4I4SA 2NTDA 3SISA 5GZGA 4I1BA 3BTAA 3VWCA 2D23A 1MS0A 1IS5A 2NM1A 3W58A 4YFWA 5GALA 4XBQA 2ERFA 2D6LX 3P6JA 1OQ1A 4AGRA 1BFBA 3NV3A 1LJ7A 1Q8VA 3MW2A 3CA0A 1LOAA 1X50A 2WKKA 3CU1B 3RMXA 4YGDA 4ZFUB 2ZMKA 4Z8BA 3LSDA 2JECA 5BVPI 3U4XA 5EC5A 2VSEA 1FX5A 1EVTA 2GNMA 1IOAA 4J23B 1JW6A 3WDXA 2DUOA 5IUQA 1AZDA 4YW4A 3I2XA 4Y22B 1Q1UA 3POSA 4XJAA 3HOMA 5HCBA 3BAVA 4FPJA 4HL0A 2ZGSA 4XIKA 4X38A 4I37A 3PVOA 2ESUA 3MEPA 5FNWA 4LO2C 4XJWA 1LGCA 1BLAA 4XFSA 1HDKA 2LIEA 2D6KA 3MALA 1IJTA 5CAZA 5H9QA 3N35A 1CVSA 1V6VA 2ZGMA 3WHUA 1W3AA 3TC2A 4M00A 2WT1A 1SLBA 3GNEA 2MLLB 3M3OA 2J3PA 2YROA 2ZGPA 2YV8A 3AH2A 3WG1A 2YZ4A 2UUSA 2D7RA 4USPA 1D2SA 1BFGA 5BP5C 3ZVXA 1Q8QA 3ZXFA 4PC4A 4AGVA 3PMEA 2ZMNA 1NXD1 1LHVA 2AQZA 3DUIA 1WBAA 3WDVA 4EB2B 3VKNA 2D3SA 4XXAA 3CA5A 2R1DA 1GNZA 3ZXEA 1KJRA 4TYSA 4H04A 1DHKB 1UN1A 2AREA 4YZ5A 1I1EA 3Q7YA 3AZXA 2A6ZA 3VKMA 1FMZA 3K1XA 2A75A 2GDFA 4GOYA 4I4VA 4JC1A 2A3YA 2C9AA 3OYWB 1CR7A 1Q8PA 1UZZA 4JRAA 1FMMS 4LO3A 2AAIB 4H55A 2AFGA 2D3PA 5D62A 2ZKNA 3HN1A 4H9WA 2W68A 4TLPA 5FNXA 3M3QA 5E8AA 2AENA 3IPVB 5JLVA 4ZXKA 4YG6A 2ZGQA 2VLCA 3CA3A 4FPFA 1JHNA 1UKGA 4SLIA 2E51A 3BAOA 1ISVA 1ILR1 3TB0A 4DS0A 3B9CA 4ATFA 4Y1VA 2YXSA 2NYYA 3SH5A 3ZXJA 4YM3A 1E0OA 1RITA 1B09A 3O4CA 3VEQA 1SBFA 1QMJA 3V0BB 4XE9A 5HPZA 1MACA 2OW4A 4A7ZA 1BLDA 4ITCA 2P37A 3AX4A 2ZGUA 3O5WB 4FGFA 5KXBA 3FJJA 5H9PA 3H6SE 1JOJA 1Q04A 1R8NA 4DENA 5DSSB 4IZEA 3AP4A 1DYKA 1MZ6A 3T1LA 1V6LA 3ZSMA 4IONA 2C5DA 1Q8OA 4YZ3A 1DFCA 3WMVA 3AYEA 4GXLA 2D1ZA 2HYKA 2KLLA 1BARA 2X2SA 2EALA 2ARBA 4JP0A 4ZOTA 4TZDA 1L2HA 4LBMA 1FAYA 1DIWA 1ISXA 4LBQD 1SLIA 1G9FA 1WW4A 4I4QA 1NZKA 5DZUA 2A71A 3V0AB 3M1HA 4AYUA 1SBDA 2A70A 4M3CA 2EXJA 2IWTB 1QDOA 4ISQA 3WUCA 1I1BA 2F2FA 3JUTA 3M3EA 2CY6A 2NMOA 3VSFA 2A6VA 4M01A 3FLRA 3WUDA 3A23A 2W39A 4YGBA 5JOZA 2KKIA 5T5PA 1TFMB 1LOFA 5EXOA 4Q8LA 5EG6C 2A3WA 3CRGA 1W6NA 2PHFA 1OFSA 1W6MB 3D5OA 5DG2A 5LK5A 1OKQA 1DJSB 2JE7A 2V5YA 2JKBA 1SR4A 2OVUA 4ZGRB 1ISYA 1TIEA 3ZXKA 3O0WA 2NVHA 4P6AA 3I2AA 3UJQA 2ZGTA 3SITA 1ULEA 4QC4A 5GJ6A 4CZSA 5DXDA 3UDAA 4FPOB 4ZBVB 1GZWB 1SCSA 1Q03A 4WVVA 2QN4A 5BQUA 2AH2A 5FZYA 1KQRA 1V6IA 31BIA 4PQ9A 1AX0A 4FOQA 1KRIA 3LCPA 4P0LA 3SH3A 1WLCA 1EYLA 2WSUA 1WLWA 1V6JA 3VT0A 3FJCA 3BRDA 1D0HA 3AYAA 2WQZC 3AP5A 3A07A 3ZX7A 2WJSA 3HALA 5BXSA 3AZZA 4A7YA 1CONA 3VUOA 3FUOA 5DZEA 5T5OA 4LBLA 4J2YA 1F9KA 2WSVA 5FZZA 1Z0HA 4LO0C 2CWMA 1A78A 1DZQA 2Q3NB 4JPZA 5I1BA 1AXZA 3TAYA 3POKA 5GLTA 3ZXLA 2YUGA 5D61A 1F31A 4AN7B 1QOTA 4Y22A 4LO1A 1AXKA 1BXHA 1DGLA 3KMVA 1QDCA 2ZGNA 3DGTA 4I7IA 3WO3A 3VKFC 2KI4A 5H9SA 3HBWA 3USUB 4LBKA 5GZEA 4GAFA 3ATGA 3NJ5A 2ZR1B 1APNA 1XQNA 3AKHA 4X37A 1LHWA 4OUJA 3HSMA 4P9WA 1DQ4A 4Q91A 3R4UA 1WBFA 1JY0A 3ASIA 1G9CA 3WZ1A 3FJDA 2WLQA 4I1EA 1LENA 4KEIA 2BEAA 3AH4A 1O4ZA 3WDWA 2VW1A 3ILFA 3LSEA 2I1BA 4FPGA 4Q2FA 4XJ9A 2Z49A 2GMMA 3AYDA 4XOGA 3AZVA 4P0JA 4XDQA 1GICA 4LO7C 3BA7A 4F34A 2DU0A 1JTCA 1QOSA 1HKDA 3FFZA 1AVWB 2ZGKA 4X39A 4OEEA 5IT6A 2R1BA 3FJ9A 1KDMA 2ZZJA 4Y1ZA 4D0TA 1MD6A 2ZQOA 2GN7A 2ZBJA 4UW6A 2UWAA 2L5XA 2DS0A 4J2SA 3QR5A 4AVTA 3WINA 4A7KA 4P9XA 4NOTA 3B00A 3FGMA 2VY0A 1II4A 1HLCA 2VSAA 3F62B 1FWUA 3H6RB 3OYWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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